耐热嗜盐菌的分离及16S rRNA基因序列分析

从位于西藏自治区澜沧江边一个47℃的盐井中分离筛选到一株耐热嗜盐菌菌株YJ0238, 对其进行了生理生化特性研究, 采用PCR方法扩增其16S rRNA基因序列, 并进行了测定。基于生理生化特性和16S rRNA基因序列的同源性比较, 以及系统发育分析, 发现菌株YJ0238是Idiomarina属中成员zobellii的一个亚种, 其16S rRNA基因序列已被GenBank数据库收录, 序列号为EF693953。迄今为止, 国内极少有关高温、高盐环境中微生物研究的报道, 本研究可为今后研究同类极端环境中新的物种资源以及微生物多样性提供素材和参考。     

新疆达坂盐湖沉积土壤嗜盐细菌的定向富集与多样性分析

采集新疆达坂盐湖的沉积土壤样品,以选择性富集培养获得的嗜盐细菌基因组DNA为模板,扩增16SrRNA基因,在此基础上构建嗜盐细菌的16SrRNA基因文库,随机挑选文库中的100个阳性克隆子进行群落结构多样性分析。16SrRNA基因序列分析结果表明:100个克隆分属于细菌域9个属的27个种,其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌群(48%),喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus)(14%)、盐单胞菌属(Halomonas)(13%)为次优势菌群。分析的阳性克隆子中,10个克隆子与GenBank中已报道16SrRNA基因序列的相似性在88.80%到96.90%之间,可能代表新属或新种。研究结果表明,新疆达坂盐湖沉积土壤的富集培养物中存在种类较为丰富的嗜盐细菌。     

嗜盐细菌

在讨论嗜盐菌之前,首先应该明确哪一类细菌为嗜盐菌。根据Kushner山等人的意见,把细菌与盐的关系列表1。玻1不同的.生物对盐(N.CI)的反应 分类非咯盐菌 f弱嗜盐菌生长最适NaCI浓度代表菌”·2M以下}常见细菌。.2一。.SMI海洋细菌咐盐菌中度嗜盐菌}0·,一’·’M}M‘cro‘o“二‘五“‘“”‘u‘_极端嗜盐菌12。,一5.2MIH‘oba‘,‘r,“脚sal,月ar.“娜树盐菌StaPhylo‘occ二:a二r。,s 表中把生长在0.2一5.2 M NaCI浓度中钓细菌统称为嗜盐菌。在微生物学范畴内。xtremly haloPhilie bacteria或haloPhilie七aeteri。或balobaeteria…     

嗜盐菌HBCC-2的16S rRNA基因测序分析及其培养特性

从连云港台南盐场海盐生产区中分离纯化到一株嗜盐古菌HBCC-2,该菌株经PCR扩增后,测定其16S rRNA基因序列,采用BLAST软件对基因库中基因序列进行同源性比较,选取其相似性序列,采用Clustalx1.8和MEGA3.1软件对其16S rDNA序列进行了系统发育分析研究,结果表明HBCC-2菌株与菌株Halorubrum sp.GSL5.48的相似性达99%,结合其形态观察及生理生化反应特性,初步确定该菌株属于嗜盐红菌属(Halorubrum),菌株HBCC-2的16S rDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为EF687739.通过比较不同NaCl浓度、pH和培养温度对该菌株生长的影响情况,研究了该菌株的生长特性,结果表明NaCl浓度为4mol/L、温度为35℃和pH为7.0的培养条件下其生长最佳.     

青海湖嗜盐微生物系统发育与种群多样性

青海湖是我国境内最大的内陆咸水湖泊,水体中嗜盐微生物的生存现状尚不明确。本研究利用OSM培养基(Oesterhelt-Stoeckenius medium),从湖域生境水样中富集和分离获得嗜盐微生物35株,以中度嗜盐菌为主,约占62.9%(22株);轻度嗜盐菌次之,约占22.9%(8株);耐盐菌与非嗜盐菌分别占11.4%(4株)和2.9%(1株)。根据16SrDNA序列的系统发育分析表明,γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)菌株最多,约占68.6%(24株);芽孢杆菌纲次之,约占17.1%(6株);放线菌纲、α-变形菌纲(α-Proteobacteria,1株)和散囊菌亚纲(Eurotiomycetidae,1株)的类群相对较少。这些嗜盐菌属于14个属,其中以海洋螺菌目盐单胞菌属(Halomonas)为优势种群,共计10株;其次为海单胞菌属(Marinomonas),共4株。中度嗜盐菌盐单胞菌属应为青海湖嗜盐菌的优势种群,可能因为相对偏低的盐度环境,为其长期进化和适应性生存提供了必要条件。     

一株解磷中度嗜盐菌的分离鉴定及解磷特性分析

从四川自贡某盐井壁植物根系土壤中分离得到1株中度嗜盐解磷菌QW1011。该菌细胞呈线状, 大小为0.8 μm×30 μm~100 μm, 革兰氏染色为阳性、最适NaCl生长浓度为10%, NaCl最高耐受浓度15%。好氧生长, 酪素水解、硝酸还原和接触酶阴性。菌株的16S rRNA基因序列(接受号：EF647207)与Bacillus megatherium ATCC 14581的16S rRNA相似性为100%, 其16S-23S rRNA间区(ISR)的PCR扩增片的PAGE指纹图谱与参考菌株Baci     

一株耐热嗜盐菌的分离及16SrRNA基因序列分析

目的利用盐固体分离培养基,从西藏自治区澜沧江边康宁镇一个47℃的盐井样品中分离纯化到一株耐热嗜盐菌菌株YJ0232。方法通过形态观察、生理生化特性和16srRNA基因序列分析,鉴定嗜盐菌菌株YJ0232分类学地位。结果菌株YJ0232初步鉴定为中度嗜盐菌,属于盐单胞菌属（Halomonassp．）菌株。其16SrRNA基因序列已被GenBank数据库收录,序列号为EU029645。结论本研究对澜沧江高盐环境微生物资源进行了初步探索研究。可为今后研究同类极端环境中新的物种资源以及微生物多样性提供参考。     

新疆尉犁县黑湖嗜盐嗜碱菌的分离及系统发育学分析

【目的】从新疆尉犁县黑湖中筛选分离获得嗜盐嗜碱微生物,并对筛选获得的微生物进行种属鉴定。【方法】采用传统分离鉴定技术,进行形态和生理生化特性研究和基于16S r RNA基因的序列分析。【结果】从样品中分离获得可培养嗜盐嗜碱菌25株,对其进行鉴定。根据生理生化特征、16S r RNA基因序列测定和系统发育分析表明,25株菌分布在古菌Halorubrum、Haloarcula、Natrialba、Halohasta和Halopiger等5个属。其中优势菌群为Halorubrum,次优势菌群为Natrialba。其中DH-66(KU663028)属于Halopiger属,16S r RNA基因序列同源性与该属的模式菌株Halopiger aswanensis 56T同源性最高,为95.75%,预示为潜在的新种(新种鉴定将另行报道)。25株嗜盐嗜碱菌生长条件实验表明,这些菌适应Na Cl的浓度范围为15%-30%、最适浓度为20%-25%,生长的p H范围为7.0-13.0、最适p H为9.0-10.0。各种水解酶类的分析表明,在分离的25株菌中产淀粉酶的菌有5株占20%、产蛋白酶的菌有4株占16%、产酯酶可水解吐温20的菌有15株占60%、可水解吐温40的有7株占28%、可水解吐温80的有4株占16%、产过氧化氢酶的菌有14株占56%。9株菌同时能产4种酶,2株菌同时能产3种酶。表明了嗜盐嗜碱菌产酶的多样性。19株菌硝酸盐还原为阳性。【结论】揭示了新疆尉犁县黑湖嗜盐嗜碱菌生理生化特性的多样性和系统发育多样性,而且蕴藏着较丰富的新的微生物类群,亟待系统研究和进一步开发利用。     

新疆塔里木盆地可培养嗜盐放线菌系统发育多样性

应用纯培养手段和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,对从塔里木盆地高盐环境土壤样品中分离的18株可培养嗜盐放线菌多样性进行了研究.实验结果表明,18株嗜盐放线菌可3个(GlycomycetaceaePseudonocardineae和Nocardiopsaceae),在有效发表的5个属的嗜盐放线菌中有4个属的嗜盐放线菌被分离到.多数菌株属于Actinopolyspora属(38.9%),Nocardiopsis属(27.8%)和Streptomonospora属(22.2%),是塔里木盆地高盐环境中嗜盐放线菌的优势类群.这些分离菌株中,菌株YIM 92370与最近种的相似性为92%,在Glycomycetaceae科内形成一个独立的分支,极有可能代表Glycomycetaceae科的一个新属.研究结果表明塔里木盆地高盐环境中存在有较为丰富的嗜盐放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源.     

盐地碱蓬内生中度嗜盐菌的分离与系统发育多样性分析

为了了解东营滨海盐地碱蓬植株内生中度嗜盐菌的多样性,采用传统分离鉴定技术和基于16S rRNA序列分析对样品中可培养细菌的多样性进行研究。根据其生理生化特征、16S rRNA序列测定和系统发育分析,分离获得的15株内生菌可分为4个类群,涉及Halomonadaceae科的Chromohalobacter属、Kushneria属、Halomonas属以及Bacillaceae科的Bacillus属。类群I中4菌株的16S rRNA序列与Chromohalobacter israelensis的最高相似性为95%。类群II共7株菌,归属于Kushneria属,是碱蓬内生中度嗜盐菌中的优势类群。类群III菌株的16S rRNA序列与一株尚无明确分类地位的Gammaproteobacteria亚门耐盐固氮细菌Haererehalobacter sp.JG11的相似性为99%。类群IV中的芽孢杆菌的16S rRNA序列与已知细菌的相似性为96%,很可能代表了Bacillus属的新种。各种水解酶类的分析表明,在分离的15株菌中有3株菌产蛋白酶,14株产酯酶,8株产DNA酶,11株产半乳糖苷酶,14株产脲酶。研究结果揭示,盐地碱蓬中存在较为丰富的中度嗜盐菌多样性和系统发育多样性,并且潜藏着较多的新的微生物类群。     

基于16S rRNA基因序列探讨中国粉蛉科的系统发育关系

本研究测定了粉蛉科Coniopterygidae9属15种昆虫16SrRNA基因部分序列,对序列的碱基组成、转换/颠换比率、遗传距离、变异位点等进行分析。基于16SrRNA基因序列数据,分别采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）和最大相似法（ML）建立粉蛉科分子系统发育关系。研究结果表明：粉蛉亚科的粉蛉属Coniopteryx与重粉蛉属Semilalis是姊妹群,（虫齿）粉蛉属Conwentzia较前二者原始;囊粉蛉亚科的卷粉蛉属Helicoconis和隐粉蛉属Cryptoscenea的亲缘关系较近。曲粉蛉属Coniocompsa和异粉蛉属Heteroconis聚类在一起,但自展值较低。瑕粉蛉属Spiloconis和囊粉蛉属Aleuropteryx的位置在囊粉蛉亚科中不够稳定。     

中国蚌科线粒体16S rRNA序列变异及系统发育

首次测定了中国淡水贝类———蚌科 (Unionidae) 1 3个属代表种类的线粒体 1 6SrRNA部分序列。用Clustal X排序软件进行 1 6SrRNA序列的对位排列 ,序列总长度为 30 5— 32 0bp。通过Mega 2 0软件对所得线粒体 1 6SrRNA片段序列进行比较 ,共发现 1 0 8个碱基存在变异 ,其中包括 77个简约信息位点 ,并用“Pairwisedistance”计算了各属间的相对遗传距离。以贻贝为外类群 ,采用Mega 2 0软件中的“Neighbore Joining”法得到惟一一个分子系统树 ,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1 0 0 0循环检验。结果表明 :分布于中国的蚌科形成三个明显的类群 ,第一个类群 ,包括帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 ;第二个类群 ,由矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属组成 ;第三个类群只包括无齿蚌和冠蚌两个属。由此可以看出 ,它们有可能分别隶属于三个不同的亚科 ,即小方蚌亚科 (帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 )、无齿蚌亚科 (无齿蚌属和冠蚌属 )和珠蚌亚科 (矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属 ) ,由此证明小方蚌亚科在中国的存在 ,并且 ,对几个属的分类位置作了调整。其中鳞皮蚌属和蛏蚌属原来属于无齿蚌亚科 ,根据线粒体 1 6SrRNA的结果 ,前者应该放     

Bacterial phylogeny based on 16S and 23S rRNA sequence analysis

Abstract: Molecular phylogeny increasingly supports the understanding of organismal relationships and provides the basis for the classification of microorganisms according to their natural affiliations. Comparative sequence analysis of ribosomal RNAs or the corresponding genes currently is the most widely used approach for the reconstruction of microbial phylogeny. The highly and less conserved primary and higher order structure elements of rRNAs document the history of microbial evolution and are informative for definite phylogenetic levels. An optimal alignment of the primary structures and a careful data selection are prerequisites for reliable phylogenetic conclusions. rRNA based phylogenetic trees can be reconstructed and the significance of their topologies evaluated by applying distance, maximum parsimony and maximum likelihood methods of phylogeny inference in comparison, and by fortuitous or directed resampling of the data set. Phylogenetic trees based on almost equivalent data sets of bacterial 23S and 16S rRNAs are in good agreement and their overall topologies are supported by alternative phylogenetic markers such as elongation factors and ATPase subunits. Besides their phylogenetic information content, the differently conserved primary structure regions of rRNAs provide target sites for specific hybridization probes which have been proven to be powerful tools for the identification of microbes on the basis of their phylogenetic relationships.     

从16S rRNA基因序列初步探讨拟壁钱属和壁钱属蜘蛛系统发生关系

拟壁钱属Oecobius和壁钱属Uroctea蜘蛛之间系统发生关系存在一定的争议.为从分子水平探讨两属间系统发生关系,本研究测定了5科6种蜘蛛的16S rRNA基因部分序列,并联合来自GenBank的8科8种蜘蛛16S rRNA基因序列数据重建分子系统树.结果表明,拟壁钱属和壁钱属间遗传距离(28.1%)明显大于复杂生殖器类(Entelegynae)蜘蛛属间遗传距离的平均值(22.9%);与目前大多数文献把拟壁钱属和壁钱属并在一个科的观点相反,本研究重建的系统发生树显示两属不是姊妹群.作者建议把拟壁钱属和壁钱属分别重新划回拟壁钱科Oecobiidae和壁钱科Urocteidae.系统发生树还验证了简单生殖器类(Haplogynae)蜘蛛、复杂生殖器类蜘蛛各自的单系性以及筛器类(Cribellate)蜘蛛的多系发生,同时本文的结果还对圆网蛛类(Orbiclariae)单系发生及RTA类群单系发生的有效性提出了质疑.     

极端嗜盐菌 16S rDNA的PCR扩增

四株嗜盐菌Haloarcula vallismortis(EM201)、Haloferax denitrificans(EM303)、A_5和B_2已通过一对特定引物用PCR技术从总DNA中扩增出各自的16SrDNA片段,分子大小在1.47kd左右.DNA杂交也表明这些PCR产物具有嗜盐菌的同源性.     

16S rRNA analysis and the phylogenetic position of Wolinella succinogenes

The 16S ribosomal RNA of Wolinella succinogenes ATCC29543 was analyzed by the RNase T1 oligonucleotide cataloguing approach. In contrast to its present classification, W. succinogenes is related neither to members of the genus Bacteroides nor to any other genus of the family Bacteroidaceae. As derived from the similarity coefficients (S_AB values) calculated on the basis of more than 350 eubacterial species, W. succinogenes appears to be a distantly related member of the division of purple photosynthetic bacteria and their relatives; however, S_AB values do not indicate that this species is preferentially related to any representative of the 4 subdivisions.     

凤蝶亚科(凤蝶科,鳞翅目)16S rRNA基因的分子系统发生分析

对15种凤蝶亚科蝶类线粒体16S rRNA基因部分序列进行了测定,并结合GenBank中其它相关类群的序列,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法构建凤蝶亚科的分子系统树,探讨该亚科各类群间的系统发生关系.结果表明,燕凤蝶族构成凤蝶亚科蝶类系统树基部的一个独立分支;燕凤蝶族和裳凤蝶族为单系发生,且裳凤蝶族聚在凤蝶族内部;喙凤蝶族的单系性尚不能确定.综合分子系统学、形态学及寄主植物等相关证据,推测斑凤蝶类为凤蝶族中早期分化的一支;较之裳凤蝶类,斑凤蝶类可能更早从二者最近的共同祖先中分化出来.     

高鳍带鱼遗传变异及与近缘种间的系统进化关系

高鳍带鱼Trichiurus lepturusLinnaeus,1758分布广泛、形态多变,与近缘种间辨别困难,在其种群鉴别、物种分类及系统进化上争议较大。本项研究通过测定采自海南三亚外海高鳍带鱼疑似种11个个体的线粒体16S rRNA基因部分序列,结合已报道的该物种其它地理种群及其近缘种的同源序列,采用生物软件对碱基组成和序列变异进行分析,计算Kimura双参数净遗传距离和分歧时间,进行分子变异分析(AMOVA)和分化固定指数(FST)计算,并以小带鱼Eupleurogrammus muticus为外群构建NJ、ML系统树,综合探讨世界范围内高鳍带鱼的遗传变异及与近缘种间的系统进化关系。根据所得分子数据并结合形态学研究结果得出如下结论:1)采自海南三亚外海的带鱼是高鳍带鱼T.lepturusLinnaeus,1758,该物种在中国南海和东海南部有分布;2)海南三亚外海、非洲西岸和大西洋西岸的高鳍带鱼是同一个物种的3个地理种群,彼此间遗传分化显著;3)高鳍带鱼是带鱼属中最新演化的种类,与日本带鱼T.japonicus、带鱼未定种Trichiurussp.2具有较近的亲缘关系;短带鱼T.brevis则是比它们原...     

几种蚊虫线粒体DNA-16SrRNA序列及其相互关系的研究

测定我国尖音库蚊复合组4亚种（尖音库蚊、淡色库蚊、致倦库蚊和骚扰库蚊）、三带喙库蚊、白纹伊蚊和中华按蚊的线粒体DNA 16S rRNA基因（mtDNA-16S rRNA)序列,发现我国尖音库蚊复合组4亚种mtDNA-16S rRNA序列基本一致,长度为555bp(554bp),GC含量为25．41％。该序列与其他3种蚊虫在种间存在差异,与三带喙库蚊的种间差异为0．54％;与白纹伊蚊的种间差异为5．77％;与中华按蚊的种间差异为9．62％。分子系统关系分析表明该序列与传统分类系统的同属或同亚科种类近似性相一致。     

双歧杆菌地高辛标记寡核苷酸基因探针制备和应用研究

目的探讨地高辛标记寡核苷酸基因探针应用于微生态研究的可行性和实用性。方法制备双歧杆菌属和部分种的地高辛标记16S rRNA寡核苷酸探针,初步应用于微生态制剂鉴定和临床肠道微生态检测,评价寡核苷酸探针杂交在肠道微生态研究和检测中的应用价值。结果地高辛标记寡核苷酸探针具有较好的特异性与灵敏度：地高辛标记的双歧杆菌属和种的共6种寡核苷酸基因探针与标准菌株杂交后灵敏度和特异度分别为属探针95％、75％,青春双歧87．5％、90％,两歧双歧87．5％、87．5％,短双歧87．5％、92．5％,婴儿双歧75％、95％,长双歧75％、100％。结论寡核苷酸基因探针用于肠道细菌的鉴定显示出一定前景,加大探针的种类与扩大调查范围有可能使该技术替代现有细菌培养技术。