菲律宾蛤仔基因组DNA的提取及其RAPD分析

对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)的三种组织,即性腺、斧足和内脏团的基因组DNA提取方法进行了研究,并对所提取的DNA作RAPD分析。结果表明性腺的DNA的得率明显比斧足和内脏团高。并且探讨了用于对基因组DNA进行RAPD研究的4种引物及最佳PCR条件,得到了较好的RAPD结果。     

用RAPD分析四种无尾类的系统演化关系

利用RAPD技术检测了分属无尾目3个科（雨蛙科、蟾蜍科、蛙科）的黑眶蟾蜍（Bufomelanostictus)、中国雨蛙（Hyla chinensis）、泽陆蛙（Rana limnocharis）、沼水蛙（R.guentheri)的系统发生关系。经19个随机引物对4个物种基因组DNA进行扩增,选择其中扩增谱带清晰的16个引物进行分析,计算不同科间及同一科内不同种间的遗传距离,结果表明：16个引物获得的RAPD谱带均表现出不同程度的多态性;泽陆蛙与沼水蛙间的亲缘关系最近,而黑眶蟾蜍与中国雨蛙之间的亲缘关系较黑眶蟾蜍与蛙科的泽陆蛙、沼水蛙之间以及中国雨蛙与泽陆蛙、沼水蛙之间的亲缘关系近,从基因组DNA水平上也说明雨蛙科与蟾蜍科间的亲缘关系更近,与蛙科的亲缘关系更远,这与形态学、染色体和线粒体DNA多态性研究的分析结果一致,从而进一步从分子水平上为无属目这3科的系统演化提供了新的证据。     

红树DNA的十六烷基三甲基溴化铵法提取及其随机扩增多态DNA反应

采用ＣＴＡＢ法提取了耐盐植物红树ＤＮＡ,所得ＤＮＡ样品的紫外吸收Ａ２５８／Ａ２８０比值为１．８９,纯度能符合限制性内切酶酶切、ＰＣＲ反应以及ＤＮＡ重组克隆等分子生物学操作的要求．方法简便,容易掌握,较普通的酚－氯仿法有明显的优点．还探讨了以ＣＴＡＢ法制备的红树ＤＮＡ为模板进行ＲＡＰＤ反应参数的优化组合     

西伯利亚蝗基因组DNA提取及RAPD分析条件的优化

以西伯利亚蝗Gomphocerus sibiricus(L.)为研究材料,利用改良的SDS法提取高质量的DNA,分别测试了dNTP浓度、镁离子浓度、TaqDNA聚合酶用量、模板DNA的量等因素对反应结果的影响。通过各因子的组合比较,建立了西伯利亚蝗RAPD优化体系:25μLPCR反应体系,10×buffer2·5μL;dNTP0·24mmol/L;MgCl22·0mmol/L;Taq DNA聚合酶1U;DNA模板45ng;引物30ng。扩增程序为:94℃预变性1min45s、94℃变性30s、35℃退火1min30s、72℃延伸2min,45个循环、72℃延伸10min。结果表明,利用优化的反应条件进行西伯利亚蝗基因组DNA分析,实验有着良好的重复性和稳定性。     

银杉遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态 DNA(RAPD)标记方法对银杉(Chthaya argyrophylla)75个个体(采自湖南和四川)进行了遗传多样性检测. 21个 10 mer -的寡核苷酸引物共检测106个位点,其中多态位点34个,占32％.相对于其它裸子植物,银杉的遗传变异水平偏低.湖南居群和四川居群的多态位点百分率分别为 18％和 25％,两居群间的遗传变异量占总变异量的 7. 99％,这一数值高于裸子植物居群间遗传差异的平均值(6.8％).同时,发现遗传变异水平的高低与生境的复杂程度有一定的相关性.由于点突变和随机遗传漂变,银杉的部分亚居群间有较强烈的分化,亚居群间的遗传差异最高可达 16. 23％.此外,提出了度量遗传多样性水平的分化指数概念及其计算方法,并指出低水平的遗传多样性可能是银杉濒危的原因之一.     

重金属污染下曼陀罗种群分化的RAPD分析

将不同空间地段上获得的同一种质但污染年代各不相同的4个曼陀罗材料种子易地种植在同一模拟重金属污染生境中,对这4个曼陀罗种群进行RAPD分析,结果表明,在105个检测位点中发现有78个位点呈多态性。在这些多态位点中未发现与重金属抗性有关的特异性多态DNA片段。S hannon-Weiner指数计算结果表明,在短期污染时间内曼陀罗种群遗传多样性水平降低。随着污染时间的推移,曼陀罗种群逐渐在污染迹地上稳定下来,曼陀罗种群遗传多样性水平有所回升和提高,4个曼陀罗种群遗传多样性由高到低排列顺序为L＞CK＞M＞S。遗传多样性指数表明曼陀罗种群间变异程度远小于种群内的遗传变异。4个种群两两间遗传距离较小,遗传距离最大的种群为L和S,最小的为L和CK种群。因此,在重金属胁迫环境选择下,曼陀罗种群发生了一定程度的分化与微进化,轻高水平的遗传多样性可能是植物适应重金属污染胁迫环境的基础。     

红松RAPD实验中各组成成份含量对实验结果的影响

本文采用Ｐｒｏｍｅｇａ的ＰＣＲ反应系统,以从红松幼叶中提取的总ＤＮＡ为模板,进行随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）实验。     

随机扩增多态DNA技术在食用菌研究中的应用

ＲＡＰＤ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ）,即随机扩增多态ＤＮＡ,是１９９０年由威兰斯（Ｗｉｌａｍｓ）和韦尔什（Ｗｅｌｓｈ）两个研究小组几乎同时建立和发展起来的一种新型遗传标记技术。由于其具有独特的检测ＤＮＡ多态性的方式及...     

山医群体中国地鼠近交E家系RAPD分析

目的　分析山医群体中国地鼠E家系的遗传纯度。方法　应用经过筛选的 3 1条随机引物对中国地鼠E家系 12只个体基因组DNA进行RAPD扩增 ,计算近交个体间的相似系数。结果　所有样品的相似系数0 943 1到 0 9978之间变动 ,平均相似系数为 0 9749,聚类分析得到了这些个体的同源树资料。结论　山医群体E家系有较高的遗传纯度     

不同地理区域蛤蚧的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术,对6个不同地域（河池、南宁、桂林、百色、越南、泰国）的蛤蚧（Gekko gecko）进行了遗传多样性和系统发育分析。21个RAPD引物共扩增了218个位点,片段大小在200～2000bD,其中184个是多态位点,占84．4％。地域之间的遗传距离指数在0．0112～0．9631,遗传相似性系数在0．3817～0．9888之间,根据遗传距离指数和遗传相似性系数,用NTSYSpc 2．10软件包中的UPGMA法构建了系统聚类图,结果均显示南宁地区、桂林地区、百色地区和河池地区先聚在一起,再和越南聚在一起,最后和泰国群体聚类。这与形态地理分布特征相一致。     

利用RAPD技术分析实验用比格犬的遗传背景

目的　运用RAPD技术对实验用比格犬 (Beagle)进行遗传背景分析。方法　筛选的 16个RAPD引物对 4 0个样品的分析 ,共得到 93个扩增条带。结果　所有样品的相似系数 80 4 %到 10 0 %间变动 ,平均相似系数为93 2 8% ,聚类分析得到了这些个体的同源树资料。结论　本遗传背景资料可以为以后的比格犬繁育生产和生物医药学的研究应用提供技术指导     

Frankia菌的遗传多样性的RAPD研究

选用20个随机引物,对分自2个分类接种群的8株Frandia纯培养的总DNA进行随机扩增,其中引物OPW15和OPW16能扩增得到较为稳定的RAPD图谱．扩增产物分子量大都分布在0．5～4Kb之间．从稳定的RAPD扩增图谱看,Frankia菌间存在有丰富的遗传多样性;在选定适当引物情况下,能依据共同带将Frankia菌化归为同一分类接种群．     

RAPD分析氮离子注入甜菊种子后的幼苗基因组DNA变异

应用ＲＡＰＤ 技术检测经低能氮离子注入甜菊纯系种子引起的幼苗基因组ＤＮＡ 变异。筛选出ＯＰＪ系列中的１５ 种引物对实验及对照基因组ＤＮＡ 进行了ＰＣＲ 扩增,共获扩增片段１０３ 条,分子量在０．３ － ３ｋｂ 之间,其中５ 种引物ＯＰＪ－ １ ,７ ,９,１１ ,１２ 扩增出差异片段１２ 条。结果表明,低能氮离子注入甜菊种子可引起体内基因组ＤＮＡ 发生突变;ＲＡＰＤ 技术是检测基因组ＤＮＡ 发生诱变的一种简便、有效方法。本文同时探讨了离子强度和Ｔａｇ ＤＮＡ 聚合酶用量对甜菊ＲＡＰＤ 分析结果的影响,以及氮离子注入诱变效应的可能机制。     

Use of random amplified polymorphic DNA (RAPD) for generating specific DNA probes for microorganisms

We report the rapid generation of DNA probes for several Azospirillum strains. This method does not require any knowledge of the genetics and/or the molecular biology of the organism (genome) to be investigated. The procedure is based on the generation of random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprints using primers with an embedded restriction site. The amplification product(s) peculiar to one strain or common to two or more strains can be purified, cloned, sequenced and used as molecular probes in hybridization experiments for the detection and identification of microorganisms. We have tested this methodology in the nitrogen-fixing bacterium Azospirillum by amplyfing the total DNA extracted from several Azospirillum strains. We have used amplification bands with different specificity as molecular probes in hybridization experiments performed on amplified DNA. Results obtained have demonstrated the usefulness of this methodology for Azospirillum. Its use in microbial ecology studies as a general strategy to generate specific DNA probes is also discussed.     

Quantitative Properties of Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)

Random Amplified Polymorphic DNA analysis (RAPD) is a methodology that has been used as a tool for monitoring microbial communities. To be useful in this application RAPD, and any other methodology, must show properties that allows for the detection of quantitative changes in composition of the microbiota. Therefore, the objective of this study was to establish whether RAPD possesses such properties. The strategy was to use genomic DNA, extracted from a set of tertiary bacterial mixtures defined according to an experimental mixture design, and containing varying proportions of Escherichia coli, Bacillus subtilis, and Pseudomonas CF600. RAPD-PCR was performed on the mixed DNA extracts and the amplified DNA fragments were separated on sequencing gels to produce genomic fingerprints that were digitized and modeled by Partial Least Squares regression (PLS). Significant predictions were obtained using an external test set for validation, with Root Mean Square Error of Predictions (RMSEP) of 0.21, 0.19 and 0.20 for the proportion of E. coli, B. subtilis and Pseudomonas CF600 respectively. Taken together, the results showed that RAPD patterns quantitatively represented the initial mixture proportions. Therefore, the view that RAPD could be useful for whole microbial community monitoring was strengthened.     

苦丁茶冬青的RAPD影响因素及实验条件的优化

以苦丁茶冬青为材料研究随机扩增多态DNA(RAPD)的影响因素及各种实验条件优化。研究结果表明：模板DNA的浓度适宜范围为20ng／反应-80ng／反应RAPD均可得到一致的结果;dNTVs的适宜浓度范围为200μmol／L-400μmol／L;Mg^2 适宜浓度范围为1．5mmol／L-2．0mmol／L;其合适的复性温度为35—37℃;2min的延伸时间,45次热循环。按照此优化的RAPD条件进行重复实验,实验结果重现性良好,因而确定了苦丁茶冬青RAPD反应体系之最佳的实验条件。     

广东野百合DNA提取和RAPD条件的优化

以野百合(Lilium brownii)新鲜叶片、硅胶干燥叶片及鳞片为材料,研究了DNA的提取方法,并对影响随机扩增多态DNA(RAPD)反应的各因素进行了优化。建立了野百合RAPD的优化反应体系及程序,即在20μl反应体系中,含20 ng模板DNA,2.0 mmol/L Mg2 、0.2 mmol/L dNTPs、1.5 U Taq DNA聚合酶、0.3μmol/L随机引物S1519;扩增程序为:94℃预变性5 min,然后94℃30 s,38℃50 s,72℃1 min,35个循环,最后72℃延伸10 min,4℃保存。     

我国部分金莲花种质资源遗传多样性的RAPD研究

用RAPD标记对来自不同产地的24份金莲花种质从分子水平开展遗传多样性研究,为综合评价我国金莲花资源现状及植物资源的合理保护提供参考。结果显示,30条RAPD引物共扩增获得194条清晰可辨条带,其中多态性条带108条,多态性位点百分率为55.67%,金莲花总多样性指数为0.1460,居群内遗传多样性为0.0591,Shannon’s多样性指数为0.2248;通过UPGMA进行聚类分析,将24份金莲花种质划分为3个大类,根据总遗传多样性和居群内遗传多样性计算不同居群间遗传分化系数为0.6902,基因流估计平均值为0.2244。研究结果表明,目前我国金莲花种质资源的遗传多样性指数偏低,应该尽快采取相应措施,对不同金莲花资源进行合理保护。     

RAPD影响因素的研究及实验条件的优化进

针对叶种红松和阔叶树种蒙古栎为材料,研究了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）的影响因素,优化了各种实验条件。ＲＡＰＤ对模板浓度的适应范围比较广,从１０－８０ｎｇ／反应均可得到一致的效果。