大肠杆菌σ70启动子的识别

应用多样性增量结合二次判别分析（Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis,IDQD）方法,对大肠杆菌σ^70启动子进行识别。使用受试者操作特性（receiver operating characteristic,ROC）曲线和精度召回率曲线（Precision Recall Curves,PRC）进行性能评估。10-fold交叉检验给出,在正负集之比为1：1时,ROC曲线下面积和PRC曲线下面积均为95％。结果表明,IDQD算法有能力应用于原核启动子的识别。识别精度高于现有算法。     

人类polⅡ启动子的识别

依据基因启动子区和非启动子区碱基分布的特征,应用基于多样性增量的二次判别分析 (IDQD),对人类polⅡ启动子进行识别,识别精度达到90％以上的水平,优于其他已发表的 (包括SVM分类器等) 识别算法. 使用IDQD算法也能对转录起始位点 (TSS) 进行较准确的预测,10-fold交叉检验结果的敏感性和特异性分别为86％和91％. 这些结果表明IDQD是一个有效的分类器.     

酵母基因组中核小体偏好序列的识别

应用多样性增量结合二次判别分析(Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis,IDQD)方法,对酵母基因组中的核小体强/弱偏好序列进行了识别.10交叉检验的预测成功率超过了97%,受试者操作特性(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积达到了0.99,预测成功率高于现有SVM算法.最后利用构建好的分类器对酵母基因组中三类包含TATA盒基因的起始密码子ATG上游400nt下游100nt区域进行了分析.结果表明,IDQD算法有能力应用于基因组中核小体序列的识别.     

酵母基因组中核小体偏好展列的识别

应用多样性增量结合二次判别分析（Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis, IDQD）方法,对酵母基因组中的核小体强/弱偏好序列进行了识别。10交叉检验的预测成功率超过了97％,受试者操作特性（receiver operating characteristic,ROC）曲线下面积达到了0．99,预测成功率高于现有SVM算法。最后利用构建好的分类器对酵母基因组中三类包含TATA盒基因的起始密码子ATC上游400nt下游100nt区域进行了分析。结果表明,IDQD算法有能力应用于基因组中核小体序列的识别。     

基于蛋白序列的IDQD算法预测蛋白质相互作用

基于蛋白质序列组分信息,提出一个离散增量结合二次判别分析法(IDQD)预测蛋白质相互作用的模型,对人类蛋白质相互作用进行预测.自洽检验的识别精度达到75.89%,3-fold交叉检验的敏感性和特异性分别为64.22%和64.68%.结果表明IDQD算法可以用于蛋白质相互作用的预测.     

基于二次判别的果蝇启动子识别

通过对果蝇polⅡ启动子和非启动子的序列特征分析,计算了序列每个位点单碱基保守性M1(l)值和六联体保守性M6(l)值。从而分别选取两个区域的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量结合二次判别函数(IDQD)对启动子进行了预测。对于从编码区和内含子中选取的非启动子数据集,启动子的预测成功率分别达到93%和89%。比较结果显示IDQD模型能够有效地提高启动子预测成功率。     

基于氨基酸组成分布的嗜热和嗜冷蛋白随机森林分类模型

文献报道采用氨基酸组成分布提取特征值能有效提高预测分类精度, 本文采用该方法提取特征值, 使用一种新的组合分类器——随机森林, 从蛋白质一级结构对嗜热和嗜冷蛋白进行分类。通过10倍交叉验证和独立样本测试两种方法检测, 结果表明：当分段数量为1时, 其精度最优, 分别为92.9％和90.2％, 暗示使用基于氨基酸组成分布提取特征值在该算法中并不能有效提高识别精度, 这与报道结果不符, 而该提取方法在SVM中却能适当提高识别精度; 当引入6个新变量后, 其精度分别提高到93.2%和92.2%, ROC曲线下面积分别为0.9771和0.9696, 优于其它组合分类器。     

基于氨基酸组成分布的嗜热和嗜冷蛋白随机森林分类模型

文献报道采用氨基酸组成分布提取特征值能有效提高预测分类精度, 本文采用该方法提取特征值, 使用一种新的组合分类器——随机森林, 从蛋白质一级结构对嗜热和嗜冷蛋白进行分类。通过10倍交叉验证和独立样本测试两种方法检测, 结果表明：当分段数量为1时, 其精度最优, 分别为92.9％和90.2％, 暗示使用基于氨基酸组成分布提取特征值在该算法中并不能有效提高识别精度, 这与报道结果不符, 而该提取方法在SVM中却能适当提高识别精度; 当引入6个新变量后, 其精度分别提高到93.2%和92.2%, ROC曲线下面积分别为0.9771和0.9696, 优于其它组合分类器。     

血清MIC-1与CEA、SCC、CA25对肺癌的诊断价值分析

为了探讨血清巨噬细胞抑制因子-1 (MIC-1)、癌坯抗原(CEA)、鳞状细胞癌抗原(SCC)、糖链抗原125(CA125)在肺癌中的诊断价值,本研究选取120例经病理学确诊的肺癌患者(2014年8月至2016年12月)作为病例组,另选60例健康对象作为健康组,检测两组对象血清MIC-1、CEA、SCC、CA125的水平,并分析各项指标单独应用与联合应用时诊断肺癌的临床价值。研究显示,病例组患者的血清MIC-1、CEA、SCC、CA125的水平均显著的高于健康组,差异具有统计学意义(p0.05);血清MIC-1诊断肺癌的灵敏度为71.33%、特异度为91.04%、ROC曲线下面积AUC值为0.833;CEA诊断肺癌的灵敏度为55.64%、特异度为87.20%、ROC曲线下面积AUC值为0.782;CA125诊断肺癌的灵敏度为67.41%、特异度为83.29%、ROC曲线下面积AUC值为0.814;SCC诊断肺癌的灵敏度为55.83%、特异度为93.30%、ROC曲线下面积AUC值为0.776;MIC-1+CEA+SCC+CA125诊断肺癌的灵敏度为88.63%、特异度为89.20%、ROC曲线下面积AUC值为0.912。本研究表明,血清MIC-1对肺癌具有一定的诊断价值,MIC-1联合CEA、SCC、CA125对肺癌具有更高的临床诊断价值。     

唇形科苣叶鼠尾草的新分布及适生分布区预测

在野外调查的基础上,报道了苣叶鼠尾草在贵州和广西的省级新分布.基于苣叶鼠尾草16个分布数据和11个环境因子参数,运用最大熵(MaxEnt)模型对其适生分布区进行预测,并通过受试者工作特征(receiver operat-ing characteristic,ROC)曲线对模型精度进行验证.结果表明:(1)ROC曲线下面...     

基于多样性指标的分枝杆菌蛋白质亚细胞定位预测

由于蛋白质亚细胞位置与其一级序列存在很强的相关性,利用多样性增量来描述蛋白质之间氨基酸组分和二肽组分的相似程度,采用修正的马氏判别式（这里称为IDQD方法）对分枝杆菌蛋白质的亚细胞位置进行了预测。利用Jackknife检验对不同序列相似度下的蛋白质数据集进行了预测研究,结果显示,当数据集的序列相似度小于等于70％时,算法的预测精度稳定在75％左右。在对整体852条蛋白质的预测成功率达到87．7％,这一结果优于已有算法的预测精度,说明IDQD是一种有效的分枝杆菌蛋白质亚细胞预测方法。     

利用位点特异性打分矩阵对大肠杆菌启动子的预测

启动子是基因转录起始的一个关键性元件。本研究利用数据库中提供的大肠杆菌启动子数据,基于位点特异性打分矩阵(Position-specific scoring matrix,PSSM)算法建立了大肠杆菌启动子预测方法,并采用ROC曲线对预测结果进行评估。结果显示,本方法对大肠杆菌sigma24、sigma28、sigma32、sigma38、sigma54和sigma70启动子预测的准确度分别达到86%,96%,93%,96%,97%和74%。由于原核生物启动子序列的保守性,可将该方法推广至其他原核生物的启动子预测。     

骨密度检测对婴幼儿佝偻病早期诊断的临床意义

目的:探讨骨密度检测在佝偻病早期诊断中的应用价值。方法:收集衡水市哈励逊国际和平医院门诊诊治的600例婴幼儿,以血清维生素D327.5 nmol/L为判定标准分为非佝偻病组和佝偻病组,比较两组婴幼儿维生素D3、骨碱性磷酸酶和骨密度,绘制维生素D3、骨碱性磷酸酶、骨密度诊断结果的ROC曲线图,对骨密度检测结果进行评价。结果:佝偻病组婴幼儿维生素D3和骨密度Z值明显低于非佝偻病组,骨碱性磷酸酶显著高于非佝偻病组(P0.05)。维生素D3诊断佝偻病的ROC曲线下面积为0.951,灵敏度为0.973,特异度为0.840;骨碱性磷酸酶诊断佝偻病的ROC曲线下面积为0.866,灵敏度为0.824,特异度为0.747;骨密度Z值诊断佝偻病的ROC曲线下面积为0.923,灵敏度为0.826,特异度为0.875,骨密度指标诊断佝偻病的曲线下面积和维生素D3比较无统计学意义(P0.05),但骨密度指标诊断佝偻病的曲线下面积大于骨碱性磷酸酶(P0.05)。结论:超声骨密度检测在婴幼儿佝偻病早期诊断中具有一定价值,其诊断敏感性、特异性、准确率与维生素D3诊断基本相当,且骨密度检测存在无创、可重复性高等优点。     

降钙素原联合SOFA评分对老年脓毒症患者预后的评估价值

目的:探讨降钙素原(procalcitonin,PCT)联合SOFA评分(sequential organ failure assessment,SOFA)对老年脓毒症患者预后的评估价值。方法:选择首都医科大学宣武医院急诊抢救室收治的105例老年脓毒症患者,入院后给予血常规、血清PCT水平、血气分析及生化全项等检查,并进行急性生理及慢性健康状况评分(acute physiology and chronic health evaluation,APACHEⅡ)和SOFA评分。根据预后将患者分成死亡组27例和存活组78例,比较两组组患者血清PCT水平、白细胞(WBC)、SOFA评分和APACHEⅡ评分,同时比较和分析APACHEⅡ评分、血清PCT水平、SOFA评分、PCT和SOFA评分联合预测患者死亡的受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic curve,ROC)下面积。结果:死亡组患者血清PCT水平、SOFA评分和APACHEⅡ评分均明显高于存活组(P0.05),两组WBC比较无统计学差异(P=0.132);PCT预测患者死亡的ROC曲线下面积为0.694(P=0.001),SOFA预测患者死亡的ROC曲线下面积为0.660(P=0.012),APACHE II评分预测患者死亡的ROC曲线下面积为0.852(P=0.001),大于PCT和SOFA评分(P0.05),PCT和SOFA评分联合预测患者死亡的ROC曲线下面积0.761(P=0.001),与APACHE II评分比较无统计学差异(P=0.139)。结论:血清PCT水平联合SOFA评分预测老年脓毒症患者预后的临床价值与APACHE II评分相当,均明显优于血清PCT水平和SOFA评分单项检测。     

sTREM-1、PCT在社区获得性肺炎早期诊断中的价值

目的:探讨可溶性髓系细胞触发受体-1(soluble triggeringreceptorexpressed on myeloidcells-1,sTREM-1)、降钙素原(procalcitonin,PCT)在社区获得性肺炎(community-acquired pneumonia,CAP)早期诊断中的价值。方法:选择48例CAP住院患者(其中重症肺炎8例)和病毒性上呼吸道感染患者20例,所有病例均在入院后24小时内取血清,采用酶联免疫测定法(ELISA法)测定其血清sTREM-1、PCT水平,并应用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)分析二者对CAP的诊断价值。结果:入院后24小时内,普通肺炎患者、重症肺炎患者血清sTREM-1、PCT水平均明显高于对照组,且重症肺炎组明显高于普通肺炎组,差异均具有统计学意义(P0.01)。二者诊断CAP的ROC曲线下面积分别为0.884、0.788,联合二者诊断CAP的ROC曲线下面积为0.921。结论:sTREM-1、PCT均可作为CAP早期诊断有价值的参考标志物,sTREM-1比PCT更有参考价值,联合检测血清sTREM-1、PCT水平对CAP的早期诊断价值高于单一指标。     

基于组蛋白甲基化信息的H2A.Z和H2A核小体识别

组蛋白H2A的变体H2A.Z在基因的表达过程中发挥着重要的作用。根据H2A.Z和H2A核小体中组蛋白甲基化修饰方式的不同,作者应用多样性增量二次判别方法(increment of diversity with quadratic discriminant,IDQD)成功地对H2A.Z和H2A核小体进行了识别,说明了以组蛋白甲基化信息作为特征参数的IDQD模型对H2A.Z和H2A核小体识别的有效性。通过计算DNA序列的柔性,发现H2A.Z核小体对应的DNA序列的平均柔性比常规H2A核小体对应的DNA序列的平均柔性弱。     

基于MAXENT模型和Arc GIS预测蜡梅适生域在中国的潜在分布

蜡梅(Chimonanthus praecox)是我国二级濒危珍稀植物,是重要的冬季传统观花植物。利用已报道的246个分布点和worldclim中提取的19个气候因子,基于最大熵(Maxent)模型和地理信息系统(Arc Gis)对蜡梅在中国的潜在适生区分布进行预测分析,采用受试者工作特征(ROC)曲线对预测结果进行检验和评价。结果表明蜡梅的潜在适生范围相对集中,主要集中在西南的四川盆地、华中、华东及华北的中南部地区,其他地区则适应性较低。温度是影响蜡梅分布的决定性因子,其中,当最冷季度平均温度接近0℃,等温性范围为0—10℃,降雨量变异系数约为45时,蜡梅的分布概率最大。与原分布区相比较,蜡梅的适生区范围正向中国东部地区和北部地区迁移。ROC曲线检验评价结果表明,Maxent模型的ROC曲线分析法的面积(AUC)值为0.986,预测结果达到了极高精度。     

超声处理对PRC2相关蛋白染色质免疫共沉淀测序结果的影响

超声处理是染色质免疫共沉淀(Chromatin immunoprecipitation,Ch IP)实验过程中染色质片段化的重要手段之一。选用多梳抑制复合物2 (Polycomb repressive complex 2,PRC2)相关蛋白组蛋白甲基转移酶EZH2及其催化产物H3K27me3为代表,研究不同分子量大小的蛋白在不同超声处理时间下对染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation sequencing,Ch IP-seq)实验的影响,结果表明在启动子区或非启动子区,不同超声时间下小分子量组蛋白H3K27me3结合位点的注释基因均无明显差异,说明超声时间对组蛋白Ch IP-seq数据影响不大。与组蛋白不同,超声时间从10 min延长至20 min后启动子区EZH2新增结合位点的注释基因能够显著聚类在与肌动蛋白丝组装等相关通路上。超声20min相比10min,非启动子区EZH2新增基因的GO(Gene ontology)聚类通路要远多于丢失基因,且超声30 min相比20 min,非启动子区丢失基因的GO聚类通路要远多于新增基因,这些通路大多与RNA聚合酶Ⅱ(RNApolymeraseⅡ,RNAPII)、器官发育、细胞形态发生相关。这表明超声时间不足或过长均会导致EZH2的基因组定位信息的不全。另外,超声主要影响启动子区中的PRC2非结合区域及二价启动子区域的EZH2结合位点,还影响非启动子区中PRC2结合区域、PRC2不结合区域以及活化态增强子区域的EZH2结合位点。综上,建议对大分子量的染色质修饰相关蛋白优化超声处理时间,使形成的染色质片段聚集在100–500 bp可获得比较全面的基因组信息。对小分子量的组蛋白来说,超声时间对Ch IP-seq结果影响不大。     

采用生态位模型预测黄顶菊在中国的潜在适生区

选取32个环境地理变量,结合黄顶菊在中国的分布记录,运用GARP、Maxent、ENFA、Bioclim和Domain5种生态位模型,模拟黄顶菊在中国的潜在适生分布区域,并利用受试者工作特征曲线(ROC)比较不同模型模拟精度.结果表明:Maxent模型的模拟精度最好.采用Maxent模型进行模拟,黄顶菊在我国有7.5%的适生面积,河北中南部、北京、天津、河南、山东、安徽和江苏具有高度潜在入侵风险.     

Mitotic phosphorylation of PRC1 at Thr470 is required for PRC1 oligomerization and proper central spindle organization

During cell division, chromosome segregation is orchestrated by the interaction of spindle microtubules with thecentromere. A dramatic remodeling of interpolar microtubules into an organized central spindle between the separatingchromatids is required for the initiation and execution of cytokinesis. Central spindle organization requires mitotic kine-sins, the chromosomal passenger protein complex, and microtubule bundling protein PRC1. PRC1 is phosphorylated byCdc2 at Thr470 and Thr481 during mitosis. However, the functional relevance of PRC1 phosphorylation at Thr470 hasremained elusive. Here we show that expression of the non-phosphorylatable mutant PRC1~(T470A) but not the phospho-mimi-cking mutant PRC1~(T470E) causes aberrant organization of the central spindle. Immunoprecipitation experiment indicatesthat both PRC1~(T470A) and PRC1~(T470E) mutant proteins associate with wild-type PRC1, suggesting that phosphorylationof Thr470 does not alter PRC1 self-association. In addition, in vitro co-sedimentation experiment showed that PRC1binds to microtubule independent of the phosphorylation state of Thr470. Gel-filtration experiment suggested that phos-phorylation of Thr470 promotes oligomerization of PRC1. Given the fact that prevention of the Thr470 phosphorylationinhibits PRC1 oligomerization in vitro and causes an aberrant organization of central spindle in vivo, we propose thatthis phosphorylation-dependent PRC1 oligomerization ensures that central spindle assembly occurs at the appropriatetime in the cell cycle.