科学出版社新书

《基因组2》Genomes 2[英]T．A．Brown著袁建刚等译7-03-015474-6／Q．1585 2006．6 85．00元本书将基因组学的新观点与研究基因表达的传统方法相结合,为基因组作为生命蓝图所起的重要作用提供了最新理解。全书从四个方面展开论述,分别为:基因组、转录组和蛋白质组,基因组研究,基因组功能和基因组的复制与进化。本书在《基因组》的基础上对原有章节进行重排,更新、扩增了大量内容,使背景资料更充实。本书采用大量的图表,形象而简洁。     

新一代基因组测序-通往个性化医疗

M.贾尼特编著,薛庆中等译科学出版社出版书号:978-7-03-033007-9,定价:48元内容简介本书由工业界和学术界领域的专家,集中于最新的新一代DNA测序技术及其对基因研究的影响和药物发现研究的发展。因此,它提出了对商用平台下的基因组测序技术的详细比较分析,以及替代性的见解,全面介绍了新出现的测     

科学出版社科学出版中心生命科学分社新书推介

植物生物学书号:978-7-03-034067-2/Q.2900作者:(英)Alison M.Smith等编著;瞿礼嘉等译定价:$180本书由欧洲著名植物分子生物学研究所John InnesCenter的七位杰出植物生物学家合作撰写.全书共分九章,首先介绍现代植物起源研究,并简述植物基因组和遗传学的特征,随后阐述植物细胞代谢和发育等方面的基础知识和研究进展,以及植物对环境信号的接受和应对生物胁迫和非生物胁迫的策略,最后讨论植物学     

新书介绍

本书是关于基因测序技术的一部综合性著作。全面覆盖基因测序发展、RNA测序、DNA测序、基因组测序和拼接以及基因测序的应用等。本书不仅较详细地阐述了有关技术的具体操作和程序,更着力于对各种技术的基本原理及其相关理论基础进行深层次的剖析。     

科学出版社科学出版中心生命科学分社新书推介

理解生物信息学M.泽瓦勒贝JO.鲍姆978-7-03-032832-8$168.00本书是一本集生物信息学专业参考书和教材于一体的书,共分为7部分:基础知识、序列联配、进化过程、基因组特征、二级结构、蛋白质三级结构、细胞和组织,以及附录和字符表等.每部分由不同章节构成,     

科学出版社生命科学编辑部新书推介

生物信息学方法指南S.米塞诺,S.A.克拉维茨著欧阳红生等译2005年3月出版7-03-014465-1/Q.1498定价:58.00计算机在管理生物学日益增长的海量数据方面起到了不可估量的作用,并推进了现代生物学的快速发展.本书详细介绍了一些重要生物学软件和数据库的使用,同时提供了一些实用的技巧和最新研究进展.全书分为五部分,包括序列分析软件包、分子生物学软件、网络信息资源、计算机和分子生物学的关系、生物信息学教学与最新文献跟踪.内容全面,实用性较强,可帮助生物信息学人员对该学科有更深入地了解.本书可作为大专院校、科研机构的分子生物学、…     

新书介绍

基因测序实验技术 本书是关于基因测序技术的一部综合性著作。全面覆盖基因测序发展、RNA测序、DNA测序、基因组测序和拼接以及基因测序的应用等。本书不仅较详细地阐述了有关技术的具体操作和程序,更着力于对各种技术的基本原理及其相关理论基础进行深层次的剖析。     

食线虫真菌洛斯里被毛孢线粒体基因组的再分析

【目的】鉴定洛斯里被毛孢OWVT-1菌株的线粒体基因组,验证公布的USA-87-5菌株线粒体基因组中的错误,对洛斯里被毛孢正确的线粒体基因组序列进行注释并开展不同被毛孢物种间的比较线粒体基因组学分析。【方法】借助DNA高通量测序数据并通过必要的Sanger测序组装OWVT-1的线粒体基因组。通过PCR验证OWVT-1与公布的USA-87-5线粒体基因组序列差异的真实性。利用多种生物信息方法分析和注释洛斯里被毛孢的线粒体基因组。【结果】公布的洛斯里被毛孢USA-87-5菌株的线粒体基因组存在几处序列错误,包括3处长片段的插入缺失和多处短片段的插入缺失。实际上,洛斯里被毛孢USA-87-5与OWVT-1菌株的线粒体基因组序列完全相同。该菌的线粒体基因组全长62949 bp,在7个基因中共插入13个内含子,部分内含子和基因间区显现出序列退化的特征。洛斯里被毛孢、明尼苏达被毛孢、线虫被毛孢的线粒体基因组具有较强的共线性关系。除一些独立的ORF外,核心蛋白编码基因、rRNA基因和tRNA基因的排列顺序非常保守。基因间区的长短是影响3种被毛孢线粒体基因组大小最主要的因素。【结论】公布的洛斯里被毛孢USA-87-5菌株线粒体基因组中存在序列错误。本文新报道了OWVT-1菌株的线粒体基因组,并进行注释和比较线粒体基因组学分析。     

基于Web的基因组浏览器研究现状

测序技术的发展促使人类基因组测序成本急剧降低,测序速度迅速增加,对这些数据的分析和可视化已成为生命科学领域最重要的课题之一.基因组浏览器技术在基因序列分析,遗传密码解读,复杂疾病研究等方面具有重要意义.本文综述了9种主要的基因组浏览器技术,并从可视化内容、可视化形式、软件系统架构等角度分析了它们的特点.最后,探讨了基因组浏览器发展所面临的挑战.     

来自南极洲类诺卡氏菌(Nocardioides sp.) InS609-2的全基因组序列分析

【背景】类诺卡氏菌（Nocardioides sp.） InS609-2是一株分离自南极洲罗斯海特拉诺瓦湾的恩克斯堡岛土壤中潜在的极地放线菌新种。尚无研究报道Nocardioides sp.InS609-2的全基因组序列，缺少对其功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等的研究。【目的】解析Nocardioides sp.InS609-2的基因组序列信息，以深入挖掘次级代谢产物基因资源。【方法】利用Illumina HiSeq高通量测序平台对菌株InS609-2进行全基因组完成图测序，使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测和功能注释、预测次级代谢产物合成基因簇和共线性分析等。【结果】基因组最后得到的总长度为4 524 052 bp，G+C含量为69.42%，预测到4 656个基因、56个tRNA和6个rRNA。根据Nocardioides sp.InS609-2的全基因组测序结果，分别有3 761、3 052、1 767、4 134和2 725个基因在COG、GO、KEGG、NR和Swiss-Prot数据库中提取到注释信息。同时，还预测得到19个次级代谢产物合成基因簇。基因组测序数据提交至NCBI获得GenBank登录号为CP060034。Nocardioides sp.InS609-2与N. dokdonensis CP015079、N. yefusunii CP034929、N. euryhalodurans CP038267、N. seonyuensis CP038436、N. daphniae CP038462和N. okcheonensis CP087710这6株基因组同源性比较高的类诺卡氏菌进行共线性分析和蛋白聚类分类分析，得到的结果是7个基因组间既有保守性又各自有独特性。七个基因组共有44个蛋白聚类簇。最后进行16S rRNA基因系统发育树、泛基因组、core基因组和基因组进化树分析，进一步挖掘了Nocardioides sp.InS609-2的基因组信息。【结论】从基因组层面上预测了Nocardioides sp.InS609-2的次级代谢产物的生物合成基因簇，为InS609-2的后续相关研究提供了参考信息，具有重要意义。     

科学出版社生命科学编辑部新书推介

生物信息学方法指南 S.米塞诺,S.A.克拉维茨著欧阳红生等译 2005年3月出版7-03-014465-1／Q.1498定价:58.00 计算机在管理生物学日益增长的海量数据方面起到了不可估量的作用,并推进了现代生物学的快速发展。本书详细 介绍了一些重要生物学软件和数据库的使用,同时提供了一些实用的技巧和最新研究进展。全书分为五部分,包括序列分 析软件包、分子生物学软件、网络信息资源、计算机和分子生物学的关系、生物信息学教学与最新文献跟踪。内容全面,实用 性较强,可帮助生物信息学人员对该学科有更深入地了解。本书可作为大专院校、科研机构的分子生物学、生物信息学等 相关专业的研究生、科研和教学人员的参考书。     

泛基因组：高质量参考基因组的新标准

随着三代测序组装的高质量参考基因组的陆续发布,以及大规模重测序和群体遗传学分析的广泛进行,研究人员发现来自单一个体的参考基因组远不能涵盖整个物种的所有遗传序列,大量缺失序列导致群体遗传变异图谱不完整,而构建来自多个个体的泛基因组能很好地解决这一缺陷,其研究内容包括负责基本生物学功能及该物种主要表型特征的核心基因组以及与物种的遗传多样性和个体独特性相关的可变基因组。根据核心和可变基因组所占比例的不同,泛基因组存在开放型和闭合型两种类型。本文主要综述了细菌、真菌和动植物的泛基因组学研究进展,讨论了其在各生物类群中的特征,其中哺乳动物泛基因组是相对闭合的,而目前已知的微生物、被子植物和部分低等动物的泛基因组倾向于开放,通过泛基因组的构建可以完善现有参考基因组并获取整个物种的完整变异信息,将有助于深入研究遗传多样性和表型变异产生的分子机制。     

蜡状芽胞杆菌群三大类全基因组序列的同源性分析

全基因组比对一般采用全基因组范围内的序列比对,本文首次采用单基因在全基因组范围内进行基因排列比对,选取了蜡状芽胞杆菌群中的44个必须基因,在该群中3大类共5个(Bt.97-27,Bc.14579,Bc.10987,Bc.E33L和Ba.Ames Ancestor)全基因组进行横向比对,所有基因在各个基因组中的排列顺序完全一致,少有交叉,进一步证明:在蜡状芽胞杆菌群中,特别是在蜡状芽胞杆菌、苏云金芽胞杆菌和炭疽芽胞杆菌之间,存在相当大的基因相似性,这与前人的研究结果一致。这种相似性有利于将来用于在该群中所有菌株的全基因组测序装配中。     

基因组原位杂交鉴定牛筋草AA基因组在穇子染色体上的分布及探针长度优化方法

采用基因组原位杂交(Genomic in situ hybridization,GISH)方法研究了牛筋草(Eleusine indica)AA基因组在穇子(E.coracana)染色体上的分布,并探讨了AA、BB基因组的同源关系。用超声波破碎法进行预剪切,以缺口平移法标记的牛筋草总DNA为探针,BB基因组的E.floccifolia(Forssk.)Spreng.总DNA为封阻,与AABB基因组穇子的中期染色体进行杂交。结果表明,牛筋草AA基因组分布在穇子的18条染色体上。不加封阻或加过量封阻均不能鉴别AA基因组,说明AA和BB基因组间的分化程度不大,双方共享的重复序列较多。牛筋草与E.floccifolia总DNA分别用超声波破碎2 min和3 min后,可得到峰值为300-750 bp的DNA片段,这说明不同物种的超声波破碎时间需要调整,以获得合适长度的探针。     

盐析法提取烟粉虱基因组DNA

所提供的提取烟粉虱基因组DNA的新方法-盐析法,同氯仿-异戊醇抽提法相比,无需利用研磨棒,提取基因组DNA所用时间更短并且有效地避免了氯仿-异戊醇对实验人员的身体伤害.经检测,利用盐析法可以有效的提取B型烟粉虱的卵、伪蛹和成虫、Q型、ZHJ-1型与ZHJ-2型烟粉虱成虫的基因组DNA,并且适用于RAPD、COI、SSR分子标记的PCR扩增.     

科学出版社生命科学编辑部新书推介

《基因Ⅷ(译)》BenjaminLewin编著余龙江松敏赵寿元等译2005年2月出版,ISBN7-03-014597-6/Q-1520定价:198元从《基因I》到现在的《基因VIII》,该系列已成为20多年来经久不衰的经典名著,堪称分子生物学的国际第一书。每一版的更新都紧跟学科发展,更加适应当前的学习和研究。作为最新一版,本书继承了原有的核心内容,包括系统介绍了基因的结构、组织与表达,蛋白质与细胞的分子活动等。同时,还增加了许多新的内容与特色,首先是对章节进行了新的编排,以基因组学贯穿全书,对基因组的组织、DNA复制、修复、重组、转录、翻译、基因调控等内容…     

耐辐射奇球菌基因组DNA表达文库的构建与鉴定

目的:构建耐辐射奇球茵(Dcinoeoccus radiodurans R1)基因组DNA表达文库,为进一步研究耐辐射奇球茵高抗辐射的调控网络奠定基础.方法:提取耐辐射奇球菌基因组DNA,用Sau3AI酶将基因组DNA部分酶切成0.5-5 kb大小的片段,用T4DNA连接酶将部分酶切片段与经BamH I和碱性磷酸酶(CIAP)处理的pGADT7栽体进行连接后电击转化大肠杆菌DH5a.结果:得到重组子数为2.2×104,扩增后的文库滴度为108 cfu/mL.结论:构建了耐辐射奇球菌基因组pGADT7表达文库,为进一步筛选与高抗辐射相关基因产物的互作蛋白奠定了基础.     

鸡基因组研究新进展

鸡基因组测序草图的完成标志着禽类功能基因组时代的到来。鸡不仅是全世界广泛饲养且有重要经济价值的禽类,而且是极具生命科学研究价值的模式动物。因此,鸡基因组测序草图的完成将对遗传育种和生物学研究有重要的影响。本文综述了近年来鸡基因组研究的最新进展,主要内容包括鸡基因组的有关数据、物理图谱、遗传连锁图谱、比较基因组学、序列表达标签、生物信息学等方面所取得的成绩,同时对鸡基因组研究结果的应用前景进行了展望。     

新书介绍

基因测序实验技术 本书是关于基因测序技术的一部综合性著作。全面覆盖基因测序发展、RNA测序、DNA测序、基因组测序和拼接以及基因测序的应用等。本书不仅较详细地阐述了有关技术的具体操作和程序,更着力于对各种技术的基本原理及其相关理论基础进行深层次的剖析。本书可以作为生命科学特别是分子生物学相关领域工作者的实验室必备参考工具书,同时也可供医学基础等相关专业师生及科学工作者参考。     

1株梅花鹿源狂犬病街毒株全基因组测序与分析

对1株梅花鹿源性狂犬病街毒株(DRV)进行全基因组克隆,对全长cDNA进行测序分析.RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3'和5'末端采取3,-RACE和5'-RACE方法,9个重叠基因片段序列拼接得到DRV全基因组cDNA序列,共11 863个核苷酸.DRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异,对已完成全基因组测序的几个基因1型毒株分别进行了N、P、M、G、L基因核苷酸及氨基酸的同源性比较.与其他具有代表性的毒株进行N基因序列比较建立的系统进化树表明,DRV毒株属于基因1型,与中国人用疫苗株3aG同源性最高为94%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为71%.本研究结果可为狂犬病毒各项分子生物学研究提供理论参考.