边际多样性方法及其在绵羊品种保护中的应用

本文介绍了边际多样性方法,并利用微卫星DNA遗传距离、灭绝概率等结果分析了中国北方11个绵羊品种的品种贡献率、边际多样性及保护潜力。结果表明,苏尼特羊(Sunite sheep)的边际多样性最高（－0.2008）,其次为滩羊(Tan sheep)(－0.1932)、兰州大尾羊(Lanzhou large tailed sheep)(－0.1843);岷县黑裘皮羊(Minxian black fur sheep)最低（－0.1268）。保护潜力最大的品种为兰州大尾羊（0.1419）,其次为同羊(Tong sheep)（0.1017）,最小的为小尾寒羊(Small tailed Han sheep)（0.0365）。根据边际多样性方法,作者认为确定需要保护的品种应该依据最大保护潜力而不是品种的濒危程度。11个绵羊品种的保护顺序依次是兰州大尾羊、同羊、汉中羊(Hanzhong sheep)、甘家羊(Ganjia sheep)、欧拉羊(Oula sheep)、岷县黑裘皮羊、乔科羊(Qiaoke sheep)、苏尼特羊、乌珠穆沁羊(Ujumqin sheep)和小尾寒羊。     

我国蒙古羊系统不同生态型绵羊品种遗传多样性及距离隔离机制的研究

以我国主要地方绵羊品种湖羊、同羊、小尾寒羊、滩羊和洼地绵羊为研究对象,检测位于不同染色体的微卫星位点的基因频率分布,进行比较分析.结果表明 1) 就本研究涉及的微卫星标记而言,湖羊处于Hardy-Weinberg极不平衡状态 (P ＜ 0.01),而其余群体包括同羊、小尾寒羊、滩羊和洼地绵羊却处于Hardy-Weinberg平衡 (P ＜ 0.05).2) 就本研究涉及的微卫星标记而言,平均杂合度、多型信息含量和有效等位基因数三个遗传变异指标的方差分析表明不同群体间杂合度、多型信息含量均不存在显著差异 (P ＞ 0.05),有效等位基因数遗传变异指标在、滩羊、湖羊、同羊和洼地羊相互之间以及洼地羊与小尾寒羊之间亦差异不显著(P ＞ 0.05),但是有效等位基因数在前3个群体与后2个群体之间存在显著差异 (0.01 ＜ P ＜ 0.05).5个绵羊群体的变异水平以小尾寒羊最高,其次为洼地绵羊、同羊和滩羊,最低的是湖羊.3) 本研究涉及的我国蒙古羊系统内5个绵羊群体间的系统发生关系不满足距离隔离模式,绵羊群体间的遗传分化关系的远近与其地理分布并未表现出紧密的线性相关.这与5个绵羊起源于不同时期的蒙古羊始祖群体,同时在品种间存在一定程度的基因交流,并在各自特有的生态环境中经历不同程度的自然选择和人为选择品种培育史实相符.     

我国主要地方绵羊品种随机扩增多态DNA研究

对蒙古羊、湖羊、滩羊、小尾寒羊、乌珠穆沁羊、藏绵羊、阿勒泰羊7个地方绵羊品种和无角陶赛特羊、德国美利奴羊、萨福克羊3个引入品种基因组DNA进行了RAPD分析。结果表明：（1）RAPD可作为一种有效的标记用于绵羊品种之间遗传亲缘关系的分析。（2）在所使用的43种随机引物中,有35种引物扩增出多态谱带,多态频率为66.24%,说明RAPD技术用于研究绵羊核DNA的遗传变异具有较高的检出率和灵敏度。（3）总群体平均遗传多样性指数（HSP)为0.9139,说明绵羊群体具有较为丰富的遗传多样性。（4）我国地方绵羊品种间的分子聚类关系与其所处的地理位置、考古学结果,以及细胞遗传学研究结果基本,引入品种间的分子聚类关系也与其育成史基本一致。     

我国6个地方绵羊品种微卫星DNA多态性研究

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了我国蒙古羊、乌珠穆沁羊、哈萨克羊、阿勒泰羊、滩羊和藏绵羊 6个地方绵羊品种 17个微卫星标记的多态性 ,以探讨其遗传多样性、起源分化及群体间的遗传亲缘关系。结果表明微卫星标记不同位点间遗传多样性差异极显著 (P <0 0 1) ,群体间多态信息含量 (PIC)、近交程度 (Fis)和观察杂合度 (Obs .Het)差异不显著 ,但基因多样性 (genediversity)和期望杂合度 (Exp .Het)差异显著 (P <0 0 5 )。所研究的我国 6个地方绵羊品种与欧洲品种具有相似的遗传多样性 ,但具有较高的近交系数。个体和群体的聚类分析结果提示我国地方绵羊品种可能起源于两类祖先。群体间的聚类分析结果还表明 ,蒙古羊与乌珠穆沁羊分化不明显且具有较近的遗传亲缘关系 ,蒙古羊与藏绵羊间分化明显且具有较远的遗传亲缘关系。滩羊、阿勒泰羊以及藏绵羊间也具有较近的遗传亲缘关系。所研究的我国 6个地方绵羊品种的遗传分化 (Fst)与西班牙绵羊品种接近 ,但明显小于欧洲其他绵羊品种     

小尾寒羊微卫星与RAPD标记的研究

小尾寒羊是世界上具有非季节性发情和多胎特性的高繁殖率绵羊品种之一。选择4个位于绵羊6号染色体上且与FecB基因紧密连锁的微卫星标记,对小尾寒羊基因组进行PCR扩增后,采用最小二乘法估计各等位基因片段对产羔数的影响。分析结果表明,等位基因OarJIA-5、OarJIA-10、BM143-12和OarHH55-11可以作为小尾寒羊多胎位点的分子标记。从100条随机引物中筛选出18条引物,对小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊等4个绵羊品种和鲁北山羊的基因组进行扩增,共扩增出146条带,其中94条表现出多态性,占64．60%,同时扩增出每个品种的特异性条带。采用Nei氏标准距离和NJ聚类分析对不同品种的遗传关系进行分析,结果表明,4个绵羊品种亲缘关系很近,提示它们可能起源于共同的原始祖先。     

山东省地方绵羊品种微卫星遗传多态性

利用24个微卫星标记,分析了山东省内原有地方绵羊品种的遗传多样性.结果表明,在来自4个品种共71个种群的164只绵羊中,共检测到等位基因467个,有效等位基因占49.59％,不同微卫星基因座之间的等位基因数差异大于品种之间的差异;发现特有等位基因123个,优势等位基因43个.在所有微卫星基因座中,89％处于Hardy-Weinberg不平衡状态,有50％属于中性基因座.不同品种的微卫星基因座多态信息含量呈高度多态（PIC＞0.5）,Shannon指数较高（I＞1.5）,平均观察杂合度（范围0.454～0.560）明显低于期望杂合度（范围0.831～0.849）,证明4个地方绵羊种群具有丰富的遗传多样性和广泛的遗传基础,但品种内存在着一定程度的近交.聚类分析表明,山东地方绵羊品种遗传进化关系明确,可划分为鲁西地区的小尾寒羊和大尾寒羊、鲁东地区的山地绵羊和洼地绵羊两大类群,其遗传距离与地理分布距离相一致.     

中国7个地方绵羊品遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率,平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（Ne）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne在2.1288-13.3924之间;26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间,聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊,黑藏羊聚为一类,湖羊和晋中羊聚为一类,各绵羊各种的聚类关系与其来源,育成史及地理分布基本一致。     

用4个微卫星标记分析7个绵羊群体之间的遗传关系

分析了4个微卫星基因座BM143、OarHH35、OarAE101、BMS2508在7个绵羊群体(小尾寒羊、湖羊、乌珠穆沁羊、萨福克羊、多赛特羊、夏洛来羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊F1代杂种羊)286只绵羊中的遗传多态性。结果表明,这4个微卫星标记在7个绵羊群体中的等位基因数分别为9、11、14和9,其多态信息含量/有效等位基因数/杂合度分别为0 7073/3 7231/0 7314、0 8267/6 4399/0 8447、0 5743/2 5178/0 6028、0 6172/3 0712/0 6744,其中OarHH35的遗传变异最大,OarAE101最小。7个绵羊群体中小尾寒羊的遗传变异最大,湖羊的最小。基于Nei氏DA距离和DS标准遗传距离,采用UPGMA方法构建了系统发生树。该发生树将中国地方品种(小尾寒羊、乌珠穆沁羊、湖羊)和法国的夏洛来羊归为一类,将F1杂种羊、英国品种(萨福克羊和多赛特羊)归为另一类。绵羊微卫星基因分型技术为检查品种(群体)之间的遗传关系提供了一个有用的工具。     

小尾寒羊4个微卫星座位的克隆及序列分析

小尾寒羊是我国优良的地方绵羊品种 ,具有极高的繁殖力 ,平均每胎产羔 2 6只。利用与Booroola绵羊高繁殖力主效基因 FecB连锁的 4个微卫星座位 OarAE10 1、OarHH35、BM14 3和BMS2 5 0 8对小尾寒羊、多赛特羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊杂一代羔羊 3个绵羊群体 15 9只绵羊进行了遗传检测 ,证实了微卫星DNA的共显性遗传特性。用非变性 (中性 )聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物。对小尾寒羊 4个微卫星座位 6个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已被GenBank接受 ,登录号分别为AF394 4 4 5、AF394 4 4 6、AF394 4 4 7、AF394 4 4 8、AF394 4 4 9、AF394 4 5 0。本研究中小尾寒羊微卫星OarAE10 1的测序结果与GenBank登录的绵羊OarAE10 1序列的同源性为 98% ,小尾寒羊微卫星OarHH35的测序结果与GenBank登录的绵羊OarHH35序列的同源性为 99% ,小尾寒羊微卫星BM14 3的测序结果与GenBank登录的牛BM14 3序列的同源性为 95 % ,小尾寒羊微卫星BMS2 5 0 8的测序结果与GenBank登录的牛BMS2 5 0 8序列的同源性为 95 %。测得的小尾寒羊微卫星OarAE10 1、OarHH35、BM14 3和BMS2 5 0 8均为完全的微卫星 (TG) n。这些结果可为小尾寒羊种质特性研究提供分子基础数据     

采用6个微卫星位点研究6个绵羊品种遗传多样性

利用6个微卫星座位对中国乌珠穆沁羊、小尾寒羊、滩羊、昭通绵羊、呼伦贝尔羊和甘肃高山细毛羊6个绵羊品种,共计280个个体进行遗传多样性分析。计算了6个绵羊品种间的多态信息含量、杂合度和遗传距离,并进行了主成分分析和UPGMA聚类。发现了101个等位基因,平均杂合度0.599-0.691,平均多态信息含量0.609-0.680;甘肃高山细毛羊与其他绵羊品种遗传分歧最大,而呼伦贝尔羊与乌珠穆沁羊间的分歧最小。结果表明6个绵羊品种均具有较高的遗传多样性,品种间的遗传关系与其形成历史、分化及地理分布基本一致。