急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒基因组序列特征分析

为了解从北京地区急性呼吸道感染儿童中发现的WU多瘤病毒的基因组编码特征,并对其进行基因序列多样性分析,应用针对基因组5'端非编码区、衣壳蛋白VP1、VP2编码基因以及LTAg编码基因的引物对,从已确证为WU病毒阳性的来自北京地区急性呼吸道感染儿童的编号为BJF5276的临床标本中经聚合酶链反应扩增得到预期的基因片段,直接测序后将序列拼接得到全基因组序列,进而推导其基因组编码特征;随后从其它21例已确证为WU多瘤病毒阳性的急性呼吸道感染儿童标本中扩增得到衣壳蛋白VP2编码区基因,进行基因序列测定以及基因序列多样性分析。得到了WU病毒BJF5276全基因组序列。序列分析结果显示WU病毒BJF5276基因组序列全长为5229bp,共有5个主要的CDS(Coding domain sequences),分别编码衣壳蛋白VP2、VP3、VP1,并以其互补序列为模板,编码STAg和LTAg;所得到的22例VP2蛋白编码区基因序列同源性比较结果显示病毒VP2基因编码区序列与GenBank中已有的64个序列之间同源性很高;Mega4.0NJ进化树(Neighbor-joiningtree)分析显示这22个VP2基因序列分属于不同的基因进化簇,其中20个序列属于进化簇I中的Ia,另外2个序列属于进化簇III,其中的一个序列在IIIb基因进化簇中,另外一个序列独立成簇,不属于现有的IIIa或IIIb,暂时将其命名为IIIc。本研究结果提示北京地区的WU病毒具有多瘤病毒科的基因组编码特性;序列非常保守,有分属于不同基因进化簇的WU病毒在北京地区流行,与文献报道的以Ib流行为主所不同的是北京地区的WU病毒以Ia为主,且有新的基因进化簇出现。     

WU多瘤病毒在中国浙江地区的发现与鉴定

呼吸道病毒种类很多,大部分的病毒感染机体后可以导致大面积人群不同程度的发病,严重的可导致死亡[1].     

大连地区住院患儿急性呼吸道感染流行病学调查

目的分析大连地区急性呼吸道感染患儿病原体检测结果及流行情况,为临床早期诊断、治疗及预防提供依据。方法调查2015年1月-2016年7月医院住院急性呼吸道感染患儿2 944例,采用间接免疫荧光法(IFA)对呼吸道感染患儿血液中的呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)、腺病毒(adenovirus,ADV)、流感病毒A型(influenza virus type A,IFA)、流感病毒B型(influenza virus type B,IFB)、副流感病毒(parainfluenza virus,PIV)、肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae,CP)、肺炎支原体(Mycoplasma pneumonia,MP)和嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)8种病原体进行检测。结果 2 944例患儿中血清IgM抗体阳性共1 280例,总阳性率为43.48%(1 280/2 944),主要为IFB和MP感染:IFB阳性率最高,为16.68%(491/2 944);其次为MP,阳性率为14.44%(425/2 944)。ADV各年龄组之间差异无统计学意义(χ~2=0.286,P=0.5930.05),其余各种病原体不同年龄组之间差异均有统计学意义。其中IFB、MP在3~6岁组中检出率最高;RSV在0~1岁组中检出率明显高于其他年龄组。MP男女患儿组间差异有统计学意义(χ~2=7.671,P=0.0060.05),其余各项差异均无统计学意义(P0.05)。IFB第二季度和第三季度检出率高于其他季度,MP在第三季度检出率最高,IFA、LP、CP也同样是第三季度检出率最高,PIV和ADV各季度检出率差异无统计学意义(P0.05),RSV在第一季度检出率略高于其他季度。结论大连地区引起患儿呼吸道感染的病原体主要是IFB和MP,针对不同年龄组、不同季度的感染情况,应做好重点预防工作。     

80例住院患儿腺病毒呼吸道感染的流行病学特点和临床特征分析

通过分析急性呼吸道感染(Acute respiratory tract infection,ARTI)患儿腺病毒(Adenovirus,ADV)的流行病学特点及其临床特征,为临床早期诊治提供理论依据。2011年1月至2012年12月在常州市第二人民医院住院的3480例ARTI患儿,采集鼻咽部分泌物,采用直接免疫荧光法检测ADV抗原。两年共检出ADV阳性病例80例,阳性率为2.30%(80/3 480);2011年感染率显著高于2012年。ADV夏秋季感染率较高,冬春季感染率较低;1岁以内ADV感染率较低,仅为1.14%,其他年龄段感染率明显升高。ADV是常州地区ARTI患儿重要病原体,在1岁以上儿童中多发,呈常年散发状态,夏秋季节感染率高;ADV感染临床表现多,重症患儿多,危害大。     

人腺病毒流行病学研究进展

人腺病毒(Human adenovirus,HAdV)是引起儿童急性呼吸道感染(ARTIs)的主要原因之一,可引起重症肺炎的暴发流行,迄今为止尚无安全有效的防治手段.HAdV已有52个血清型,被分为7组,即HAdV A-G.有研究提示不同的型别导致的疾病严重程度不同,不同时间和地区的优势型别也有所差异.近年来,不断有新的HAdV型别被发现,已报道的共有103个型别.HAdV不断地以重组等方式进化,导致了组织嗜性和中和特性的改变,从而产生高致病性、高传染性的新型毒株,对疾病防控提出了新的挑战.本文以已有研究结果为基础,综合对HAdV的流行病学特征进行综述,为HAdV的疫苗研制和疾病防控提供参考依据.     

多瘤病毒感染与妇科肿瘤相关性的初步研究

人多瘤病毒(John Cunningham Virus,JCV)是广泛存在于人体内的一种多瘤病毒,最近二十年,国外研究显示JCV感染与多种神经系统及消化系统肿瘤高度相关,而JCV感染与妇科肿瘤关系的研究还鲜有报道。本研究在建立JCV核酸检测方法及规程的基础上,收集子宫肌瘤(98例)、子宫颈癌(84例)、子宫内膜癌(40例)、卵巢肿瘤(72例)患者临床资料、活检组织及血和尿样。运用PCR技术对上述患者活检样本及血、尿样本实施人乳头瘤病毒、单纯疱疹病毒Ⅱ型、人类疱疹病毒(Estein-barr virus,EBV)、巨细胞病毒和多瘤病毒JCV及BKV(B.K.virus,BKV)核酸检测。子宫颈癌高度相关人乳头瘤病毒在子宫颈癌组中检出率(19.0%)明显高于其它组,单纯疱疹病毒Ⅱ型、EBV及巨细胞病毒检出率几乎为0。BKV在尿样中的检出率明显高于血样及活检组织检出率,且检出率在各患者组中无显著差异。JCV检出率在血清样本及活检中几乎为0,然而,尿样中检测率均超过50%,且在子宫肌瘤患者组中高达65.3%。本研究显示JCV感染与子宫肌瘤高度相关,为子宫肌瘤的发病机理提供了新的病原学参考证据。     

2018-2020年广州急性呼吸道感染患儿中腺病毒分子流行病学特征研究

为了解2018-2020年间广州地区急性呼吸道感染儿童中腺病毒的流行病学特征,收集广东省妇幼保健院番禺院区和暨南大学附属第一医院儿科住院部急性呼吸道感染患儿咽拭子标本,采用荧光定量PCR技术检测腺病毒核酸,分析腺病毒的流行病学特征。所有腺病毒阳性标本接种A549细胞进行病毒分离,获得临床分离株后,对不同型别分离株的生长特点进行研究,并比较了感染患儿的临床特征。结果显示,在收集的701份急性呼吸道感染患儿的咽拭子标本中,腺病毒阳性率为4.99%(35/701),易感人群为5岁以下儿童。系统发育分析显示主要型别为B种3型腺病毒（42.86%）与B种7型腺病毒（14.29%）。经细胞培养后获得腺病毒阳性毒株28株,分离率为80%。临床分离株感染特征分析结果显示,PCR检测B种7型腺病毒分离株病毒基因组拷贝数显著高于其他基因型。对感染患儿临床特征的分析显示,B种3型腺病毒感染患儿中性粒细胞增高伴淋巴细胞降低。上述结果表明,2018-2020年间急性呼吸道感染的住院儿童腺病毒阳性患儿中,B种3型与B种7型为优势流行基因型,病毒基因进化高度保守。临床分离株中,B种7型腺病毒生长速率较高。     

重症急性呼吸道感染患儿中人鼻病毒分型检测及流行病学分析

目的:调查重症急性呼吸道感染患儿中人鼻病毒(HRV)的感染情况,初步了解不同型别HRV流行病学和临床特点。方法:收集2008年5月至2010年3月北京儿童医院重症急性呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本259份,采用巢式PCR法,先用鼻病毒5′UTR引物筛查样本中该病毒总的感染情况,再用针对VP4-VP2区域的引物对阳性样本进行分型检测;同时对阳性样本进行其他常见呼吸道病毒共感染检测与流行病学及临床特点分析。结果:259例样本中,5′UTR初筛HRV阳性89例(34.4%),与其他常见呼吸道病毒存在共感染54例(60.7%);可通过VP4-VP2分型测序确定39例HRV-A(48.1%)、4例HRV-B(4.9%)、38例HRV-C(46.9%);HRV-A感染率最高的季节分布是秋季;HRV-A和HRV-C型感染者在临床特点上无明显差别。结论:HRV是儿童重症急性呼吸道感染的重要病原之一,新发现的HRV-C基因型感染率与HRV-A相似,但HRV在儿童重症急性呼吸道感染中的病原学意义还须进一步确认。     

一起腺病毒引起的急性呼吸道感染暴发疫情的调查研究

探讨2016年12月深圳市光明新区某小学一起急性呼吸道病毒感染暴发疫情的流行病学及病原学特点。采用相应的流行病学个案调查表对疫情进行现场调查,采集患者咽拭子标本,使用实时荧光定量PCR方法对标本进行流感样病例筛查,筛查后的阴性标本进行呼吸道病毒核酸检测,用腺病毒六邻体蛋白基因作为靶基因对腺病毒初筛阳性标本进行扩增并测序,测序结果在GenBank上进行序列比较后使用BLAST和MEGA 5.0软件进行分析。该起疫情首例病例发病时间为2016年12月2日,末例病例发病时间为2016年12月17日,共发病34例,期间出现3次发病高峰,患者均为学生,其中男女生各17例,男女比例1∶1。患者体温均39℃,大部分有头晕、头痛症状,少数伴有咽痛、咳嗽症状。发病的四个班级间的罹患率差异有统计学意义。共采集8份咽拭子标本,经实时荧光定量PCR检测均为腺病毒阳性,其中1份合并鼻病毒阳性。8份标本用分型引物检测并分析序列确定均为腺病毒E亚属4型。此次急性呼吸道感染暴发疫情为连锁式传播,由腺病毒4型引起,毒株序列与深圳、国内其他城市分离的腺病毒4型毒株序列具有高度同源性,提示该毒株可用于疫苗株筛选。早期发现可疑病例并采取隔离措施是预防腺病毒感染暴发的最佳手段。     

儿童急性呼吸道博卡病毒感染

了解博卡病毒(Human Bocavirus,HBoV)在我国儿童急性呼吸道疾病中的感染情况。采用PCR扩增的方法对2005年10月~2006年1月收集的72例急性呼吸道感染的住院儿童鼻咽抽吸物(nasopharyngeal aspirates,NPA)进行了HBoV基因检测。将PCR阳性产物进行TA克隆,测序,并将所测序列与GenBank中HBoV序列进行比较分析。72份标本中共检测到6份HBoV阳性扩增产物,阳性率为8.3%(6/72),该6例HBoV阳性患儿临床均有肺炎或支气管肺炎症状。由此可以初步看出HBoV可能也是儿童急性呼吸道感染中较为重要的一个病原,且可能与儿童急性下呼吸道感染存在相关性。     

2株WU多瘤病毒全基因组序列测定和分析

WU多瘤病毒(WUPyV)是多瘤病毒科多瘤病毒属的新成员,近来发现与人呼吸道感染等有关。本研究对2株WUPyV进行全基因组序列测定和拼接,获得这2株病毒全基因组序列,并与已上传到GenBank的国内外几株WUPyV的全基因组序列和氨基酸序列进行比对和系统进化分析。这2株WUPyV是环状、双链DNA病毒,基因组全长5 228bp,比GenBank已知WUPyV全序列少1bp。缺失的一对碱基位于位点4 536处,属于大T抗原的非编码区。病毒全基因组编码5个蛋白,分别是3个衣壳蛋白VP2、VP3、VP1与大T抗原和小T抗原。系统进化分析显示相对中国福建福州的FZ18株,另一株FZTF株与参考株-澳大利亚的B0株关系较近。     

Application of Human Adenovirus Genotyping by Phylogenetic Analysis in an Outbreak to Identify Nosocomial Infection

Nosocomial infections are common in pediatric patients and can be fatal in infants and immunocompromised patients. In September 2018, a high positive rate of human adenovirus HAdV was occurred among hospitalized children in the Children's Hospital Affiliated to the Capital Institute of Paediatrics in Beijing. To investigate whether this outbreak of HAdV was related to nosocomial infections or the result of community infections, we collected respiratory specimens from patients with acute respiratory infections in a respiratory ward during June to December 2018, and screened for respiratory viruses. Among 1,840 cases included, 95(5.2%, 95/1840) were positive for HAdV and 81 were genotyped based on phylogenetic analysis, including seven as HAdV-1(8.6%), 30 HAdV-3(37.0%), two HAdV-6(2.5%), and 42 HAdV-7(51.9%). More HAdV-positive samples were collected in August(4.7%, 12/255), September(15.0%, 41/274) and October(6.9%, 17/247), with a peak in September 2018. By combining the results of HAdV phylogenetic analysis with clinical data of patients, there were 77 cases(4.2%, 77/1840; 81.1%, 77/95) excluded from nosocomial infections, eight cases representing possible infections transmitted by visitors or attending parents, three cases without sequences that might have been due to infection transmitted by roommates positive for HAdV, one case of a roommate without an HAdV sequence, and six cases that shared highly homologous sequences with those of their roommates, for which nosocomial infections might be considered. In conclusion, genotyping of HAdVs based on phylogenetic analysis combined with clinical information provides a powerful method to distinguish nosocomial infections from community acquired infection, especially when tracing the origins of nosocomial infections.     

急性呼吸道感染患儿白细胞计数、内毒素、C 反应蛋白水平变化及 临床意义

目的:探讨急性呼吸道感染患儿白细胞(WBC)计数、血清内毒素(ET)、C反应蛋白(CRP)水平变化及临床应用价值。方法:对急性呼吸道感染组106例患儿(细菌感染组62例、病毒感染组44例)进行WBC计数、血清ET、CRP水平等指标进行检测,并与正常对照组的40例健康儿童进行比较分析。结果:急性呼吸道感染组患儿WBC计数、血清ET、CRP水平均显著高于正常对照组,差异具有统计学意义(P<0.05或P<0.01);血清ET、CRP水平对诊断脓毒症的敏感性差异无显著性(P>0.05),均显著高于WBC计数,差异具有统计学意义(P<0.05);WBC计数特异性显著高于ET、CRP水平,ET水平特异性显著低于CRP,差异均具有统计学意义(P<0.05);细菌感染组患儿血清ET、CRP水平显著高于病毒感染组,差异具有统计学意义(P<0.05),而两组间WBC计数差异不显著(P>0.05)。结论:测定WBC计数、ET、CRP对急性呼吸道感染患儿具有一定的诊断价值。     

南京地区2010～2011年度呼吸道感染患儿腺病毒的流行病学研究

本研究为了解南京地区儿童腺病毒(ADV)感染的流行特点及型别,收集2010年8月至2011年7月南京医科大学附属南京儿童医院住院及门诊呼吸道感染患儿的鼻咽抽吸物(NPA)及咽拭子(NPS)共644例,采用巢氏聚合酶链反应法(Nested-PCR)检测ADV hexon基因,将阳性PCR扩增产物进行测序、同源性和进化分析。同时对12种其他呼吸道相关病毒进行PCR检测,包括人博卡病毒(HBoV),呼吸道合胞病毒(RSV),人鼻病毒(HRV),副流感病毒1～4型(PIV1-4),流感病毒A和B(IFVA/B),人偏肺病毒(HMPV),冠状病毒NL63和HKU1(HCoV-NL63和HCoV-HKU1)。结果显示:644例标本中共检出ADV阳性扩增产物171份,检出率为26.55%,3型120例(70.18%,120/171),7型16例(9.36%,16/171),1型12例(7.02%,12/171),2型10例(5.85%,10/171),5型6例(3.51%,6/171),6型3例(1.75%,3/171),57型3例(1.75%,3/171),41型1例(0.58%,1/171)。ADV感染呈全年散发,其发病高峰主要在4～7月。以7岁以下儿童多见(96.49%)。171例ADV感染患儿中有99例(57.89%)存在混合感染,其中以呼吸道合胞病毒(RSV)、人鼻病毒(HRV)多见。ADV阳性患儿诊断以下呼吸道感染为主(63.16%),肺炎占30.41%。结论:ADV是2010年8月到2011年7月南京地区儿童呼吸道感染的重要病原之一,其优势流行株为3型,长期监测其流行型别具有重要意义。     

A multi-center study on Molecular Epidemiology of Human Respiratory Syncytial Virus from Children with Acute Lower Respiratory Tract Infections in the Mainland of China between 2015 and 2019

Virologica Sinica - Human respiratory syncytial virus (RSV) is a major pathogen of acute lower respiratory tract infection among young children. To investigate the prevalence and genetic...     

北京地区成人呼吸道感染病人中人偏肺病毒感染情况的初步分析

目的:了解北京地区成人呼吸道感染患者中人偏肺病毒(hMPV)的感染情况、流行分布和临床表现特点。方法:采集2010年5月至2011年4月北京地区成人呼吸道感染患者鼻咽拭子标本413份,利用巢式PCR法进行hMPV筛查,对PCR阳性片段进行核酸序列测定,确定hMPV感染基因型别;同时,分析hMPV感染的流行病学特点,并对感染阳性患者进行临床表现的初步分析。结果:413份鼻咽拭子标本中检出hMPV阳性4份(0.97%),分别存在于2010年8月、10月和2011年2月、4月,其中1例合并鼻病毒感染;感染患者临床表现主要是发热、鼻塞、流涕、头痛、咳嗽,有1例出现呕吐和腹泻;hMPV阳性片段系统进化分析发现这4例感染中的3例为B2型,1例为A2b型。结论:北京地区成人呼吸道感染患者中存在hMPV感染,其基因型为B2和A2b型。     

Comparison of Clinical and Epidemiological Characteristics of Asymptomatic and Symptomatic SARS-CoV-2 Infection in Children

Virologica Sinica - To understand the epidemiological and clinical features of the symptomatic and asymptomatic pediatric cases of COVID-19, we carried out a prospective study in Shanghai during...     

儿童泌尿系感染的病原学分析

探讨目前儿童泌尿系感染病原体的变化趋势,为临床治疗提供实验依据。分析2008年1月至2009年10月住院治疗的357例尿细菌培养、支原体体外培养、衣原体检测阳性的泌尿系感染患儿病原体的分布情况。结果显示,尿细菌培养和支原体体外培养、衣原体检测前未应用过抗生素的患儿其阳性率为82.2%,而应用过抗生素的患儿其阳性率为31.8%,两者相比具有统计学意义(P0.01)。在检测的357例阳性标本中,革兰阴性杆菌占74.7%,其中以大肠埃希菌为主,占46.2%;革兰阳性球菌占14.8%,其中肠球菌占10.9%;真菌占3.1%,支原体占4.8%,衣原体占2.5%。临床要密切关注儿童泌尿系感染病原体的分布变迁情况,以便于为临床的诊断和治疗提供可靠的实验依据。