黑胫病感染对烟草茎秆及根际土壤真菌群落结构的影响

烟草黑胫病是由寄生疫霉烟草变种引起的一种对烟草生产造成巨大经济损失的土传病害。本文以健康烟株与感染黑胫病烟株茎秆和根际土壤为研究对象,通过PCR技术扩增样本中真菌转录间隔区的ITS1区域,采用Illumina Miseq高通量测序技术对扩增片段进行测序,旨在了解黑胫病感染对于烟草茎秆和根际土壤真菌群落结构与多样性的影响。本研究20个测序样品,共获得755 599条高质量序列片段,最短序列为200bp,最长序列为356bp,平均序列长度248bp。结果表明,健康烟株和发病烟株根际土壤的优势真菌为子囊菌门Ascomycota、接合菌门Zygomycota和担子菌门Basidiomycota,所有茎秆样品的优势真菌为子囊菌门、担子菌门。健康烟株与感染黑胫病烟株根际土壤样品相对丰度大于1%的属有镰刀菌属Fusarium、被孢霉属Mortierella、隐球菌属Cryptococcus、链格孢属Alternaria和赤霉菌属Gibberella等,其中,健康烟株根际土壤优势属为镰刀菌属（39.35%）和被孢霉属（14.19%）,发病烟株根际土壤镰刀菌属和被孢霉属相对丰度分别为40.26%和20.77%;健康茎秆样品优势属为隐球菌属（31.12%）、链格孢属（18.28%）、镰刀菌属（15.67%）和红酵母属Rhodotorula（13.34%）;病健交界茎秆样品优势属为镰刀菌属（41.36%）、隐球菌属（28.15%）和链格孢属（22.32%）;发病茎秆优势属为隐球菌属（62.14%）和链格孢属（27.75%）。烟株感染黑胫病后,其根际土壤与茎秆样品真菌优势属种类与健康烟株无明显变化,但属水平的相对丰度变化显著。发病烟株茎秆与根际土壤样品真菌群落Sobs、Chao1、Shannon指数较健康烟株降低,Simpson指数上升,表明烟株发病后根际土壤真菌与茎秆内生真菌群落丰富度与多样性降低。该结果对于研究烟草黑胫病发生的微生态机制及其生物防治具有一定的理论指导意义。     

深圳大鹏湾六种珊瑚共附生真菌多样性研究

本研究使用6种不同培养基对深圳大鹏湾6种珊瑚上的共附生真菌进行平板涂布法分离培养,结合ITS-rDNA基因序列特征和形态学特征进行鉴定来研究深圳大鹏湾海域珊瑚共附生真菌的多样性。共分离培养出457株真菌菌株,分属于7个属,分别为红酵母属Rhodotorula（180株）、曲霉属Aspergillus（170株）、木霉属Trichoderma（50株）、青霉属Penicillium（34株）、枝孢属Cladosporium（21株）、透孢黑团壳属Massarina（1株）和弯颈霉属Tolypocladium（1株）,其中优势属为红酵母属Rhodotorula和曲霉属Aspergillus,占菌株分离总数的76.59%。单独鹿角珊瑚上分离到的共附生真菌数量和种类最多,为160株9种;在该种珊瑚上还分离出弯颈霉属Tolypocladium sp.,该属真菌此前从未在珊瑚共附生真菌的研究中分离出来。本研究还发现SDA培养基分离出的共附生真菌数量最多,CDA培养基的真菌数量最少,表明不同培养基分离的共附生真菌多样性存在差异。     

葡萄酒有孢汉逊酵母属分子指纹图谱分析

为分析中国本土野生有孢汉逊酵母属Hanseniaspora酵母菌的种间差异和种内差异,构建分子指纹图谱,为优良有孢汉逊酵母资源的遗传多样性分析及开发利用提供科学依据。采用依赖于培养的经典方法包含WL营养培养基、26S rRNA基因D1/D2区域序列分析和5.8S-ITS-RFLP分析进行118株贵州紫云县刺葡萄自然发酵过程中分离的有孢汉逊酵母属酵母菌种水平的鉴定。采用Tandem repeat-tRNA（TRtRNA）指纹图谱法研究有孢汉逊酵母属酵母在两对微卫星引物扩增下的分子指纹图谱,并利用DPS软件分析不同分子指纹图谱类别之间的遗传发育关系。结果表明,118株贵州紫云县刺葡萄自然发酵过程中分离的野生有孢汉逊酵母属酵母菌,经依赖于培养的经典方法鉴定为3个种,包括Hanseniaspora opuntiae、H. uvarum和H. occidentalis。TRtRNA指纹图谱法的引物对一TtRNASC和5CAG扩增出5类图谱,而引物对二TtRNASC和ISSR-MB扩增出10类图谱,可以表现出所测118株有孢汉逊酵母属的种间差异和种内差异。其中种内差异主要表现在H. uvarum中。总体而言,贵州紫云县刺葡萄自然发酵过程中分离的有孢汉逊酵母属主要为H. opuntiae、H. uvarum和H. occidentalis,其中H. opuntiae和H. uvarum内部表现了不同的TRtRNA分子指纹图谱,表征了种内遗传多样性。     

拉格啤酒酵母菌物种和株系的快速分子鉴定

近年来的基因组学研究结果已证实拉格啤酒酵母Saccharomyces pastorianus是一个由艾尔啤酒酵母S. cerevisiae和真贝氏酿酒酵母S. eubayanus杂交而成的杂交种,并可根据地域传承和染色体倍性分为两个株系,即I型/Saaz系和II型/Frohberg系。前者主要为异源3倍体,后者则主要为异源4倍体。为了探讨中国啤酒酿造酵母菌的物种和菌系归属,我们根据拉格啤酒酵母及其两个菌系的基因组特性,制定了一套基于IntFR片段种特异性扩增和ITS-RFLP分析的精确但简便易行的拉格啤酒酵母菌物种和株系鉴定新方法,并以酿酒酵母属内相关种的模式或权威菌株和部分酒精及面包酵母为参照,对保藏于中国普通微生物菌种保藏中心（CGMCC）的41株啤酒酿造酵母菌进行了重新鉴定和分型。这些菌株除1株原定名为贝氏酿酒酵母S. bayanus外,其余菌株的原定名均为S. cerevisiae。研究结果确认了S. bayanus菌株鉴定的正确性,但在其余的40株啤酒酵母菌株中,21株属于S. cerevisiae,1株属于葡萄汁酿酒酵母S. uvarum,18株属于S. pastorianus。菌系鉴定和流式细胞测定结果显示在确认的S. pastorianus菌株中,1株为I型/Saaz系,3倍体;17株为II型/Frohberg系,其中9株为4倍体,两株为3倍体,5株介于3倍至4倍体之间。啤酒酵母物种和株系的确认对优化发酵工艺和菌种选育及遗传改造等具有重要意义。     

假暗盘菌属一新种——中华假暗盘菌

报道了分离自福建蛇足石杉上的假暗盘菌属Pseudoplectania一新种,中华假暗盘菌Pseudoplectania sinica。基于形态学及分子系统学分析对其进行了鉴定。研究标本保存于齐鲁医药学院实验室和中国普通微生物菌种保藏管理中心（CGMCC）。     

呼伦贝尔沙地樟子松外生菌根真菌多样性

沙地樟子松是我国北方重要的防风固沙造林树种,也是一种典型的外生菌根依赖型树种。为揭示呼伦贝尔沙地樟子松外生菌根真菌多样性,以中龄、近熟、成熟3个龄组沙地樟子松人工林和沙地樟子松天然林为研究对象,采用野外调查和分子生物学相结合的研究方法,鉴定分析沙地樟子松外生菌根真菌种群特征。研究结果表明：（1）呼伦贝尔沙地樟子松外生菌根真菌共有10个OTU属于子囊菌,48个OTU属于担子菌,隶属于21科25属。（2）天然林优势菌为糙缘腺革菌属Amphinema、丝膜菌属Cortinarius和乳牛肝菌属Suillus,人工林优势菌为乳牛肝菌属,其余菌种相对丰度随着林龄变化波动较大。（3）天然林与人工林外生菌根真菌种群Shannon、Simpson和Pielou指数存在显著差异（P<0.05）,人工林间alpha多样性指数差异不显著（P>0.05）。（4）呼伦贝尔沙地樟子松天然林和人工林外生菌根真菌种群组成存在较大差异,其中近熟林的外生菌根真菌群落组成与天然林的最为接近。     

竹叶兰根系共生真菌群落结构及生物学功能初探

为研究竹叶兰Arundina graminifolia根系共生真菌的群落结构及对寄主的营养作用,采用高通量测序技术对野生竹叶兰根围土壤、根表、根内3个生态位真菌的种类及生物学功能进行鉴定与预测。所测竹叶兰根系共生真菌的平均辛普森指数为根围0.972、根 表0.905、根内0.703,说明3个位点都具有丰富的共生真菌;根围土壤真菌香农指数7.393显著高于根表和根内香农指数4.728和2.872,根表真菌多样性显著高于根内（P<0.05）。根表、根内有子囊菌门、担子菌门、罗兹壶菌门、壶菌门、毛霉菌门和被孢霉门,较根围土壤缺少球囊菌门和梳霉菌门;分子方差分析（AMOVA）证实3个生态位的真菌群落结构差异极显著（P=0.004）。各生态位丰度最高的20个真菌仅属于子囊菌和担子菌的40个属,其中子囊菌有30个属,种类数量占优势,而担子菌的单个种类丰度高于子囊菌。根围土壤腐生型真菌占优势（44.07%）;根表主要有腐生、病原、共生型真菌;根内真菌营养类型差异大,样品M1的共生型真菌为优势类型（97.21%）,M2、M3以腐生型占优（90.96%）。优势共生型真菌有革菌属Threlephora、根须腹菌属Rhizopogon和Dentiscutata,腐生型真菌主要有长毛孔菌属Funalia和Vuilleminia,均为担子菌。研究结果为揭示竹叶兰与根系真菌的营养关系以及共生真菌的开发提供了依据。     

对马铃薯具促生抗病作用的砖红镰刀菌及其遗传转化体系构建

本研究从药用植物马比木Nothapodytes pittosporoides的花瓣中分离获得了1株真菌,经形态学与ITS分子共同鉴定为砖红镰刀菌Fusarium lateritium。使用该菌处理马铃薯后发现,显著增强了马铃薯对晚疫病菌的耐受性,处理组植株感染率为37.5%,相较对照组87.5%的感染率显著降低;植株生长测定发现,处理组的马铃薯生物量、株高、根系生物量和主根数相较于对照组分别提高了1.25、1.19、2.3、1.47倍,表明该真菌对马铃薯还具有促生作用。为探究砖红镰刀菌促生抗病的分子机理,检测了植物生长素合成和免疫防御相关基因的表达模式,结果表明处理组植株生长素合成相关基因（StYUC5）显著上调,而免疫相关激素茉莉酸和水杨酸合成相关基因（StPI-I、StPAL和StPR1A）也不同程度上调。由此推测,砖红镰刀菌通过调控植物激素相关基因的表达介导马铃薯的促生和抗病。为了进一步探究砖红镰刀菌对马铃薯促生抗病的分子基础,构建了其遗传转化体系,并进行了优化,获得了GFP标记菌株。     

白蜡属种间杂交子代木质素含量变异及FmPAL核苷酸多态性关联分析

研究水曲柳（Fraxinus mandshurica）×大叶白蜡（Fraxinus rhynchophylla）、水曲柳×小叶白蜡（Fraxinus sogdiana）和水曲柳×绒毛白蜡（Fraxinus velutina）的3个杂交组合与母本自由授粉子代木质素含量的遗传变异及FmPAL核苷酸多态性相关性,为水曲柳遗传育种和定向改良奠定基础。以东北林业大学帽儿山林场白蜡属种间杂交组合及母本自由授粉子代共176个无性系的水曲柳当年新生枝为材料,测定木质素的含量,进行木质素含量差异、变异参数及均值比较分析,并对木质素及其合成相关基因PAL进行分子水平的联合分析。结果表明：白蜡属各杂交组合间木质素含量差异极显著,各杂交组的木质素含量均与母本自由授粉子代水曲柳差异显著。其中大多数杂交子代水曲柳的木质素含量高于母本水曲柳木质素平均含量。本研究中的水曲柳群体的PAL基因单倍体多样性值达到了0.999 7,属高水平,证实了FmPAL基因具有较高的变异,且存在3个单核苷酸多态性（SNP）位点与木质素含量显著相关。主要结论：水曲柳各杂交组合的木质素含量存在显著性差异,FmPAL基因中SNP位点与木质素含量显著相关。     

中国森林田鼠族系统分类研究进展(啮齿目:仓鼠科:䶄亚科)

森林田鼠族（Myodini）是䶄亚科（Arvicolinae）的重要类群,广泛分布于整个全北区及东洋区部分区域,该族目前存在的分类学问题是缺乏化石标本、短时间的物种分化、有限分子样本和部分类群采样困难等综合因素影响的结果。近年中国森林田鼠族的系统分类研究成果主要有：（1）绒鼠属（Eothenomys）的采样和系统发育研究基本涵盖了全部类群,发现1新亚属和4新种,分别为川西绒鼠亚属（Ermites）和石棉绒鼠（Eothenomys shimianensis）、金阳绒鼠（E.jinyangensis）、美姑绒鼠（E.meiguensis）、螺髻山绒鼠（E.luojishanensis）,原来被普遍接受的黑腹绒鼠福建亚种（E.melanogaster colurnus）、中华绒鼠康定亚种（E.chinensis tarquinius）、西南绒鼠康定亚种（E.custos hintoni）被证实为3个独立有效种,滇绒鼠（E.eleusis）、丽江绒鼠（E.fidelis）的种级分类地位进一步得到确认;大绒鼠贡山亚种（E.miletus confinii）和黑腹绒鼠滇西亚种（E.melanogaster libonotus）实为克钦绒鼠（E.cachinus）的同物异名。（2）基于形态和分子系统发育的研究支持恢复东亚䶄属（Craseomys）的属级分类地位,同时解决了䶄属（Myodes）的非单系起源问题;研究进一步证实山西䶄（Craseomys shanseius）应为棕背䶄的山西亚种（Craseomys rufocanus shanseius）。（3）高山䶄属（Alticola）的平颅高山䶄亚属（Platycranius）分类地位受到分子系统发育研究结果质疑,该亚属的唯一物种平颅高山䶄（Alticola strelzowi）与高山䶄属指名亚属物种聚在同一枝;库蒙高山䶄（A.stracheyi）实为斯氏高山䶄（A.stoliczkanus）的同物异名。基于近年系统分类研究结果,目前中国森林田鼠族分布有5属共30种。     

ITS序列分析与MALDI-TOF MS质谱技术在丝状真菌鉴定中的应用

丝状真菌常用的鉴定方法为形态方法和基因鉴定方法,前者限于检验人员的知识和技能,后者操作繁琐,费用略昂贵,不适合常规开展。因此,寻找丝状真菌快速鉴定方法势在必行。本文采用VITEK MALDI-TOF MS（基质辅助激光解析电离时间飞行质谱）IVD数据库（3.0版本）对临床分离的254株丝状真菌进行鉴定,并以ITS（internal transcribed spacer 内转录间隔区）序列分析为标准,验证MALDI-TOF MS质谱技术鉴定丝状真菌的准确性。结果表明MALDI-TOF MS质谱技术可以对大部分丝状真菌实现快速、准确的鉴定,其中对毛癣菌属（100%）、毛孢子菌属（100%）、毛霉菌属（100%）、曲霉菌属（96.5%）准确率很高,对犬小孢子菌（75%）、镰刀菌属（50%）、新月弯孢霉（46.2%）准确率较低,对丝状真菌鉴定的总体准确率为86.36%,与ITS测序分析符合率为83.97%。     

Utility of the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphisms of the intergenic spacer region of the rDNA for characterizing Gibberella fujikuroi isolates

In the present report, a total of thirty-one isolates of Gibberella fujikuroi (Sawada) Wollenw. species complex of Fusarium (section Liseola) morphologically classified as F. moniliforme according to the taxonomy of Nelson, Toussoun and Marasas (1983) were analyzed for their ability to produce fumonisin B₁ and fumonisin B₂ by an optimized liquid chromatographic method. They were isolated from three hosts (Zea mays, Musa sapientum and Pinus pinea). The results indicate that M. sapientum is a preferential host for G. fujikuroi isolates with low or null capacity for producing fumonisins, while isolates from Z. mays and P. pinea are generally high fumonisin producers.

The molecular characterization of isolates was carried out in parallel using an optimized, simple and low-cost method for isolating DNA from filamentous fungi and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP) of the rDNA intergenic spacer (IGS) region. The haplotypes obtained with Hha I enzyme and combinations of Hha I, EcoR I, Alu I, Pst I and Xho I enzymes provided very characteristic groupings of G. fujikuroi isolates as a function of host type and fumonisin B₁ and B₂ producing capacity. IGS region restriction patterns showed no relationship to isolate geographical origin. This is the first report on this method's capacity to detect polymorphism permitting discrimination between G. fujikuroi isolates from different hosts and with different toxigenic profiles.     

基于高分辨率熔解曲线的常见五种皮肤癣菌分子鉴定

皮肤癣菌是浅表真菌感染的重要致病菌,常见致病菌种包括红色毛癣菌、趾间毛癣菌、絮状表皮癣菌、犬小孢子菌和内弯小孢子菌。本研究基于实时荧光PCR的高分辨率熔解曲线分析技术,以几丁质合成酶1为目标基因设计扩增引物,对经测序鉴定的上述5种皮肤癣菌进行熔解曲线分析,并在方法建立后,对已鉴定的临床菌株进行验证。实验结果表明,使用该方法上述5种皮肤癣菌均能扩增,并表现出不同的熔解曲线和熔解温度值,可有效区分;对其余对照菌及人基因均无法扩增,特异性为100%;临床菌株的熔解曲线分析结果与DNA测序结果一致。本研究提供了一种快速、准确鉴别5种常见皮肤癣菌的方法,可为临床应用和分子流行病学研究提供参考。     

Application of kDNA as a molecular marker to analyse Leishmania infantum diversity in Portugal

Around the Mediterranean basin Leishmania infantum is an important parasite causing canine leishmaniasis and visceral and cutaneous clinical forms in both immunocompetent and immunocompromised humans. Efficient monitoring and evaluation of epidemiology with discriminatory molecular markers are required. We investigated the genetic diversity of L. infantum in Portugal by polymerase chain amplification and restriction fragment length polymorphism analysis of kinetoplastid DNA, as molecular marker. We analysed 120 Portuguese isolates of L. infantum plus 16 other non-Portuguese isolates (as a reference group) from humans, dogs and sand flies. The Portuguese population showed a high degree of polymorphism with a total of 13 profiles identified. The predominant profile was A, which was only detected in the Portuguese samples.

The kinetoplastid DNA PCR-RFLP assay described here was suitable for use directly with biological samples and the profiles obtained were stable during long-term growth in vitro and in laboratory animals.     

内蒙古天竺葵腐霉枯萎病病原菌

为了明确天竺葵腐霉枯萎病的病原菌种类,从内蒙古通辽采集天竺葵腐霉枯萎病样品,对病原物进行了分离、纯化和致病性测定,并对病原物进行形态学和rDNA-ITS序列分析鉴定。结果表明,从10个植物样品中分离得到16个腐霉菌株,分别属于终极腐霉Pythium ultimum var. ultimum、瓜果腐霉P. aphanidermatum和两个与P. ultimum var. ultimum相似的待定种。其中,P. ultimum var. ultimum的分离频率为75%、P. aphanidermatum的分离频率为12.5%,两个腐霉待定种的分离频率均为6.25%;P. ultimum var. ultimum是优势类群。致病性测定结果表明,4种腐霉菌都能引起天竺葵腐霉枯萎病,与自然发病症状相同,其中P. ultimum var. ultimum和P. aphanidermatum的致病性较强,发病率分别为71.4%和85.7%。     

Biodiversity of Saccharomyces cerevisiae isolated from a survey of pito production sites in various parts of Ghana

Biodiversity among Saccharomyces cerevisiae predominating the spontaneous fermentation of Dagarti pito in Ghana was assessed. Two hundred and forty-nine isolates obtained from samples of dried yeast taken from commercial pito production sites in eight geographical regions of Ghana were characterized phenotypically by colony and cell morphology as well as carbohydrate assimilation profiling. Yeast populations ranged between 10⁶ and 10⁸ cfug⁻¹. Ninety-nine percent of the isolates (247) investigated showed macro-and micro morphological characteristics typical of S. cerevisiae. Of these, 72% (179) had assimilation profiles similar to S. cerevisiae while 28% (68) had assimilation profiles atypical of S. cerevisiae or any other member of the Saccharomyces sensu stricto complex. Amplification of the region spanning the two intergenic transcribed spacers (ITS) and the 5.8S ribosomal gene (ITS1-5.8S rDNA-ITS2), followed by restriction analysis, as well as determination of chromosome length polymorphism by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) of 25 representative isolates strongly indicated that all belonged to S. cerevisiae, notwithstanding the phenotypic differences. Sequencing of the mitochondrial cytochrome-c oxidase II gene (COX 2) and the actin-encoding gene (ACT1) of four isolates, confirmed their close relatedness to S. cerevisiae, particularly to the type strain CBS1171 (98.7%), as well as other members of the Saccharomyces sensu stricto complex. Twenty isolates selected from eight geographical regions of Ghana and investigated for their technological properties, showed different patterns of growth and flocculation but otherwise similar technological characteristica. Most of the isolates produced pito having sensory attributes, which compared favourably with commercially produced pito.     

白粉菌交配型位点基因结构及分子系统学关系

白粉菌是一类植物专性寄生真菌,广泛分布于世界各地,可引起多种植物白粉病。开展白粉菌交配型基因研究可以为全面认识白粉菌的生活史循环和系统演化提供证据。本研究以子囊菌中已报道的10种MAT基因和4种侧翼基因的氨基酸序列为种子序列,采用生物信息学方法在21个白粉菌基因组中进行氨基酸同源性分析,探索MAT基因及其侧翼基因的种类和线性排布。结果表明,21个白粉菌基因组中有10个属于MAT1-1型,包含MAT1-1-1和MAT1-1-3两种基因;10个属于MAT1-2型,仅包含MAT1-2-1基因;在Erysiphe pulchra的基因组中同时存在MAT1-1-1、MAT1-1-3、MAT1-2-1;而4种侧翼基因SLA2、APC5、APN2和CoxVia在21个白粉菌基因组中均存在。21个菌株中有两个菌株Blumeria graminis f. sp. hordei RACE1和Golovinomyces orontii的MAT基因和4种侧翼基因分布在同一个scaffold,其余菌株MAT基因和侧翼基因均不在同一scaffold出现。本研究分别分析了具有MAT1-1和MAT1-2的菌株中MAT基因和4种侧翼基因的排列关系,同时根据9个菌株的MAT基因注释信息,推测了其他菌株的MAT基因结构。结果表明,同属白粉菌的MAT基因结构相同,属间MAT基因结构差异明显。以从白粉菌基因组中获得的MAT1-1-1、MAT1-1-3和MAT1-2-1 3种MAT基因序列分别构建系统发育树,发现布氏白粉菌属Blumeria、白粉菌属Erysiphe和戈洛文白粉菌属Golovinomyces分别形成独立分枝,且白粉菌属与戈洛文白粉菌属形成姊妹群,这与前人对白粉菌系统发育关系的研究结果一致。本研究得到的白粉菌MAT基因种类、分布及其结构的相关结果为进一步实验提供了理论依据,为探究白粉菌的系统发育提供了新的思路。     

新疆野果林褐腐病菌的种类

褐腐病是核果和仁果类果树上的一种重要病害。本研究从采集自新疆野果林中的褐腐病样上共分离到75株褐腐菌。利用内转录间隔区（ITS）、β‐微管蛋白基因和延伸因子（EF1α）基因序列和形态学方法,对这些菌株进行了种类鉴定。结果显示：67株为Monilinia fructigena,8株为M. laxa。M. fructigena和M. laxa都分布在新疆北部的天然野果林中。M. fructigena主要来自野苹果、樱桃李、野杏和欧洲李。M. laxa主要来自樱桃李、野苹果和红樱桃。这是首次在新疆地区的野生果林中发现M. fructigena和M. laxa。研究结果不仅对了解当地栽培果园的侵染源有帮助,而且为研究褐腐菌的起源与演化提供了试验材料。