猪FGL2基因cDNA末端序列检测及结构分析

检测猪FGL2基因cDNA末端序列并对该基因结构初步分析。α-32P dCTP放射性同位素标记cDNA探针筛选猪基因组DNA文库;cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA end,RACE)。以猪正常小肠及心脏组织提取新鲜总RNA,反转录后作为模板,设计基因特异性引物,采用Advantage 2 聚合酶混合物进行PCR扩增;依据猪与人FGL2基因3′端已知同源序列设计PCR上游引物,以人FGL2基因3′末端序列设计下游引物,以猪基因组DNA为模板采用Advantage 2 聚合酶混合物进行PCR反应;PCR载体重组质粒DNA亚克隆扩增。同位素探针未能筛选到特异阳性克隆,RACE反应检测到特异性转录起始位置及第一个转录终止位置,但仍未检测到第二个转录终止位置。猪基因组DNA行PCR扩增成功检测到猪FGL2基因3′末端未知序列及第二个转录终止位置。     

用一个简单快速的RT-PCR技术筛选白细胞介素-6作用相关基因

为了研究白细胞介素-6(IL-6)作用相关基因以及一些可能受IL-6调控的基因,利用一个简单快速的以PCR为基础的方案,检测了IL-6处理和未处理的Sko007细胞中基因表达的差异,克隆并鉴定了差异表达基因的cDNA片段.首先用6-mer寡核苷酸引物进行反转录从而最大限度地将mRNA编码区序列生成cDNA;然后用2或3个较长的随机引物进行PCR扩增,并以不同引物组合重复PCR增扩;扩增产物在2%琼脂糖凝胶上电泳分离,回收差异片段并直接用于克隆、测序及进一步分析.在此研究中,获得了3个表达序列标签(EST),其中一个为新的基因片段,反向RNA杂交有力证实了它们与IL-6作用的相关性.进一步的生物信息学分析表明,新基因片段STRF17在多种组织中表达.     

应用多重RT-ORC技术检测食管癌患者外周血多种肿瘤基因标志物的研究

目的:建立多重RT-PCR同步检测技术,联合检测黑色素瘤抗原MAGEA3基因、人类斯钙素hSTC1基因、上皮细胞角质蛋白CK20、CK19基因及癌胚抗原CEA基因mRNA在食管癌患者外周血中的表达.方法:在分析MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19、CEA和B-actin六种基因mRNA全长序列资料的基础上,自行设计并筛选出6对引物及6条寡核苷酸探针,利用多重RT-PCR技术并结合基因芯片对样本进行检测.结果:全部样品均可检出B-actin,55例食管癌患者外周静脉血中MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA的阳性表达率分别为25.45%、47.27%、49.09%、34.55%和52.73%;多重RT-PCR技术同时检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因,如果至少表达其中一种即可作为阳性表达者,其阳性表达率可达72.73%.而10例食管癌组织中均为阳性,28例正常健康捐献者的外周血中有2例CEA表达阳性,27例非肿瘤病人的外周血中有3例CK20阳性,3例CK19阳性,3例CEA阳性.测序结果证实RT-PCR产物确为MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因.结论:联合检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA可以增加外周血循环癌细胞检测的敏感性,本研究建立的多重RT-PCR技术可以做为一种快速、灵敏的检测手段.     

应用多重RT—PCR技术检测食管癌患者外周血多种肿瘤基因标志物的研究

目的:建立多重RT-PCR同步检测技术,联合检测黑色素瘤抗原MAGEA3基因、人类斯钙素hsTC1基因、上皮细胞角质蛋白CK20、CK19基因及癌胚抗原CEA基因mRNA在食管癌患者外周血中的表达。方法:在分析MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19、CEA和β-actin六种基因mRNA全长序列资料的基础上,自行设计并筛选出6对引物及6条寡核苷酸探针,利用多重RT-PCR技术并结合基因芯片对样本进行检测。结果:全部样品均可检出β-actin,55例食管癌患者外周静脉血中MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA的阳性表达率分别为25.45%、47.27%、49.09%、34.55%和52.73%;多重RT-PCR技术同时检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因,如果至少表达其中一种即可作为阳性表达者,其阳性表达率可达72.73%。而10例食管癌组织中均为阳性,28例正常健康捐献者的外周血中有2例CEA表达阳性,27例非肿瘤病人的外周血中有3例CK20阳性,3例CK19阳性,3例CEA阳性。测序结果证实RT-PCR产物确为MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因。结论:联合检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA可以增加外周血循环癌细胞检测的敏感性,本研究建立的多重RT-PCR技术可以做为一种快速、灵敏的检测手段。     

坏疽病原体快速检测方法的临床应用

目的:利用荧光定量PCR技术,建立一种快速、敏感、特异的检测产气荚膜梭菌的方法,及时用于指导临床治疗。方法:以产气荚膜梭菌16srRNA基因作为靶序列,设计一对特异引物和探针,以伤口分泌物和脓液提取的核酸作为模板,利用已经优化的引物和探针进行PCR反应;同时与细菌培养作比较,验证此方法的快速性、敏感性及特异性。结果:建立的反应体系在上游引物浓度为0.45μmol/L,下游引物浓度为0.15μmol/L,探针浓度为0.3μmol/L时,具有很好的敏感性,与21种其他细菌均无交叉反应,其敏感性为9cfu/反应体系。荧光定量PCR检测结果与细菌培养结果完全一致。结论:所建立的荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速,能对产气荚膜梭菌感染做出准确的检测报告,具有对战时高发疾病气性坏疽进行快速和定量检测潜质。     

产气荚膜梭菌实时荧光PCR方法的建立

目的:利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的检测产气荚膜梭菌的方法。方法:以产气荚膜梭菌基因为靶序列设计引物和探针,以自产气荚膜梭菌菌株中提取的DNA为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的特异性、敏感性。结果:建立的反应体系在上游引物浓度为0.45μmol/L、下游引物浓度为0.15μmol/L、探针浓度为0.3μmol/L时,具有良好的特异性和敏感性,与创伤弧菌等12种相关细菌均无交叉反应;对纯菌检测的灵敏度低于10 CFU/反应体系。结论:建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对战时气性坏疽做出快速准确的报告,实现对这种战时高发疾病的安全、快速和定量检测。     

菠菜甜菜碱醛脱氢酶基因的克隆和序列分析

以耐盐的菠菜mRNA为模板,经反转录合成甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因第一链cDNA。在人工合成的两端引物引导下,通过多聚酶链式反应(PCR),扩增获得双链cDNA。把重组有BADH基因的pUC19转化至E.coli DH5α菌株,亚克隆后测定了基因的全序列。所得到的BADH基因全长序列为1491bp,编码497个氨基酸。与文献报道的相比较,核苷酸序列同源性99.8％,氨基酸序列同源性达99.6％。在此基础上,构建了BADH基因的高等植物表达载体。     

反向PCR克隆黑根霉R306△6-脂肪酸脱饱和酶基因

利用简并引物扩增出Δ6-脂肪酸脱饱和酶基因的核心序列,设计与核心序列互补的反向引物,以5′端带磷酸基团的引物进行反转录cDNA,然后在 12 ℃下环化cDNA,并以此作为模板进行反向PCR,引物的延伸方向自核心区向环化分子的未知序列进行,扩增出核心区的上下游序列.应用该方法扩增并测定了黑根霉R306的Δ6-脂肪酸脱饱和酶基因全序列.并对酶的低温适应机制在氨基酸序列上进行了分析.     

小花棘豆(Oxytripis glabra DC)毒素基因的cDNA克隆及序列测定

在完成小花棘豆毒素 95 %氨基酸序列的基础上 ,根椐已知的氨基酸序列 ,设计合成了特异简并引物 .以小花棘豆总RNA为模板 ,逆转录合成cDNA第一链 ,用置换法合成双链cDNA .用特异引物对此双链cDNA进行PCR扩增 ,将扩增后的目的基因与用SmaⅠ酶切的质粒pUC 18连接 ,转化大肠杆菌JM10 7.筛选阳性克隆进行序列分析 ,获得了OXY基因的全部序列 .经测序后测得基因序列与原氨基酸序列对照完全一致 .GenBnak数据检索说明 ,OXY基因编码序列确定是一个从未报道的序列 .此研究结果对该毒素的应用研究奠定了基础 .     

引物悬挂延伸PCR扩增白藜芦醇合酶cDNA

为了得到葡萄白藜芦醇合酶(RS)基因的cDNA,实验以葡萄叶片为材料,利用引物悬挂延伸PCR法,以葡萄总DNA为模板,先分别扩增得到编码白藜芦醇合酶的第一外显子和第二外显子的序列,再以这两个序列为模板,进行第二轮的PCR,得到大小与RS基因大小相同的片段,经PCR产物测序证明,两个外显子已经准确无误地拼接,此片段就是RS基因。     

分子信标-TaqMan探针法实时荧光定量PCR新型探针及引物

在TaqMan探针法实时荧光定量PCR中,排除由引物探针聚合延伸引起的假阳性问题以及由引物二聚体(Primer Dimer,PD)引起的假阴性问题。首先对不同探针进行引物探针聚合实验;然后通过双重PCR的干扰实验选择合适的内标基因,并使用内标质粒检测验证中部同序引物排除PD干扰的实用性;最后比较探针法不同体系检测HBV基因的灵敏度。结果表明,引物与探针聚合实验中,含有反义碱基的HBVP4在重复实验中未出现假阳性;竞争性双重PCR和非竞争性双重PCR两模板开始出现干扰作用的浓度差分别为20倍和100倍;对于内标基因,使用中部同序引物对以及普通引物对分别可以检测到10-9和10-8稀释度;3种HBV基因检测体系,使用普通引物对可以检测到Ct33左右,加入内标系统和使用中部同序引物对均可检测到Ct35左右。在TaqMan-分子信标结构调整的基础上引入反义碱基可以在排除由引物和探针聚合延伸引起的假阳性问题;在探针法中,使用中部同序引物对和加入内标系统均可降低PD的干扰程度,提升检测的灵敏度。     

国兰肌动蛋白基因片段的克隆与表达分析

根据兰科植物(Orchidaceae)蝴蝶兰(Phdaenopsis)的肌动蛋白基因(Actin)序列设计跨内含子引物,分别以cDNA第一链和基因组DNA为模板,采用RT-PCR和PCR方法从墨兰(Cymbidium sinense)、春兰(C.goeringii)中分离出Actin基因的同源片段.序列分析结果表明:墨...     

猪细小病毒LDR-PCR检测方法的建立和应用

为准确特异灵敏地检测猪细小病毒(PPV),建立一种新的LDR-PCR方法。首先在病毒的保守区内设计一对LDR探针,LDR探针两端各连有一段引物对应序列,以连接产物为模板进行PCR,琼脂糖凝胶电泳检测结果。以标准质粒为模板,通过对LDR反应的退火温度、连接酶浓度及探针浓度等反应条件进行优化,确定了LDR最佳的反应体系,并建立了LDR-PCR方法。结果表明,可以特异地检测PPV,与猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病毒(PRV)、猪圆环病毒(PCV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)无交叉反应;最低检测限为102个拷贝。利用建立的方法对41例临床样本进行检测,14份样品PPV阳性,与普通PCR检测结果符合率为97.6%。     

犬细小病毒中国内蒙株VP2基因克隆及序列分析

从我国内蒙古地区流行的犬细小病毒病病犬的肠溶物中分离提纯犬细小病毒(CPV).提取病毒基因组DNA,并以此DNA为模板,采用人工合成的引物进行PCR 扩增,PCR产物经BamHI、SacI双酶切后,克隆于pUC19质粒的BamHI/Sac I位点.重组质粒pUCVP2经PCR鉴定、限制酶切分析和序列分析,结果表明:获得了犬细小病毒内蒙株(CPV-IM)VP2基因的全长克隆, VP2基因全长1755nt,与国外报道的美国1株(CPV-N)、美国2株(CPV-B)和猫全白细胞减少症病毒(FPLV)的核苷酸序列同源性分别为99.32%、98.29%、98.52%,氨基酸序列同源性分别为98.87%、97.09%、97.77%.     

支原体检测多重定量PCR方法的建立及应用

目的:建立一种快速、准确的方法检测支原体,这不仅可以有效地减少和预防支原体污染,还能为科研工作者提供一定的指导价值。方法:利用荧光定量PCR(TaqMan探针法)检测支原体,反应体系中同时存在标记两种颜色TaqMan探针及相关引物,分别检测支原体DNA和参考基因模板。根据支原体16S核糖体RNA保守区和参考基因TOP3A保守区设计引物和探针。通过对引物浓度、探针浓度和退火温度等反应条件的优化,建立了TaqMan探针多重定量PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性和重复性进行了验证。结果:建立的双色荧光探针定量PCR方法的标准曲线相关系数r2和扩增效率分别为0.995和113.36%;该方法最低检测限为10 copies/μL;组内及组间变异系数均小于1%,证明该检测方法高效。利用该方法对随机挑选90例细胞抽提DNA样本进行检测,结果有60例为支原体阳性样本,阳性率67%,阳性率与相关研究报道一致。检测3个细胞培养上清样本,结果 1例支原体阳性,2例支原体阴性。从检测的样本中随机选择3个阳性样本及2个阴性样本使用普通PCR支原体检测试剂盒检测,结果一致;将其测序,测序结果比对正确。结论:本研究建立的多重定量PCR支原体检测方法能够应用于细胞抽提DNA及细胞培养上清的支原体检测,可以实现高效、快速检测支原体污染。     

转基因玉米Bt176液相芯片检测方法的建立

为建立转基因玉米Bt176的液相芯片检测方法,根据已公布的转基因玉米Bt176外源插入基因CaMV35S启动子序列,外源基因3’端与玉米基因组DNA连接区序列,同时以玉米特异Zein内源基因序列为参照,利用Primer Premier5.0等软件设计特异性引物和探针。将探针与荧光编码微球偶联后,与PCR产物杂交反应,用液相芯片检测仪(Bio-plex 200)检测荧光信号。检测结果显示,该方法具有高特异性及灵敏度,各条探针之间无交叉反应,最低检测限可达0.01%。初步建立了检测转基因玉米Bt176的液相芯片技术,为其他转基因作物的快速高通量检测提供了借鉴和经验。     

内含子中正筛选标记neo基因在转录中的剪切研究

目的:研究插入内含子中的正筛选标记基因neo在转录中的剪切情况。方法:克隆了猪血清白蛋白基因5'端调控序列,以猪基因组DNA为模板,P10/P11为引物,PCR扩增猪血清白蛋白基因翻译终止密码子后2.9kb的3'端调控序列;以pEGFP-1为模板,P400/P401为引物PCR扩增绿色荧光蛋白(EGFP)基因,插入猪血清白蛋白基因5'端调控区之后,在3'端调控序列的内含子中靠近N端的序列中插入正筛选标记基因neo,构建了表达EGFP的真核表达载体pEXp11。转染人肝癌细胞系HepG2,通过G418药物筛选获得稳定转染的抗药性细胞克隆。提取抗性细胞克隆基因组RNA并进行反转录,获得cDNA序列。结果:用引物D400/D401及分别位于neo基因和3'端调控序列上的一对引物D394/D357进行PCR检测,其中D394/D357并未扩增出目的条带。结论:插入内含子中的neo基因在转录过程中可随内含子一起被剪切。     

乙型脑炎病毒结构蛋白C＋pre M和E基因的克隆与序列分析

目的对乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus,JEV）结构蛋白基因进行扩增、克隆和序列测定。方法根据GenBank中发表的乙脑病毒结构蛋白基因C＋pre M基因和E序列,设计合成两对引物,以JEV Nakayama-NIH株RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy载体连接并转化大肠杆菌DH5α菌株,提取的重组质粒用电泳、PCR和酶切鉴定后并进行测序。将JEV Nakayama-NIH与GenBank中报道的多株JEV结构蛋白C＋pre M基因和E基因序列进行了比较。结果Nakayama-NIH与其他参考株C＋pre M和E基因的核苷酸同源性为99%,证实扩增克隆的是JEV的结构蛋白C＋pre M和E基因。结论对JEV分子生物学特征进行了分析,为JEV特异性核酸探针的研制奠定了基础。     

转g10-epsps基因耐除草剂大豆ZUTS-33转化体特异性检测方法的建立

转g10-epsps基因耐除草剂大豆ZUTS-33是由浙江大学研发的耐除草剂大豆品系,目前已进入生产性试验阶段。到目前为止尚无文献报道对该转基因新品种的检测方法,因此亟需建立精准的定量检测方法为农业转基因生物安全管理提供技术支持。根据耐除草剂大豆ZUTS-33品系外源基因插入位点特异序列设计引物和TaqMan探针,利用优化的实时荧光定量PCR检测方法评价该引物对和探针的特异性、准确度、精确度和重复性,并确定此检测方法的检测极限（limit of detection,LOD）和定量极限（limit of quantity,LOQ）。实验结果显示,研究所建立的转基因大豆ZUTS-33转化体特异性实时荧光定量PCR检测方法具有高度的品系鉴定特异性,准确度、精确度均符合要求,重复性较好,且检测方法的LOD达到20拷贝,LOQ达到40拷贝。研究结果为转g10-epsps基因耐除草剂大豆ZUTS-33的身份识别和检测监测提供了有效的方法。     

葡萄病毒B的RT-PCR检测技术研究

旨在建立适合葡萄的葡萄病毒B的RT-PCR检测技术。从感染葡萄病毒B的葡萄皮层中提取总RNA,以其为模板合成cDNA第一链,并利用两对引物分别进行PCR扩增;回收PCR特异扩增产物,与pUCm-T载体连接,并进行转化、重组克隆的筛选、重组质粒的酶切鉴定和序列测定。结果显示,两对引物均能获得与预期片段大小一致长约460 bp和470 bp的扩增产物扩增片段序列与已报道GVB序列(序列号:X75448)的核苷酸同源性均为81%,经反复多次试验证实,利用总RNA为模板合成cDNA并进行PCR扩增检测GVB是准确、可靠的。