高山美利奴羊INHA基因多态性生物信息学分析及与产羔数关联分析

本研究旨在研究高山美利奴羊INHA基因外显子多态性及其与产羔数的相关性。本实验通过比对高山美利奴羊全基因组测序结果中不同个体INHA外显子,分析高山美利奴羊INHA基因的单核苷酸多态性,应用生物信息学软件分析高山美利奴羊INHA基因突变前后不同等位基因的m RNA二级结构、蛋白质的二级结构及三级结构。通过上述分析,将引起高山美利奴羊INHA编码氨基酸变化的位点作为该基因的特异性候选位点,通过直接测序法分析高山美利奴羊特异性候选位点INHA基因多态性,并分析其与产羔数的相关性。结果发现,高山美利奴羊INHA基因外显子区域存在3个SNPs,分别为T206A (Met→Lys)、T387A(Thr→Thr)、G900A (Pro→Pro);INHA基因3个SNPS都改变了RNA的最小自由能以及二级结构,错义突变T206A (Met→Lys)引起蛋白质二级结构和三级结构的改变;高山美利奴羊INHA基因T206A突变表现出3种基因型分别命名为TT、TA、AA,基因型与产羔数关联分析发现TT、TA基因型个体的产羔数极显著高于TT基因型个体(p<0.01)。本研究初步表明INHA基因是影响高山美利奴羊产羔数的一个主效基因。     

中国美利奴羊H-FABP基因多态性及其与部分肉质性状相关性的研究

利用聚合酶链式反应-单链构象多态（PCR-SSCP）技术检测中国美利奴羊(Chinese Merino)心脏型脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）外显子2的单核苷酸多态性（SNPs）和遗传多态性,分析其与肌内脂肪（IMF）含量、肌纤维直径和肌纤维密度的相互关系,为该品种绵羊的分子标记辅助选择提供理论依据。结果显示,H-FABP基因外显子2有AA、AB和BB 3种基因型,AA型和BB型在778位均发生了C缺失,939位均发生了A→G转换,BB型还在789位发生了T→C转换,该突变导致所编码氨基酸发生了缬氨酸→丙氨酸的替换;BB型为IMF的优势基因型,与AB型相比差异显著(P<0.05),与AA型相比差异极显著（P<0.01);BB型对肌纤维直径存在负相关。结果提示,中国美利奴羊H-FABP基因外显子2具有多态性,该基因可能是中国美利奴羊肉质性状的主效基因,或者与控制这些性状的主效基因相连锁。     

利用微卫星DNA标记法进行5个肉用绵羊品种的多态性分析和杂种优势率预测

研究选择了与产肉性能相关的5个微卫星标记,分析了这5个位点在杜泊、德国美利奴、特克塞尔、道塞特和右玉本地绵羊5个品种中的遗传多态性.通过遗传分析预测了4个国外引进肉用绵羊品种与右玉本地绵羊的杂种优势,并与实际测定结果进行了比较分析.结果表明,利用微卫星DNA多态性进行品种间杂种优势预测是可行的,杜泊羊与右玉本地绵羊杂交的杂种优势最大,与实际测定结果一致.     

绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾、瘦尾绵羊群体中的多态性检测及分析

为了探讨绵羊X染色体上两处SNP(59571364和59912586)与绵羊尾脂沉积性状的关系, 继而为利用分子标记辅助选择育种技术培育低脂绵羊品种提供依据, 文章以尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊、中国美利奴细毛羊以及萨福克羊为研究对象, 利用PCR-RFLP检测两位点在群体中的多态性, 并分析了两个SNP位点在阿勒泰羊群体中的单倍型。结果表明：59571364位点的TT基因型和59912586位点的GG基因型在瘦尾中国美利奴与萨福克羊群体中属于优势基因型, 而两种基因型在脂尾(臀)阿勒泰羊与湖羊群体中比率均不足2%; 两位点在阿勒泰羊群体中的单倍型分析结果显示, CA单倍型为主单倍型, 比率高达55%, CA与TA两单倍型约占88.33%。以上结果提示, 绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾(臀)与瘦尾绵羊群体中分布存在较大差异, 可作为理想的分子标记应用于高、低脂绵羊品种选育。     

細毛羊

一.细毛羊的特点今日世界各国的细毛羊品种都起源于西班牙的美利奴羊,这个品种大概是由北非和意大利的两种羊杂交而成的。当时的西班牙美利奴羊体格不大,但因其毛细,能织上等的呢绒。可是世界其他主要养羊国家,如阿根廷、秘鲁、南非联邦、乌拉圭等,也都有美利奴的足迹。我国在辛亥革命以前,开始输入美利奴羊。凡是养细毛羊的,都是直接或间接由西班牙的美利奴羊繁殖而来的。虽然到了各国,由于选种目标不同,生活条件不同,发生了若干变异,但它的基本特性还是相同的。美利奴羊的分布极广,在许多国家内都养着这种羊,可见它的适应能力是很强的。凡是羊毛细度细于60支纱的,称为细毛。一般包括60支(纤维直径23.1—25.0微米)、64支(20.6—23.0微米)、70支(18.1-—20.5微米)、80支(14.5—18.0微米),也还有更细的。细毛的优点很多,因为毛细,同样重量的毛就能纺成更多的纱,织成更多的呢。羊毛可以分为绒毛、两型毛、粗毛和死毛四种不同类型     

我国羊和猪的新品种

家畜新品种的培育是经过人们有意识、有明确选择目标和在一定环境、饲养条件下培育出来的。我国家畜新品种的形成,主要采用由国外引入的优良品种与我国生产性能较低的品种进行杂交,经过选择理想型的杂种互交、自群繁育而形成新品种。多年来我国重点培育了一批新品种。在绵羊方面有新疆细毛羊、东北细毛羊、内蒙古细毛羊、甘肃高山细毛羊、敖汉细毛羊、中国美利奴羊等。在山羊方面有关中奶山羊、崂山奶山羊等。在猪种方面有哈白猪、新金猪、东北花猪、新淮猪、上海白猪、伊犁白猪、汉中白猪、赣州白猪、北京黑猪、山西黑猪、泛农花猪、三江白猪等10余个新猪种。现扼要分别介绍以下品种:     

我国的家羊品种资源

今年是羊年 ,趁此机会 ,对我国的家羊品种资源进行简要介绍。　　羊包括家羊和野羊。家羊有两种 ,即绵羊和山羊 ,它们是不同的畜种。在动物分类学上属牛科的绵羊山羊亚科 (Caprovinae)的绵羊 (Ovis)和山羊 (Capra)两个属。两者染色体数目不同 ,外貌特征也有很大区别。如绵羊颌下无髯 ,山羊有髯 ;绵羊尾下垂 ,山羊尾上翘。我国是世界上养羊数量和羊产品产量最多的国家 ,据世界粮农组织统计资料 (中国畜牧杂志 ,2 0 0 2 ,No.6) ,2 0 0 0年我国绵羊存栏约 1.3亿只 ,山羊 1.5亿只 ,羊肉产量 2 74万 t,约占世界 2 4 % ;绵羊净毛产量 14.8万 t,…     

新疆地区绵羊品种朊蛋白基因136、154和171位点的多态性

绵羊痒病是一种渐进性和致死性中枢神经系统疾病,绵羊朊蛋白基因(Prion protein gene,PRNP)多态性与痒病的易感或抗性有关,其中PRNP136位(V/A)、154位(H/R)和171位(H/Q/R)的基因多态性与该病发生最相关。为评价新疆地区主要绵羊品种对痒病的易感性,文章对新疆地区10个绵羊品种(阿勒泰、巴士拜、巴音布鲁克、多浪、和田、策勒黑、中国美利奴、德国肉用美利奴、特克赛尔和萨福克羊)共746只个体PRNP基因的136位(V/A)、154位(H/R)和171位(H/Q/R)的遗传多态性进行分析,检测到了ARQ、ARR、ARH、ARK、VRQ、AHR、AHQ、AHH8种等位基因,其中ARQ和ARR等位基因存在于所有品种中,且ARQ在所有品种中的基因频率最高。ARH存在于除萨福克和德国肉用美利奴羊外的8个绵羊品种中。仅在新疆地方品种阿勒泰、巴音布鲁克、巴士拜和多浪羊中检测到ARK等位基因。而VRQ、AHR、AHQ和AHH4种等位基因只在中国美利奴羊上存在,且频率极低。在10个品种中共检测到了ARQ/ARQ、ARQ/ARK、ARR/ARR、ARH/ARH、ARQ/ARR、ARH/ARQ、ARH/ARR、ARK/ARK、ARH/ARK、ARQ/VRQ、ARQ/AHQ、ARQ/AHR和ARH/AHH13种基因型,其中中度易感的ARQ/ARQ基因型频率最高,而抗性最强的ARR/ARR基因型仅存在于巴音布鲁克、策勒黑、中国美利奴、特克赛尔和德国肉用美利奴羊,且频率较低。文章首次在中国美利奴羊上发现了易感性很强的VRQ/ARQ基因型。上述结果提示新疆的主要绵羊品种对痒病的抗性较弱。     

IGFBP-3基因多态性及其与中国美利奴羊部分羊毛性状的关联性分析

采用PCR-SSCP方法对中国美利奴羊和哈萨克羊中IGFBP-3基因的多态性进行了检测, 并对不同基因型与中国美利奴羊部分羊毛性状间的关联性进行了分析。结果在位于内含子1区的一段178 bp的扩增产物经SSCP分析后出现了3种基因型, 基因型AA、AB和BB及等位基因A、B在中国美利奴羊中的频率分别为0.70、0.24、0.06和0.82、0.18; 在哈萨克羊中的频率分别为0.87、0.13、0.00和0.93、0.07。序列分析发现: 在该序列的122位碱基表现多态性 (g.122 G>T)。所研究的两个群体在该位点上均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.01)。不同基因型对部分羊毛性状有一定的影响: 不同基因型个体在剪毛后体重和净毛率上没有明显差异。AA、AB及BB基因型个体的羊毛伸直长度逐渐变短, 其中AA与AB基因型之间差异极显著(P<0.01)。AA型个体的剪毛量和羊毛密度要明显低于AB型(P<0.01)和BB型个体(P<0.05); 羊毛纤维直径则明显高于AB型(P<0.01)和BB型(P<0.05)个体。     

乌羊和小香羊的RAPD分析

用40条多态引物对乌羊、小香羊、南江黄羊、黑山羊、川东白山羊、波尔山羊和马头山羊7个品种（或群体）进行RAPD分析,其中28条引物扩增出多态性普带,并用于进一步对12只乌羊个体和12只小香羊个体基因组进行扩增。扩增产物以1．5％琼脂糖凝胶（含0．5μg/ml溴化乙锭）电泳分离。Nei氏计算品种间的遗传距离指数和品种内的遗传相似指数。NJ法构建系统聚类图。结果表明：乌羊和川东白山羊间的遗传距离最小,亲缘关系较近,而小香羊与品种间的遗传距离都较大,亲缘关系较远。乌羊群体及小香羊品种都具有一定的遗传稳定性。     

中国美利奴羊H-FABP基因多态性及其与部分肉质性状的相关性

利用聚合酶链式反应-单链构象多态（PCR-SSCP）技术检测中国美利奴羊（Ovis aries var. Merino）心型脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）外显子2的单核苷酸多态性（SNPs）和遗传多态性,分析其与肌内脂肪（IMF）含量、肌纤维直径和肌纤维密度的相互关系,为该品种绵羊的分子标记辅助选择提供理论依据。结果显示,H-FABP基因外显子2有AA、AB和BB 3种基因型,AA型和BB型在778位均发生了C缺失,939位均发生了A→G转换,BB型还在789位发生了T→C转换,该突变导致所编码氨基酸发生了缬氨酸→丙氨酸的替换;BB型为IMF的优势基因型,与AB型相比差异显著（P<0.05）,与AA型相比差异极显著（P<0.01）;BB型对肌纤维直径存在负相关。结果提示,中国美利奴羊H-FABP基因外显子2具有多态性,该基因可能是中国美利奴羊肉质性状的主效基因,或者与控制肉质性状的主效基因相连锁。     

绵羊GDF9和BMP15基因多态性检测

以绵羊GDF9基因FecG^H突变和BMP15基因FecX^B和FecX^G突变为候选基因,采用PCR—RFLP方法研究其在湖羊、夏洛来、陶赛特、萨福克、中国美利奴肉用多胎品系、中国美利奴羊和罗米丽羊7个品种中的多态性．结果发现,湖羊群体中存在GDF和BMP15基因的FecG^H和FecX^B突变,但发生率极低,分别为0．645％(2／310)和0．968％(3／310)：而其它品种中则没有发现GDF9和BMP15基因的相应突变．这一发现对于建立绵羊基因标记辅助选择方法具有重要意义．     

FecB基因在9个绵羊品种中的多态性及其与产羔数和羔羊生长发育的相关性

以绵羊BMPR-IB基因为候选基因,应用PCR-RFLP方法通过分析湖羊、夏洛来、陶赛特、萨福克、罗米丽、中国美利奴羊、中国美利奴肉用多胎品系以及陶赛特×中国美利奴羊和萨福克×中国美利奴羊杂交后代共615只个体的FecB基因多态性,以及BMPR-IB基因多态性对产羔数、体尺和体重的影响.结果表明,BMPR-IB基因在不同品种(系)绵羊中共有3种基因型(BB、B+和++),但基因型频率分布在各品种(系)间差异极显著(P<0.01).在湖羊中仅有BB基因型;在中国美利奴肉用多胎品系中BB、B+和++基因型频率分别为51%、30%和19%;而其他品种(系)羊中则仅有++基因型.对中国美利奴羊肉用多胎品系研究,发现BB和B+基因型群体平均产羔数分别为2.8和2.3,显著高于++基因型群体(1.2,P<0.01).在90日龄时,BB和B+基因型群体的体重分别为18.6±3.70 kg和18.0±3.31 kg,显著高于++基因型群体(15.6±2.22kg,P<0.05);此外,90日龄时,BB和B+基因型群体比++基因型群体胸围、胸宽较大(P<0.05);但这些差异在120日龄时消失.另外,我们还发现不同地区群体的第一胎产羔数存在明显差别.这些结果表明,BMPR-IB基因为影响绵羊产羔数的主效基因,并首次证明该基因对后代羔羊出生后生长发育具有加性效应.     

我国主要地方绵羊品种随机扩增多态DNA研究

对蒙古羊、湖羊、滩羊、小尾寒羊、乌珠穆沁羊、藏绵羊、阿勒泰羊7个地方绵羊品种和无角陶赛特羊、德国美利奴羊、萨福克羊3个引入品种基因组DNA进行了RAPD分析。结果表明：（1）RAPD可作为一种有效的标记用于绵羊品种之间遗传亲缘关系的分析。（2）在所使用的43种随机引物中,有35种引物扩增出多态谱带,多态频率为66.24%,说明RAPD技术用于研究绵羊核DNA的遗传变异具有较高的检出率和灵敏度。（3）总群体平均遗传多样性指数（HSP)为0.9139,说明绵羊群体具有较为丰富的遗传多样性。（4）我国地方绵羊品种间的分子聚类关系与其所处的地理位置、考古学结果,以及细胞遗传学研究结果基本,引入品种间的分子聚类关系也与其育成史基本一致。     

新疆4个绵羊品种内皮型一氧化氮合酶基因第8外显子的PCR-SSCP鉴定

目的:对新疆4个绵羊品种内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因第8外显子的多态性进行鉴定。方法:利用PCR-SSCP和测序的方法对76只中国美利奴羊、51只无角陶赛特羊、57只萨福克羊、37只哈萨克羊共4个绵羊品种进行单核苷酸多态性(SNP)检测,并用生物信息学方法对检测出的SNP进行统计分析。结果:在中国美利奴羊、无角陶赛特羊、萨福克羊、哈萨克羊中共检测到AA、AB、BB等3种基因型,AA基因型的频率分别为0.0526、0.0980、0.1754和0.2973,BB基因型的频率分别为0.6316、0.1961、0.5614和0.1892,AB基因型的频率分别为0.3158、0.7059、0.2632和0.5135。通过测序,在eNOS基因第8外显子上发现了一个新的SNP位点(ss974768653),位于绵羊eNOS基因第8外显子142 bp处(A142G)。结论:中国美利奴羊和哈萨克羊的多态性位点(P0.05)处于Hardy-Weinberg平衡状态,萨福克和无角陶赛特羊的多态性位点(P0.05)不处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

不同品种绵羊发情周期LEPRb mRNA表达分析

为了探讨LEPR在绵羊季节性发情中的表达特点,以季节性发情的中国美利奴和常年发情的多浪羊为研究对象,利用实时荧光定量PCR技术检测繁殖季节不同发情阶段LEPRb m RNA在下丘脑、卵巢和子宫组织中的表达变化。结果显示,在发情间期、前期和发情期中国美利奴卵巢和子宫组织LEPRb的相对表达水平都低于下丘脑,但在发情后期卵巢和子宫LEPRb的相对表达水平显著高于下丘脑。不同发情时期,两品种绵羊同一组织的LEPRb的表达变化幅度有所差异,但趋势相似。且中国美利奴各组织LEPRb的表达水平都高于常年发情的多浪羊。LEPRb的表达变化与绵羊发情存在相关关系。     

小尾寒羊高繁殖力候选基因ESR的研究

利用PCR—SSCP技术对高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊、湖羊、德国肉用美利奴羊）和低繁殖力绵羊品种（多赛特羊、萨福克羊）的雌激素受体（estrogen receptor,ESR）基因第一外显子部分序列进行单核苷酸多态性研究。结果表明：小尾寒羊、湖羊和德国肉用美利奴羊中存在3种基因型（AA、BB、AB）,而在多赛特羊和萨福克羊中只存在两种基因型（AA、AB）。统计结果表明：湖羊、德国肉用美利奴羊、小尾寒羊、萨福克羊和多赛特羊A等位基因频率分别为0．672、0．786、0．846、0．857和0．867,B等位基因频率分别为0．328、0．214、0．154、0．143和0．133。测序结果表明：BB型和AA型相比在外显子1第363位发生1处碱基突变（C→G）。独立性检验表明：小尾寒羊和湖羊之间基因型分布差异极显著（P〈0．01）,湖羊和多赛特羊之间基因型分布差异显著（P〈0．05）,其他各个绵羊品种之间基因型分布差异均不显著。A8基因型和BB基因型小尾寒羊产羔数比AA基因型分别多0．51只（P〈0．05）和0．7只（P〈0．05）。研究结果表明：ESR基因可能是控制小尾寒羊多胎性能的一个主效基因或与之存在紧密的遗传连锁。     

绵羊X染色体59383635位点多态性与脂尾性状的相关性分析

脂尾(臀)性状是绵羊逆境生存的必要性状, 其脂肪在尾臀部大量沉积的遗传特性与分子机制仍不明晰。为此, 文章以筛选的X染色体59383635位点SNP为候选分子标记, 利用PCR-SSCP技术检测该位点在我国尾型极端差异的阿勒泰羊、小尾寒羊、湖羊、中国美利奴细毛羊以及引入品种萨福克羊群体中的多态性, 并采用模型分析其与尾(臀)性状的相关性。结果表明, X染色体59383635位点T等位基因高频出现在表型分值较高的阿勒泰群体中, 而C等位基因则在瘦尾型绵羊品种中高频出现; 等位基因频率T/C的比值与尾臀表型分值相关性模型表明T/C比值随着尾臀表型分值增加呈指数倍增长。以上结果提示, 绵羊X染色体59383635位点多态性在脂尾(臀)与瘦尾绵羊群体中分布存在较大差异, 该SNP可作为一个理想的分子标记应用于高、低脂绵羊品种选育, 但其生物功能仍有待进一步深入研究。     

我国6个地方绵羊品种微卫星DNA多态性研究

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了我国蒙古羊、乌珠穆沁羊、哈萨克羊、阿勒泰羊、滩羊和藏绵羊 6个地方绵羊品种 17个微卫星标记的多态性 ,以探讨其遗传多样性、起源分化及群体间的遗传亲缘关系。结果表明微卫星标记不同位点间遗传多样性差异极显著 (P <0 0 1) ,群体间多态信息含量 (PIC)、近交程度 (Fis)和观察杂合度 (Obs .Het)差异不显著 ,但基因多样性 (genediversity)和期望杂合度 (Exp .Het)差异显著 (P <0 0 5 )。所研究的我国 6个地方绵羊品种与欧洲品种具有相似的遗传多样性 ,但具有较高的近交系数。个体和群体的聚类分析结果提示我国地方绵羊品种可能起源于两类祖先。群体间的聚类分析结果还表明 ,蒙古羊与乌珠穆沁羊分化不明显且具有较近的遗传亲缘关系 ,蒙古羊与藏绵羊间分化明显且具有较远的遗传亲缘关系。滩羊、阿勒泰羊以及藏绵羊间也具有较近的遗传亲缘关系。所研究的我国 6个地方绵羊品种的遗传分化 (Fst)与西班牙绵羊品种接近 ,但明显小于欧洲其他绵羊品种     

7号染色体46765080位点SNP与绵羊尾臀性状相关性研究北大核心CSCD

绵羊尾(臀)脂性状是重要耐逆性状,其脂肪沉积的分子机制不清。旨在研究绵羊脂尾(臀)沉积脂肪的分子遗传机制,以最近文献报道的7号染色体一处SNP位点为候选分子标记,利用PCR-RFLP方法检测该位点在尾型极端差异的阿勒泰羊、哈萨克羊、湖羊、中国美利奴细毛羊以及萨福克羊群体中的多态性,并采用模型分析其与尾(臀)脂性状的相关性。结果表明,7号染色体46765080位点的G等位基因高频出现在表型分值较高的臀脂型阿勒泰羊群体中,A等位基因在长瘦尾绵羊品种中高频出现;等位基因频率G/A的比值与尾臀表型分值相关性模型表明G/A比值随着尾臀表型分值增加呈指数增长。以上结果表明,绵羊7号染色体46765080位点在尾(臀)脂与瘦尾绵羊群体中分布存在显著性差异,该SNP位点可作为一个理想的分子标记应用于高、低脂绵羊品种选育。