基于网络药理学和分子对接研究黄芪治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法研究黄芪治疗糖尿病心肌病(DCM)的作用机制.方法:利用中药系统药理学技术平台数据库(TCMSP)收集黄芪的成分及其相关靶点;通过GeneCards、NCBI、OMIM数据库获取DCM相关疾病靶点.取黄芪成分靶点与DCM疾病靶点的交集基因,作为黄芪对DCM作用的潜在关键靶点基因,将交集...     

金银花防治猪繁殖与呼吸综合征的潜在作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术揭示金银花防治猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的活性成分、靶点及作用机制.方法:中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到金银花的潜在活性成分及作用靶点,使用比较毒理基因组学数据库(CTD)收集PRRS疾病基因,映射后的交集靶点利用String构建蛋白互作网络,使用Cyto?s...     

基于网络药理学探讨红芪的活性成分、作用靶点及潜在治疗价值

目的:采用网络药理学技术研究红芪的主要活性成分、作用靶点、药理机制及潜在治疗价值.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)筛选红芪的主要活性成分和作用靶点,利用Swiss Target Prediction网站找出遗漏基因,对汇总基因进行查重后得到潜在靶点,借助...     

基于网络药理学的苦参-苍术药对治疗痔疮作用机制研究

目的:探讨苦参-苍术药对治疗痔疮的作用机制.方法:通过中药系统药理学(TCMSP)分析平台筛选苦参、苍术的活性成分,整理并校正其对应的作用靶点.通过GeneCards、OMIM、Drugbank数据库收集痔疮相关的基因靶点,运用Venny 2.1.0筛选出苦参、苍术治疗痔疮的关键靶点,将关键靶点上传至STRING数据库...     

基于网络药理学与分子对接技术的清瘟护肺颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质研究

本文通过网络药理学和分子对接技术探讨清瘟护肺颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质.首先,通过TCMSP数据库,BATMAN-TCM数据库及TCMIP数据库检索清瘟护肺颗粒中十六味药的化学成分及作用靶点,利用GeneCards和OMIM数据库检索COVID-19的相关疾病靶点.然后,通过venny2...     

基于网络药理学与分子对接探究黄芩有效成分对酒精性肝病的作用机制及效果验证

通过网络药理学和分子对接技术探究中药黄芩治疗酒精性肝病的作用机制，并通过体外细胞实验验证黄芩有效成分对酒精性肝病的治疗效果。在TCMSP、Swiss ADME和Swiss Target Prediction数据库中检索获得黄芩有效成分及其作用靶点；在GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD和PharmGKB数据库中检索获得酒精性肝病相关的疾病靶点；利用String数据库构建靶点相互作用网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、基因本体(GO)富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件构建黄芩治疗酒精性肝病的“有效成分-靶点-通路”互作网络，并筛选出黄芩有效成分和关键靶点进行分子对接。基于网络药理学和分子对接结果，采用体外细胞实验初步验证预测结果。将黄芩有效成分进行ADME筛选后共获得27个，且这27个有效成分可以通过257个基因靶点对酒精性肝病起到治疗作用，其中关键核心靶点有SRC、AKT1、PIK3R1、STAT3、PIK3CA等。KEGG信号通路富集分析结果显示，黄芩治疗酒精性肝病的主要信号通路包括癌症的途...     

基于网络药理学和分子对接探索桑白皮治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

本研究运用网络药理学和分子对接方法对中药桑白皮治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的活性成分、潜在作用靶点和信号通路进行研究,探索桑白皮治疗DPN的可能作用机制。首先从中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出桑白皮的活性成分及靶点基因。通过GeneCards数据库及OMIM数据库筛选出DPN的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-靶基因-疾病"中药调控网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。运用R语言对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。其次从活性成分及靶点基因中根据degree值筛选出前3个关键成分,并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序,选择前3个核心靶点,然后从RCSB数据库下载相关蛋白的结构,使用Pymol软件去除溶剂分子与配体,使用AutoDock软件进行分子对接。最后通过酶联免疫吸附实验和荧光光谱实验验证网络药理学富集分析的结果。最终预测到31个桑白皮活性成分,312个活性成分相关靶点,120个桑白皮-糖尿病周围神经病变共同有效靶点。活性...     

当归挥发油治疗高血压药理机制的网络分析

本文利用网络药理学对当归挥发油潜在的活性成分和作用靶点进行预测,探讨其多组分、多靶点、多途径治疗高血压的可能作用机制.通过GC-MS测定出当归挥发油化合物,利用SwissTargetPrediction获取相关成分靶点;OMIM及DisGENET数据库筛选高血压相关疾病靶点;利用STRING在线平台构建当归挥发油和高血...     

基于分子对接和系统药理学小青龙汤治疗哮喘的作用机制

为从分子层面阐述小青龙汤治疗哮喘的作用机制,探索小青龙汤的潜在靶标,本研究检索中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)并根据口服生物利用度(oralbioavailability,OB)、药物相似性(drug-likeness,DL)筛选出小青龙汤的活性成分,利用Pharmmapper数据库筛选小青龙汤潜在作用靶点,挖掘CTD、Genecards数据库以筛选与哮喘相关的作用靶点,利用Cytoscape 3.6.1软件构建小青龙汤的蛋白互作网络图、化合物靶点图,并通过计算拓扑学参数找到小青龙汤中关键的作用靶点和化合物。对小青龙汤对哮喘的作用靶点进行GO分析和KEGG分析。利用iGEMDOCK软件进行分子对接,预测作用靶点和主要化合物的结合度。通过筛选得到小青龙汤活性成分、潜在作用靶点;GO分析得到43个生物学过程、11个细胞组成和9个分子功能;KEGG分析包括PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、Wnt信号通路等。初步验证和预测了小青龙汤对治疗哮喘的作用机制,并为进一步深入揭示其作用机制提供参考。     

基于网络药理学探讨丹参-丹皮配伍抗脑缺血损伤的作用机制

本文旨在通过网络药理学和分子对接方法探讨丹参-丹皮活性成分治疗脑卒中的潜在分子机制.首先基于中药系统药理学分析平台筛选丹参、丹皮的活性成分及其作用靶点,利用CTD、TTD和GeneCards数据库收集脑卒中相关靶点.然后将药物和疾病靶点取交集,借助STRING数据库获取靶点间相互作用关系,利用R语言的Cluster-P...     

基于网络药理学分析芪贞元丹治疗动脉粥样硬化的作用机制*

目的: 基于网络药理学方法,探究中药复方芪贞元丹治疗动脉粥样硬化(AS)潜在的作用靶点和分子机制。方法: 查找TCMSP数据库,获得中药复方芪贞元丹中黄芪、女贞子、延胡索、丹参的活性成分和靶点,在OMIM等数据库中检索AS的靶点,使用Cytoscape绘图工具构建分子网络;检索STRING数据库并绘制PPI网络图,获取芪贞元丹治疗AS的关键靶点;并上传至Metascape数据平台对其进行GO和KEGG分析。结果: 芪贞元丹与AS有交集靶点118个,作为干预AS的作用靶点。芪贞元丹对抗AS可能与细胞因子介导、细胞因子受体结合等GO过程相关。KEGG富集结果显示155条通路与AS相关,主要涉及PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB通路和炎症性肠病相关通路。结论: 通过网络药理学实验初步揭示芪贞元丹复方治疗AS的作用机制,复方中的槲皮素、山奈酚等活性成分作用于IL-6、PI3K-Akt等靶点,通过抗细胞凋亡、抑制氧化应激、抑制炎症反应等发挥抗AS作用,证明芪贞元丹复方治疗AS是多成分、多靶点、多途径协同作用的过程。     

基于网络药理学和数据挖掘探讨中药干预细胞因子风暴的物质基础及用药规律

基于网络药理学和数据挖掘探索中药干预细胞因子风暴的物质基础及用药规律。借助GeneCards、DisGeNET、DrugBank、OMIM等数据库收集细胞因子风暴(cytokine storm, CS)相关靶点;通过TCMSP数据库筛选和匹配可能干预细胞因子风暴的活性成分及中药;并利用Cytoscape 3.7.2软件构建靶点-化合物、靶点-化合物-中药网络。借助CB-Dock在线分子对接平台对潜在靶点与备选化合物进行分子对接,并利用Ligplot软件展示得分值(affinity)较好的组合。利用Microsoft Office Excel 2017表相关功能统计中药的性味、归经、功效等,并构建中药性味归经功效网络。检索到CS相关靶点113个,其中35个靶点匹配的化合物符合筛选标准,共涉及49个备选化合物。通过化合物映射,匹配到268味中药,其中银杏叶、败酱草、甘草、灯盏细辛等中药涉及的靶点较多。分析表明干预细胞因子风暴的中药多为清热类、活血化瘀类、补虚类,药味以苦为主,药性以寒最常见,且多入肝经、肺经。本研究通过系统探讨干预细胞风暴因子的物质基础,总结了细胞因子风暴相关中药的一般规律...     

黄芪-苍术改善糖尿病肾病糖脂代谢的网络药理学研究

为探讨黄芪-苍术改善糖尿病肾病糖脂代谢的作用机制。运用网络药理学方法,通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出黄芪、苍术的有效活性成分和作用靶点,再利用Drug Bank、Gene Cards、OMIM等数据库筛选出与糖尿病肾病相关的潜在作用靶点。采用Cytoscape 3. 6. 1软件和Metascape数据库构建活性成分-靶点网络图,利用KEGG和GO富集分析药物与糖脂代谢相关的信号通路。通过筛选得出黄芪和苍术有效活性成分29个,其中槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、异鼠李素等成分可能是通过靶向PIK3CG、AKT1、MAPK1、IGF2等靶点,参与m TOR、胰岛素、脂肪细胞因子、Jak-STAT信号通路发挥调节糖尿病肾病糖脂代谢作用。综上,黄芪-苍术改善糖尿病肾病糖脂代谢存在多成分、多靶点和多重药理作用,为进一步研究治疗糖尿病肾病提供了线索。     

基于网络药理学的葛根抗肿瘤潜在机制探讨

本文采用网络药理学方法探讨葛根的抗肿瘤的作用机制。首先采用类药性评估筛选葛根的活性成分,然后反向分子对接法预测作用靶点,在pubmed数据库人工检索靶点是否与肿瘤相关。靶点信息导入到生物注释系统MAS3.0,结合KEGG数据库进行靶点分析和通路分析,cytoscape软件中分别绘制化合物-靶点、靶点-通路网络,最后合并生成成分-靶点-作用网络图。实验结果显示从葛根中筛选出16个活性化合物,并预测出34个靶蛋白和44条信号通路。网络分析发现葛根潜在作用通路有直接作用于多种肿瘤疾病,也有间接作用于多条与肿瘤形成发展有关的通路。综上,葛根通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥着抗肿瘤作用,为后续作用药理实验提供了依据,也为其他中药的相关研究提供借鉴和参考。     

当归补血汤治疗糖尿病肾病潜在作用机制的网络药理学研究

采用网络药理学方法研究当归补血汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在物质基础和作用机制。利用TCMSP数据库筛选当归补血汤中28个活性成分以及DN相关作用靶点188个,使用Cytoscape软件构建"药物-化合物-靶点"网络图,利用CentiScaPe插件分析当归补血汤治疗DN的关键靶点,通过网络拓扑分析最终确定12个显著有效化合物和13个关键靶点,进一步使用R软件的ClusterProfiler软件包对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。研究发现,当归补血汤中的活性成分如槲皮素、山奈酚、芒柄花素等显著有效化合物作用PTGS2、GABRA1、NCOA2等关键靶点调节AGE-RAGE、IL-17、HIF-1等162个相关通路上,涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性、磷酸酶结合、丝氨酸水解酶活性、抗氧化活性、激酶调节活性等131个相关生物过程,协同发挥对DN的治疗作用。     

黄芪建中汤下调TLR-2、p-NF-κB表达治疗消化性溃疡的效应及机制研究

本研究结合网络药理学、生物信息学与动物实验探究黄芪建中汤(HQJZD)治疗消化性溃疡(PU)的疗效与机制。运用中药系统药理学数据库和分析平台检索出HQJZD主要活性成分110个,预测靶点943个;基于疾病数据库TTD、OMIM、GAD、DrugBank、Pharm GKB共检索到与PU发病密切相关的靶点157个。运用Cytoscape筛选出HQJZD治疗PU的特异性靶点417个,GO和KEGG结果显示HQJZD可能通过调控Toll样受体、NF-κB、JAK-STAT、MAPK等信号通路介导的炎性反应发挥治疗效应。PU脾胃虚寒证大鼠胃黏膜的HE染色、酶联免疫吸附试验和免疫荧光染色结果表明,HQJZD低、高剂量组均能有效修复PU脾胃虚寒证大鼠的胃黏膜组织病理学损伤,显著升高PGE₂及NO含量(P<0.01),显著降低TLR2和p-NF-κB蛋白表达水平(P<0.05)。综上所述,HQJZD治疗PU具有多成分、多途径、多靶点的特点,其机制可能与调节PGE₂、NO等炎症因子水平,调控NF-κB信号通路和Toll样受体信号通路有关。     

基于网络药理学的当归-红花治疗原发性痛经的作用机制

基于网络药理学探讨当归-红花治疗原发性痛经的潜在作用机制。利用TCMSP、SwissTargetPrediction、BindingDB、PharmMapper和BATMAN-TCM数据库获取当归-红花化学成分的作用靶点,使用GeneCards、NCBI、TTD、CTD和OMIM数据库获取原发性痛经疾病靶点,将药物与疾病交集靶点导入Cytoscape 3.7.0软件建立药物—化学成分—靶点—疾病网络,导入STRING数据库获取靶点PPI网络,导入R语言中Bioconductor的生物信息软件包进行生物功能注释(GO)和KEGG通路富集分析。结果显示：当归-红花中槲皮素、山奈酚、熊果酸、野黄芩素、咖啡酸、七叶亭、阿魏酸、东莨菪内酯、阿魏酸松柏酯和芦丁等24个成分,可能通过与炎症、激素调节、中枢镇痛、平滑肌解痉以及免疫相关的27条通路,干预PTGS2、CA2、PTGS1、AKR1B1、CA3、ESR2、ALOX5、TTR、MMP2以及EGFR等81个靶点,发挥治疗原发性痛经的作用。当归-红花治疗原发性痛经具有多成分、多靶点和多途径的特点,研究结果初步揭示了当归-红花治疗原发性痛经的潜在活性...     

基于网络药理学和分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制

基于网络药理学及分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制。利用中药系统药理学平台,结合文献报道,获取清震汤中3味中药的活性成分和作用靶点,借助UniProt数据库对靶点蛋白名称进行规范。通过DrugBank、GeneCards等数据库获取偏头痛相关靶点。运用在线Venny作图平台,得到清震汤治疗偏头痛的潜在作用靶点。通过STRING平台构建潜在靶点PPI网络,将所得蛋白互作信息导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因,运用DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析,采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-通路”调控网络并进行拓扑分析,使用Autodock软件进行分子对接验证。网络药理学分析结果显示,清震汤中治疗偏头痛可能与槲皮素、山奈酚、豆甾醇等40个化学成分有关,IL6、CXCL8、TNF、PTGS2等为关键靶点。富集分析得到GO条目436条,KEGG通路92条,主要涉及TNF信号通路,神经信号传递通路等。分子对接结果显示,上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。该研究初步表明,清震汤中多种活性成分通过作用于IL6、CXCL8、TNF、PT...     

基于网络药理学的杜仲-山茱萸配伍治疗糖尿病的作用机制

为探讨杜仲-山茱萸治疗糖尿病的作用机制。研究利用网络药理学的方法,首先通过中药系统药理学数据库筛选出杜仲和山茱萸的活性成分和相关靶点,再利用DisGeNET、DrugBank等数据库筛选出糖尿病的潜在靶点。以STRING数据库对活性靶点构建蛋白互作网络(PPI)分析,采用Cytoscape3.7.0软件绘制其“成分-靶点-通路”的相互作用网络,通过CludterProfiler对靶蛋白进行生物过程、细胞组分及分子功能分析;京都基因与基因组(KEGG)的代谢通路分析。实验结果筛选得到杜仲-山茱萸有效成分30个,其中槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇等成分对PTGS2、DPP4、ADRB2、PPARG等相关靶点通过IL-17信号通路、钙信号通路、脂肪细胞脂解的调控等参与氮化合物代谢过程、血液循环、脂肪细胞分化和血压调节等过程。综上,杜仲-山茱萸配伍治疗糖尿病存在多成分和多重药理作用机制,为进一步研究其治疗糖尿病药理实验提供了参考,也为其他中药的相关研究提供借鉴和参考。     

基于网络药理学的四君子汤治疗阿尔茨海默病作用机制研究

基于网络药理学探讨四君子汤治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出四君子汤有效成分及靶点基因.通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出阿尔茨海默病的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用...