小孢子链格孢endoPG基因核苷酸序列分析及系统发育研究

对供试小孢子链格孢菌株的内聚半乳糖醛酸酶(endoPG)基因进行扩增,大部分菌株都可获得PCR产物。核苷酸和氨基酸序列比较表明:不同种小孢子链格孢endoPG基因核苷酸序列存在明显差异,甚至表现在氨基酸水平,这些差异可以作为一些种如梨黑斑链格孢、长柄链格孢区分的分子性状。利用邻近结合法构建系统发育树,所有菌株被分为8个聚类组。在系统发育树上,链格孢的一些不同分离物被聚在不同组中,而细极链格孢、链格孢的部分菌株、苹果链格孢、柑橘链格孢、粗柠檬褐斑链格孢、橘树链格孢被聚为一组,显示根据形态学特征划分的这些种与分子性状的不一致性。endoPG基因核苷酸序列富于变化,为小孢子链格孢系统发育研究提供了一种有用的手段。     

小孢子链格孢OPA2-1核苷酸序列分析及系统发育研究

本研究采用引物对OPA2-1L/OPA2-1R对供试小孢子链格孢菌株OPA2-1区段进行扩增,所有菌株都可获得PCR产物。核苷酸序列分析表明:不同小孢子链格孢种OPA2-1核苷酸序列存在明显差异。利用邻近结合法构建系统发育树,供试菌株被分为8个组,梨黑斑链格孢Alternaria gaisen、长柄链格孢A.longipes、树状链格孢A.arborescens明显被归于不同分支,显示OPA2-1核苷酸序列对这些种均具有区分能力;链格孢A.alternata的一些不同分离物被聚在不同组中,说明链格孢A.alternata存在明显遗传差异,可能为一个复合体。OPA2-1核苷酸序列富于变化,可作为小孢子链格孢系统发育研究的一种有用的手段。     

链格孢属(丝孢纲)数值分类研究初探

聚类分析树状图上Alternarla与其相似属Ulocladium、Stemphylium的种明确地分为三个表观群。36个OTU's,23个链格孢属的种,进一步形成四个清晰的亚表观群,恰与椐分生孢子喙的特征而划分的组,即无喙组、假喙组、真喙组和锥状真喙组相吻合。本试验系统中,相似属间、种间和种内的相似性值是在具体试验条件下确定的。其意义在于通过对大量有用分类信息的综合比较分析,以相似性值的形式,为不同等级单位分类地位的确定提供相应定量化的标准,从而能够比较全面地评价一个分类单位.根据研究结果,建议将Alternariamali Roberts作为细链格孢的一个分化型,即Alternarin tenuis C.G.Nees f.sp.,mali。     

中国链格孢属的研究Ⅰ

本文报道链格孢属的２个新种：寄生在苦木科（Ｓｉｍａｒｏｕｂａｃｅａｅ）臭椿［Ａｉｌａｎｔｈｕｓ ａｌｔｉｓｓｉｍａ （Ｍｉｌｌ）．Ｓｗｉｎｇｌｅ］上的臭椿链格孢（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ ａｉｌａｎｔｈｉ ｓｐ．ｎｏｖ．）,寄生在桦木科（Ｂｅｔｕｌａｃｅａｅ）黑桦（Ｂｅｔｕｌａ ｄａｈｕｒｉｃａ Ｐａｌｌ．）上的桦木链格孢（Ａ．ｂｅｔｕｌａｅ ｓｐ．ｎｏｖ）,２个新组合：豆链格孢［Ａ．ａｚｕｋｉａｅ（     

链格孢属小孢子种的RAPD分析

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternaria solani,A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0．44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0．25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0．31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassiciola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

中国链格孢属的研究I．

本文报道链格孢属的2个新种：寄生在苦术科(Simaroubaceae)臭椿[Ailanthus altissima(Mill)Swingle]上的臭椿链格孢(Alternaria ailanthi sp nov),寄生在桦术科(Betulaceae)黑桦(Betuladahurica Pall)上的桦术链格孢(A. betulae sp nov.),2个新组合：豆链格孢[A．Azulaae (Hara)comb．Nov],蔷薇生链格孢[A. rosicola(Rao) comb. Nov]和1个新名称红花链格孢(A．Carthami-tinctoriinom nov．)。文中为新种提供了拉丁文简介、描述和图。模式标本保藏在山东农业大学植物病理标本室(HSAUP)．     

链格孢菌酯酶同工酶分析及其分类学意义

分析了20株链格孢菌的酯酶同工酶聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱,并将酶谱进行聚类分析。结果发现:20株链格孢菌在37%的相似系数处明显分为大孢子组和小孢子组;大孢子组在52%的相似系数处分为6组,每组代表1个种,小孢子组在较高的相似性水平上分组与形态分组结果基本一致。本试验结果还表明:酯酶同工酶电泳方法简单易行,能准确反映种间的微小差异,适用于链格孢属真菌的种级分类,可作为传统形态学分类的一个重要辅助手段。     

突脐孢属Brnl基因核苷酸序列比较及系统发育研究

对所有供试突脐孢菌株的Brnl基因(1,3,8-三羟基萘还原酶基因)扩增均获得PCR产物。序列比较表明：在种内各菌株间没有核苷酸序列长度变化,存在核苷酸序列简单代换;在种间核苷酸序列长度有变化,核苷酸的缺失或插入发生在内含子区;所有菌株编码区核苷酸序列长度相同;在种内水平氨基酸序列没有差别,显示出高度的保守性。利用最大简约法(Maximum Parsimony)和邻近结合法(Neighbor-joining)构建系统发育树,两个系统发育树的拓扑结构相似,不同种在不同的分支上。Brnl基因适合突脐孢属种级水平的分子系统学研究。     

中国链格孢属的研究I.(英)

本文报道链格孢属的2个新种：寄生在苦木科（Simaroubaceae）臭椿［Ailanthusaltissima（Mill.）Swingle]上的臭椿链格孢（Alternariaailanthispnov）,寄生在桦木科（Betulaceas）黑桦（BetuladahuricaPall.）上的桦木链格孢（A．betalaesp．nov．）,2个新组合：豆链格孢［A．azukiae(Hara)comb.nov.],蔷薇生链格孢[A.rosicola（Rao）comb.nov.]和1个新名称红花链格孢（A．carthami-tinctoriinom．nov）。文中为新种提供了拉丁文简介、描述和图。模式标本保藏在山东农业大学植物病理标本室（HSAUP）。     

New species of Phaeoramularia, Pseudocercospora and Stenella from Western Ghats of India

Four new species of the hyphomycete genera Phaeoramularia viz. Ph. caesalpinae, Pseudocercospora viz., Ps. tiliacearum, Stenella, viz. S. argyreiae and S. grewiae occurring on Caesalpinia bonducella Fleming (Caesalpiniaceae), Grewia sp. (Tiliaceae), Argyrea sp. Lour (Convolvulaceae) and Grewia sp. L. (Tiliaceae), respectively are described and illustrated here. All these fungi were collected from Western Ghats of India.     

托光柄菇属一中国新记录种

[背景] 托光柄菇属（Volvopluteus）隶属于光柄菇科（Pluteaceae）,目前世界上仅有4个种。[目的] 调查我国东北地区大型真菌资源。[方法] 采集大型真菌标本,对其形态进行详细的观察和描述,提取DNA,测定rDNA ITS序列,基于最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。[结果] 2019–2020年在吉林省延边朝鲜族自治州敦化市采集的标本中,有6份标本为密执安托光柄菇V.michiganensis,该种真菌此前未在我国发现。在系统发育分析中,采自我国的密执安托光柄菇V.michiganensis与该种的模式标本聚为一个分支。[结论] 密执安托光柄菇V.michiganensis为中国新记录种。     

Evolution and phylogenetic relationships within Porinaceae (Ostropomycetidae), focusing on foliicolous species

A phylogeny of the lichen family Porinaceae using mitochondrial SSU rDNA sequences is presented, with special focus on foliicolous taxa. Fifty specimens of 28 mostly tropical species, representing eight species groups of Porina as well as the genus Trichothelium, were analysed together with species of other members of Ostropomycetidae, and using Agyriaceae as outgroup. We performed the phylogenetic analyses with a Bayesian approach and under the criterion of maximum parsimony. Four main clades can be distinguished: the P. nitidula-group s. lat. (including Trichothelium, P. papillifera and P. rubescens), the Porina epiphylla-group s. lat. (including the P. radiata-, the P. nucula-, the P. imitatrix- and the P. epiphylla-group s. str.) and two clades of the P. rufula-group. The genus Porina as understood by all recent concepts is paraphyletic, and Trichothelium is nested within the Porina nitidula-group. The non-setose P. repanda forms a monophyletic clade with Trichothelium. The tree does not support a monophyletic origin of substrate preferences or photobiont selection. Species-specific associations with morphologically different trentepohlioid photobionts mapped on the tree suggest that closely related mycobiont species switch between different types of algae.     

Speciation in Pyricularia inferred from multilocus phylogenetic analysis

Pyricularia isolates from various host plants were subjected to a multilocus phylogenetic analysis based on rDNA-ITS, actin, β-tubulin, and calmodulin loci. A combined gene tree resolved seven groups with 100 % BS support, suggesting that they are monophyletic groups supported concordantly by all four loci. By incorporating biological and morphological species criteria, each of the seven groups was considered to be a current species. However, phylogenetic relationships among these species were unresolved in the single-gene trees and in the combined tree. Furthermore, the transition from concordance to conflict occurred more than once in the combined gene tree. They were interpreted by assuming that Pyricularia has evolved through repeated species radiation. The transition point other than the current species limit was considered to be the limit of the former species.     

生于豆科植物上的链格孢属真菌一新种

报道生于豆科植物沙冬青Ammopiptanthus mongolicus上的链格孢属真菌一新种,沙冬青链格孢Alternaria ammopiptanthi。此种不同于已从豆科植物上报道的5个长喙链格孢种（复喙链格孢A. multirostrata、决明链格孢A. cassiae、猪屎豆生链格孢A. crotalariicola、瓜尔豆链格孢A. cyamopsidis和长喙链格孢A. longirostrata）,主要是其分生孢子的长喙不分枝和孢身细瘦。研究过的模式标本（PSNXAAFS 267852）保存在宁夏农林科学院植物病害标本室。     

荧光假单胞菌CLW17菌株pqqE和GDH基因的功能

[背景]磷是植物生长所必需的大量元素,但绝大多数不能被植物吸收利用。然而溶磷微生物能够分泌有机酸来溶解土壤中难溶性磷,提高土壤中磷的利用率,促进植物生长,提高作物的产量和品质。[目的]探究高效解磷荧光假单胞菌CLW17菌株的pqqE和GDH基因的生理学功能。[方法]利用生物在线软件对2个基因编码蛋白进行生物信息学分析。利用同源重组技术分别获得pqqE和GDH基因缺失突变株(CLW17ΔpqqE,CLW17ΔGDH),并使用接合转移的方式获得回补菌株(ΔpqqE/pqqE,ΔGDH/GDH)。分别采用NBRIP培养基、钼锑抗比色法及高压液相色谱法(HPLC)对野生型、突变株及互补株的溶磷及产有机酸能力进行检测。[结果]pqqE和GDH基因编码氨基酸数目分别为390和803,均无信号肽。pqqE无跨膜结构域,而GDH预测有5个跨膜结构域。pqqE和GDH基因是CLW17菌株的溶磷相关基因,2个基因的缺失均使该菌株的溶磷能力显著下降,而回补株可以恢复溶磷能力。CLW17野生株能分泌多种有机酸,其中葡萄糖酸(gluconic acid,GA)含量最多,其次是乙酸;但敲除株产有机酸的能力明显降低...     

梭梭糖基转移酶基因克隆及序列分析

以梭梭叶片为材料,根据其他植物糖基转移酶基因的保守序列设计引物,采用同源基因克隆及RACE-PCR方法克隆到2个同源的序列,分别命名为 HaUGT1和 HaUGT2。基因测序结果显示, HaUGT1基因编码区长1 485 bp,编码495个氨基酸; HaUGT2基因编码区长1 185 bp,编码394个氨基酸。HaUGT1和HaUGT2蛋白具有保守的PSPG 基序、UDP-葡萄糖基转移酶结构域,与其他植物中的糖基转移酶蛋白同源性较高。