生物数据标准化研究进展

随着生物测序技术的快速发展,积累了海量的生物数据。生物数据资源作为生物分析研究及应用的核心和源头,为保证数据的正确性、可用性和安全性,对生物数据资源进行标准化的管理非常重要和迫切。本文综述了目前国内外生物数据标准化研制进展,目前国内外对生物数据缺少一个总体的规划,生物数据语义存在大量的不兼容性,数据格式多种多样,在生物数据收集、处理、存储和共享等方面缺乏统一的标准。国内外生物数据标准化处于起步阶段,但各国生物专家都在努力进行标准研制工作。文章最后从生物数据术语、生物数据资源收集、处理和交换、存储、生物数据库建设和生物数据伦理规范等方面出发,对标准研制工作进行一一探讨,期望能为生物数据标准制定提供一定的参考和依据。     

四川省生物多样性基础数据库信息系统

生物多样性本底信息是开展生物多样性评价的基础,现有的生物多样性数据分布比较分散,不同的数据掌握在不同的部门,没有得到很好整合。同时,由于缺乏物种分布的空间信息,生物多样性数据很难满足环境影响评价中生物多样性评价的需求,生物多样性评价一般只限于简单的定性分析。为了促使生物多样性评价工作能更深入的开展,切实有效地保护生物多样性资源,以四川省(重点以甘孜州)为研究案例,整合了现有的生物多样性数据资源,主要包括四川省自然保护区生物多样性数据、甘孜州水生和陆生生物多样性数据、四川省环境敏感区数据以及生物多样性现场调查数据等,建立了四川省生物多样性基础数据库,同时通过数据库开发和网络开发,建立了数据库信息系统,实现了生物多样性空间数据库和属性数据库的查询检索、数据显示等功能。     

第一届全国生物多样性监测研讨会第一轮通知

<正>生物多样性监测是对生物多样性组成和变化进行的有计划的观察和记录,对生物多样性进行监测是生态学研究、物种保护管理和资源可持续利用的核心环节,是评估生物多样性保护进展的最有效途径。为了中国生物多样性实施全面长期监测,在全国范围内组建生物多样性专业监测和研究队伍,建立全国生物多样性监测信息数据共享平台,定期发布生物多样性动态变化数据和综合分析研究成果,中国科学院科技促进发展局、国际生物多样性计划中国委员会、中国科学院生物多样性委     

生物同质化研究透视

生物同质化是指特定时间段内两个或多个生物区在生物组成和功能上的趋同化过程, 包括遗传同质化、 种类组成同质化和功能同质化三个方面。近年来, 生物同质化问题已引起生态学界的高度重视, 成为保护生物地理学的一个全新议题, 但在国内的相关研究较少。本文从生物同质化概念的发展历程入手, 对生物同质化三个方面的度量方法和驱动因素分别做了介绍和评述, 指出外来物种入侵和本土物种灭绝是导致生物同质化的最主要原因, 其他能促进这两个过程的活动, 如环境退化和干扰、城市化和生境同质化等都会对生物同质化有影响; 生物同质化具尺度效应, 在不同生物地理区域以及不同生态系统和生物类群之间, 生物同质化程度不同, 主要驱动力也各异。探讨了生物同质化在生态、生物进化和人文经济方面的影响以及生物同质化与生物多样性保护的关系。最后对我国开展生物同质化研究的必要性和需要解决的问题做了探讨, 以期能推动生物同质化研究在我国的发展。     

生物地理学的新认识及其方法在多样性保护中的应用

近年来,众多分子证据和古生物学证据的出现促进了对生物地理学领域一些关键问题(如,扩散和隔离)的理解,并达成了较为统一的认识:1)扩散和隔离都是解释生物地理学格局的重要假说,并可能同时影响了生物的分布格局;2)历史生物地理学和生态生物地理学不是截然割裂的,两者结合起来有助于从不同层次上理解生物地理和生物多样性格局;3)不同的生物地理学研究方法应相互补充以揭示复杂的生物地理过程。学科思想的演变也使得生物地理学研究内容发生变化,本文还综述了当今生物地理学所关注的科学问题,并重点论述了生物地理学方法在生物多样性保护中的应用。     

生物基聚酰胺研究进展

生物基聚酰胺是指制备聚酰胺的原料来源于生物质材料,生物基聚酰胺的原料主要有生物基氨基酸、生物基内酰胺、生物基二元酸、生物基二元胺等。本文论述了不同生物基原料的来源、制备方法以及相应的生物基聚酰胺的性能;重点论述了生物基聚酰胺PA11和PA1010的原料制备方法、合成方法以及改性研究进展;对生物基聚酰胺的种类、产业化研究现状进行了总结,并对我国生物基聚酰胺的发展提出建议。     

生物能源与循环农业协调发展的个案分析——以山东龙力集团为例

节能减排已成为全球共同追求的目标,生物产业在节能减排方面有着巨大的优势,我国《生物产业发展"十二五"规划》明确七大战略目标,其中就有生物能源和生物农业,本文从生物能源和循环农业协调发展的角度,以山东龙力生物股份有限公司为具体案例作了具体分析,得出一些生物产业发展过程中的一些发展决策,对生物产业相关企业有一定指导意义。     

植物细胞大规模培养生物反应器研制概况

本文对植物细胞培养中使用的搅拌式生物反应器,气升式生物反应器,固定化细胞生物反应器,光照培养生物反应器和其它新型生物反应器装置进行了全面的评述。     

全球生物经济现状、趋势与融资前景分析*

生物经济是指通过可持续的方式,利用可再生自然资源来生产食品、能源、生物技术产品和服务的一切经济活动的总和。生物经济是继农业经济、工业经济、信息经济之后,人类经济社会发展的第四次浪潮。概述全球生物经济发展现状,梳理世界主要经济体生物经济战略布局,归纳生物经济未来发展的四个主要方向,通过调研统计分析生物制药、生物基材料和化学品、生物农业和未来食品三个生物产业重点领域的投融资数据,预判未来生物产业投融资前景,并针对我国生物产业投融资提出建议。     

生物性状的系统分析理论──多元分析在生物性状分析中的应用研究

本文首次提出了生物性状的系统分析理论,指出了多元分析在生物性状应用研究中,应使统计分析模型适应于生物性状之间的相互作用规律,而不应是使生物性状适应于统计分析模型。生物性状多元分析时,统计上或任何人为增加或减少某些性状将影响生物性状之间的相互作用的大小,并得出不符合生物规律的错误结论,只有根据生物性状的系统理论分析生物性状之间的相互作用关系,才能准确评价各性状之间的相互作用大小。     

Book reviews

Books reviewed in this article:
BICKEL, P. J. and DOKSUM, K. A. Mathematical Statistics: Basic Ideas and Selected Topics, Volume I, 2nd edition.
BALDI, P. and BRUNAK, S. Bioinformatics: The Machine Learning Approach, 2nd edition.
GATSONIS, C., KASS, R. E., CARLIN, B., CARRIQUIRY, A., GELMAN, A., VERDINELLI, I. and WEST, M. (editors). Case Studies in Bayesian Statistics: Volume V.
LAWSON, A. B. and WILLIAMS, F. L. R. An Introductory Guide to Disease Mapping.
MACLEOD, N. and FOREY, P. L. (editors). Morphology, Shape, and Phylogeny.
FINKELSTEIN, M. O. and LEVIN, B. Statistics for Lawyers, 2nd edition.
ZWILLINGER, D. and KOKOSKA, S. CRC Standard Probability and Statistics Tables and Formulae.
WILSON, R. and CROUCH, E. A. C. Risk-Benefit Analysis.
IBRAHIM, J. G., CHEN, M.-H. and SINHA, D. Bayesian Survival Analysis.     

Quantification and characterisation of cyclo-oxygenase and lipid peroxidation inhibitory anthocyanins in fruits of Amelanchier

The levels of bioactive anthocyanins in the fruits of Amelanchier alnifolia, A. arborea and A. canadensis have been determined by HPLC. Cyanidin 3-galactoside (1) was present in the fresh fruit of the three species at concentrations of 155, 390 and 165 mg/100 g, respectively. Cyanidin 3-glucoside (2) was present only in A. alnifolia and A. canadensis at concentrations of 54 and 48 mg/100 g, respectively. The anthocyanins were confirmed by LC-ESI/MS and NMR studies. At 100 ppm, anthocyanin mixtures from the three species inhibited cyclo-oxygenase (COX)-1 and -2 enzymes at 66 and 67%, 60 and 72%, and 51 and 76%, respectively. The positive controls used in the COX assays were aspirin, Celebrex and Vioxx at 180, 1.67 and 1.67 ppm, respectively, and showed 74 and 69%, 5 and 82% and 0 and 85% COX-1 and COX-2 inhibition, respectively. Anthocyanins 1 and 2 and cyanidin (3) inhibited COX-1 enzyme 50.5, 45.62 and 96.36%, respectively, at 100 ppm, whereas COX-2 inhibition was the highest for 3 at 75%. In the lipid peroxidation inhibitory assay, anthocyanin mixtures at 10 ppm from the three species showed activities of 72, 73 and 68%, respectively, compared with 89, 87 and 98% for commercial anti-oxidants butylated hydoxyanisole, butylated hydroxytoluene, and tert-butylhydroxyquinone at 1.67, 2.2 and 1.67 ppm, respectively. At 10 ppm, compounds 1-3 inhibited lipid peroxidation by 70, 75 and 78%, respectively.     

中国丝孢酵母属的几个新种和新记录

作者从中国的北京、湖北等地的鸟粪,霉变柿子以及酒药中分离到了三株未描述的丝孢酵母菌。本文描述了这三个新种:板仓丝孢酵母(Trichosporon bancangense),北京丝孢酵母(Tr.beijingense)和中国丝孢酵母(Tr.sinense)并讨论了它们与属中近似种的差别。本文还发现了丝孢酵母属的4个新记录:皮刺丝孢酵母(Tr.aculeatum),埃利丝孢酵母(Tr.eriense),斐氏丝孢酵母(Tr.figueriae)和蜜二糖丝孢酵母(Tr.melibiosaceam)。     

藏中矿区珠芽蓼和尼泊尔酸模中重金属含量分析

西藏中部主要是指雅鲁藏布江河谷地带,包括拉萨、日喀则和泽当等地市,是西藏自治区的主要农区和工业矿区。西藏中部矿产资源丰富,其中cu的远景储量居全国第2位[1]。矿产的开发给当地居民带来巨大的经济效益,但同时也排放大量含有重金属的废渣、废水和废气,导致土壤重金属污染严重。土壤是中草药中重金属的主要来源之一,中草药中的重金属含量与地质背景有密切的关系,土壤中重金属元素的多寡在药用植物中都有所表现[2];土壤重金属污染对中草药品质有影响甚至危及人类健康[3]。近年来植物药在国际市场逐渐升温,传统医药在日益受到人们青睐的同时其质量与安全性也成为公众关注的焦点[4-6]。     

白背飞虱若虫和雄雌成虫唾液腺蛋白鉴定

【目的】对白背飞虱Sogatella furcifera唾液腺蛋白进行鉴定及功能注释分类,探究不同发育阶段和不同性别的白背飞虱唾液腺蛋白之间的区别与联系。【方法】麻醉白背飞虱若虫、雄成虫和雌成虫,解剖收集唾液腺组织,提取蛋白,还原烷基化和酶解,利用液相色谱串联质谱技术鉴定蛋白。与Unigene蛋白数据库进行比对,并通过KOG分析,对唾液腺蛋白进行功能注释分类。【结果】白背飞虱若虫、雄成虫和雌成虫特有的唾液腺蛋白分别为385, 168和82个,若虫与雄成虫、若虫与雌成虫及雄成虫与雌成虫共有的唾液腺蛋白分别为319, 60和60个。KOG功能注释显示与细胞过程和信号传导相关的蛋白数量最多,若虫、雄成虫和雌成虫特有以及若虫与雄成虫、若虫与雌成虫及雄成虫与雌成虫共有的这类蛋白数量分别为81, 22, 70, 19, 21和12个,这些蛋白主要发挥着翻译后修饰、蛋白质更新、伴侣蛋白,细胞内运输、分泌和囊泡运输及信号转导作用。【结论】白背飞虱唾液腺蛋白在参与信号转导机制方面表现较为活跃,这可能与其刺吸危害有一定的关系。     

Book Reviews

Books reviewed in this article:
BERNARDO, J. M., BERGER, J. O., DAWID, A. P., and SMITH, A. F. M. (editors). Bayesian Statistics 6.
VAN DER VAART, A. W. Asymptotic Statistics.
NOLAN, D. and SPEED, T. StatLabs: Mathematical Statistics Through Applications.
BINNS, M. R., NYROP, J. P., and VAN DER WERF, W. Sampling and Monitoring in Crop Protection: The Theoretical Basis for Developing Practical Decision Guides.
DIECKMANN, U., LAW, R., and METZ, J. A. J. (editors). The Geometry of Ecological Interactions: Simplifying Spatial Complexity.
LAWSON, A., BIGGERI, A., BOHNING, D., LESAFFRE, E., VIEL, 3.-F., and BERTOLLINI, R. Disease Mapping and Risk Assessment for Public Health.
BLAND, M. and PEACOCK, J. Statistical Questions in Evidence Based Medicine. Oxford University Press, Oxford, 2000.
MANLY, B. F. J. Statistics for Environmental Science and Management.
RÍOS INSUA, D. and RUGGERI, F. (editors) Robust Bayesian Analysis.
BARNDORFF-NIELSEN, 0. E., COX, D. R., and KLUP-PELBERG, C. Complex Stochastic Systems.
PETRIE, A. and SABIN, C. Medical Statistics at a Glance.
THERNEAU, T. M. and GRAMBSCH, P. M. Modeling Survival Data: Extending the Cox Model.
TAN, W.-Y. Stochastic Modeling of AIDS Epidemiology and HIV Pathogenesis.
CHATFIELD, C. Time-Series Forecasting.
MATTHEWS, J. N. S. An Introduction to Randomized Controlled Clinical Trials.
CLARK, I. and HARPER, W. V. Practical Geostatistics 2000.
TANIGUCHI, M. and KAKIZAWA, Y. Asymptotic Theory of Statistical Inference for Time Series.
KARIAN, Z. A. and DUDEWICZ, E. J. Fitting Statistical Distributions: The Generalized Lambda Distribution and Generalized Bootstrap Methods.     

Fingernails as biological indices of metal exposure

Metal determination in human tissues is the most common application of biological monitoring for screening, diagnosis and assessment of metal exposures and their risks. Various biopsy-materials may be used. This paper deals with the quantitative determination of Cd, Pb, Cr, Mn, Fe, Ni, Cu, and Zn concentrations in nails of male subjects exposed to these metals alongwith their respective controls, while working in locomotive, carriage and roadways workshops, and lead battery factories. The levels of Cd, Pb, Cr, Mn, Fe, Ni, Cu and Zn in fingernails, assayed by atomic absorption spectrophotometry, were compared with their respective controls by student ‘t’ test. All the obtained values were correlated to the personal and medical history of the subjects under study. Significantly high levels of Cd, Pb, Cr, Fe, Ni, Cu and Zn were present in smokers, compared to nonsmokers. The concentrations of Cd, Pb, Cr, Mn and Fe were not significantly high in vegetarian subjects. It was also observed that there is no contribution of liquor towards nail-metal concentration. Significant correlations were observed between skin disease and Cr, Mn, Fe, Cu; hypertension and Cd, Mn, Cu; mental stress and Cd, Pb, Mn, Ni, Cu, Zn; diabetes and Cr, Mn, Ni; chest pain and Pb; respiratory trouble and Cr, Mn, Fe, Ni, Zn; tuberculosis and Zn; acidity and Cd; and ophthalmic problems and Mn, Fe, Ni, and Zn     

铁线莲属菝葜叶铁线莲组修订

对毛茛科Ranunculaceae铁线莲属Clematis的菝葜叶铁线莲组sect. Naraveliopsis进行了全面修订, 确定此组共含21种1亚种和1变种; 写出此组的分类学简史和地理分布, 并讨论了此组在铁线莲属中的系统位置; 将此组划分为3亚组, 写出分亚组、分种检索表, 以及各种植物的形态描述、地理分布、生长环境等, 并附有多数种的墨线图。根据对此组植物形态特征的分析, 观察到以下重要演化趋势: (1)叶从单叶演变到二回羽状复叶或二回三出复叶; (2)花从两性到单性, 从无退化雄蕊到有退化雄蕊; (3)雄蕊从无毛到有毛; (4)药隔突起从短(0.5-0.7 mm)到长(8.5-10 mm)。根据上述演化趋势,花两性、雄蕊被毛、退化雄蕊存在的荔波铁线莲亚组subsect. Liboenses(1种,特产贵州荔波)和花由两性变为单性的亚组subsect. Macgregorianae(2种,特产菲律宾)被认为是菝葜叶铁线莲组的进化群。在原始的菝葜叶铁线莲亚组subsect. Smilacifoliae(花两性,雄蕊无毛; 18种,广布亚洲热带地区)中,具单叶,花无退化雄蕊,药隔突起较短的菝葜叶铁线莲C. smilacifolia和滇南铁线莲C. fulvicoma被认为是较原始的种,而具三出复叶和退化雄蕊的C. vietnamensis和丝铁线莲C. loureiriana,以及具羽状复叶和长药隔突起(长达10 mm)的C. papillosa等3种则被认为是此亚组的进化种。自中南半岛北部山地向西经云贵高原南部至喜马拉雅东部山区集中分布有菝葜叶铁线莲组的13种植物,这一山区地带被认为是此组的分布中心。在此山区地带中,菝葜叶铁线莲的分布区和滇南铁线莲的分布区重叠部分的山区可能是此组的起源中心。     

太湖梅梁湾漫衰减系数季节性差异及其主导因素

利用2006-08-16、2007-3-28和2007-11-12三次在太湖梅梁湾15个样点的观测数据,对漫衰减系数(Kd)及其影响因素的时空差异性进行分析,发现:梅梁湾地区Kd的主要决定因素是总吸收系数,后向散射作用对Kd具有一定的影响作用,但非主导作用;梅梁湾地区水体Kd影响因素的主次关系并非固定不变,而是随着水体组分的季节性变化而变化,3月份Kd的主导影响因素是非色素物质,其次是有色可溶性有机物(CDOM)、色素物质和后向散射作用,而8月份的主导影响因素是色素物质,其次是非色素物质、CDOM和后向散射作用,而11月份相对较为复杂,在440nm处主导影响因素是非色素物质,其次是色素物质、CDOM和后向散射作用,595nm处主导影响因素是非色素物质吸收作用,其次是色素物质吸收作用、后向散射作用、CDOM吸收作用,675nm处主导影响因素是色素物质,其次是非色素物质、后向散射作用和CDOM.