基于高通量测序技术的细菌非编码RNA研究方法进展北大核心CSCD

细菌非编码RNA指细菌中不编码蛋白质,而以RNA的分子形式起调控作用的一类核酸分子。高通量测序技术的应用极大地推进了多种细菌中非编码RNA的发现工作,但由于现阶段对细菌非编码RNA特征的认识尚不够深入,该领域测序数据的生物信息学分析还存在许多不足。介绍了应用高通量测序技术研究细菌非编码RNA的两种主要技术——RNA-seq技术和d RNA-seq技术,对现行的筛选非编码RNA的生物信息学分析方法进行综述,并对该领域生物信息学分析策略的改进提出设想。     

表观遗传学标志物在肿瘤液体活检中的研究进展

与传统组织活检相比,液体活检具有无创、实时动态监测、克服肿瘤异质性等诸多优势,是极具潜力的肿瘤早筛早诊工具。肿瘤的发生发展伴随着异常的表观遗传学的改变,如DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA调控等。通过液体活检检测这些表观遗传标志物的变化已被应用于肿瘤的早诊早筛、复发监测、肿瘤亚型鉴定以及对治疗反应和结果预测等方面,并展现出极大的应用前景。该文就目前表观遗传学标志物检测在肿瘤液体活检中的研究进展进行综述。     

非编码RNA在抑郁症中的研究进展

抑郁症是威胁人类健康的全球第二大常见疾病,目前仍缺乏客观的诊断、治疗指标,同时发病机制尚不清晰。非编码RNA包括微小RNA、环状RNA及长链非编码RNA,其异常表达会影响人类多种疾病的进展。近年来,越来越多的证据表明,非编码RNA在抑郁症发展过程中发挥着重要作用,且其功能与机制得到了初步验证,可能成为抑郁症的潜在诊断和治疗靶点。本文归纳总结了上述三种非编码RNA在抑郁症中的表达特征、生物学功能及临床意义。     

非编码RNA调控上皮间充质化及肿瘤干细胞的研究进展

肿瘤干细胞是具有自我更新能力并能发展成为不同分化程度的肿瘤的一类细胞,它的存在是肿瘤转移和复发的重要原因。最新研究表明,肿瘤干细胞可通过肿瘤细胞的上皮–间充质化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)产生。作为研究细胞调控的热点—非编码RNA,通过调控EMT可能会促使肿瘤细胞获得肿瘤干细胞特征。该文主要综述了近年来非编码RNA调控肿瘤细胞EMT以及干性获得的研究进展,以有助于理解肿瘤中非编码RNA的调控机制和功能。     

哺乳动物中作用于非编码RNA的RNA编辑研究进展

RNA编辑是RNA转录过程中序列变化而引起的一种基因动态调控机制。腺苷脱氨酶（adenosine deaminases acting on RNA, ADAR）参与RNA编辑,将双链RNA中腺苷残基（A）转化为肌苷（I）,接着被转录和拼接成鸟苷（G）。由ADAR催化,作用于RNA的A-I型RNA编辑是人类最常见的转录后修饰。近年来,这种修饰不仅存在于编码RNA中,在非编码RNA（noncoding RNA, ncRNA）中也逐渐被发现,如microRNA（miRNA）、小分子干扰RNA（siRNA）、转运RNA（tRNA）和长链非编码RNA（lncRNA）。这种修饰可能通过对microRNA和mRNA之间结合位点创造或破坏,进而影响ncRNA的生物起源、稳定性和靶向识别功能。目前,对这种生物现象的机制及ADAR底物,尤其是在ncRNA中的特性仍然没有得到充分的认识。主要对哺乳动物中ncRNA上的RNA编辑进行总结,并列举一些阐明其生物学功能的计算方法。     

环形RNA 在疾病中的研究进展

环形RNA(circular RNA circRNA)是由前体RNA的3'末端和5'末端首尾相连形成的环状非编码RNA,可竞争内源性RNA,调节基因的表达。环形RNA在发现之初,被认为是由于错误剪接产生的,未引起重视,随着RNA测序和生物信息等技术的发展大量的环形RNA被发现,并逐渐成为非编码RNA的研究热点。虽然目前对其功能了解甚少,但已有的研究表明环形RNA可以对基因转录后进行调控。本文将从环形RNA的发现过程、形成机制、生物学功能、与疾病的关系以及研究中存在的问题进行综述,有助于进一步研究中心法则,同时为疾病诊治提供新的方向。     

链球菌非编码小RNA研究进展

非编码小RNA(Small non-coding RNA,sRNA)是一种存在于原核和真核生物中的新型调控RNA,长度约为40～500个核苷酸。作为一类关键的调控因子,sRNA通过与靶mRNA或蛋白质结合来调控细胞内的基因表达。大部分细菌sRNA在大肠杆菌等革兰氏阴性菌中被发现并研究,但近十年来越来越多的sRNA在革兰氏阳性菌中被逐步发现。作为一类革兰氏阳性菌,链球菌属中sRNA目前研究主要集中在毒力调节,鲜有其他调控的报道。本文总结了链球菌中sRNA的最新进展,并介绍其主要功能和机理,以期为细菌sRNA研究提供借鉴。     

N-myc 蛋白和非编码RNA在神经母细胞瘤中的研究进展

神经母细胞瘤是儿童外周神经系统的肿瘤。在近20%的神经母细胞瘤病例中发现有原癌基因MYCN的扩增和过表达现 象。近几年发现MYCN基因编码的N-myc 蛋白,不仅能够调控多种非编码RNA 的表达,而且也受非编码RNA的调控。miRNA 是在神经母细胞瘤中研究最广泛的非编码RNA,近年来研究发现N-myc 蛋白对于绝大部分miRNA 起抑制作用,如mir-184、 mir-542-5p 等,仅对少数miRNA起诱导表达的作用,如mir-17-92 基因簇、mir-9、mir-421 等。N-myc 蛋白不仅对miRNA 的表达起 调节作用,而且也调控其它lncRNA 的表达,如T-UCR、NDM29、linc00467、MALAT1。有趣的是,N-myc 蛋白和miRNA 之间的作 用是相互的,它们可以双向调节,其调控网络也是复杂的。miRNA 能够靶向MYCN,同时MYCN也能够调控miRNA。该文对神 经母细胞瘤中N-myc蛋白和非编码RNA 间的相互影响,以及两者之间的关系对神经母细胞瘤的发生有何作用作一综述。     

金黄色葡萄球菌非编码小RNA的研究进展

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)是困扰全球公共卫生及人类健康的重要病原菌,其引起的各种临床感染与该菌表达的多种毒力因子密切相关,而这些毒力因子表达受到调节性因子的精确调控,在细菌致病机制中发挥着核心作用。非编码小RNA(Small non-coding RNA,s RNA)是基因表达的一类重要调节因子,可使细菌对环境因素做出反应,调节其应激适应性及毒力因子表达。但到目前为止,仅少数金黄色葡萄球菌s RNA的生物学功能得到阐述。本文将针对这些调节性s RNA的研究进展作一综述。     

循环长链非编码RNA作为生物标志物在肿瘤分子诊断中的应用

长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)被发现广泛参与基因表达、表观遗传调控和X染色体失活等重要生命过程,还与肿瘤发生和发展密切相关。lncRNA可能以微泡、外泌体或蛋白质复合物形式进入人体循环系统中,形成循环lncRNA稳定而广泛存在于血液、尿液等体液中。文中简要回顾了近来关于循环lncRNA的来源,以及作为生物标志物的检测方法,着重总结分析了循环lncRNA作为潜在肿瘤生物标志物在肺癌、乳腺癌、胃癌、肝癌、结直肠癌和前列腺癌等常见恶性肿瘤中的早期诊断价值。与传统生物标志物相比,循环lncRNA具有作为新型生物标志物的独特优势和临床应用价值。     

非编码RNA与相分离

相分离是细胞内无膜细胞器动态组装的主要驱动力,参与多种生物学过程,成为近年来生命科学领域的研究热点.已有研究发现两类非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)与相分离密切相关,其中微小RNA(microRNA,miRNA)的加工受相分离的调节,并通过相分离诱导基因沉默.另一类长链非编码RNA(long n...     

蜜蜂非编码RNA研究进展

非编码RNA(Non-coding RNA,ncRNA)是指不编码蛋白质的功能性RNA的统称,主要包括微小RNA(MicroRNA,miRNA)、长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)和环状RNA(Circular RNA,circRNA)等,它们在各种生命活动中发挥着重要的调控作用.蜜蜂不仅是重要经济授粉昆虫,还是人类研究动物复杂社会行为的最佳模式生物.近年来,蜜蜂ncRNA亦是该领域研究热点,成果不断涌现,本文在介绍ncRNA的特征、分类及其主要作用机制的基础上,主要针对ncRNA在蜜蜂劳动分工、级型分化、繁殖性能和免疫防御等方面调控作用的最新研究进展进行综述,以期为深入探究ncRNA提供借鉴和参考.     

革兰氏阳性菌非编码小RNA的研究进展

sRNA（非编码小RNA）通过碱基配对的方式与靶mRNA结合,抑制或激活转录过程、调节蛋白质的表达,以核酸的形式发挥其生物学功能。随着RNA深度测序（RNAseq）技术、生物信息学预测以及实验分析手段的日渐发展和完善,数以百计的sRNA被发现并得到验证。作为转录后调控因子,sRNA因在诸多生理过程中起到了关键的调节作用而得到了广泛的关注。以革兰氏阳性菌为切入点,总结了近年来sRNA的筛选、鉴定和功能研究等方面取得的进展,梳理分析了sRNA调控与毒力因子、群体感应、铁代谢和双组分系统等之间的内在联系,并展望了sRNA未来的研究方向。     

非编码RNA与X脆性综合征

X脆性综合征（fragile X syndrome,FXS）是由X脆性智力低下1（FMR1）基因5＇端非翻译区CGG重复序列的异常扩增,导致X脆性智力低下蛋白（FMRP）缺失引起的.非编码RNA是除编码蛋白质的mRNAs以外的其他所有RNA分子,已被发现在中枢神经系统中具有重要的作用,如微RNA与BC1/BC200 RNA参与了X脆性智力低下蛋白的翻译抑制.认识非编码RNA与X脆性综合征的关系不但能加深对X脆性综合征的分子机制的理解,而且有助于揭示学习与记忆的奥秘.     

MyoD相关非编码RNA调控骨骼肌生长发育的研究进展

骨骼肌的生长发育是一个受多种功能性因子调控的精密网络过程,其中MyoD是一种骨骼肌特异性转录因子,能够识别并启动骨骼肌特异基因的转录。非编码RNA是一类具有多种生物功能但不能编码蛋白质的RNA。现就目前与MyoD协同作用,共同参与肌细胞增殖、分化、融合等过程的非编码RNA及其作用机制进行综述,以期为阐明与MyoD相关非编码RNA的作用机制提供理论参考。     

非编码RNA在急性肾损伤中作用及机制的研究进展

急性肾损伤(acute kidney injury,AKI)是临床常见的综合征,是慢性肾脏病和终末期肾脏病的独立危险因素.目前对于AKI的治疗和早期诊断的手段仍十分有限,其发病率和死亡率呈上升趋势.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),包括微小RNA、长链非编码RNA和环状RNA,是转录自基因组的不...     

关于非编码RNA研究的一些思考

近年来大量的新的转录组实验结果表明基因组中的非编码序列绝大部分是可以表达的,同时越来越多的事实证明转录出来的非编码RNA,从长度为21～24个核苷酸的microRNA到长度为数千核苷酸的Xist,都具有重要的生物学功能。本文主要表达了作者对未来非编码RNA研究方向与重点的一些想法。     

非编码RNA在哺乳动物中介导环境暴露信息的研究进展

研究表明,环境暴露(如饮食改变、精神压力、化学物接触等)会对机体的表型造成影响,导致多种疾病的发生.有意思的是,这种环境暴露导致的表型能通过不依赖DNA序列的方式传递到下一代.前期研究发现,获得性表观遗传在这个过程中发挥了重要的作用.非编码RNA作为一种种类繁多、功能灵活的新型表观修饰载体,不仅对环境暴露敏感响应,调控基因表达,还能通过生殖细胞将亲代的获得性表型传递到子代.本文对哺乳动物中可能介导环境暴露信息的非编码RNA及其变化进行了总结,并讨论了精子非编码RNA介导获得性表型的研究进展.     

CREB与其相关的非编码RNA在肿瘤发生发展中的作用

cAMP反应元件结合蛋白（cAMP responsive element binding protein, CREB）是亮氨酸拉链家族转录因子。新近研究发现,其在肿瘤组织中的表达显著高于癌旁,被认为是体内的原癌基因之一。非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）是生物体内不能翻译成蛋白质的RNA,主要包括微小RNA（microRNA, miRNA）和长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）等,其异常表达与肿瘤的发生发展密切相关,是目前肿瘤研究的热点。研究表明,CREB与ncRNA之间存在互动效应,并且二者之间的相互作用影响肿瘤的发生发展,然而miRNA和lncRNA的作用机制却不相同。肿瘤细胞内高表达的CREB在影响下游靶基因表达时能够正调控miRNA,而对lncRNA则有促进和抑制两方面的作用。反之,肿瘤细胞中一些低表达的miRNA能促进CREB的表达;有趣的是,高表达的lncRNA能够促进CREB的表达和诱导其活性增强。在影响下游靶基因表达时miRNA仅仅发挥抑制作用,而lncRNA则分别具有促进和抑制作用。本文结合我们的系列报道和最新的研究结果,对ncRNA与CREB的互动效应及其与肿瘤的发生发展之间的关系作一综述。     

非编码RNA在胞内病原菌免疫逃逸与致病中的作用

非编码RNA(non-coding RNAs,ncRNAs)在细胞增殖、发育、分化、代谢、信号转导以及免疫调控中发挥重要调节作用。越来越多的研究证明,ncRNA在胞内病原菌的致病性和免疫逃逸中发挥重要调控作用。一方面ncRNA是细菌代谢、群体感应和毒力因子表达的调控因子,与胞内病原菌的致病性密切相关;另一方面ncRNA在调节宿主抗胞内病原菌免疫应答中发挥重要作用,深入研究ncRNA如何调节宿主免疫应答将有助于胞内菌免疫逃逸机制的研究。就非编码RNA在胞内病原菌免疫逃逸和致病中的作用作一综述。