荔枝与龙眼种质资源研究进展

荔枝和龙眼是中国著名的南亚热带果树。本文分别就荔枝、龙眼种质资源在起源与分布、分类与鉴定等方面取得的研究进展进行了综述。荔枝和龙眼的分类研究大体经历了3个阶段:根据形态特征进行分类、应用同工酶分析和DNA分子标记进行分类。形态特征常常受到环境条件的影响,而同工酶分析可以检测到的多态性位点十分有限。应用分子标记研究荔枝、龙眼种质资源的遗传多样性克服了前述2种研究方法的不足。目前,荔枝和龙眼的品种选育仍然以实生选种和芽变选种为主。为了实现对荔枝、龙眼果实品质和农艺性状的改良,建议在分子水平上进一步深入地探讨荔枝、龙眼种质资源的遗传多样性;同时通过应用分子标记辅助选择技术提高荔枝和龙眼杂交育种的效率。     

AFLP分子标记技术的发展及其在蜜蜂学研究中的应用

AFLP分子标记技术是一种建立在PCR技术和RFLP技术基础之上的新的DNA指纹分析技术,现已广泛用于生物遗传多样性、系统进化及分类、基因定位、遗传图谱构建、标记辅助育种和品质鉴定等方面的研究。文章对AFLP分子标记技术的原理、特点、技术发展及其在蜜蜂Apis spp.学研究中的应用进行详细论述。     

丛枝菌根真菌系统分类及群落研究技术进展

丛枝菌根真菌（AMF）是自然生态系统重要的组成部分,能与植物根系形成互惠共生体.传统的AMF分类主要依赖于对土壤无性孢子的形态鉴定,具有一定的局限性.近年来基于核酸分析的分子鉴定技术使AMF的分类更具科学性和准确性,补充和完善了基于孢子形态鉴定所建立的分类系统.AMF群落研究依赖于AMF的分类鉴定,主要包括孢子形态鉴定和分子生物学分析两类研究法.本文综述了AMF的分类系统和群落研究方法,着重介绍了近年来应用较多的AMF群落研究的分子生物学技术.作者认为,采取形态与分子相结合的办法将有助于推动AMF群落研究和AMF自然分类系统的建立和完善.     

多因素癌症诊断分类模型的建立和应用

随着基因组学、蛋白质组学技术的运用,对癌症相关分子标志物的筛选,以及基于多个分子标志物的诊断分类模型,成为近年来研究癌症诊断问题的热门途径。本文介绍了如何从基因芯片和质谱等数据库中筛选有诊断作用的分子标志物,以及构建高敏感性、高特异性诊断分类模型的技术路线;并根据在各类肿瘤中的研究实例,分析各分类算法的特点。     

推动精准医疗和伴随诊断产业创新发展

正精准医疗,就是应用现代分子生物学、分子病理学、分子遗传学、分子影像技术、生物信息技术以及目前热门的大数据技术、智能化技术等,结合患者生活环境和临床数据,实现精准的疾病分类和诊断,制定具有个性化的疾病预防和诊疗方案。包括对风险的精确预测,疾病精确诊断,疾病精确分类,药物精确应用,疗效精确评估,疗后精确     

分子标记在烟粉虱蚜小蜂分类中的应用

本对分子标记技术在烟粉虱寄生蜂——蚜小蜂分类中的应用进行了概述,包括利用随机扩增多态性DNA、限制性片段长度多态性和DNA测序等技术对蚜小蜂进行分子鉴定;利用核糖体28s rDNA D2与D3扩展区、线粒体细胞色素氧化酶、核糖体内转录间隔区等DNA序列分析研究蚜小蜂的系统进化等。对分子标记在蚜小蜂分子鉴定和系统进化研究中取得的进展进行了简述。     

昆虫分类学主要技术手段的研究进展

随着科学技术的进步,昆虫分类学由过去传统的形态分类学逐步向综合性学科发展,特别是现代生物技术是对传统昆虫分类方法的一个补充与完善。本文介绍了传统的昆虫分类方法,重点对一些常用的分子标记技术如同工酶电泳技术、核酸序列分析、Randomly Amplified Polymorphic DNA（RAPD）技术、Simple Sequence Repeat（SSR）技术和Single Strand Conformational Polymorphism（SSCP)技术的特点和它们在昆虫系统进化及昆虫分类等研究中的应用作了相关介绍。     

染色体核型分析及染色体显微分离技术研究进展

染色体核型分析是遗传学研究的重要手段,也是物种分类和鏊定的基本依据.染色体显微切割技术是细胞遗传学和分子遗传学相结合的一种技术,应用前景广阔.重点综述了染色体核型分析和单染色体显微切割技术的操作规程.     

分子生态学研究与动物多样性保护

分子生态学的发展揭开了生物多样性保护研究的新篇章。分子技术的应用克服了传统生态学方法中的一些难题,如野外调查周期长、分辨率有限、实验条件不易控制等。应用各种分子标记（如：RFLP 、VNTR、 RAPD、 DNA测序等）可以分析种群地理格局和异质种群动态、确定种群间的基因流、研究瓶颈效应对种群的影响以及确定个体间的亲缘关系等等。所有这些研究都是指导物种保护和濒危种群的恢复所必需的。种或品系特异性的分子标记技术能够解决形态分类中的模糊现象,确定基于遗传物质的谱系关系,还可以用来分析近缘种间杂交问题。这些问题的解决有助于确定物种优先保护顺序,选择保护地区。近年来引起重视的主要组织相容性复合体（MHC）DNA变异分析可能会在研究种群对疾病的易感性等一系列种群特异性问题方面非常有用。随着分子技术的不断发展,会有更多的保护生物学问题得到解决,尤其是结合野外调查统计数据应用多个分子标记对目标种群进行研究,所得到的结果会更精确,更有说服力。     

分子生物学技术在链霉菌分类中的应用

随着分子生物学的飞速发展,分子生物技术在链霉菌的分类方法中起到了越来越重要的作用,分子分类使链霉菌的分类从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平,基因型分类结合表型和系统发育的特征所组成的多相分类,能更客观合理地反映生物间系统进化关系。分子分类研究主要包括(G+C)mol%测定、DNA杂交、核酸结构分析、DNA指纹图谱分析和变性梯度凝胶电泳等。     

螨类系统学研究中的分子标记

近年来,分子标记技术在螨类系统学研究中起到越来越重要的作用。文章就几种螨类系统学中用到的分子标记的原理和应用作一回顾,其中包括随机扩增多态性RAPD、限制性内切酶片段长度多态性RFLP、直接扩增片段长度多态性DALP、扩增片段长度多态性AFLP、微卫星DNASSR、核酸序列分析。讨论这几种分子标记在其应用中的优势及其局限性,并对分子标记在螨类系统学研究中的应用作出展望。     

Accounting for molecular stochasticity in systematic revisions: Species limits and phylogeny of Paroaria

Different frameworks have been proposed for using molecular data in systematic revisions, but there is ongoing debate on their applicability, merits and shortcomings. In this paper we examine the fit between morphological and molecular data in the systematic revision of Paroaria, a group of conspicuous songbirds endemic to South America. We delimited species based on examination of >600 specimens, and developed distance-gap, and distance- and character-based coalescent simulations to test species limits with molecular data. The morphological and molecular data collected were then analyzed using parsimony, maximum likelihood, and Bayesian phylogenetics. The simulations were better at evaluating the new species limits than using genetic distances. Species diversity within Paroaria had been underestimated by 60%, and the revised genus comprises eight species. Phylogenetic analyses consistently recovered a congruent topology for the most recently derived species in the genus, but the most basal divergences were not resolved with these data. The systematic and phylogenetic hypotheses developed here are relevant to both setting conservation priorities and understanding the biogeography of South America.     

莲属(Nelumbo Adans.)的系统学研究进展和莲科的确立

本文介绍了莲属的系统学研究的历史和最新研究成果．综述了莲属从睡莲科中独立出来,单独成科的形态学、解剖学、细胞学、孢粉学、胚胎学、植物化学、分子生物学及花器官发生等多方面的证据,并对莲科的系统学地位进行了总结。     

红树植物分子生态与进化研究进展

红树林是热带与亚热带海洋森林和地球湿地生态系统的重要组成部分 ,是多种海洋动物及鸟类栖息繁衍的重要场所 ,在调节全球生态平衡及维持生物多样性方面起着十分重要的作用。有关红树林的生态生物学研究 ,特别是红树林及其生物多样性变化的监测研究 ,红树林的保护与管理已成为热带亚热带海洋及湿地生态学研究的重要内容。海南岛有长达 1 5 2 8ｋｍ的海岸线 ,红树林群落的分布十分广泛。孢粉学证据说明 ,海南岛滨海地区在第三纪时即有红树林出现[1 ] 。现海南岛红树林植物种类有 1 8科 2 6属 34种 ,占中国红树植物种数的 97.1 % [2 ] 。由于…     

分子生物学手段在植物系统与进化研究中的应用

在植物系统与进化研究中,为了揭示真实本质,必须从分子水平进行研究。植物分子系统学的研究包括两大方面,一是蛋白质与酶,二是核酸。酶电泳是分子水平上研究植物分子遗传学最经济有效的方法,可以有效地揭示自然居群中遗传结构、基因流动、变化系统、选择作用和系统发育等问题。植物核酸系统学的研究倍受青睐,因为核酸分子是最基本的进化单元,几乎不受主观因素影响。相关的核酸分析技术主要有：DNA杂交、DNA限制酶谱分析、RFLP分析、DNA指纹图技术、RAPD分析和核酸序列分析。在植物系统学和进化研究中,结合各方面的生物学证据,才能显示植物分子系统学的独特优势。     

蚜虫系统发育研究进展

文中简单回顾了蚜虫分类学研究和蚜虫高级阶元系统关系研究的历史,比较分析了有代表性的蚜虫类高级阶元系统发育关系,总结出现有系统发育关系中普遍存在的共识和争议:共识是将具有卵生生殖方式的球蚜类和根瘤蚜类与其它具有卵胎生生殖方式的蚜虫区分开,进而将之视为最古老的蚜虫支系;而主要的争议在于大蚜类、毛蚜类和扁蚜类的系统地位,以及几个相关类群间的亲缘关系,如短痣蚜类和大蚜类间的关系,斑蚜类、纩蚜类和群蚜类间的关系等.在研究进展中还介绍了分子生物学方法在蚜虫系统发育研究中的尝试,虽然其研究结果还未能完全解决上述问题,但必将是对现有研究方法的补充.     

毛茛科分子系统发育研究进展

毛茛科(Ranunculaceae)在被子植物的系统演化中占有十分重要的地位,其系统位置和科下演化关系一直备受争议。近20多年的分子系统学研究表明,以往基于形态学的分类系统与分子系统学研究结果存在巨大差异。通过形态学性状界定的绝大多数亚科都没有得到分子系统学支持。此外,通过形态学确定的一些属如升麻属(Cimicifuga)、黄三七属(Souliea)、獐耳细辛属(Hepatica)、白头翁属(Pulsatilla)和水毛茛属(Batrachium)等,根据分子系统学研究均应予以归并。而分子系统学研究也确立了一些类群的属级地位,如露蕊乌头属(Gymnaconitum)等。以中国分布的毛茛科植物为例,通过以往分子系统学研究,共有10个属被归并,2个属新被确立。然而,毛茛科分子系统学研究对于科下许多类群之间的关系目前仍然没有得到很好的解决,如毛茛亚科和翠雀族等类群的系统发育关系仍需要进行深入研究后方能确定。该文对近年来国内外有关毛茛科的分子系统学研究进展进行了综述,并对该科尚存的一些问题和未来的研究方向进行了讨论。     

菖蒲属系统学研究的进展与菖蒲科的重新确立

本文介绍了菖蒲属系统地位的变化情况,综述了菖蒲属(Acorus L.)从天南星科(Araceae Jussieu)中分离出来独立成科的形态学、解剖学、胚胎学、细胞学、植物化学、分子生物学等多方面的证据,并对菖蒲科(Acoraceae C. A. Agardh)系统关系的研究进展进行了总结。     

Systematic probing of an atomic charge set of sialic acid disaccharides for the rational molecular modeling of avian influenza virus based on molecular dynamics simulations

A systematic searching approach for an atomic charge set through molecular dynamics simulations is introduced to calculate a reasonable sialic acid carbohydrate conformation with respect to the experimentally observed structures. The present molecular dynamics simulation study demonstrated that B3LYP/6-31G is the most suitable basis set for the sialic acid disaccharides, attaining good agreement with experimental data.     

Platyhelminth systematics and the emergence of new characters

Since the inclusion of molecular data in modern phylogenetic analyses, significant progress in resolving the origins and radiation of flatworms has been made, although some key problems remain. Here I review developments in the supply and use of systematic characters that provide the basis for diagnosis and phylogeny reconstruction, that in turn have driven systematic revisions and the interpretation of broader evolutionary patterns and processes; focus is placed on the parasitic taxa. Although useful tools have been refined to the point of becoming established systematic markers of broad utility, attention to the need for denser gene and taxon sampling is addressed in the light of unresolved questions and current trends in molecular systematics, from nucleotide to genome. Tradition and the nature of available comparative information tends to dictate the choice of systematic markers, but faced with incongruent phylogenies, the emergence of new technologies and the need for rapid species diagnosis, there is a pressing need to assess and standardize our choice of tools so they are fit for purpose, available to all and used widely. I present a brief review of existing and potential sources of phylogenetic characters and discuss their likely value in the context of the systematics and diagnostics of parasitic flatworms.