基于ONCOMINE数据库荟萃分析BRCA1基因在肺癌中的表达及意义

为探讨BRCA1基因在肺癌中的表达及对肺癌患者预后生存意义,本研究利用(BioGPS, Oncomine,Kaplan-Meier Plotter)基因数据库和癌症细胞系百科全书(CCLE),分析BRCA1基因在正常人体组织中的表达以及差异表达情况,并对符合条件的研究进行Meta分析,同时分析BRCA1基因在肺癌组织细胞系中的表达和对肺癌患者预后生存意义。研究发现,BioGPS数据库显示BRCA1在正常肺癌组织中低表达(3.65±0.035);同时Oncomine数据库检索BRCA1基因有453项不同种类结果,35项结果表达有统计学差异意义,其中28项显示表达增高,7项显示表达降低,共有研究样本量229例;并对符合条件的5项研究进行Meta分析,发现BRCA1基因差异表达中位数值排名为34.0,p=2.51×10~(-5);与CCLE检索BRCA1基因在肺癌组织细胞系中高表达的结果一致;Kaplan-Meier Plotter数据库检索结果表明BRCA1表达水平与患者的总生存预后周期相关(p=9.5×10~(-6));并且BRCA1高表达组相对于低表达组的肺癌患者总体生存周期明显降低(p0.05)。因此,通过深入挖掘Oncomine等数据库中BRCA1基因芯片信息,证实BRCA1基因在肺癌组织中呈现高表达状态,且与肺癌患者预后生存周期相关,为临床肺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要依据。     

基于TCGA数据库结肠癌RBL1基因甲基化水平的诊断与预后分析

视网膜母细胞瘤样蛋白1(RBL1/p105)是视网膜母细胞瘤蛋白质家族的成员之一,RBL1通常被认为是抑癌基因,在细胞增殖、凋亡、分化中发挥重要作用。该文探讨RBL1基因在结肠癌诊断和预后中的作用和可能的机制。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的结肠癌病例资料和芯片数据,筛选RBL1基因差异甲基化位点,并通过Cox回归模型研究甲基化位点与结肠癌患者预后之间的关系。该研究发现,待研究的癌组织RBL1基因启动子甲基化水平高于癌旁组织(0.120±0.012 vs 0.113±0.008, P=0.000 04)。随后,研究者采用受试者工作特征(ROC)曲线来评价RBL1基因启动子甲基化水平的诊断价值,用曲线下面积(AUC)作为诊断价值的评判标准。研究发现,启动子区甲基化的AUC达到0.732,对应的灵敏度为80.5%、特异度为55.3%。Cox多因素分析结果发现, cg04086771高甲基化是结肠癌患者预后的独立危险因素(P=0.002)。该研究通过对TCGA数据库的挖掘,发现RBL1基因启动子区甲基化均值可能与结肠癌发病风险有关,同时RBL1基因的甲基化位点的甲基化水平对结肠癌的预后有影响。     

BRCA1基因与乳腺癌

乳腺癌易感基因1(BRCA1)是具有遗传倾向的乳腺癌和卵巢癌的易感基因,且是一种抑癌基因.BRCA1基因的突变与家族性乳腺癌及它在细胞周期的调节,DNA损伤修复,基因的转录调控和诱导细胞凋亡方面起着重要作用.BRCA1基因的突变与家族性乳腺癌及卵巢癌的发生密切相关,对BRCA1分子功能的研究,将有利于阐明肿瘤发生的机理关.BRCA1的启动子甲基化与散发性乳腺癌有关.本文拟对BRCA1的结构,功能以及它的甲基化,突变,杂合性丢失对乳腺癌的影响作一综述.     

基于甲基化组学数据建立并验证肝细胞癌预后评价模型研究

利用甲基化CG位点建立并验证肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）预后相关模型是当前的研究热点。利用R语言平台分析肝癌基因组图谱数据库（TCGA-LIHC）和基因表达综合数据库（GSE136380）甲基化组学数据,采用limma包分析TCGA-LIHC和GSE136380数据差异甲基化CG位点,采用wgcna包对GSE136380进行加权基因共表达网络分析,确定三者交集为关键甲基化CG位点集,共获得83个甲基化CG位点。利用LASSO-COX风险比例回归分析筛选出6个甲基化CG位点,包括cg15744128、cg24282479、cg17922226、cg13090969、cg23505966和cg08708079,构建并验证HCC外科切除术后的预后模型。拟合模型在训练集中1、3和5年的AUC分别是0.756(95%CI:0.644～0.876)、0.749(95%CI:0.638～0.854)和0.797(95%CI:0.661～0.920);测试集中1、3和5年的AUC分别为0.848(95%CI:0.680～0.990)、0.833(95%CI:0....     

DNA甲基化/去甲基化与疾病概览

DNA甲基化(5m C)状态与疾病的发生发展密切相关,异常甲基化状态是肿瘤的重要特征,包括基因组整体甲基化水平降低和Cp G岛局部甲基化程度的异常升高。近期研究还发现,DNA甲基化可以继续氧化为DNA羟甲基化(5hm C),而5hm C可能是一种新的表观修饰或者参与DNA去甲基化。随着DNA甲基化测序技术的发展,可以得到全基因组单碱基分辨率的5m C和5hm C图谱,深入研究5m C和5hm C的动态变化对发育和肿瘤的影响,并期望找到潜在应用于肿瘤诊断和治疗的表观标志物。该文主要总结了DNA甲基化/去甲基化及其在肿瘤发生发展过程中的动态变化、潜在的表观标志物以及检测和治疗研究进展。     

白血病患者骨髓中RASSF1A基因启动子甲基化状态及其临床意义

目的:通过检测各类型白血病骨髓中RASSF1A基因启动子区甲基化水平,探讨其对白血病分型的临床检测意义。方法:抽选93例不同类型白血病患者(观察组)予以甲基化特异性PCP(MSP)方法进行骨髓RASSF1A基因甲基化状态检测,研究不同类型白血病甲基化状态差异,同期抽选93例非白血病者为对照研究(对照组)。结果:观察组中有13例(13.98%)检测到RASSF1A基因甲基化,而对照组中RASSF1A基因甲基化率为0%,比较差异显著(P0.05)。不同类型白血病RASSF1A甲基化率比较:淋巴系显著高于髓系(P0.05),急性与慢性白血病比较差异无显著性(P0.05)。结论:白血病骨髓中MSP法检测存在RASSF1A甲基化;而RASSF1A基因在淋巴系白血病中的甲基化概率明显增高,因此,对RASSF1A进行甲基化检测有可能作为白血病临床诊断分型的生物学指标之一。     

山东东部地区家族性和早发性乳腺癌BRCA1基因突变的研究

目的:研究家族性和早发性乳腺癌BRCA1基因突变情况.方法:选取52例来自不同家系家族性和早发性乳腺癌患者,提取外周血基因组DNA,对BRCA1基因的全部编码序列及外显子与内含子的拼接区进行PCR基因扩增,扩增产物经变性高效液相色谱分析(DHPLC)除筛后,对发现异常的片断进行DNA直接测序证实.结果:在52例家族性和早发性乳腺癌患者中发现4例(7.7%)BRCA1致病性突变(2257C＞G,2229del1AA,3413de1T),其中BRCA1的2229de1AA在两个不同的家系重复出现.3413de1T突变未在Breast Cancer Information Core(BIC)数据库和相关的文献报道过.家族性乳腺癌突变率为12%(3/25);单纯早发性乳腺癌突变率为3.7%(1/27).结论:BRCA1突变在山东东部地区家族性乳腺癌的发病中发挥重要作用,对具有家族史的乳腺癌家系进行BRCA1基因突变筛查具有重要意义.     

p16基因甲基化状态与散发性大肠癌的相关性研究

为探讨p1 6基因甲基化状态与散发性大肠癌发生发展的关系 ,用甲基化特异性的聚合酶链反应 (methylati omspecificPCR ,MSP)结合测序检测散发性大肠癌及相应癌旁组织p1 6基因甲基化状态。研究发现p1 6基因在散发性大肠癌中甲基化率为 2 8 9% (1 3 4 5 ) ,有 8例癌及癌旁组织都发生了甲基化 ;有淋巴结及远处转移的甲基化率为5 0 % (8 1 6 ) ,高于无转移的甲基化率 2 0 8(5 2 4 ) (P <0 0 5 )。p1 6基因高甲基化是散发性大肠癌中常见的分子改变之一 ,大肠癌中p1 6基因高甲基化可能发生在癌变早期并与大肠癌的恶性进展有相关性     

人BRCA1 干涉慢病毒载体的构建与验证

目的:设计合成干涉BRCA1表达的小干扰RNA,并克隆入pLKO.1慢病毒表达载体,为研究基因BRCA1在乳腺癌细胞增殖中的作用提供基础。方法:根据人BRCA1的基因序列,设计合成三对BRCA1干涉片段(序列前后加入酶切位点EcoRI和AgeI),再利用酶切连接反应将其插入到慢病毒载体pLKO.1中,经过酶切鉴定及测序正确后,将重组质粒转染入MCF-7细胞,48h后提取蛋白质和RNA,通过蛋白印迹验证BRCA1的蛋白水平的表达情况,Realtime PCR验证BRCA1的RNA水平的表达变化。结果:重组质粒经酶切鉴定和测序比对完全正确,转染乳腺癌细胞48h后可见BRCA1表达的明显下调。结论:成功构建BRCA1干涉的慢病毒载体,并且转染MCF-7细胞证实其能够下调BRCA1的表达,为后续研究BRCA1在乳腺癌细胞的功能奠定了基础。     

BRCA1与DSB修复路径取向

乳腺癌易感基因1(BRCA1)是一个肿瘤抑制基因.BRCA1参与DNA末端切除、细胞周期调控以及染色体修饰等来维护基因组的稳定性.有研究表明,它能够促进正确的DNA双链断裂(DSBs)修复,如同源重组修复(HDR)和经典的非同源末端连接(C-NHEJ);而抑制错误性的DSB修复,如单链退火修复(SSA)和非经典的末端连接(A-EJ);其机制是通过与某些DNA修复相关蛋白质的相互作用来引导DSB修复.目前,BRCA1在DSB修复通路中的作用机制尚未完全明确,仍有待进一步的研究.本文主要阐述BRCA1在DSB各修复通路中是如何发挥其引导作用的.     

乳腺癌易感基因BRCA1/BRCA2研究发展及乳腺癌的诊断治疗展望

BRCA1/BRCA2是DNA同源重组途径中的重要因子。BRCA1/BRCA在维护染色体完整性有着重要作用,BRCA1、BRCA2基因的关键区域突变会增加细胞敏感性,导致肿瘤突变。本综述从基因组水平及分子水平对BRCA1/2的基因结构功能,修复中的作用机制以及在乳腺癌个性化诊疗手段等方面进行介绍,并阐述了国内外与乳腺癌BRCA基因突变相关的研究现状及BRCA基因突变几种有效的检测方法,希望针对携带BRCA1/BRCA2基因突变的新型药物和靶向治疗方案日益完善,最后对未来乳腺癌更"个性化"、"先进化"的治疗方案进行了展望。     

GSTP1基因甲基化检测在前列腺癌临床诊断中的Meta分析

谷胱甘肽S-转移酶-pi 1(glutathione S-transferase pi 1,GSTP1)基因是多种癌症的抑制基因。目前已有多项研究探讨GSTP1基因启动子区甲基化检测在前列腺癌(prostate cancer,PCa)临床诊断中的意义,但尚无系统性评估。本研究通过检索Pub Med、Web of Science数据库,收集相关英文文献进行Meta分析,对GSTP1基因启动子区甲基化检测在PCa临床诊断中的意义做出系统性评估。最终有27篇文献,共计3 183例样本纳入本研究,包含2 067例PCa样本及1 116例对照样本。Meta分析结果,PCa患者GSTP1基因启动子区相比正常对照组呈现显著高甲基化,差异有统计学意义(OR=17.98,95%CI:12.16~26.58,p0.000 1)。不同亚组(人种,样本类型及检测方法等)组间无显著性差异。上述研究的合并敏感度及特异度分别为0.70和0.96。此外,我们从TCGA(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中选取425例前列腺腺癌(prostate adenocarcinoma,PRAD)组织与54例癌旁组织的高通量全基因组甲基化芯片数据进行验证分析后显示,GSTP1基因启动子区9个CpG位点中的7个位点,癌症组织相比癌旁组织呈现显著高甲基化水平。其敏感度均在0.85以上,特异度及AUC区间均在0.90以上,FDR1×10~(-20)。综上,Meta分析和TCGA均显示PCa患者GSTP1基因启动子区相比正常对照组呈现显著高甲基化,且诊断特异度与敏感度均较高,是非常有前景的PCa诊断标志物,对PCa的临床诊断具有借鉴意义。     

植物去甲基化酶ROS1的研究进展

DNA甲基化状态是由从头合成的甲基化、维持型甲基化和DNA主动去甲基化动态调控的结果,由不同调节途径靶向各种酶的催化。5-甲基胞嘧啶DNA糖基化酶/裂解酶ROS1(REPRESSOR OF SILENCING1)是一种DNA去甲基化酶,能够通过启动碱基切除修复途径完成DNA主动去甲基化。介绍了植物中DNA主动去甲基化途径中的去甲基化酶和调节因子;ROS1介导的DNA主动去甲基化的途径;DNA主动去甲基化酶ROS1在各种植物不同发育过程中的作用,包括负调控印记基因表达和种子休眠、调控水稻籽粒品质、影响植物气孔发育等。     

原发性肝癌ATM基因启动子甲基化及其与放疗疗效的相关性

为探究原发性肝癌(hepatocellular carcinoma, HCC)共济失调-毛细血管扩张突变基因(ataxia-telangiectasia mutated gene, ATM)启动子甲基化情况,分析其与临床特征的关系及与放疗疗效的相关性,采用甲基化特异性PCR法(methylation-specific PCR, MSP)检测50对肝癌手术标本及相应的癌旁肝组织标本、20例正常肝组织、38例局部中晚期肝癌肝穿刺标本的ATM基因启动子甲基化状态,并采用BSP (bisulfite sequencing PCR)测序法对样本的甲基化状态进行验证,分析ATM基因启动子甲基化状态与患者临床特征的关系及与放疗疗效的相关性。结果发现, 88例肝癌组织中ATM基因启动子甲基化率为39.8%(35/88),其中38例肝癌肝穿刺标本有42.1%(16/38)存在ATM基因启动子甲基化, 50例肝癌手术标本有38%(19/50)存在ATM基因启动子甲基化,相应癌旁肝组织只有8.0%(4/50)存在ATM基因启动子甲基化;正常肝组织未发现有ATM基因启动子甲基化, ATM基因启动子甲基化在肝癌组织中的发生率与癌旁肝组织、正常肝组织相比差异具有统计学意义(χ2=24.818,P0.05)。此外,存在ATM基因启动子甲基化的局部中晚期肝癌患者的放疗疗效显著优于无甲基化的病例(χ2=5.955,P=0.015), ATM基因启动子甲基化状态与肝癌放疗疗效呈显著正相关关系(r=0.396, P=0.014)。实验结果表明原发性肝癌ATM基因启动子存在异常甲基化, ATM基因启动子甲基化状态与肝癌放疗疗效关系密切,可为筛选放射敏感差异病人提供新的思路。     

非霍奇金淋巴瘤p73基因甲基化状态及去甲基化再表达的研究

目的:探讨p73基因甲基化状态在非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgk in's lymphomas,NHL)患者中的检测意义以及去甲基化干预对p73基因再表达的效果.方法:检测26例非霍奇金淋巴瘤标本中P73基因的表达以及甲基化状态;用不同剂量(4,8μmol/L)去甲基化因子5氮胞苷(5-A za)诱导P 73基因甲基化的淋巴瘤细胞,RT-PCR和MSP-PCR方法测定p73基因的表达以及甲基化状态.结果:p73基因在非霍奇金淋巴瘤中表达显著下降,26例标本中,13例呈阴性(50%),6例表达下降;p73基因外显子1甲基化的发生率为100%;4μmol/L去甲基化因子5氮胞苷(5-A za)在体外即可诱导的淋巴瘤细胞p 73基因去甲基化再表达,8μmol/L 5-Aza效果较4μmol/L更为明显.结论:p 73基因甲基化与非霍奇金淋巴瘤的发病密切相关,去甲基化干预可能为一种可行的临床治疗手段.     

自噬基因CTSL表达与胶质母细胞瘤患者预后相关

本研究旨在探讨自噬基因CTSL对胶质母细胞瘤(GBM)患者的预后影响。利用癌症基因组图谱(TCGA)、人类自噬数据库(HADB)、中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库、基因表达谱分析(GEPIA)获取数据信息,通过筛选差异表达基因及单因素和多因素COX分析确定GBM的独立预后危险因素,同时通过基因本体论(GO)、基因组百科全书途径(KEGG)、临床病理相关性、基因集富集分析(GSEA)、自噬基因网络分析CTSL的相关作用机制。结果显示:(1)富集分析显示胶质母细胞瘤中差异自噬基因(ARG)与自噬体的形成、细胞凋亡、血管生成、细胞化疗等相关;(2)GBM中CTSL的mRNA水平明显高于正常组织样本;(3)多因素COX回归分析显示自噬基因CTSL的高表达为GBM预后的独立危险因素,STUPP治疗(术后替莫唑胺[Tmz]同步放化疗+Tmz辅助化疗)为独立保护因素;(4)自噬基因CTSL在非GCIMP(CpG岛甲基化)型、间质型、IDH野生型、1p/19q无缺失型胶质母细胞瘤及化疗后表达量更高。综上所述,本研究分析了自噬基因在GBM中的作用,并表明自噬基因CTSL的过表达预示胶质母细胞瘤患者不良预后,显示自噬基因CTSL有作为有效靶标的潜质。     

肺鳞状细胞癌特异性甲基化候选诊断标志物的识别

甲基化异常是肿瘤早期的频发事件,DNA甲基化随着时间的推移相对稳定,并且可以在血液中非侵入性地检测到,因此DNA甲基化具有成为癌症早期诊断生物标志物的巨大潜力.为了找到肺鳞状细胞癌(LUSC)潜在的诊断标志物,本文提出了一种LUSC特异性候选诊断标志物的识别方法,使用癌症基因组图谱数据库(TCGA)的LUSC的甲基化数据集,通过比较LUSC与正常肺组织和其他癌症类型,得到了6个LUSC特异性甲基化位点,使用支持向量机建立诊断模型,采用六折交叉划分数据集,验证特异性标志物的有效性. 6个标志物的组合在预测LUSC方面达到约93%～99%的灵敏度,在排除正常组织时达到100%的特异性,在排除其他癌症时达到约99%的特异性.我们的研究为LUSC的早期诊断提供了潜在的生物标志物.     

DNA甲基化与原发性高血压的研究进展

原发性高血压(简称高血压病)是遗传和环境因素相互作用所导致的一种复杂性疾病.近年来的研究发现,高血压病的发生和发展与DNA甲基化密切相关.11β-HSD-2、ECE-1和AT1b等基因发生甲基化和去甲基化会影响代谢酶和受体的表达,从而通过肾素-血管紧张素-醛固酮系统激活以及肾性水钠潴留等途径引起高血压的发生,这可能是高血压发病的一个重要分子机制.基因组低甲基化(如:高同型半胱氨酸所引起的)会诱发AT1b、ECE-1等受体和代谢酶基因发生去甲基化,从而参与高血压病的发生.深入了解DNA甲基化调控在原发性高血压发病过程中的分子机制及药物代谢酶和受体基因甲基化状态的改变对高血压患者降压疗效的影响,将为临床制定合理化的用药方案提供依据.     

长白猪×蓝塘猪及其杂种基因组甲基化片段克隆与分析

应用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术对6头长白公猪和50头蓝塘母猪及5头长白×蓝塘杂交F1代3个群体基因组DNA胞嘧啶甲基化位点进行检测,旨在克隆和分析父母代猪及其杂种F1代之间基因组DNA共同甲基化片段和差异片段,并找到其同源基因.结果显示,从MSAP条带中分离、克隆得到18条3个群体共同的甲基化片段、10条母代独有的甲基化片段和9条杂交一代独有的甲基化片段,其中有1条3个群体共有的甲基化片段通过EST拼接和电子延伸后在NCBI数据库中找到同源基因,即猪类酪氨酸蛋白激酶Lyn基因(GeneID:LOC100152890,序列号:XM_001926250).结果表明,长蓝杂交F1代与其父母代之间的基因组甲基化存在异同,为通过MSAP技术克隆猪基因组DNA甲基化片段及寻找其对应的甲基化基因提供可能,也会为将来研究这些甲基化基因表达调控机制奠定基础.     

乳腺癌特异性拷贝数变异致DNA修复失衡

该研究通过整合4个功能诠释数据库(KEGG、GO、WIKI和PC)共发现56条DNA修复相关通路,确定了725个功能基因;并在筛查CCLE肿瘤细胞系和TCGA乳腺癌基因组数据的基础上,发现了89个乳腺癌特异性的拷贝数变异基因,其中包含了4个DNA修复相关的基因[BRCA1(breast cancer 1,early onset)、ERBB2(erb-b2 receptor tyrosine kinase 2)、G6PC(glucose-6-phosphatase,catalytic subunit)和PSME3(proteasome(prosome,macropain)activator subunit 3(PA28 gamma;Ki))]。进一步生物信息分析表明,乳腺癌基因组中17q21.31区域的拷贝数变异可通过改变BRCA1和PSME3基因的表达,从而影响DNA修复功能(如双链的断裂修复和DNA损伤相关检测点)。