SDS—聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴别口腔二氧化碳噬纤维菌的研究

细菌的全细胞蛋白的 SDS—聚丙烯酰胺凝胶电泳是近年来国内外广泛采用的一种有效的鉴别细菌的方法。二氧化碳噬纤维菌(Capnocytophage)是近年来从人牙菌斑中分离的革兰氏阴性兼性厌氧的新菌属。文献报道该菌属包括三个种:黄褐二氧化碳噬纤维菌(c.orchraea),生痰二氧化碳噬纤维菌(c.sputigena)和牙龈二氧化碳噬纤维菌(c.gingivalis)。本实验采用 SDS—聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴别二氧化碳噬纤维菌的三个菌种,为口腔细菌的鉴定建立一个准确而经济的方法。1.细菌全细胞蛋白的提取用0.02MPBS 液分别收集在 BHI 血琼脂上富集的二氧化碳噬纤维菌标准菌株的菌落,离心收集菌细胞沉淀,TE 缓冲液溶解沉淀,分两种方法破碎细菌。一种是加入 SDS 并沸水浴破碎细菌;另一种是超声震荡破碎细菌。细菌破碎后,离心收集上清液,贮于-20℃。2.细菌全细胞蛋白的电泳实验采用垂直板状电泳,凝胶浓度7.5%,交     

正常口腔中的可疑牙周致病菌

本实验对49例正常口腔的龈上和龈下菌斑内的可疑牙周致病菌(SPB)的分布情况进行了观察分析。 49例研究对象男21例,女28例;6～25岁,无龋,无牙周病的健康人。三月内未服用抗生素,未接受任何牙周治疗。定对在右上颌第一磨牙(No.3)的龈上及龈下菌斑。用BHI培养基厌氧培养37℃,4天以后进行细菌菌落计数,转种分离和鉴定。龈上菌斑内SPB的检出率按其高低顺序依次为:二氧化碳噬纤维菌、梭杆菌、消化链球菌、唾液弯曲杆菌、产黑色素类杆菌、优杆菌,溶蚀艾肯氏菌、生疾月形单胞菌。二氧化碳噬纤维菌中依次为牙龈二氧化碳噬纤维菌、黄褐二氧化碳噬纤维菌及生疾二氧化碳噬纤     

微孢子虫的进化起源与系统分类现状

系统回顾了微孢子虫起源进化的研究进展及其系统分类现状。近30年来,一些依据SSU r DNA序列、翻译延伸因子1α序列、直系同源蛋白基因树及真菌蛋白质组生命树等的研究支持微孢子虫起源于原生生物。但同时大量的单基因或多基因系统发育研究又支持微孢子虫起源于真菌。最近一系列独立的系统基因组学研究结果,加上在罗兹菌门中发现了介于真菌和微孢子虫中间类型的近微孢虫菌属(Paramicrosporidium)、线孢虫菌属(Mitosporidium)和噬核菌属(Nucleophaga),进一步支持微孢子虫起源于罗兹菌门的噬核菌属谱系。     

人牙菌斑中二氧化碳噬纤维菌的分离鉴定

二氧化碳噬纤维菌属(Capnocytophaga,简称Capno)是国外学者近年从人牙菌斑中分离到的新菌属。作者从人的健康和炎性牙周龈下菌斑中分离到615株Capno,其鉴定特点如下:革兰氏阳性细梭纤柔杆菌,仅在厌氧环境和含10％CO_2的空气中生长;在BHI血琼脂表面形成典型的“润湿性”菌落,并产生桔黄色色素和特殊的焦糖气味;在含葡萄糖的PYG肉汤中最终pH值<6,琥珀酸和乙酸为主要的代谢酸产物。根据发酵碳水化合物和还原硝酸盐可鉴定本菌属的三个种。     

二氧化碳噬纤维菌全菌蛋白SDS－PAGE技术鉴定的研究

本文对不同菌株二氧化碳噬纤维菌的全菌蛋白采取ＳＤＳ－ＰＡＧＥ结合考马斯亮兰染色和银染两种染色方法进行初步研究,结果表明二氧化碳噬纤维菌临床分离株和参考菌株间,各临床分离株间电泳图形存在差异,从牙周炎病人和健康龈下分离的二氧化碳噬纤维菌电泳图形未见有特殊意义的差别,因此本文认为ＳＤＳ－ＰＡＧＥ可以灵敏地区别二氧化碳噬纤维菌种内菌株间的差异,对种内细菌的进一步分型有一定价值。     

蛭弧菌类菌株JU-PX1的生物学特性和16S rDNA序列分析

[目的]研究蛭弧菌类菌株JU-PX1的噬菌特性、形态特征,并分析16S rDNA序列从而对其进行种属鉴定.[方法]采用双层平板法和三角瓶培养法研究蛭弧菌类菌株JU-PX1的噬菌特性,通过光镜和电镜观察其形态,利用16S rDNA序列的蛭弧菌类特异性引物以及细菌通用引物进行PCR扩增.[结果]JU-PX1对10株宿主菌中的6株具有噬菌作用,特别对大肠杆菌和副溶血弧菌侵噬能力较强.菌体呈弧状或杆状,单极鞭毛,大小为(0.2-0.5) μm×(0.8-1.2) μm,在其增殖阶段也有长约3.2 μm的较长个体.扩增后分别获得了一段长为831 bp和1 515 bp的DNA序列,进一步通过NCBI BLAST和MEGA 5.10等软件分析并构建了系统发育树.[结论]蛭弧菌类菌株JU-PX1属于噬菌弧菌属(Bacteriovorax),与海岸噬菌弧菌(Bv.litoralis)亲缘关系最近,两者的16S rDNA序列相似性为93％.     

二氧化碳噬纤维全菌蛋白SDS—PAGE技术鉴定的研究

本文对不同菌株二氧化碳噬纤维菌的全菌蛋白采取ＳＤＳ－ＰＡＧＥ结合考马斯亮兰染色和染色两种染色方法进行初步研究,结果表明二氧化碳碳噬菌临床分离株和参考菌株间各临床分株间泳图图形存在差异。     

16S rDNA文库法分析甜菜夜蛾中肠共生菌组成

昆虫共生菌在宿主昆虫的生长、发育及适应环境方面具有重要作用。因此,本文利用16S rDNA文库随机测序法分析了甜菜夜蛾Spodoptera exigua(Hübner)初孵幼虫和1日龄整个虫体、3龄幼虫中肠和5龄幼虫中肠的细菌菌群组成,以探究甜菜夜蛾共生菌可能存在的作用。结果显示,在甜菜夜蛾中发现了12种共生细菌,其中有1种共生细菌只能鉴定到伯克氏菌目Burkholderiales;有3种可以鉴定到科,分别是丛毛单胞菌科Comanonadaceae、肠杆菌科Enterobacteria和草酸杆菌科Massilia;剩余8种均可以鉴定到属,分别是不动杆菌属Acinetobacter、噬酸菌属Acidovorax、噬氢菌属Pelomonas、埃希氏菌属Escherichia、柠檬酸杆菌属Citrobacter、肠球菌属Enterococcus、丛毛单胞菌属Cruvibacter和肠杆菌属Enterobacter。在得到的571条有效序列中,不动杆菌属Acinetobacter相对丰度最高,占72.3%,属于优势共生菌。其次是噬氢菌属Pelomonas和噬酸菌属Acidovorax分别占12.8%和5.6%,剩余种类的相对丰度均低于5%。本研究结果证明甜菜夜蛾中存在多种共生细菌,且其种类和相对丰度随甜菜夜蛾生长发育呈动态变化。其中不动杆菌属Acinetobacter作为优势共生菌具有对多种抗生素天然耐药性的重要特征,这为研究甜菜夜蛾为何易产生较强抗药性的机理提供了新思路,也为甜菜夜蛾的微生物防治研究奠定了基础。     

细菌的噬菌体感染抗性机制

噬菌体广泛存在于生态环境中。细菌在与噬菌体长期的共进化过程中,衍化出了多种针对噬茵体感染的抗性机制。我们从宿主菌的抑制吸附、阻止噬菌体DNA注入、切断噬菌体DNA和影响其功能及流产感染等方面,对宿主菌抵抗噬菌体感染的机制进行了综述。     

青少年牙周炎细菌病因学研究

应用选择和非选择性培养基的方法,采集了43名青少年牙周炎患者,31名龈炎患者和13名牙周健康者的303个龈下菌斑标本进行了放线共生嗜血杆菌、嗜二氧化碳噬纤维菌和产黑色素类杆菌的分离培养。结果表明:放线共生嗜血杆菌、嗜二氧化碳噬纤维菌在青少年牙周炎组的检出率显著高于其它     

新型噬菌体表面呈现载体的构建

作为抗体库筛选的一个有效方法,噬菌体表面呈现技术在单链抗体的研制和中得到广泛的应用。以噬菌粒pCANTAB5E和pHB为基础。利用PCR和DNA重组方法,构建了一个新型的用于单链抗体噬菌体表面呈现的噬菌粒载体,随后用一株对大肠杆菌细胞有毒性的人源化单链抗体（1HSCFV）对其呈现单链抗体的效果进行了初步的评价。结果表明新型噬菌粒系统具有更好的呈现能力。     

非典型痢疾菌株的研究

在灰色链丝菌噬菌體530-P的研究中,进行了精制及有关方面的研究。除确定了放线噬菌體的培养最適宜的培养基和接种期外,又确定了它封温度的抵抗力,得知较一般微生物为强,在58。C保持3小时,其浓度不变。因此碓定提纯电工作可以在室温中道行,噬菌髓適宜的pH鲍国较广(在pH 415—10．0),以pH 7．O为最適宜,这耠提纯工作创造了有利条件。放线噬菌髓530—P培养液艇通遇滤、硫酸敛盥析、胰蛋白酶清化,再用流水透析法去鹽,最後以冷冻冻乾燥法得到白色棉絮状燕定形物。总收得率为60．8％。精裂品经过分析,得到每个放线噬菌髓髓重为1．15×10-12毫克,含氮量为2．8×10-13毫克,即噬菌體含氮量属19．O％,这说明噬菌髓是由核蛋白質棒成的。     

湿疹患儿肠道菌群高通量测序初步探索

目的为了解湿疹患儿肠道菌群的结构与湿疹之间的关系,通过对湿疹患儿和健康儿童粪便样本细菌总DNA提取,利用高通量测序技术,比较健康儿童和湿疹患儿肠道菌群的异同。方法 10例年龄在2个月~2岁婴幼儿由皮肤科门诊确诊为湿疹伴有过敏性疾病家族史作为研究对象,年龄和性别相当健康儿童10例作为对照,分别收集其粪便标本并提取所有样本中细菌的总DNA,对16SrRNA基因进行高通量测序,获得两组的肠道菌群结构数据并进行菌群差异性分析。结果通过Roche 454高通量测序,两组肠道微生物菌群多样性指数比较差异无统计学意义。两组主要由Firmicutes(厚壁菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门)4个门组成;两组在门水平上进行菌群结构比较,差异无统计学意义。两组样本在属水平上共获得200个不同属的细菌,其中Bacillus(芽孢杆菌属)、Bilophila(噬胆菌属)、Christensenella(纺锤状细菌属)、Coprobacillus、Eikenella(艾肯菌属)、Enterobacter(肠杆菌属)、Eubacterium(真杆菌属)、Lactococcus(乳球菌属)、Megamonas(巨单胞菌属)、Leuconostoc(明串珠菌属)、Morganella(摩根菌属)、Rhizobacter(根杆菌属)、Proteus(变形菌属)、Sutterella(萨特菌属)、Veillonella(韦荣球菌属)、Akkermansia、Anaeroglobus、Anaerotruncus、Butyricicoccus、Epulopiscium、Gordonibacter、Lachnospiraceae uncultured、Robinsoniella和Varibaculum共24个属在两组间差异具有统计学意义。结论湿疹患儿肠道菌群与健康儿童相比,菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)未见明显差异,但在菌群结构上发生了一些变化,某些特别的细菌菌属存在显著性差异。     

极端嗜盐多形性古菌病毒HRPV13的分离鉴定及生物学特性

【背景】与感染细菌和真核生物的病毒相比,目前发现的古菌病毒数量很少,但是却展现出形态多样性。因此,分离和鉴定新的古菌病毒具有重要意义。【目的】为了进一步了解古菌病毒的多样性,我们从青海省翡翠湖水样中分离到一株新的嗜盐古菌病毒株,研究其生物学特性并进行分类。【方法】首先通过挑取单菌落法分离嗜盐古菌,通过噬菌斑法获得嗜盐古菌病毒,PEG 6000两步沉淀法和CsCl密度梯度离心对病毒颗粒进行浓缩和纯化,用醋酸双氧铀对病毒负染染色,在透射电镜下观察病毒形态,提取病毒基因组后进行测序并进行生物信息学分析,以三氯乙酸法制备病毒蛋白样品并进行SDS-PAGE分析,分别用考马斯亮蓝和苏丹黑B染色并观察其蛋白和脂质条带。【结果】在以Halorubrum属极端嗜盐古菌K2菌株为敏感菌的双层平板上分离到了一株嗜盐古菌病毒,其噬菌斑为浊斑,透射电镜下呈多形性包膜病毒状,直径60 nm左右;含有9333bp大小的双链环状DNA基因组,与已报道的β多形包膜病毒属(Betapleolipovirus)的HRPV11、HRPV12和HRPV10具有约75%的一致性,是该属的一个病毒新种。根据形态及基因组特征,将其归...     

孕晚期GDM孕妇阴道菌群与阴道上皮细胞的自噬和应激水平的相关性

目的探究孕晚期妊娠期糖尿病(GDM)孕妇阴道菌群与阴道上皮细胞的自噬和应激水平的相关性。方法选取陆军军医大学第一附属医院2018年9月至2019年1月诊断及治疗的孕晚期GDM孕妇23例作为GDM组,选取同时段、同年龄段产检正常的孕妇23例作为对照组。对两组孕妇阴道菌群及自噬和应激水平进行检测,使用Pearson相关性分析探究菌群指标与自噬和应激水平间的相关性。结果两组阴道细菌构成存在差异,GDM组在毛螺菌科、双歧杆菌目、普雷沃菌属、詹氏乳杆菌、双歧杆菌科、加德纳菌属的相对丰度大于对照组,对照组在乳杆菌属、卷曲乳杆菌、惰性乳杆菌、假单胞菌目、假单胞菌属、气球菌科的相对丰度大于GDM组。GDM组p62相对表达量显著低于对照组(t=3.903,P0.001),hsp70相对表达量显著高于对照组(t=5.704,P0.001)。Pearson相关性分析结果显示,双歧杆菌目、加德纳菌属与p62水平呈显著负相关(r=-0.407、-0.482,P=0.009、0.002),双歧杆菌科与hsp70呈显著正相关(r=0.448,P=0.004);乳杆菌属与p62呈显著正相关(r=0.437,P=0.011),与hsp70水平呈显著负相关(r=-0.475,P=0.005)。结论孕晚期GDM孕妇阴道菌群与阴道上皮细胞自噬和应激水平存在一定相关性。     

唾液菌群特征分析对儿童龋齿复发的预测价值

目的探究唾液菌群特征对儿童龋齿复发的预测价值。方法收集2017年1月至2018年1月在中铁十七局集团有限公司中心医院诊断及治疗的龋齿患儿94例,在进行龋齿治疗后第4周搜集唾液样本,并根据12个月后的龋齿发生情况分为复发组及未复发组,对比两组微生物检测结果,并使用ROC曲线评估微生物指标对龋齿复发的预测效能。结果本研究随访结束时,龋齿复发23例(25.84%)。龋齿复发与未复发组的唾液微生物组成存在显著差异:复发组的变形链球菌(Streptococcus mutans)、内氏放线菌(Actinomyces naeslundii)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、二氧化碳噬纤维菌属(Capnocytophaga)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、放线菌属(Actinobacillus)的相对丰度显著高于未复发组(均P<0.05),未复发组在纤毛杆菌属(Leptotrichia)、奈瑟氏菌属(Neisseria)、链球菌属(Streptococcus)的相对丰度显著高于复发组(均P<0.05)。纤毛杆菌属、内氏放线菌、普雷沃氏菌属、变形链球菌载量预测龋齿复发的AUC值分别为0.753、0.715、0.680、0.940,其中变形链球菌的AUC值显著高于其他三种菌属(均P<0.05)。结论分析唾液菌群对儿童龋齿的复发具有一定的预测价值,其中变形链球菌的预测效能较好。     

健康青少年口腔正常菌群的初步研究

本文采用非选择性培养基对22名健康青少年的唾液、沟裂菌斑、龈上菌斑及龈下菌斑中的需氧菌、兼性厌氧菌及专性厌氧菌进行了分离培养,并计算其在不同标本中占可培养菌的百分比及检出率。结果共分离到包括18个菌属的35种细菌。其中,链球菌、放线菌、奈瑟氏球菌、二氧化碳噬纤维菌、类杆菌、梭杆菌,奴卡氏菌及棒状杆菌在口腔4个部位的检出率及所占比例均较高,是健康青少年口腔中的优势菌群.通过比较还发现,其中一些菌在口腔4个部位的分布存在一定差异.本文还采用刚果红负性染色涂片法,镜下观察龈上、龈下菌斑中的螺旋体,并计算其相对比例.结果龈下菌斑中螺旋体的相对比例明显高于龈上菌斑.     

基于高通量测序的4种硝化细菌富集培养物微生物群落结构分析

【目的】比较分析4种硝化细菌富集培养物(以铵盐为氮源的淡水富集物A、以亚硝酸盐为氮源的淡水富集物B、以铵盐为氮源的低温淡水富集物C和以亚硝酸盐为氮源的海水富集物D)的微生物群落结构与组成。【方法】分别提取样品的总DNA,采用高通量测序技术,分析微生物群落的组成、丰度和多样性。【结果】在不同微生物的分类水平,4个样品共检测到24门47纲129属。4个样品的优势菌门均为变形菌门;样品A、B、C的优势菌纲为β-变形菌纲和γ-变形菌纲,样品D的优势菌纲为γ-变形菌纲、δ-变形菌纲和芽孢杆菌纲;而优势菌属各不相同,其中样品A为亚硝化单胞菌属(24.56%),样品B为链霉菌属(7.15%),样品C为噬菌弧菌属(19.36%)和类诺卡氏菌属(19.35%),样品D为嗜酸菌属(13.6%)和柄杆菌属(11.5%)。共检测出7种具有硝化功能的细菌,其中样品A、B和D中主要是亚硝化单胞菌属,占比分别为24.56%、4.94%和0.63%,样品C主要为Nitrospirillum(0.69%)和硝化螺旋菌属(0.69%)。此外在样品中还检测到红灯食烷菌、羽扇豆根瘤菌等有益菌,以及弧菌属、伯克霍尔德菌等致病菌。【结论】阐述了4个样品微生物群落结构的多样性,确定了不同培养物中起主要作用的硝化细菌类群以及其它与环境物质循环相关或具有特殊生理特性的菌群,研究结果为硝化细菌富集培养物的实际应用奠定了基础。     

新型多价大肠埃希菌噬菌体285P生物学特性研究

筛选多价大肠埃希菌噬菌体,确定其宽噬宿主谱、形态大小及核酸类型等基本特征,为应用于环境微生物消毒奠定基础。应用双层琼脂平板法确定多价噬菌体的宿主谱;透视电镜观察形态结构;提取核酸,并利用分光光度法和核酸酶(DNase、RNase A及S1)酶切的方法对核酸进行鉴定;SDS-PAGE电泳分析噬菌体膜蛋白。大肠埃希菌BL21、DH5α、JM109为噬菌体285P的宽噬宿主;电镜下呈微球型,边缘光滑,短尾,颗粒直径约81 nm;分光光度法及核酸酶切法均证实核酸为双链DNA;膜蛋白略小于43 ku。噬菌体285P对多株大肠埃希菌具有宽噬作用,对环境中微生物的控制具有潜在的应用价值。     

麻疹病毒属相关自噬的研究进展

自噬是一种复杂的细胞内生物学过程,受众多基因调控,存在复杂的调控网络,在不同组织器官、生理和病理状态所起的作用也不同。对20多个病毒科的50多种DNA或RNA病毒的研究发现自噬是把双刃剑,但在研究麻疹病毒属病毒自噬相关内容时发现自噬有利于病毒的复制与传播,并且H和F蛋白在麻疹病毒属诱导自噬方面发挥着重要作用。麻疹病毒能够通过RNA病毒诱导自噬的关键调控分子IRGM诱发自噬,并且CD46作为麻疹病毒属的受体分子,在诱导自噬发生方面发挥了至关重要的作用。此外,麻疹病毒属病毒诱发的自噬与其引起的免疫抑制之间可能存在密切关系。本文为麻疹病毒属的免疫学研究提供了参考。