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一株硅酸盐细菌的鉴定及其系统发育学分析 总被引:23,自引:1,他引:23
从南京地区黄棕壤中分离的一株好氧、革兰氏阴性、产芽孢的硅酸盐细菌NBT菌株,能产生丰厚的荚膜,具有鞭毛,能水解淀粉、产生吲哚、液化明胶,全细胞脂肪酸为硬脂酸C16∶0、软脂酸C18∶1(Δ9)和anteisoC15,DNA的G+C mol%为537%。16S rRNA基因测序和系统发育学分析的结果表明,该菌株与胶质芽孢杆菌B7519(Bacillus mucilaginosus)、土壤芽孢杆菌B7517(B. edaphicus)亲缘关系最近。该菌株与B. edaphicus B7517的总DNA杂交率为69%,在形态、生理生化特征上有差异,故可把NBT菌株定为Bacillus edaphicus的一个亚种。 相似文献
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从基本形态上分类, 白甲鱼属(Onychostoma)隶属鲤形目(Cypriniformes)、鲤科(Cyprinidae)、鲃亚科(Barbinae), 其中包含19个种。然而, 白甲鱼属内的分子系统发育学关系并不是很清楚。基于整个线粒体基因组序列, 以斑马鱼(Danio rerio)和倒刺鲃(Spinibarbus denticulatus)为外类群, 分析了8种白甲鱼属的分子系统发育学关系。结果表明, 白甲鱼属内的8个物种不是1个单类群, 其中包括3个分支: 多鳞白甲鱼(Onychostoma macrolepis)、小口白甲鱼(Onychostoma lini)、粗须白甲鱼(Onychostoma barbatum)和台湾白甲鱼(Onychostoma barbatulum)为一个分支, 南方白甲鱼(Onychostoma gerlachi)和白甲鱼(Onychostoma simum)一个分支, 稀有白甲鱼(Onychostoma rara)和高身白甲鱼(Onychostoma alticorpus)为一个分支。研究结果和传统的形态学分类学结果大致一样, 均分为3个分支。研究使用线粒体全基因组进行白甲鱼属系统发育学研究, 为白甲鱼属的系统发育学填补相关方面空白。 相似文献
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核基因作为一种新的遗传标记,近年来被广泛应用于鸟类分子系统发育研究中.核基因与线粒体基因位于不同的遗传载体上,因此被引入到系统发育学研究中为物种树的重建提供独立的证据.常用的外显子标记为重组激活基因1(RAG-1),重组激活基因2(RAG-2),癌基因c-myc,原癌基因c-mos,它们由于缓慢的进化速率而被用于鸟类高级分类阶元的系统学研究中.常用的内含子标记是β纤维蛋白原基因内含子7(β-fibrinogen intron7,β-fibint7),肌红蛋白基因内含子Ⅱ(myoglobin intionⅡ).内含子标记通常与线粒体序列联合使用,形成具有互补系统发育信号的数据集,应用于各种分类阶元的系统学研究中. 相似文献
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文章基于速足目现生主要类群18S rDNA、28S rDNA和COI基因序列,采用贝叶斯法、邻接法和最大简约法,尝试构建速足目的分子系统树;结合形态特征和化石记录,主要对速足目各超科级分类阶元的系统发育关系进行探讨。结果表明,速足目现生超科Bairdiacea、Darwinulacea、Cypridacea和Cytheracea均为单系群,支持形态学上关于上述4个超科的的界定;3种基因均支持形态学上Darwinulacea和Cypridacea具有较近的亲缘关系的观点。18S rDNA序列分析在较显著水平上支持Darwinulacea和Bairdiacea为姐妹群,Darwinulacea可能从Bairdia-cea中的一支演化而来;Bairdiacea和Darwinulacea组成的分支是Cypridacea的姐妹群,支持将三者合并为Bairdio-copina亚目的观点;Cytheracea是Cypridacea(Darwinulacea Bairdiacea)的姐妹群,可提升为Cytheracopina亚目。 相似文献
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20世纪90年代末起,基因组学在细菌研究中应用越来越广泛,尤其在进化领域,取得了一系列革命性的发现.本文以鼠疫耶尔森氏菌进化研究为例,介绍了从利用基因组中少数特定片段(等位基因)多态性进行分析的传统系统发育学,到基于大量菌株全基因组序列进行系统发育基因组学的研究发展历程,回顾讨论了基因组学技术的进步为鼠疫菌进化研究领域带来的成果. 相似文献
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Takami H Nakasone K Ogasawara N Hirama C Nakamura Y Masui N Fuji F Takaki Y Inoue A Horikoshi K 《Extremophiles : life under extreme conditions》1999,3(1):29-34
The nucleotide sequences of three independent fragments (designated no. 3, 4, and 9; each 15–20 kb in size) of the genome
of alkaliphilic Bacillus sp. C-125 cloned in a λ phage vector have been determined. Thirteen putative open reading frames (ORFs) were identified in
sequenced fragment no. 3 and 11 ORFs were identified in no. 4. Twenty ORFs were also identified in fragment no. 9. All putative
ORFs were analyzed in comparison with the BSORF database and non-redundant protein databases. The functions of 5 ORFs in fragment
no. 3 and 3 ORFs in fragment no. 4 were suggested by their significant similarities to known proteins in the database. Among
the 20 ORFs in fragment no. 9, the functions of 11 ORFs were similarly suggested. Most of the annotated ORFs in the DNA fragments
of the genome of alkaliphilic Bacillus sp. C-125 were conserved in the Bacillus subtilis genome. The organization of ORFs in the genome of strain C-125 was found to differ from the order of genes in the chromosome
of B. subtilis, although some gene clusters (ydh, yqi, yer, and yts) were conserved as operon units the same as in B. subtilis.
Received: April 17, 1998 / Accepted: June 23, 1998 相似文献
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朱鹮线粒体DNA的分子系统发育 总被引:1,自引:0,他引:1
朱Huan是一种濒危鸟类。过度开发和栖息地的破坏导致了朱Huan日本种群的绝灭,而在中国目前也仅存一野生种群。本文利用NJ法和最大简约法分析了鹳形目鸟类977bp的线粒体DNA细胞色素b基因的部分序列,以期从DNA水平上阐明朱Huan的系统地位。结果表明,朱Huan与彩Huan和非洲琶鹭组成一姐妹群;NJ法分析得出的结果与DNA杂交分析结果一致,即((Huan科,鹭科),鹳科);而最大简约法分析的结果则与形态学结果一致,即((鹭科,鹳科),Huan科)。同时,这两种系统树上较低的置信度,认为部分是由于可用细胞色素b基因序列的有限所致。 相似文献
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洗涤剂用碱性纤维素酶的研究进展 总被引:12,自引:0,他引:12
迄今报道的绝大多数纤维素酶的最适pH都在酸性和中性范围 ,当添加到洗涤剂中 ,由于处于碱性环境而无活力 ,不能发挥作用。近年来 ,国内外对由碱性芽孢杆菌 (Bacillussp )产生的碱性纤维素酶 (CMCase,endo β1 ,4 glucanase,EC 3 2 1 4)进行了广泛的研究。对该酶产生菌株的筛选和培养条件、酶学性质 ,以及该酶基因的克隆和表达等方面的研究进行综述 ;并对我国目前未能实现该酶工业化原因进行了初步分析 ,并提出解决途径。 相似文献
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四种绒螯蟹分子分类与系统发育 总被引:15,自引:0,他引:15
利用PCR技术,扩增了中华绒螯解、狭额绒螯蟹线粒体16SrDNA片段,经测序,与GenBank数据库中的日本绒螯解16SrDNA同源序列进行比较。结果显示,在长为376bp的16SrDNA同源序列中有33个多态性核革酸位点(8.78%),其中种间多态性核苷酸位点28个(7.45%),种间差异远大于种内差异。引入方蟹科其它近缘种类厚纹蟹、相手蟹和张口蟹的16SrDNA同源序列与上述4种绒螯蟹比较分析,MP法和NJ法构建的分子系统树表明:中华绒螯蟹与日本绒螯蟹亲缘关系最近,首先聚在一起,然后与台湾绒螯蟹聚为一支,狭额绒螯蟹则为相对独立的一支,且进化速度大于前3种绒螯蟹,但最后与前者仍聚在同一组,狭额绒螯蟹只是绒螯蟹属系统进化中的一个侧支,故本研究结果不支持Sakai(1983)和Guo等(1997)把狭额绒螯蟹和台湾绒螯蟹各自立为新属的观点。 相似文献
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《Bioscience, biotechnology, and biochemistry》2013,77(2):452-455
Forty-one open reading frames (ORFs) were identified in a 32-kb DNA fragment of alkaliphilic Bacillus sp. C-125. A similarity search using the BSORF database found 37 ORFs with significant sequence similarity to B. subtilis RNA polymerase subunits, elongation factor G, elongation factor Tu, and ribosomal proteins. Each ORF product showed more than 70% identity to those of B. subtilis. Gene organization in the region of str, S10, spc, and the α cluster was highly conserved among three strains, C-125, B. subtilis, and B. stearothermophilus. 相似文献
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松科系统发育的分子生物学证据 总被引:11,自引:0,他引:11
运用PCR方法分别从松科8属、9种植物中扩增出一长约2550bp的cpDNA片段,这一片段包括rbcL、trnR、部分accD及基因间的非编码区(相对于黑松cpDNA中的同源片段而言)。运用18种限制性内切酶对这一cpDNA片段进行酶切分析,共获得86个酶切位点,其中54个为变异位点。运用PAUP(version 3.1.1)和Mega(version 1.01)软件对数据进行分析,结果Wagner简约树和Neighbor-Joining树反映出的松科系统发育关系基本一致:银杉属、松属、黄杉属和落叶松属形成一个单系群,且银杉属与松属的亲缘关系更近于与另外二属的关系,但这一结果未得到Bootstrap分析的较强支持;落叶松属近缘于黄杉属;冷杉属近缘于油杉属。此外,松科中的冷杉亚科和落叶松亚科均不是单系类群,将松科划分为冷杉亚科、落叶松亚科和松亚科三个亚科的系统(郑万钧,傅立国,1978)是不自然的。 相似文献
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The volvocacean genus Pleodorina has been morphologically characterized as having small somatic cells in spheroidal colonies and anisogamous sexual reproduction with sperm packets. In this study we examined two new species that can be assigned to the genus Pleodorina based on morphology: P. starrii H. Nozaki et al. sp. nov. and P. thompsonii F. D. Ott et al. sp. nov. P. starrii was collected from Japan and had 32‐ or 64‐celled colonies with anterior somatic cells and spheroidal individual cellular sheaths that were weakly attached to each other within the colonial envelope. P. thompsonii from Texas (USA) exhibited four or 12 somatic cells in the anterior pole of 16‐ or 32‐celled colonies, respectively, and had a single large pyrenoid in the chloroplast of mature reproductive cells. The chloroplast multigene phylogeny placed P. starrii and P. indica (Iyenger) H. Nozaki in a clade that was robustly separated from the type species P. californica Shaw and P. japonica H. Nozaki. Pleodorina thompsonii was resolved as a basal branch within a large monophyletic group (Eudorina group) composed of Eudorina, Pleodorina and Volvox (excluding section Volvox). Thus, Pleodorina was found among three separate lineages within the Eudorina group in which Eudorina and Volvox were also resolved as nonmonophyletic. The DNA sequences from additional species/strains as well as recognition of morphological attributes that characterize the monophyletic groups within the Eudorina group are needed to construct a natural generic classification within these members of the Volvocaceae. 相似文献
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淡水豚类分子系统发生的研究 总被引:16,自引:1,他引:15
测定了白暨豚和恒河豚细胞色素b基因307bp的DNA序列,并与其它鲸类的相应序列合并,分析了淡水豚类(恒河豚、印河豚、白暨豚、亚河豚和弗西豚)的系统学位置和系统发生。淡水豚类不同属间的序列差异已达到或超过了其它齿鲸类科间的差异水平,因此它们分别归属于不同的科,即恒河豚科、白暨豚科、亚河豚科和弗西豚科。系统发生分析支持淡水豚类和海豚类之间具有下述的关系:(恒河豚科((白暨豚科(亚河豚科,弗西豚科))海豚总科))。即淡水豚的4个科中,恒河豚科是最早分化的一支,其次是白暨豚科,然后是亚河豚科和弗西豚科的分化。白暨豚科和亚河豚科+弗西豚科组成海豚总科的姊妹群,并与海豚总科一同组成海豚下目。恒河豚与其它淡水豚类间无直接的亲缘关系。淡水豚类是并系的。把恒河豚类独立为恒河豚总科是合理的。初步认为有理由把白暨豚类也作为一个总科级的支系。恒河豚和印河豚间的序列差异极小,两者可能只是同一个种的2个亚种。 相似文献