快速、有效筛选新的功能基因——差异显示技术

自 1 992年一种针对从特定细胞和组织类型的mRNA来源样品用PCR技术对其中的大量cDNA同时进行扩增和显示的实验方法 ,即差异显示 (DDRT PCR)被报道以来 ,尽管取得了不少成功的实例 ,但还是一个存在许多问题有待完善的实验方法 ;假阳性的问题便首当其冲。在前面的文章中 ,我们重点讨论了引物的选择、PCR条件的改进、凝胶电泳的条件、再扩增引物的选择等避免假阳性条带的产生 ,不容忽视地是在标记问题上也是避免假阳性的重要一环。     

PCR 防污染技术的研究进展

聚合酶链式反应(PCR)是一种高灵敏核酸扩增技术,广泛应用于核酸检测中.但在实际应用过程中,扩增产物及其他核酸片段的污染会导致假阳性的结果,制约了PCR在临床检测中的应用.为了解决这一问题,建立了许多PCR防污染的方法,除了早期建立的并已得到广泛应用的物理隔绝法、光照法及水解法外,近年来还发展了酶消化法、化学修饰法及DEAE纤维素法.本文对PCR防污染技术的原理、应用及进展进行了综述.     

分子信标-TaqMan探针法实时荧光定量PCR新型探针及引物

在TaqMan探针法实时荧光定量PCR中,排除由引物探针聚合延伸引起的假阳性问题以及由引物二聚体(Primer Dimer,PD)引起的假阴性问题。首先对不同探针进行引物探针聚合实验;然后通过双重PCR的干扰实验选择合适的内标基因,并使用内标质粒检测验证中部同序引物排除PD干扰的实用性;最后比较探针法不同体系检测HBV基因的灵敏度。结果表明,引物与探针聚合实验中,含有反义碱基的HBVP4在重复实验中未出现假阳性;竞争性双重PCR和非竞争性双重PCR两模板开始出现干扰作用的浓度差分别为20倍和100倍;对于内标基因,使用中部同序引物对以及普通引物对分别可以检测到10-9和10-8稀释度;3种HBV基因检测体系,使用普通引物对可以检测到Ct33左右,加入内标系统和使用中部同序引物对均可检测到Ct35左右。在TaqMan-分子信标结构调整的基础上引入反义碱基可以在排除由引物和探针聚合延伸引起的假阳性问题;在探针法中,使用中部同序引物对和加入内标系统均可降低PD的干扰程度,提升检测的灵敏度。     

扩增内标及其在食源性致病菌PCR检测中的应用

虽然PCR技术不断地得到了发展和改进,但检测结果容易出现假阴性而影响检测准确性的现象一直没有得到很好的解决。现在大多数学者普遍认为,在PCR体系中加入扩增内标(即一段人工构建合成的DNA序列或者是一段致病菌的看家基因序列)能有效指示假阴性现象的出现,是PCR检测技术标准化的措施之一。本文将从PCR检测方法中假阴性出现的原因、扩增内标的构建以及扩增内标在PCR检测方面的应用三方面进行综合评述,并结合本实验室的工作基础,介绍扩增内标的简捷构建过程和应用要点,希望在不影响检测灵敏度的前提下,发挥扩增内标对假阴性的指示作用。     

抗草甘膦转基因大豆PCR检测及问题探讨

转基因植物的检测具有重要的意义。用抗草甘膦转基因大豆中的外源CaMV35S启动子、CP4 EPSPS和巢式PCR引物,应用PCR方法,从中扩增出预期大小的DNA片段。将扩增产物回收后测序,经同源性分析扩增产物为CaMV35S启动子和CP4 EPSPS的一部分序列。与常规PCR相比,巢式PCR在检测转基因大豆中具有更高的特异性。讨论了PCR检测过程中假阴性和假阳性的原因。     

应用基因重组抗原诊断丙型肝炎研究

丙型肝炎病毒(Hepatis C virus,HCV)感染者的血液中病毒含量极低,还没有适当的方法可以直接检测病毒.现在常用免疫学方法测定特异性抗体[1]或利用PCR技术检测病毒核酸.由于HCV基因组变异高达33%,PCR检测易发生假阳性和假阴性.同时由于丙肝抗原高度的变异性[2],虽然目前ELISA方法应用广泛,但是单一的诊断抗原已不能满足临床要求,需要多价抗原联合应用作为诊断试剂.     

一批逆转录酶活性检测假阳性的鉴别

目前逆转录病毒的检测方法被普遍应用的是逆转录酶活性检测,自从PCR方法被应用到逆转录酶活性检测中后,使检测的灵敏度及特异性得到极大地提高。同时,假阳性结果也带给各实验室很大困扰,包括试验过程中的实验用试剂及检测样品本身带来的假阳性。实验中观察了一批逆转录酶活性检测阳性样品和两个依赖DNA的DNA聚合酶的假阳性,通过对检测的严密监控以及改变反应体系pH值,抑制了由于细胞死亡后所释放的细胞内DNA聚合酶以及实验用DNA聚合酶的类逆转录酶样作用,从而达到鉴别结果的真实性的目的。     

PCR防污染技术的研究进展

聚合酶链式反应（PCR）是一种高灵敏核酸扩增技术,广泛应用于核酸检测中。但在实际应用过程中,扩增产物及其他核酸片段的污染会导致假阳性的结果,制约了PCR在临床检测中的应用。为了解决这一问题,建立了许多PCR防污染的方法,除了早期建立的并已得到广泛应用的物理隔绝法、光照法及水解法外,近年来还发展了酶消化法、化学修饰法及DEAE纤维素法。本文对PCR防污染技术的原理、应用及进展进行了综述。     

南极假丝酵母脂肪酶B的修饰与改造

南极假丝酵母脂肪酶B是用途最为广泛的脂肪酶之一,可用于许多有机化合物、医药中间体等的合成.为了改善南极假丝酵母脂肪酶B的催化性能,提高其环境适应性,同时提高蛋白的表达量,降低生产成本,从而使其更适于工业化应用,许多针对酶蛋白分子的修饰及改造方法已在南极假丝酵母脂肪酶B中得到大量应用.本文从化学修饰、理性设计和非理性设计3个方面详细综述了南极假丝酵母脂肪酶B的修饰与改造的关键技术,包括定点突变、蛋白质融合、易错PCR和DNA改组等,同时也介绍了以上技术在改良南极假丝酵母脂肪酶B特性方面的诸多成功实例.     

癌症液体活检新思路：数字PCR检测DNA甲基化

癌症的早期诊断可提高患者生存率.微创采集人体体液的液体活检方法可避免传统肿瘤组织活检方法侵入性和异质性的问题,逐渐成为癌症诊断的新方式.另外,DNA甲基化作为预测癌症发生发展的标志物,引起了越来越多研究者的关注.但传统DNA甲基化的检测方法灵敏度不高,且容易出现假阳性.近年来,数字PCR技术因其超高的检测灵敏度和精确度、无需标准曲线即可进行核酸绝对定量检测的优势,被用于DNA甲基化的定量检测中.本文首先介绍了DNA甲基化与癌症发生发展的关系,总结了传统DNA甲基化检测方法及其在癌症临床诊断中的应用,阐述了基于不同核酸样本分散方法的数字PCR技术及其在微量DNA甲基化检测中的优势,总结了采用数字PCR技术检测癌症患者体液中DNA甲基化的具体步骤,列举了数字PCR技术在癌症DNA甲基化检测中的研究成果及应用进展,最后提出了数字PCR技术检测癌症DNA甲基化未来可能面临的挑战,并对数字PCR技术在癌症液体活检方面的应用前景进行了展望.     

利用竞争性PCR筛选无标记Xa21转基因水稻

PCR是一种简单、迅速、灵敏的检测方法,但假阳性与假阴性却影响了它在常规应用中的准确性。本研究利用竞争性PCR解决无标记Xa21转基因水稻PCR检测中的假阳性与假阴性问题。标记基因潮霉素基因(Hygromycin phosphotransferase,hpt)的竞争模板是外加的日本晴hpt转基因植株基因组DNA,抗白叶枯病基因Xa21的竞争模板是待测水稻内源的位于第11染色体上的Xa21同源基因序列。利用这一方法对双右边界T-DNA载体转化产生的转基因T1代植株进行分析,可以有效地减少或排除假阳性或假阴性样品,选出真正的转基因阳性植株。与常规PCR相比竞争性PCR提高了无标记Xa21转基因植株筛选的准确性。对获得的无标记Xa21转基因植株进行白叶枯抗病鉴定与潮霉素抗性鉴定证实了该方法的可靠性。     

95例肺炎支原体快速液体培养阳性标本分析

目的:采用巢式PCR法(nPCR)及全自动微生物鉴定仪对肺炎支原体(MP)快速液体培养阳性标本进行分析,探讨MP快速培养假阳性情况及原因.方法:收集95例MP快速液体培养阳性标本,巢式PCR检测MP核酸,用全自动微生物鉴定仪检测导致培养假阳性的微生物.结果:95例MP快速液体培养阳性标本中,90例巢式PCR结果阴性,假阳性率94.7%;经全自动细菌鉴定仪鉴定,97.8%为真菌所致.结论:普通的敏感细菌在MP快速液体鉴定培养基中可以被有效抑制;真菌是引起的快速培养假阳性的主要原因.     

同步PCR技术及其在植物核酸分子定量中的应用

同步PCR是一种集生化、光电和计算机技术于一体的封闭式DNA扩增系统,采用荧光染料将扩增与检测过程结合在一起,实现了在PCR过程中在线显示PCR反应,通过检测荧光强度来绝对定量起始模板的拷贝数.该技术大大简化和加速了核酸分子的定量过程,不仅快速、灵敏、准确、重复性好,而且很容易计算出待测样品中核酸分子的绝对起始拷贝数.同微阵列等分子生物技术一起,同步PCR技术将会在功能基因解析和病害分子诊断等方面发挥重要作用.本综述除了介绍同步PCR技术的原理和应用外,还介绍了定量拟南芥Aux/IAA基因的转录水平的实验,并就同步PCR操作过程中的问题进行了讨论.     

头颈部放疗患者口腔假丝酵母菌感染的快速检测

目的通过对传统培养法和PCR法在假丝酵母菌感染检出率的比较,拟探索一种能够早期、快速、高效检测头颈部放疗患者假丝酵母菌感染的方法。方法收集120名头颈部放疗患者唾液,分别应用假丝酵母菌显色培养基（CHROMagar）进行分离、培养和鉴定;同时提取基因组DNA,通过假丝酵母菌通用引物、特异性引物、改良引物进行PCR扩增,结果与假丝酵母菌表型进行对比。结果与传统培养法相比,PCR法检出率更高（χ2=47.672,P=0.000）;改良特异性引物D扩增的检出率为77%,高于通用引物B（χ2=7.702,P=0.006）和特异性引物C（χ2=12.522,P=0.001）。结论本研究证实PCR技术耗时短,阳性检出率高,可用于头颈部肿瘤放疗患者假丝酵母菌感染的快速检测。     

一种能同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和单增李斯特菌的培乔基

[目的]设计制备一种能够同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的复合增菌肉汤.[方法]挑选合适的添加剂进行单因素实验,确定增菌肉汤的成分及配比,采用平板计数法及三重荧光PCR技术验证肉汤的增菌效果.[结果]结果得到一种能同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的选择性增菌肉汤(SSL),经验证SSL可使得3种目标菌以相对一致的速度进行富集,经过37℃ 150 r/min振荡培养24 h后,菌体浓度到达10~7～10~8 CFU/mL,非目标菌生长受到抑制.应用荧光PCR扩增样品,可同时得到3种目标菌的扩增曲线.在710份实际样品检测中,无假阳性及假阴性报告.[结论]研究结果表明,SSL肉汤可用于沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的共增菌,可用于多重PCR检测的前增菌.     

中国地胆草属和假地胆草属(菊科)分合的分子依据

为探讨中国菊科地胆革属和假地胆草属在DNA分子水平上的亲缘关系以及这两个属的分合问题,以香港野生的地胆草属植物地胆草（ElephantopusscaberL）、白花地胆草（E.mollisHK．B）和香港、台湾归化的假地胆草属植物假地胆草（Pseudelephantopusspicatus（BJussexAublet）CF.Baker）为材料,选取6种18－24mer和5种10mer的随机单引物进行任意引物PCR（AN－PCR）和随机扩增多态DNA（RAP）分析,以相似没指数值作亲缘关系分析。初步结果显示：2种地胆草与1种假地胆草之间的DNA指纹图谱差异较大,提示地肥草属与假地胆草属植物的亲缘关系较远,属于属间差异。这与形态学、组织学和细胞学结果呈相关性,认为这两个属合并成一个广义的地胆草属是不合适的。     

实时荧光定量PCR 技术的原理及其应用研究进展

自从1983年Mullis发明聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)以来,PCR技术很快成为科研、临床诊断的热点技术。但是传统PCR技术在应用中一是不能准确定量,二是容易交叉污染,产生假阳性。直到近年来荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer,FRET)技术     

抑制性消减杂交在生物基因克隆中的应用

抑制性消减杂交(SSH)是抑制PCR与消减杂交技术相结合,能对未知序列差异表达基因克隆的一种方法。该方法具有速度快、效率高、假阳性率低、目的序列富集程度高、实验结果复杂程度低等特点。本主要介绍其基本原理、操作过程、优缺点、在生物基因克隆中的应用,并对其应用前景进行了分析。     

聚合酶链反应在环境中的应用——PCR反应用来监测环境中的微生物

目前,聚合酶链反应(PCR)的应用越来越广泛,在环境监测中利用PCR来检查土壤,沉积物和水中含有的致病微生物,由于这一反应的灵敏性和特异性,一些研究人员也用PCR来 研究微生物生态的基本问题。     

PCR-双酶切鉴定STGC3抑癌基因重组子假阳性研究

目的:探讨PCR与双酶切技术联合使用鉴定阳性重组子的特异性和可靠性,评价长期保存的重组质粒再次测序的必要性。方法:对随机选取已经过测序验证的三组STGC3/pcDNA 3．1( )、一组STGC3/pGEM Easy T Vector重组子首先经过LB氨苄平皿培养挑单克隆筛选,然后单独或联合使用PCR和双限制性内切酶BamH I和Xho I酶切方法鉴定,将阳性样品送交生物工程公司测序,比较并评价两者结果的一致性。结果:三组STGC3/pcDNA 3．1( )重组子经PCR—双酶切检测阳性而不能通过测序,说明该检测方法在运用中确实存在假阳性,同时证明重组载体在长期保存后有必要再次鉴定。结论:保存过程中的杂菌污染、实验室操作中的质粒交叉污染以及重组载体基因突变是基因工程操作中不可忽视的问题;PCR—双酶切鉴定重组载体存在假阳性的问题,实验设计中应包含阳性与阴性(污染)对照,并有足够的重复实验。