考马斯亮蓝染色双向电泳凝胶胶内酶切方法的改进

介绍一种简便高效的从考马斯亮蓝染色的双向电泳凝胶切取蛋白质点,通过胶内酶切制备基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI—TOF-MS)样品的方法。该方法操作简便,样品的质谱鉴定结果经网上数据库检索检出率可高达80％以上,适于我国目前小规模蛋白质组学研究的国情,便于推广应用。     

蛋白质水解酶和样品预处理优化技术在蛋白质组学研究中的应用

蛋白质组学是全景式鉴定、定量蛋白质,并研究蛋白质功能的学科。基于高分辨质谱的鸟枪法蛋白组学研究技术首先利用不同的位点特异性蛋白酶对复杂蛋白质样品进行酶解,进而利用质谱获得蛋白质相关的定性和定量信息。为了获得高质量的质谱信息,前期的样品处理和质谱数据采集同样重要。本文对蛋白组学中常用的Trypsin、Lys-C、Glu-C等位点特异性蛋白酶的酶切特点进行了总结,并综述了目前常用的几种酶切组合策略和样本预处理技术在提高蛋白质组学研究效率中的作用。     

基于质谱的血液蛋白质组学:血液学研究的新焦点

随着包括单细胞蛋白质组学在内的前沿蛋白质组学技术日趋成熟,其在血液学领域的应用也迅速扩展.该文简要介绍了基于质谱的蛋白质组学技术及其研究方法,讨论了血液蛋白质组学领域的最新研究进展,并对血浆/血清及外泌体蛋白质组学进行了分析与评述.最后对血液蛋白质组学的未来发展趋势进行了展望,预计临床血液蛋白质组学必将成为血液学下个十...     

白癜风患者病变表皮与正常表皮的比较蛋白质组学研究（英文）

目的 本文通过开展白癜风患者病变表皮与正常表皮的比较蛋白质组学研究，发现和鉴定白癜风患者病变表皮与正常表皮之间的差异表达蛋白，以探讨白癜风患者表皮发生病变的分子机制。方法 首先，建立和优化了表皮样品中蛋白质的最佳酶切条件。其次，采用基于串联质谱标签（TMT）标记的定量蛋白质组学技术策略开展了稳定期白癜风患者病变表皮与正常表皮的比较蛋白质组学研究，并筛选了差异表达蛋白。最后通过生物信息学分析工具及数据库（GO、KEGG、STRING、GSEA）对差异蛋白进行功能富集分析。结果 优化所得到的最佳酶解条件是由Lys-C （酶∶底物，1∶100）和胰酶（酶∶底物，1∶50）组合而成的顺序酶切。比较蛋白质组学研究共鉴定4 496个蛋白质，其中181个蛋白质为白癜风患者病变表皮中的差异表达蛋白。生物信息学分析表明差异表达蛋白主要与代谢、免疫、氧化还原和细胞黏附相关。其中119个上调蛋白主要参与角质化、转录、氧化应激及蛋白酶解等过程。62个下调蛋白主要参与细胞内物质运输、谷胱甘肽代谢和肌动蛋白细丝封端等过程。结论 比较蛋白质组学研究揭示了白癜风患者病变表皮与正常表皮之间主要存在角质化、免疫、脂质代谢...     

多重环介导核酸等温扩增技术检测血液中常见病原体

背景：血液安全性筛查是输血前必要检测项目。目前临床采用血清学检测技术,存在较长的检测窗口期,易产生假阴性检测结果,造成输血交叉感染。目的：建立多重环介导核酸等温扩增技术,实现在一管反应体系内同时检测四种病原体：乙肝病毒,丙肝病毒,艾滋病毒和梅毒螺旋体。方法：通过限制性酶切处理多重环介导核酸等温扩增产物,利用酶切产物的长度分析扩增产物的种类,从而分析待测样本中含有何种血液病原体。结果：检测164例临床样本,其检测结果可以通过琼脂糖电泳,聚丙烯酰胺凝胶电泳及芯片电泳分析,且均可实现对多重扩增产物的酶切片段进行区分和鉴别。结论：多重环介导核酸等温扩增技术可以同时单管检测多种待测血液病原体,可以为临床提高简单、快速、高灵敏和高特异的检测技术。     

波摩那血清群钩端螺旋体限制性内切酶分析

应用EcoRI和HhaI内切酶．对波摩那血清群钩端螺旋体各型标准株的DNA作限制性内切酶分析RestrIction Endonuclease Analysis简称REA)。证明所获的各型标准株(Pomona,MCzdOk．Proechimys．Tropica)的酶切图谱均不相同。与以前经显微镜凝集试验(MAT)定为波摩那血清群的27个猪肾标本分离株的酶切图谱比较,所有分离株均可判定为波摩那血清型钩端螺旋体。     

蛋白质组学样品消化条件的优化

随着质谱的飞速发展,基于质谱的"鸟枪法"技术广泛的应用于大规模的蛋白质组学分析。化学反应保护效率过低或者酶切效率过低则会降低鉴定效率,并且在现有的计算方式下会丢失很多肽段信息。因此,蛋白质样品的前处理在现有的蛋白质组学研究中发挥重要作用。本研究对蛋白质的烷基化试剂的反应条件进行优化以提高烷基化效率,同时优化酶解Buffer提高酶切效率以及增加酶量和引入多种酶以提高酶切效率等,最终确定了蛋白质前处理的最优条件,最终使用1μg样品在一次质谱分析鉴定到(2 425±7)个蛋白质,较未优化的方法提高了31%。优化后的蛋白质前处理方法可有效提高现有蛋白质组学的研究效率,可进一步应用于蛋白质的定量及动态分析研究。     

顺铂作用卵巢癌细胞株的蛋白质组学研究

应用蛋白质组学技术观察顺铂作用于人卵巢癌SKOV3细胞株后蛋白质分子的表达差 异, 探讨蛋白质组学方法在化疗药物抗肿瘤作用机制研究方面的应用. 用顺铂(6 mg/mL)作用人卵巢癌SKOV3细胞6 h, 分别收集实验组与对照组细胞, 裂解并提取细胞内总蛋白; 以固相IPG胶条(17 cm, pH4~7)为载体, 进行第一向等电聚焦和第二向SDS-PAGE电泳, 得到实验组与对照组双向电泳凝胶图; 经考马斯亮蓝染色后, 在PDQuest软件的辅助下进行实验组与对照组蛋白质表达的比较, 选择并切取明显差异点共11个, 经肽质量指纹谱(PMF)和串级质谱(MS/MS)分析, 检测出差异点中包含的主要蛋白. 通过质谱分析显示, 顺铂处理后表达明显上调的有原肌球蛋白家族、肌动蛋白家族、热休克蛋白60(HSP60)、磷酸丙糖异构酶(TIM)家族等; 表达下调的有烯醇酶家族等. 这几类蛋白质多参与细胞内能量代谢、细胞形态维持、细胞转化凋亡等生理过程, 提示顺铂的抗肿瘤机制可能与此有关.     

基于环氧功能基团的杂化硅胶固定化酶反应器

在蛋白质组学研究中, 为解决自由溶液酶解时间长、蛋白酶自降解等问题, 各种类型的固定化酶反应器引起了人们的关注. 采用溶胶凝胶法, 在100 µm内径毛细管内, 以3-(甲基丙烯酰氧)丙基三甲氧基硅烷为功能单体, 以四乙氧基硅烷为交联剂, 制备了一种新型的杂化硅胶整体材料. 并通过在整体柱表面由环氧功能团水解得到的二醇与胰蛋白酶(trypsin)的氨基进行一步反应, 实现了胰蛋白酶固定化. 利用该IMER, 在47 s内实现了牛血清白蛋白的酶解; 经反相色谱分离和质谱鉴定, 序列覆盖率在35%以上, 与自由溶液酶解12 h的效果相当. 结果表明, 基于亲水性杂化硅胶整体材料的IMER有望在蛋白质组学研究中发挥重要作用.     

激光捕获显微切割技术结合18O标记定量蛋白质组技术在胃癌标志物筛查中的应用研究

建立一种更加精确地分离鉴定胃癌特异肿瘤标志物的定量蛋白质组学技术．首先采用激光捕获显微切割技术(LCM)纯化胃腺癌细胞及胃黏膜良性上皮细胞,将裂解的样本总蛋白经过1D SDS-PAGE预分离,然后采用¹⁸O/¹⁶O分别标记两种样本酶切后的多肽混合物．结合纳升级液相色谱(Nano-HPLC-MS/MS)定量地鉴定胃癌细胞和胃黏膜良性上皮细胞的差异表达蛋白．共筛选出78个差异表达蛋白,其中42个蛋白质在胃癌组织中表达上调,36个蛋白质下调．Western blot 技术验证了其中几个差异蛋白(moesin, periostin, annexin A2, annexin A4)的表达,与蛋白质组学研究的结果一致．LCM技术结合¹⁸O稳定同位素标记的定量蛋白质组学技术,为研究胃癌发生机制、筛选胃癌的分子标志物提供了新的思路,亦为诸如胃癌等复杂体系蛋白质的分离鉴定提供了新的技术选择．     

鸭疫里默氏杆菌强、弱菌株外膜蛋白的比较蛋白质组学研究

应用双向电泳及质谱技术对血清2型鸭疫里默氏杆菌强毒株及其体外传代200代(RA200)的弱毒菌株的外膜蛋白进行比较蛋白质组学研究,借此分析鸭疫里默氏杆菌的外膜蛋白表达特点,研究差异表达蛋白与细菌毒力的关系.在实验中检测到血清2型鸭疫里默氏杆菌原代及其体外传代获得的弱毒菌株的外膜蛋白约表达60个蛋白质点(n=3),其中相差5倍以上3个.胶内酶解和肽质量指纹图谱分析后鉴定,W1为热休克蛋白Hsp20家族成员,W2、W3为转座酶,推测它们可能与里默氏杆菌的毒力密切相关.     

酶联免疫吸附试验定量检测血清肝素酶方法的建立及应用

目的：建立一种简便、微创的血清肝素酶酶联免疫吸附（ELISA）定量检测方法,并对肿瘤患者和正常人血清肝素酶进行比较,初步探讨血清肝素酶水平与肿瘤发生、发展的关系。方法：选择鼠抗人肝素酶单克隆抗体和兔抗人肝素酶多克隆抗体,建立双抗夹心ELISA检测方法,并利用此方法检测健康献血者和肿瘤患者血清中的肝素酶水平。结果：组内数据稳定,可重复;肿瘤患者血清中肝素酶D450nm值高于健康献血者。结论：所建立的血清肝素酶ELISA检测方法灵敏、高效,可用于肿瘤的辅助诊断。     

家兔肠系膜上动脉闭塞性休克前后的血清比较蛋白质组学初步研究

目的：探讨家兔肠系膜上动脉闭塞性（SMAO）休克前后血清蛋白质组学变化及其在SMAO休克发生中的作用。方法：应用家兔肠系膜上动脉夹闭法复制家兔SMAO休克模型,在此基础上通过双向电泳分离家兔SMAO休克前后血清中的蛋白,找出凝胶上的差异蛋白点,用基质辅助激光解吸/电离串联飞行时间质谱技术进行鉴定,并通过生物信息学对差异蛋白的功能进行分析。结果：在家兔SMAO休克前后血清双向电泳图谱中发现19个差异蛋白点,其中11个蛋白质点在SMAO休克后血清中表达明显上调;8个蛋白质点在SMAO休克后血清中表达明显下调。从中选取4个差异最明显的点经基质辅助激光解吸/电离串联飞行和数据库搜索共鉴定出符合条件的2个差异蛋白点,为对氧磷酶和触珠蛋白,均在SMAO休克后血清中含量增高。结论：家兔SMAO休克前后血清蛋白质组会发生明显变化,对氧磷酶和触珠蛋白可能参与了SMAO休克后机体的代偿调节。     

林氏果蝇线粒体DNA分析

本文对Tamura(1988)提纯mtDNA的方法进行改进,建立了林氏果蝇Drosophila lini 线粒体DNA大量制备的方法;对采自原产地台湾省的单雌晶系TAW3146.1的线粒体DNA用10种限制性内切酶进行了酶切,得出了林氏果蝇mtDNA的分子量大小为16.3kb;用双酶切法制作了林氏果蝇线粒体DNA酶切图谱,并与属于同一复合种组的D.Kikkawai的酶切图谱进行比较。所用的内切酶有XbaI、AvaI、EcoRV、ScaI、SacI、EcoR I、HindIII、PvuⅡ、BamHI、PstⅡ。     

新型冠状病毒抗体检测临床应用的初步研究

探讨新型冠状病毒(SARS-CoV-2)特异性总抗体检测的临床应用价值。本研究通过回顾性研究,使用酶联免疫法检测39例确诊的新型冠状病毒肺炎患者、90例健康人群血清样本中的抗体;后对确诊病例不同发病时间的血清样本和40例疑似病例的血清样本进行检测,将抗体检测结果结合核酸检测结果、病例资料进行分析。SARSCoV-2特异性总抗体检测灵敏度为92.31%,特异性为100%;病人血清样本中的总抗体产生时间随时间推移而升高,中位检出时间为13d;1例确诊病例的抗体检测结果先于核酸检测结果呈阳性,40例疑似排除病例的抗体检测结果均为阴性。SARS-CoV-2总抗体检测可作为SARS-CoV-2感染的辅助诊断指标,也可作为排除核酸检测阴性的疑似病例和疫情高发地区人群补充手段,减少非SARS-CoV-2感染患者的核酸检测次数。     

测序级胰蛋白酶的制备工艺与质量检测简

目的：制备高纯度、酶解效率高、酶切位点专一的测序级胰蛋白酶,应用于蛋白组学研究的蛋白质鉴定与分析中。方法：取实验室自制的猪胰蛋白酶粗酶,经硼氢化钠、甲醛还原甲基化修饰抑制胰蛋白酶自水解,采用高效液相色谱仪15RPC反相柱纯化,收集对应的甲基化胰蛋白酶峰组分,冷冻干燥;甲基化修饰的胰蛋白酶进一步经甲苯磺酰苯丙氨酰氯甲酮（TPCK）修饰,以抑制糜蛋白酶等非特异性酶切活性,并经反相色谱柱再纯化,获得终产物即质谱测序级胰蛋白酶;自制的测序级胰蛋白酶经SDS-PAGE、HPLC反相色谱分析、酶比活力测定,并应用于胶内蛋白质酶切质谱鉴定氨基酸序列等,检测其纯度、酶水解效率及酶切位点特异性。结果：自制甲基化TPCK修饰的测序级胰蛋白酶纯度大于95％,酶比活力为200U/mgP（TAME）以上,质谱分析酶切特异性好;且酶的制备工艺流程稳定,可应用于测序级胰蛋白酶产品的生产与开发中。结论：制备的测序级胰蛋白酶纯度高、酶解效率优、酶切特异性强,可广泛应用于实验室中蛋白质和肽段测序鉴定、HPLC肽段谱图分析等蛋白组学研究分析中。     

激光捕获显微切割技术结合^18O标记定量蛋白质组技术在胃癌标志物筛查中的应用研究

建立一种更加精确地分离鉴定胃癌特异肿瘤标志物的定量蛋白质组学技术.首先采用激光捕获显微切割技术(LCM)纯化胃腺癌细胞及胃黏膜良性上皮细胞,将裂解的样本总蛋白经过1D SDS-PAGE预分离,然后采用17O/16O分别标记两种样本酶切后的多肽混合物.结合纳升级液相色谱(Nano-HPLC-MS/MS)定量地鉴定胃癌细胞和胃黏膜良性上皮细胞的差异表达蛋白.共筛选出78个差异表达蛋白,其中42个蛋白质在胃癌组织中表达上调,36个蛋白质下调.Western blot技术验证了其中几个差异蛋白(moesin,periostin,annexin A2,annexin A4)的表达,与蛋白质组学研究的结果一致.LOM技术结合18O稳定同位素标记的定量蛋白质组学技术,为研究胃癌发生机制、筛选胃癌的分子标志物提供了新的思路,亦为诸如胃癌等复杂体系蛋白质的分离鉴定提供了新的技术选择.     

大鼠脑皮质表达蛋白质组学研究

文章用蛋白质组学方法初步分析大鼠脑皮质蛋白质的表达。提取大鼠脑皮质蛋白质,双向凝胶电泳分离,考马斯亮蓝染色,胰蛋白酶胶内酶解,用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱对酶解后的肽段进行分析,根据肽质量指纹图谱,检索专业数据库(Swissprot),对蛋白质进行鉴定。鉴定出84个蛋白,分别属于代谢酶、细胞骨架蛋白、热休克蛋白、抗氧化蛋白、信号传导蛋白、蛋白酶体相关蛋白、神经元特异蛋白及神经胶质蛋白等。文章结果丰富了大鼠脑皮质蛋白质组数据库,为在大鼠模型上研究神经疾病奠定了基础。     

利用针对16S rDNA序列的限制性酶切分析鉴定栖热菌属

目的:建立一套酶切体系,用于鉴定栖热菌.方法:收集和整理栖热菌属16S rDNA序列信息,利用限制性内切酶对信息进行位点分析.结果:建立了一套鉴定栖热菌的酶切体系,通过模拟电泳对该体系进行验证.结论:该系统可有效地对已经公开发表但未鉴定到种的栖热菌属菌株进行种间分类.     

测序级胰蛋白酶的制备工艺与质量检测

目的:制备高纯度、酶解效率高、酶切位点专一的测序级胰蛋白酶,应用于蛋白组学研究的蛋白质鉴定与分析中。方法:取实验室自制的猪胰蛋白酶粗酶,经硼氢化钠、甲醛还原甲基化修饰抑制胰蛋白酶自水解,采用高效液相色谱仪15RPC反相柱纯化,收集对应的甲基化胰蛋白酶峰组分,冷冻干燥;甲基化修饰的胰蛋白酶进一步经甲苯磺酰苯丙氨酰氯甲酮(TPCK)修饰,以抑制糜蛋白酶等非特异性酶切活性,并经反相色谱柱再纯化,获得终产物即质谱测序级胰蛋白酶;自制的测序级胰蛋白酶经SDS-PAGE、HPLC反相色谱分析、酶比活力测定,并应用于胶内蛋白质酶切质谱鉴定氨基酸序列等,检测其纯度、酶水解效率及酶切位点特异性。结果:自制甲基化TPCK修饰的测序级胰蛋白酶纯度大于95%,酶比活力为200 U/mgP(TAME)以上,质谱分析酶切特异性好;且酶的制备工艺流程稳定,可应用于测序级胰蛋白酶产品的生产与开发中。结论:制备的测序级胰蛋白酶纯度高、酶解效率优、酶切特异性强,可广泛应用于实验室中蛋白质和肽段测序鉴定、HPLC肽段谱图分析等蛋白组学研究分析中。