衣藻属的系统发育分析——基于形态状和nrDNA ITS序列

通过实验分析莱茵衣藻（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ ｒｅｉｎｈａｒｄｔｉｉ）１个种和互连网获得藻属１５个种及丝藻属１个种（Ｕｌｏｔｈｒｉｘ ｚｏｎａｔａ）,共１７个种的ｎｒＤＮＡ ＩＴＳ序列,并以Ｕ．ｚｏｎａｔａ为外类群,采用计算机分析软件包对其进行分析及构建分子系统发育树图。同时以１２个传统分类性状,对此１６种衣藻构建数据矩阵;以Ｕ．ｚｏｎａｔａ动孢子的相应性状为外类群原妈性状,用Ｗａｇｎｅｒｉｆ     

基于叶绿体psaA和psbA基因的中国熊野藻属植物系统发育分析

以中国产熊野藻属Kumanoa的两个种, 绞扭熊野藻K. intorta (=绞扭串珠藻Batrachospermum intortum), 弯形熊野藻K. curvata (=弯形串珠藻B. curvatum)和其他6种淡水红藻为实验材料, 对其psaA和psbA基因进行扩增和测序, 并与GenBank中相近序列进行比对分析, 以贝叶斯法、最大似然法和邻接法分别构建了单基因和联合基因系统发育树. 结果表明, 3种方法构建的系统树具有相似的拓扑结构, 反映的系统发育关系基本一致, 熊野藻属中的两个种聚为一支, 与串珠藻属相分离, 支持该属的建立; 中国产的熊野藻属分子学研究结果与来自南美洲及澳洲的该属植物结果一致, 说明该属的建立具有广泛的地理适用性. 系统发育树聚类结果也明确反映了熊野藻属与串珠藻属较近的亲缘关系, 根据果胞枝形态特点, 推测熊野藻属进化地位晚于串珠藻属植物, 而早于顶丝藻目和红索藻目. 此外, 胶串珠藻与其他串珠藻组植物分离, 支持将其单独分组, 红索藻目植物与串珠藻目植物分离, 支持红索藻目的建立. 同时也表明psaA和psbA基因用于淡水红藻分析, 能够较好地反映其系统发育关系.       

基于核内核糖体小亚基序列的蝗总科系统发育关系分析

用核糖体SSURdna全序列对蝗总科（Acridoidea）进行了分子系统学研究。依据测定的8种蝗虫的SSU Rdna全序列 (平均 1.844 bp),并从GenBank中选取了6种内群种类和2种外群种类的SSU Rdna同源序列,进行序列分析。利用Clustal、MEGA 和 PHYLIP 软件构建分子系统树（距离邻接法Neighbor-Joining,NJ;最小进化法 Minimum Evolution）。结果显示： (1) 蝗总科是一个单系类群;(2) 锥头蝗科（Chrotogonidae）和瘤锥蝗科（Pyrgomorphidea）亲缘关系较近,为蝗总科最原始的类群;(3) 网翅蝗科（Arcypteridae）和槌角蝗科（Gomphoceridae）有较近的亲缘关系; (4) 斑翅蝗科 （Oedipodidae）为最进化的类群; (5) SSU Rdna序列保守性强,转换transition）取代的速率大于或接近颠换（transversion）取代的速率;(6) 在系统树中,总科首先分离,大多数同科不同属的类群以高置信度聚合在一起,说明SSU Rdna序列适合用于蝗总科的系统发育关系分析。     

基于SSU序列的串珠藻目植物系统发育分析

通过18S rDNA基因(SSU)序列,构建了串珠藻目植物的系统发育关系.结果显示:SSU基因序列片段长度为1 871 bp,核苷酸变异位点有709个,占序列长度的38％;其中简约信息位点有169个,占序列长度的9％.用最大似然法、邻接法和贝叶斯法构建的系统树拓扑结构基本一致,都显示红索藻目的2个属独立于串珠藻目成单独分支,支持红索藻目的建立;胶串珠藻独立于其他串珠藻组植物,支持将其单独分组;数据同时支持将扭曲组和杂生组合并,建立Kumanoa属;但多芒组、绿色组、沼生组等因分子序列数据涉及的种类较少,其系统关系的确定还需要更多的证据.     

最大似然法和贝叶斯推论与似然比检验探讨泽泻目系统发育关系

应用最大似然法(ML)、贝叶斯推论(BI)、邻接法(NJ)和似然比检验(hLRTs)进行泽泻目分子系统学研究。所用的rbcL基因序列代表了泽泻目14科46属以及作为外类群的6相关属。研究结果表明,*等级制似然比检验表明泽泻目rbcL序列最适合的DNA进化模型为GTR+I+G,最大似然法、贝叶斯法和邻接法构建的系统发育树拓扑结构相似,没有显著的差异,但贝叶斯树支持率较高;泽泻目为一单系类群,由两个主要谱系分支构成,深层分布格局由5个主要分支构成。基于分子系统发育树,文中对泽泻目科间、水鳖科+茨藻科、泽泻科+花蔺科+黄花蔺科、和"Cymodoeaceae complex"的系统发育关系进行了讨论。研究结果还表明,泽泻目系统发育关系可能还需要更多的证据进一步的澄清。     

串珠藻目分子系统学研究进展

串珠藻目（Batrachospermales）是淡水红藻中最主要的类群。近年来,应用DNA序列分析探讨串珠藻目的系统发育,并与传统的形态学和生态学特征相结合,为串珠藻目系统学研究拓展了新的思路。本文回顾了串珠藻目的建立及其所含类群的研究历史,归纳了目前在串珠藻目系统发育与进化研究中常用的分子标记方法,其中包括核基因组的18SrDNA、26SrDNA和ITS序列,叶绿体基因组的rbcL序列,线粒体基因组的cox9．-3序列,以及新兴的ISSR技术,并对各种分子标记的特点及适用范围做了评述。结果表明,ITS序列多适用于种群分化及相近种间遗传分析,ISSR标记适用于种下分类群间及同一种群不同个体间基因多态性分析,cox2-3序列在一定程度上也可用于同一种群不同个体间的基因多态性分析,而18SrDNA与rbcLFF列既可用于种问关系分析,又可用于更高水平分析的构建系统树。这些分子枥对己已被证明在研究串珠藻目系统地理、物种起源和散布机制方面有着广泛的应用前景。同时,本文对串珠藻目分子系统学研究的最新进展也进行了概述,并对今后的研究方向做了展望。     

盐藻的生物学特性与开发利用

盐藻即杜氏藻（Ｄｕｎａｌｉｅｌａ）,是绿藻门团藻目多睫毛藻科的一个属,包含约３０个种,其中最有代表性和应用最广的是盐生杜氏藻（Ｄ．Ｓａｌｉｎａ）。盐藻为单细胞藻类,外包一层薄胶鞘,无细胞壁。个体呈梨形、卵形或椭圆形,具２条等长鞭毛,可自由游动。藻体内...     

陕北黄土高原生物结皮中7种微藻的形态与分子生物学鉴定

陕北黄土高原实施退耕还林后,生物结皮成为其典型的地表覆盖类型,含有丰富的土生藻类,对固定土壤和促进养分循环具有极其重要的作用。该研究通过平板法与水滴稀释法对陕北黄土高原生物结皮土生藻类进行分离培养,采用光学显微镜观察结皮微藻的形态特征,并对单藻种进行分子鉴定,为黄土高原生物结皮藻类的研究奠定基础。结果显示:(1)共纯化获得7种结皮藻类,经光学显微镜初步确定,其中5株为绿藻、2株为蓝藻。(2)5株绿藻SM-2-1、DB-2-1、DB-2-2、SD-1和SD-2的序列长度分别为664 bp、663 bp、662 bp、589 bp和688 bp,GC含量分别为33.43%、49.47%、50.15%、50.76%和51.01%;2株蓝藻YJ-3、YJ-2的序列长度分别为570 bp和465 bp,GC含量分别为46.31%和49.03%。(3)序列比对并构建系统树分析发现,5株结皮绿藻可分为4个分支,分别为栅藻科(Scenedesmaceae)2株(DB-2-1和SM-2-1)、衣藻目(Chlamydomonadales)、环藻科(Sphaeropleaceae)、真眼点藻科(Eustigmataceae),但5株绿藻的5.8S+ITS2序列在属内差异小、非常保守,极易确定到属;2株蓝藻YJ-3和YJ-2聚在同一大类分支的伪鱼腥藻科(Pseudanabaenaceae)中,但分别归于不同的属。研究认为:5株结皮绿藻中DB-2-1藻株是Scotiellopsis属的一种、SM-2-1归于尖带藻属(Acutodesmus)、DB-2-2可能是红球藻属(Haematococcus)的一物种、SD-1是Ankyra属的一物种、SD-2归于真眼点藻属(Eustigmatos);2株生物结皮蓝藻中YJ-3可能是伪鱼腥藻科的一新物种、YJ-2可能是细鞘丝藻属(Leptolyngbya)亲缘关系较近的一新物种。     

中国淡水胭脂藻属植物形态及分子系统发育分析

以云南省玉溪市和河南省焦作市新采集的2株淡水胭脂藻标本为材料, 对其进行形态特征观察和分子系统发育分析, 联合我国已报道的其他胭脂藻序列信息, 构建该属植物可靠的系统发育关系。根据其现代地理分布模式, 对胭脂藻属进行了祖先地理起源重建。基于rbcL、psbA和UPA序列, 利用贝叶斯法、最大似然法和邻接法构建的系统发育树高度一致, 研究中的标本与鸡公山胭脂藻H. jigongshanensis聚合为一个独立分支, 并得到了很高的支持率, 根据分子生物学证据, 将其鉴定为鸡公山胭脂藻。通过研究中所采集2株鸡公山胭脂藻的形态特征比较, 发现传统的形态分类特征包括藻体高度和细胞直径, 在不同的环境条件下是可变的, 不适合作为胭脂藻属植物种类鉴定的依据。对于胭脂藻属这一形态结构较为简单的类群, 必须借助分子生物学证据和系统发育分析手段对其进行种类鉴定和系统发育分析。分子系统发育分析结果表明, 中国特有种鸡公山胭脂藻H. jigongshanensis形成单系类群, 其与日本胭脂藻H. japananense亲缘关系较近, 所有淡水胭脂藻种类形成一个独立的聚类群, 与海洋种类遗传差异较大。祖先地理重建的分析结果表明, 淡水胭脂藻的祖先起源地位于北美洲, 然后逐渐向东加勒比海区域、拉丁美洲和欧亚大陆扩散, 形成现代地理分布模式。胭脂藻属独特的种类地理分布特点, 可能与其较为古老的起源时间和漫长的进化历史相关, 同时淡水胭脂藻在北美洲区域起源时间较早, 进化历史漫长, 遗传多样性大, 这与该地理区域分布的种类H. angolensis为多系类群是相一致的。     

鞘毛藻属和陆生植物的起源

鞘毛藻属(Coleochaete)系绿藻门丝藻目鞘毛藻科(Coleochaetaceae)中的植物。鞘毛藻属中被描述的种有十多个。它们大多作为附生植物生活在清洁的淡水湖、塘等水域的浅岸带。鞘毛藻属的主要特征有:藻体为分枝的丝状体、或假薄壁组织体、或薄壁组织盘,藻体上都有具鞘的刺毛(这种刺毛可能具有抵抗     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.