一种单核苷酸多态性的单倍型分析技术

运用多步PCR和测序技术,完成基因组中相距较远的单核苷酸多态位点的单倍型构建。通过设计2条等位基因特异性引物,扩增大片段DNA(10kb左右),以此大片段DNA作为下一轮PCR反应的模板,再在该片段中设计待检测区域的PCR引物,进行第2轮PCR。对PCR产物进行测序分析,确定其多态位点处的等位基因。结合第1轮PCR中的等位基因特异性引物,即可确定该大片段DNA中不同单核苷酸多态性构成的单倍型。以脂蛋白脂酶基因为例,应用其启动子区以及第4外显子区的等位基因特异性引物扩增约16kb的DNA片段,然后检测位于该片段中第2、3外显子的多态性。在￡-尸￡-基因第2内含子中发现了 13557G→A多态性。经分析确定出-421G／ 13557G／ 15222A、-421A／ 13557G／ 15222A、-421G／ 13557G／ 15222G、-421G／ 13557A／ 15222A等4种单倍型。等位基因特异性PCR结合小片段测序是一种快捷高效的对相距较远的多个SNP进行单倍型构建的新策略。     

单倍型分析技术研究进展

单倍型是指共存于单条染色体上的一系列遗传变异位点的组合,每条染色体都有自己独特的单倍型。单倍型分析技术作为一种常用的数据分析方法,是寻找单染色体上杂合SNP变异位点的有效方法,也对挖掘致病基因、寻找疾病治疗新方法有重要作用。它主要包括间接推断法和直接实验法。文中介绍了各种单倍型分析方法及应用,尤其详细介绍了单分子稀释法和保留邻近性的转座酶测序法,同时对单倍型分析技术的应用前景进行了展望。     

人Ⅱ型囊泡单胺转运体基因的克隆

目的 为获得人Ⅱ型囊泡单胞转运体（vesicular monomine transporter-2VMAT2)以治疗帕金森病,克隆添加Kozak序列的VMAT2cDNA,用于真核细胞表达。方法 从人胎脑中提取总RNA,逆转录成cDNA,设计一对引物用PCR方法扩增目的cDNA片段并将其重级一起pGEM-Easy-T载体中,酶切鉴定插入片段后,进行全序列测定。结果 RT-PCR扩增到1637bp的带有Kozak序列的cDNA片段。结论 克隆人VMAT2cDNA片断,可用于真核细胞表达。     

汉族人线粒体DNA单倍型与散发型帕金森病关系的研究

目的：研究汉族人线粒体DNA（mtDNA）单倍型与散发性帕金森病（PD）的关系。方法：用酚／氯仿法从65例PD患者和50名健康者（对照组）的外周静脉血中提取基因组DNA,通过斑点杂交方法对PD患者和对照组的10个单核苷酸多态性（SNP）位点（G1719A,G4580A,C7028T,G8251A,G9055A,A10398G,A12308G,G13366A,C13708T,G16391A）和单倍型进行检测。结果：PD组G1719A突变5例、G9055A突变2例、C13708T突变4例,对照组G1719A突变1例,2组的突变率无显著性差异（P〉0.05）。PD组H单倍型54例（83.1％）,其他11例（16.9％）;对照组H单倍型49例（98.0％）,其他1例（2.0％）。结论：10398G不是汉族人散发性PD发病的易感因子,也没有保护作用;不宜用H、I、J、K、T、U、V、w和x等9个mtDNA单倍型来评估汉族人散发性PD发病风险。     

南海野生斑节对虾的线粒体16S rRNA基因序列单倍型分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对我国南海海域5个地点(三亚、深圳、阳江、湛江、北海)的野生斑节对虾100个个体的mtDNA 16S rRNA序列进行扩增,扩增产物经纯化后进行测序.用Clustal_X排序软件对所得的100个mtDNA 16S rRNA序列进行比对.通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA 16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型.19单倍型序列的碱基组成显示出较高的A T比例(69.0%).19种单倍型序列的遗传距离在0.002～0.033.根据构建的单倍型进化关系网,5个地点群体中的单倍型呈现一种混杂的分布格局.此外,根据单倍型在5个地点群体出现的频率和单倍型进化关系网,单倍型7是最为原始的单倍型,其他18种单倍型均起源于单倍型7.     

单倍型及其在菌物学研究中的应用

单倍型分析在人和动、植物的许多学科领域都取得了丰硕的研究成果。本文主要介绍了单倍型的概念、研究方法,以及常用的可视化网络分析软件的操作步骤,同时综述和讨论了单倍型在菌物学一些领域,如种群的遗传多样性、生物地理来源及迁徙、复合种群中隐存种的界定及其与系统发育关系、生物入侵及新兴病原的单倍型分析侦测等的研究进展,以期为菌物学向更深层次发展提供新的视角和途径。     

抗原处理相关转运体蛋白的研究进展

抗原处理相关转运体(transporter associated with antigen processing,TAP)蛋白在抗原提呈途径中发挥重要作用,它负责将内源性抗原从胞浆运送到内质网(endoplasmic reticulum,ER),以便主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)I结合多肽。TAP属于ATP结合盒(ATP-binding cassette,ABC)转运蛋白超家族B族,是由TAP1和TAP2两个亚基构成的异二聚体蛋白,其每个亚基各含有一个亲水的核酸结合区和一个疏水的跨膜结构域,并具有促进肽段转运的结构域。TAP参与MHC I类分子的组装,并在人获得性免疫系统中起着至关重要的作用。TAP基因具有多态性,因而增加了个体对疾病的易感性。TAP基因的突变及其调节机制的缺陷都可以导致其活性和表达下调,从而影响病毒性感染和肿瘤等疾病的发生。     

入侵我国红火蚁的三种单倍型

红火蚁Solenopsis invicta Buren是重要的经济害虫,特别是在农业和生态系统危害方面。2004年底在广东和香港的部分地区发现红火蚁入侵。本文用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ（CO Ⅰ）基因对境内的13个种群进行了入侵蚁巢是否独立传入进行了分析。通过对共计28个蚁巢56个体的包含904个碱基的CO Ⅰ基因分析,发现入侵中国的红火蚁中存在3种单倍型。基于未修正的配对序列变异分析表明,单倍型Ⅱ与单倍型Ⅲ之间的变异最小。而香港种群同时具有这三种单倍型,是入侵中国的红火蚁种群中多样性最丰富的地区。这三种单倍型都分别在阿根廷红火蚁种群中有记录。同源性分析显示,中国的红火蚁可能起源于阿根廷或南美洲,而香港可能是所研究种群的第一入侵地点。     

福建省马铃薯晚疫病菌线粒体DNA单倍型分析

为明确福建省马铃薯晚疫病菌线粒体DNA单倍型组成和分布情况,采用PCR-RFLP方法分析了2010—2012年从福建省7个地区（福州,长乐,漳州,青口,龙海,霞浦,龙岩）分离的526个马铃薯晚疫病菌株的线粒体DNA单倍型及频率分布。结果表明Ⅰa型为主要单倍型,占72．8％,其次是Ⅱb型,占26．42％,最少的Ⅱa型,占0．76％,没有检测到Ⅰb型。与文献报道历史材料相比较,说明福建省马铃薯晚疫病菌线粒体DNA单倍型的组成发生较大变化,而且福建省马铃薯晚疫病菌线粒体单倍型组成比云南、四川和贵州等地区更为复杂。     

口腔扁平苔藓患者的CIITA基因单倍型分析

目的:分析CIITA基因中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的单倍型与口腔扁平苔藓(Oral Lichen Planus,OLP)之间的关系,并探讨计算单倍型的新方法。方法:在得到42名患者与86名对照的CIITA基因中15个SNP位点的信息后,通过Haploview和SHEsis软件以及本研究组设计的频数计数法进行单倍型分析。组间比较使用χ2检验,并以P=0.05作为统计检验标准。结果:在本研究群体中,CIITA基因上的15个SNP位点能够形成两个单体域(haploblock),其中由位点rs6498124,rs11647384和rs4774所组成的单倍型GAC在三种单倍型分析方法中均显示出显著的统计学差异(Haploview:Chi2=6.127,P=0.013;SHEsis:Chi2=6.469 P=0.011;频数计数法:Chi2=5.460,P=0.019)。结论:在由CIITA基因的SNP位点rs6498124,rs11647384,rs4774组成的单体域中,单倍型GAC对OLP的患病具有潜在的保护性。频数计数法显示,rs4774位点本身的保护性及其与同一单体域内另外两个位点之间的完全连锁不平衡关系是单体型GAC显示出保护性的主要依据。提示单倍型对疾病易感性的解释在于其中的特定SNP位点等位基因型,及其该位点与其它相关位点间的连锁不平衡关系。     

Exploring the minimal functional unit of the transporter associated with antigen processing

TAP, an ABC transporter in the ER membrane, provides antigenic peptides derived from proteasomal degradation to MHC class I molecules for inspection by cytotoxic T lymphocytes at the cell surface so as to trace malignant or infected cells. To investigate the minimal number of transmembrane segments (TMs) required for assembly of the TAP complex based on hydrophobicity algorithms and alignments with other ABC transporters we generated N-terminal truncation variants of human TAP1 and TAP2. As a result, a 6+6 TM core-TAP complex represents the minimal functional unit of the transporter, which is essential and sufficient for heterodimer assembly, peptide binding, and peptide translocation into the ER. The TM1 of both, core-TAP1 and core-TAP2 are critical for heterodimerization of the complex.     

白血病小鼠模型的建立与应用进展

白血病又被称为"血癌",其发病的根本特征是白血病细胞在骨髓及其他造血组织中呈恶性、无限制地增生,浸润全身各组织和脏器,产生不同症状,使患者易发生严重的感染或继发性的败血症、引起出血、肠功能衰竭、高尿酸血症等,严重威胁到患者的生命。因此白血病治疗的研究至关重要。利用实验动物进行各种疾病、药物疗效实验的研究,是医药领域发展的一个重要方面。对于白血病的研究,小鼠在生物学、遗传学、造血系统等方面与人类相似,因此是较为理想的动物白血病模型。本文对近五年来国内外研究常用的小鼠白血病模型进行综述。     

海分枝杆菌-斑马鱼模型的抗结核研究进展

斑马鱼(Danio rerio,Zebrafish)模型是研究宿主-病原体相互作用的有力平台。因为其光学透明特性,斑马鱼幼虫感染模型有利于探索在活脊椎动物体内实时观察海洋分枝杆菌(Mycobacterium marinum, M. marinum)感染的早期阶段的发病机制。此外,斑马鱼幼虫免疫系统提供了探索海洋分枝杆菌与宿主免疫作用机制的条件。还因斑马鱼发育周期短、繁殖产量高、饲养条件低而备受欢迎,而海分枝杆菌因其实验环境要求低,基因相似性与结核分枝杆菌高而作为研究结核的备选细菌。因此,斑马鱼-海分枝杆菌感染模型的使用成为揭示结核病发病机制并研发药物的有效途径之一。     

血栓调节蛋白在大鼠深静脉血栓模型中的表达及其意义

目的观察大鼠深静脉血栓(DVT)形成及消退的自然演变过程中血栓调节蛋白(TM)的表达及意义。方法将SD大鼠随机分为模型组(n=60)和对照组(n=6),模型组采用"狭窄法"建立DVT模型,对照组采用"假手术法"。建模后分别于1 h、4 h、6 h、12 h、24 h、3 d、7 d、14 d、21 d、28 d共10个时间点处死。检测大鼠血栓重量/长度比值、血浆中可溶性TM浓度、血栓组织及下腔静脉内皮中TM mRNA的表达。结果 1)血栓重量/长度比值在造模早期(1、4、6、12 h)较低,四组间比较差异无显著性(P> 0.05);在造模后24 h、3 d、7 d稳定在一个较高的水平(P> 0.05);造模后14 d开始降低,但其与21、28 d结果差异无显著性(P> 0.05)。(2)ELISA结果显示,血浆中可溶性TM均较对照组高,差异有显著性(P<0.01),随时间推移总体逐渐升高。(3)实时荧光定量PCR结果显示,血栓TM mRNA表达随时间推移总体呈逐渐升高的趋势。血管内皮TM mRNA表达在1、4、6、12 h较对照组高(P<0.01);在24 h、3 d、7 d较对照组低(P<0.01);14、21、28 d与对照组相比,差异无显著性(P> 0.05)。(4)血栓重量/长度比值和内皮TM mRNA呈负相关(r=-0.92,P<0.01);而血栓TM mRNA和血浆可溶性TM呈正相关(r=0.96,P<0.01)。结论内皮TM mRNA的表达变化可以反映DVT的病情进展,具有良好的预后作用。     

二苯乙烯苷抑制NADPH氧化酶对小鼠脑缺血/再灌注损伤的保护作用

目的探讨二苯乙烯苷(TSG)抑制NADPH氧化酶对小鼠脑缺血再灌注(I/R)损伤的保护作用。方法将100只实验小鼠随机分成5组:假手术组、模型组,TSG低剂量组(3 mg/kg),TSG中剂量组(6 mg/kg),TSG高剂量组(12 mg/kg),每组20只。通过双侧颈总动脉结扎造成小鼠脑缺血2 h,再灌注24 h后处死小鼠。采用HE染色法对小鼠脑组织进行病理学检测,采用DHE染色法和ESR波谱仪检测脑组织中活性氧(ROS)水平,采用Western blot法检测脑组织中NOX4和cleaved caspase-3/9蛋白的表达。结果小鼠脑缺血再灌注后,缺血区皮层脑组织出现严重的病理性损伤,其ROS水平显著升高,脑组织中NOX4蛋白表达显著上调,凋亡相关蛋白cleaved caspase-3/9蛋白表达量显著增加。TSG可以显著减轻小鼠缺血再灌注脑组织的病理性损伤,抑制ROS的产生,显著下调氧化应激蛋白NOX4的表达,并显著抑制凋亡相关蛋白cleaved caspase-3/9蛋白的表达。结论 TSG可通过抑制脑组织氧化应激蛋白NOX4的表达,减少活性氧的生成,并抑制凋亡相关蛋白cleaved caspase-3/9过度表达,对小鼠脑缺血再灌注损伤起保护作用。     

小鼠休眠胚胎与正常胚胎冻融后体内外发育潜力的比较

目的检验小鼠休眠胚胎冻融后的质量及体内外发育潜力,为胚胎休眠技术的生产应用提供必要的参考。方法采用常规冷冻方法将正常孵化期胚胎和休眠胚胎进行冷冻,之后分别进行体外复苏培养实验和胚胎移植实验。随后利用双重荧光染色的方法分别对冻融前后的小鼠休眠胚胎与正常孵化期胚胎进行细胞计数,观察两种胚胎冻融前后的质量变化。结果休眠胚胎的冷冻解冻回收率、发育率均极显著高于孵化期胚胎(72.1%vs 50.2%,P<0.01;94.2%vs 73.9%,P<0.01)。休眠胚胎的移植妊娠率显著高于孵化期胚胎(40.8%vs 30.1%,P<0.05)。休眠胚胎的内细胞团细胞数显著高于孵化期胚胎(27.83 vs 19.53,P<0.05),滋养层细胞数差异不显著。冻融培养后休眠胚胎的内细胞团数,滋养层细胞数均显著高于孵化期胚胎(25.18 vs 14.68,P<0.05;114.09 vs 73.88,P<0.05)。结论小鼠休眠胚胎冻融后胚胎质量及体内外发育潜力均优于小鼠正常孵化期胚胎。     

减蛋综合征病毒在不同品系小鼠体内的组织分布

目的通过人工感染减蛋综合征病毒(egg drop syndrome virus,EDSV),观察病毒在不同品系小鼠体内增殖情况以及动态变化规律,为EDSV构建载体提供理论依据与数据支持。方法选取免疫系统正常的BALB/c小鼠、T细胞免疫缺陷裸鼠(Nu)以及高度免疫缺陷小鼠(NSG)为研究对象,每品系32只,雌性,5～6周龄,经腹腔注射人工感染EDSV,分别于攻毒后1、3、5、7、14、21、28、35 d采集血清,应用间接ELISA方法进行抗体监测;选择攻毒后1、7、14、21、28 d小鼠,采集心脏、肺、肝、脾、肾、小肠、子宫、气管、食管、脑10种组织,应用荧光定量PCR相对定量比较Ct法(△△CT)进行各组织内病毒载量的检测。结果 BALB/c小鼠于攻毒后3 d即可在血清内检测到抗体的表达,14 d抗体水平达到最高,并一直维持至监测期内35 d;Nu小鼠也可于攻毒后3 d检测到抗体,表达水平较BALB/c小鼠有所降低,攻毒14 d后,Nu小鼠血清中抗体水平出现下降,至35 d抗体一直维持在较低的水平;NSG小鼠在整个监测过程中,抗体水平一直处于阴性状态。核酸相对定量结果显示,BALB/c小鼠感染后1 d,肝组织中的病毒表达量最高,达到5.45个数量级,其次由高到低依次是脾、食管、子宫、小肠、肺、气管、肾、心脏,脑组织中病毒含量最低,随感染时间的延长,各组织内病毒表达量较感染1 d均有所下降,至攻毒后28 d,肝、脾病毒表达量依然维持着较高的水平;Nu小鼠和NSG小鼠感染1 d表现为脾中病毒表达量最高,分别为3.95和4.05个数量级,其次为肝,攻毒28 d,两种小鼠体内各器官内仍可以检出阳性信号,肝、脾病毒表达量较高。结论 EDSV可刺激小鼠产生免疫应答,在免疫缺陷小鼠体内抗体水平表达量较低。该病毒在小鼠体内有肝、脾等组织嗜性,为EDSV开发成为载体以及在实验动物模型上的进一步研究与应用提供了参考数据。     

泼尼松龙致不同品系小鼠药源性证候的比较

目的研究糖皮质激素药物作用于不同品系小鼠后肾上腺皮质功能抑制程度及其诱导药源性证候的差异性。方法选用ICR、BALB/c、C57BL/6J、KM和裸小鼠5种小鼠为实验对象,采用泼尼松龙进行干预。每种小鼠16只,其中正常对照组8只,泼尼松龙组8只。以0.5 mg/(kg·d)泼尼松龙连续灌胃14 d,每日观测小鼠体重,在给药第14天,运用小鼠辨证论治实验方法学检测小鼠中医四诊信息,次日处死小鼠,取脾、胸腺称重并计算脏器指数;运用ELISA检测血清皮质酮和ACTH含量;采用实时荧光定量PCR技术检测肾上腺Star、Cyp11a1、Cyp21a1、Cyp11b1、Cyp11b2基因表达;运用Western blot方法检测肾上腺LDLR、SRBI、StAR蛋白表达。结果与各自对照组比较:1)0.5 mg/(kg·d)泼尼松龙给药后第7天起ICR小鼠体重显著下降(P<0.01);给药后第13天起BALB/c小鼠体重显著下降(P<0.01);给药后第5天起C57BL/6J小鼠体重显著下降(P<0.01);给药后第13天裸鼠体重显著下降(P<0.05)。2)泼尼松龙导致ICR小鼠抓力显著下降以及躯干平均温度显著降低(P<0.05)。3)泼尼松龙导致ICR小鼠和裸鼠脾重量显著下降(P<0.01)以及裸鼠脾指数下降(P<0.05),泼尼松龙导致ICR、C57BL/6J和KM小鼠胸腺重量和胸腺指数均显著下降(P<0.01)。4)泼尼松龙显著导致BALB/c与KM小鼠血清皮质酮下降(P<0.05),也显著引起BALB/c小鼠血清促肾上腺皮质激素(ACTH)含量下降(P<0.01)。5)泼尼松龙显著下调ICR小鼠肾上腺Cyp21a1基因表达(P<0.05),下调C57BL/6J小鼠Star基因表达(P<0.01),下调KM小鼠Cyp11a1、Cyp21a1基因表达(P<0.01),下调裸鼠Star与Cyp21a1基因表达(P<0.05);且泼尼松龙抑制ICR小鼠肾上腺LDLR蛋白表达以及KM小鼠肾上腺StAR蛋白表达。结论泼尼松龙造成的小鼠药源性虚证主要表现为"气虚",涉及中医"肾藏象"与"脾藏象",其物质基础以肾上腺皮质类固醇激素合成酶分子表达被抑制以及垂体-肾上腺皮质轴功能被抑制为主;开展糖皮质激素药源性虚证研究建议首选ICR小鼠。     

采样参数设置对小鼠心电图波形的影响

目的探讨采样参数设置对小鼠心电图波形的影响。方法选用C57小鼠,戊巴比妥钠麻醉,四肢皮下插针式电极,连接RM6240BD型多道生理信号采集处理系统,选择不同的采样参数设置,对心电图进行采样、记录和分析。结果采样速率、低通滤波、时间常数和陷波滤波等采样参数设置均对心电图波形有影响,部分参数会导致心电图不同形式的变形和失真。结论小鼠的心电图实验中应选择合适的采样参数设置,通过操作技术的改进来提高心电图的稳定性,尽量避免或减少滤波的使用,以获得准确的心电图实验结果。     

重组CC16蛋白对慢性阻塞性肺疾病小鼠肺组织结构及MMP-9和TIMP-1表达的影响

目的研究重组大鼠CC16(rCC16)蛋白质对减轻慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)小鼠模型肺组织损伤的作用,及对肺组织中基质金属蛋白酶(MMP)-9和基质金属蛋白酶组织抑制因子(TIMP)-1表达的调节作用。方法将40只清洁级C57BL/6小鼠随机分为4组,分别为空白组、COPD模型组、rCC16剂量组1和剂量组2。除空白组外,其余小鼠均采用吸烟3月法制备COPD模型,从第3月开始空白组和模型组给予PBS滴鼻,rCC16剂量组1和剂量组2分别给予1μg/g体重和2.5μg/g体重的rCC16滴鼻干预。观察各组小鼠精神状态、饮食情况、体重变化及大小便情况等,H&E染色观察各组小鼠肺组织形态结构变化,荧光定量聚合酶链式反应、免疫组织化学法检测MMP-9和TIMP-1信使RMA(mRNA)和蛋白质的表达变化。结果空白组小鼠体重随饲养周期增大,COPD组小鼠体重较空白组明显减轻,rCC16干预组后,干预组2小鼠体重逐周增大,但干预组1小鼠体重增加较缓慢,差异均有统计学意义(P<0.05);COPD模型组小鼠肺组织结构明显破坏,肺泡间隔增宽,部分形成肺气肿,rCC16干预组后,小鼠肺部的肺泡结构趋于完整,肺大泡的形成也减少;COPD模型组小鼠肺组织MMP-9和TIMP-1的表达均明显高于空白组(P<0.05);rCC16干预后,均可降低MMP-9和TIMP-1的表达,差异均有统计学意义(P<0.05),rCC16对MMP-9的降低作用具有剂量依赖性,而对TIMP-1的调节不呈剂量依赖性。结论 rCC16滴鼻干预可以减轻COPD小鼠肺组织的损伤,降低肺组织中MMP-9和TIMP-1的表达,对COPD的治疗具有积极意义。