REGULAR ARTICLES

Dans ce papier, nous proposons un modèle hiérarchique bayésien prenant simultanément en compte les effets liés au support (i.e. la puce) pour détecter les gènes différentiellement exprimés. Nous montrons comment interpréter et utiliser les informations obtenues pour définir la liste des gènes nécessitant des investigations supplémentaires. Nous montrons empiriquement que la prise en compte des effets de support influençant les niveaux d'expression est nécessaire et nous explorons différentes fonctions non linéaires dans notre approche modèle-dépendante de normalisation des données. Notre modèle inclus des variances gène-spécifiques mais impose des contraintes relatives à la structure hiérarchique. La validité du modèle est discutée sur la base de contrôles prédictifs a posteriori. Modéliser les effets de support (la normalisation) simultanément avec les niveaux d'expression conduit à moins de résultats faussement positifs. Pour optimiser le choix de la liste de gènes d'intérêt, nous proposons de combiner plusieurs critères (par exemple la variation relative et l'expression totale) dans une variable indicatrice pour chaque gène. La distribution a posteriori de ces variables indicatrices est utilisée pour définir la liste de gènes d'intérêt, prenant ainsi en compte l'incertitude sur l'estimation des paramètres. Dans une application sur des données de souris invalidées, les annotations de Gene Ontology sur- et sous-représentées parmi les gènes de la liste choisie sont en accord avec les prévisions biologiques.     

Etude Ultrastructurale de la Sporulation de Paramarteilia orchestiae gen. n., sp. n., Parasite de l'Amphipode Orchestia gammarellus (Pallas)

RESUME. L'individualisation de 2 spores bicellulaires à partir d'un měme pansporoblaste caractérise la sporulation du parasite de l'Amphipode Orchestia gammarellus (Pallas) précédemment décrit sous le nom de Marteilia sp. Cette sporulation le distingue des espèces du měme genre parasite d'Hutres qui sont toutes caractérisées par la production de spores tricellulaires. Les conditions semblables dans lesquelles les pansporoblastes paraissent se differencier à partir d'une cellule souche dans laquelle ils poursuivent leur évolution vers la sporogenèse ainsi que divers caractères cytologiques communs, nous incitent à maintenir tous ces parasites dans une měme famille mais à placer celui de l'Amphipode dans un genre différent. Nous proposons de le nommer Paramarteilia orchestiae gen. n., sp. n.
Ces parasites ne peuvent ětre maintenus dans les Protozoaires en raison de leur évolution vers la pluricellularité et de l'individualisation de ces éléments somatiques que représentent la cellule souche primaire, les pansporoblastes et cellules sporales (à l'exception des sporoplasmes). Il semble logique de les inclure dans l'embranchement des Myxozoaires créé par Grassé pour les Myxosporidies et Actinomyxidies qui différencient également des spores pluricellulaires et des éléments somatiques. Les centrioles à 9 singlets de P. orchestiae ainsi que les cellules primaires uninucléées, quel que soit le nombre de pansporoblastes qu'elles contiennent, peuvent ětre considérés comme des caractères résiduels d'Unicellulaires.     

BIOMETRIC PRACTICE

The Skill Plot: A Graphical Technique for Evaluating Continuous Diagnostic Tests
Nous présentons ici le ≪ Skill Plot ≫ (graphe d'aptitude), une méthode d'aide à la décision, immédiatement exploitable, conçue pour les tests diagnostiques. Contrairement aux courbes ROC, une telle courbe d'aptitude permet un examen visuel aisé du seuil ou de la règle de décision optimal pour un test diagnostique. Le ≪ Skill Plot ≫ et le test qui lui est associé permettent également de juger si les diagnostics basés sur le seuil ainsi obtenu sont meilleurs qu'une imputation naïve (diagnostics tous estimés positifs ou tous négatifs). La mesure d'aptitude facilite ici la comparaison directe de l'utilité prédictive de deux classifications, comme l'aire sous la courbe est la statistique d'intérêt dans l'analyse ROC. Nous démontrons par ailleurs que le seuil issu du ≪ Skill Plot ≫ est équivalent au seuil obtenu par optimisation des rapports de cotes a posteriori dans le cadre de la théorie bayésienne de la décision. Enfin, nous présentons et discutons brièvement une méthode permettant de construire l'intervalle de confiance de ce seuil optimal.     

DISTRIBUTION QUANTITATIVE DES DIVERS PHOSPHO-LIPIDES DANS LES NEURONES ET LES CELLULES GLIALES ISOLES DU CORTEX CEREBRAL DE RAT ADULTE

Resumé–— On décrit une méhode de préparation de neurones et de cellules gliales à partir du cortex cérébral, basée sur la dissociation du tissu à travers un tamis en nylon suivie ď une ultracentrifugation différentielle sur gradients de sucrose et de Ficoll.
On a dosé le DNA, ľazote protéque et les divers phospholipides. II ressort que le taux ď DNA par cellule est identique dans les neurones et les cellules gliales. Par contre, la quantité absolue ďazote protéique est 2.8 fois plus élevée dans les cellules gliales, celle des lipides totaux et des divers phospholipides 5-6 fois plus élevée.
La proportion de chacun des phospholipides dérminée par rapport aux phospholipides totaux est similaire dans les deux types cellulaires.     

Activité Cellulolytique des Ciliés Entodiniomorphes

RESUME. Dans nos travaux antérieurs, nous avons observé dans les cultures in vitro que la disparition de la cellulose (languettes de papier filtre) est 2 fois plus grande lorsque les 2 micropopulations, Entodinium et bactéries, sont présentes que lorsque les bactéries sont seules ou en présence de cellules mortes de ciliés. Les filtrats des broyats cellulaires des ciliés entodiniomorphes de la panse des ruminants et du caecum des équidés possèdent une activité cellulolytique indépendante des bactéries endocellulaires. Il s'agit essentiellement d'une polyglucosidase (Cx) qui dégrade les dérivés de la cellulose native. On observe également une légère activité cellulolytique C₁ sur la cellulose native.
SYNOPSIS. We have observed previously that twice as much cellulose disappears from cultures containing both Entodinium and bacteria than from those which contain bacteria alone or with dead ciliates. Filtrates of cell-free homogenates of the entodiniomorphid ciliates from sheep rumen and horse cecum have a hydrolytic effect upon cellulose, hydrolytic activity being independent of the intracellular bacteria. The predominant enzyme involved in the reaction is a polyglucosidase (Cx) which acts upon derivatives of native cellulose. Low level activity of enzyme C₁, which attacks native cellulose, also is found in the filtrate.     

Neglect as project: how two societies forget

La tendance est aujourd'hui à vouloir oublier les détails, voire les souvenirs, des anciennes manières de faire lorsque les idées et les modes d'action nouveaux deviennent prédominants. L'article part de l'idée que l'oubli commence par la négligence, et plus précisément par la négligence de certains modes de comportement ou signes et pratiques matérielles rappelant un passé considéré comme désormais indésirable. Dans une communauté millénariste des Caraïbes, les souvenirs et pratiques techniques du passé sont découragés par un «travail idéologique>> qui met constamment en regard l'ordre ancien et le monde nouveau dans un processus de création : l'oubli «dirigé>>. Dans un village albanais postcommuniste, en revanche, le fait de négliger une technologie apparaît comme un processus spontané plus transparent. Dans les deux cas, les souvenirs sont consubstantiels d'un monde matériel ancien, qui doit être évité ou détruit.     

CONSULTANT'S FORUM

Random Effects Modeling Approaches for Estimating ROC Curves from Repeated Ordinal Tests without a Gold Standard
Estimer la pertinence d'un diagnostic médical constitue une difficulté majeure en l'absence d'un test de référence (gold standard). Quoique la littérature scientifique abonde en la matière pour les tests diagnostiques répétés binaires, elle s'avère beaucoup plus pauvre en travaux applicables aux tests ordinaux. A cela fait exception le travail de Zhou et al. (2005), proposant une méthodologie pour estimer des courbes ROC sans gold standard, à partir des données répétées issues de tests diagnostiques ordinaux. Mais cette méthodologie repose sur l'hypothèse d'indépendance des résultats aux tests, conditionnellement au vrai diagnostic. Je propose donc ici des approches de modélisation à effets aléatoires intégrant la dépendance des tests ordinaux entre eux, et je montre, au travers de résultats asymptotiques et de simulations, toute l'importance de bien prendre en compte cette dépendance. Ces modélisations, ainsi que l'importance de la dépendance entre les tests, sont illustrées par une réanalyse des données présentées par Zhou et al. (2005) sur le cancer utérin.     

REGULAR ARTICLES

Marginalized Models for Moderate to Long Series of Longitudinal Binary Response Data
Les modèles marginalisés (Heagerty, 1999) permettent l'inférence basée sur la vraisemblance lorsqu'on s'intéresse à des modèles marginaux de régression pour des données longitudinales binaires. Deux modèles de ce type sont le modèle de transition marginalisée, et le modèle à variable latente marginalisée. Le premier reflète la dépendance sérielle intra-sujet au sein des mesures répétées avec des termes de transition dans le modèle, tandis que le deuxième suppose l'échangeabilité ou la non-décroissance de la dépendance de la réponse avec des intercepts aléatoires. Dans cet article, nous étendons la classe des modèles marginalisés en proposant un modèle simple unifié décrivant à la fois la dépendance sérielle et la dépendance au long terme. Ce modèle est particulièrement utile dans des analyses longitudinales avec un nombre de mesures répétées par sujet modéré ou large, où aussi bien les formes sérielles et échangeables de la corrélation de la réponse peuvent être identifiées. Nous décrivons des approches bayésiennes et au maximum de vraisemblance pour l'estimation des paramètres et pour l'inférence, et nous étudions les caractéristiques opérationnelles pour de grands échantillons, sous deux types de mauvaise spécification du modèle de dépendance. On analyse les données de l'étude longitudinale de schizophrénie de Madras (Thara, 1994).     

Islam, politics, anthropology

In this paper, we consider anthropology's long and, at times, problematic engagement with the study of Islam and Muslim societies. Specifically, we reflect critically on ongoing anthropological debates about the relationship between Islam and politics and suggest new terms of analysis. Although we pay attention to the state and formal politics, involving various social actors and organizations, we are also interested in everyday politics and micropolitics, arenas where anthropology proves especially adept. It is at the intersection of these multiple levels and where the field of politics is constituted in practice that we situate the analytical focus of the anthropology of Islam and politics in this Special Issue of the Journal of the Royal Anthropological Institute .  

Résumé

Les auteurs s'intéressent ici à la longue, et parfois problématique histoire, de l'étude de l'islam et des sociétés musulmanes par l'anthropologie. L'accent est mis plus précisément sur une réflexion critique relative aux débats anthropologiques actuels sur les liens entre islam et politique, et sur l'exploration de nouveaux termes d'analyse. Tout en prêtant de l'attention à l'État et aux institutions politiques, impliquant différents acteurs sociaux et organisations, nous nous intéressons également à la politique au quotidien et à la micropolitique, domaines dans lesquels l'anthropologie s'avère particulièrement compétente. C'est à l'intersection de ces multiples niveaux, et là où le champ du politique est constitué dans la pratique, que nous situons le point focal de l'analyse anthropologique de l'islam et du politique dans ce numéro spécial du Journal of the Royal Anthropological Institute .     

CONSULTANT'S FORUM

The DNA Database Search Controversy Revisited: Bridging the Bayesian--Frequentist Gap
Deux quantités différentes ont été proposées pour mesurer l'évidence dans les cas où un suspect est identifiéà partir d'une base de données de profils ADN. Le rapport de vraisemblance, habituellement développé dans le cadre bayésien, est préféré par de nombreux experts du domaine. La règle dite np a été suggérée sur des arguments fréquentistes par l'American National Research council (NRC) et Stockmarr (1999). Ces deux quantités différent considérablement et sont à la source d'une controverse sérieuse sur l'utilisation des bases d'ADN. Bien que plusieurs auteurs aient critiqué ces différentes approches, une explication claire sur le pourquoi de ces différences observées n'a jamais été proposée. Dans cet article, nous montrons que le degré de signification P dans un contexte fréquentiste est approximativement égal au résultat de la règle np . Nous soutenons cependant qu'une procédure plus raisonnable consiste à utiliser une stratégie de test conditionnel qui génère un P directement lié aux probabilités a posteriori ainsi qu'un rapport de vraisemblance. Cette façon d'aborder le problème construit un pont entre les approches bayésienne et fréquentiste et indique également que la règle np ne doit pas être utilisée pour quantifier l'évidence.     

ACETYLCHOLINESTERASE DU MUSCLE, DE LA MOELLE EPINIERE ET DU CERVEAU DE GYMNOTE

Résumé— Dans le but d'étudier la localisation cytologique de I'AChE dans divers tissus de Gymnote, nous avons préparé un antisérum anti-AChE en utilisant une préparation commerciale partiellement purifiée, contenant une forme globulaire de l'AChE G _p. Cet antisérum réagit dans le test de double diffusion avec l'enzyme purifié G _p, mais également avec la forme globulaire spontanée G _b, ainsi qu'avec les trois espèces 'natives' asymétriques A , C et D . Nous avons mis en évidence l'existence de ces quatres formes G _b, A , C et D dans des extraits de cerveau, de moelle épinière et de muscle de Gymnote. La forme globulaire G _b est particulièrement abondante dans la moelle épinière et à un moindre degré, dans le cerveau. La distribution des espèes est identique dans le muscle et l'organe électrique. Grâce à notre antisérum, nous avom Iocalisé par immunofluorescence indirecte l'AChE dans les terminaisons nerveuses sur le muscle, dans le cytoplasme de certains neurones situés dans le centre moteur de la décharge (moelle épinière) et au voisinage du noyau central de la décharge (cerveau).     

CONSULTANT'S FORUM

Nous proposons un modèle conjoint du déclin cognitif et du risque de démence pour décrire la phase pré-diagnostique de la démence. L'objectif est d'estimer le moment où l'évolution cognitive des sujets en phase pré-démentielle commence à se distinguer de l'évolution normale et d'étudier si la forme du déclin cognitif dépend du niveau d'études. Le modèle combine un modèle mixte polynomial par morceaux comportant un point de changement aléatoire pour l'évolution du test cognitif et un modèle log-normal dépendant du point de changement aléatoire pour l'âge de démence. Les paramètres sont estimés par le maximum de vraisemblance à l'aide d'un algorithme de type Newton-Raphson. L'évolution cognitive attendue sachant l'âge de démence est ensuite estimée ainsi que la distribution marginale de l'âge de démence afin de vérifier l'hypothèse log-normale.     

Anonymous introductions: identity and belonging in Corsica

This article starts from an ethnographic puzzle: why do first encounters between strangers in a village in the north of Corsica often not include the interlocutors' names? This puzzle is unpacked with the help of recent work on the anthropology of belonging, combined with selected insights from French sociologist Gabriel Tarde. What starts off as an account of relationality and personhood in Corsica becomes a reconfiguration of anthropology's approach to identity and difference, through the prism of Tarde's call to replace the problematic of 'Being' with an examinations of ways of 'having'. 'Anonymous introductions', which bracket the question of personal identity in order to make connections emerge, are considered as a model for a reconfigured anthropological heuristic.  

Résumé

Le présent article commence par une énigme ethnographique : pourquoi est-il fréquent, dans un village du Nord de la Corse, que des inconnus qui se rencontrent pour la première fois se présentent sans donner leur nom ? L'énigme se dénoue avec l'aide de travaux récents sur l'anthropologie de l'appartenance, combinés à des idées choisies du sociologue Gabriel Tarde. Commençant comme un récit de rationalité et de personnalité en Corse, l'article devient une reconfiguration de l'approche anthropologique de l'identité et de la différence, à travers le prisme de l'appel de Tarde à remplacer la problématique de « l'être >> par un examen des manières « d'avoir >>. Ces « présentations anonymes >>, qui mettent entre parenthèses l'identité personnelle pour mettre en lumière les liens, sont considérées comme un modèle d'heuristique anthropologique reconfigurée.     

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Time-Varying Coefficient Models for the Analysis of Air Pollution and Health Outcome Data
Nous présentons un modèle à coefficient dépendant du temps pour étudier la relation entre exposition aiguë (à court terme) à la pollution atmosphérique et altérations de la santé. Ce modèle permet au risque relatif de varier en fonction du temps comme cela peut se produire en cas d'interaction avec la température ou de modification de la composition en polluants, par exemple en particules solides. Le modèle fournit une estimation lissée de ces effets dépendant du temps sans qu'il soit nécessaire de spécifier une forme paramétrique particulière. Cette forme est estimée à partir des données à l'aide de fonctions spline cubiques pénalisées. Nous développons des modèles de régression de Poisson dont les coefficients sont estimés soit en maximisant une quasi-vraisemblance par une procédure itérative de moindres carrés repondérés, soit par une approche bayésienne utilisant une méthode de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC). L'efficacité de ces approches pour estimer différents effets dépendant du temps est évaluée par simulations et les modèles sont appliqués aux données recueillies dans quatre villes pour l'enquête NMMAPS (Enquête Nationale Morbidité, Mortalité et Pollution Atmosphérique).     

L'ACÉTYLCHOLINE ET L'ADRÉNALINE CHEZ LES INVERTÉBRÉS

1^o. Le tableau 2 résume ce que l'on sait sur la présence ďacétylcholine et de cholinestérase chez les Invertébrés, ainsi que sur la sensibilityé. des tissus àľacétylcholine et aux poisons qui paralysent ľaction de cette substance.
2^o. La présence de nerfs cholinergiques est démontrée chez les Annélides ( Armicolu, Aphrodite, Lumbricus, Hirudo ), et les Siponculiens ( Sipuncuh ), chez les 1 Iolot huries, chez un seul mollusque ( Venus mercenaria ).
3^o. Ľexistence de nerfs cholinergiques est inconcevable chez les Cœntérés.
4^o. Chez les Arthropodes (Crustacés, Insectes et Arachnomorphes) tout porte à croire que les nerfs ne transmettent pas ľ'excitation par ľintermédiaire ľacétykholine.
5^o. Chez leo Mollusques, àľexception de Venus mercenaria , tous, les essais de démonstration de nerfs cholinergiques ont échoué.
6^o. Ľexistence de nerfs adrénergiques chez les Annélides est très probable, mais non encore certaine; de tels nerfs existent vraisemblablement chez les Céphalopodes et chez ľaplysie.
7^o. Le cmur et les tissus des Invertébrés manifestent pour ľadrénaline et les amines syrnpathicomimétiques une sensibilityé non spécifique, le plus souvent faibie.     

The Virgin of Guadalupe: a nexus of affect

Par le biais d'une analyse des célébrations actuelles de la Vierge de Guadalupe à Rome, l'auteure discute de la manière dont la Vierge fait écho aux inquiétudes pour «la patrie et la foi>> ( patria y fe ) ainsi que sur la mobilisation de la foi catholique en réaction aux sécularisme. Les célébrations performatives de la Vierge révèlent une unité fantasmatique de la nation et de la famille par le biais de l'affect et de tensions raciales subtiles au sein, d'une part, de la migration transnationale religieuse liée à la politique diocésaine et missionnaire, et d'autre part à la diffusion à l'étranger de narrations culturelles et indigènes d'une identité mexicaine. En s'intéressant aux traces de la guerre des Cristeros au Mexique (1926-1929), remises en récit sous un angle affectif dans la Rome du XXI^e siècle, l'auteure affirme que la célébration de la Vierge de Guadalupe ne manifeste pas une religiosité liée au retour des dépossédés et à un symbole de libération (comme cela semble faire être le cas à la frontière entre le Mexique et les États-Unis) mais elle devient plutôt, dans ce contexte, un point de fusion des affects qui signale la montée en puissance d'une Église catholique transnationale empreinte d'orthodoxie ultramontaine.     

Hot air and the Colonialist 'Other': the 'German-English-Dutch Airship Expedition' to New Guinea

Il est largement admis en anthropologie que les images de «l'Autre>> exotique font partie de la «technologie intellectuelle>> grâce à laquelle le colonialisme a étendu et maintenu son contrôle sur les frontières impériales. Faute d'analyse, toutefois, un autre type d'Autre se languit encore en anthropologie : le Colon à demeure. Dans les narrations analytiques standard, cette figure et le milieu dans lequel elle agit sont encore dépeints en termes radicalement uniformisés. En réalité, le colonialiste maison était un agent complexe, obligé de naviguer et de négocier entre plusieurs conjonctures culturelles et sociales dans le cadre du développement de projets coloniaux appelés àêtre exportés au loin. Dans le présent article, les auteurs cherchent à mettre en lumière l'Autre colonisateur et sa place dans le colonialisme en s'intéressant à la destinée de l' oberleutnant Paul Graztz, «héros>> colonial allemand de la fin du XIX^e siècle, et à sa tentative (vouée à l'échec) d'expédition topographique en Nouvelle-Guinée dans un aéronef «à air chaud>>.     

Rights violations, rumour, and rhetoric: making sense of cannibalism in Mambasa, Ituri (Democratic Republic of Congo)

In January 2003, in the midst of civil war, Mbuti pygmies from Mambasa, Ituri, informed human rights organizations and the media that relatives had been killed, cooked, and eaten by soldiers of the Mouvement pour la Libération du Congo (MLC). Nearly two years later, spectacularly, the accusers withdrew their testimonies. This article tries to make sense of the allegation and subsequent retraction by reviewing how the Congolese print media covered the story. Against the backdrop of turbulent politics and moral crisis, it is argued that 'Cannibalism in Mambasa' needs to be understood first and foremost as a politically driven metaphor of extreme violence and suffering, even though acts of cannibalism cannot be ruled out.  

Résumé

En janvier 2003, en pleine guerre civile dans l'Ituri, des Pygmées Mbuti de Mambasa informèrent les organisations humanitaires et les médias que des membres de leur tribu avaient été tués, cuits et dévorés par les soldats du Mouvement pour la Libération du Congo (MLC). Deux ans plus tard, les accusateurs se rétractaient spectaculairement. Le présent article tente de donner un sens à ces accusations puis aux rétractations, à travers la couverture de cette affaire par la presse congolaise. L'auteur affirme que dans ce contexte de grave crise politique et morale, le « cannibalisme à Mambasa >> doit être d'abord, et avant tout, compris comme une métaphore politique de violence et de souffrance extrêmes, bien que l'on ne puisse pas exclure la possibilité que des actes de cannibalisme aient bien été commis.     

Caractéristiques Ultrastructurales du Cortex et des Membranelles du CiliéEspejoia mucicola (Oligohymenophora, Hymenostomata, Tetrahymenina)

RESUME. L' étude détaillée du cortex et des organelles buccaux adoraux d' Espejoia montre que ce Cilié possède une organisation ultrastructurale comparable à celle des Tétrahyméniens. Tout en restant conforme au plan général d'organisation de ces derniers, des variations spécifiques décelées tant au niveau du cortex d'une part, que des membranelles, d'autre part, font ressortir des affinités trés marquées pour le genre Glaucoma et autres Ciliés voisins. En conséquence, en nous appuyant en outre sur les données récentes de la morphogenèse, nous confirmons la position d' E. mucicola parmi les Tetrahymenina, dans la famille des Glaucomidae.     

CORRESPONDENCE

J. Cao and C. Z. He              877
Les populations de nombreuses espèces d'oiseaux Nord-américains montrent des signes de déclin. La collecte d'informations sur le succès reproductif permet de détecter rapidement les populations fragiles et aide au développement de pratiques de gestion de l'habitat appropriées. Dans cet article, nous étudions la performance du modèle Bayésien (He, 2003) appliquéà des taux de survie au nid dépendant de l'âge dans le cas de visites irrégulières. Nous montrons que les estimations sont satisfaisantes, mise à part celle de la survie à l'âge 1. Plus le nombre de jours entre deux visites est grand, plus cette survie risque d'être sous-estimée. Nous avons étudié ce problème et développé trois approches pour contrôler ce biais. Les simulations montrent que les trois approches permettent d'améliorer de façon significative l'estimation de la survie de la classe d'âge 1.