16S rDNA克隆文库方法分析太岁样品中细菌的多样性

通过构建16S rDNA克隆文库的方法,分析太岁样品中细菌的群落结构及多样性。太岁样品中的细菌归属于4个门9个目,优势类群依次是芽胞杆菌目(Bacillales,33.01%)、柄杆菌目(Caulobacterales,32.04%)和伯克霍尔德氏菌目(Burkholderiales,12.62%);优势属为短波单胞菌属(Brevundimonas,30.10%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,29.13%)和食酸菌属(Acidovorax,7.77%)。并且其中的5个目中含有未培养的细菌,红杆菌目(Rhodobacterales)、伯克霍尔德氏菌目和红环菌目(Rhodocyclales)的11个克隆子的细菌16S rDNA序列同源性低于97%。研究表明太岁样品中细菌多样性较丰富,且蕴藏着许多未知的微生物资源。     

“太岁”生物学组分的研究

＂太岁＂是一种存在于地球上分类地位尚不清楚的生物体。对实验室保藏的7种不同的＂太岁＂样品进行了生物学组分的定性定量分析,旨在科学地了解＂太岁＂的组成成分,同时为＂太岁＂有效成分的开发利用和分类鉴定提供理论依据。对实验室保藏的7种＂太岁＂样品做生物组分及含量分析,具体包括：苯酚硫酸法测粗多糖含量、凯氏定氮法测粗蛋白含量、索氏提取法测粗脂肪含量、钒钼酸显色法测核酸含量、灼烧重量法测粗灰分含量、恒温干燥法测水分含量、原子吸收法测微量元素含量。实验结果表明,7种＂太岁＂样品含水量均较高,除LNUT006含水量73.58%外,其余＂太岁＂样品均达到90%以上;＂太岁＂样品中粗多糖含量在8.97~46.57 mg/g之间,其中LNUT006多糖含量明显高于其他＂太岁＂样品;粗蛋白含量在20.35~184.18 mg/g之间,其中LNUT006蛋白含量明显高于其他＂太岁＂样品;＂太岁＂样品中净核酸含量在2.053~35.128 6μg/g之间;灰分含量在42.93~246.4 mg/g之间;＂太岁＂样品钙、铁含量较高,分别为2 907.09μg/g和3 929.09μg/g,铅、镉含量最低。首次对未知生物＂太岁＂样品的组成成分进行初步系统的研究,为明确其组分和对其进一步的开发利用均有很重要的意义。     

几种野生动物样品的DNA分子鉴定

用12S rDNA通用引物L1091和H1478扩增了宜兴工商执法部门送检的5件野生动物样品。测定其序列后,与GenBank的同源序列比对,并计算测定得到的序列与相关物种序列间的P值,作为种类鉴定的依据。分子鉴定的结果：2件样品为孟加拉巨蜥(Varanus bengalensis)、1件为黑熊(Ursus thibetanus)、1件为中国穿山甲(Manis pentadactyla)、1件为穿山甲属未定种(Manis sp．)。     

2例太岁样品分离菌的初步研究

目的:太岁是自然界中一种未知生命体,本实验对2例来源地不同的太岁样品进行菌株分离培养与鉴定。方法:太岁经表面消毒后无菌研磨,采用多种培养基涂板以分离可培养菌株,并进行16S rDNA、18S rDNA序列PCR扩增、测序及Blast比对。结果:从2例太岁样本中分别获得4株相似菌株,经鉴定,分离菌株TS-1为荧光假单胞菌(Pseudomonas flulorescens),TS-2为地中海短波单胞菌(Brevundimonas mediterranea),TS-3为红串红球菌(Rhodococcus erythropolis),TS-4为鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.)。结论:2例来源不同的太岁中均含有上述4种菌株,在生物学组成中具有一定的共性,为研究太岁的形成提供了新的思路。     

肺动脉内皮细胞的分离、培养和鉴定

以新生小牛肺动脉为材料,采用灌流抽洗-0.1％胶原酶消化法分离出小牛肺动脉内皮细胞。以199培养液培养并巳传6代,生长率、分裂指数、对数生长期群体倍增时间均与国外报道近似,冻存后复苏率为84.2±8.3％。通过形态学特征和凝血Ⅷ因子相关抗原检测证实是内皮细胞。纤维连接蛋白或鼠尾胶原作培养基质可显著提高该细胞的贴壁率。牛下丘脑和牛视网膜来源的促生长物有显著促内皮细胞生长作用。该细胞体外培养方法的建立,为体外研究肺血管内皮细胞的功能、代谢及病理变化提供了可靠模型。     

两株滇产广义美味牛肝菌的分离培养及其分子鉴定

采用组织分离法从广义美味牛肝菌子实体分离获得2株稳定的菌株,初步研究了两菌株的分离和培养条件。用ITS序列分析,对分离菌株进行了分子鉴定。基于ITS序列构建的系统树表明两株菌属于美味牛肝菌复合群,并与夏生牛肝菌Boletus aestivalis（Paul.）Fr.有较近的亲缘关系。     

生物标志物在微生物鉴定和检测中的应用

分析化学技术的进步促进了分析微生物学的发展,开辟了微生物鉴定和检测的新途径。检测微生物中的某些生物标志物往往可以快速、准确地鉴定和检测微生物,在临床检验、环境监测、食品卫生和防生物恐怖中有广泛的应用前景。生物标志物的种类繁多,分析技术和方法多种多样,本文就其种类、应用和发展前景做一综述。     

中药中耐辐射微生物的分离与鉴定

从中成药(金锁丸)中分离获得一种耐辐射的细菌。经过形态观察、生理生化特征分析及16 S rDNA碱基序列测定和同源性分析,鉴定该菌株为弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus),该菌株的16 S rDNA序列已在Gen-Bank中注册,登录号为AB021185.1。     

土壤样品中粘细菌的分离鉴定及其生物活性检测

【目的】从土壤样品中分离粘细菌,对其进行纯化、归类与鉴定,以丰富粘细菌菌种资源;对纯化得到的粘细菌进行抑菌、杀虫及抗肿瘤生物活性的分析,为粘细菌次级代谢产物的开发奠定基础。【方法】采用灭活大肠杆菌和滤纸片诱导子实体法从土样中分离粘细菌,结合形态观察、生理生化特征和16S r DNA基因序列同源性分析,对分离到的各菌株进行鉴定并归类。通过平板扩散法、昆虫口服毒性测试、肿瘤细胞毒性实验等方法,检测粘细菌代谢产物生物活性。【结果】共分离得到35株粘细菌,初步分类为:粘球菌属(Myxococcus)9株;珊瑚球菌属(Corallococcus)9株;侏囊菌属(Nannocystis)11株;堆囊菌属(Sorangium)6株。从其中纯化得到8株粘细菌,对其进行了鉴定并命名。发现了具有高效且广谱的肿瘤细胞毒性效应菌株S22,S51和S55也具同样的细胞毒性;另外,还发现具有肿瘤细胞毒性的菌株S20和S22对枯草芽胞杆菌和白色念珠菌也具有较好的抑菌活性。【结论】土壤中存在丰富的粘细菌资源,发现了具有肿瘤细胞毒性的弱小珊瑚球菌与具有抑菌和强抗肿瘤活性的大孢珊瑚球菌,粘细菌是活性天然产物与新药开发的重要资源。     

四种嗜热真菌的分离与鉴定

目的:在对嗜热真菌的资源调查中,分离到嗜热真菌20株。方法:通过形态学比较研究并结合分子分析方法。结果:鉴定出嗜热真菌4种,即杜邦青霉Penicillium dupontii、疏绵状嗜热丝孢菌Thermomyceslanuginosus、嗜热子囊菌Thermoascus aurantiacus、嗜热革节孢Scytalidium thermophilum。此外,还分离到耐热真菌1种,鉴定为不规则头梗霉Cephaliophora irregularis,为中国新记录种。结论:这些研究结果新增了嗜热真菌在中国的分布记载,丰富了我国西南地区嗜热真菌的菌种资源库,另外对分离获得的嗜热真菌进行木聚糖酶活性测试,发现嗜热子囊菌为高产木聚糖酶活力的菌株。     

两种不同内皮祖细胞的分离培养与鉴定

目的:探讨从小鼠骨髓中分离、培养、诱导分化及鉴定两种内皮祖细胞的方法,为进一步研究和临床应用奠定基础。方法:密度梯度离心法分离小鼠骨髓单个核细胞,接种于内皮祖细胞条件培养基,通过贴壁培养法培养出早期内皮祖细胞和晚期内皮祖细胞,并在0 d、6 d、10 d流式鉴定早期内皮祖细胞,在第8周流式鉴定晚期内皮祖细胞。结果:通过体外贴壁扩增培养,从小鼠骨髓细胞中成功培养出EEPC(早期内皮祖细胞)和EOC(晚期内皮祖细胞),表达CD34+/CD133+/VEGFR2+的EEPC比例从最初的0.08%能够增长至70%;EOC大约出现于3-4周,5-8周时呈现指数增长,具有典型的内皮细胞鹅卵石样形态,表达CD31、VEGFR2等内皮细胞表面标志而不表达CD34、CD133等干细胞表面标志。结论:确立了内皮祖细胞体外分离培养和诱导分化的实验方法,为进一步研究奠定基础。     

两株高丁醇耐受细菌的分离鉴定及其丁醇耐受特性的研究

高浓度丁醇耐受菌株是丁醇异源重组生产的关键因素.本研究对不同环境中耐受丁醇的微生物进行筛选,从自然环境中分离得到两株能够耐受高浓度丁醇的菌株,分别命名为btpz-4-1和btpz-6-3,它们耐受丁醇的浓度达到了25 g/L.通过分子标记物16S rDNA的鉴定以及分子系统进化树的分析,btpz-4-1被鉴定为Lactobacillus mucosae,btpz-6-3被鉴定为Pediococcus pentosaceus.同时,对它们的生理特性进行研究,结果显示btpz-4-1和btpz-6-3的最适生长温度分别为45℃和42℃,最适生长pH分别为6.0和6.5.     

2株瘤胃纤维降解细菌的分离鉴定

从日粮精粗比为3:7的小尾寒羊×蒙古羊杂交一代绵羊的瘤胃内容物中分离到2株严格厌氧细菌,一株球菌WQ-1,1株弧菌WH-2,二者对滤纸有很好的降解能力。通过酶活力试验测得WQ-1的滤纸酶活、羧甲基纤维素酶活和β-葡萄糖苷酶活分别为0.66,7.0 U/mL和15.3 U/mL;WH-2的滤纸酶活、羧甲基纤维素酶活和β-葡萄糖苷酶活分别为0.52,6.9 U/mL和17.2 U/mL。经形态学、生理生化反应、生态特性和遗传型的鉴定,WQ-1归类为瘤胃球菌属(Ruminococcus)的黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)。WH-2归类为丁酸弧菌属(Butyrivibrio)的溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisolvens)。     

微生物物种多样性的保护与其资源保藏

从微生物物种多样性的保护以及微生物物种资源的保藏等方面较全面地阐述了微生物物种资源保护与保藏的重要性及其相互关系 ,阐明了微生物菌种保藏的原理及方法 ,同时介绍了保藏技术领域的研究动向和保藏机构或组织在微生物资源的保藏、开发和交流等方面所起的重要作用     

2株海绵细菌的分离与鉴定

利用R2A培养基对海绵中的细菌进行分离,获得89株菌落形态有差异的菌株。通过在R2A培养基和营养丰富的LB培养基上的长势比较,发现有13株菌在LB培养基上生长缓慢、长势较弱。对此13株菌进行16S rDNA序列测定,发现菌株HB09009与Bacillus carboniphilus JCM9731T(AB021182)同源性最高,为97.1%;菌株HB09012与Planctomyces maris DSM8797T(NR025327)同源性最高,为97.4%,在发育树上处于一个分支,但在生长条件、培养特征和生理生化等方面都存在较大的差异,初步鉴定HB09009可能是Bacillus属的一个新种,暂定名为Bacillus sp.HB09009;鉴定HB09012可能是Planctomyces属的一个新种,暂定名Plancto-myces sp.HB09012。     

Microbial diversity: the importance of exploration and conservation

Microbial diversity is fundamental to maintenance and conservation of global genetic resources. As extreme environments are explored, the richness of microbial diversity is increasingly evident. Measures must be taken to estimate, record, and conserve microbial diversity, not only to sustain human health but also to enrich the human condition globally through wise use and conservation of genetic resources of the microbial world. Received 24 April 1996/ Accepted in revised form 07 January 1997     

Quantitative Isolation of Microbial DNA from Different Types of Soils of Natural and Agricultural Ecosystems

A novel procedure was developed for direct quantitative isolation of microbial DNA from soil. This technique was used to evaluate microbial DNA pools in soils of contrasting types (chernozems and brown forest soils) under different anthropogenic loads. A strong correlation was found between microbial biomass and DNA contents in soils of different types (R ²= 0.799). The ratio of soil CO₂ emission rate to the amount of extractable DNA in the soil was shown to reflect the physiological state of the soil microbial community; this ratio can be used as an ecophysiological parameter similarly to the metabolic quotient qCO₂.     

Microbial diversity and function in Antarctic freshwater ecosystems

Freshwater lakes occur through much of Antarctica and are characterized by short food chains dominated by microbes. Comparatively few studies have been made of continental freshwater lakes until recently, with the main emphasis being on the less extreme maritime Antarctic lakes. The wide range of trophic status seen at the northern extremes of the maritime Antarctic reduces markedly further south, but a wide range of micro-organisms occur throughout the latitudinal range. Information on seasonal and spatial patterns of microbial activity for freshwater lakes demonstrate rapid changes in community composition at certain times of year despite constant low temperatures. Benthic communities of cyanobacteria and bacteria are a feature of most lakes and are involved in a wide range of geochemical cycling. There is a need for more detailed taxonomic information on most groups and considerable potential for molecular studies.     

两株对虾幼体弧菌病病原的分离和鉴定

从患弧菌病的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)幼体中分离到两株病原菌zouA和zouB, 常规形态和生理生化试验表明均为弧菌属菌种, 弧菌编码鉴定系统分别鉴定为溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和副溶血弧菌(V. parahaemolyticus)。副溶血弧菌R72H序列检测结果进一步证实菌株zouB为副溶血弧菌。对菌株zouA的16S rRNA基因序列分析表明该菌株与溶藻弧菌、副溶血弧菌等弧菌的相似性均高于98%, 相互间不能区分; HSP60基因序列分析表明该菌株与溶藻弧菌相似性达98%以上, 而与所有其它弧菌的相似性不到92%。结合表型和分子特征的鉴定结果, 菌株zouA和zouB分别被鉴定为溶藻弧菌和副溶血弧菌。     

两株对虾幼体弧菌病病原的分离和鉴定

从患弧菌病的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）幼体中分离到两株病原菌zouA和zouB,常规形态和生理生化试验表明均为弧菌属菌种,弧菌编码鉴定系统分别鉴定为溶藻弧菌（Vibrioatginolyticus）和副溶血弧菌（V.parahaemolyticus）。副溶血弧菌R72H序列检测结果进一步证实菌株zouB为副溶血弧菌。对菌株zouA的16S rRNA基因序列分析表明该菌株与溶藻弧菌、副溶血弧菌等弧菌的相似性均高于98％,相互间不能区分;HSP60基因序列分析表明该菌株与溶藻弧菌相似性达98％以上,而与所有其它弧菌的相似性不到92％。结合表型和分子特征的鉴定结果,菌株zouA和zouB分别被鉴定为溶藻弧菌和副溶血弧菌。