人类肠道病毒74、80和87型山东地方株的鉴定及基因特征分析

随着基于VP1序列分析的分子定型方法的推广应用,许多新型人类肠道病毒(Human enterovirus,HEV)陆续被发现。本研究通过对1989～2010年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统分离到的非脊髓灰质炎肠道病毒进行VP1完整编码区的序列扩增及分子定型,共发现1株EV74,3株EV80和1株EV87。同源性分析显示EV74、EV80和EV87山东分离株与原型株的核苷酸同源性分别为81.4%,76.4%～81.7%以及80.3%。系统发生学分析显示山东地方株与国内外其他分离株的亲缘关系均较远。这是在中国大陆地区首次发现EV74和EV87,其中EV87山东分离株为全球第2个鉴定出的分离株。这3种新型HEV在AFP监测系统中的分离率较低,提示尚未在我国导致大规模流行。     

肠道病毒B组山东地方株的基因型分布

为明确源自急性弛缓性麻痹(AFP)病例的HEV-B组病毒山东地方株的基因型分布,探讨其优势基因型的变迁与疾病暴发之间的关系,本研究对山东省1994年~2008年AFP监测系统分离到的HEV-B组病毒进行了VP1区核酸扩增和序列测定。序列测定结果显示HEV-B山东地方株共包括29种基因型,其中CVA 1种(CVA9),CVB 5种(CVB1~5),ECHO 20种以及新型肠道病毒EV73、75、97。其中ECHO11、CVB3、ECHO6、ECHO14、ECHO25是AFP监测系统中最常分离到的B组病毒。同源性比较显示,相同血清型HEV-B山东地方株型内核苷酸同源性最小75.4%,最大99.6%,与原型株核苷酸同源性最小73.8%,最大85.2%,但氨基酸变异不大。研究表明,不同基因型病毒具有不同的时间循环模式,相同基因型毒株内部根据其遗传距离的远近又可划分为不同的基因亚型,从而帮助确定HEV的传播途径和传播范围。     

柯萨奇病毒A组2、6、8、12型山东地方株型别鉴定及其基因特征分析

在前期研究中,对山东省1989～2011年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)和手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患者标本中分离到的部分人类肠道病毒(Human enteroviruses,HEVs)进行分子定型,发现了8个HEV-A血清型。为进一步探究HEV-A组病毒在山东省的基因型分布及分子进化特征,本研究继续对剩余分离株进行核酸提取,以HEV-A组特异性引物对VP1完整编码区进行序列扩增、测序和分子定型,又鉴定出4个血清型,分别为柯萨奇病毒A组(Coxsackievirus A,CVA)2、6、8、12型,共7株病毒。同源性分析显示,7株HEV-A山东分离株与其原型株核苷酸同源性介于80.8%～85.0%之间。系统进化树表明,CVA8、12型山东分离株与国内分离株存在一定亲缘关系,而CVA2、6型山东株同国内外分离株亲缘关系均较远,并且CVA2、6型在山东省内可能存在多个传播链。本研究将我省HEV-A组的血清型别增加至12个,进一步丰富了HEV-A山东地方株的遗传进化特征,并且发现CVA2、6、8、12血清型在山东省甚至全国范围内存在不同基因特征的传播链的共循环。     

人类肠道病毒74型山东地方株的全基因组序列分析

人类肠道病毒(HEV)74型是人类肠道病毒B组(HEV-B)的新成员。为了解其进化和重组特性,本研究对2005年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统分离到的人类肠道病毒74型山东地方株05293/SD/CHN/2005进行了全基因组序列测定和分析。与GenBank中的另2株HEV74全基因组序列比对,发现在5’NTR和3’NTR区有核苷酸缺失和插入;核苷酸序列的同源性分别为80.8%和80.6%,氨基酸同源性为96%和95.9%。山东株与原型株USA/CA75-10213间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.5%、80.0%和79.7%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.0%和96.2%;山东株与西藏株Rikaze-136间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.9%、78.8%和79.5%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.1%和95.7%。通过系统发生树和同源重组分析,发现该病毒可能与其他HEV-B组肠道病毒间发生重组。     

2015—2019年河南省在L20B细胞增殖的非脊髓灰质炎肠道病毒基因特征分析

目的 对2015—2019年河南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中,在转人类脊髓灰质炎病毒受体小鼠肺细胞(mouse cell line expressing the gene for human cellular receptor for poliovirus,L20B)...     

急性弛缓性麻痹病例中ECHO11病毒的基因特征分析

该文首次分析了我国ECHO11病毒的分子流行病学资料。1999~2004年,ECHO11病毒是山东省急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的优势毒株,2003年从山东省482例AFP病例中共分离到11株ECHO11病毒,其中相关的10例病例分布跨越山东省大部分地区,但发病日期集中在7月和12月。该研究试图通过对VP1编码基因全序列的测定和分析,为探讨ECHO11病毒与AFP之间的病因关系提供线索。分子流行病学研究提示,11株E-CHO11毒株都位于同一传播链,核苷酸同源性为97.2%~100%,氨基酸同源性为99.6%~100%,其中7月和12月的分离株之间相差8~9个核苷酸,氨基酸序列一致。这说明山东省2003年7月和12月分别发生了ECHO11病毒流行,但这些毒株与AFP的病因关系尚需进一步研究。11株病毒组成了A基因型中的一个新亚型,在进化树上单独呈密切相关的一簇,与同基因型内的其它亚型的核苷酸同源性为82.2%~84.7%,氨基酸同源性为94.8%~97.6%。     

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株.利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT-PCR方法对病毒进行初步鉴别.根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别.RT-PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71.10株病毒的RT-PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法.对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26和CHN-87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89.3%～94.6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81.3%～84.0%,差异较大.在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26)的同源性较高,在94.5%～100%范围内.在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支.与CHN-87株的同源性在92.1%～93.6%之间.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源性在89.3%～92.9%,差异≥7%,因此认为可将这9株病毒划分为C4亚型.上海、重庆和深圳的EV71病毒有较高的同源性,提示该病毒EV71-CA亚型在中国大陆1998～2003年间有较广泛的传播.建立中国流行的EV71病毒毒株库和基因库,对诊断、预防和控制EV71在中国的爆发有重要意义,对加强EV71的实验室诊断、病毒学监测和病毒基因型和亚型的标准命名和分子流行病学研究有重要帮助.     

一起传染病暴发中肠道病毒血清型鉴定和ECHO30基因特征分析

2003年5～9月,山东省泰安市发生了由肠道病毒(Enterovirus,EV)感染所致的传染病暴发,临床症状以手足口病(HFMD)为主,同时有心肌炎和无菌性脑膜炎等中枢神经系统症状患者也占较大比例。131份病人(粪便、咽拭子、脑脊液)标本中共分离到EV62株,其中ECHO1939株,EV716株,ECHO304株,其它肠道病毒13株。4株ECHO30病毒中的2株分离自2个患者的粪便标本,但用WHO肠道组合血清中和试验未能定出型别。另外2株分离自同一患者的粪便和脑脊液标本。病原学分析表明,ECHO30是引起该患者无菌性脑膜炎的病原。抗E—CHO30标准株的血清中和这4株病毒的滴度低于标准株5～20倍。VP1区全基因序列测定和同源性比较分析表明,4株ECHO30分离株病毒核苷酸同源性在98．0％～98．5％,氨基酸同源性在98．9％～99．3％,提示这4株病毒来源于同一传播链,2003年5～9月ECHO30在该地区可能有局部流行。系统进化树分析表明,ECHO30病毒可以划分为6个基因型,其中基因型1～5为GenBank中已发表的ECHO30分离株,山东分离株与其它5个基因型成员核苷酸差异分别在9．4％～24．4％,在进化树上形成了较独立的分支,是一个新基因型,将其划分为第6基因型。     

肠道病毒ECHO13中国分离株的基因特征

为研究ECHO13病毒中国分离株的分子特征及其与世界其它分离株之间的基因关系,对1998年、2000年从中国福建省分离到2株ECHO13病毒进行基因序列对比分析.2株病毒分别命名为Fujian98-1和Fujian00-1,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1蛋白编码基因全长861个核苷酸片段并进行序列测定,将2株ECHO13病毒的VP1序列与所有已发表的ECHO13病毒VP1基因全长进行同源性比较.结果显示,福建分离株之间核苷酸同源性为79.6%,氨基酸同源性为93.4%;与遗传距离最近的法国CF1089-91(AJ537604)毒株的核苷酸同源性分别为80%和88%,与代表株Del Carmen的核苷酸同源性分别为75.8%和77.9%.通过VP1基因分析,福建2株病毒均属于ECHO13病毒,与血清中和试验鉴定结果一致.下载所有已发表的ECHO13病毒VP1序列并构建进化树,发现福建2株病毒分属不同的分枝,提示这2株病毒来自不同的病毒传播链.进一步分析发现,整个ECHO13病毒可划分为3个不同的基因型:A、B和C基因型.福建Fujian98-1和Fujian00-1分别被划分在基因型B和C中,各基因型之间的核苷酸差异均大于20%.为验证该分型方法,将26株来自不同国家和时间的ECHO13病毒和2株福建分离ECHO13病毒部分VP1基因序列进行对比分析,建立进化树.结果显示,所有ECHO13病毒被分在A、B和C3个基因型中,而2株福建分离病毒仍然被分在B和C基因型中.除了B基因型1株病毒以外,所有3个基因型之间的核苷酸差异均大于15%,与VP1全长分型结果基本一致,说明部分VP1序列的基因分析也能用于对ECHO13病毒进行规律和分子流行病学的研究中.该研究首次报道了ECHO13病毒中国分离株的VP1蛋白基因全长序列,并推荐按VP1基因全长核苷酸差异≥20%作为划分基因型的标准,将已知的ECHO13病毒划分为A、B和C3个基因型.同时也可用病毒VP1基因5′端部分序列替代VP1全长序列来划分基因型.     

山东省急性出血性结膜炎病原学鉴定及其柯萨奇A24病毒基因特征分析

为明确2010年引起山东省青岛市、临沂市急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)流行的病原,采集26例患者的眼结膜拭子标本,分别采用实时荧光定量PCR(Real time-PCR)和细胞培养方法进行检测。Real time-PCR结果显示,17份标本柯萨奇病毒A组24型(Coxsackievirus A24,CVA24)阳性,阳性率为65.39%,肠道病毒70型(Enterovirus 70,EV70)和腺病毒均为阴性;使用Hep-2细胞共分离到10株病毒,通过VP1区基因扩增及核苷酸序列测定,10株病毒均鉴定为CVA24,同源性分析显示其核苷酸和氨基酸同源性分别为99.3%～100.0%和99.5%～100.0%,在系统进化树上聚集成一簇,本次分离的毒株与山东省急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的毒株序列差异较大,分别属于5个不同的进化分支。提示CVA24可能为引起两地AHC流行的病原,且属于同一传播链。     

湖南苗族、侗族5项人类群体遗传学特征的调查

对湖南苗族、侗族共648例的5项人类群体遗传学特征(利眼、足趾长、起步类型、耳耵聍、指甲型)进行了调查。结果显示:1)两个民族的多数人属于右利眼、拇趾长于二趾、左起步、干型耵聍和长形指甲;2)两个民族的左利眼出现率和拇趾长于二趾的出现率高于国内多数人群;3)足趾长出现率存在明显的民族间差异;苗族利眼和方形指甲出现率均表现出明显的民族内性别差异;4)5项特征间的相关关系不明显。     

广东省2020年首次报道E基因型柯萨奇病毒B组3型的鉴定及基因特征分析

柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)是肠道病毒中流行较为广泛的血清型之一,在全球多个国家和地区曾报道儿童急性心肌炎、无菌性脑膜炎、手足口病等的暴发流行,严重威胁儿童健康和公共卫生安全。本研究对广东省2020年手足口病患者标本中分离到的8株CVB3进行基因特征和进化分析,结果显示分离到的8株CVB3 VP1区核苷酸序列相似性为98.2%~99.5%,与原型株Nancy的核苷酸序列相似性在77.9%~78.5%之间,与其他CVB3中国大陆流行株的核苷酸序列相似性为79.6%~82.2%。8株CVB3均为E基因型,为广东省首次报道。8株CVB3分离株在进化树上聚集,提示病毒发生了局部传播。全基因组序列分析提示2株广东CVB3分离株在非结构蛋白区有重组现象的发生。本研究为E基因型CVB3在我国的流行传播和疾病防控提供基础资料。