rDNA ITS序列在ACCC真菌鉴定中的应用

【目的】真菌无处不在,并与人类生活紧密相关。真菌的鉴定是科学研究和资源开发利用的基础。本研究从中国农业微生物菌种保藏管理中心(ACCC)随机选取已经定名的112株库藏真菌菌株作为实验材料,通过DNA测序,评估核糖体DNA内转录间隔区(rDNA ITS)序列在真菌属级鉴定上的应用。【方法】采用真菌DNA条形码rDNA ITS的序列测定和在GenBank中查寻比对的方法,对这些菌株进行属水平的鉴定复核。【结果】通过研究,供试菌株中有80株的属名与原鉴定相符,同时表明序列中套峰的情况降低与Gen Bank中序列比对的相似性。【结论】rDNA ITS序列测定法可以用于真菌菌株进行属水平的鉴定复核,国家菌种保藏机构应对已入库保藏和即将入库的所有真菌菌株都进行属水平的鉴定复核,并对菌株鉴定结果作审慎处理,原定名的名称及其变更历史应以"曾用名"在数据库中保留。     

基于核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术快速鉴定伦茨菌属放线菌

【目的】伦茨菌属(Lentzea)放线菌(Actinobacteria)代谢产物具有广泛的生物活性,在医药领域展现出潜在的应用价值。本研究尝试建立以核糖体蛋白质为标志物,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight masss pectrometry,MALDI-TOF MS)技术鉴定伦茨菌属放线菌的方法。【方法】检索基因组数据库,提取伦茨菌属菌种模式菌株15种核糖体蛋白质的序列并计算理论分子量;通过分子量比对分析伦茨菌属菌种模式菌株之间及其与邻近属菌种模式菌株之间15种核糖体蛋白质的匹配度,提出鉴定至菌种及属的核糖体蛋白质匹配数标准;选取目标属和非目标属菌种进行MALDI-TOFMS测试和分析并修正鉴定标准。【结果】将待测菌株的MALDI-TOF质谱峰与伦茨菌属各菌种模式菌株的15种核糖体蛋白质分别匹配,通过最大匹配数及质谱峰强度模式可鉴定至属或种。【结论】本研究建立了基于15种核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术鉴定伦茨菌属放线菌的方法,可为放线菌纲其他类群的快...     

651株深部真菌感染菌种分布及耐药性分析

目的了解真菌耐药性变化趋势,探讨预防措施。方法对疑为深部真菌感染患者采样,用沙保罗培养基进行真菌分离,用ATB鉴定卡作菌种鉴定,用ATBFUNGUS板进行药敏试验。结果真菌感染中以白色假丝酵母菌感染为主,占57.6%。真菌对两性霉素-B、5-氟胞嘧啶保持较高的体外抗真菌活性,敏感率分别为94.99%和98.99%。结论深部真菌感染主要由白色假丝酵母菌、热带假丝酵母菌引起,对两性霉素-B、5-氟胞嘧啶保持较高的体外活性,两者仍是治疗真菌的有效药物。     

基于核糖体基因序列快速鉴定产脂肪酶微生物

利用含罗丹明B的橄榄油检测平板从中国各省市油污土壤中分离、筛选产脂肪酶微生物菌株,扩增细菌的核糖体基因16S rDNA序列和真菌的ITS2序列,分析核糖体基因簇DNA,并结合形态学特征从而对产脂肪酶菌株进行分子生物学鉴定.核糖体基因16S rDNA序列分析及系统发育分析表明,分离得到的产脂肪酶细菌分别属于枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、产碱假单胞菌(Pseudomonas alcaligenes)、洋葱伯克霍尔德氏(Burkholderia cepacia)、琼氏不动杆菌(Acinetobater jurii)、嗜麦芽窄食单孢菌(Stenotrophomonas maltophilia)和荧光假单胞菌(Pseudomonas sp.);真菌核糖体基因转录间隔区(ITS2)序列及同源性分析表明产脂肪酶真菌分别属于黑曲酶(Aspergillus niger)、白地酶(Galactomyces geotrichum)、解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)、丝孢酵母(Trichosporon guehoae)和假丝酵母(Candida sp.).研究结果表明,核糖体基因簇的DNA分析技术为从自然界分离、鉴定产脂肪酶菌种提供了一种快速有效的手段,为产脂肪酶微生物资源开发利用奠定了技术基础.     

真菌共祖起源的分子证据

以真菌界、动物界和植物界中的19种各类生物作为代表,从具有进化速率不同区段结构的核糖体核酸基因大亚基全序列的C3、C9及C11三个高度保守区段中鉴定出了4条真菌所共有的核苷酸序列,亦即真菌界所特有的核苷酸序列。从其保守区段C5中鉴定出了1条子囊菌门所特有的保守序列;从保守区段C7中鉴定出了1条担子菌门所特有的保守序列。研究结果为各类真菌起源于一个共同祖先提供了分子证据。用于研究的美味石耳的核糖体核酸基因大亚基全序列是由本实验室所提供;其他18种核糖体核酸基因大亚基全序列来自GenBank。     

真菌共祖起源的分子证据

以真菌界、动物界和植物界中的19种各类生物作为代表,从具有进化速率不同区段结构的核糖体核酸基因大亚基全序列的C3、C9及C11三个高度保守区段中鉴定出了4条真菌所共有的核苷酸序列,亦即真菌界所特有的核苷酸序列。从其保守区段C5中鉴定出了1条子囊菌门所特有的保守序列;从保守区段C7中鉴定出了1条担子菌门所特有的保守序列。研究结果为各类真菌起源于一个共同祖先提供了分子证据。用于研究的美味石耳的核糖体核酸基因大亚基全序列是由本实验室所提供;其他18种核糖体核酸基因大亚基全序列来自GenBank。     

利用基因组学和MALDI-TOF MS技术鉴定放线菌纲细菌的核糖体蛋白质标志物

【目的】基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法基于微生物的特征蛋白指纹图谱鉴定菌种,本研究利用基因组学和MALDI-TOFMS技术鉴定放线菌纲细菌的核糖体蛋白质标志物。【方法】从MALDI-TOF MS图谱数据库选取放线菌纲代表菌种,在基因组数据库检索目标菌种,获取目标菌株或其参比菌株的核糖体蛋白质序列,计算获得分子质量理论值,用于注释目标菌株MALDI-TOFMS指纹图谱中的核糖体蛋白质信号。【结果】从8目,24科,53属,114种,142株放线菌的MALDI-TOFMS图谱中总共注释出31种核糖体蛋白质。各菌株的指纹图谱中核糖体蛋白质信号数量差异显著。各种核糖体蛋白质信号的注释次数差异显著。总共15种核糖体蛋白质在超过半数图谱中得到注释,注释次数最高的是核糖体大亚基蛋白质L36。【结论】本研究找到了放线菌纲细菌MALDI-TOF MS图谱中常见的15种核糖体蛋白质信号,可为通过识别核糖体蛋白质的质谱特征峰鉴定放线菌的方法建立提供依据。     

基于核糖体蛋白质标志物及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术快速鉴定糖丝菌属放线菌

【目的】糖丝菌属(Saccharothrix)是一类丝状稀有放线菌,在生物医药、工业酶制剂和环境修复等领域展现出应用价值。本研究尝试建立以核糖体蛋白质为标志物,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术鉴定糖丝菌属放线菌的方法。【方法】检索基因组数据库,提取糖丝菌属测序菌株15种核糖体蛋白质的序列并计算理论分子量;通过分子量比对分析糖丝菌属不同菌种之间及其模式菌株与邻近属菌种模式菌株之间15种核糖体蛋白质的匹配度,提出鉴定至菌种及属的核糖体蛋白质匹配数标准;选取目标属和非目标属菌种进行MALDI-TOF MS测试和分析并修正鉴定标准。【结果】将待测菌株的MALDI-TOF质谱峰与糖丝菌属各菌种模式菌株的15种核糖体蛋白质分别匹配,通过最大匹配数、质谱峰强度模式及特征质谱峰鉴定至属或种。【结论】本研究建立了基于15种核糖体蛋白质标志物及MALDI-TOF MS技术鉴定糖丝菌属放线菌的方法,可用于定向筛选和快速鉴...     

真菌共祖起源的分子证据

以真菌界、动物界和植物界中的19种各类生物作为代表,从具有进化速率不同区段结构的核糖体核酸基因大亚基全序列的C3、C9及C11三个高度保守区段中鉴定出了4条真菌所共有的核苷酸序列,亦即真菌界所特有的核苷酸序列.从其保守区段C5中鉴定出了1条子囊菌门所特有的保守序列;从保守区段C7中鉴定出了1条担子菌门所特有的保守序列.研究结果为各类真菌起源于一个共同祖先提供了分子证据.用于研究的美味石耳的核糖体核酸基因大亚基全序列是由本实验室所提供;其他18种核糖体核酸基因大亚基全序列来自GenBank.     

赤眼蜂分子鉴定技术研究

通过对6种常见赤眼蜂,即松毛虫赤眼蜂Trichogramma dendrolimi Matsumura、玉米螟赤眼蜂T. ostriniae Pang et Chen、螟黄赤眼蜂T. chilonis Ishii、广赤眼蜂T. evanescens Westwood、甘蓝夜蛾赤眼蜂T. brassicae Bezdenko及食胚赤眼蜂T. embryophagum (Hartig)之核糖体核糖核酸基因第二内部转录区（rDNA-ITS2）的克隆测序,调用GenBank中同源序列,对不同蜂种的rDNA-ITS2序列进行了多重排比和聚类,探讨了rDNA-ITS2用于赤眼蜂属不同种系统进化关系分析及赤眼蜂分子鉴定的可行性。为了考察rDNA-ITS2在赤眼蜂种下水平鉴定上的可能性,作者收集了我国常见的松毛虫赤眼蜂6个地理种群（黑龙江亚布力、吉林长春、吉林仁和、陕西长安、江苏徐州、广东广州）,采用相同方法测定了它们的rDNA-ITS2序列。序列分析结果表明,赤眼蜂种下阶元ITS2序列非常保守,而种间存在明显的遗传差异。通过外群比较发现,rDNA-ITS2只适合于赤眼蜂种一级的分子鉴定。     

河北省苹果园根际土壤中疑似致病镰孢菌种类

为了解引起河北省苹果再植病害的病原菌,在河北省10个地区苹果园中采集土壤样品,在实验室进行病原菌的诱集分离培养,根据形态和分子特征对主要病原菌进行种类鉴定。结果表明,在分离得到的293株真菌中,有116株镰孢菌,为分离频率最高的真菌。在形态学鉴定的基础上,对供试镰孢菌进行了分子鉴定。在基于核糖体基因内转录间隔区（rDNA-ITS）序列与翻译延长因子1α（EF-1α）序列片段构建的系统发育树中,代表菌株分别与GenBank登记的所属菌株聚于同一群。研究结果明确了河北省苹果再植病害的疑似致病镰孢菌,包括：尖孢镰孢Fusarium oxysporum、木贼镰孢F. equiseti、锐顶镰孢F. acuminatum、层出镰孢F. proliferatum和茄腐镰孢F. solani。     

核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。     

辽宁省微生物菌种保藏中心

<正>辽宁省微生物菌种保藏中心是2005年经辽宁省科技厅批准、依托辽宁省微生物科学研究院组建的东北三省唯一的微生物菌种专业保藏管理机构,主要从事微生物菌种资源分离、收集、鉴定、评价,优良菌种选育、保藏、供应及对外交流,开展微生物菌种保藏与应用技术研究。本中心拥有完备的菌种保藏管理设施,拥有可容纳50000株菌种的低温保藏库和可保藏1200种的大型真菌标本库。现有用于环境、工业、农业、检测、食药用真菌等行业的各类菌种2000余株,有大量高性能的优良生产菌株。中心现有研究人员13人,其中高级职称5人。设有菌种鉴定、菌种性能评价与应用、分子生物学等实验室,拥有先进的菌种鉴定与分析技术手段,建立了表型分析技术、系统发育学分析技术、基因型分析技术等多项鉴定技术     

耐热真菌的分类鉴定及rDNA-ITS系统发育分析

分别从山东、山西、河北、陕西、河南、云南、江西、海南、新疆、内蒙古、甘肃、广州等地实地采集堆肥、培养料、草堆等标本600多份,分离鉴定出耐热真菌28种,其中包括2个中国新记录种,沙生梭孢壳Thielavia arenaria和丰孢木霉Trichoderma saturnisporum,其余26个为中国已知种。在形态分类的基础上,对所分离鉴定的28株耐热真菌及购买的3株耐热真菌,进行rDNA-ITS序列测定,所测序列片段长度为554－895bp。将所测的31个和从GenBank下载的15个耐热真菌的rDNA-ITS序列构建NJ系统发育树,该树较好地显示了耐热真菌的系统进化关系,有力地支持了形态学的观点。     

辽宁省微生物菌种保藏中心

<正>简介辽宁省微生物菌种保藏中心是2005年经辽宁省科技厅批准、依托辽宁省微生物科学研究院组建的东北三省唯一的微生物菌种专业保藏管理机构,主要从事微生物菌种资源分离,收集、鉴定、评价,优良菌种选育、保藏、供应及对外交流,开展微生物菌种保藏与应用技术研究。本中心拥有完备的菌种保藏管理设施。拥有可容纳50000株菌种的低温保藏库和可保藏1200种的大型真菌标本库。开通了辽宁省微生物菌种资源共享平台网站。现有用于环境,工业、农业、检测、食药用真菌等行业的各类菌种2000余株,有大量高性能的优良生产菌株。中心现有研究人员13人,其中高级职称5人。设有菌种鉴定、菌种性能评价与应用、分子生物学等实验室,拥有先进的菌种鉴定与分析技术手段,建立了表型分析技术、系统发育学     

病原真菌生态学研究现状及方法

通过形态学、生理生化学及分子生物学等方法鉴定由自然界分离的真菌菌种,构建系统发生树,了解菌种间亲缘关系,评估种间和种内的进化规律,了解真菌与其所处环境的相互关系,是真菌生态学的主要研究目的之一。本文就真菌与自然界和动物宿主的相互关系,环境中真菌的分离和鉴定方法及系统发生学研究及现状进行综述,以期了解致病真菌的生存环境、种类发生、感染途径等,达到尽早控制感染源、探讨致病性及防治疾病传播的目的。     

盐生植物翅碱蓬的内生真菌多样性分析

【目的】对辽宁省盘锦市双台子河口国家自然保护区的盐生植物翅碱蓬(Suaedaheteroptera Kitag.)的内生真菌进行研究。【方法】利用传统分离方法对翅碱蓬的根、茎、叶组织进行分离和纯化,根据形态学和理化特征,并结合rDNA-ITS序列分析对菌种进行鉴定。【结果】共分离得到内生真菌49株,这些内生真菌分属于13个属,其中小丛壳菌属(Glomerella)、链格孢属(Alternaria)、毛盘孢属(Colletotrichum)和枝孢属(Cladosporium)为优势菌属。翅碱蓬的内生真菌分布具有一定的组织特异性,两种不同生境中的翅碱蓬内生真菌群落丰富度差异较小,相似度较高,但在某些种属上存在特异性。【结论】翅碱蓬体内含有丰富的内生真菌资源,其内生真菌具有很高的宿主特异性,而且其分布受生境影响。     

中国大陆地区丛枝菌根真菌菌种资源的分离鉴定与形态学特征

【目的】分离收集保藏中国大陆各个地区不同生态环境的丛枝菌根真菌菌种资源,为丛枝菌根的研究提供资源、奠定基础。【方法】以高粱为宿主植物,采用诱导培养、单孢培养和扩繁培养分离土壤样品中的丛枝菌根真菌菌种并鉴定。【结果】从我国大陆的45个地区50余种宿主植物根区土壤中分离到丛枝菌根真菌135株,隶属于23个种;对各个菌株的形态特征进行了描述。【结论】我国蕴藏着丰富的丛枝菌根真菌菌种资源,文中描述的菌种资源是目前从我国大陆地区获得的种类和数量最多、覆盖范围最广的AM真菌菌种资源。     

耐热真菌五个中国新记录种

通过形态特征观察、rDNA-ITS序列测定及分析,报道5个耐热真菌中国新记录种,即加纳木霉Trichoderma ghanense,芬尼新萨托菌Neosartorya fennelliae,草莓状炭团菌Hypoxylon fragiforme,焦特普尔毛壳Chaetomium jodhpurense,黄色毛壳Chaetomium luteum。根据所采集的标本和菌种对这些种进行了描述和讨论。研究标本保存在山东农业大学植物病理学标本室(HSAUP)。     

297例浅部真菌病临床及病原菌菌种分析

目的 探讨皮肤浅部真菌病致病真菌菌种的构成.方法 对297例真菌涂片阳性和培养阳性的浅部真菌病患者,取标本进行分离培养及菌种鉴定,培养阳性标本在形态学上不能准确鉴定的,进行梅里埃API 20C AUX酵母菌鉴定试剂盒或核糖体DNA （rDNA） ITS区序列测定,确切鉴定菌种.使用SPSS 17.0统计软件对于结果进行统计分析.结果 共分离培养出致病菌13种,其中红色毛癣菌86株（29.0％）,须癣毛癣菌68株（22.9％）,念珠菌属59株（19.9％）,暗色真菌属13株（4.4％）,曲霉菌属13株（4.4％）,红酵母菌12株（4.0％）,青霉菌属9株（3.0％）,毛霉菌9株（3.0％）,犬小孢子菌5株（1.7％）,浅白隐球菌3株（1.0％）,毛孢子菌属2株（0.7％）,絮状表皮癣菌1株（0.3％）,混合感染17株（5.7％）.结论 本地区浅部真菌病以甲癣为主,主要致病真菌是红色毛癣菌,但其他种类真菌感染尤其是念珠菌属有明显上升趋势.