黄瓜育成品种"春玉"RAPD指纹图谱分析

从300条随机引物中筛选出能稳定扩增的26个引物．对黄瓜育成品种“春玉”等21个实验材料进行扩增,在扩增出的173条谱带中,多态性带有80条,比例为46．24％。“春玉”在用引物E13扩增时有特异缺失条带,大小为400bp,可作为特征性指纹图谱,为其产权保护提供分子依据。利用各材料的DNA指纹可将不同参试材料鉴别出来。同时利用MEGA软件进行UPGMA聚类分析,将参试材料在相似系数0．706处分为4个组群。     

中国鸭茅主栽品种DNA指纹图谱构建

利用SSR标记和SCoT标记构建了我国主栽的21个鸭茅品种的DNA指纹图谱。从180对SSR引物和80个SCoT引物中,筛选出多态性高、谱带清晰的SSR引物和SCoT引物各24个。24对SSR引物在供试材料中共检测到186个条带,其中多态性条带为175个,品种特异条带6个,平均多态性比率94.03%,多态性信息量均值0.845,Shannon指数变幅0.4479~0.6549,基因多样性指数变幅0.2946~0.4633,可鉴别的品种数2~21个;利用24个SCoT引物在供试材料中共检测到321个条带,其中多态性条带为249个,品种特异条带6个,平均多态性比率76.33%,多态性信息量均值0.907,Shannon指数变幅0.2588~0.6329,基因多样性指数变幅0.1695~0.4451,可鉴别的品种数1~21个;5对SSR引物和5个SCoT引物在10个品种上具有唯一特征谱带,最终综合各项指标筛选出5个引物(A01E14、A01K14、B03E14、D02K13和SCoT23)上的37个条带用于鸭茅品种DNA指纹图谱构建,数据库中每个品种均具有唯一DNA指纹编码,构建的DNA指纹数据可用于鸭茅品种真伪鉴定,为品种权保护提供了科学依据。     

DNA指纹技术新进展

DNA指纹技术从原理上可以分为两大类:即传统的以Southern杂交为基础的RFLP技术和以聚合酶链式反应(PCR)为基础的一系列分子标记技术。RFLP需要样品DNA的量较大,对微量被测样品无能为力。至于与PCR相结合的RAPD、AP-PCR和DAF等技术则由于引物相对较短,对实验条件非常敏感,每一轮实验都需要筛选最合适的反应体系,增加了实验周期和复杂度。近几年新出现的AFLP(Am-pilified Fragment Length Polymorphism)、LP-RAPD(Long Primer RAPD)和DALP(Direct     

DNA指纹图谱鉴别双歧杆菌的研究

采用RAPD技术选用10条引物对7种9株双歧杆菌基因组DNA进行PCR扩增,根据在优化条件下所得DNA指纹图谱分析了双歧杆菌菌株的遗传多样性,并构建了相似性指数矩阵和树状图.结果表明,不同序列的随机引物可扩增不同形式的RAPD图谱,但并非所有图谱都具有分类学意义,其中引物S256对双歧杆菌种及同种不同菌株均具有良好的区分能力,由该引物扩增的RAPD图谱计算出的相对性指数矩阵以及由此构建的聚类树状图均能正确地反映出双歧杆菌的系统发育关系,同时对RAPD图谱作为工业双歧杆菌分子标记的可能性进行了探讨.     

莲品种DNA指纹图谱的构建

为了克服单纯依据形态特性鉴定品种的局限性, 我们开展了莲品种DNA指纹图谱构建研究, 旨在对其品种的快速准确鉴定及专利权保护等起一定作用。本研究以圆明园保存的72个莲品种为实验材料, 用来自不同地点的1,409份野生莲(Nelumbo nucifera)和58份美洲黄莲(N. lutea)群体样本作遗传背景参照。从104对核微卫星引物(nSSR)中筛选出15对, 从17对叶绿体微卫星(cpSSR)引物中筛选出2对, 共17对引物作为72个莲品种DNA指纹鉴定的条码。15对nSSR引物共检测到94个等位基因(平均6.27个), 其中11个属于美洲黄莲, 65个属于野生莲, 18个不能区分; 多态信息含量(PIC)介于0.3899-0.8023之间 (平均0.5748)。2对cpSSR引物共检测到13个单倍型, 其中9个属于野生莲, 4个属于美洲黄莲。全部17对引物标记结果显示, 共有19个品种含有美洲黄莲遗传组分, 其中8个母系来源于美洲黄莲; 有36个品种(涉及12对引物)具有至少1个特有基因型; 最少8对引物组合可完全区分开68个品种。有2组共4个品种组内全部17对引物均不能区分。本研究通过核心引物组合法使68个莲品种获得特异性DNA指纹。推荐13对nSSR和2对cpSSR共15对引物作为莲品种鉴定的核心条码, 并建议将形态特征与DNA指纹相结合作为莲品种的鉴定标准。     

DNA指纹图谱法及其应用

DNA指纹图谱法是利用卫星DNA作探针,探测不同生物的卫星区,产生相应的DNA指纹图谱的杂交方法。它是八十年代中期发展起来的最新技术。短暂几年,该法得到迅速发展和完善,并在法医学、人类遗传学以及鸟类和其它哺乳类的遗传研究中得到广泛应用。     

DNA指纹术的研究进展

ＤＮＡ指纹术的研究进展奇云一、ＤＮＡ指纹图的发现与发展遗传分析需要有遗传标记。遗传标记是指生物体的某些性状或物质,它们能够稳定地遗传且遗传方式简单,可用以反映生物个体或群体的特征。直到７０年代后期,利用的遗传标记主要为生物的各种外部表现性状、生理缺陷...     

DNA指纹图谱法在哺乳动物和鸟类遗传研究中的应用

DNA指纹图谱法(DNA fingerprinting)是1980年中期发展起来的一种新的实验方法。短暂的几年,该方法得到迅速发展和完善,并在鸟类、人类和其它哺乳动物的遗传研究中得到广泛应用。 在人类染色体中,含有许多分散的具有串联重复单位的微小卫星区(minisatellite)。在这些区域中,由于重复单位的数目和重复拷贝数的等位性不同,所以许多卫星区表现出高度多态性(high polymorphism)。1985年,Jeffreys等人发现,这些区域可通过一种10—15碱基对的核心序列来检测。他们从人肌红蛋白基因的卫星区分离出单一重复单位,该重     

甘薯质体遗传方式的DNA指纹图谱分析

用DNA指纹图谱分析了甘薯（Ipomoea batatasLam.)徐薯18和AB78-1品系及它们的正反交子代叶绿体DNA,结果显示子代叶绿体DNA指纹均与母本相同,而未发现与父本或双亲相同的指纹图谱,因此在该杂交组合中质体遗传方式为母系遗传,这个结论与先前根据细胞学研究所推测的甘薯质体遗传试不同。表明旋花科植物可能并不存在一个一致的父系或双亲质体传递模式。DNA指纹图谱分析用于质体遗传的研究尚未见报道,本文对其优越性进行了讨论。     

甘薯质体遗传方式的DNA指纹图谱分析

用DNA指纹图谱分析了甘薯(Ipomoea batatas Lam.)徐薯18和AB78-1品系及它们的正反交子代叶绿体DNA,结果显示子代叶绿体DNA指纹均与母本相同,而未发现与父本或双亲相同的指纹图谱,因此在该杂交组合中质体遗传方式为母系遗传.这个结论与先前根据细胞学研究所推测的甘薯质体遗传方式不同,表明旋花科植物可能并不存在一个一致的父系或双亲质体传递模式.DNA指纹图谱分析用于质体遗传的研究尚未见报道,本文对其优越性进行了讨论.     

SRFA法构建水稻DNA指纹图谱

水稻基因组DNA用PstⅠ酶切同时与人工接头连接后,使用选择性引物进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测所构建的水稻DNA指纹图谱。结果表明在JX17和ZYQ8间以及5种野生稻间均存在DNA多态性片段。     

花莲种质资源的遗传多样性及品种间亲缘关系的探讨

利用17个随机引物对来自中国和美国的29份花莲种质资源材料进行了RAPD分析。扩增形成207条谱带,多态带122条,多态率为58．94％。说明中国花莲具有较丰富的遗传多样性。结果还显示：（1）花莲种质资源可被分为2个品种群：品种群Ⅰ以大花型为主,少量小花型。品种群Ⅰ以中小型花为主。又在欧氏遗传距离11．01处分为7个亚品种群。（2）美洲黄莲与中国莲的花莲之间在DNA水平上没有显著差异,与中小型花关系更近。     

西双版纳小耳猪DNA指纹分析

采用ECL核酸直接标记和检测试剂盒,以HRP标记JL-02多位点探针,对云南版纳小耳猪的HinfI或HaeⅢ酶切图谱进行Southern杂交,以化学发光法进行检测,获得了清晰可辨的、具有高度多态性的DNA指纹图谱.大于2kb的谱带数在13～17条之间,JB亚系内805、807家系和JS亚系内111、121、133、151家系不同个体间的相似系数分别为0.92±0.04、0.85±0.13、0.86±0.02、0.80±0.05、0.84±0.09、0.88士0.08,显著高于家系间的相似系数.JB亚系内的805家系和JS亚系内的151家系不同个体间的相似系数最大,分别为0.92和0.88,说明其近交程度较高,个体间差异较小,均一性较强.另外,JB亚系内的805与807两个家系不同个体猪在11.5kb处,均有一条区别于其他家系的特有图带,其是否是导致JB亚系体型较大的特异性基因座,有待进一步研究。 Abstract:Clearly and highly polymorphic DNA fingerprints from Banna miniature pig were obtained by Southern hybridization with a nonisotopieally HRP(Horseradish peroxidase)labelled multiloci minisatellite probe JL-02,the fragment number of which were ranged from 13 to 17.The similarity coefficient of various individuals from family “805”,“807” in substrain JB and family “111”,“121”,“133”,“151” in substrain JS was 0.92 + 0.04,0.85 + 0.13,0.86 +- 0.02,0.80 +0.05,0.84 + 0.09,0.88 + 0.08,which is higher than that bet ween families(0.46~0.65).Furtherly,similarity coefficients of family “805” in substrain JB and family “151” in substrain JS were 0.92 and 0.88 respectively.This showed that the two families have the higher inbreeding degree,smaller genetic difference,among individuals and the better homogeneity.In addition,all individuals from family 805,807 in substrain JB have a unique fragment different from other individuals from other families,which is abount 11.5kb long.This suggested that this may be the gene resulted in large bodyweight of substrain JB,further research is necessary to be conducted.     

(GTG)5探针产生的DNA指纹图在近交系小鼠遗传检测中的应用

目的探讨用非放射性标记的寡聚核苷酸探针(GTG)5进行近交系小鼠的DNA指纹分析。方法用非放射性标记的寡聚核苷酸探针(GTG)5制作BALB/c、C57BL/6J、DBA/2、C3H近交系小鼠的DNA指纹图,对这四个品系的小鼠进行遗传检测,分析各品系内和品系间的遗传变异性。结果(GTG)5探针可产生具有良好多态性的DNA指纹图,平均图带数为8~12条。各品系内的DNA指纹图平均相似系数(-x)在0.96~1.00的范围内,具有相同指纹图的概率(P)均在3.1×10-1以上,极显著地高于品系间的相似系数(0.22~0.39)和相同指纹图的概率(P<1.07×10-4)。结论(GTG)5可用于制作近交系小鼠的DNA指纹图以对其进行遗传检测。     

大豆疫霉菌一个DNA指纹分析重复序列探针的鉴定

【目的】大豆疫霉菌指纹分析的建立和黑龙江与新疆大豆疫霉菌群体的群体遗传分析。【方法】利用生物信息学方法寻找大豆疫霉菌(Phytophthora sojae)的中度重复序列,并对黑龙江和新疆大豆疫霉菌进行DNA指纹分析。【结果】分析得到一个中度重复序列,定名为PS1227。Southern blot分析表明PS1227在大豆疫霉菌基因组中约有34条可辨的介于1.5-23kb之间的杂交条带,其中21个杂交条带在49个供试菌系中表现多态性。单游动孢子分析表明PS1227指纹特征在病菌无性生殖阶段表现稳定。利用PS1227标记,本实验发现采自黑龙江HP4002、SY6和GJ0105菌系分别与新疆的DW303、71228和71222菌系具有完全相同的指纹特征。【结论】获得一个可用于大豆疫霉菌流行学和群体生物学研究的指纹分析序列PS1227,在分子水平证实了新疆大豆疫霉菌可能由黑龙江传入。     

用DNA指纹图技术分析Wistar大鼠的遗传距离

采用JL-02多位点探针和Southern杂交对Wistar大鼠基因组进行了DNA指纹分析,并对国内最具有典型的6个地区9个Wistar大鼠群体内和群体间进行了DNA指纹分析比较。结果表明,DNA指纹图较好地反映了封闭群动物的遗传本质,具有良好的多态性。同一群体不同个体间Wistar大鼠遗传距离主要为0.2~0.6,将不同群体的Wistar大鼠DNA指纹图带进行分析表明,所有群体间的DNA指纹图的遗传距离在0.2~0.7。 Abstract:DNA fingerprinting of Wistar rat were studied with JL-02 Mulilocus probe and Southern hybridization,and comparing with different individuals of nine groups Wistar rat from six national classical area and different groups.It was indicated that DNA fingerprinting could reflect genetic material of outbred strain rat,and were more polymorphic.The genetic distances of Wistar rat were distributed for 0.2~0.6 among different individuals within same groups,and the genetic distances of Wistar rat were distributed for 0.2~0.7 among different groups．     

Genetic Diversity Analysis of Nelumbo Accessions Based on EST SSR Markers

EST-SSR markers were applied to estimate the genetic diversity for 30 accessions of Nelumbo nucifera, 6 accessions of Nelumbo lutea and 14 hybrids between these two species. The 52 of 123 EST SSR markers (423%) were screened and then applied to amplify the 50 Nelumbo accessions. A total of 177 alleles were identified, and the number of alleles per locus and Polymorphic Information Content (PIC) value varied from 2 to 8 with an average of 34 alleles and from 063 (NNFB 1059) to 091 (NNFB 750) with an average value of 079, respectively. Jaccard similarity coefficients of the amplification results were analyzed by NTSYS pc2.11 software and the genetic similarity coefficient was from 024 to 086. The clustering dendrogram constructed by UPGMA method indicated that 50 accessions of Nelumbo could be divided into four major groups at the similarity coefficient of 037. Group I and group II included Nnucifera; group III included the majority of Asian American lotus hybrids; and group IV included Nlutea. In addition, the Asian American hybrids were closer to Nnucifera based on genetic relationship, which is consistent with the traditional classification result and the previous reports.     

Enhanced detection of polymorphic DNA by multiple arbitrary amplicon profiling of endonuclease-digested DNA: identification of markers tightly linked to the supernodulation locus in soybean

Multiple endonuclease digestion of template DNA or amplification products can increase significantly the detection of polymorphic DNA in fingerprints generated by multiple arbitrary amplicon profiling (MAAP). This coupling of endonuclease cleavage and amplification of arbitrary stretches of DNA, directed by short oligonucleotide primers, readily allowed distinction of closely related fungal and bacterial isolates and plant cultivars. MAAP analysis of cleaved template DNA enabled the identification of molecular markers linked to a developmental locus of soybean (Glycine max L. Merrill). Ethyl methane sulfonate (EMS)-induced supernodulating, near-isogenic lines altered in the nts locus, which controls nodule formation, could be distinguished from each other and from the parent cultivar by amplification of template pre-digested with 2–3 restriction enzymes. A total of 42 DNA polymorphisms were detected using only 19 octamer primers. In the absence of digestion, 25 primers failed to differentiate these soybean genotypes. Several polymorphic products co-segregated tightly with the nts locus in F₂ families from crosses between the allelic mutants nts382 and nts1007 and the ancestral G. soja Sieb. & Succ. PI468.397. Our results suggest that EMS is capable of inducing extensive DNA alterations, probably around discrete mutational hot-spots. EMS-induced DNA polymorphisms may constitute sequence-tagged markers diagnostic of specific genomic regions.     

大豆灰斑病菌DNA指纹图谱初步分析

大豆灰斑病菌具有明显的生理分化现象,鉴定病菌生理小种对于培育和推广抗病品种具有重要意义。从大豆灰斑病菌一毒力较强菌株的DNA基因组文库中筛选出2个含重复顺序的克隆,并用其对16个菌株的基因组DNA进行了Southern分析,获得了基因组特异的指纹图谱,对指纹图谱和毒力间的关系进行了初步比较。     

中国南瓜海南农家品种间的遗传特异性分析和DNA指纹图谱构建

在收集中国南瓜海南农家品种的基础上,本研究应用ISSR和SRAP标记技术对28份海南农家品种间的遗传特异性进行了分析,并构建指纹图谱,为中国南瓜海南农家品种鉴定、评价、保护和利用提供科学依据。结果表明,所供试的品种间存在显著的遗传特异性,具有特殊的遗传基础或背景,所筛选的6个ISSR引物和11对SRAP引物共产生了10个特异标记和11条唯一缺失带;应用ISSR引物组合UBC807/UBC814/UBC844/UBC868和UBC808/UBC814/UBC844/UBC868,以及SRAP引物组合Me1/Em2 Me1/Em10 Me2/Em3和Me1/Em1 Me1/Em10 Me8/Em3分别绘制了四张28份中国南瓜海南农家品种的DNA指纹图谱,所构建的DNA指纹图谱直观、简单。ISSR标记和SRAP标记技术可有效应用于中国南瓜海南农家品种DNA指纹图谱的构建和遗传特异性鉴定。