美国红鱼生长激素基因的克隆及其遗传进化分析

采用PCR方法从美国红鱼肝脏中扩增出美国红鱼生长激素基因。该基因序列长为1 497 bp,与5个已报道的鲈亚目鱼类生长激素基因结构比较发现,他们的外显子和内含子之比均为6∶5,而且相对应的6个外显子大小一致。用Clustal X软件对美国红鱼和其他13种鲈形目鱼类生长激素基因序列进行比对,选取同源性较高的551 bp的编码区序列构建NJ和MP系统进化树,结果发现由其构建的MP和NJ树与根据形态特征构建的系统发育树基本一致,特别是在鲈形目鱼类科间及科以上分类阶元的系统发育研究方面比较一致。研究结果表明鱼类生长激素基因序列能够较真实反映近缘鱼类之间的关系,是进行鲈形目鱼类系统进化分析的较好遗传标志。     

亚口鱼科鱼类核DNA 18S-ITS1-5.8S序列比较分析

目前,对亚口鱼科鱼类的研究主要是在线粒体DNA 层次,如以线粒体DNA 的控制区和DN5/ 6 基因为分子标记,调查胭脂鱼种群间、种群内的遗传结构和遗传分化以阐明其多样性衰退的程度,以线粒体DNA 细胞色素b 基因以及16S 和18S 基因为分子标记探讨亚口鱼科鱼类的系统发育关系等。然而,线粒体DNA 只占鱼类遗传信息的极少部分,越来越多的学者希望以鱼类核DNA 为分子标记来检测遗传变异情况,其中,rRNA 基因受到普遍的关注。真核生物的rRNA 基因以串联重复方式存在,其中18S、5.8S、28S 组成一个转录元,其前体是由18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S 剪切而来。本文以中国胭脂鱼为中心,比较了亚口鱼科6 属7 种在18S-ITS1-5.8S 序列变异情况,并以此序列为分子标记,构建了亚鱼科鱼类系统发育树。18S-ITS1-5.8S 既含有编码序列18S和518S,又含有非编码序列转录间隔区1(ITS1),适合用来分析比较亚口鱼科鱼类在核DNA 编码与非编码区域的遗传变异情况。       

基于18S rRNA和线粒体16S rRNA基因序列的柳蚕进化分析

为探讨柳蚕Actias selene Hübner与鳞翅目昆虫的系统发育关系,本研究利用PCR扩增获得了柳蚕核糖体18S rRNA和线粒体16S rRNA基因的部分序列,长度分别为391bp和428bp。并采用邻近距离法(NJ)、最大简约法(MP)、类平均聚类法(UPGMA)构建系统进化树。结果表明,柳蚕线粒体16SrRNA基因序列与大蚕蛾科昆虫的16SrRNA基因序列均表现出偏好于碱基AT的倾向。柳蚕与所研究的其它蚕类的遗传距离介于0.016至0.140之间,其中与温带柞蚕Antheraea roylii的遗传距离最小,与野桑蚕Bombyx mandarina的遗传距离最大。而基于鳞翅目昆虫18S rRNA基因部分序列的进化分析显示,柳蚕与柞蚕Antheraea pernyi之间的遗传距离最小(0.010),与蓖麻蚕Samia ricini的遗传距离最大(0.017)。     

青海湖裸鲤舌状绦虫裂头蚴的分子鉴定及系统发育研究

通过PCR方法扩增了青海湖裸鲤体腔寄生舌状绦虫18S rRNA、COⅠ和COB基因部分序列, 并进行分子鉴定, 分析了3种基因的同源性, 利用这3种基因进行分子进化和系统发育研究。结果显示, 经过分子鉴定, “面条样”绦虫为肠舌状绦虫, 克隆的18S rRNA、COⅠ和COB基因序列分别与AF254121(中国)、AF153910(中国)和JQ279109(阿尔及利亚)的核苷酸序列同源性为100.00%、99.49%和93.32%。同时, 利用GenBank中其他种属绦虫的18S rRNA、COⅠ和COB基因序列构建系统发育树, 均与已鉴定的肠舌状绦虫聚在同一支上, 且与肠舌状绦虫中国广州分离株种属亲缘关系较近, 与其他绦虫所属分支相距较远。初步阐明了鉴定的肠舌状绦虫分离株与其他种属之间的系统发育关系。     

浙江近海鰓属鱼类形态描述及中国鰓属鱼类分子系统发育分析

为明确浙江近海鲵属鱼类物种组成, 对采自舟山和温州近海共计411尾鲵鱼样品进行形态学测定, 并基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因片段探讨其序列差异及系统发育关系。结果显示: 浙江近海的鲵属鱼类为少鳞鲵和中国鲵, 两种鲵鱼形态特征鲜明, 鱼鳔形态差异明显。所测得的少鳞鲵和中国鲵COⅠ基因片段长度均为600 bp, 平均GC含量分别为46.6%和49.9%。依据Kimura-2-parameter模型(K2P), 少鳞鲵和中国鲵的种内平均遗传距离分别为0.002和0.000, 两种间平均遗传距离为0.211。采用邻接法构建的系统发育树显示, 中国鲵先和邵氏鲵聚为一支, 然后与少鳞鲵聚为一支, 再与其他鲵属鱼类聚类。研究结果明确了浙江沿海鲵属鱼类的物种组成, 并为探讨少鳞鲵和中国鲵的系统发育关系及基于COⅠ基因的鲵属鱼类物种鉴定提供了参考。     

九种蟋蟀mtDNA-16S rRNA基因序列及其系统进化(直翅目:蟋蟀科)

蟋蟀科5属9个种的线粒体16S rRNA基因部分序列被测定或从Gen Bank获得,比较其同源性,计算核苷酸使用频率,并构建NJ和MP分子系统树。在获得的449bp的序列中A、T、C和G碱基含量分别为31．8％、36．9％、9．9％和21．4％,A T平均含量为68．7％。研究结果表明：所研究的5属9种蟋蟀聚成3个聚类簇,斗蟋属先与灶蟋属汇合,再与棺头蟋属构成聚类簇Ⅰ;油葫芦属黑脸油葫芦和北京油葫芦与蟋蟀属的家蟋相聚构成聚类簇Ⅱ;蟋蟀属的田蟋单独构成聚类簇Ⅲ。     

用mtDNA 12S rRNA序列变异检验鲤形目鱼类系统发育关系

通过对鲤形目鱼类5个科的代表类群的完整线粒体12S rRNA进行测序和分析,以检验目前的形态学假说。经序列比对后,有1000个位点,其中467个位点在茎区,533个在环区;有395个位点为变化位点,其中267个为系统发育信息位点。采用邻接法和最大简约法进行了系统发育分析,其结果支持鲤科鱼类成为一个单系群,非鲤科的鲤形目鱼类成为另一个单系群的观点,这与Siebert提出的假说相一致。鲤科鱼类包含3个主要的分支,即鱼丹系、鲤系和雅罗鱼系;但在非鲤科鲤形目鱼类中,其关系不能得到很好的解决,其中鳅科是复系,平鳍鳅科、条鳅亚科和花鳅亚科可能有较近的亲缘关系。     

瓦氏黄颡鱼线粒体全基因组序列分析及系统进化

鲿科鱼类种类繁多, 外形相似, 形态学分类较为困难。为了给鲿科鱼类乃至鲇形目鱼类的系统进化研究积累基础资料, 文章采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法, 利用16对引物对瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)线粒体全基因组进行扩增, PCR产物转化到质粒后测序, 最终获得线粒体基因组全序列, 其全长为16 527 bp, 包括2个rRNA基因、22个tRNA基因、13个编码蛋白质基因和一个非编码控制区。瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)线粒体基因组结构和基因排列顺序与现已公布的鲇形目鱼类完全一致, 序列分析表明, 与鲇形目其他种属间具有较高的同源性, 与拟鲿属的同源性最高(91%)。利用鲇形目共4科6属9种及3个外群的线粒体全基因组序列, 从线粒体基因组水平探讨了鲿科鱼类及其在鲇形目的系统进化地位, 结果表明: 鲿科鱼类的瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)、黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)及越南拟鲿(Pseudobagrus tokiensis)构成一单系群; 拟鲿属与黄颡鱼属的关系较近; 黄颡鱼属中瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)与光泽黄颡鱼(P.nitidus)的关系近于黄颡鱼(P. fulvidraco)。     

广东北江流域部分野生淡水鱼类种质资源调查

为了解广东省北江流域野生淡水鱼类种质资源和遗传多样性,于2007—2008年开展了广东省北江流域部分野生淡水鱼类的调查,运用线粒体DNA D-loop测序方法开展遗传多样性分析,测定采集鱼类的mtDNA D-loop基因序列并提交GenBank数据库,运用相关软件分析序列并建立聚类树。采集的野生淡水鱼类32种,隶属于3目10科27属,其中鲤形目鱼类21种,占65.6%,鲈形目鱼类4种,占12.5%,鲇形目鱼类7种,占21.9%。在鲤形目鱼类中,鳅科、平鳍鳅科、爬鳅科共12种,占鲤形目鱼类的57.1%。调查结果表明,北江流域存在丰富的野生淡水鱼类物种多样性,须采取有效措施保护北江流域淡水鱼类资源。测定的线粒体DNA D-loop序列均提交GenBank数据库获得序列号：EU380208-EU380236,EU697088-EU697148。测序结果和聚类树分析表明,线粒体DNA D-loop可作为鱼类种类鉴定的分子标记,分析结果印证了传统形态分类学的知识,提供了分子生物学证据。     

利用18S和ITS序列揭示8种鲇形目鱼类的系统发育

为了探讨鲇形目(Siluriformes)鱼类系统发育关系,本研究克隆了黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、长吻(Leiocassis longirostris)、斑鳠(Mystus guttatus)、革胡子鲇(Clarias gariepinus)、鲇鱼(Silurus asotus)和斑点叉尾(Ictalurus punctatus)6种鱼类的18S和两个内转录间隔区(包括全长ITS1-5.8S-ITS2)基因,结合GenBank中双须缺鳍鲇(Kryptopterus bicirrhis)和脂鳍胡鲇(Dinotopterus cunningtoni)的同源序列进行比较分析,结果表明,(1)8种鱼18S的长度为1814～1842bp,同源性达97%以上,5.8S均为157bp,同源性也高达99.36%～100%;(2)8种鱼ITS1长度为335～620bp,其中,黄颡鱼的最长,为618～620bp,斑点叉尾的最短,为335～336bp;ITS2长度为265～459bp,其中,脂鳍胡鲇最长,为459bp,斑点叉尾的最短,约为270bp。ITS1序列的同源性为29.45%～88.21%,其中,革胡子鲇和脂鳍胡鲇同源性最高,鲇鱼和革胡子鲇同源性最低。ITS2序列的同源性为41.59%～94.07%,其中,革胡子鲇和脂鳍胡鲇同源性最高,鲇鱼和革胡子鲇同源性最低;(3)分别以鲤鱼(Cyprinus carpio)18S和ITS为外群,采用NJ法构建18S、ITS系统发育树,结果显示,鲇科与胡鲇科的关系最近,鲿科与这两科关系较远,科与另外3科关系最远。鲿科中属和黄颡鱼属的关系较鳠属更近;胡鲇科的胡鲇属和脂鳍胡鲇属是关系很近的两个属;鲇科的鲇属和缺鳍鲇属是关系较远的两属。     

石鲈科鱼类的系统发育分析兼论髭鲷属的分类地位

通过线粒体16S rRNA基因部分序列分子标记,分析了石鲈科7属15种鱼的分子系统发育关系,并通过对部分种类16S rRNA基因片段的RNA二级结构的分析,对髭鲷属分类地位进行了探讨.结果表明:15种石鲈科鱼类分为3个类群,石鲈属Haemulon、Xenistius和Anisotremus属组成类群1,矶鲈属和胡椒鲷属组成类群2,髭鲷属组成类群3;在亲缘关系上类群1和类群2较近,它们与类群3相对较远;在遗传差异上,髭鲷属与其它6个属的遗传差异接近甚至超过其与外类群笛鲷科、鲷科和隆头鱼科种类的遗传差异.在NJ和MP系统发育树中,髭鲷属与外类群笛鲷科、鲷科和隆头鱼科种类聚集在一起,石鲈科鱼类未能构成单一分支类群;同时,横带髭鲷为代表的髭鲷属鱼类16S rRNA基因长度74bp的基因片段的RNA二级结构与其余石鲈科种类存在明显的结构差异.因此,研究结果支持将髭鲷属从石鲈科中独立出来形成髭鲷科Haplogeniidae的观点.     

基于28S rDNA 的叩甲科分子系统发育关系研究

【目的】通过对叩甲科（Elateridae）昆虫核糖体28S rDNA基因片段序列进行比较,从分子水平研究叩甲科昆虫的系统发育关系,并和传统分类结果相比较,为我国叩甲科分类系统的论证和进一步修订奠定基础。【方法】将自测的我国9种（含两个地理种群）共10个叩甲科昆虫样品的28S rDNA基因片段序列与GenBank报道的32种叩甲科昆虫进行同一性比较,用DNAStar Lasergene v 7.1.0和MEGA4.0（NJ法、MP法和ME法）构建分子系统发育树。【结果】在获得的890 bp的序列中,保守位点477个,占全部位点的56.1％;简约位点291个,占全部位点的34.2％;G+C的平均含量为63.9％,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C;转换（transition）稍高于颠换（transversion）。遗传距离分析表明叩甲科昆虫各亚科内各种间遗传距离在0.000～0.130之间变动,明显小于各亚科之间的遗传距离。不同的系统发育树都支持叩甲科为一单系群,并将10个亚科聚为4个聚类簇:聚类簇Ⅰ为梳爪叩甲亚科（Melanotinae）＋叩甲亚科（Elaterinae）,聚类簇Ⅱ为槽缝叩甲亚科（Agrypninae）＋萤叩甲亚科（Pyrophorinae）＋单叶叩甲亚科（Conoderinae）,聚类簇Ⅲ为小叩甲亚科（Negastriinae）＋心盾叩甲亚科（Cardiophorinae）,聚类簇Ⅳ为齿胸叩甲亚科（Denticollinae）＋尖鞘叩甲亚科（Oxynopterinae）和异角叩甲亚科（Pityobiinae）。它们来源于2个支系,支系1包含聚类簇Ⅰ,支系2包含聚类簇Ⅱ、聚类簇Ⅲ和聚类簇Ⅳ,而Senodonia quadricollis总是单独作为一支与其他叩甲分开。【结论】本研究证实了过去基于成虫和幼虫形态为基础的分类系统的基本合理性,一是叩甲科为一单系类群;二是叩甲科可明显地分为4个簇群;三是心盾叩甲亚科（Cardiophorinae）为一单系类群,但其他许多亚科存在并系的情况,特别是Senodonia quadricollis的归属还需进一步论证。28S rDNA 序列分析是一种很好的研究叩甲科从种级到科级各类群间的系统发育关系的方法。     

基于线粒体DNA序列探讨斑头鱼分类地位

测定了斑头鱼Agrammus agrammus和大泷六线鱼Hexagrammos otakii的线粒体COⅠ、Cyt b和16S rRNA基因的部分序列,结合从GenBank中获得的六线鱼属3种的同源序列,以单鳍多线鱼Pleurogrammus monopterygius为外群,运用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和贝叶斯法(BI)构建了分子系统树。同时联合了3个基因片段序列,运用贝叶斯联合模型综合探讨了六线鱼类的系统发育关系。结果显示:除16S rRNA基因外,其余2个基因片段以及联合模型所构建的系统树拓扑结构完全一致,即斑头鱼与大泷六线鱼亲缘关系最近,应归为六线鱼属,拉丁学名应为Hexagrammos agrammus。Cyt b基因片段序列分析结果显示,斑头鱼和大泷六线鱼分歧时间约为175万年。结合形态学研究资料,支持将斑头鱼归为六线鱼属的观点,斑头鱼和大泷六线鱼亲缘关系最近,属于六线鱼科中分化较晚的种类。     

从细胞色素b基因序列变异分析中国鲇形目鱼类的系统发育

采用PCR技术获得中国鲇形目鱼类11科24属27个代表种类细胞色素b基因1138bp全序列,比较分析了来自北美洲、非洲的部分鲇形目鱼类同一基因序列,并选取脂鲤目、鲤形目和鲱形目鱼类作外类群,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树。结果表明：(1)鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,与脂鲤目、鲤形目以及鲱形目鱼类相比存在3bp的缺失;(2)鲇形目鱼类各科代表种类形成一单系群;(3)两种建树方法均支持铫科、粒鲇科和钝头鮠科形成一单系群;而胡子鲇科、刀鲇科、海鲇科、鮰科、长臀鮠科、鲢科、鲇科、棘脂鲿科、鲿科形成一大的单系群;但鳗鲇科的系统位置两种建树方法没有取得一致结果;而其中长臀鲍科与北美的鮰科形成姐妹群,胡子鲇、鮰科、鲇科、鲿科和鮡科是较明显的单系群。     

四种散白蚁的分子鉴定及系统发育地位(等翅目:鼻白蚁科)

【目的】目前对白蚁的物种鉴定主要依赖形态学特征,本文从分子水平对4种散白蚁进行了鉴定和系统发育分析。【方法】对4种散白蚁(湖南散白蚁Reticulitermes hunanensis Tsai et Peng、平额散白蚁Reticulitermes planifrons Li et Ping、近暗散白蚁Reticulitermes perilucifugus Ping和侏儒散白蚁Reticulitermes minuts Ping et Xu)的线粒体16Sr DNA和COⅡ基因序列进行扩增和测序,对序列进行比对及碱基组成分析后上传至GeneBank,并构建系统发育树对4种散白蚁进行系统发育分析。【结果】16S rDNA和COⅡ基因片段长度分别约380bp和720bp,两个基因的AT碱基含量均远远大于GC,16S rDNA序列的遗传距离普遍大于COⅡ序列,且两者的系统发育情况不一致。【结论】COⅡ基因系统发育与地理位置差距相关较为明显,16S rDNA基因序列碱基差异较COⅡ多,推断COⅡ基因更适合于白蚁由于地理位置引起的系统发育和地理迁徙及传入情况的研究,16S rDNA基因更适合于白蚁种类的鉴别。     

核糖体转录间隔子2应用于鱼类种属的鉴别

为了防止珍稀鱼类的非法捕捞和销售, 鱼类种属的鉴别就成为非常关键的问题, 特别是形态学方法无法区分的样品(如鱼苗、鱼鳞、鱼卵、鱼肉及其加工产品等)。为了帮助珍稀鱼类资源的管理和保护, 文章报道了一种利用核糖体基因的转录间隔子2鉴别鱼类种属的分子遗传学方法: (1) 利用同一目鱼类5.8S rRNA和28S rRNA基因的保守性, 设计出扩增鲤形目鱼类这两个基因间转录间隔子2 DNA片段, 测序获得它们的碱基排列顺序; (2) 再根据不同鱼类转录间隔子2序列的差异, 设计出每种鱼的种属特异引物、种属鉴别标准物, 构建鱼类分子分类图谱, 利用PCR复合扩增技术鉴别鱼类种属。通过对国内不同地方采集的5种鲤形目鱼类的210个单一品种样本和40个混合样本的鉴别检验, 该方法能够准确、灵敏和快速鉴别这5种鱼, 可用于鱼类资源保护和评估、管理和开发, 特别是在渔业管理人员渔业执法、海关打击珍稀鱼类走私、防止商业欺诈和外来有害生物入侵等方面非常有用     

利用线粒体16S rRNA基因全序列分析直翅目主要类群的系统发生关系

为了构建稳健的直翅目主要类群间的系统发生关系并探讨16S rRNA基因序列在构建直翅目昆虫不同分类阶元系统发生关系时的可行性、功效以及性能,文章测定了直翅目4总科9科18种昆虫的16S rRNA基因全序列,联合已知该基因全序列的其他40种昆虫,构建了直翅目主要类群之间的系统发生关系,并分析了16SrRNA基因全序列的系统发生性能和功效。结果表明,直翅目昆虫的16S rRNA基因全长平均为1 310 bp;除生活方式特化的蚤蝼总科和蝼蛄总科的地位无法确定外,直翅目其他主要类群系统发生关系比较稳定;蝗总科下除了斑翅蝗科和槌角蝗科外,剑角蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科都不是单系群,且用不同的方法构建的系统发生树中聚类情况完全一致,各科间遗传距离差异不大,建议将其合为一科;锥头蝗科、瘤锥蝗科和癞蝗科间的遗传距离差异也不大;在构建系统发生树时,16S rRNA基因环区的信息量要比茎区的大;16S rRNA基因可以构建可靠的直翅目属与种水平和目与亚目高级阶元的系统发生关系,但对科和总科阶元缺乏足够的分辨力。     

基于16S rRNA和Cyt b基因序列的鰶亚科系统发育研究

对鰶亚科4属5种鱼类的线粒体基因组16S rRNA和Cyt b基因片段序列进行序列比较和系统发育关系分析。结果显示:5种鰶亚科鱼类的16S rRNA和Cy tb基因片段同源序列长度分别为525 bp和402 bp,序列联合后的序列总长度为927 bp,其中多态位点178个,简约信息位点123个。选取太平洋鲱Clupea pallasii和大西洋鲱C.harengus为外类群,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)分别对2个基因片段序列进行了聚类分析,并联合2个基因片段利用邻接法、最大简约法和贝叶斯法进行分析。系统发育分析显示:斑鰶Konosirus punctatus与花鰶Clupanodon thriss亲缘关系最近,分布于美洲大陆的真鰶属Dorosoma鱼类与印度洋、太平洋分布的斑鰶属、花鰶属和海鰶属Nematalosa鱼类亲缘关系较远。     

溃烂症眼斑拟石首鱼分离的灿烂弧菌的鉴定

摘要：【目的】从患溃烂症的眼斑拟石首鱼分离到优势菌株M-1,并进一步对该菌的系统发育学进行了分析。【方法】采用形态学、生理生化鉴定,结合16S rRNA和HSP60基因序列分析。【结果】16S rRNA基因同源性分析,菌株M-1与灿烂弧菌(AJ874361、AY046955)聚为一群;HSP60基因(groES)序列分析表明M-1与弧菌(EU653883、AY837440)聚为一个分支。【结论】菌株M-1属于灿烂弧菌(Vibrio splendidus)。     

大黄鱼16SrRNA和18SrRNA基因的测定与序列分析

利用多对引物,扩增并测定出大黄鱼16SrRNA基因和18SrRNA基因的部分序列,其长度分别为1202bp和1275bp,16SrRNA基因序列的GC含量为46．12％,18SrRNA基因的Gc含量为53．oo％。将大黄鱼16SrRNA基因序列与GenBank中15种硬骨鱼类的同源序列结合,同时将其18SrRNA基因序列与GenBank中9种脊索动物的同源序列相结合,运用软件获得各自序列间差异百分比,转换和颠换数值等信息。基于这两种基因序列,利用NJ法和BI法,分别构建16种硬骨鱼类和10种脊索动物的分子系统树。18SrRNA构建的系统树包括三大支,一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种,一支为两栖类的1个物种,另一支为2种硬骨鱼类。16SrRNA构建的系统树显示大黄鱼所在的石首鱼科与鲈科和盖刺鱼科亲缘关系较近。此外还讨论了这两个基因的序列特征。