斑点叉尾鮰一株致病菌的分离鉴定及系统发育分析

从发生急性流行性传染病的斑点叉尾肝、肾分离到一高致病性的菌株(CCF00024),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化及16S rDNA序列分析结果表明,其为非发酵型,严格需氧,革兰氏阴性杆菌,极生多鞭毛,对除麦芽糖和甘露糖以外的多种糖类不能利用产酸,氧化酶阴性,DNA酶、蛋白酶、脲酶、赖氨酸脱羧酶阳性,MR阴性。在以该菌16S rDNA序列(GenBank登录号AY970826)和GenBank及RDP数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列构建的系统发育树中,分离菌CCF00024与嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonasmaltophilia)聚在一簇,特别是与S.maltophiliaM5-1的同源性最高,其序列相似性达99.6%,结合形态和生理生化特点将其鉴定为嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)。     

一株微囊藻毒素降解辅助菌的分离和鉴定

以从太湖蓝藻中提取的微囊藻毒素作为微囊藻毒素降解菌的筛选物质, 通过稀释平板涂布法从腐烂的蓝藻中富集分离到一菌株, 经形态特征、生理生化特征和16S rDNA 序列分析将该菌株(GenBank 序列登录号为GQ143751)鉴定为藤黄微球菌(Micrococcus luteus); 微囊藻毒素降解实验结果表明该菌株几乎不能降解微囊藻毒素, 但可以明显促进一株微囊藻毒素降解菌微嗜酸寡养单胞菌(Stenotrophomonas acidaminiphila)对微囊藻毒素的降解能力, 将筛选菌株与微嗜酸寡养单胞菌混合培养, 混合菌对微囊藻毒素的降解能力比微嗜酸寡养单胞菌单独培养时提高66.7%。     

一株新的胡萝卜软腐欧文氏菌的分离和鉴定

从大白菜软腐组织中分离出一株软腐病细菌BC1,经过形态观察、生理生化特性分析、致病性检测和16S rDNA序列分析,该分离物被鉴定为胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜亚种（Erwinia carotovora subsp. carotovora, Ecc）的一个新菌株,编号为BC1。这是首次从16S rDNA序列水平上对在我国分布的软腐欧文氏菌进行鉴定。Ecc BC1的16S rDNA序列与其它软腐欧文氏菌株的16S rDNA序列之间同源性达987%～993%,而且在系统发育树中独立于Ecc其它菌株。序列分析结果表明,Ecc BC1具有至少2种不同的16S rDNA序列,它们都在第459位和473位（相对于大肠杆菌16S rDNA序列）发生碱基突变,同一基因中两个突变位点之间彼此互补,处于16S rRNA螺旋H17颈部,而且这两处碱基变异只存在于BC1菌株中。通过与其它软腐欧文氏菌亚种和菌株16S rDNA序列进行比对分析,还进一步鉴定出一些BC1菌株特异的16S rDNA碱基突变位点。本文报道的Ecc BC1两个16S rDNA序列在GenBank中的登录号分别为AY309068和AY309069。     

一株多环芳烃降解菌的鉴定及GST基因克隆和序列分析

由石油污染土壤中分离到一株能以多环芳烃（菲、芴、萘）为唯一碳源的细菌,经形态观察、生理生化（BiologGN）和 G+C mol%分析,鉴定该菌为少动鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas paucimobilis)。与16S rDNA序列同源性的比较进一步确证了鉴定结果。经菲诱导后的细菌谷胱甘肽S转移酶（Glutathione Stransferase, GST）酶活明显高于未诱导前,表明谷胱甘肽S转移酶可能与多环芳烃的降解有关。根据该酶基因的同源性序列设计引物,PCR扩增出编码谷胱甘肽S转移酶基因片段,进一步证实在该菌中有GST的存在。测序后基于编码GST的基因所进行的系统发育分析表明,该多环芳烃降解菌与其它多环芳烃降解菌在进化上亲缘关系较近。     

一株高毒力致病杆菌CB6的鉴定

从北京郊区果园采集的小卷蛾斯氏线虫（Steinernema carpocapsae）肠道内分离到一株具有较强杀虫和抑菌活性的致病杆菌菌株CB6。形态特征及生理生化特征测定结果表明,CB6菌株与致病杆菌属（Xenorhabdus）中的嗜线虫致病杆菌（X. nematophila）种的特征基本一致。测定了该菌株的16S rRNA序列并根据16S rRNA序列构建了系统发育树;在系统发育树中,CB6菌株与嗜线虫致病杆菌其他4个菌株形成一个类群,序列同源性大于99%。但CB6菌株的酪氨酸酶、脂酶（蛋黄）的产生、核糖产酸等生化特征与嗜线虫致病杆菌种内的其他菌株存在一定的差异,且具有更强的杀虫和抑菌活性。因此认为CB6菌株是嗜线虫致病杆菌的一个变种,命名为嗜线虫致病杆菌北京变种（X. nematophila var. pekingensis）。     

西藏扎布耶茶卡盐碱湖古菌多样性的非培养技术分析

采用非培养技术,直接从西藏扎布耶茶卡盐碱湖样品中提取微生物总DNA。以样品总DNA为模板,PCR扩增湖中古菌的16S rDNA序列。扩增产物经过克隆并随机挑选60个克隆进行测序得到它们的16S rDNA部分序列,大部分序列与嗜盐碱古菌的16S rDNA相近。在系统发育树上,部分克隆与已知古菌属归于同一分支,主要分布在嗜盐菌科的Natronococcus、Natronorubrum、Natronobacterium、Natronomonas、Natrinema、Halorubrum、Haloterrigena和Halorhabdus等8个嗜盐古菌属中, 也有一些克隆形成了独立的分支。它们共同显示出扎布耶茶卡湖中的古菌具有丰富的多样性。     

适冷海洋细菌交替假单胞菌（Pseudoalteromonas sp.）MB-1内切葡聚糖酶基因的克隆和表达

从黄海深海海底淤泥中筛选出一株产纤维素酶的适冷革兰氏阴性杆菌MB1,克隆和分析了MB1的16S rDNA序列（GenBank接受号：AY551321）,经鉴定为交替假单胞菌（Pseudoalt eromonas）,命名为Pseudoalteromonas sp.MB1。克隆了该菌适冷内切葡聚糖酶基因celA（GenBank接受号：AY551322）,并在大肠杆菌（Escherichia coli）BL21中进行了表达。重组E.coli菌体破碎后,获取上清液,其中融合蛋白GSTCelA浓度约为78.5mg/L。分析了融合酶GSTCelA的性质,其最适反应温度为35℃,最适反应pH值为72,为中性适冷酶。实验结果为交替假单胞菌低温纤维素酶的基础理论和应用研究奠定了基础。     

新疆青海中度嗜盐放线菌生物多样性初步研究

从我国新疆、青海等地采集数份盐碱土样或泥样,采用淀粉-酪素琼脂培养基、甘油天门冬酰胺琼脂培养基、土壤浸汁琼脂培养基分别从中分离到8株、32株中度嗜盐放线菌菌株。经形态、生理学特性与全细胞壁氨基酸组分分析结果比较,选取其中的14株进行16S rDNA序列分析。就物种多样性而言,新疆、青海分离到中度嗜盐放线菌分布至少有3个科,5个属。其中有拟诺卡氏菌科（Nocardiopsaceae）的拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)和链单孢菌属（Streptomonospora）;假诺卡氏菌科(Pseudonocardiaceae)的普氏菌属(Prauserella)和糖单孢菌属(Saccharomonospora);链霉菌科(Streptomycetaceae)的链霉菌属(Streptomyces)。就地区分布来讲,新疆分离到的中度嗜盐放线菌种类要远高于青海。     

一株茶碱降解菌的分离和鉴定

从制药废水生物处理系统的活性污泥中经富集分离到一株能以茶碱作为唯一碳、氮源生长的茶碱降解菌Tcn3,该菌株可以利用茶碱的最高浓度为3 000 mg/L。当茶碱浓度为1000 mg/L时被彻底降解的时间仅需48 h。Tcn3菌株降解茶碱的最适pH为80。K＋是该菌株降解茶碱的必需元素。采用16S rDNA序列分析法及传统的生理生化特征鉴定法对该菌株进行鉴定,结果表明,Tcn3的16S rDNA的核苷酸序列与善变副球菌(Paracoccus versutus) ATCC 25364的同源性为997%,在细菌系统发育分类学上属于变形菌α亚类,Rhodobacter组：副球菌属,善变副球菌。     

嗜麦芽寡养单胞菌胞外蛋白酶功能研究进展

嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)是广泛分布于自然界的革兰氏阴性杆菌。作为一种新型、与高死亡率相关的条件致病菌,嗜麦芽寡养单胞菌能够导致人类或其他生物感染多种疾病。近年来,越来越多的研究结果显示来自于细菌的胞外蛋白酶是导致宿主发病的关键蛋白质。因此,探究嗜麦芽寡养单胞菌胞外蛋白酶的组成成分和功能将不仅有助于阐明其致病机制,更为今后以其为靶点进行临床治疗奠定基础。本文试图对嗜麦芽寡养单胞菌胞外蛋白酶的性质、功能及其应用进行归纳总结。     

海绵Pachychalina sp.体内古菌多样性非培养技术分析

采用非分离培养分析方法,即16S rDNA限制性酶切片段长度多态性（ARDRA）和测序方法对南海湛江海域海绵Pachychalina sp.体内的古菌多样性进行了研究。从海绵体内直接提取古菌总DNA。以样品总DNA为模板,用古菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增获得16S rDNA,回收、纯化16S rDNA产物并克隆到TVector。进行第二次PCR扩增反应,且对扩增产物进行ARDRA。在古菌16S rDNA的ARDRA图谱中,大多数克隆的酶切带谱上存在差异;随机挑选8个克隆子进行测序,获得古菌16S rDNA的部分序列,并对16S rDNA序列进行聚类分析构建了系统进化树,结果发现海绵体内的古菌主要属于Methanogenium organophilum、Methanoplanus petrolearius等古菌类。但它们与目前数据库中收录的古细菌间的相似性均不超过90%,它们极有可能是一些新的古菌。     

海绵Pachychalina sp.体内细菌多样性的研究

通过非分离培养分析方法,直接从海绵体内提取细菌总DNA。以样品总DNA为模板进行PCR扩增获得细菌16S rDNA。用16S rDNA限制性酶切片段长度多态性（ARDRA）和测序方法对南海湛江海域海绵Pachychalina sp.体内的细菌多样性进行了研究。在细菌16S rDNA的ARDRA图谱中,大多数克隆的酶切带谱间存在差异;随机挑选22个克隆进行测序得到它们的16S rDNA部分序列,大部分序列属于γproteobacterium和αproteobacterium,但有少数克隆序列与RDP数据库中收录的16S rDNA序列间的相似性极小,不参与系统发育树的构建。研究结果表明海绵Pachychalina sp.体内细菌组成具有丰富的多样性。     

一种短杆状耐辐射菌的分离与鉴定

从北京地区公园湖岸土壤中分离到一株橙红色杆状耐辐射菌,细胞壁革兰氏染色为阴性,电镜显示菌体大小为06μm～16μm,略大于日本学者报道的Deinobacter grandis菌,过氧化氢酶的含量和分子量不同于D.radiodurans R1菌,分离菌的(G+C)mol%含量为707%, 16S rDNA序列分析表明,分离到的杆状耐辐射菌(RR5332)16S rRNA基因序列与Deinobacter grandis菌高度同源,提示RR5332归于Deinobacter菌属,并可能是该菌属中的一个新种。     

免培养法对一热泉细菌多样性的初步研究

应用免培养法（Cultureindependent）对云南腾冲热海大滚锅高温热泉中细菌的多样性进行初步的分析。经过克隆筛选,测定了5个克隆的16S rDNA插入片段的近全序列,系统发育分析的结果表明,它们分属于Bacillus、Hydrogenobacter和Pseudomonas,有一个克隆尚难确定其分类地位,它属于Thermodesulfobacteriaceae科,介于Geothermbacterium属和Thermodesulfobacteria属之间。经PCR扩增出上述5个克隆16S rDNA插入序列中及环境样品总DNA中的16S rDNA V8高变区约600bp片段,进行变性梯度电泳（DGGE）。所得电泳图谱和5个序列的系统发育树不仅表明该高温热泉存在着丰富的细菌多样性,还显示了它们是该高温热泉中细菌的优势物种。     

六六六（HCH）降解菌Sphingomonas sp. BHC_A的分离与降解特性的研究

从长期受六六六污染的土壤中分离得到一株能以HCH为唯一碳源的高效降解菌株 BHC_A。通过对其主要生理生化特征分析,以及16S rDNA序列的测定和同源性比较分析,将BHC_A鉴定为鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas sp.）。BHC_A菌株在12h以内能够完全矿化浓度分别为5mg/L的α_、β_、γ_、δ_HCH 4种异构体,特别是对β_HCH的降解在国际上也属少例。而前人所报道的γ_HCH降解菌Sphingomonas paucimobilis UT26菌株对β_HCH和δ_HCH不产生降解作用,即使经过24h的培养,对5mg/L的α_HCH的降解率也只有12.6%。在黄瓜的盆钵试验中发现,15d后BHC_A在土壤中对α、β_、γ_、δ_HCH 4种异构体的降解率为84.3%,能够有效地消除土壤中六六六的污染,缓解植株受药害症状。     

一株牙鲆皮肤溃烂症病原菌的鉴定

从山东荣成养鱼场发病牙鲆分离到一株病原菌M3,革兰氏阴性,杆状,能运动,菌落半透明,用BIOLOG细菌鉴定系统不能鉴定。通过16S rDNA序列分析和同源性检索发现M3菌株与弧菌属的同源性较高,为94%～98%。系统发育学分析表明菌株M3与鳗弧菌关系最近,相似性为996%,其生化性状也和鳗弧菌的特征相似,故可把M3定为鳗弧菌(Vibrio anguillarum)。     

高效产氢细菌新种——Ethanologenbacterium sp. X-1的分离鉴定及其产氢效能

为获得高效产氢发酵细菌,采用改进的厌氧Hungate培养技术,从生物制氢反应器CSTR中分离一株产氢细菌X1。对该株细菌进行了形态学特征、生理生化指标、16S rDNA和16S23S rDNA 间隔区序列分析等研究。结果表明与最相近的种属Clostridium cellulosi和Acetanaerobacterium elongatum等的16S rRNA基因序列同源性为94％以下。16S23S rRNA 间隔区基因序列比对分析显示保守区域仅为tRNAAla和tRNAIle序列,其它可变部位没有同源性区域,鉴定为新属Ethanologenbacterium sp.。该株细菌为专性厌氧杆菌,代谢特征为乙醇发酵,葡萄糖发酵产物主要为乙醇、乙酸、H2和CO2。在pH4.0和36℃条件下最大产氢速率是28.3mmol H2/(g dry cell·h)。经鉴定和产氢效能分析表明该菌株是一新属的高效产氢细菌。     

兼性厌氧纤维素菌的分离与系统发育分析*

从四川卧龙中国保护大熊猫研究中心提供的野外放归大熊猫“祥祥”的粪样中,分离到一株产纤维素酶的兼性厌氧菌株。该菌株经初步生理生化鉴定为肠杆菌科沙雷氏菌(Serratia),命名为Serratia JF-1116。用PCR技术扩增了该菌的16S rDNA全序列,并对其进行了克隆和测序,对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,所有与该序列高度同源的序列均为肠杆菌科的16S rDNA基因序列,选取同源性高的菌株的16S rDNA基因序列进行系统发育分析,菌株与3株Serr     

一株神经节苷脂内切糖苷酶产生菌的分离、鉴定及系统发育分析

从土壤微生物中筛选得到一株产神经节苷脂内切糖苷酶的菌株YW2112, 该酶能特异性水解神经节苷脂中连接神经酰胺和寡糖链之间的糖苷键,是研究神经节苷脂结构与功能的重要工具酶。对分离菌株YW2112进行了形态、生理生化鉴定及16S rDNA序列分析。菌株YW2112为细菌,革兰氏染色阴性,直杆状, 鞭毛周生,菌体大小为(0.6μm～1μm)×(1μm～3μm),V-P实验阳性,甲基红阴性,利用葡萄糖产酸产气。以16S rDNA同源性为基础构建了包括11株相关种属细菌在内的系统发育树,在系统发育树中,分离菌株YW2112 与Enterobacter cloacae 在同一分支,二者的序列相似性为98.6% ,结合形态和生理生化鉴定,将其鉴定为阴沟肠杆菌（Enterobacter cloacae）。     

嗜热菌Thermus sp. YBJ-1的分离和淀粉酶基因的克隆

从西藏热泉水样分离得到一株嗜热菌（YBJ-1）,其16S Rdna（1511bp）序列与栖热菌（Thermus scotoductus ITI252T）的同源性为98%。 通过PCR技术将Thermus sp. YBJ-1的淀粉酶基因(amyT)全长开放阅读框克隆到T载体。分析表明, amyT的ORF全长为1767bp,编码588个氨基酸。推导的氨基酸序列与嗜热脂肪芽孢杆菌的阿尔法环糊精酶（Bacillus stearothermophilus alpha cyclodextrinase） 和栖热菌Thermus sp.IM6501的麦芽糖淀粉酶（Thermus sp.IM6501 maltogenic amylase）分别有99%和96%的同源性,与嗜热脂肪芽孢杆菌的新普鲁兰酶（neopullulanas）的同源性为81%。