湖南省汉族人群15个STR基因座多态性分析

应用美国AmpFISTR Indentifiler荧光标记复合扩增试剂盒,结合PE9700型PCR仪和美国ABI公司310型遗传分析仪,对湖南汉族人群D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、D18S51、D5S818和FGA共15个STR基因座进行多态性调查分析．结果显示15个STR基因座的基因型分布符合Hardy．Weinberg平衡。其杂合度（H）介于0．593～0．900,多态信息含量（PIC）介于O．54～0．85,个体识别力（DP）介于0．780～0．963,非父排除率（PE）介于0．282～0．785,累计个体识别力为（1～1．6×10^-17）〉0．99999999。累计非父排除率为0．9999995．证明15个STR基因座在湖南省汉族人群中具有较高的多态性。可应用于该地区群体学研究、法医学个体识别和亲权鉴定等．     

新Y-STR DYS605在山西汉族人群中的多态性分布

为了应用更多的Y染色体特异性STR基因座以用于法医学和人类遗传学研究,用PCR结合PAGE技术检测128例山西汉族无关男性DYS605等位基因分布状况。结果显示：山西地区汉族男性DYS605基因座观察到22,21,20,19,18共5个等位基因,基因频率分别为0．0156;0．1797;0．4531;0．2891;0．0625。等位基因20和19之间的电泳距离在非变性胶上非常接近,要有足够的电泳距离才能区分。测序表明该基因座包括3个串联重复区,其中一个为可变重复区。20例女性DNA未发现扩增产物。     

新Y-STR DYS605在山西汉族人群中的多态性分布

为了应用更多的Y染色体特异性STR基因座以用于法医学和人类遗传学研究,本文用PCR结合PAGE技术检测128例山西汉族无关男性DYS605等位基因分布状况。结果显示：山西地区汉族男性DYS605基因座观察到22,21,20,19,18共5个等位基因,基因频率分别为0.0156;0.1797;0.4531;0.2891;0.0625。等位基因20和19之间的电泳距离在非变性胶上非常接近,要有足够的电泳距离才能区分。测序表明该基因座包括3个串联重复区,其中一个为可变重复区。20例女性DNA未发现扩增产物。Abstract: We study the polymorphism at DYS605 ,a new tetranucleotide Y-STR locus,in a Chinese Han population of Shanxi to meet the need of more genetic markers in forensic practice and genetic analysis. DNA were extracted from 128 unrelated male venous blood, and amplified using GDB primers. PCR products were detected using non-denaturing polyacrylamide gel electrophoresis and silver staining. Five alleles named 22,21,20,19,18 were observed with frequency of 0.0156;0.1797;0.4531;0.2891;0.0625. PCR products were not found in female DNA. Using a long enough gel for a long electrophoresis time is strongly encouraged because the rung between allele 20 and allele19 is smaller than expected. Allele sequences show that the repetitive units of DYS605 were composed with the variant units and non-variant units.     

云南泸西汉族17个Y-STR基因座多态性及遗传关系分析

调查云南泸西县汉族群体17个Y-STR基因座的多态性分布, 探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用AmpF?STR?Yfiler荧光标记复合扩增系统扩增156名汉族无关男性个体的17个Y-STR基因座, 用ABI3100遗传分析仪进行基因检测, 计算等位基因及单倍型频率, 并结合已公开发表的国内外其他16个群体的遗传学资料, 分析各群体间的遗传距离。云南泸西汉族男性群体中, 共观察到154种单倍型, 其中152种为仅观察到1次的单倍型, 2种单倍型观察到2次, 单倍型多样性(HD)值为0.9998, 基因多样性(GD)值在0.3901(DYS437)—0.9632(DYS385a/b)。17个群体遗传距离分析提示, 国内人群云南泸西汉族与湖南汉族的遗传距离最小(0.005), 与闽南汉族的遗传距离最大(0.035); 在中国周边群体中,云南泸西汉族与新加坡华人的遗传距离最小(0.015), 与日本人和马来西亚印度人群的遗传距离最大(0.060)。结果表明, 17个Y-STR基因座在云南泸西汉族中具有较高的遗传多态性, 适用当地的法医学应用。与其他民族群体的遗传多样性比较, 对了解各群体的起源、迁徙及相互关系有重要意义。     

广东汉族22个Y-STR基因座遗传多态性及遗传关系分析

调查了广东汉族群体22个 Y-STR基因座的遗传多态性分布情况, 探讨其群体遗传学及法医学应用价值。通过自行建立的两组Y-STR荧光标记复合扩增体系(MultiplexⅠ: DYS505, DYS533, DYS576, DYS588, DYS634, DYS643; MultiplexⅡ: DYS461, DYS481, DYS504, DYS508, DYS607)和应用进口Powerplex Y System (DYS19, DYS389Ⅰ/Ⅱ, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS385, DYS437, DYS438, DYS439), 对广东汉族216 名无关男性个体进行22 个STR基因座的复合分型, 用ABI310基因分析仪对扩增产物进行检测, 统计22 个Y-STR基因座的群体遗传学参数, 并结合已公开发表的其他12 个群体“扩展单倍型”的数据资料, 分析广东汉族群体遗传距离和聚类关系。3 组复合扩增系统均可成功进行分型, 基因多样性GD值在0.3299(DYS634)~ 0.9425(DYS385); 22 个Y-STR基因座共同构成的单倍型214 种, 单倍型多样性为0.9999。广东汉族和潮汕汉族的遗传距离最近(-0.0030), 与东北汉族的遗传距离最远(0.0195)。22 个Y-STR基因座联合检测具有丰富的遗传多态性, 对建立Y染色体STR数据库, 研究群体遗传学和进行法医学应用有重要意义。     

云南汉族群体FIBRA、DHFRP2、ACTBP2基因座多态性及其法医学应用

采用Amp-FLP分型方法,调查云南汉族群体FIBRA、DHFRP2、ACTBP2基因座的遗传多态性,并将其应用于法医学实践。200份EDTA抗凝血采自昆明地区无血缘关系汉族个体,采用酚—氯仿法提取DNA;法医物证实际检案及亲子鉴定检材取自昆明医学院法医系物证教研室检案,各种动物血痕取自动物中心,采用酚—氯仿法或Chelex法提取DNA,PCR扩增,非变 性聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,硝酸银染色分型。结果表明,FIBRA、DHFRP2、ACTBP2基因座分别观察到15、7、13个等位基因,基因型数分别是57、25、61。3个STR基因座的杂合度（H）分别为：0.8940、0.8174、0.9130;多态信息容量（PIC）分别是:0.8908、0.8045、0.9117;个人识别力（Dp）分别是：0.9733、0.9416、0.9772;非父排除率（Epp）分别是：0.7994、0.6542、0.8348,基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。20个家系调查结果表明,3个基因组均符合孟德尔遗传规律。 Genetic Polymorphism of FIBRA,DHFRP2 and ACTBP2 and Their Forensic Application in Yunnan Han Population JING Qiang,NIE Sheng-jie Department of Forensic Medicine,Kunming Medical College,Yunnan Province 650031,China Abstract:To investigate the genetic polymorphism of FIBRA,DHFRP2 and ACTBP2 in Yunnan Han population as well as their application in forensic science,EDTA-blood specimens were collected from 200 healthy individuals.The DNA were extracted either by the Chloro form,phenol method or by the Chelex-100 method.The PCR products were analyzed by PAG vertical electrophoresis,following by silver staining.All gene frequencies,discrimination power (DP),exclusion of paternity probability (EPP),heterozygosity (H),polymorphisms information content (PIC),matching probability (PM) as well as the Hardy-Weinberg test were calculated.The obtained data are beneficial in the understanding of population genetics of the three STR loci in Yunnan Han population and the results suggest that these loci are valuable genetic markers for paternity testing and personal identification in forensic science practice. Key words：short tandem repeat; Amp-FLP; genetic polymorphism     

中国云南白族和新疆维族7个Y-STR基因座的遗传多态性

利用AB I3100遗传分析仪, 我们调查了7个Y-STR基因座构成的单体型在中国云南白族133例和新疆维族105例无关男性个体中的分布。7个Y-STR基因座包括DYS456、DYS464 a/b/c/d、DYS527 a/b、DYS531、DYS709、DYS448和DYS522。结果显示,云南白族和新疆维族2个民族男性群体中,分别观察到133、105种单体型, 均为仅观察到1次的单体型,单体型多样性(HD)均趋近于1, 比较这种单体型在两个群体中的分布差异,显示有统计学显著意义(秩和检验: P<0.001)。中国云南白族和新疆维族7个Y-STR基因座具有较高的多态性, 为法医学实践和群体遗传学的研究提供了有用的基础资料。     

7个Y-STR基因座荧光标记复合分型及在中国汉族群体中遗传多态性的研究

建立了FAM（蓝色荧光）标记的DYS456、DYS464a/b/c/d和DYS527a/b和JOE(绿色荧光)标记的DYS531、DYS709、DYS448和DYS522 7个Y染色体STR基因座(相当于11个位点)复合扩增分型体系。利用ABI3100遗传分析仪调查中国广东汉族151例和河南106例汉族无关男性个体的遗传多态性分布, 并探讨在法医学中的应用价值。结果显示, 此方法能作出正确分型的最低基因组DNA量为0.02 ng; 在女性成份为男性成份150倍的混合DNA样本(总DNA量为160 ng)中能正确检出全部7个Y-STR基因座的基因型。 广东和河南2个汉族男性群体中, 观察到的单体型分别有150、105种, 其中仅观察到1次的单体型分别有149、104种, 单体型多样性(HD)分别为0.999912、0.999820; 这组Y-STR单体型在两个群体中的分布差异有统计学显著意义(秩和检验: P<0.001)。此7个Y-STR基因座多态性分析适用于法医学实践和人类进化的研究。     

辽宁满族11个Y-STR基因座多态性及遗传关系的分析

调查了辽宁满族群体11个Y-STR基因座的多态性分布, 探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用Powerplex Y System荧光标记复合扩增系统检测203名满族无关男性个体的11个Y-STR基因座, 用ABI310遗传分析仪进行基因分型, 计算等位基因和单倍型频率, 并结合已公开发表的国内其他16个群体相应基因座的遗传学资料, 分析其遗传距离和聚类关系。满族个体中共检出189种单倍型, 单倍型频率多样性0.9991, 基因多样性GD值在0.4594(DYS391)～0.9258(DYS385a/b); 从遗传距离分析发现, 满族和东北汉族的遗传距离最小(0.0015), 与维吾尔族的遗传距离最大(0.1485)。结果表明, 11个Y-STR基因座在满族群体中具有较好的遗传多态性, 适用于当地区的法医学应用。与其他民族群体遗传多样性的研究, 对了解满族的起源、迁移以及相互关系有重要意义。     

山西汉族17个Y-STR基因座遗传多态性及遗传关系

为了调查山西汉族群体17个Y-STR基因座的多态性分布,探讨其群体遗传学及法医学应用价值,文章应用Y-filer TM试剂盒检测222名山西汉族无关男性个体的17个Y-STR基因座,用ABI3130遗传分析仪进行基因分型,计算等位基因频率及单倍型多样性,并结合已公开发表的国内其他13个群体相关数据资料,分析山西汉族群体遗传距离和聚类关系。结果:山西汉族个体中共检出219种单倍型,单倍型多样性为0.9999;基因多样性GD值在0.3894(DYS391)~0.9755(DYS385a/b)。从遗传距离分析发现,山西汉族与吉黑汉族之间的遗传距离最近(?0.0001),与台湾群体(0.0152)之间的遗传距离相对较远。结果表明该17个Y-STR基因座在山西汉族群体中具有丰富的遗传多态性,对建立Y染色体STR数据库、研究群体遗传学和进行法医学应用有重要意义。     

对法医学相关的DYS549、DYS527和DYS459基因座在男性不育症人群中的缺失、重复调查

位于Y染色体无精症因子区域(Azoospermia factor, AZF)的基因座位点DYS549、DYS527和DYS459在法医学鉴定和家系分析中被广泛应用。但是,在男性不育患者中,DYS549、DYS527和DYS459位点很可能会表现出特殊的基因型,对应用Y染色体短串联重复序列(Y chromosome short tandem repeat, Y-STR)进行个体识别的结果产生干扰。因此,文章应用14个Y-STR基因座复合扩增体系和Y染色体AZFc区DAZ、CDY1基因的拷贝数检测等方法,探讨男性不育症中法医学相关的3个Y-STR基因座的异常分型,对个体识别和家系分析中的DNA检验异常结果提供合理的解释。在240例男性非梗阻性无精、严重少精、先天性双侧输精管缺如(CBVAD)患者中,采用改良的多重PCR体系进行AZF区域微缺失的序列标签位点(Sequence tagged sites, STSs)检测,发现AZF微缺失40例(AZFa：2例;AZFb：2例;AZFc：30例;AZFb+c：6例),AZF的总缺失率为16.67%。应用14 Y-STR复合扩增体系对上述AZF微缺失的阳性患者样本进行检测,发现所有AZFb缺失患者存在DYS549等位基因缺失,AZFc缺失患者存在DYS527、DYS459等位基因缺失,AZFb+c缺失患者存在DYS549、DYS527和DYS459等位基因缺失。在AZF微缺失阴性的不育症患者中,通过检测DAZ、CDY1基因拷贝数发现10例AZFc部分复制的患者(1例为先天性输精管缺如,2例非梗阻性无精症,7例严重少精子症),占所调查不育人群的4.17%。男性不育人群AZF区域3个Y-STR基因座多态性会造成等位基因缺失或者重复,这些异常分型是由于临床遗传缺陷造成的而不是实验偏差。阐明Y-STR在男性不育人群中的异质性可以更好地完善Y-STR数据库和解释STR实验结果。     

河南汉族群体6个STR基因座遗传多态性研究

对河南省河南籍汉族群体的6个短串联重复序列（Short tandem repeats,STR)基因座等位基因频率进行研究,得到河南汉族群体F13A1,F13B,D8S1179,CSF1PO,D5S818,TPOX基因座的群体遗传学依据。EDTA抗凝血样采自河南122名无血缘关系的汉族个体,采用Chelex法抽提DNA,PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺垂直凝胶电泳,银染显色分析,得到6个基因座的等位基因频率,各基因座的杂合度分别为：0.62,0.46,0.83,0.59,0.78,0.65;人体识别率分别为0.78,0.66,0.95,0.79,0.92,0.82。6个STR基因座具有较高的杂合度,等位基因分布符合Hardy-Weinberg平衡,是较理想的遗传标记,可用于法医学个本识别和亲权鉴定。     

现代罗布人mtDNA 9bp序列缺失频率与DYS287位点多态性研究

目的:研究现代罗布人线粒体DNA 9bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性.方法:分别采用PCR扩增直接测序法和PCR结合琼脂糖凝胶电泳检测法对不同位点的多态性进行分析.结果:在48名无关现代罗布人群个体中,线粒体DNA9bp序列缺失频率为8.3%,在34名无关现代罗布人群男性个体中DYS287全部显示为YAP-.结论:获得现代罗布人线粒体DNA 9bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性数据,为该群体遗传关系的分析、法医学鉴定及该群体的起源提供了一定的遗传背景资料.     

DYS458、DYS534、DYS426和DYS626基因座多态性研究

目的：研究河南汉族群体DYS458、DYS534、DYS426和DYS626四个Y-STR基因座遗传多态性,评估其法医学应用价值。方法：采用PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及DNA测序分析河南汉族113名无血缘关系、健康男性个体的4个Y-STR基因座基因及单倍型频率分布。结果：4个基因座共发现了24个等位基因,频率分布在0.0177～0.9027,基因多样性（gene diversity,GD）值最低为0.1801（DYS426）,最高为0.8368（DYS626）。113个个体共检测到94个单倍型,其79种为惟一的,单倍型多样性为0.99589。结论：4个Y-STR基因座在河南汉族群体均具有较高的遗传多态性,可应用于法医学个体识别和亲子鉴定。     

铜川汉族人群38个Y-STR基因座多态性调查

Y染色体上的短串联重复序列（Y chromosome short tandem repeats, Y-STRs）在法医鉴定,尤其是混合斑中男性成分的检测分析和家系排查中具有重要作用。随着Y-STR试剂盒的不断推出和数据库的建立,国内外针对不同地区和群体的Y-STR多态性研究日益增多,而有关铜川汉族Y-STR研究鲜有报道。基于此,采用YfilerTM Platinum复合扩增试剂盒对陕西铜川汉族669名无关男性个体进行38个Y-STR基因座遗传多态性调查,并探索铜川地区汉族与其他群体之间的遗传关系。调查共检出657种单倍型,单倍型多样性和识别能力分别为0.999 937 345和0.982 1。38个Y-STR基因座共检出428个等位基因,基因多样性值在0.108 9（DYS645）~0.969 9（DYS385）。群体遗传分析中,多维尺度分析（multi-dimensional scaling, MDS）和系统发育树分析结果显示铜川汉族与其他地区的汉族群体遗传距离更近。综上,研究结果中38个Y-STR基因座在铜川汉族群体中具有较高的遗传多态性,适合铜川地区法庭科学应用。     

用多重PCR检测上海地区汉族人群9个STR基因座的多态性

利用多重PCR和四色荧光（5－FAM,JOE,NED和ROX）自动化检测技术调查上海地区汉族人群D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317、D7S820等9个STR基因座多态性分布并计算 该9个基因座的的基因频率（Pi)、个体鉴别力（DP）、无偏倚期望杂合性（H）、多态性信息含量（PIC）和非父排除概率（PE）。结果显示：9个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,9个STR基因座中FGA基因座的DP值最高为0.9584,D8S1179的H值最高为0.9403,D18S51的PIC值最高为0.8560,D18S51的PE值最高为0.7391,9个STR基因座累积个体鉴别力（CDP)为0.9999996,累积非父排除能力（CPE）为0.99991。9个STR基因座适合作为中国人群的遗传标志,用于人类学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。     

用多重PCR检测上海地区汉族人群9个STR基因座的多态性

利用多重PCR和四色荧光（5-FAM,JOE,NED和ROX）自动化检测技术调查上海地区汉族人群D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、 D21S11、 D18S51、D5S818、D13S317、D7S820等9个STR基因座多态性分布并计算该9个基因座的基因频率（Pi）、个体鉴别力（DP）、无偏倚期望杂合性（H）、多态性信息含量（PIC）和非父排除概率（PE）。结果显示：9个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,9个STR基因座中FGA基因座的DP值最高为0.9584,D8S1179的H值最高为0.9403,D18S51的PIC值最高为0.8560,D18S51的PE值最高为0.7391,9个STR基因座累积个体鉴别力(CDP)为0.9999996,累积非父排除能力(CPE)为0.99991。9个STR基因座适合作为中国人群的遗传标志,用于人类学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。 Abstract:By multiplex amplification and four fluorescent technique,the polymorphism distributions of nine STR loci,D3S1358,vWA,FGA,D8S1179,D21S11,D18S51,D5S818,D13S317 and D7S820 were investigated in Shanghai Han population.Gene frequency (Pi),power of discrimination (DP),polymorphism information content (PIC) expected heterozygosity (H) and probability of paternity exclusion (PE) were calculated.All loci meet Hardy-Weinberg equilibrium.DP of FGA locus,H of D8S1179 locus,PIC of D18S51 locus and PE of D18S51 locus are the biggest among nine STR loci.Cumulate DP (CDP) of nine STR loci is 0.9999996,Cumulate PE (CPE) of nine STR loci is 0.99991.Nine STR loci could be used as the genetic markers of Chinese population in the studies of anthropology,linkage analysis of genetic disease genes,individual identification and paternity test in forensic medicine.     

用毛细管电泳技术对北京汉族人群9个STR基因座遗传多态性的研究

为对北京汉族D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317及D7S820等9个STR基因座的遗传多态性进行群体遗传学研究,利用荧光标记复合扩增及毛细管电泳自动荧光检测的方法,对236名无关个体获得9个STR基因座等位基因的分布频率,结果均符合Hardy-Weinberg平衡.计算了各基因座的杂合度（H）、个人识别能力（DP）、偶合率（PM）、非父排除率（EPP）和多态性信息总量（PIC）等群体遗传学数据.结果表明,这9个STR基因座多态性好,灵敏度高,可用于人类遗传分析及法医学中的亲子鉴定和个人识别.