牛POMC基因多态性及其与南阳牛生长性状的相关分析

为研究阿片黑皮质素前体(POMC)在动物采食和能量平衡调控中发挥重要作用, 文章采用PCR-SSCP结合DNA测序方法, 对秦川牛、南阳牛、郏县红牛、晋南牛、鲁西牛、安格斯牛和荷斯坦奶牛共计480头个体POMC基因的多态性进行研究, 并分析了多态位点与南阳牛生长性状的相关性。结果表明, 牛POMC基因3个位点中, 在3′侧翼区P3位点新发现3个连锁存在的SNP(811845 C>T、811821 T>C和811797 A>G, 与NW_928357对照)。POMC基因3′侧翼区多态位点与南阳牛6月龄体重和0~6月龄平均日增重显著相关, BB型个体显著大于AA型(P<0.05)。     

牛β-乳球蛋白基因的克隆及其调控外源基因表达的研究

目的制备乳腺生物反应器所必需的乳腺特异性表达的调控序列,并验证其指导外源基因表达的能力.方法用PCR法从奶牛染色体上分5段扩增出了全长8.2Kb的牛β-乳球蛋白基因,包括1.8Kb的5′侧翼区、1.7Kb的3′侧翼区及4.7Kb的gDNA区.扩增出的各片段克隆到T-载体上,酶切鉴定及序列分析均证实了所扩增片段的正确性.将五个片段与荧光素酶cDNA拼接成荧光素酶瞬时表达载体并在小鼠乳腺中瞬时表达.结果注射荧光素酶瞬时表达载体的小鼠乳汁中明显测出了荧光素酶活性.结论所克隆的牛β-乳球蛋白基因表达调控序列能够指导外源基因在小鼠乳腺中表达.     

秦川牛GHR基因SNPs及其与生长性状关系的研究

利用PCR-SSCP技术研究了136头秦川牛GHR基因第10外显子多态性, 所研究的秦川牛群体GHR基因该座位存在多态性, 发现了A、B、C 3个等位基因, 其基因频率依次为0.5956、0.2905、0.1140, 并且群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。对纯合基因型个体进行测序, 测序结果, 该座位存在两个突变位点。通过构建最小二乘线性模型, 分析了生长激素受体基因与生长性状的关系, 表明生长激素受体基因的AB基因型效应在部分生长性状上高于其他基因型, 差异达到显著水平, 提示GHR基因有可能作为秦川牛生长性状的侯选基因。     

鸡瘦蛋白受体(OBR)基因内含子8单核苷酸多态性与体脂性状的相关研究

以东北农业大学高低脂双向选择系的第 6世代肉鸡为材料 ,鸡 7周龄时测定体重和腹脂重等屠体性状。根据鸡瘦蛋白受体基因内含子 8的序列 (GenBank登陆号 :AF2 2 2 783 )设计引物 ,用直接测序的方法检测多态性位点 ,用PCR SSCP的方法进行基因型分析 ,建立适合的统计模型对多态性位点产生的基因型与生长和体组成性状进行相关分析。结果表明 ,在第 50 0和 659位碱基同时发生了T—C、G—A突变。经最小二乘分析 ,3种基因型在腹脂重和腹脂率上差异显著 (P <0 0 5) ,BB型个体腹脂重和腹脂率显著高于AB型 (P <0 0 5) ,极显著地高于AA型个体 (P <0 0 1) ;3种基因型在肝重上差异显著 (P <0 0 5) ,且AA基因型个体的肝重显著低于AB和BB基因型个体。初步推断OBR基因可能是影响鸡脂肪性状的主效基因或与主效基因连锁 ,推测可以利用这个多态位点对鸡的体脂性状进行标记辅助选择     

桃的花型性状相关SNP位点挖掘与候选基因分析

桃的花型分为铃型和蔷薇型,铃型花朵小且边缘卷曲,蔷薇型花朵大且完全展开,蔷薇型重瓣花是观赏桃育种者追求的主要目标性状之一。目前,与桃铃型/蔷薇型花型性状连锁的分子标记研究较少,限制了桃的花型性状分子标记辅助育种进程。为了鉴定与桃花型关联的单核苷酸多态性（SNP,single-nucleotide polymorphisms）位点并挖掘候选基因,本研究通过对199份桃品种进行重测序,获得了1042687个SNP。采用一般线性模型对桃花型性状进行全基因组关联分析（GWAS,genome wide association study）,获得7个与目标性状显著关联的位点,其中2个位于2号染色体,5个位于8号染色体。进而对8号染色体的3个SNP进行竞争性等位基因特异性PCR(KASP,kompetitive allele-specific PCR)分型,在5个F1群体中进行进一步验证。χ2验证结果表明：Chr.8:14484624 bp与桃花型性状显著关联。5个F1群体基因型和表型的对应关系表明,Chr.8:14484624 bp准确率最高,为93.46%。组织特异表达结果显示,在上述定位区间内...     

奶牛β-Lg基因第1外显子PCR-SSCP多态性与泌乳性能的相关性

采用PCR-SSCP技术并结合测序对233头奶牛β乳球蛋白(β-Lg)基因5’端部分序列和外显子1全部序列进行了多态性研究,分析了该基因与奶牛泌乳性状的相关性。结果表明:β-Lg基因5’端和外显子1共存在2个等位基因3种基因型,BB型为优势基因型,B为优势等位基因。该群体在这一位点上偏离Hardy-Weinberg平衡状态,多态信息含量(PIC)为0.3548。测序结果显示,与普通牛该基因序列(X14710)相比,B等位基因在2073 bp、2202 bp和2206 bp处发生了G→C、C→T和A→G的碱基突变,其中2202 bp处的C→T突变导致第11位氨基酸由苏氨酸变为异亮氨酸,而A等位基因在3个位点上与X14710相同。最小二乘法分析表明,BB型305 d乳蛋白量显著高于AA型和AB型(P<0.05);AB型305 d乳脂量显著高于AA型(P<0.05),BB型与AB型之间差异不显著(P>0.05);等位基因B为高乳蛋白量和乳脂量的优势基因,可作为奶牛选育的分子遗传标记。     

雪里蕻非特异脂质转运蛋白基因的克隆与分析

非特异脂质转运蛋白是植物生命活动中一类重要的活性蛋白,这类蛋白在植物的抗性和防御中行使着重要的功能。近年来研究发现这类蛋白还与植物的有性生殖密切相关。通过已得到的普通白菜的脂质转运蛋白基因BcMF15的核苷酸序列,在其基因全长两侧设计引物,从雪里蕻中克隆得到该类活性蛋白基因,命名为BjLTP (登陆号: EU082009)。该基因全长650bp,不含内含子。不同组织的表达特征分析发现,BjLTP在雪里蕻的花蕾、开放的花中特异表达,推测BjLTP可能与花粉的发育有关。蛋白质特征预测及蛋白序列结构分析发现BjLTP是一个跨膜蛋白,具有显著的疏水区。序列同源比对表明该基因与白花芥蓝、拟南芥等的脂质转运蛋白基因有很高的相似性,证明BjLTP是LTP家族的成员之一。     

建鲤肠型脂肪酸结合蛋白基因的分离及其SNPs与增重的相关分析

文章采用PCR方法从建鲤 (Cyprinus carpio var. jian) 基因组分离到2个肠型脂肪酸结合蛋白基因 (Fatty acid binding protein 2, FABP2), ORF长度均为399 bp, 相似度为92.2%, 分别记为jlFABP2a、jlFABP2b, 和斑马鱼 (Danio rerio) FABP2 ORF的相似度分别为88.0%和90.5%。jlFABP2s基因结构与FABPs家族其他成员一致, 由4个外显子和3个内含子组成, 2a和2b间内含子序列和长度差异明显。系统树显示这2个基因对应斑马鱼的1个FABP2基因, 和鲤鱼染色体数是斑马鱼的2倍一致。实时荧光定量PCR结果显示, jlFABP2a、2b在建鲤肠中的表达量极显著高于脑、肝脏、肌肉、肾脏、心脏、性腺等其他组织 (P<0.01), 且2a表达量显著 (雄鱼, P<0.05) 或极显著 (雌鱼, P<0.01) 高于2b, 但在其他组织则2b表达量稍高, 暗示2a为肠特异性表达, 2b则为广谱表达。通过比对8尾建鲤的2a和2b基因序列, 在2a和2b上分别找到12个和4个SNP, 均位于内含子上。使用PCR-RFLP 法检测jlFABP2a 上4个SNP 位点I1-A15G、I1-A99G、I2-C487T和I3-A27T在建鲤选育群体中的基因型分布, 并进行了基因型与个体增重的关联分析, 结果表明, 4个位点与雌、雄成鱼阶段增重分别有极显著或显著相关。同时考虑4个位点的基因型与增重的关系, 结果基因型AGGGCCXX 和AGGGXXAT的个体平均增重比其他个体快15%, 这两种基因型个体在选育群中占了9%, 具有较大的选育空间, 可用于建鲤分子育种计划中。     

牛ACAD8基因结构及其多态性与生产性状的关联分析

乙酰辅酶A脱氢酶(ACAD)是由核基因编码存在于线粒体中黄色酶的一个家族,它催化脂肪酸的α和β-氧化,该家族第八成员负责催化缬氨酸分解代谢。本研究中获得了牛的ACAD8基因的mRNA和基因组DNA序列并通过基因组DNA与mRNA的比对确定了其基因结构。其mRNA序列包含一个1,251 bp的开放阅读框,一个37 bp 的5′非翻译区和一个 444 bp 的 3′非翻译区;其基因组DNA全长13,814 bp,包含11个外显子和10个内含子。我们从样本中随机选取6个个体进行扩增测序,结果表明牛的ACAD8基因13,408位(GenBank登录号:DQ435445)一个A-G单核苷酸多态。运用PCR-RFLP对不同的基因型进行了区分。对该SNP与来自5个品种共178头无亲缘关系的牛的生产性状进行了关联分析,结果表明:该A-G单核苷酸多态对日增重和嫩度有显著影响(P < 0.05)。具有G等位基因的牛比具有A等位基因的牛生长较快,其肉质也较嫩。因此,牛ACAD8基因在该位点的单核苷酸多态可以作为提高生长速度和牛肉嫩度的标记。     

牛FSHR基因第10外显子单核苷酸多态性及其与双胎性状的关系

以秦川牛和荷斯坦奶牛的双胎母牛和单胎母牛为实验材料 ,以牛的FSHR基因的第 10个外显子作为标记牛双胎性状的候选基因 ,用SNP法进行了多态检测 .结果发现 ,在秦川牛的双胎母牛中突变率 6 0 % (6 10 ) ,而在单胎母牛中突变率为 2 0 % (2 10 ) ;在荷斯坦奶牛中 ,双胎母牛突变率为31 2 5 % (5 16 ) ,单胎母牛突变率为 6 6 7% (1 15 ) ;由此可见双胎牛和单胎牛二者之间FSHR基因的第 10个外显子的突变率差异明显 .这表明 ,选择FSHR基因的第 10个外显子有可能作为双胎性状的候选基因 .序列分析发现 ,在FSHR基因的第 15 0 6位碱基发生了突变 (T→C) ,但氨基酸没有发生变化 .     

Molecular Cloning of Bovine FABGL Gene and Its Effects on Bovine Bioeconomic Traits

The complete CDS sequence of the bovine FABGL gene was determined by homology cloning approach combined with RT-PCR and 3′- and 5′-RACE. The results of sequence analysis and bioinformatics study showed that this cDNA contained 994 nucleotides, with a 780 bp open reading frame (ORF) flanked by a 16 bp 5′-UTR (incompletely) and a 198 bp 3′-UTR. The deduced amino acid sequence (260 AA) shows 88% identity with the corresponding sequence in humans. Two single nucleotide substitutions, one located in intron 5 (I5) at position 1 065 bp (Y = C/T) (GenBank: DQ409814) and the other in intron 8 (I8) at position 1 792 bp (R = A/G), were detected using the PCR-SSCP method. Analysis of the allele frequencies of the two polymorphic sites in three different cattle breeds (Angus, Hereford, and Simmental) with different genotypes showed large differences: in locus I8, cattle with the GG genotype showed higher beef performance index (BPI) (4.283 ± 0.475 kg/cm) in comparison with cattle with the AA genotype (4.008 ± 0.465 kg/cm) (P = 0.01). Regarding the ribeye area, cattle with the GG genotype showed significantly higher ribeye area (73.380 ± 13.005 cm²) compared with cattle with the AA genotype (67.744 ± 12.777 cm²) (p = 0.05). In locus I5, some associations for the average daily gain (ADG) were found at the significance level of 0.01 between three different genotypes (CC, CT, TT): cattle with the TT genotype showed the highest ADG (0.652 ± 0.330 kg/d), whereas cattle with the CC genotype showed the lowest ADG value (0.421 ± 0.178 kg/d).     

鸡PPAR基因单核苷酸多态与脂肪性状相关的研究

以AA肉鸡和 3个中国地方鸡品种 (石岐杂、北京油鸡、白耳鸡 )为实验材料 ,用 7对引物对PPAR α基因整个编码区用PCR SSCP方法进行了扫描 ,结果发现引物 4扩增片段上有一个C T的单碱基突变 ,使鸡群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB)。统计结果发现 3种基因型在各品种中的分布不一致 ,AA肉鸡同中国地方鸡品种差异很大 ,χ2 独立性检验差异极显著 (P <0 0 1)。将AA肉鸡 3种基因型同腹脂等屠体性状进行方差分析 ,结果表明BB基因型与其他 2种基因型相比有较高的腹脂重和腹脂率 ,同AA型比较差异显著 (P <0 0 5 )。因此推测PPAR α基因可能是影响鸡脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁 ,并且能够用于对鸡脂肪性状进行分子标记辅助选择。     

鸡脂肪酸结合蛋白基因的克隆和测序分析

根据哺乳动物脂肪酸结合蛋白基因序列设计一对引物对鸡基因组进行PCR扩增,将163bp扩增片段进行克隆和测序,并与猪的脂肪酸结合蛋白（fatty acid binding protein,FABP）基因序列进行同源性比较。该基因因片段与猪的心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid binding protein,H-FABP）基因有68%的同源性,与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白（adipocyte fatty acid binding protein,A-FABP）基因有75%的同源性,演绎成氨基酸之后与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白相应的氨基酸有75%的同源性。Northern结果表明该基因只在脂肪组织中表达。     

鸡A-FABP基因多态性分析及其与脂肪性状的

以北京油鸡为试验材料,对A-FABP基因进行单核苷酸多态性(SNPs)检测和基因型与性状的关联分析。方差分析结果表明,不同基因型间腹脂率、皮脂厚、肌内脂肪含量差异极显著(P<0.01),体重在不同基因型间差异不显著(P >0.05)。由此推测,A-FABP可能为影响鸡脂肪代谢的主效基因或与主效基因相连锁。     

解偶联蛋白基因(UCP)作为影响鸡脂肪性状候选基因的研究

解偶联蛋白基因是新近发现的能够增加能量的消耗,与脂肪代谢和能量调控有密切关系的一个基因,可以将其作为研究肉鸡体脂代谢的候选基因。以肉鸡和3个地方品种（北京油鸡,石岐杂,白耳鸡）以及海兰褐蛋鸡为实验材料,用2对引物对解偶联蛋白基因（UCP）的3‘非翻译区进行SNPs检测,探讨UCP基因作为影响鸡脂肪性状候原可能性。利用单链构像多态（SSCP）的方法进行SNPs的检测和基因型的判别。x^2检测表明,2对引物的突变产生的基因型和基因频率在各品种间差异极显著（P＜0．01）,但在肉鸡与北京油鸡之间,白耳鸡与海兰褐蛋鸡之间的差异不显著,初步推断是因为北京油鸡属于肉用性状较突出的地方品种,推断它与现代肉鸡的遗传基础类似,而白耳鸡是偏向于蛋用的地方品种,和蛋鸡的遗传基础类似。引的2的1197处突变产生的3种基因型与肉鸡屠体性状的最小二乘分析结果显示：BB基因型个体的腹脂重和腹脂率显著低于AB,AA基因型的个体。初步推断UCP基因为影响鸡脂肪性状的主效基因或与主效基因连锁。     

Genetic Variant of MYLK4 Gene and its Association with Growth Traits in Chinese Cattle

As a member of MYLK family, MYLK4 gene may play a vital role in muscle development. In this study, one novel single-nucleotide polymorphism (SNP) was identified the bovine MYLK4 by sequencing pooled DNA samples (pool-Seq) and forced polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (forced PCR-RFLP) methods. Overall, we reported one mutation (SNP1) in the intron 10 region within the bovine MYLK4 gene in 559 individuals representing five main cattle breeds from China (Nanyang, NY; Qinchuan; Jiaxian, JX; Pinan cattle; and Caidamu cattle, CDM). Genotype AA and allele A were predominant in the QC, PN, and XN populations. Association analysis with growth traits in the QC breed showed that the animals with genotype GG had significantly greater chest breadth and hip width (P?<?0.05). Meanwhile, the genotype GG was strongly associated with withers height and body length than those with genotype AA (P?<?0.01 or P?<?0.05) at 12 months in the NY breed. These statistical results exhibited that the MYLK4 gene might be a potential candidate gene to improve cattle’s growth traits, and the SNP could be used as molecular markers in early marker-assisted selection (MAS) in beef cattle breeding program.     

Identification of a Novel Polymorphism in Bovine lncRNA ADNCR Gene and Its Association with Growth Traits

Adipocyte differentiation-associated long noncoding RNA (ADNCR) is a newly discovered lncRNA. It plays function by targeting miR-204 to significantly regulates the expression of the target SIRT1 gene in preadipocytes both at the level of mRNA and protein, thereby inhibiting adipogenesis. The tetra-primer amplification refractory mutation system PCR (T-ARMS-PCR) strategy is fast and accuracy at a negligible cost for SNP genotyping in large samples. In the study, a novel SNP g.1263T>A in intron 1 of bovine ADNCR gene was found. Herein, the T-ARMS-PCR assay was applied to detect the genotypes of the novel SNP of bovine ADNCR gene in 1017 individuals from seven cattle breeds and validated the accuracy by DNA sequencing assay of ninety animals representing three different genotypes. The concordance between two different methods was 100%. The association analysis indicated that this locus was significantly associated with the body weight (P?=?0.010), chest girth (P?=?0.014) and rump length (P?=?0.038) in Jinnan cattle, hucklebone width (P?=?0.032) in Qinchuan cattle, the cannon circumference (P?=?0.019) in Jinjiang cattle, respectively. These novel findings may be used for marker-assisted selection (MAS) and contribute to the performance of beef cattle in the future.     

生长激素基因多态性与山羊体重性状的关系

以鲁北白山羊、波尔山羊以及波尔山羊与鲁北白山羊的杂交一代、回交一代共计224只山羊为材料,根据山羊生长激素基因5′调控区的序列(GenBank登录号:D00476)设计两对引物,用PCRSSCP法进行多态性分析。多态性片段的纯合基因型经克隆测序,发现共有5处突变。对突变位点产生的不同基因型与体重、体尺性状进行分析表明:第一对引物扩增片段波尔山羊AA型个体的初生重、周岁重显著高于BB型和AB型(P<0.05);杂交一代中断奶重、周岁重也以AA型偏高,但不同基因型间的差异均不显著(P>0.05);而鲁北白山羊BB基因型的体重相对于另外两种基因型的偏低,且断奶重的差异达到显著水平(P<0.05)。第二对引物扩增片段不同基因型对体重、体尺没有显著影响。由此初步推断生长激素基因可能是影响山羊体重性状的主基因或与主基因相连锁,可以用该位点对山羊体重性状进行标记辅助选择。