基于DTW距离的DNA序列相似性分析

在DNA序列相似性的研究中,通常采用的动态规划算法对空位罚分函数缺乏理论依据而带有主观性,从而取得不同的结果,本文提出了一种基于DTW（Dynamic Time Warping,动态时间弯曲）距离的DNA序列相似性度量方法可以解决这一问题．通过DNA序列的图形表示把DNA序列转化为时间序列,然后计算DTW距离来度量序列相似度以表征DNA序列属性,得到能够比较DNA序列相似性度量方法,并用这个方法比较分析了七种东亚钳蝎神经毒素（Buthusmartensi Karsch neurotoxin）基因序列的相似性,验证了该度量方法的有效性和准确性．     

对虾白斑杆状病毒DNA聚合酶调控序列的克隆

为了揭示对虾白斑杆状病毒的致病机理,将该病毒基因组中推测的DNA聚合酶上游调控序列克隆进荧光素酶报告基因载体中,以便寻找一个能表达该病毒基因的细胞系统.     

DNA序列编码的研究进展

DNA计算的可靠性和精确度与编码设计的优劣密切相关。随着DNA计算的发展以及DNA计算研究的进一步深入,对编码的要求也越来越高。围绕如何保证理想的生化反应和解的成功提取问题,人们提出了各种各样的约束条件和评价模型,本文简述了DNA编码的原理,综述了当前DNA序列编码的方法,最后分析了DNA编码设计中存在的问题,并对编码设计的未来发展进行了展望。     

DNA序列的多重分形Hurst分析

为了深入研究基因组序列的多重分形性质,首先选取12条较长的DNA序列,并根据此12条DNA序列的编码／非编码片段将DNA序列转换成相应的12条时间序列,其次对这12个时间序列进行多重分形Hurst分析,计算它们的Hurst指数,并且利用Hurst指数分析序列的自相似性,进一步将得到的Hurst指数与DNA一维游走模型相比较,发现12条序列均具有长程相关性,这说明DNA序列中确实存在着长程相关现象。     

欧美DNA序列资料库近况

随着分子生物学的飞速发展,电子计算机已经成为其不可缺少的工具。建立电脑贮存的DNA序列资料库,是其中一项重要应用。目前建立的此种资料库主要的有两个,一在美国,一在欧洲。生物学中许多重要现象,如基因的不连续性,重叠基因的发现等等,都是通过DNA的序列测定而得到揭示。快速DNA序列测定法和克隆技术的出现,使得阐明DNA结构的工作成为一些实验室的常规操作,同时可以测定越来越大的基因组。近年来DNA序列资料似洪水般大量涌来,迫使生物学家寻求一种新的手段,去贮存和处理这些信息,同时因为测定的序列     

利用小波变换的一种快速预测基因方法

三周期性是大多数基因组序列的编码区所具有的主要特征.本文提出只计算1/3频率点的傅里叶频谱的快速计算方法,并用它分析DNA序列的三周期性,再利用小波变换在一定尺度下滤波来实现对DNA序列编码区的预测.理论分析和大量计算机实验证实了方法的有效性,预测效果良好.该方法运算快速,不需要任何训练组,也不依赖于现有数据库的信息.     

染色体外环形DNA研究进展及其在畜禽育种中的应用

染色体外环形DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)指来源于基因组DNA并游离于染色体之外的双链环状DNA分子,它在真核生物中普遍存在.eccDNA在数目、序列长度和基因组来源上存在很大差异,其功能也不尽相同,包括端粒可变延长、rDNA拷贝数维持、衰老、耐药性和肿瘤发生等,ec...     

鲫鱼Hind Ⅲ高重复DNA序列的分子克隆

基因组DNA高重复序列的研究有助于解释许多重要的生命现象 ,如基因调节、基因转座、基因进化等 ,还可以用于进行种群的遗传分析。鱼类的DNA高重复序列研究资料较少 ,曾在鲤科鱼类发现HindⅢ高重复序列家族。本研究用HindⅢ内切酶消化 ,从鲫鱼 (Carassiusauratusauratus)基因组DNA也克隆出一种独特的高重复序列。序列测定揭示该重复序列长度为 175bp ,在单倍体基因组的拷贝数为 1× 10 5。鲫鱼HindⅢ高重复序列与鲫鱼属 (Carassius)其它同类已知的高重复序列存在某种程度的变异 ,而与鲤科其它属的已知的HindⅢ高重复序列完全不同     

在玉米线粒体基因组内的叶绿体DNA序列

目前,研究家们发现除了在核基因中具有叶绿体DNA片段外,在许多种高等植物的线粒体基因组中也具有叶绿体DNA序列。采用限制性内切酶进行研究发现,在玉米线粒体基因组内至少存在三个重要的叶绿体DNA序列:(i)1,5-二磷酸核酮糖羧化酶的大亚     

DNA序列中限制酶切割位点的分布

本文以人类、小鼠、大鼠和病毒基因组中的DNA序列为材料,分析了其中40种II型限制性核酸内切酶识认位点的数量和分布情况。发现人鼠序列中绝大多数酶的切点数量可以通过序列中单核苷酸或双核苷酸的频率来预测,而切点在序列上的分布也是随机的。例外的情况是人鼠序列中酶EcoRII(识认CCWGG)和MnlI(CCTC)的切点显著偏多,而DpnI*(GATC)的切点显著偏少;MnlI的切点倾向于聚集一处。病毒基因组中酶切位点也基本上是随机分布,但基因组间差异很大,跟人鼠序列差别也大,特别是噬菌体T7中有多达17种酶的切点显著偏少。文中讨论了所得结果对构建限制酶切图谱的理论计算以及对限制酶显带机理的意义,特别指出显带过程在酶的切点达到所要求的浓度时,跟酶的识认片段的专一性、酶切位点的数量都没有关系,而取决于染色体不同区段抵抗酶切破坏的能力。     

基于分组码模型的DNA序列编码特性分析

基于差错控制原理,将遗传信息中由海量碱基构成的DNA序列看作经过编码而获得的具有某种编码特性的编码序列。在此基础上,将编码理论中分组码的分析方法用于对DNA序列进行分析,选用了（6,3）分组码对三种原核生物和两种真核生物DNA序列进行分析,在ORF起始端和结束端观察到明显的码间距离变化。证明该方法对DNA序列分析有较好的指导作用。     

海参微卫星DNA的多态性

微卫星DNA(microsatellite DNA)广泛存在于真核生物的基因组中。由于其具有突变频率快、多态性丰富、呈共显性遗传、通用性等特点,已成为近年来被广泛应用的分子遗传标记。本研究对10个海参微卫星DNA进行了克隆与测序。结果表明:90%的微卫星DNA序列存在长度多态性,这为进一步研究海参的分子标记辅助育种奠定了基础。     

东方田鼠特异DNA片段的克隆及核苷酸序列分析

目的获得东方田鼠的特异DNA序列.方法Aβ基因使用PCR,基因克隆,斑点杂交,DNA序列分析,生物信息学技术.结果根据小鼠MHCⅡ外显子2及其两侧序列,合成引物并扩增东方田鼠基因组DNA,将PCR产物回收、测序后,分别设计内引物扩增东方田鼠基因组DNA,其中一对引物可得到特异性扩增带,将得到的DNA片段插入PGEM-Teasy载体,进行序列分析.用这对引物扩增人、昆明小鼠、BALB/c小鼠及C57BL/6J小鼠基因组DNA,均无扩增产物.以东方田鼠特异性扩增产物为探针进行斑点杂交,除东方田鼠基因组DNA外,其他几种动物基因组DNA均为阴性结果.进一步对该DNA片段进行了BLAST同源性搜索和外显子预测,在Genbank中没有发现高度同源序列,并且找到一个可能的外显子,该外显子由69个氨基酸组成.结论获得的DNA片段为东方田鼠的特异片段,这将为从分子水平深入研究东方田鼠的遗传背景、生物进化规律以及东方田鼠抗日本血吸虫的机理奠定基础.     

核基质结合序列（MAR）与基因表达调控

核基质结合序列（MAR）是能在体外与核基质特异结合的DNA序列,广泛存在于染色质Loop结构的边界序列中。随着研究的深入,发现MAR序列不仅在染色质折叠中起到重要作用,影响邻近内源基因表达,而且将MAR序列构建到外源基因表达盒两侧转化动植物时,也影响外源基因的表达。因此,MAR序列是基因组中一种重要的基因间边界序列,为阐明非编码序列在基因表达中的作用和构建真核生物高效表达载体提供了新途径。     

DNA序列信息的一种新的测度

根据信息理论给出了测度ＤＮＡ序列信息的一种新的方法,获得ＤＮＡ序列４个层次的信息量测度：Ｉｂ,Ｉｆ（１）,Ｉｆ（２）ａｎｄＩｆ（３）,这４种信息测度可分别用来测度ＤＮＡ的碱基序列、密码子序列、编码蛋白质序列和功能蛋白质序列的信息量。从Ｍ．ｅｄｕｌｉｓ的线粒体基因组中两个较短的编码蛋白质的ＤＮＡ序列和使用具有不同倍性的间并密码子组组成的模拟ＤＮＡ序列中所获得计算结果表明,这些信息测度确实能用来揭示所     

非编码DNA序列的功能及其鉴定

非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用, 总结了近几年非编码DNA序列的研究成果, 对其结构、功能和可能的作用机制进行了初步阐述, 介绍了目前鉴定非编码DNA序列中功能元件的计算方法和实验技术, 并对非编码DNA未来的研究进行了展望。     

DNA聚合酶X家族的起源与进化分析

随着DNA聚合酶X家族成员数量的增加,家族内部的系统发育需要重新检查。来自病毒和细胞的DNA聚合酶X家族成员序列第一次被汇编在一起,进行系统发育分析。分析显示：真核生物DNA聚合酶bcta(polβ)是这个家族的祖先基因,可能与昆虫痘病毒(EPv)之间发生过基因的水平转移;DNA聚合酶mu(polμ)基因仅存在于哺乳动物基因组中,是脱氧核苦酸末端转移酶(TdT)的重复基因;这个家族在低等真核生物的种系进化过程中发生了基因丢失。     

微卫星DNA的多态性及其应用

微卫星DNA是广泛存在于各种真核生物基因组中的短串联重复序列,具有突变速率快、多态性高等特点,本分析了微卫星的多态性及其形成机制,并简要介绍其在亲缘关系鉴定、种群遗传结构分析、基因图谱以及基因诊断等方面的应用。     

DNA序列在苔藓分子系统学研究中的应用

DNA是遗传信息的载体,直接对DNA核苷酸排列顺序的分析和比较是研究苔藓分子系统学的最彻底和最理想的方法。本文综述了DNA序列(叶绿体基因组、核基因组和线粒体基因组)在苔藓分子系统学中的应用,探讨了基因片段的选择策略。并提出只有将分子数据和传统分类学取得的研究成果结合起来,构建最合理的系统树,才能更好地推动苔藓分子系统学的发展。     

蛹虫草线粒体DNA与细胞核DNA进化关系的比较

【目的】分析蛹虫草是否存在核内线粒体DNA片段,比较蛹虫草线粒体DNA与细胞核DNA的碱基变异程度及所反映的菌株间的系统发育关系。【方法】通过本地BLAST或LAST对蛹虫草线粒体基因组和核基因组进行序列相似性搜索;从10个已知线粒体基因组的蛹虫草菌株中分别扩增7个细胞核蛋白编码基因片段,并与其在14个线粒体蛋白编码基因上的碱基变异情况进行比较。【结果】蛹虫草核基因组中存在5处较短的核内线粒体DNA片段,总长只有278bp。蛹虫草核DNA的变异频率整体上高于线粒体DNA。核DNA和线粒体DNA所反映的蛹虫草菌株间的系统发育关系存在显著差异。【结论】蛹虫草线粒体DNA与核DNA间不存在长片段的基因交流,二者变异频率不同,所反映的蛹虫草菌株间的系统发育关系也有差异。本研究增加了对蛹虫草线粒体与细胞核DNA进化关系的认识。