基于网络药理学和分子对接研究黄芪治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法研究黄芪治疗糖尿病心肌病(DCM)的作用机制.方法:利用中药系统药理学技术平台数据库(TCMSP)收集黄芪的成分及其相关靶点;通过GeneCards、NCBI、OMIM数据库获取DCM相关疾病靶点.取黄芪成分靶点与DCM疾病靶点的交集基因,作为黄芪对DCM作用的潜在关键靶点基因,将交集...     

基于蛋白互作和关键作用靶点的网络药理学研究当归四逆汤治疗腰椎间盘突出症的作用机理

基于网络药理学探求当归四逆汤作用于腰椎间盘突出症的作用机理.系统检索中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中药潜在靶点数据库(TCM-PTD)获取当归四逆汤药物的有效活性成分45个,作用靶点132个,并将得到的靶点与通用蛋白数据库(Uniprot)中载入的基因名称简称进行匹配.通过检索人类基因数据库(GeneCards...     

基于网络药理学的四君子汤治疗阿尔茨海默病作用机制研究

基于网络药理学探讨四君子汤治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出四君子汤有效成分及靶点基因.通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出阿尔茨海默病的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用...     

基于网络药理学的大黄治疗阿尔茨海默病作用机制研究

基于网络药理学探讨大黄治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出大黄有效成分及靶点基因.通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出阿尔茨海默病的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使...     

金银花防治猪繁殖与呼吸综合征的潜在作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术揭示金银花防治猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的活性成分、靶点及作用机制.方法:中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到金银花的潜在活性成分及作用靶点,使用比较毒理基因组学数据库(CTD)收集PRRS疾病基因,映射后的交集靶点利用String构建蛋白互作网络,使用Cyto?s...     

基于网络药理学的苦参-苍术药对治疗痔疮作用机制研究

目的:探讨苦参-苍术药对治疗痔疮的作用机制.方法:通过中药系统药理学(TCMSP)分析平台筛选苦参、苍术的活性成分,整理并校正其对应的作用靶点.通过GeneCards、OMIM、Drugbank数据库收集痔疮相关的基因靶点,运用Venny 2.1.0筛选出苦参、苍术治疗痔疮的关键靶点,将关键靶点上传至STRING数据库...     

绿色荧光蛋白基因mRNA反义寡核苷酸的筛选和应用

基因mRNA的靶点筛选是设计反义寡核苷酸的关键.建立了PARASS(polyAanchoredRNAaccessiblesitesscreening)方法,即通过在mRNA末端引入polyA,与生物素标记的polyT退火结合,将其同链亲和素磁珠混合,使mRNA通过3’末端得到固定,保持mRNA的自然伸展和折叠,与寡核苷酸文库杂交筛选mRNA的结合靶点.PARASS筛选获得了绿色荧光蛋白(GFP)mRNA的3个反义寡核苷酸结合靶点,据其设计了多条反义寡核苷酸,与对照组相比,体外RNaseH分析显示3个靶点均为有效,在HeLa细胞内针对靶点的反义寡核苷酸能抑制GFP的表达,得到了Northern印迹结果支持.PARASS对反义寡核苷酸药物设计具有应用价值.     

基于网络药理学探讨“黄芪-白术-熟地黄”组方防治肾病综合征的作用机制

本研究旨在通过网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪-白术-熟地黄组方(HBS)治疗肾病综合征的作用机制.通过多个数据库获取肾病综合征基因并进行功能模块分解,找出肾病综合征基因参与的主要生物学过程.通过文献以及数据库查找HBS活性成分和基因靶点,筛选出HBS治疗肾病综合征的有效靶点.通过有效靶点的KEGG和GO富集分析,...     

GABAB 受体变构剂药学研究进展

Y-氨基丁酸B受体(GABAB receptor,GABABR)是最具有药理学意义的药物靶点之一,具有复杂而精细的激活机制.传统的GABABR靶点药物开发集中于激动剂和拮抗剂,这类药物受到多种因素的制约,包括较强的副作用、药物代谢困难、机体耐药性明显等.变构剂结合于正构位点之外,能够调节GABABR异源二聚体亚基或结构域间的相互作用.正向变构剂(positive allosteric modulators,PAMs)和负向变构剂(negative allosteric modulators,NAMs)分别可以提高或降低GABABR的活性,并具有较高的特异性和药物安全性,同时还能够保持GABABR信号在时间和空间上的可控性.变构剂为GABABR靶点药物开发提供了新思路.     

GABAB受体变构剂药学研究进展

Y-氨基丁酸B受体(GABAB receptor,GABABR)是最具有药理学意义的药物靶点之一,具有复杂而精细的激活机制.传统的GABABR靶点药物开发集中于激动剂和拮抗剂,这类药物受到多种因素的制约,包括较强的副作用、药物代谢困难、机体耐药性明显等.变构剂结合于正构位点之外,能够调节GABABR异源二聚体亚基或结构域间的相互作用.正向变构剂(positive allosteric modulators,PAMs)和负向变构剂(negative allosteric modulators,NAMs)分别可以提高或降低GABABR的活性,并具有较高的特异性和药物安全性,同时还能够保持GABABR信号在时间和空间上的可控性.变构剂为GABABR靶点药物开发提供了新思路.     

基于GEO数据库、TMT蛋白组学筛选绞股蓝对膀胱癌的蛋白靶点

绞股蓝(Gynostemma pentaphyllum)是传统的中药材,对于多种癌症具有显著的疗效.为筛选绞股蓝对膀胱癌的作用靶点,本研究将30只SPF级SD大鼠随机分为模型组、给药组和空白组,通过膀胱灌注N-甲基-N-亚硝基脲(MNU)建立膀胱癌模型并通过相同的方式进行膀胱灌注绞股蓝干预治疗,在第10周进行取材,通过H&E染色病理切片观察各组膀胱内肿瘤情况以明确药效.通过蛋白质组学串联质谱标签(TMT) 10重标记法检测各组膀胱组织的蛋白差异表达情况,结合GEO数据库中3组膀胱癌数据集对作用靶点进行筛选.结果 显示,绞股蓝反向调节膀胱癌335种蛋白质,其中包括55种上调和280种下调.GEO的3个膀胱癌表达谱中汇集的差异蛋白(DEGs)包含20种上调和50种下调.将GEO中DEGs与TMT蛋白质组学中膀胱癌趋势相同的蛋白进行汇集,结合绞股蓝反向调节数据,总共筛选获得了3个反向调节靶点,其中包括1种下调的靶点CNN1和2种上调的靶点KRT19、PCP4,并通过蛋白免疫印迹法进行验证.本研究结果表明,CNN1、KRT19和PCP4可能是绞股蓝治疗膀胱癌的潜在靶点,绞股蓝可能通过调节CNN1、KRT19和PCP4来抵抗膀胱癌,这为绞股蓝治疗膀胱癌提供分子机制依据.     

基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨黄柏治疗痛风的作用机制CSCD

采用网络药理学、分子对接和体外细胞实验探讨黄柏抗痛风(gout)的物质基础与潜在作用机制。首先通过TCMSP数据库获得黄柏主要活性成分及其对应作用靶点信息;通过GeneCards、OMIM、TTD数据库获得痛风相关疾病靶点;将黄柏有效成分对应靶点与痛风靶点取交集,借助STRING平台及Cytoscape3.9.0软件,绘制交集基因蛋白互作(PPI)网络图;利用基因注释与分析平台(Metascape)数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,通过微生信云平台对富集结果可视化;借助AutoDock Tools软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接,并对核心化学成分抗痛风炎症作用进行实验验证。共筛选出25个黄柏抗痛风活性成分和70个关键交集靶点,PPI网络分析获得5个关键靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARγ)、白介素6(IL-6)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS 2);GO功能和KEGG通路富集显示,黄柏作用于细胞迁移的正向调控、细胞分化的负调控、炎症反应等生物学过程,调控PI3K-Akt、MAPK等信号通路,进而发挥抗痛风作用。分子对接结果显示,黄柏的5个主要活性成分与关键靶点间存在分子结合位点且结合能较强,均小于-5 kcal/mol;体外实验显示核心化学成分对尿酸钠诱导的炎症反应有较好的抑制作用,本研究初步揭示了黄柏具有多种潜在的抗痛风活性成分,其作用机理可能是通过作用于多靶点和多通路来实现的。     

10-23型DNA酶作为鉴定mRNA靶点有效性的新工具

10-23DNA酶是能主动切割mRNA的一类反义寡核苷酸.利用10-23DNA酶的直接切割作用验证mRNA结构靶点的有效性.对筛选的绿色荧光蛋白(GFP)基因mRNA的4个靶点平行设计了4条反义寡核苷酸和4条10-23DNA酶,对照组反义寡核苷酸将最佳靶点——靶点2的反义寡核苷酸突变2个碱基,对照组10-23DNA酶将靶点2的10-23DNA酶结合臂中央突变2个碱基.体外4条10-23DNA酶切割mRNA的结果和相应的4条反义寡核苷酸依赖的RNaseH降解结果完全相似,细胞内4条10-23DNA酶对绿色荧光蛋白的表达抑制作用与相应的4条反义寡核苷酸相似,表明10-23DNA酶显示的最佳作用靶点同样是最佳作用效果的反义寡核苷酸结合靶.10-23DNA酶可以作为评价mRNA结构靶点有效性的新工具.     

基于网络药理学的玫瑰花潜在药理及保健作用机制

基于网络药理学探讨药食同源玫瑰花的有效化合物及其潜在药理及保健作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)和蛋白质相应作用平台(STRING),过滤玫瑰花的有效化合物及对应作用靶点;运用Cytoscape 3.7.0软件建立并分析玫瑰花有效化合物-作用靶点网络;利用STRING数据库平台和Cytoscape 3....     

基因药物研究现状和对策

生物技术药物以人类体细胞的基因组、转录本组和蛋白质组三个层次生物大分子为目标 ,基因药物的研究主要针对致病基因的DNA和基因转录本mRNA两类生物大分子 .mRNA从结构上考虑是研发核酸药物的最理想靶标和策略之一 .反义寡核苷酸、特异水解基因mRNA的核酸酶(ribozyme和DNAzyme)以及具有干扰作用的双链RNA(siRNA)是药物设计的策略之二 .mRNA结构靶点研究是研发反mRNA基因药物的基础 ,mRNA分子具有高度折叠的二级及三级结构 ,阐明其可及性位点 ,筛选其结构靶位点序列是关键 .近年研究报道的靶点筛选有约 7种mRNA的实测新技术 ,以及计算机辅助软件预测分析 .但发展分子生物学实验新技术以分析、确认靶点是药物研发策略之三 .     

PPARα,γ和δ:胰岛素抵抗治疗的靶点

胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)是指外周组织对胰岛素的反应敏感性降低,是肝脏疾病和心血管病发生的共同基础,常常是高脂血症和2型糖尿病发病的前奏.过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPARs)属于核受体超家族的成员.PPARs激动剂可通过多种途径改善胰岛素敏感性,例如调节糖脂代谢、抗炎作用以及间接地改善氧化应激状态.这篇综述主要是回顾IR的病理机制及其治疗靶点:PPARα,δ和γ,并阐明针对此类靶点的胰岛素增敏药物的信号转导通路.     

基于网络药理学和GEO数据研究五苓散治疗视网膜脱离的分子机制

目的 探讨五苓散治疗视网膜脱离(RD)的潜在分子机制。方法 寻找五苓散治疗RD的特异性靶点并构建分析网络,进行基因本体分析和通路富集分析。对五苓散和RD作用靶点进行分子对接,并使用GEO数据对作用靶点进行验证。结果 构建的分析网络包含5种药物成分(51种入血活性成分和1 023个靶点)和1种疾病(RD靶点85个)。根据GEO数据,14个交集靶点中的PFN1、RAC1、ERBB2和MTOR与对照组相比表达具有显著差异,分子对接显示MTOR与药物结合能力最强。结论 本研究初步验证了五苓散可能通过调节MTOR、PI3K-Akt和HIF-1等相关通路参与RD的治疗,为进一步研究提供了理论基础。     

Nrf2在阿尔茨海默病中的研究现状

阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)是最常见的神经系统变性疾病,主要病理特征为细胞外老年斑(senile plaques,SP)和细胞内神经原纤维缠结(neurofibrillary tangles,NFT)形成.但其发病机制不清,涉及多种病理学变化如炎症反应、氧化应激、线粒体功能障碍、细胞凋亡以及突触功能障碍等.核因子E2相关因子2(nuclear factor erythroid 2-related factor 2,Nrf2)是经典的调控机体抗氧化应激反应的核转录因子.Nrf2激活后诱导抗氧化蛋白的表达,提高机体的抗氧化应激能力.随着Nrf2抗氧化应激作用研究的深入,发现Nrf2不仅能够通过抗氧化应激延缓AD的发生发展,且在AD的病理性沉积物的清除、抗炎、抗凋亡、神经营养等方面扮演着重要的角色.近年来,由于多种针对单一靶点的抗AD药物临床试验的失败,有学者提出Nrf2可能是实现AD多靶点疗法的重要因子.因此,本文对Nrf2在AD中的研究现状做一综述,为寻找治疗AD潜在的生物学靶点提供理论依据.     

基于网络药理学和实验验证研究柠檬精油缓解焦虑症的作用机制

基于网络药理学方法探讨柠檬精油(lemon essential oil, LEO)干预焦虑症的作用机制并进行实验验证。GC-MS测定LEO组成,从TCMSP平台挖掘LEO的作用靶点;利用OMIM、GeneCards数据库获得焦虑症靶点;利用Venny获得LEO-焦虑症的交集靶点,进行GO和KEGG富集;利用Cytoscape构建“成分-靶点-通路-疾病”网络,利用1-Click Docking对关键成分与靶点进行分子对接。利用细胞炎症模型进行验证。从构建的网络中得到LEO的19种活性成分如柠檬烯、α-松油醇、β-蒎烯、乙酸橙花酯、4-萜品醇等,通过作用于18个疾病靶点(占总靶点78.26%)如GABRA2、MAO、DRD1、GRIA2等,调控20条信号通路如神经活性配体-受体相互作用、羟色胺能突触、多巴胺能突触等。柠檬精油对DPPH、ABTS自由基有抑制作用,能降低由脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)诱导HaCaT细胞内活性氧(reactive oxygen species, ROS)水平,降低炎症因子NO、TNF-α及IL-6水平。LEO通过多种有效成分多靶点调...     

甘草抗动脉粥样硬化机制的网络药理学研究

利用网络药理学方法探讨甘草在抗动脉粥样硬化中的分子机制。本研究利用中医药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)分析甘草中的有效活性成分,并获得有效成分的作用靶点。通过Cytoscape软件构建可视化靶点互相作用网络,对网络中的关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析。结果显示甘草中40种有效活性成分的预测靶点共97个,47个靶点与动脉粥样硬化(AS)相关,其中18个是血管保护药物和脂质修饰药物的作用靶点,表明甘草可作为调控AS发展的药物。基于97个预测靶点的GO富集分析,发现甘草可参与多种生物学过程,尤其是应对外源性刺激,以及参与细胞凋亡等过程。通过构建甘草靶点与AS疾病靶点相互作用网络(PPI),确定了AKT1、MAPK3、MAPK1、JUN和CASP3等关键靶点,并对关键靶点进行KEGG富集分析,结果表明甘草主要影响调控细胞增殖、生存以及凋亡的细胞信号转导相关通路,并激活先天免疫相关信号通路,调节炎性细胞因子释放,从而发挥抗动脉粥样硬化作用。甘草具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,主要通过PI3K-AKT信号途径、MAPK信号途径、NOD样受体信号通路调控细胞增殖和凋亡,同时发挥免疫调控作用,从而影响动脉粥样硬化的发展,由此可见,甘草可作为动脉粥样硬化疾病治疗的候选中草药。