利用改进的3DMax算法重构染色体3D结构

近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高,促使染色体和基因组三维结构建模的研究取得了很大进展,已经提出了几种从染色体构象捕捉数据中构建单个染色体或整个基因组结构的方法。文中通过对在 Hi-C 数据基础上对染色体三维结构重建的相关文献进行分析,总结了重建染色体三维空间结构的经典算法3DMax的原理,并且提出了一种新的随机梯度上升算法:XNadam,是Nadam优化方法的一个变体,将其应用于3DMax算法中,以便提高3DMax算法的性能,从而用于预测染色体三维结构。     

基于Hi-C数据的染色体三维分析计算方法

真核生物的染色质在细胞核中高度折叠且有序排列,这种三维结构对基因转录和DNA复制等细胞功能发挥至关重要。近年来Hi-C数据的涌现,使得研究染色质三维交互作用及其空间结构成为了可能。自2009年Hi-C被开发以来,已经出现了许多用于处理Hi-C数据的生物信息学工具,从原始序列比对到接触矩阵的可视化,均提供了系统的Hi-C数据处理过程或解决某一个特定问题的方法。本研究全面介绍了传统的Hi-C数据处理工作流程,以及近十年来新兴的Hi-C数据处理工具以及其未来发展方向。     

十种虫生真菌液体培养芽生孢子的形态发生

芽生孢子是许多真菌通过出芽方式产生的无性孢子,在液体发酵中主要以这种形式大量繁殖。真菌杀虫剂活性成分分生孢子的大量生产使用液体发酵得到的芽生孢子作为接种物,另外,它也是当今虫生真菌遗传转化的重要受体,因而研究虫生真菌芽生孢子的形态和发生特点具有重要意义。本研究分别对液体发酵中的球孢白僵菌、粉棒束孢、蝉棒束孢、环链棒束孢、玫烟色棒束孢、细脚棒束孢、斜链棒束孢、金龟子绿僵菌、蝗绿僵菌和蜡蚧霉等10种常见虫生真菌芽生孢子的形成过程进行显微观察,了解其分生孢子产生过程的异同。结果表明,芽生孢子的产生方式有两种类型：1）蝉棒束孢在其整个生活史中以菌丝生长为主,芽生孢子产生的数量很少。2）其他各种真菌芽生孢子产生方式相似,在菌丝体形成后就开始大量以菌丝出芽或缢缩产生芽生孢子,接着还可通过芽生孢子的出芽或缢缩断裂产生新的芽生孢子。芽生孢子的产生分为3个时期：初期先由菌丝形成芽生孢子;指数期芽生孢子大量增殖,菌丝和芽生孢子都可产生芽生孢子;后期以芽生孢子产新芽生孢子为主要方式。     

五十种植物的染色体计数

<正>本文对种子植物32科44属的50种(包括变种)作了染色体计数观察,其中16种9变种是染色体计数的新记录。     

着色芽生菌病致病机制的研究进展

着色芽生菌病是一种慢性皮肤和皮下组织肉芽肿性真菌病。该病发展缓慢,治疗困难,多数为皮肤受累。偶可伴有淋巴系统、脑组织等其他脏器受损及表皮肿瘤的发生。该文拟从微生物学、免疫学、分子生物学等方面对该病的致病机制进行综述。     

葱小孢子的染色体和核型研究

本文用胰酶－尿素双重处理法和ＳＳＧ法,分别进行了葱小孢子染色体螺旋的染色体Ｃ－带的显带研究。首次成功地获得了葱小孢子染色体螺旋和染色体Ｃ－带,螺旋图象清晰;染色本Ｃ－带与体细胞的基本一致,所有染色体上均显示出明显的末端带,但未出现次缢痕带,另外,研究了葱小孢子的核型,其结果与体细胞的核型基本一致,但有差异。作者认为小孢子的核型比体细胞的核型准确,更能反映出葱的核型特征。     

细菌人工染色体的研究和应用

细菌人工染色体 (Bacterialartificialchromosome ,BAC)是第二代大片段DNA的克隆载体系统。因其嵌合率低 ,遗传稳定性好 ,重组DNA容易分离和制备 ,转化效率高等 ,弥补了YAC的不足 ,很快在基因组研究中处于中心地位。近年来 ,已有多种BAC载体被构建出来 ,这些BAC载体在复杂基因组大片段文库的构建 ,基因的图位克隆 ,基因组物理图谱的构建 ,基因和基因组测序 ,基因组织结构分析 ,染色体组织和进化 ,以及基因的遗传转化和调控研究中得到了广泛的应用。     

葱小孢子的染色体和核型研究

 本文用胰酶-尿素双重处理法和SSG法,分别进行了葱小孢子染色体螺旋的诱导和染色体C-带的显带研究,首次成功地获得了葱小孢子染色体螺旋和染色体C-带,螺旋图象清晰;染色体C-带与体细胞的基本一致,所有染色体上均显示出明显的末端带,但未出现次缢痕带。另外,研究了葱小孢子的核型,其结果与体细胞的核型基本一致,但有差异。作者认为小孢子的核型比体细胞的核型准确,更能反映出葱的核型特征。     

冬虫夏草原生质体形成和再生的初步研究

研究冬虫夏草菌丝体的菌龄、酶种类、酶解温度、酶解时间、pH、稳渗剂和几种再生培养基对原生质体形成和再生的影响。最佳条件为 :生长 6d的菌丝体 ,组合酶 (1%蜗牛酶 +1%纤维素酶 ) ,酶解温度 36℃ ,酶解时间 2 .5h,pH6 .4 ,稳渗剂 0 .4M甘露醇溶液 ,RM3再生培养基。在此条件下原生质体的形成为 2 .0 4× 10 9个 ml,再生率为 0 .0 91%。     

甘蔗组织培养中染色体数目变异的初步研究

本文通过甘蔗桂糖11号组培腋芽苗与其原种的染色体数目的比较,研究了腋芽苗染色体数目的变化情况。发现腋芽苗82％的细胞的染色体数目仍在其原种染色体数目变异的高峰之内。     

用组培芽鉴定组培材料染色体数目的方法

通过与根尖比较研究组培芽制片方法的结果表明:用组培芽制片在预处理方法上,以低温(0℃)结合0.002 mol*L-1 8-羟基喹啉处理4～4.5 h的效果较好;解离时,以2.5%混合酶液(纤维素酶与果胶酶各占2.5%)于25℃下解离4～4.5 h效果较好.利用所确立的组培芽制片程序,鉴定出新创制的Cucumis属种间杂种双单倍体和马铃薯无性变异系的染色体分别为2n=19和2n=96.证明以组培芽为材料进行染色体制片是一种快捷而有效的鉴定组培材料染色体数目的方法.     

碳源对玫烟色虫草菌丝生长、芽生孢子产生及其耐热性的影响

提高虫生真菌孢子应对热胁迫的能力是生防菌应用研究的关键,为研究菌丝培养阶段碳源对玫烟色虫草Cordyceps fumosorosea IF-1106耐热性的影响,选择了麦芽糖、可溶性淀粉、蔗糖、葡萄糖、果糖、海藻糖为碳源的培养基对玫烟色虫草IF-1106进行液体培养,评估了不同碳源条件下菌丝的生长、产孢及所产芽生孢子的耐热性。结果表明,在菌株培养阶段,培养基中碳源的种类及浓度对菌丝产量、产孢量及所产芽生孢子的耐热性有显著影响,其中蔗糖为碳源时,所产芽生孢子的耐热性强,45 ℃热胁迫条件下LT₅₀为1.65 h;蔗糖浓度为40 g/L时,可产生大量耐热芽生孢子,液体培养3 d后产孢量可达3.43×10⁷个孢子/mL。为探索不同培养条件下所产芽生孢子耐热性不同的原因,提取了孢子内的海藻糖并采用离子色谱法对其进行了定量分析,发现耐热性高的芽生孢子胞内海藻糖含量普遍较低,可见海藻糖是与芽生孢子耐热性密切相关的内源物质。综上所述,选择适宜的培养基是调控孢子耐热性的有效途径,本研究为生产高耐热的玫烟色虫草生防制剂提供了有益的指导。     

冬虫夏草菌生长条件的初步研究

冬虫夏草[Cordyceps Sinensis (Berk.)Sacc.],通称虫草,是我国名贵的真菌药物和高级滋补品。主要产于青海、西藏、四川等地区的高原或高山地带。繁殖生长在海拔3000m以上至雪线附近的高山灌丛和高山草甸带。甘肃陇南山区的高山亦有虫草出产,其质量较好,药用年代久远。近些年来国内外对虫草的研究较多。目前随着对冬虫夏草需求量     

兰州百合B染色体的初步研究

对兰州百合具B染色体的细胞在有丝分裂和减数分裂过程中的行为进行了观察。结果表明,B染色体数在0～3之间变化,在有丝分裂和减数分裂中均高度异染色质化,分离具有不定向性,出现少量累积。通过比较两种生境中B染色体出现的频率,认为B染色体的有或无可能与兰州百合的适应性有关。     

香蕉苗试管繁殖染色体数量畸变的研究

对在常规培养以及高６－ＢＡ、高腺嘌呤、高继代数、长继代时间等培养条件下,分化芽的染色体数目变化的规律以及一些苗期变异性状与染色体数量变异的关系进行了研究。主要结果有：（１）以上因素均能不同程度地促使染色体数量畸变率增高。其中,高腺嘌呤和高继代数加长继代时间２种处理效果最明显;（２）细胞畸变以非整倍体为主,可以在培养中逐代积累、增加。植株畸变以混倍体为主,非整倍体次之。植株畸变率明显低于细胞畸变率;（３）观察到一些苗的畸变的类型以及其对应的细胞学变化。结果显示,高继代代数的苗畸变率显著增高;在继代培养中,采取用核酸盐或高激动素以及片面地选用分化率高的芽丛作进一步扩大培养,以提高分化率的做法是危险的;根据苗期的形态特征,可将部分变异苗清除     

白僵菌微囊化的初步研究

通过对白僵菌的微囊化试验,探索延长白僵菌液生孢子的保存时间,以利于白僵菌的工业化生产。结果表明,白僵菌液生孢子可贮藏10个月,发芽率仍达62.89—80.28%,活孢下降率为11.95—25.92%。贮藏12个月后,对马尾松毛虫进行毒力测定,其校正死亡率仍可达66.11—76.83%。白僵菌微囊化是贮存液生孢子的一种行之有效的方法。     

用复方薄荷油预处理制作植物染色体标本的初步研究

报道了用复方薄荷油预处理制作植物染体标本的方法,共试验了３１种植物,效果良好,方法简便,有一定应用价值。     

蕨类植物染色体数目研究的好材料

染色体数目分析是现代系统与进化植物学研究十分重要和不可缺少的环节.在蕨类植物中,使用根尖或孢子母细胞作为实验材料的经典方法在取样时往往存在困难.该文以3种桫椤科桫椤属植物为例,探寻适合蕨类植物染色体数目研究的材料.由于取样时没有时间、季节和数量上的限制,我们推荐配子体作为蕨类植物染色体数目研究的实验材料.