PCR-SSCP技术在微生物分类鉴定中的应用

PCR-SSCP是利用DNA单链构象具有多态性进行基因检测的一种分析技术,该技术敏感性高、操作简便,广泛应用于多种基因突变的检测和基因多态性分析,近年来,PCR-SSCP技术被大量应用于微生物学的研究中。综述了该技术的基本原理并主要对其在微生物学分类鉴定中的应用作了总结。     

芽孢杆菌BS-6基于全基因组数据的分类鉴定及拮抗能力分析

基于全基因组数据,确定芽孢杆菌BS-6的分类地位,验证其对植物病原菌的拮抗作用以及挖掘其潜在的生防功能。通过全基因组中16S rRNA及gyrA基因序列的系统发育分析及基因组分析方法确定芽孢杆菌BS-6的分类地位,通过平板对峙方法研究其对马铃薯枯萎病菌、玉米纹枯病菌和苹果轮纹病菌的拮抗能力;利用antiSMASH软件分析和预测菌株BS-6抑菌物质的相关基因并挖掘其生防潜力。基于16S rRNA及gyrA基因序列的系统发育分析及基因组分析结果,BS-6被鉴定为枯草芽孢杆菌,同时发现BS-6基因组中存在7种芽孢杆菌属重要或特有的次生代谢产物基因簇,4种未知功能的次生代谢产物基因簇,具有良好的抑制真菌生长的能力。枯草芽孢杆菌BS-6具有较强的拮抗植物病原菌的能力及良好的农业应用前景。     

DNA序列分析用于常见致病真菌鉴定和分型

随着真菌感染的增多,仅用表型方法鉴定环境中或临床上的致病真菌不足以快速准确地诊断真菌感染疾病,近年来,分子生物学方法因快速、准确而逐步得到应用,其中DNA序列分析已成为鉴定致病真菌到种水平的重要方法。现就DNA序列分析在常见致病真菌分类鉴定及基因分型的应用加以综述。     

核酸技术在真菌系统分类与鉴定中的应用

近年来以核酸操作为主要内容的分子生物学技术的崛起,为从核酸分子水平上研究真菌的遗传本质,为真菌的进化研究、系统分类和鉴定开辟了新的途径。本文对近几年在真菌系统分类与鉴定研究中应用较多的ＤＮＡ—ＤＮＡ杂交、限制性片段长度多态性分析、多聚酶链式反应技术和核酸测序等几种技术进行简要评述。     

多项分类方法鉴定西藏地区藏灵菇中的乳酸球菌

【目的】采用多项分类法对16株分离自藏灵菇中的乳酸球菌进行准确鉴定。【方法】首先应用传统的生理生化试验,之后采用16S-23S rRNA间区序列多态性分析和变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行了鉴定,最后,通过16S rRNA基因序列分析进行验证。【结果】将16株菌株初步鉴定为3个菌群:片球菌群、乳球菌群和肠球菌群,进一步鉴定为14株耐久肠球菌,1株乳酸片球菌,1株乳酸乳球菌乳酸亚种,16S rRNA基因序列分析验证的结果与前3种试验方法的结果相一致。【结论】试验结果表明传统的生理生化鉴定和16S-23S rRNA间区序列多态性分析和变性梯度凝胶电泳(DGGE)相结合的多项分类方法有利于乳酸球菌种间的准确鉴定。     

重复序列PCR(rep-PCR)指纹分析技术在病原真菌鉴定和分型中的应用

随着医学科学的发展及人们对深部真菌感染的重视,越来越多的新技术用于临床真菌的检测和鉴定。重复序列PCR(rep-PCR)指纹分析技术因其高分辨力、快速、简便、经济等优势,已成为分析真菌基因组、明确菌属间克隆来源的重要方法。本文就rep-PCR指纹技术及其自动化DiversiLab System在病原真菌分类鉴定和流行病学研究中的应用加以综述。     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

干酪乳杆菌的近缘种及亚种部分看家基因的系统发育分析

【背景】16S rRNA基因序列分析已广泛应用于细菌的分类鉴定,但是存在一定局限性,而使用看家基因作为分子标记在近缘种及亚种间的系统发育分析中具有其独特的优势。【目的】研究16S rRNA、uvr C (核酸外切酶ABC,C亚基)和mur E (UDP-N-乙酰胞壁酰三肽合酶)基因序列对干酪乳杆菌的近缘种及亚种的区分能力。【方法】采用分离自传统发酵乳中的6株干酪乳杆菌为研究对象,选取uvr C和mur E基因片段,通过PCR扩增、测序,结合已公布的干酪乳杆菌的近缘种或亚种的相应序列计算遗传距离、构建系统发育树,并与16S rRNA基因序列分析技术进行比较。【结果】研究发现Lactobacilluscasei及相近种间的uvr C、mur E和联合基因(uvr C-mur E)构建的系统发育树拓扑结构与16S rRNA基因结果基本一致,区别在于相似性的不同,其分别为79.00%-99.16%、89.08%-99.20%、76.56%-99.69%和99.58%-100%。基于16S rRNA基因不能区分干酪乳杆菌的近缘种及亚种,而看家基因uvr C和mur E基因序列能够很好地区分干酪乳杆菌的近缘种及亚种,并且将uvr C和mur E基因串联使用后,试验菌株与参考菌株的分类关系更加清晰。【结论】联合基因(uvr C-mur E)可作为16SrRNA基因的辅助工具用于干酪乳杆菌的近缘种及亚种的快速准确鉴定。     

阴道分离因肯毛孢子菌的分子鉴定和种内分型

分别采用rRNA基因内转录间隔区(ITS)和基因间隔区(IGS1)测序,ITS和IGS1区PCR限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和基因组DNA的随机扩增多态性DNA(RAPD)等方法,对三株因肯毛孢子菌Trichosporon inkin进行分子特征及种内分型研究。结果显示,不同菌株的rRNA基因ITS区和IGS1区的序列相似性均高达100%,RFLP酶切图谱具有较理想的种内一致性,而不同菌株的RAPD图谱不尽相同。研究表明:rRNA基因IGS1区测序及RFLP酶切可考虑用于因肯毛孢子菌的菌种分子鉴定,而基因组DNA的RAPD则较适合于菌种的种内分型。     

核糖体DNA的内转录间隔区序列标记在真菌分类鉴定中的应用

传统的真菌分类主要根据真菌菌株的形态特征、生长特性与生理生化指标进行,而分子生物学技术的发展提升了真菌分类鉴定研究的手段。真菌核糖体DNA内转录间隔区(ITS)在进化上比编码区快,种内的不同菌株之间高度保守,但在种间变化极大,故可为真菌学的研究提供丰富的遗传信息。简要综述了ITS序列分析技术在真菌分类鉴定中的应用现状、相关问题及前景。     

RAPD技术在微生物生物多样鉴定中的应用

RAPD（随机放大多态性DNA）是1种新的DNA分子标记技术。与RFLp、AFLP及ARDRA相比,RAPD具有可在一次试验中同时观察到大量的DNA多态性片段,方法更具简单、敏感、花费少等优点。阐述了RAPD的原理方法,及目前在微生物分类鉴定研究中的应用,并分析了RAPD技术在共生固氮放线菌Frankia分类鉴定及系统发育研究中的应用前景。     

基于PCR-RFLP技术鉴定常见食源性致病菌

根据细菌核糖体基因16S rRNA保守端400 bp大小区段特征设计引物,应用聚合酶链式反应连接的限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法建立一种新型灵敏的食源性致病菌鉴定技术。首先用特异性引物对9属19种细菌基因进行PCR扩增,扩增产物应用7种限制性内切酶Eco52Ⅰ、HindⅢ、MboⅠ、MluⅠ、PstⅠ、SalⅠ和XbaⅠ进行消化酶切,再利用琼脂糖凝胶电泳分辨酶切DNA片段大小数目,分析不同种属细菌酶切产物态型,从而进行基因型鉴别,针对16S rRNA基因片段利用RFLP进行分析,结果表明:19种致病菌表现出10种特异性的RFLP图谱,可准确鉴定区分9属细菌,最低检测限可以达到1 pg/μL。这证明PCR-RFLP技术可用于常见食源性致病菌的快速鉴定。     

细菌分类与鉴定的新热点：16S—23S rDNA间区

随着分子生物学的迅速发展,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平、如（G＋C）mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。rRNA存在于所有细菌中,rRNA基因由保守区和可变区组成,在细菌中高度保守。rRNA基因包含5‘端到3‘端的若干种成分,分别是16S rDNA、间区、23S rDNA、间区和 5S rDNA。16S－23S rDNA间区近年来在细菌系统发育学,特别是相近种和菌 区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点,本文将就16S－23S rDNA间区的一些特性及其胡细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。     

16S rRNA和recA、groEL基因分类鉴定乳酸乳球菌乳酸亚种和乳脂亚种的比较

【目的】比较16S rRNA和recA、groEL基因部分序列用于乳酸乳球菌乳酸亚种和乳脂亚种分类鉴定的效果。【方法】对已鉴定的8株分离自传统发酵乳的乳酸乳球菌, 选取recA和groEL基因片段, 通过PCR扩增、测序, 将测序得到的序列比对后构建系统发育树, 并与16S rRNA基因序列分析技术进行比较。【结果】比较分析不同菌株16S rRNA和recA、groEL基因的亲缘关系, recA、groEL基因可以准确地完成乳酸乳球菌乳酸亚种和乳脂亚种的区分和鉴定。【结论】recA和groEL基因序列分析可以实现乳酸乳球菌乳酸亚种和乳脂亚种的区分, 因其具有快速、准确、稳定的特点, 可适合于乳酸乳球菌乳酸亚种和乳脂亚种间的快速分类鉴定。     

几种主要分子生物学技术在真菌生态学研究中的应用

真菌在自然界的物质循环与降解等生态过程中发挥着重要的作用,是生态系统的重要组成部分。然而约90%的真菌种类仍然未知,且大部分难于分离和培养。因此核酸杂交;核酸序列分析;DNA指纹分析等分子生物学技术被用于真菌分类、鉴定、种群结构、群落多样性研究。本文综述了这几种主要分子生物学技术的基本原理及其在真菌生态学研究中的应用现状。     

丝孢真菌无性与有性进化分析

绝大多数丝孢真菌属、种主要以无性型存在,但该类真菌绝大多数属、种含有若干调控有性分化、发育及进化的基因信息,如交配型、信息素及G-蛋白α-亚基基因等,胁迫环境诱导这些真菌有性基因有效表达乃至发育为有性型,一直倍受真菌学界的关注。文中系统介绍了丝孢真菌无性型与有性型属种分类研究现状、进化分析及性别调控基因,1)分析属、种三类有性基因的多样性、异型交配基因比率、系统发育关系及有性进化潜力与趋势;2)分析属、种不同有性基因调控特性胁迫环境适应性,界定靶标基因及适宜生态因子,结合地球生境演化特性,预测属、种自然演化性别变化动态;3)分析靶标基因调控生态,阐明两性种有性基因调控生态遗传机制。综上有望解析绝大多数丝孢真菌属、种主要为无性型的本质原因,丰富丝孢真菌分类研究的理论,为真菌分类研究提供科学依据。     

单核苷酸多态性研究进展及其在医学中的应用

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）是人类基因组中单个碱基的变异,其最低基因频率不低于1％,是被受关注的第三代多态性遗传标记,为医学、药学等研究提供了新的方向,其在复杂疾病、遗传病研究及法医中个体识别、亲权鉴定和药学研究方面都有重要作用,本文就其研究最新进展、应用及检测手段作一综述。     

柠檬明串珠菌及相近种部分持家基因的系统发育分析

[目的]利用16S rRNA、dnaA、murC和pyrG基因分子标记研究Leuconostoc citreum(Leu.citreum)及相近种间的种系发育关系,并比较这些基因序列对Leu.citreum及相近种的区分能力.[方法]以分离自酸面团中的7株Leu.citreum为研究对象,以dnaA、murC和pyrG基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,结合已公布的近缘种及亚种相应序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与16S rRNA基因进行比较.[结果]研究发现Leu.citreum及相近种间的dnaA、murC和pyrG基因构建的系统发育树拓扑结构与16S rRNA基因基本一致,区别在于相似性的不同,其分别为75.5％-97.2％、50.2％-99.7％、65.0％-99.8％和98.5％-100％.[结论]在Leu.citreum及相近种间的种系发育关系中,dnaA、murC和pyrG基因与16S rRNA基因系统进化关系都具有很好的一致性,但这三个持家基因的遗传距离显著高于16S rRNA基因.因此,采用dnaA、murC和pyrG基因可以用于Leu.citreum及相近种的分类鉴定.     

随机扩增多态DNA技术在遗传育种中的应用

RAPD是一项可以在没有任何分子生物学研究的情况下找出DNA的多态性的技术。本综述了RAPD技术在遗传多样性研究、分类及亲缘关系分析、品种(杂种)鉴定、杂种优势预测、构建遗传图谱、基因定位及基于图谱的克隆,分子标记辅助育种等方面的应用;还总结了RAPD技术的原理、优点、缺点及对策。     

冰核微生物中冰核基因重复序列PCR分析*

在本试验的条件下 ,PseudomonoassvringaeinaZ基因产生的蛋白的主要重复基元的编码区 :5’-GCCGGTTATGGCAGCACGCTGACC- 3’序列既在冰核真菌、细菌中存在 ,也在非冰核真菌、细菌中存在 ,即冰核细菌、真菌和非冰核细菌、真菌都有扩增产物 ,并且产物呈多态性 ,同一个种不同菌株间也呈多态性 ,说明该引物不适合用于鉴定真菌、细菌中冰核基因是否存在 ,也不能用于区分冰核真菌和非冰核真菌以及区分冰核细菌和非冰核细菌 ,更不能根据其扩增片段的量和大小说明冰核真