优化重叠PCR法进行单链抗体基因扩增和点突变

利用重叠PCR技术扩增单链抗体基因或位点突变是抗体文库构建或稳定表达的关键和难点,国内外文献未见其方法学的系统报道.以不同VH、VL和Linker基因为拼接模板进行重叠PCR,针对影响重叠PCR扩增的拼接类型,引物设计,反应条件等进行优化.结果表明两段重叠连接比三段更容易实现,且扩增效果好;引物的互补序列长度一般应大于15 bp,且在18～24 bp 时扩增效果最好;退火温度在52～60℃,Mg2+浓度在1.5～2.5 mM时对拼接的效果影响较小;直接或间接使用拼接模板均可以实现重叠PCR的扩增.利用优化策略,首次构建了抗除虫菊酯的scFv基因文库并引入抗XAC糖蛋白scFv基因的点突变,为除虫菊酯抗体文库构建和抗XAC重组抗体的稳定表达奠定了基础.     

均匀设计优化毛竹EST-SSR PCR反应体系

本研究以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计U10(54)表,对毛竹EST-SSRPCR反应体系的TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs及引物浓度4因素5个水平进行优化筛选。优化实验结果表明,毛竹EST-SSRPCR的25μL优化反应体系为:10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL、TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+、dNTPs及引物的最适浓度分别是1.0mmol/L、0.1mmol/L、0.48μmol/L;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。该优化体系为利用EST-SSR分子标记对毛竹进行遗传多样性等相关研究工作提供了基础条件。     

CYP2C19基因多态性PCR扩增体系的正交优化与验证

本实验通过建立CYP2C19*2、*3和*17基因多态性PCR反应体系和条件,筛选出4μL体系中各因素最佳水平。采用SNaPshot技术对CYP2C19基因3个SNP位点*2、*3和*17同时进行复合扩增检测,利用L9(34)正交实验设计,对影响PCR反应体系和条件的3个因素(PCR Mix, Taq DNA聚合酶,循环次数)在3个水平上进行优化,结果采用综合评分法和极差分析法进行分析。用3组已知样本对正交优化所得条件进行重复性和稳定性验证。结果表明CYP2C19*2、*3和*17基因PCR扩增体系的影响因素依次为:PCR Mix>循环数>Taq DNA聚合酶。最佳反应体系为PCR Mix 2.0μL、Taq DNA聚合酶0.2μL、循环次数32次。3组样本验证效果满意。优化的CYP2C19*2、*3和*17基因PCR反应体系稳定性高,重复性和经济性较好,为该基因多态性的大规模调查奠定了基础。     

应用套叠PCR技术构建番木瓜eIF4E和eIFiso4E基因的hpRNA植物表达载体

植物真核翻译起始因子4E(eIF4E)在蛋白质合成的起始中发挥重要作用,参与植物-病毒互作,影响病毒的侵染过程.为了研究eIF4E在植物病毒侵染中的功能,建立了一种快速的套叠PCR新方法,成功构建了番木瓜eIF4E和eIFiso4E基因的hpRNA结构,并将其连接到改造的植物表达载体pBI121上,为利用RNA干扰技术研究番木瓜eIF4E和eIFiso4E基因在病毒侵染中的作用奠定了基础.     

均匀设计在候选内参基因RT—qPCR实验条件优化中的应用

目的探讨均匀设计在候选内参基因RT—qPCR实验条件优化中的应用,有助于后期实验筛选不同状态下THP～1细胞的稳定内参基因。方法以THP-1细胞cDNA为模板,eDNA模板量、引物浓度和退火温度3个因素为影响因素,应用均匀设计3因素8水平,探索影响候选内参基因RT-qPCR的扩增条件,检测不同实验条件下的扩增效果,在最优扩增条件下建立候选内参基因定量扩增的相对标准曲线,并检测扩增效率。结果通过均匀设计,完成对eDNA模板量、引物浓度和退火温度3因素8水平的实验条件优化,建立候选内参基因RT—qPCR检测的最佳组合为eDNA模板量0．5big、引物浓度200μmol／L、退火温度55℃。结论本实验选用均匀设计优化RT—qPCR实验条件,筛选出THP-1细胞候选内参基因RT—qPCR的最优实验条件。均匀设计适合于本实验研究多因素多水平试验条件的配比。     

利用PCR法扩增透明颤菌血红蛋白基因条件的优化

以透明颤菌染色体基因组DNA为模板,利用PCR技术获取透明颤菌(Vitreoscilla)血红蛋白基因(vgb)。在多聚合酶链式反应中采用碱变性模板与热启动等方法进行透明颤菌血红蛋白基因体外扩增,成功地扩增出约0.5 kb的透明颤菌血红蛋白基因,并对vgb的PCR条件进行了研究。获取理想的目的基因PCR反应的综合参数比十分重要。     

叶螨线粒体COI基因中央区段的PCR扩增

根据二点叶螨线粒体ＣＯＩ基因序列设计１对ＰＣＲ引物,对叶螨科不同种属的线粒体ＣＯＩ基因中央区段进行了ＰＣＲ扩增,结果表明该对引物能成功扩增叶螨科７属９种叶螨的约３４０ｂｐ的同源片段,由于叶螨ＤＮＡ序列资料非常有限,扩大引物的使用范围成为快速获得物特定基因序列的有效途径,研究结果使根据叶螨线粒体ＣＯＩ基因序列信息探索其系统演化成为可能,另外,还对模板ＤＮＡ分离方法进行了优化。     

鹿源牛病毒性腹泻病毒E0基因的RT—PCR扩增

用RT—PCR方法,成功扩增了鹿源牛病毒性腹泻病毒保护性抗原E0基因。该RT—PCR最佳反应条件分别为退火温度为55℃、25mmol／uL MgCl2（4uL）、10pmol／uL上下游引物（2uL）、5u／uL Taq酶（1uL）。     

乌梁素海沉积物中厌氧氨氧化细菌PCR扩增方案优化

[目的]对乌梁素海沉积物中厌氧氨氧化细菌的PCR扩增方案进行优化.[方法]采集乌梁素海沉积物样品,提取细菌总DNA,以厌氧氨氧化细菌功能基因Hzo基因为研究对象,通过基于普通PCR和巢式PCR筛选适宜的引物、探究不同的PCR退火条件,确立PCR引物的最佳选择以及最佳扩增条件.[结果]以HzoAB4F/HzoAB4R为引...     

均匀设计法优化黄芩愈伤组织培养基

目的:优化黄芩愈伤组织培养条件。方法:采用均匀设计法,以黄芩甙含量为主要考察指标,对黄芩愈伤组织生长的MS培养基成分进行多因素多水平考察。结果:最佳培养基为MS附加0.25mg/L NAA、0.5mg/L 6-BA、17g/L葡萄糖和35g/L蔗糖。最佳培养基黄芩甙含量为27.44mg/gDW。结论:用均匀设计法优化愈伤组织培养基省时、方便,且最佳培养基黄芩甙含量与预测值相近,且明显高于均匀设计实验方案中的黄芩甙含量。经SAS软件分析得出的优化方程拟合度很好。     

GL-7-ACA酰化酶发酵培养基的均匀优化设计

采用国产原料,应用均匀设计优选试验方法,对GL-7-ACA酰化酶生产用的发酵培养基配方进行了优化,取得了良好的效果,最终摇瓶效价达3919．03U／L。     

人白细胞介素－3在大肠杆菌中的高效表达

人白细胞介素－３（ｈｕｍａｎＩｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ３,ｈＩＬ－３）是一种造血前体细胞早期分化的关键调节因子。用ＰＣＲ方法从人Ｔ淋巴细胞ｃＤＮＡ文库中扩增出０．４４ｋｂ的ＤＮＡ片段,并克隆入ｐＵＣ１９载体中。经ＤＮＡ序列测定,确定０．４４ｋｂ的ＰＣＲ产物合完整的编码人白细胞介素－３成熟蛋白ｃＤＮＡ序列,并在信号肽与成熟蛋白编码序列之间通过突变引入了限制性内切酶位点和ＡＴＧ起始密码。构建的ＰＬ启动子控制下的ｈＩＬ－３ｃＤＮＡ表达质粒,转入大肠杆菌Ｔａｐ１０６,经４２℃热诱导,获得ｈＩＬ－３的表达产物。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳显示表达产物为１５ｋｄ,约占细菌总蛋白的１５％。表达产物经ＥＬＩＳＡ和Ｗｅｓｔｅｒｎ－ｂｌｏｔ验证。ｈＩＬ－３表达产物在细胞内形成包涵体,纯化包涵体,使产物纯度提高到７０．８％,产物复性后,能明显促进ｈＩＬ－３依赖细胞株生长,具有明显的生物活性。产物转移到ＰＶＤＦ膜后进行Ｎ端序列分析,Ｎ端１６个氨基酸正确。     

均匀设计法优化高丽参多糖的提取

利用均匀设计法优化了高丽参多糖的提取过程.主要考察料液质量比、浸泡时间、提取温度和提取时间四个因素对提取率的影响.通过数学模型得到最优提取状况和3D曲面图.结果表明,提取温度对高丽参多糖得率影响最大,在料液质量比1:35、浸泡时间135 min、水提取温度81℃条件下提取156 min,高丽参多糖最大理论提取率为49.51%.最优化模型下实际多糖得率49.29%与理论得率相符.     

均匀设计法优化硝酸咪康唑微球的制备工艺

目的：以均匀设计法筛选优化硝酸咪康唑苹果酸化壳聚糖微球的制备工艺,提供可控性及预测性,并对微球稳定性和药物释放规律进行研究。方法：采用乳化交联法制备微球。采用U5（53）试验表进行试验,分别考察各处方的制备的微球的形态和粒径、载药量和包封率。利用SPSS软件进行多元线性回归拟合,得到方程及优化工艺条件。结果：优化方程的预测值与实验值之间有较好的吻合性。制备出的微球可以在室温（25℃）条件下保存;微球的药物释放动力学可用一级动力学方程来描述。结论：本实验通过均匀设计法优化硝酸咪康唑微球的制备工艺预测性好且制备的微球性能良好。     

shRNA抑制宫颈癌Hela细胞株HPV18 E6、E7基因表达的研究

应用短发夹RNA(Short hairpin RNA,shRNA)表达载体抑制宫颈癌Hela细胞株HPV18 E6、E7基因的表达。应用已鉴定的shRNA表达载体pHPV1、pHPV2转染Hela细胞,G418筛选阳性细胞,建立稳定转染细胞株;倒置荧光显微镜检测转染情况;提取细胞内总RNA,RT-PCR方法检测HPV18 E6、E7 mRNA;WesternBlot检测HPV18 E6、E7蛋白表达的变化;采用灰度分析软件对PCR扩增条带与蛋白质条带进行灰度分析。pHPV1实验组细胞内HPV18 E6、E7 mRNA含量分别为阴性对照组的31%、38%,E6、E7蛋白分别为阴性对照组的37%、31%;pHPV2实验组细胞内HPV18 E6、E7 mRNA含量分别为阴性对照组的54%、77%,E6、E7蛋白分别为阴性对照组的52%、83%。pHPV1、pHPV2表达载体能抑制Hela细胞HPV18 E6、E7的表达,针对外显子区434-452的pHPV1抑制作用更强。     

Apo E gene polymorphism on development of diabetic nephropathy

Type 2 diabetes causes premature morbidity and mortality due to the complications of atherosclerosis and diabetic nephropathy (DN). Polymorphism of Apo E gene is known to influence lipid metabolism. Apo E is polymorphic, consisting of three common isoforms (epsilon2, epsilon3 and epsilon4) encoded by three alleles (2, 3 and 4) in exon 4 on chromosome 19. The aim of this study was to investigate the effect of Apo E polymorphism as a prognostic risk factor for the development of DN. A total of 108 NIDDM patients were recruited from the Nephrology and Endocrinology Departments of our hospital. All subjects were divided into three groups: Group I: diabetes with nephropathy (n:37), group II: diabetes without nephropathy (n:71), group III: controls (n:46). Apo E genotypes were determined by real-time PCR. The epsilon4 allele frequency was significantly higher in-group I (10.8%) than in-group III (2.2%), (p < 0.05). In diabetics without nephropathy, the total cholesterol and LDL cholesterol levels were significantly lower in subjects with epsilon2 alleles than epsilon3 and epsilon4 alleles. In conclusion, the present prospective study indicates that the epsilon4 allele of the Apo E polymorphism is one of the prognostic risk factors involved in the development of DN with type 2 diabetes mellitus.     

人乳头瘤病毒16型E7基因的体外扩增及其克隆和序列分析

人乳头瘤病毒１６型Ｅ７基因是转化基因。作者设计了一对ＰＣＲ引物,在引物的５′端分别引入ＥｃｏＲＩ和ＨｉｎｄⅢ酶切序列,以ＨＰＶ１６ＤＮＡ为模板成功地扩增出Ｅ７基因。通过ＥｃｏＲＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切位点将Ｅ７基因定向克隆入ｐＵＣ１８载体,经过ＰＣＲ、酶切分析和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹杂交鉴定得到Ｅ７重组克隆ｐＨＳＥ７、ＤＮＡ序列分析表明所克隆的Ｅ７基因与已发表的ＨＰＶ１６Ｅ７基因序列完全一致且读框正确。     

均匀设计法优化烟管菌产漆酶培养基

应用均匀设计、二次多项式逐步回归分析对烟管菌(Bjerkandera adusta)WZFF.W-Y11产漆酶液态发酵培养基进行优化。结果表明,培养基组成为麸皮水解液1%、淀粉24.0g/L、葡萄糖24.0g/L、豆饼粉4.8g/L、NH4Cl3.2g/L、KH2PO43.2g/L、MgSO4.7H2O0.2g/L、CuSO4.5H2O0.006g/L,起始pH6.5,在28℃、150r/min、250mL的摇瓶培养条件下可以稳定地获得9672U/L的漆酶活力。