人类基因组中巢式基因对的系统分析

基因组上一个基因的所有或大部分外显子位于另一基因内含子和UTR中被称为巢式基因(Nested gene)。巢式基因对(Nested gene pair)是由主基因(Host gene)和巢式基因组成的基因对。文章针对人类基因组上的顺式巢式基因对(简称为巢式基因对)进行全基因组鉴定,并通过比较巢式基因对在人和小鼠基因组上的保守性分布,研究巢式基因对的进化方式。保守性分析表明基因转座、序列原位突变和主基因转录起始/终止位点突变是巢式基因对进化的主要原因,其中主基因转录起始/终止位点突变是巢式基因对独特的一种进化方式。Gene On-tology分析揭示大部分巢式基因与主基因的产物在功能上没有相关性。     

进化的兼容性规律（一）

进化的兼容性规律是指在进化历程中,生物的不同性质与特点共存,先进与原始共存,绝灭和新生共存等现象所反映的,在深度和广度上的遗传镶嵌性,以及在各种水平上产生的不确定性。基因水平是:由于基因连锁和基因内有基因等现象造成基因形状的不确定性和基因结构的共存性;由突变子、重组子、和顺反子等概念产生的基因结构单位与基因大小之间的兼容性和不确定性;由基因内含子和基因外显子所反映的基因表达与不表达部分之间镶嵌共存性;由结构基因、加工基因、调节基因、时间基因、tRNA基因、rRNA基因、沉默基因等不同性质的基因共存于DNA上,造成基因性质的镶嵌性;由重叠基因、不连续基因、操纵子及DNA的双链转录单位的重叠和间断排列等,造成DNA结构与基因功能的不确定性和兼容性;由操纵子网造成不同性质基因有     

真核生物基因组转录诱导融合基因的研究进展

真核生物的基因组由基因和基因间区组成.基因转录时,从转录起始点开始到该基因的转录终止点结束,形成独立的转录单元.然而有少量的文献表明,转录有时会通读基因间区,产生包含上游基因、基因间区和下游基因的融合基因转录本.融合转录本经基因间剪接而成为有功能的成熟转录本.对真核生物转录诱导融合基因的基因间剪接方式、产生机制和意义进行了综述.     

染色质研究的过去和将来

第一,分化的真核细胞中转录基因和不转录基因有什么不同?基因为正常核小体结构,该基因不转录。不过正在进行转录的基因(例如卵管的卵清蛋白基因),已转录的基因(例如红血球的珠蛋白基因)的     

哺乳动物性早熟相关基因的研究进展

人类的性早熟是一种病理状态, 而在动物上, 性早熟可能是一个在生产上具有价值的数量性状。一些物种在进化过程中形成了性早熟的特性并能在群体中稳定遗传。性早熟在很大程度上与遗传密切相关, 是一个由多基因决定的复杂性状。文章主要介绍了KiSS-1基因、GPR54基因、LHR基因、FSHR基因、CYP基因家族、ER基因、TGFa基因、IGF-Ⅰ基因、GNAS1基因、HSD3B2基因、SHBG基因、VDR基因等与哺乳动物性早熟的关系。     

三种同源基因的辨析

同源基因分为直向同源基因、横向同源基因和异源同源基因。该文对这三种同源基因进行辨析,并对直向同源基因和横向同源基因的进一步分类进行了简单介绍。     

花的调节基因的开放和关闭

在动物和植物的生长过程中,调节基因决定细胞的最终发展方向。目前,许多调节基因的表达方式已经在时间和空间上被确定下来,比如在研究花的结构基因时所涉及到的花的调节基因。现在已经明确的花的结构基因有ＬＦＹ基因（ＬＥＡＦＹ基因）、ＡＰ１基因（ＡＰＥＴＡＬＡ１基因）和ＡＧ基因（ＡＧＡＭＯＵＳ基因）。其中,ＬＦＹ基因和ＡＰ１基因决定花的分生组织;ＡＧ基因负责控制雄蕊和心皮。那么,这些结构基因是如何受调节基因的控制？环境因素（比如日照时间）又是如何影响花的结构基因和调节基因的表达？目前已有两项研究对以上问题提…     

植物抗病基因与病原菌无毒基因互作的分子基础

近10年来,大量的植物抗病基因和病原菌无毒基因被克隆,抗病基因和无毒基因的结构、功能及其互作关系的研究也取得重大进展。通过介绍抗病基因与无毒基因互作的两种模式,从抗病基因与病原菌无毒基因互作角度探讨了抗病基因在植物抗病育种和农作物生产中直用的问题,提出抗细菌和真菌单基因转化很难赋予农作物切实抗性。     

大豆蛋白编码基因起源与进化

物种基因组成是一个高度动态的进化过程, 其中相对较近起源的种系和物种特异性基因会持续整合到包含古老基因的原始基因网络中。新基因在塑造基因组结构中发挥重要作用, 能提高物种适应性。基因复制和新基因的从头起源是产生新基因及改变基因家族大小的2种方式。目前, 大豆(Glycine max)基因起源时间与进化模式的相互联系很大程度上还未被探索。该研究选择19种具有代表性的被子植物基因组, 分析基因含量动态性与大豆基因起源之间的潜在联系。采用基因出现法, 研究显示约58.7%的大豆基因能追溯到大约1.5亿年前, 同时有21.7%的基因为最近起源的orphan基因。研究结果表明, 与新基因相比, 古老基因受到更强的负选择压并且更加保守。此外, 古老基因的表达水平更高且更可能发生选择性剪切。此外, 具有不同拷贝数的基因在上述特征中也具有明显差异。研究结果有助于认识不同年龄基因的进化模式。     

基因组织特异性相关研究进展

研究基因的组织特异性是了解生命活动进程和组织功能的重要一步.尽管对于看家基因和组织特异基因的研究由来已久,但是对于它们仍缺少统一的定义方式和检测方法.在定义方式上,可以从基因的组织表达数和在各组织间的表达变化情况来分别定义看家基因和组织特异基因.通常将在大多数正常组织中有表达,且表达水平较稳定的基因称为看家基因,而将在一个或少数组织中优势表达的基因定义为组织特异基因或组织选择基因.在检测方法上,高通量实验技术,包括基因芯片、RNA-seq和质谱技术等已成为检测基因组织特异性的主要方法.通过比较多个典型研究的实验结果,发现不同检测方法的覆盖度和灵敏度存在很大差异,其中RNA-seq技术最为灵敏,获得的看家基因数目最多,质谱技术检测出来的看家基因和组织特异基因数目较少,而基因芯片方法给出的多个检测结果间差别较大.尽管不同的定义方式和检测方法所导致的看家基因(或组织特异基因)的集合不完全一致,但不同的看家基因数据集(或组织特异基因)却展现出非常一致的功能和特性.看家基因通常实现所有组织和细胞都必须的基本功能,而看家基因与其他组织表达基因间的相互作用以及组织特异基因间的相互作用则实现了组织的特有功能.同时,基因的组织特异性与疾病之间具有密切联系,相比其他基因,看家基因更有可能成为癌基因,而组织特异基因则更有希望发展成为药物靶标.