核酸碱基组分与毛霉目的分类

本文对毛霉目中6科16属40个种共60株真菌DNA的G+C含量与分布作了系统的研究。在提取DNA时选用了Storck等人在Marmur提取细菌DNA方法基础上发展起来的真菌DNA提取法,经过一些修改后成功地提取了毛霉目真菌的DNA。经该法提取的DNA片段长、纯度高,在热变性时DNA的增色效应一般都大于35%。各个种的GC含量大致有一固定值。根据所测毛霉目16属各属真菌的平均GC含量,可将它们分为明显的三组:Gongronella, Haplosporangium, Mortierella及Syncephalastrum为一组,GC含量最高为46.0-49.8%; Cunninghamella单独成一组,GC含量最低只有28.8%;其他各属包括Absidia, Mucor, Rhizopus等GC含量介乎这两组之间,分布于34.9-41.9%。这一次序除Helicostylum与Circinella的数值低于他人的报道外,其余和文献报道值一致。一般属内GC含量变化小于10%,种内变化小于2%。所测得的G+C mol%对分Syncephalastrum monosporum Zheng et al.和Mortierella ramanniana (Moeller) Linneman的合理归属提供了佐证。对某些所测结果与文献报道值有出入的原因作了讨论和分析。对采用Mandel等1970年建议的公式GC=(Tm 0.1×SSC/50.2)-0.990来计算GC含量的依据也作了讨论。     

应用MPV—2型显微分光光度计测定真菌分生孢子细胞核的DNA含量

准确测定真菌分生孢子细胞核的DNA含量,是研究真菌遗传学和细胞化学的重要手段。过去,测定真菌孢子细胞核DNA含量的方法,大多采用常规的生物化学方法,通过提取孢子内的DNA物质,进行测定。但是,这种测定方法对真菌来讲,往往由于难以准确核计被测定孢子的数目,且提取孢子内的DNA步骤繁     

应用反向线点杂交技术鉴定临床常见曲霉属和毛霉目真菌

目的应用反向线点杂交技术(reverse line blot hybridization,RLB)快速鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌。方法收集我院真菌和真菌病研究中心保存的5种曲霉菌(烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉、构巢曲霉)和7种毛霉目真菌(冻土毛霉菌、总状毛霉菌、卷枝毛霉菌、少根根霉、小孢根霉、微小根毛霉、伞状犁头霉),共计98株菌株。利用真菌通用引物ITS1和ITS4对菌株进行PCR扩增,用12个真菌种特异性探针与扩增后产物进行反向线点杂交。将RLB结果与真菌传统形态学鉴定结果、ITS区DNA测序结果进行比较。结果 RLB可以正确鉴定98株实验菌株,与形态学方法和ITS区测序方法鉴定结果100%一致,种特异性探针之间未见交叉杂交,显示出该方法的高度敏感性和特异性。8株阴性对照菌株(白念珠菌、茄病镰刀菌、尖端赛多孢、马尔尼菲青霉、疣状瓶霉、棒曲霉、日本曲霉以及雅致小克银汉霉),使用RLB方法无法鉴定。通过烟曲霉基因组DNA浓度10倍倍比稀释法验证RLB的敏感性为1.8×10-3 ng/μL。结论 RLB技术为实验室早期快速诊断、鉴定临床常见的曲霉属和毛霉目真菌提供参考。     

一种简便、快速、高效适合PCR的真菌DNA提取方法

目的探索一种新的真菌DNA提取方法,该方法操作简便,提取效率高,耗时较短,应用范围广。方法将酶消化和Chelex-100提取DNA方法联合起来,配制一种新的DNA提取试剂。通过真菌ITS4和ITS5通用引物进行PCR,对新的DNA提取试剂同市售的Takara lysis buffer在DNA提取方面的效能进行评价,同时对DNA浓度和纯度进行测定。结果实验所用34株真菌,自配试剂成功提取出32株真菌DNA;Takara lysis buffer成功提出27株真菌DNA。对于两种方法都没能提出DNA的2株真菌,经液氮研磨破壁后,自制试剂均成功提取;而Takara lysis buffer仅成功提取DNA 1株。结论同市售试剂Takara lysis buffer比较,自配DNA提取液提取DNA质量相对较高,可用于临床常见感染真菌的PCR诊断。对于某些真菌,提取DNA之前先进行菌体破壁是必要的。     

我国VA菌根真菌的两个新记录种

<正> VA菌根真菌是与植物共生形成泡囊——丛枝状菌根的一类真菌,原属接合菌纲(Zygomycetes)毛霉目(Mucorales)、内囊霉科(Endogonaceae)。Moreau将内囊霉科升级为内囊霉目(Endogonales),但没有拉丁描述。Benjaminc对内囊霉目进行了拉丁描述,使这一目得以合法化。内囊霉目下仅内囊霉科一个科。Morton & Benny根据古化石记录及VA菌根真菌形态、发育等研究结果,将VA菌根真菌从内囊霉目分出单独归为一目,即球囊霉目(Glomates),目下分两个亚目,三个科,六个属。VA菌根真菌的种类在Gerdmann & Nicolson将湿筛法用于VA菌根真菌研究后增加很快。schenck     

短花针茅荒漠草原土壤微生物群落组成及结构

为详细了解内蒙古短花针茅荒漠草原生态系统中土壤微生物群落组成与结构。对其土壤中微生物的总DNA提取后,采用高通量测序技术对土壤中细菌的16Sr DNA和真菌的ITS基因进行了序列测定,分析了短花针茅荒漠草原土壤中微生物群落结构特征。结果表明,共获得细菌OTUs13711个,真菌OTUs 5929个。物种分类显示,细菌种类隶属于29门57纲111目191科485属,其中优势类群为Gammaproteobacteria和Thermoleophilia,它们的相对丰度分别为32.68%和26.83%。真菌隶属于4门16纲45目78科105属,优势类群为Ascomycota和Basidiomycota,它们的相对丰度分别为35.76%和25.90%。土壤中细菌群落的多样性和丰富度均高于真菌。     

藤茶防腐抑菌作用的研究

以生活中常见的真菌(酵母菌、青霉菌、毛霉和黑曲霉)为实验菌种,采用水粗提法和酒精粗提法提取藤茶中的有效成分,探究藤茶对常见食品的防腐作用,以及用打孔法探究藤茶对酵母菌、青霉菌、毛霉和黑曲霉等微生物的抑制作用。实验结果表明:藤茶对酵母菌、青霉菌、毛霉和黑曲霉等具有一定的抑制作用;能延长食品腐败的时间。     

产黄酮银杏内生真菌的分离与鉴定

本研究利用组织块培养法从健康的银杏根、茎中分离得到116株内生真菌。通过显色反应、高效液相色谱(HPLC)等方法对内生真菌的代谢产物进行分析,最终筛选出2株能够产黄酮的内生真菌,利用分光光度法测定其发酵液中总黄酮产量均达到20 mg/L以上。形态学特征和真菌r DNA间隔序列(Internal Transcribed Spacer,ITS)的系统进化分析结果表明两株菌分别属于青霉属和毛霉属,其中青霉属为产黄酮银杏内生真菌的首次报道。本研究为利用微生物发酵生产黄酮类化合物奠定了良好的基础。     

曲霉所致鼻面及鼻眶脑真菌病

鼻面及鼻眶脑真菌病（rhinofacial and rhino-orbital-cerebral mycosis,ROCM）是一种病死率高的暴发性真菌感染疾病,主要由毛霉目、虫霉目、蛙粪霉目真菌引起。曲霉属真菌多引起真菌性鼻窦炎,如果侵入邻近的鼻、面、眼眶组织,真菌可能会延伸到颅底和/或神经系统,从而危及生命。由于该类感染早期临床表现缺乏特异性,误诊率可能较高;此外,对曲霉的有效抗真菌治疗与其他真菌的抗真菌治疗有很大的不同。本文对PubMed和中文文献数据库的相关文献进行了系统的Meta分析,全面总结了引起ROCM的相关曲霉菌种类、分布、危险因素、临床表现、诊断和治疗。     

云南、浙江、内蒙古禾本科植物内生真菌多样性研究

从云南、浙江和内蒙古的30属禾本科植物分离到1821株内生真菌,根据ITSrDNA系统发育分析和ITS预测真菌的阈值,将这些菌株鉴定为3门10纲34目216属,其中子囊菌门5纲26目192属,担子菌门3纲6目21属,毛霉门2纲2目3属.粪壳菌纲和座囊菌纲为主要优势纲,相对频率分别为54.8％和30.9％;座囊菌纲的格孢...     

香菇基因组高分子量DNA的提取

介绍了一种简便快速提取香菇基因组DNA的方法,该法是对提取真菌DNA的SDS和CTAB法进行改进而成,经过修改后的SDS-CTAB法可在较短时间内高效地提取香菇基因组总DNA.制备物经琼脂糖凝胶电泳检测到大于20kb的DNA主带,基本无DNA碎带;OD260/280值显示产物纯度高,完全符合AFLP分析的要求。     

药用真菌高质量总DNA的制备及基因组文库的构建

灵芝、姬松茸、灰树花等药用真菌对肿瘤、肝炎、心血管疾病等具有良好的疗效,已引起国际医学界的瞩目。现对药用真菌的研究逐渐深入到分子水平,而提取基因组DNA是进行药用真菌分子生物学研究的基本技术之一。目前适用于灵芝等担子菌纲大型药用真菌DNA提取的方法报道较少。按照曲霉等丝状真菌DNA的提取方法提取灵芝、姬松茸、灰树花的基因组DNA时,不但未能有效除去DNA的多糖,而且所得DNA片段小,构建文库时的转化率低。为此我们建立了一种快速提取高质量基因组总DNA的技术,并在此基础上探索出一种构建高质量基因组文库的方法,…     

大兴安岭地区可培养毛霉门真菌多样性与分布

为查明大兴安岭地区可培养毛霉门真菌的资源、多样性及其分布, 本研究选取9个代表市县, 采集了279份枯枝落叶、腐殖质、土壤和粪便样品, 采用稀释平板挑取法、稀释平板切块法和样品直接培养挑取法进行分离培养。通过形态初步观察鉴定, 共得到毛霉门真菌1,153株。选取代表性的菌株706株, 基于真菌分子条形码ITS rDNA进行分子系统发育多样性分析, 明确了毛霉门真菌总计3目8科10属38种。优势属为被孢霉属(Mortierella)、伞形霉属(Umbelopsis)和毛霉属(Mucor), 优势种为类变形被孢霉(Mortierella amoeboidea)、冻土毛霉(Mucor hiemalis)和深黄伞形霉(Umbelopsis isabellina)。本文同时汇总了全国已报道毛霉亚门和被孢霉亚门共计26属的分布, 分析了大兴安岭优势属和优势种在全国的分布。按三大主要生态区(东部湿润、半湿润生态区, 西北干旱、半干旱生态区和青藏高原高寒生态区)对所有属进行区域分析, 结果表明: 有9个属在3个大区都有分布; 对特有属而言, 东部湿润、半湿润生态区发现9个, 西北干旱、半干旱生态区仅有1个, 青藏高原高寒生态区未发现。     

鼻眶脑毛霉菌病16例临床病理分析

目的探讨鼻眶脑毛霉菌病(ROCM)的临床与病理特征,提高对该病的认识和病理诊断水平。方法回顾分析首都医科大学附属北京同仁医院1998～2008年16例ROCM患者的病历资料。用HE、PAS和GMS染色显示组织病变特点及真菌的形态特征,对1例石蜡组织行透射电镜观察。结果 14例(87.5%)有基础疾病,2例(12.5%)无特殊病史。死亡5例(31.3%),3例死于ROCM,2例死于原发病。CT示鼻腔鼻窦软组织密度影16例,MRI示眶内(15例)和颅内(5例)异常信号影。真菌培养7例阳性(43.8%)。组织病理:16例均见组织凝固性坏死、真菌性血管炎及肉芽肿,骨质破坏9例,外周神经纤维坏死7例。特殊染色菌丝形态均符合毛霉目真菌;透射电镜见菌丝形态不规则,菌壁电子密度高。结论 ROCM主要见于糖尿病和血液系统恶性肿瘤者,亦见于无基础疾病者。常见致病菌为根霉和毛霉。在病变组织中找到符合毛霉目真菌形态特点的菌丝可确诊。对临床症状、影像学、真菌培养及病理学表现等多方面进行综合分析可明确诊断。     

一种快速高效提取病原真菌DNA作为PCR模板的方法

真菌rDNA-ITS序列分析适合于较高等级水平的生物群体间的系统分析。真菌DNA的提取采用传统的方法,步骤繁琐,需要较长时间。采用Chelex-100法提取真菌DNA,使用PCR扩增rDNA-ITS序列评价提取核酸的质量。结果显示,该方法具有经济、简便、快速、高效的特点,是一种比较理想的提取真菌基因组DNA作为PCR模板的方法。     

泊沙康唑对临床来源接合菌的体外抗菌活性研究

目的研究泊沙康唑对临床来源的接合菌体外抗菌活性。方法对临床来源的43株接合菌采用ITS区序列分析进行准确鉴定,采用E-test纸片法研究泊沙康唑对43株菌的体外药物敏感性,观察其MIC值。结果经ITS序列分析鉴定,43株临床来源接合菌中最为常见的是小孢根霉和不规则毛霉(各12株),其次为米根霉(10株),ramosa(3株)。其他菌种分别为ornata、总状共头霉、微小根毛霉、卷曲毛霉、印度毛霉和冻土毛霉各1株。E-test纸片法测得泊沙康唑对毛霉属、根霉属和Lichtheimia spp.的MIC值范围分别为0.19～>32μg/mL、0.19～3μg/mL、0.002～0.38μg/mL,对总状共头霉和微小根毛霉的MIC值分别为1μg/mL和0.19μg/mL。结论泊沙康唑对大部分接合菌有效,不同种属MIC值范围不同,毛霉属真菌的MIC值差异较大。     

中国种子植物内生真菌资源及菌植协同进化

综述了中国种子植物内生真菌资源研究概况,比较了裸子植物和被子植物内生真菌种类,它们都具有肉座菌目(Hypocreales),粪壳菌目(Sordariales),散囊菌目(Eurotiales),毛霉目(Mucorales)及不产孢类(Myceliasterilia)内生真菌。裸子植物内生真菌涉及52个属,既包括高等的子囊菌和担子菌,也包括低等的卵菌(Oomycetes)和接合菌(Zygomycetes)类。被子植物涉及60个属,主要为高等的子囊菌(Ascomycetes)和担子菌(Basidiomycetes),低等的卵菌和接合菌报道很少。双子叶植物涉及40个属,单子叶植物内生真菌涉及30个属,两类被子植物所报道的内生真菌只有11个属相同。裸子植物与双子叶植物内生真菌相似程度较高,都具有炭角菌目(Xylariales)、格孢腔菌目(Pleosporales)、柔膜菌目(Helotiales)和白粉菌目(Erysiphales),刺盘孢菌属(Colletotrichum)、拟茎点霉属(Phomopsis)、枝孢霉属(Cladosporium)、地霉属(Geotrichum)等内真菌,共20个属相同。各类种子植物具有自己独特的一些内生真菌。还对植物与其内生真菌的协同进化关系进行了分析。     

白腐真菌总DNA提取方法的研究

白腐真菌的巨大而广谱的生物降解能力使其在“三废”治理和环境修复中具有良好的应用前景。为寻求一种简便有效的白腐真菌总DNA的提取方法,在实验中分别采用蜗牛酶法、CTAB法、SDS法和蛋白酶K法进行操作,且对提取的DNA进行紫外吸收光谱和琼脂糖凝胶电泳（AGE）检测。通过对提取的总DNA浓度、纯度、实验操作过程以及试验成本等方面的比较与分析,得出蜗牛酶法是白腐真菌总DNA提取的理想方法。     

提取北方土壤真菌DNA的一种方法

由于土壤理化性质的复杂性和真菌细胞壁结构的特殊性,从土壤样品中提取真菌基因组DNA比较困难.中国北方土壤与其它地区土壤相比有其自身的特点,因此,有必要优化一种适合于北方土壤真菌DNA提取的方法.本实验向灭菌黑土中分别投加12种在系统分类上差别较大的真菌,以传统土壤总DNA提取方法及纯菌DNA提取方法为基础,分别与蜗牛酶,纤维素酶进行组合、优化,得到7种不同的土壤真菌基因组DNA提取方法.利用真菌28S rDNA通用引物U1/U2-GC PCR-DGGE分析方法分别考察了7种不同方法所提取土壤真菌基因组DNA的多样性和代表性.结果表明:1)液氮研磨,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6 、3和1 mg·ml-1)37 ℃作用60 min,2% SDS于65 ℃裂解30 min;2)-65 ℃～65 ℃冻融3次,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6、3和1 mg·ml-1)37 ℃作用180 min,2%SDS于65 ℃裂解30 min的组合具有较好的提取效果.利用后一种方法分别对3种理化性质差异较大的中国北方自然土壤样品真菌DNA进行提取并分析,表明所提取土壤基因组DNA真菌特异性PCR-DGGE图谱条带丰富,该方法可用于多种北方土壤真菌多样性研究.     

基于rDNA ITS序列的油茶叶片内生真菌多样性研究(英文)

油茶是我国热带和亚热带地区广泛栽培的一类重要的经济树种,其种子可生产优质食用油(茶油)。为了比较全面地了解油茶的内生真菌多样性,采用基于rDNA ITS的免培养法从油茶叶片中提取了总DNA,再从总DNA样本中直接扩增了内生真菌核糖体RNA基因内转录间隔区序列(ITS),进而构建了ITS克隆文库。共计从50个克隆子中获得了22种不同的克隆序列,其中3个为嵌合体,7个归属为植物,其余克隆序列根据序列相似性和系统发育分析归为12个不同的分类操作单元(OTUs),全部为子囊菌,分属于4纲4目,其中Aspergillus属2种,Mycosphaerellaceae科1种,Sordariales目4种,Helotiales目5种,Aspergillus属真菌是优势菌。结果表明油茶叶片内生真菌的种类分布较广。