蛋白质卷曲研究进展(下)

二硫键介导的多肽片段的稳定构象,Pro 的顺反异构体,以及熔球态等,都是蛋白质卷曲中间态存在的证据.介绍了关于蛋白质卷曲途径的争论和蛋白质卷曲途径研究的新进展.     

生物高分子在溶液中的空间结构与功能关系的研究概况——讨论会纪要

一、研究溶液中空间结构的意义蛋白质在一定的条件下处理时,共价键不变而失去它的生物活力,这种过程叫做变性。1931年吴宪指出蛋白质的变性就是它的主链从卷曲变到伸展,这说明蛋白质的空间结构与功能之间有重要关系。1951年Pauling提出了蛋白质肽链α螺旋结构的理论,在这种基础上逐步开展了蛋白质在溶液中的空间结构即构象     

大肠杆菌卷曲菌毛的生物合成和致病性

大肠杆菌卷曲菌毛是其菌体表面的一种含纤维素样蛋白质附着器官,出现在大肠杆菌生理和病理过程中。卷曲菌毛可以通过黏附等作用介导大肠杆菌侵袭宿主;作为一种细菌淀粉样蛋白,卷曲菌毛有可能引起淀粉样蛋白相关疾病;卷曲菌毛可以诱导宿主炎症因子水平升高,引起脓毒血症;卷曲菌毛可以和纤维素等一起构成菌外基质,参与生物膜的形成。我们简要综述了大肠杆菌卷曲菌毛的生物合成、生物学功能和致病性。     

马来良姜花柱卷曲运动的结构基础

山姜属(Alpinia L.)植物的花柱具卷曲运动的能力, 该属植物的野生种群有两种表型的个体, 其花柱运动方向相反。该文通过观察马来良姜(Alpinia mutica Roxb.)花柱的显微和超微结构来研究花柱卷曲运动的结构基础。结果表明两种表型的花柱解剖结构相同。花柱仅形态学上端区域(约占花柱总长度的25%)有卷曲运动能力, 其它区域不能运动。运动区近轴侧分布着几层直径较大、形状不规则、相对较短且细胞壁较薄的细胞, 远轴侧的细胞直径较小、狭长; 非运动区近轴和远轴侧的细胞都呈狭长形。花柱运动区域近轴侧和远轴侧细胞结构和细胞层数的不对称可能是导致花柱卷曲运动的结构原因。     

马来良姜花柱卷曲运动的结构基础

山姜属(Alpinia L.)植物的花柱具卷曲运动的能力,该属植物的野生种群有两种表型的个体,其花柱运动方向相反。该文通过观察马来良姜(Alpinia mutica Roxb.)花柱的显微和超微结构来研究花柱卷曲运动的结构基础。结果表明两种表型的花柱解剖结构相同。花柱仅形态学上端区域(约占花柱总长度的25%)有卷曲运动能力,其它区域不能运动。运动区近轴侧分布着几层直径较大、形状不规则、相对较短且细胞壁较薄的细胞,远轴侧的细胞直径较小、狭长;非运动区近轴和远轴侧的细胞都呈狭长形。花柱运动区域近轴侧和远轴侧细胞结构和细胞层数的不对称可能是导致花柱卷曲运动的结构原因。     

斑马鱼TATA结合蛋白的生物信息学分析

斑马鱼TATA结合蛋白(TBP)是转录过程中的重要起始因子。利用生物信息学方法对斑马鱼TBP的理化性质、物种间同源性、保守结构域、跨膜区、亲水性/疏水性、蛋白质二级结构、蛋白质三级结构、蛋白质相互作用进行预测分析。分析表明,斑马鱼TBP全长302个氨基酸,等电点9.8,属于TATA结合蛋白超家族,不含跨膜区,属于亲水蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,含5个α螺旋区和8个β折叠区,三维建模空间结构可信度98.9%,进一步分析建模结果可靠;与斑马鱼TBP相互作用的蛋白质均为转录因子或TFⅡD复合物组分。分析结果对于深入研究斑马鱼TBP在基因转录中的作用具有一定的理论指导意义。     

黑曲霉果胶裂解酶的生物信息分析

用生物信息方法对果胶裂解酶(PNL)基因的核酸序列及其推导氨基酸序列的组成、亚细胞定位、疏水性/亲水性以及二、三级结构等进行分析.结果表明,黑曲霉的PNL为具有一定亲水性的稳定酸性分泌蛋白,具有明显的信号肤,无跨膜结构区,保守功能结构域为Pee_lyase_C.二级结构主要构成是不规则卷曲,具有以β片层结构为基础的相似三维空间结构.     

蛋白质构象的可变性及其在胰岛素结构中的反映

我们对蛋白质三维结构的认识,主要来源于对蛋白质晶体的X射线衍射分析。应用该方法已测定了一百多个蛋白质分子的结构。这些结构分析表明,蛋白质分子具有一个特定的空间结构,并且是相当稳定的致密结构。蛋白质多肽链的卷曲方式,主要取决于非共价力。除了少数的二硫键外,蛋白质结构中有大量的次级键。水溶性蛋白质结构内部由空间上契合得很好的疏水氨基酸侧链组成,带电或极性侧链,除了为行使特殊的功能而藏于凹窝或沟槽的深处,一般都分布在分子的表面。由较长肽链组成的结构,常常可以被划分为相对独立的较稳定的结构域;而含有多条肽链的蛋白质,通常形     

拟南芥AtLH基因过量表达引起叶向下性卷曲和晚开花

AtLH基因是BcpLH基因在拟南芥(Arapsis thaliana L.)中的同源基因,含有两个编码双链RNA结合蛋白的结构域.在大白菜叶球发育过程中,BcpLH基因与包叶的卷曲有关.为研究AtLH的基因对叶卷曲这一重要生物学现象的调控作用,构建了35S:AtLH基因的正义表达载体并转化拟南芥.与野生型比较页言,转基因植株的花和叶中AtLH的表达量有显著增加,成为AtLH基因过量的植株.这些植株的莲座叶向外或向下卷曲,呈现明显的偏上性生长;而且抽苔和开花时间延迟;在营养生长期其短缩茎的叶腑处着生数个侧茎,表现为顶端优势减弱;在生殖生长期二级花序减少使得主花序更加发达,表现为顶端优势增强,转基因植株对激素的敏感性改变,IAA剌激根生长的作用增强,ABA抑制根生长的作用减弱.由此可见,AtLH基因的过量表达可引起转基因植株的叶片向下卷曲.     

蛋白质肽链的翻译后加工1.概论

蛋白质肽链的翻译后加工１．概论王克夷（中国科学院上海生物化学研究所,上海２０００３１）关键词翻译后加工,卷曲,分拣,投送,激活,化学修饰虽然所有的蛋白质的肽链在翻译以后就已合成了,但是大多数蛋白质的肽链在翻译的同时（ｃｏ－ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ）...     

枯草杆菌蛋白酶E的分子动力学模拟和随机动力学模拟

在同源蛋白质序列比较的基础上;利用毕汝昌小组计算机图象系统得到的粗结构,作了能量极小化,分子动力学模拟,随机动力学模拟,得到了枯草杆菌蛋白酶的空间结构.并将该结构与已知同源蛋白质的空间结构进行了比较.     

蛋白质结构与相互作用研究新方法——交联质谱技术

蛋白质的空间结构信息以及蛋白质间的相互作用信息对于研究蛋白质的功能有重要意义.研究蛋白质结构与相互作用的传统技术,如核磁共振技术、X射线晶体衍射技术等,对于蛋白质的纯度、结晶性和绝对量均有比较高的要求,限制了其广泛应用.交联质谱技术是近十多年来发展起来的新技术,它将质谱技术与交联技术相结合,在研究蛋白质结构与相互作用方面具有速度快、成本小、蛋白质各方面性状要求低等优势.本文就交联质谱技术各个环节的技术方法加以综述,包括交联质谱实验分离富集技术、常见交联剂特性、交联质谱数据库搜索算法、结果验证研究和交联质谱技术的应用等方面,并展望了该研究方向未来的发展.     

蛋白质空间结构预测

早在70年代,Anfinsen就提出蛋白质分子的一级序列决定其空间结构的论断,这一论断得到多次实验证实并被人们广泛接受,成为蛋白质结构预测的理论基础。由于蛋白质分子的结晶非常困难,因此蛋白质三维结构预测成为目前了解蛋白质结构信息的重要手段,这一研究领域也成为蛋白质工程研究的一个非常活跃的方向。     

蛋白质构象病

蛋白质的空间结构又称为三维结构或构象（conformation）,特定的空间构象是蛋白质发挥其各种功能的结构基础。由于蛋白质担负着复杂的生化反应,因此在生物合成以后,蛋白质本身也经历着复杂的生理过程;蛋白质自翻译以后,需进行一系列的翻译后过程,包括跨膜转运、修饰加工、折叠复性、生化反应、生物降解等,这些过程都伴随着蛋白质的结构转换。随着对疯牛病的研究,人们发现：蛋白质分子的氨基酸序列虽不改变,但其空间结构或构象的改变也能引起疾病。同时,越来越多的研究表明,一些遗传性疾病是由于基因突变导致了蛋白质的错误折叠,这些突变并不直接影响蛋白质的功能结构域,但由于蛋白质的错误折叠,干扰了其正确运输,形成对细胞有毒性作用的聚积物。     

蛋白质溶液中构象,构象组装及构象动态学

蛋白质结构与功能关系的研究一直是生物化学和分子生物学领域内的一个主要课题。蛋白质分子结构的最重要特点是它不仅有一定的化学结构,而且有特定的空间结构,即构象。蛋白质的功能与特定的构象紧密相关,而且在蛋白质发挥功能的过程中常常伴随有构象的动态变化过程。由于生物体内蛋白质发挥作用的环境是生理pH条件下的水溶液,因此研究蛋白质在溶液状态下的构象及构象变化,对阐明蛋白质结构与功能关系是至关重要的。     

不同植物防御素的生物信息学分析

采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的花生、鹰嘴豆、合欢、车前草、沙梨、辣椒等植物的防御素的核酸和氨基酸序列作了分析,并对其组成成分、翻译后修饰、导肽、跨膜结构域、疏水性,亲水性、蛋白质二级结构和功能结构域进行预测和推断的结果表明：此类蛋白可能是一具有信号肽的分泌型蛋白,α-螺旋和不规则卷曲是蛋白质二级结构中量最大的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,包含一个gamma-thionin功能结构域。     

分子遗传学简介

复制过程中所需要的酶 完成复制过程是需要借助于许多酶类及特异蛋白 质的。所以我们简述一下几种主要酶与蛋白质的作 用,将有助于加深理解DNA复制过程。 解曲酶(swivelase) 它能够解开闭环DNA的 超螺旋结构的卷曲,使其形成一个开环的DNA（图32). 解开超螺旋的卷曲是有利于DNA复制的。     

基于点云卷积神经网络的蛋白质柔性预测

目的 蛋白质的柔性运动对生物体各种反应有着重要意义,基于蛋白质的空间结构预测其柔性运动是蛋白质结构-功能关系领域的重要问题.卷积神经网络(convolutional neural network,CNN)在蛋白质结构-功能关系研究中已有成功应用.方法 本研究借鉴计算机视觉研究中PointNet方法的思想,提出了一种蛋白...     

蛋白质工程和蛋白质折叠

蛋白质一级结构决定着高级结构。蛋白质肽链在适宜条件下会自动卷曲形成其相应的高级结构,即自动发生蛋白质折叠,其自动发生的原因和过程仍不十分清楚,但是随着蛋白质工程的日益兴起,这些与折叠有关的问题也愈显重要,就此已有文章进行过讨论[1,2]。反之,如把新兴的蛋白质工程手段(尤其是基因定点诱变技术)应用来研究这些折叠问题,必将推动蛋白质折叠的研究。本文将就蛋白质折叠与蛋白质工程相互影响的一些例子进行讨论。     

卷曲乳杆菌对三种结肠上皮细胞的粘附性

目的研究卷曲乳杆菌对3种结肠上皮细胞(SW480细胞、SW620细胞、LOVO细胞)的粘附性。方法将处于对数生长期的卷曲乳杆菌A7分别与SW480细胞、SW620细胞、LOVO细胞进行体外粘附试验,革兰染色后显微镜观察卷曲乳杆菌A7对3种结肠上皮细胞的粘附结果并计数。结果卷曲乳杆菌A7对3种结肠上皮细胞的粘附均具有显著性,其中对于SW480细胞和LOVO细胞的粘附性明显高于SW620细胞。结论卷曲乳杆菌A7对SW480细胞、SW620细胞、LOVO细胞均具有较强的粘附性,提示该菌株有望成为肠道益生菌的新成员。