植物组蛋白变体生物学功能

组蛋白变体是重要的表观遗传调控因子,能够在染色质特定位置替换常规组蛋白,维持染色质结构进而保证转录激活或抑制的顺利进行.目前,组蛋白变体的调控功能已成为植物学研究领域的一个热点.近年来,随着植物组蛋白变体生物学功能研究的不断深入,发现组蛋白变体能够在植物生长发育和环境应答调控等多个生物学过程中发挥重要作用.该文简要介绍...     

组蛋白变体及组蛋白替换

组蛋白作为核小体的基本组分,是染色质的结构和功能必需的。对于不同状态的染色质,核小体中会组装入相应的组蛋白变体,并且各种组蛋白变体的尾部也能发生多种修饰。这些变体通过改变核小体的空间构象和稳定性,决定基因转录的激活或沉默,DNA的修复,染色体的异染色化等。在组蛋白替换过程中,组蛋白变体是通过相应的染色质重构复合物组装入核小体,不同的变体有着不同的组装途径。对组蛋白变体的研究是近年来表观遗传学新的研究热点,也是对“组蛋白密码”的新的诠释。并且,组蛋白替换揭示了DNA-组蛋白相互作用变化的一种新的机制。

     

组蛋白变体H2A.Z的转录调控功能与动态作用机制

H2A.Z是组蛋白H2A常见的组蛋白变体。近年来,人们通过多学科手段探究了H2A.Z对于基因转录的激活或抑制作用。本文在概述组蛋白变体和H2A.Z发展史的基础上,重点阐述了H2A.Z不同亚型、不同翻译后修饰和基因组分布在转录调控过程中的作用,明确了其生物学意义和在肿瘤发生发展、神经系统分化发育过程中的病理生理学意义,并总结了H2A.Z在染色质沉积或者移除的动态调控机制方面的研究进展,以期为深入了解组蛋白变体的多样性,并为寻找相关疾病诊疗的新靶点提供参考。     

组蛋白变体的染色质组装

真核细胞的染色质组装是组蛋白和DNA有序地形成核小体和染色质的过程.通过调节DNA的开放或折叠状态,染色质组装不但影响遗传信息的编码和存储,也决定了遗传信息的提取和解读.作为染色质组装的重要调控因子,组蛋白变体和组蛋白伴侣在与DNA相关的生命活动进程中发挥着至关重要的作用.本文综述了组蛋白变体H2A.Z以及CENP-A进行染色质组装的研究进展,并着重讨论了组蛋白变体和组蛋白伴侣在染色质组装中的重要作用.     

酿酒酵母组蛋白变体Htz1调控基因转录的作用机制

在真核生物染色质中,作为核心组蛋白的H2A是构成核小体重要组分,其变体之一H2A.Z高度保守,对真核细胞生物的生命活动有重要意义. 模式生物酿酒酵母中的H2A.Z被称作Htz1. 在对多种生物H2A.Z的研究中,以对酿酒酵母组蛋白变体Htz1的探讨最为深入全面. 本文将从多个方面详细介绍酿酒酵母Htz1对基因表达调控的作用机制,涵盖其蛋白结构、染色质上的定位、翻译后修饰、结合机制、生物功能及其分子伴侣的作用等,并对未来该领域需要解决的重要科学问题进行了展望.     

组蛋白变体H3.3 L27M突变与胶质瘤发生

组蛋白变体在基因表达等基本细胞过程中发挥重要调节功能。人类有5种H3变体,分别为H3.1、 H3.2、H3.3、着丝粒特异性CENP-A和睾丸特异性H3t。人H3.3有H3F3A和H3F3B两个基因编码。采用DNA全基因组测序的方法在儿童高级别胶质瘤如恶性胶质瘤（GBM）和弥漫性内在脑桥胶质瘤（DIPG）鉴定出高频的H3F3A突变。超过70%DIPG和30%GBM携带H3.3 K27M氨基酸错义突变（27位赖氨酸被甲硫氨酸代替）。H3.3 K27M通过与组蛋白H3K27甲基转移酶EZH2亚基相互作用而抑制多梳抑制复合物2（PRC2）活性并全面减少H3K27me3含量。因此H3.3 K27M突变重塑了表观修饰状态和基因表达模式,从而驱动肿瘤发生。K27M突变可作为分子标志物以更好区分儿童胶质瘤亚型,还可作为特异、敏感的预后标志物。通过抑制组蛋白去甲基化酶如JMJD3活性而增加H3K27甲基化可作为K27M突变胶质瘤治疗的有效策略。本文综述了组蛋白变体H3.3 K27M在胶质瘤中的突变模式、分子机制和临床应用。     

组蛋白变体在植物表观遗传调控中的研究进展

染色质的基本组成单元核小体由DNA和组蛋白构成,并作为遗传和表观遗传信息的载体参与调控生命活动。同一组蛋白家族中不同序列和表达模式的成员形成组蛋白变体,在特定分子伴侣的辅助下参与染色质组装。组蛋白变体的装配能够影响核小体的性质和染色质活性。植物中的研究表明,组蛋白变体在染色质结构和表观遗传信息的维持、DNA损伤修复、转录调控等生物学过程中均发挥重要作用,从而调控植物发育和环境响应。本文综述植物组蛋白变体的染色质定位、分子伴侣和生物学功能,并展望植物组蛋白变体研究中的一些未来发展方向,以期为更深入研究组蛋白变体介导的表观遗传调控提供参考。     

人源着丝粒蛋白CENP-C特异性识别组蛋白变体H2A.Z的分子基础

着丝粒蛋白C(centromere protein C,CENP-C)是组成型着丝粒相关网络(constitutively centromereassociated network,CCAN)复合物的一个亚基,决定着丝粒各亚基沿着内层着丝粒到外层动粒的正确定位。H2A.Z是组蛋白H2A的变体,在调节染色体分离和基因表达等方面具有重要作用。本研究首次揭示了着丝粒核心蛋白CENP-C特异性识别组蛋白变体H2A.Z的分子机制。通过整合预测结构与MBP Pull-down、凝胶过滤层析和等温滴定量热(isothermal titration calorimetry,ITC)等多维度生化验证,首次鉴定出CENP-C中第294-326位氨基酸是其与H2A.Z-H2B二聚体相互作用的关键功能域,并阐明其结合主要由疏水作用驱动。特别值得注意的是,本研究发现,CENP-C的模拟磷酸化修饰可显著增强其与H2A.Z-H2B的亲和力。这一发现为理解有丝分裂过程中着丝粒的动态组装提供了新的分子见解。本研究不仅填补了CCAN复合物识别组蛋白变体的分子机制空白,也为深入理解染色体分离异常的病理机制奠定了重要理论基础。     

综述: 组蛋白变体的染色质组装

真核细胞的染色质组装是组蛋白和DNA有序地形成核小体和染色质的过程．通过调节DNA的开放或折叠状态,染色质组装不但影响遗传信息的编码和存储,也决定了遗传信息的提取和解读．作为染色质组装的重要调控因子,组蛋白变体和组蛋白伴侣在与DNA相关的生命活动进程中发挥着至关重要的作用．本文综述了组蛋白变体H2A.Z以及CENP-A进行染色质组装的研究进展,并着重讨论了组蛋白变体和组蛋白伴侣在染色质组装中的重要作用．     

Dnmt2的底物识别机制与生物学功能

Dnmt2的同源基因首次在酵母基因组中被发现,由于其蛋白质序列与已知的DNA甲基转移酶家族成员DNMT1的序列高度同源,所以被认为是一个DNA甲基转移酶,归属于DNA甲基转.移酶家族。然而,一直没有足够的证据证明Dnmt2对DNA具有甲基转移能力。直到2006年发现Dnmt2有催化tRNA^Asp(GUC)甲基化修饰的能力,才确定Dnmt2的功能是一种RNA甲基转移酶,负责催化t RNA上第38位胞嘧啶的甲基化修饰,但Dnmt2识别和催化底物t RNA的分子机制仍未被全面阐明。之前研究表明,Q34可以增强Dnmt2对tRNA^Asp(GUC)的催化活力;王恩多课题组发现人源Dnmt2对底物t RNA的关键识别位点是G34或I34,Dnmt2识别底物依赖于底物t RNA的反密码子环、D茎和可变环的关键位点和完整的三级结构。此外,Dnmt2在细胞代谢、胚胎发育、有丝分裂、表观遗传、肿瘤与免疫等方面发挥着重要作用。该文从进化保守性、底物识别机理、蛋白质结构与功能、修饰之间的调控等方面综述了Dnmt2在RNA修饰中的最新研究进展。     

组蛋白修饰在卵母细胞发育中功能和调控机制的研究进展

组蛋白修饰作为表观遗传调控网络的重要组成部分,其主要的修饰类型包括乙酰化、甲基化、磷酸化等,在卵母细胞减数分裂过程中呈现动态变化.在卵母细胞发育过程中,表观遗传调控因子涉及的乙酰化、甲基化维持、磷酸化和组蛋白置换调控着卵母细胞减数分裂过程中基因的表达、纺锤体的组装、染色体的排列和基因组的稳定性,确保了卵母细胞减数分裂的...     

组蛋白降解调控机制的研究进展

组蛋白是染色质的重要组成部分,其含量的高低显著影响着染色质高级结构的形成、基因表达、DNA复制等重要生命活动。蛋白质降解是组蛋白含量调控的重要机制,大量研究表明,组蛋白的降解与其氨基酸残基的修饰方式有着密不可分的联系。此外,组蛋白的降解与其泛素化、乙酰化等共价修饰密切相关。该文以组蛋白氨基酸残基翻译后修饰(PTM)为关注点,重点介绍组蛋白降解与氨基酸残基修饰之间的相互关系,并对该领域的研究进展进行综述。     

组蛋白修饰调节机制的研究进展

表观遗传学涉及到DNA甲基化、组蛋白修饰、染色体重塑和非编码RNA调控等内容,其中组蛋白修饰包括组蛋白的乙酰化、磷酸化、甲基化、泛素化及ADP核糖基化等,这些多样化的修饰以及它们时间和空间上的组合与生物学功能的关系又可作为一种重要的表观标志或语言,因而被称为“组蛋白密码”．相同组蛋白残基的磷酸化与去磷酸化、乙酰化与去乙酰化、甲基化与去甲基化等,以及不同组蛋白残基的磷酸化与乙酰化、泛素化与甲基化、磷酸化与甲基化等组蛋白修 饰之间既相互协同又互相拮抗,形成了一个复杂的调节网络．对组蛋白修饰内在调节机制的研究将丰富“组蛋白密码”的内涵．     

赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1作用机制及其生物学功能的研究进展

与其他化学修饰,如乙酰化、磷酸化、泛素化等相似,组蛋白赖氨酸甲基化是一个可以逆转的组蛋白修饰,是一个动态调节的过程。赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1（lysine specific demethylase 1,LSD1）是一个黄素腺嘌呤二核苷酸（flavin adenine dinulcleotide,FAD）依赖性胺氧化酶,它能够特异性脱去H3K4和H3K9位点上的单甲基化和二甲基化的甲基基团。LSD1参与调控核受体介导的基因转录,并分别维持染色质的活性和非活性状态,被誉为细胞深处的基因＂开关＂。LSD1的功能失衡可引发多种重要生命现象的改变。主要综述LSD1的结构、作用机制及其在肿瘤发生、胚胎发育、体细胞重编程的调控、细胞分裂和造血等过程中生物学功能的研究新进展。     

组蛋白H3变体H3.3及其在细胞重编程中的作用

组蛋白是真核生物中一类进化上相对保守的蛋白质。由组蛋白八聚体及缠绕其上的DNA构成的核小体是真核生物染色质的基本组成单位。核小体使DNA保持固缩状态,既能维持基因组的稳定性,又能保证DNA序列可以正确地进行复制、转录、重组和修复。核小体调控细胞的生物过程除了通过组蛋白翻译后修饰,还可以通过组蛋白变体替换的方式进行。研究发现,组蛋白H3变体H3.3与常规组蛋白H3尽管仅有几个氨基酸的区别,但H3.3却能由特异的分子伴侣介导,整合进入染色质的特定区域,从而发挥不同的作用。同时,H3.3作为一种母源因子在正常受精和体细胞核移植等细胞重编程过程中也发挥着重要作用。本文总结了H3.3的结构特点和富集情况,探讨了特异的分子伴侣及其在细胞重编程中的作用,以期为提高体细胞重编程效率提供新思路,为体细胞重编程的应用奠定基础。     

中华鳖组蛋白H2A变体克隆及其在卵母细胞中的表达分析

为研究组蛋白H2A对龟鳖动物生殖细胞发育分化作用和机制,克隆了中华鳖(Pelodiscus sinensis)组蛋白H2A变体的同源物(命名为PsH2A),分析其转录本的表达模式及在卵巢发育成熟过程中的细胞定位。PsH2A cDNA序列全长575 bp, 5′端非编码区68 bp, 3′端非编码区108 bp,开放阅读框399 bp,编码133个氨基酸。氨基酸序列比对结果显示其与龟类的H2A变体同源性更高,与哺乳类同源性较低。RT-qPCR和RT-PCR结果显示,PsH2A转录本在1冬龄、2冬龄和3冬龄的中华鳖卵巢中高表达(P<0.01),而在精巢和其他成体组织中几乎检测不到。化学原位杂交结果显示, PsH2A mRNA在卵母细胞中特异性表达,其中初级卵母细胞中表达信号最强,且均匀的分布在细胞质中。随着卵母细胞发育成熟进入到生长期和成熟期后,目的信号逐渐减弱,并且主要在核周区域表达。此外, PsH2A mRNA的相对表达量也表现出中华鳖卵巢发育的季节性变化。综上,研究结果表明PsH2A在中华鳖卵母细胞发育过程中可能发挥着重要作用。     

组蛋白甲基转移酶MLL1的结构与功能研究进展

组蛋白甲基转移酶MLL1因其基因易位重排所引起的混合系白血病（mixed lineage leukemia）而得名。MLL1蛋白在基因调控、细胞增殖、生长分化等正常生理功能中发挥着重要作用,染色体易位重排所产生的MLL1融合蛋白则与急性白血病的发生发展密切相关。目前人们对MLL1蛋白的结构和功能研究取得了很大的进展,为以MLL1和其相互作用蛋白为靶点的新型MLL白血病药物设计奠定了坚实的基础。     

胞外组蛋白/循环组蛋白病理生理效应及相关机制

组蛋白是染色质结构蛋白,也参与调节真核细胞基因表达。一旦发生大量细胞死亡,组蛋白会释放至细胞外成为胞外组蛋白或进入血液成为循环组蛋白,成为损伤相关分子模式(damage-associated molecular patterns, DAMPs)。胞外组蛋白/循环组蛋白结合并破坏细胞膜,激活细胞膜Toll样受体(Toll-like receptors, TLRs)如TLR2、TLR4和TLR9,促进凝血酶或血小板活化,导致接触性细胞毒性、严重炎症反应和血栓形成,最终导致多器官损伤和功能障碍。该文主要综述近期报道的胞外组蛋白/循环组蛋白在各种疾病中的病理生理效应和机制以及作为治疗靶点的可能性。     

组蛋白修饰调控衰老过程的机制研究进展

组蛋白(histone)是真核生物染色质的主要蛋白质组分,具有类型多样的翻译后共价修饰,包括乙酰化、甲基化、泛素化、SUMO化、磷酸化等.组蛋白修饰是表观遗传调控网络的重要组成部分,参与调控基因转录、DNA复制和损伤修复等基因组DNA相关的生物学过程.物种的寿命由物种基因组和基因组与环境的相互作用决定.最近的研究表明,组蛋白修饰在多种模式生物衰老过程中呈现动态变化,且特定组蛋白修饰的改变可以延长模式生物的寿命,从而有望为延缓衰老、预防和治疗衰老相关疾病的研究带来新思路.本文总结了近年来组蛋白修饰调控衰老过程的研究进展.     

刍议组蛋白去乙酰化酶的结构分类与功能调控

赖氨酸乙酰化是一类典型的组蛋白翻译后修饰,受到组蛋白乙酰转移酶(HAT)和组蛋白去乙酰化酶(HDAC)的共同精细调控。尽管HDAC一直是学科研究的前沿问题,但在国内科研综述或教学中缺乏相关内容的阐述。本文从HDAC的发现历史和去除乙酰化的机制入手,在现有对HDAC分类的基础上,依次概述了4类HDAC的基本结构特征和生物功能。此外,本文还分析了针对不同HDAC的抑制剂及其在医学药学中的应用,旨在为相关的靶点研究及教学工作提供参考。