一种简便高效的改良降落PCR

降落(touchdown,TD)PCR通常涉及15个退火温度,程序设计复杂。报道了一种简便高效的改良降落PCR,只需5个降落退火温度,以杜氏盐藻(Dunaliellabardawil)基因组为模板,设计一对引物扩增胡萝卜素生物合成相关(carotenebiosynthesisrelated,cbr)基因的第3外显子。实验证实该方法程序简单,比标准降落PCR步骤简化70%,且产物的特异性及效率都有较大提高。     

PCR技术研究进展

PCR(Polymerasechainreaction)在生命科学研究及相关诸多领域已经得到了广泛应用。本文对PCR技术的最新进展作一简要综述,包括:热循环仪的改进,引物的软件设计及网络设计,各种DNA聚合酶体系及其特性,多种PCR(MultiplexPCR),DNAshuffling,PCR芯片,固相PCR和电子PCR(ElectronicPCR)的原理和应用 。     

变性梯度凝胶电泳技术在微生物多样性研究中的应用

变性梯度凝胶电泳是不依赖于培养的、依据DNA分子的大小和所带电荷分析微生物多样性和动态变化的分子生物学技术,具有检测极限低、分析速度快及重复性好等优点。主要对变性梯度凝胶电泳原理、特点及其在微生物多样性应用方面进行综述。     

应用于染色体步移的PCR扩增技术的研究进展

各种建立在PCR基础上染色体步移的方法能够根据已知的基因序列得到侧翼的基因序列。染色体步移技术主要应用于克隆启动子、步查获得新物种中基因的非保守区域、鉴定T-DNA或转座子的插入位点、染色体测序工作中的空隙填补,从而获得完整的基因组序列等方面。其方法主要有3种：反向PCR的方法,连接法介导的PCR的方法以及特异引物PCR的方法。文章就各种方法进行举例说明并加以分析比较。     

Evaluation of PCR-based methods for isolating flanking regions of genes

Several polymerase chain reaction (PCR)-based methods are available for isolation of unknown genomic fragments. In the present study, a comparative evaluation of a few methods of ligation-mediated PCR methods and a ligation-independent one were made by isolating promoter fragment for N-methyltransferase gene involved in the caffeine biosynthetic pathway of Coffea canephora. The benefits of tertiary PCR and the effects of a 4-base cutting restriction endonuclease on the size of the PCR products obtained were demonstrated in one of the ligation-mediated PCR methods. The methods adopted in this study differed in the sizes of the 5'-flanking regions obtained. The efficiencies of various methods used reflect the inherent limitations of the PCR-based methods for isolation of unknown flanking regions.     

微流控芯片分析技术在生化研究中的应用进展

综述了微流控芯片分析技术在生物和化学领域中进展,主要从药物筛选、PCR、细胞研究和微流控芯片电泳4个方面总结目前的进展。     

噬菌体cDNA文库筛选方法的改良

cDNA文库的构建和简便、快速的筛选是获得全长基因的重要途径,基于PCR的筛库方法具有快捷、灵敏的特点。研究改进了基于PCR的噬菌体cDNA文库筛选方法,用液体分装的方法,替代了文库筛选的关键步骤——涂板分区,省去了噬菌体文库铺平板、浸染、培养、划块洗脱的操作过程,使筛库的工作量减少,进一步提高了筛选速度和获得阳性克隆的效率。     

在单个PCR管内快捷完成定点突变

采用大引物方法,利用质粒多克隆位点两侧的普通测序引物作为旁侧引物,在单个PCR管内,经2个步骤共34个循环进行定点突变. 该方法通过优化模板和引物的量达到降低PCR循环次数, 通过加入10个在68℃复性条件下的PCR循环达到增加突变效率而无需胶纯化.本方法达到平均62%的突变效率,而且全长扩增产物的产率很高.     

22株中国优良酒酒球菌代谢生物胺的检测

葡萄酒苹果酸-乳酸菌在葡萄酒苹果酸-乳酸发酵中对氨基酸进行脱羧反应产生具有毒性作用的生物胺.利用PCR技术及HPLC检测方法对22株中国优良酒酒球菌的生物胺代谢安全性进行研究.结果表明,PCR检测结果与HPLC测定结果一致,从我国葡萄产区筛选的优良酒酒球菌均不产生组胺、酪胺和腐胺,从生物胺角度.我国筛选的22株优良酒酒球菌具有较高的生物胺代谢安全性.     

PCR扩增血浆凝固酶基因检测致病性金黄色葡萄球菌

金黄色葡萄球菌致病株能同时产生两种蛋白质,一种分泌于菌体外,另一种结合在菌体表面,它们能使含有抗凝剂的家兔或人的血浆凝固,称为凝固酶（Coagulase）。凝固酶是检验致病性金黄色葡萄球菌的重要指标。试验根据GenBank公布的血浆凝固酶序列,设计特异PCR引物,利用聚合酶链式反应扩增出金黄色葡萄球菌凝固酶基因,克隆测序,与Genbank中已公布的序列同源性达到100％,并且检测结果与用兔血浆进行血浆凝固酶实验结果完全吻合,建立了金黄色葡萄球菌性乳腺炎的快速诊断方法。     

幽门螺杆菌在口腔中的特征性分布

目的:研究幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,Hp)在慢性胃炎患者口腔中的分布.方法:依据Hp尿素酶C基因和细胞毒素相关基因(cagA)设计引物建立PCR方法,从32例慢性胃炎患者口腔内多部位采集标本,检测和鉴定牙菌斑(每人采集6个牙的龈上和龈下菌斑)、含漱液、舌背黏膜、颊黏膜及腭黏膜表面中的Hp.结果:32例患者中有29例(90.6%)从口腔内牙菌斑、含漱液、舌背黏膜、颊黏膜及腭黏膜至少一处检测出Hp,其中28例(87.5%)从胃和口腔内同时检出Hp,口腔内各部位标本中Hp检出率依次为牙菌斑84.4%,口腔含漱液56.2%,舌背黏膜43.8%,颊黏膜28.1%,腭黏膜9.4%;在384份牙菌斑中,磨牙的牙菌斑Hp的检出率高于前牙(33.2%vs21.9%,P＜0.01);而上下牙的牙菌斑Hp的阳性率差异无显著性(29.7%vs29.2%,P＞0.05);在PD＞4 mm的牙周袋,菌斑Hp检出率显著高于PD＜4 mm的袋(P＜0.05),龈下菌班Hp的阳性率显著高于龈上菌斑(P＜0.01).结论:口腔多部位存在Hp,牙菌斑中居多,并呈一定的分布规律;口腔Hp可能是胃Hp感染的重要来源.     

海胆Runx基因保守序列的克隆与初步分析

Runx(Runt box)是Runt结构域转录因子家族的成员之一。马粪海胆Runx基因第663位和728位碱基发生突变,分别为A→T和C→T。第一个突变为错义突变,使密码子编码的氨基酸由天冬氨酸变为酪氨酸,而第二个突变为同义突变,密码子编码的氨基酸未发生变化。海胆Runx基因保守序列的突变可能会导致其表达产物的变化,进而会影响海胆的生理机能。     

实时荧光定量PCR技术的研究进展与应用

实时荧光定量PCR技术(real-time fluorescent quantitative PCR,FQ-PCR)以其特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、自动化程度高、速度快、全封闭反应等优点在人类和动物疾病的快速检测、食品安全检测、定量分析、基因分型、基因表达研究、以及疫苗效力测定中成为分子生物学研究的重要工具...     

PCR结合反向斑点杂交法检测石蜡包埋组织中的曲霉感染

目的评价PCR结合反向斑点杂交法检测福尔马林固定、石蜡包埋组织中曲霉感染的可行性。方法选取39例病理证实曲霉感染的患者活检标本（21例为鼻窦感染标本、18例为尸检标本）,以1对真菌特有的28SrRNA保守序列结构作为真菌通用引物,以临床常见的4个曲霉菌种：烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉的种特异性序列为种特异性探针,与扩增产物进行反向斑点杂交。结果尸检标本阳性率为55．6％（10／18）,鼻窦标本阳性率为76．2％（16／21）,特异性均为100％。在这些曲霉所致的系统性感染中,烟曲霉是主要的致病真菌。结论该方法能对临床无法培养的石蜡组织块进行回顾性病原学研究,并可以鉴定常见的曲霉菌种,有良好的特异性和敏感性,适用于临床曲霉感染的检测。     

住院8天过敏性紫癜患儿肠道菌群的变化研究

目的研究住院1～8d过敏性紫癜患儿肠道菌群的变化。方法（1）提取43例过敏性紫癜患儿（观察组）住院1～8d和43例健康儿童（对照组）粪便标本的细菌DNA,测量并比较对照组和观察组标本细菌的DNA-A240值;（2）采用16SrRNA／DNA荧光定量PCR技术进行对照组和观察组粪便标本中双歧杆菌、乳酸杆菌和大肠埃希菌的定量分析和比较。结果（1）粪便标本中细菌的DNA-A240值分别为：对照组d0（3605．9±1096．9）ng／μl,观察组治疗前1天d1（2225．9±616．1）ng／μl,治疗第3～4天d2（1780．3±547．4）ng／μl,治疗第7～8天d3（2055．6±570．2）ng／μl;对照组和观察组治疗前以及观察组治疗不同时期相比,d0与d1差异有显著性（P〈0．05）,d1与d2差异有显著性（P〈0．05）,d1与d3差异有显著性（P〈0．05）,d2与d3差异无显著性（P〉0．05）;（2）粪便标本中3种细菌量的对数值比较差异均有显著性（P〈0．05）。观察组双歧杆菌和乳酸杆菌数量在治疗第3—4天较低,第7—8天有所回升;大肠埃希菌的对数值亦有减少,治疗第3—4天较低,但第7～8天没有明显回升。结论（1）过敏性紫癜患儿肠道菌群总DNA-A260量和健康儿童相比有减少;（2）过敏性紫癜患儿肠道双歧杆菌、乳酸杆菌和大肠埃希菌量与正常儿童相比有下降,治疗的第7天有回升的趋势。过敏性紫癜患儿肠道益生菌数量减少可能影响其发病和转归。     

利用Taq DNA聚合酶直接从双链RNA模板中扩增靶序列

利用Taq DNA聚合酶既具有DNA聚合酶活性义具有反转录酶活性的特点,探索了在Taq DNA聚合酶单独作用下以双链RNA为模板进行PCR反应的条件。结果表明靶序列长度为277 bp、369 bp、987 bp时,均可直接进行PCR扩增;短片段序列扩增的退火温度在47．0℃、47．9℃、50．2℃、52．6℃、54．9℃、56．7℃条件下,均可有效扩增,而长片段序列扩增的退火温度在50．2℃、52．6℃、54．9℃、56．7℃条件下,也可扩增出相应的靶序列。这一结果提示利用Taq DNA聚合酶可以dsRNA为模板直接扩增目的片段,尤其是短片段的扩增。     

利用小鼠模型筛选孢子丝菌病快速诊断的特异性引物

目的通过感染孢子丝菌的动物模型筛选文献报道的4对申克孢子丝菌特异性引物,以确定引物的敏感性和特异性。方法12只小鼠随机分成实验及对照组,实验组皮内注射申克孢子丝菌菌悬液,不同时间留取皮损组织,分别进行真菌培养和皮损组织DNA提取,PCR扩增。结果4对引物s2-R2,SSHF31-SSHR97,ITS3-SSP,SS3-SSd在感染申克孢子丝菌的小鼠皮损中均可扩增出目的条带,但引物SSHF31-SSHR97所需浓度较高,引物s2-R2的敏感性和特异性最好,与在体外培养条件下筛试的结果相同。结论针对几丁质合成酶基因I的引物s2-R2对申克孢子丝菌的敏感性和特异性最好。     

噬菌体抗体库技术研究进展

抗体研究可分多克隆抗体、单克隆抗体和基因工程抗体三个阶段。特别是噬菌体抗体库 (ｐｈａｇｅａｎｔｉｂｏｄｙｌｉｂｒａｒｙ)技术[1 ]可达到不经免疫制备人源性小型化基因工程抗体。这一技术将抗体基因的克隆与表达融为一体 ,是一种新的基因操作技术 ;同时将识别抗原与再扩增能力结合在一起 ,是一种高效的表达和筛选抗体的新一代技术。1　噬菌体抗体库技术的基本原理[2 ,3 ]噬菌体抗体库技术是将抗体ＶＨ和ＶＬ基因与噬菌体的外壳蛋白Ⅲ (ｃｐⅢ )或Ⅷ (ｃｐⅧ )基因随机重组 ,继而感染大肠杆菌 ,经增殖并在噬菌体表面以抗体片段Ｆａｂ…     

PCR技术在植物病原细菌研究中的应用

利用rep-PCR,AFLP和RAPD等多种基因组指纹分析方法,指纹图谱结合计算机辅助分析,用于研究植物病原细菌群体遗传多样性;遗传多样性图谱有助于理解病原细菌的分类,群体结构。还有利于设计特异,灵敏,快速检测策略用于植物病原检测和病害诊断。已有许多以PCR为基础的检测技术如rDNA-PCR,ITS-PCR,ARDRA等,有很多特异性引物及检测程序,已在植物病原检测和病害诊断中广泛应用,PCR技术的应用和计算机的辅助分析。为植物病原细菌群体动态和生态学知识提供了基本框架,使植物病理学进入一个新时代。     

勒氏笛鲷微卫星位点的筛选及特征分析

采用PCR法快速筛选勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)基因组文库, 以获得(CA)_n微卫星位点。勒氏笛鲷基因组DNA经限制性内切酶HaeⅢ+ DraⅠ双酶切后, 连接T-载体克隆, 构建基因组文库。以通用引物M13+/-与重复序列引物(CA)15对基因组文库进行筛选, 二次筛选后得到121个可能含有微卫星位点的阳性克隆。进行序列测定, 共获得53个CA(n≥7)重复序列, 重复次数主要分布于7~15(80.77%)。在所得微卫星序列中, 重复单元除CA外, 还观察到单碱基、三碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列设计48对引物, 通过优化PCR反应条件, 可获得清晰可重复的目的条带。研究旨在为勒氏笛鲷遗传多样性研究及遗传图谱的构建等奠定基础, 为勒氏笛鲷资源的合理开发利用提供参考。