SARS病毒与其他冠状病毒的基因组比较

本文利用生物信息学方法比较SARS病毒和其他冠状病毒基因组。通过数据库搜索,找出与SARS病毒基因组相似的核酸或蛋白质序列,并对相似序列进行比对,分析它们的共性和差异。结果表明,SARS病毒在基因组的组织上及结构蛋白质方面与现有冠状病毒有比较大的相似性,SARS病毒基因组与冠状病毒基因组相关。但是,SARS病毒基因组还存在一些特异性序列,ORF1a和S蛋白(特别是S1)的变化以及SARS—CoV特异性的非结构蛋白可能是SARS发病机理与传染特性区别于其他冠状病毒的分子基础。在全基因组水平上进行核酸单词出现频率分析,结果表明,SARS病毒远离已知的其他冠状病毒,单独成为一类。     

SARS相关冠状病毒及其基因组

正在全球部分地区流行的严重急性呼吸综合征(SARS),由于其传染性强、危害性大而引起了广泛关注。各国实验室密切协作,在数月时间内分离出了SARS冠状病毒(SARSCoV),测定了病毒基因组序列,并在猴体内初步再现出SARSCoV所致肺部疾病与人相似,这些工作为遏制SARS的蔓延发挥了重要作用。现就SARSCoV的鉴定、基因组及其产物的结构与功能做一综述。     

32株SARS冠状病毒基因组比对在PCR检测中的应用

进行了32株SARS冠状病毒基因组的多序列比对分析.所得无根进化树揭示SARS冠状病毒之间的同源性.同时,验证了所设计的PCR检测引物对全部32株SARS冠状病毒检测的适用性.     

4株SARS冠状病毒基因组5′端序列的分析与比较

利用5′RACE试剂盒对从中国不同地区、不同SARS患者体中分离的SARS—CoV基因组5′端序列进行RT-PCR扩增,并将扩增产物克隆至Teasy vector。扩增片段的序列测定结果表明：所分离的4株SARS—CoV基因组5′端非编码区的核苷酸序列和其他国家和地区报道的序列基本一致,而且所形成二级结构也完全相同,但与已知普通冠状病毒的差别较大。同时发现在依赖于RNA的RNA聚合酶起始密码子上游—197nt处有冠状病毒典型的转录调控核心保守序列5′-CUAAAC-3′。     

SARS-CoV的分子生物学研究

SARS-CoV是引起严重急性呼吸道综合症(SARS)的病原体．更多地了解SARS-CoV的基因组、蛋白结构以及它与其它冠状病毒的关系,将有助于SARS疾病的防治．     

用SARS冠状病毒全基因组芯片杂交方法分析SARS-CoV

为从临床样品中检测和分析SARSCoV病毒打基础,并为分析SARSCoV病毒的复制和转录等机理提供一种有效方法。以SARS冠状病毒TOR2株序列作为标准设计和制备一种覆盖SARS冠状病毒全基因组的寡聚核苷酸芯片,探针长度为70nt,每相邻的探针序列重复25nt,共660条。用该芯片分析了细胞培养的SARSCoV病毒总RNA、7个SARSCoV病毒的基因克隆片段。对RNA样品用随机引物进行反转录PCR获得cDNA。对DNA用随机引物扩增和dUTPcy3标记。结果用这种芯片杂交检测SARSCoV病毒RNA可见阳性信号呈全基因组分布,并且有多处连续的阳性信号点;用正常人的白细胞RNA为对照,杂交未出现明显阳性信号。检测7个SARSCoV病毒基因克隆片段,在该片段相应的探针区段出现连续阳性信号点。这种方法可有效地检测和分析样品中SARS冠状病毒全基因组的信息。     

全基因组扩增策略在基因芯片分析SARS冠状病毒实验中的应用

针对SARS冠状病毒的分子生物学检测是控制SARS流行的关键环节。为评价全基因组扩增对SARS微量样本检测的影响 ,采用 6 mer随机引物反转录 ,用加接头的随机引物合成第二链 ,再以接头序列为引物扩增并掺入荧光标记 ,最后与带有 70 mer探针的基因芯片杂交。此非特异方法基本覆盖了样本中的全部DNA ,结果发现SARS冠状病毒全基因组的扩增效果对基因芯片杂交结果的均匀性有较大影响 ,PCR循环次数增多会导致扩增均匀性的降低。分析了不同的引物对全基因组扩增均匀性的影响 ,探讨了全基因组扩增策略的缺陷。     

SARS冠状病毒全基因组序列初步分析

对已经完成全序列测定的12个SARS病毒基因组进行了多序列比对,发现序列主体部分29708 b具有99．82％的相同碱基,除2个序列各有5个和6个碱基的缺失外,其余部分共有42个位点核苷酸碱基的差异,其中28个位点的碱基差异可引起氨基酸残基改变。利用蛋白质二级结构和跨膜螺旋预测以及蛋白质定位等生物信息学工具,分析了这些产生氨基酸改变部位的蛋白质构像,推测了可能产生的结构和功能改变,为进一步生物学实验提供参考。所有分析结果同时在北京大学生物信息中心抗SARS网站(antisars.cbi.pku．edu．cn)上发布。     

4株SARS冠状病毒基因组5’端序列的分析与比较

利用5′RACE试剂盒对从中国不同地区、不同SARS患者体中分离的SARS-CoV基因组5′端序列进行RT-PCR扩增,并将扩增产物克隆至T easy vector。扩增片段的序列测定结果表明:所分离的4株SARS-CoV基因组5′端非编码区的核苷酸序列和其他国家和地区报道的序列基本一致,而且所形成二级结构也完全相同,但与已知普通冠状病毒的差别较大。同时发现在依赖于RNA的RNA聚合酶起始密码子上游-197 nt处有冠状病毒典型的转录调控核心保守序列5′-CUAAAC-3′。     

SARS冠状病毒基因组全序列二碱基指纹分析

二碱基指纹是指全部16种二碱基组合在一个序列内的相对丰度.对病毒、线粒体、细菌、真菌、哺乳动物等上百个物种的基因组序列数据,以及可转座元件序列的分析显示[1-8]:二碱基指纹在基因组内序列之间基本一致,亲缘越近的物种其二碱基指纹越相似.根据这个标准重新进行的分类,与目前通行的基于核酸(或者蛋白质)序列相似性比较所形成的分类基本一致,但也有若干值得注意的差别[9].     

SARS冠状病毒的起源研究进展

SARS冠状病毒（SARS-CoV）是一种新现病毒,可感染多种动物,果子狸是人类sARs-CoV重要的动物宿主之一,是已知较理想的实验动物模型。遗传因素在SARS-CoV的出现过程中起重要作用,它很可能是哺乳动物和鸟类冠状病毒之间重组产生的新物种,但发生基因重组不是SARS在人群中暴发的原因。     

Initial Analysis of Complete Genome Sequences of SARS Coronavirus

TheoutbreakoftheSevereAcuteRespiratorySyndrome (SARS)startingfromsouthernChinaearlythisyearhasasignificantinfluenceonpublichealth .TheidentificationofSARS CoVasthemajorcausativefactoroftheSARSdiseaseandthegenomicse quencingofthevirusmakesitpossibleforbioinformaticsstudy .Atotalof16SARS CoVgenomesequencesareavailablefromthenucleicaciddatabaseGenBank EMBL DDBJby 2 0May 2 0 0 3.SARS CoVZJ0 1(AY2 970 2 8 1)wasshowninGenBankaftertheanalysiswasperformed .12completegenomeswereretri…     

SARS冠状病毒S蛋白候选细胞受体氨基肽酶N的基因变异研究

氨基肽酶N是人类冠状病毒HCoV 2 2 9E的细胞受体 ,可能为SARS冠状病毒 (SARS CoV)S蛋白的受体。应用变性高效液相色谱 (DHPLC)技术筛查了正常无关个体中氨基肽酶N编码基因ANPEP的全部外显子及其两侧部分内含子序列。对筛查中DHPLC峰型提示有基因变异存在的DNA片段行PCR产物直接测序 ,共发现 9种单核苷酸多态 (SNP) ,其中 4种为非同义SNP ,分别为T32 1M(96 2C >T)、S6 5 1L(195 2C >T)、S75 2N(2 2 5 5G >A)和G76 4R(2 2 90G >A) ;其余 5种SNP为T795T(2 385C >T)、IVS7+17G >A、IVS14 16A >G、IVS17+12C >G和IVS17+44C >T。这些SNP的发现 ,为SARS CoV的宿主遗传因素研究 ,特别是发现SARS CoV感染和SARS发病的易感基因或抗病基因 ,提供了遗传标记。     

严重急性呼吸道综合征冠状病毒疫苗研究现状

冠状病毒被认为是新近爆发的严重急性呼吸道综合征的病原体.迄今公共数据库中已发表了不同国家和地区分离的12个SARS病毒株基因组完整序列.突起蛋白是冠状病毒的主要抗原,包含许多抗原决定簇.SARS冠状病毒突起蛋白的相对保守性为有效疫苗的开发奠定了很好的研究基础.灭活或减毒的冠状病毒疫苗存在一定的局限性和危险性.开展基因工程疫苗和核酸疫苗的制备研究以及相关候选疫苗的联合应用研究将是一个切实可行的途径.     

SARS冠状病毒复制酶蛋白nsp8的原核表达

以SARS冠状病毒(BJ01株)基因组RNA为模板,经RT-PCR扩增得到SARS-CoVnsp8基因,并克隆到原核表达载体pGEX-6p-1中,构建重组质粒pNSP8E。pNSP8E转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导表达出可溶性的GST-nsp8融合蛋白,经亲和层析和自剪切获得了高纯度nsp8蛋白。以nsp8为抗原免疫家兔,制备了nsp8的多克隆抗体,为下一步研究其在病毒感染的细胞中的功能奠定了基础。     

新型冠状病毒肺炎与mNGS技术

新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID 19)是指2019新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS CoV 2)感染导致的肺炎。截至2020年5月21日已造成全球超过496万人感染、30万人以上死亡。宏基因组下一代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术是在发现和检测新冠肺炎中发挥重要作用的技术。本文介绍了mNGS在新冠肺炎疫情中的作用及核心技术特点,并为mNGS在抗击全球疫情中的应用做出技术性归纳总结。     

严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒抗体的检测及其临床意义

To investigate the k inetics of antibody to SARS coronavirus in SARS patients and its clinical implication,ELISA was used to dete ct antibody to SARS coronavirus(SA RS CoV),RT-PCR was used to detect the SARS CoV RNA and,besides,the C D+4 and CD+8 T cells in peripheral blood of SARS patients and healthy controls were assayed by flowcytom etryThe results showed that SARS CoV IgM were first detected from da y 7 to day 47 after SARS onset,wit h average at day 193±101SARS Co V IgG were first detected from day 4 to day 47 after SARS onset,with average at day 207±101,and the p roduction of SARS CoV IgG was corr elated with CD+4 T cell number(P<005),but had no relationship with SARS CoV RNAMost SARS patients pr oduced SARS CoV antibody,IgM produ ced almost at the same time wit h IgGSARS CoV IgG is a protective antibody against SARS CoV and the titer of IgG may be used as an ind ex indicating the specific immunit y production in SARS patients     

SARS病毒免疫学性状的结构基础分析

运用生物信息学技术,对SARS冠状病毒基因组及其编码区进行了全序列分析,根据其基因和推导蛋白结构特点及同源性分析,探索SARS病毒主要结构蛋白免疫学性状的结构基础及进一步进行免疫学研究的线索,为深入SARS病毒的诊断预防工作提供参考 。     

SARS冠状病毒非结构蛋白Nsp的原核表达

严重急性呼吸综合征病毒,即SARS冠状病毒((Severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV),为具有囊膜的单股正链RNA病毒,基因组约长29~31kb。基因组从5'到3'端依次编码复制酶蛋白(Rep)、刺突蛋白(S)、囊膜蛋白(E)、膜蛋白(M)和核蛋白(N)以及其他一些辅助性蛋白[1]。编码复制酶蛋白的基因,从基因组5'端起约占全长的2/3区域(≈21.2kb),在该区域的nt13392-13398存在保守的UUUAAAC位点,此位点含有-1位的核糖体翻译移框(frameshift),可引发自单一起始位点的蛋白翻译扩展,即由ORF1a编码的Pp1a(约486kDa)扩展为由ORF1b编…