荧光晕法在细胞染色质细胞状态检测中的应用

荧光晕法是近年来发展起来的定量检测细胞染色质细胞染色质结构状态的方法,由于其简易、直观、灵敏、快速,已被广泛用于放射生物学及肿瘤细胞这研究中。我们依据文献报道建立了此法,并对其进行了改良,进一步优化了操作步骤。并用３该法检测了两种相同来源（具有相似遗传背景）、具不同辐射敏感性的细胞株的染色质结构状态,发现辐射敏感株ＳＸ－９具有更松散的染色质结构,可能与两者的辐射敏感性差异有关,为研究染色质结构状态     

γ-线辐射对大鼠肝脾染色质及转录活性染色质模板活性的影响

 本文从染色质及转录活性染色质的模板效率探讨辐射对核转录活性影响的机制。实验结果表明:(1)肝脾染色质模板功能的变化分别平行与肝脾细胞核转录活性的变化提示,辐射至少部份是通过改变染色质的模板功能而影响细胞核的转录活性;(2)体外照射下,活性染色质模板活性较非活性染色质改变明显,提示射线可能主要是通过影响活性染色质区域的模板功能而改变核合成RNA的能力。     

果蝇细胞存五种主要染色质类型

转录活性常染色质与受阻遏异染色质的染色质传统分类曾是一个有用的模型,但它应该进行升级,以适应人们日益增加的有关染色质功能域的知识。一项在果蝇中对与蛋白质有关的53种染色质进行的大规模综合性全基因组分析表明,染色质有5种主要类型;这些可以构成描述表观基因组的新框架。     

核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状态

染色质是真核DNA的存在方式,可以通过影响DNA的可及性调节基因转录,其基本单元为核小体,系由约147 bp的DNA缠绕在组蛋白八联体上形成的结构,核小体之间以连接DNA相连．核小体组蛋白上能发生甲基化和乙酰化等化学修饰．核小体位置、DNA的甲基化和组蛋白的修饰等对染色质状态(常染色质或异染色质)及基因组之间的长程相互作用有重要影响．近年,基于高通量测序技术,核小体位置和染色质修饰在多种细胞中的基因组分布已被测定．结果显示,这些标记的分布模式具有位点特异、动态变化、相互偶联和高度复杂的特征．本文详细回顾并评述了核小体位置和染色质修饰的分布模式、对应生物学功能、修饰之间的关联、实验测定技术、染色质状态的计算分析等内容．该工作对于深入认识和理解染色质的表观遗传调节机制有重要意义．     

三种姬鼠的染色体比较研究

本文采用染色体分带技术（Ｇ－,Ｃ－带和银染色）,对中华姬鼠（Ａｐｏｄｅｍｕｓｄｒａｃｏ）、大林姬鼠（Ａ．ｐｅｎｉｎｓｕｌａｅ）和大耳姬鼠（Ａ．ｌａｔｒｏｎｕｍ）的核型进行了观察分析。结果表明：３种姬鼠的２ｎ均为４８。中华姬鼠的染色体均为端着丝点染色体。大林姬鼠的常规核型中,除１对中着丝点染色体（Ｎｏ．２３）外,其余均为端着丝点染色体。大耳姬鼠的核型中,有１３对端着丝点染色体,２对亚端着丝点染色体,１对亚中着丝点染色体和７对中着丝点染色体。中华姬鼠Ｃ－带核型中,所有染色体着丝点Ｃ－带都呈强阳性,异染色质非常丰富,Ｙ染色体整条深染。在大林姬鼠Ｃ－带核型中,Ｎｏｓ．７,１１,１５,２１,２２着丝点Ｃ－带弱化甚至近阴性,其余染色体着丝点异染色质Ｃ－带都呈现程度不同的阳性。且Ｎｏｓ．２,４,７有强弱不同的端位异染色质带。Ｘ染色体着丝点区有大块的异染色质斑带出现,Ｙ染色体整条深染。大耳姬鼠除Ｎｏｓ．３,４,１０,１２,１３染色体着丝点Ｃ－带很弱外,其余染色体着丝点Ｃ－带均呈阳性,并有８对（Ｎｏｓ．１６－２３）染色体出现异染色质短臂。从总体上看,大林姬鼠和大耳姬鼠的着丝点异染色质明显比中华姬鼠的少。中华姬鼠的Ａｇ－ＮＯＲ     

大鼠老化过程大脑皮层细胞核、染色质转录研究

 本实验对不同鼠龄(4—,16—17—,33—34—和99—103周)大鼠老化动物模型进行脑细胞核、染色质体外转录研究,结果表明:(1)大脑皮层细胞核、染色质转录活性在老化过程中呈下降趋势,其中RNA聚合酶Ⅰ、Ⅱ活性与染色质模板效率变化一致,说明染色质模板活性降低是导致细胞核转录功能减退的原因之一。(2)幼年鼠染色质RNA和NHCP含量高于老年鼠,提示染色质结合蛋白及RNA可能参与不同生理时期脑神经元染色质结构和功能的调节。(3)老年鼠脑染色质DNA抗DN-aseⅠ酶解能力增强,提示衰老导致转录活性染色质区域减少。     

染色质构象解析技术——Hi-C及染色质构象信息提取

真核生物染色质在核内的空间组织形式能影响DNA的空间分布,因而对基因转录、DNA复制等生物学过程具有调节作用。目前对这种空间上高度有序的基因组结构的认识还是粗糙的、碎片式的和不完整的。近年,利用染色质构象捕获技术发展起来的衍生技术——Hi-C技术,是一种研究全基因组范围的染色质相互作用以及探明全基因组的三维结构的分析技术。利用Hi-C技术能够对染色质内部或所有染色质之间的相互作用进行精细分析,从而把基因表达调控引入到空间的、全局性的研究层面,为全面解析与DNA有关的生物学过程的机理开启新的契机。本文主要阐述染色质构象解析技术Hi-C的实验原理、数据处理以及染色质构象信息提取,包括染色质内相互作用情况分析、全基因组基因活性分类、拓扑关联结构域(TAD)和染色质环(chromatin loop),介绍染色质构象信息与基因调控研究方面的国际前沿进展。     

大鼠小肠粘膜上皮细胞体外转录系统

作者用改良的Bronstein法分离纯化大鼠小肠粘膜上皮细胞核,建立了粘膜上皮细胞核、染色质和RNA聚合酶体外转录系统,并对它们的转录活性和某些因素的影响进行了一些比较研究。实验结果提示肝素可提高细胞核、染色质的转录活性,抑制分离的可溶性RNA聚合酶活性。鹅膏蕈碱可抑制核和染色质转录活性。精胺在低浓度(＜10mmol／L)对RNA聚合酶有加强作用,而高浓度有抑制作用,表明上述系统适用于转录调控的研究。     

DNA甲基化与基因表达调节

甲基化修饰是脊椎动物ＤＮＡ唯一的自然修饰方式,动物基因组甲基化与基因表达密切相关,ＤＮＡ甲基化通过与反式作用因子相互作用或通过改变染色质结构而影响表达,在Ｘ染危体关系,基因组印记,肿瘤发生发展中的起重要作用。     

X染色质标本制作与性别鉴定

X染色质和 Y染色质 ,可用来鉴定 1个人的性别。主要是对发病率有性别差异的遗传性疾病的预防有参考作用 ,如色盲 ,血友病等。1　材料与方法1.1　实验材料　正常女性口腔粘膜细胞1.2　实验器材　刻度离心管　牙签　载玻片　盖玻片　吸水纸　玻璃笔　离心机　吹风机　漱口杯　乳头吸管　染色缸　显微镜　水浴箱1.3　试剂　固定液 (无水乙醇 3:冰醋酸 1)　硫堇染液　 Giemsa染液　乳酸醋酸地衣红染液　磷酸缓冲液(p H6 .8)　结晶紫染液　 1mol/ L盐酸　 95 %酒精　蒸馏水　生理盐水　无水乙醇1.4　实验方法1.4 .1　方法 　 1)用口杯漱口后 ,…     

DNA甲基化与发育调节

甲基化修饰是脊椎动物ＤＮＡ唯一的自然修饰方式,动物基因组甲基化与基因表达密切相关,ＤＮＡ甲基化通过与反式作用因子相互作用或通过改变染色质结构而影响表达,在胚胎发育、Ｘ染色体失活、基因组印记及肿瘤发生发展中起重要作用。     

从染色质到染色体的结构模型及今后研究展望

染色质是细胞形态学名词，指真核细胞有 丝分裂间期核内被碱性染料染色的物质。它相 当于生物化学上的核内DNA和蛋白质的复合 体。间期的染色质在有丝分裂时形成染色体。 染色体到有丝分裂间期又变为染色质。因此染 色质和染色体是有丝分裂周期中不同阶段的运 动形态。     

自制教具突破理解“细胞分裂中染色体（DNA）行为变化规律”难点

细胞分裂过程中，染色体的DNA进行半保留复制，染色质高度螺旋化成染色体。利用教具的制作和演示．提高学生对这部分内容的学习理解效率。     

染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析

染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.     

染色质可及性分析的研究进展

在细胞核内,染色质可及性模式会随着外部刺激和发育线索的改变而发生动态变化。染色质可及性重构对于基因表达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用。因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解析具有十分重要的意义。近几年,随着高通量测序技术的进步以及测序成本的降低,基于高通量测序技术的染色质可及性分析方法得到了迅速发展。目前观察和分析全基因组染色质开放与否的常见技术主要有脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序（DNase-seq）、微球菌核酸酶测序（MNase-seq）、甲醛辅助分离调控元件测序（FAIRE-seq）以及转座酶可及性测序（ATAC-seq）。本文比较了这4种染色质可及性分析技术的优缺点,详细介绍了它们的原理及主要实验流程,并简要讨论了它们的发展及相关技术的应用,期望通过这些互补的方法为染色质分析领域的未来发展提供一些借鉴和思路。     

猪脾细胞核ENA与染色质成分分析

猪脾细胞核可提取核抗原（ＥＮＡ）和染色质的组分分析的结果表明：两者紫外吸收光谱明显不同，ＥＮＡ呈现单一吸收峰，染色质则有两个吸收峰；ＥＮＡ中的非组蛋白（ＮＨＣＰ）含量高于染色质，而两者组蛋白（ＨＰ）含量基本相同；电泳行为显示，ＥＮＡ和染色质的ＨＰ图谱相似，但ＮＨＣＰ存在明显的差异。     

抗菌肽CM4组分对K562癌细胞染色质DNA断裂作用的SCGE研究

单细胞凝胶电泳法（singe cell gel electrophoresis, SCGE)是一种快速,敏感的检测单个哺乳动物细胞DNA断裂的技术,也叫彗星实验（comet assay).此实验首次通过SCGE法观察抗菌肽CM4组分对人髓样白血病K562细胞和正常人白细胞核染色质DNA的影响,从而进一步研究抗菌肽抗癌作用的机制.荧光显微镜观察显示经抗菌肽CM4组分处理过的K562癌细胞核染色质DNA出现断裂,形成一个亮的荧光头部和彗星似的尾部,而经同样处理的正常人白细胞和未经抗菌肽处理的K562癌细胞核染色质DNA未出现断裂,核完整,呈圆形.经彗星尾长分析,前者DNA损伤率平均为73.62%,统计学处理P＜0.001,具高度显著性差异.这表明,抗菌肽CM4对K562癌细胞核染色质DNA有明显的断裂作用,而对正常人白细胞则没有断裂作用.     

关于蚕豆M染色体异染色质区的研究

本文报告了一种用苏木精染色显现蚕豆染色体异染色质区的方法,与低温处理加孚尔根反应法作了对比,分析了它们的异同点。作者根据前人工作和本实验结果,提出了在典型异染色质区和常染色质区之间应有一些过渡等级存在的论点,并把蚕豆 M 染色体的异染色质区初步区分出五个等级,对它们的性质作了一些讨论。     

染色质构象捕获及其衍生技术

染色质的构象在基因表达调节方面起重要作用．介绍了染色质构象捕获、环状染色质构象捕获、3C碳拷贝、ChIP-loop、ChIA-PET和Hi-C等技术的基本原理及发展历程,对影响实验结果准确性的主要因素进行了分析．目的是为在三维层面研究基因的表达调控介绍新的研究手段,为功能研究提供新思路,也为相关技术的应用提供理论参考．     

异染色质及基因关闭

异染色质普遍存在于真核生物的染色质中,和细胞分裂、生存竞争等有密切关系,尤其在调节基因的活性上有重要作用。组蛋白尾的修饰,决定着异染色质的形成和解聚,从而控制基因的启闭,这一机制被称为组蛋白密码。本文以裂殖酵母的交配型区为例介绍了异染色质的的形成及维持机理。组蛋白密码可能是DNA遗传密码外生命的又一调节机制,而对异染色质形成和结构功能的研究,将成为破译组蛋白密码的钥匙。