一起无菌性脑膜炎疫情中埃可病毒30型的全基因组分析

对引起一起无菌性脑膜炎的埃可病毒30型（（Echovirus 30,E30）毒株进行全基因组测序,并分析其遗传变异和分子进化特征。提取病毒RNA,荧光RT-PCR确定为肠道病毒,再扩增其VP1区,测序确定为E30,设计针对E30全基因组的引物,RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用DNAMAN 9.0、MEGA X、RDP 5和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。E30无锡株基因组全长7 425 bp个核苷酸（nt）,5′端和3′端分别为743 nt和97 nt的UTR,二个UTR之间为一个6 585 nt长的开放阅读框,编码一个含2 195个氨基酸（aa）的多聚蛋白。与GenBank中基因组序列比对,最同源的是毒株USA/2017/CA-RGDS-1048 （基因登录号：MN153801）,核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为99.1%。VP1基因进化树分析显示,E30无锡株属于h型,并可归类于h型下分的基因簇GroupⅣ。种系进化分析和同源性分析提示E30无锡株可上溯到中国江苏毒株FDJS03毒株。分析还发现E30无锡株在非结构区存在重组,重组序列可能来自E3...     

北京脓毒症患儿血清中发现的3型人副肠孤病毒的全基因组序列分析

3型人副肠孤病毒(Human parechovirus 3,HPeV3)是2004年发现的与儿童脓毒症密切相关的一种病原体。HPeV基因组是不分节段的单股正链线性RNA。测定其全基因组序列有助于了解北京儿科患者中流行的HPeV3的遗传背景和进化地位。方法采用将一名脑脊液和血清中HPeV3核酸检测均为阳性的脓毒症患儿(编号:BJC3174)的血清标本接种到细胞后从培养上清中检测到HPeV3核酸,随后分段扩增HPeV3BJ-C3174株的全基因组序列,并进行序列测定、拼接及分析。结果表明BJ-C3174株基因组全长(未包括3′末端的PolyA尾)7 329个核苷酸(nt),其中5′和3′编码区(UTR)分别长707nt和91nt,编码区长6 531nt,可编码一个长为2 177个氨基酸的多聚蛋白。BJ-C3174病毒株与已发表的HPeV3型病毒株位于同一进化分枝,而与HPeV8、HPeV6和HPeV1等型别进化距离较远。BJ-C3174株与德国HPeV3BONN-2株亲缘关系最为密切,两者核苷酸相似性达到99.3%,氨基酸相似性达到99.8%,均高于其与HPeV3原型株A308/99的相似性(89.6%和98.6%)。各基因片段中,BJC3174株均与BONN-2株相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别达到98.3%和99.3%以上。未发现BJ-C3174株存在基因重组现象。     

一株柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016的全基因序列分析

对2016年云南省昆明市手足口病相关的柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016（简称V1641）全基因组进行测序,并分析其分子变异和进化特点。设计针对V1641的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和测序,拼接获得的全基因组序列。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。V1641毒株基因组全长7 392nt,5’-UTR和3’-UTR分别长744nt和90nt,编码区长6 558nt,与其他CVB5相比未见核苷酸的插入和缺失,编码一个2 185aa的多聚蛋白。CVB5流行株大体上分为两个基因组,中国大陆流行株同原型株Faulkner一起分布于GenogroupⅠ分支,外国流行株大多分布于GenogroupⅡ分支。在GenBank中,V1641与KY303900-417/JS-CHN-2013最为同源,相似性为97.86%。V1641与其他中国大陆流行株的全基因组序列的核苷酸和氨基酸相似性分别为85.1%～97.8%和97.1%～99.6%。V1641在P1、P2和P3区段均与EV-B不同血清型的原型株聚类,经...     

来自肺炎患儿的A1基因亚型人偏肺病毒全基因组序列分析

人偏肺病毒(human metapneumovirus,HMPV)是婴幼儿呼吸道感染的重要病原之一。本研究目的在于分析在HMPV监测中发现的少见型别A1基因亚型BJ-1610的全基因组序列,为HMPV的进一步研究提供数据支持。BJ-1610来源于一名患有肺炎的3月龄女婴的鼻咽洗液标本。对该毒株进行全基因组RNA分段扩增、测序、序列拼接并分析其基因组特征、变异程度及是否存在重组等现象。BJ-1610株基因组全长为13 406nt(KU821121)。BJ-1610与HMPV参考株进行全基因和各蛋白核苷酸和氨基酸序列比较,显示全基因组的核苷酸相似性范围为81.2%~98.4%,其中相似性最高的为澳大利亚株(KC562226),而SH和G基因则与其他澳大利亚株相似性更高。系统进化分析发现BJ-1610与HMPV A1基因亚型参考株位于同一分支,显示了与相似性分析相同的特征。对BJ-1610的膜表面蛋白F、SH和G蛋白序列进行分析结果显示,F蛋白最为保守,SH基因编码区的终止密码发生了突变,导致终止密码后移15位,长度由552bp变为567bp;G蛋白氨基酸序列突变较多,并导致N-糖基化位点的减少。HMPV作为儿童呼吸道疾病的重要病原之一,对其流行株基因组的分析将对其流行特征、遗传进化、致病机理、疫苗研制和抗病毒药物研发等方面的研究产生积极的推动作用。     

湖北麻鸭乙型肝炎病毒全基因组的克隆和序列分析

为了解湖北地区Thisfindingwasalsoconfirmedbythephylogenetictreeanalysis.麻鸭中鸭乙型肝炎病毒(DuckhepatitisBvirus,DHBV)自然感染状况以及湖北麻鸭所携带DHBV的基因结构特征,采集了70份成年麻鸭血清并应用PCR技术检测DHBVDNA,对其中一份DHBVDNA阳性血清进行DHBV全基因扩增,并进行克隆与序列测定分析。结果表明,湖北麻鸭DHBV自然携带率为10%;湖北DHBV分离株(GenBank登录号DQ276978)基因组的全长为3024bp,有编码P,S和C蛋白的三个开放阅读框;与GenBank中17株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.85%~93.29%之间;S蛋白、C蛋白和P蛋白结构功能区序列均高度保守;而对P蛋白标志性氨基酸和全基因进化树的分析表明,该分离株属于DHBV中国基因型中的一个亚型。     

湖北麻鸭乙型肝炎病毒全基因组的克隆和序列分析

为了解湖北地区This finding was also Confirmed by the phylogenetic tree analysis.麻鸭中鸭乙型肝炎病毒(Duck hepatitis B virus,DHBV)自然感染状况以及湖北麻鸭所携带DHBV的基因结构特征,采集了70份成年麻鸭血清并应用PCR技术检测DHBV DNA,对其中一份DHBV DNA阳性血清进行DHBV全基因扩增,并进行克隆与序列测定分析.结果表明,湖北麻鸭DHBV自然携带率为10%;湖北DHBV分离株(GenBank登录号DQ276978)基因组的全长为3024bp,有编码P,S和C蛋白的三个开放阅读框;与GenBank中17株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.85%～93.29%之间;S蛋白、C蛋白和P蛋白结构功能区序列均高度保守;而对P蛋白标志性氨基酸和全基因进化树的分析表明,该分离株属于DHBV中国基因型中的一个亚型.     

侵染花生的黄瓜花叶病毒CA株核酸全序列分析

对侵染花生的黄瓜花叶病毒CA(CMV-CA)株系进行克隆和序列分析.CMV-CA RNA1全长3 356个核苷酸(nt),编码分子量为111kDa 的1a 蛋白;RNA2全长3045nt,编码分子量为96.7kDa 的2a蛋白和13.1kDa的2b蛋白;RNA3全长2219nt,编码分子量为30.5kDa的3a蛋白和分子量为24kDa的外壳蛋白(CP).序列同源性比较表明,CMV-CA RNA1、2、3与CMV亚组IA CMV-Fny、亚组IB CMV-SD、亚组II CMV-Q 株系序列同源性,RNA1分别为91.3%、91.1%和76.5%,RNA2分别为92.1%、90%和71.2%,RNA3分别为96.1%、92.6%和74.5%;与同属花生矮化病毒(Peanut stunt virus,PSV) RNA1、2、3序列同源性分别为67.1%、58.2%和55.7%.上述研究未发现CMV-CA基因组与PSV RNA链的重组,CMV-CA对花生的侵染应是该株系适应于花生的遗传变异、长期进化的结果;对RNA3 5′NTR结构分析以及RNA3 5′NTR和 CP 系统进化树分析表明,CMV-CA属CMV IB亚组.     

黄瓜绿斑驳花叶病毒辽宁分离物全基因组序列测定

以感病组织总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增并测定黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)辽宁分离物(CGMMV-LN)的基因组全序列。CGMMV-LN基因组全长6 422 nt,5'非编码区(noncoding region,NCR)和3'NCR分别为59 nt和175 nt。CGMMV-LN编码的4个蛋白依次是186 kD和129kD的复制酶,29 kD的移动蛋白和17.4 kD的外壳蛋白。CGMMV-LN与其他4个CGMMV分离物基因组核苷酸序列同源性为97.6%～99.3%,与同属其他3种病毒基因组核苷酸序列同源性仅为61.7%～62.8%。基于186kD复制酶和外壳蛋白氨基酸序列的同源树显示:侵染葫芦科作物的烟草花叶病毒属病毒可分为2个亚组,亚组I包括所有CGMMV分离物,亚组II包括Kyuri绿斑驳花叶病毒(Kyuri green mottle mosaic virus,KGMMV)、黄瓜果实斑驳花叶病毒(Cucumber fruit mottle mosaic virus,CFMMV)和小西葫芦绿斑驳花叶病毒(Zucchini ...     

杨树木质素合成酶c3h基因的克隆及其序列分析

根据CYP98A3(GenBank登录号为AY064170)cDNA序列保守区设计引物,从正在分化的2年生‘欧美杨107’次生木质部提取的总RNA经RT-PCR扩增出一基因片段,然后与pMD20-T载体连接。重组质粒经限制性内切酶酶切、特异引物PCR扩增和测序鉴定。结果表明,扩增片段长度为994bp,其中包含一个长为495bp的开放阅读框,编码的氨基酸序列(登录号为CAP47423)与NCBI中AY064170的CYP98A3编码氨基酸序列的相似性为91%,初步断定其为CYP98A3家族中的一员,其cNDA序列GenBank登录号为AM920690。参照国内外已发表的部分植物的c3h基因序列,构建了c3h的遗传进化树,分析了不同植物c3h的遗传进化关系。     

兴安落叶松肌动蛋白基因的分离与序列分析

以兴安落叶松(Larix gmelinii)实生苗为材料,提取总RNA和基因组DNA;利用兼并PCR及RACE技术克隆肌动蛋白基因(Lg-act).序列分析的结果显示,该基因cDNA全长1662 bp,编码377个氨基酸;基因组DNA长度约为2564bp,包含4个内含子,5个外显子.所克隆的Lg-act cDNA序列与GenBank中注册的其它植物肌动蛋白核苷酸序列的相似性均在77％以上,氨基酸序列的相似性高达93％以上.根据高等植物肌动蛋白相似性构建的系统树显示,兴安落叶松肌动蛋白与挪威云杉肌动蛋白之间的亲缘关系较为密切,在进化中分化时间最为接近.     

野生植物灰叶堇菜、白术中氨基酸含量分析

本文利用PICO-TOG高效氨基酸分析仪对野生植物灰叶堇菜、白术中的氨基酸成分进行了分析,结果表明:灰叶堇菜、白术中都至少含有17种氨基酸,具有良好的开发利用价值。     

5种苍术属药用植物的trnL-F序列测定及种间遗传关系分析

采用PCR技术对5种苍术属(Atractylodes DC.)药用植物的trnL-F序列进行测定及比较分析。结果表明,扩增获得的序列长886~902 bp,经排序并两端切平后,序列长816 bp,G C含量为34.4%;当空位始终做缺失处理时,产物有5个变异位点。利用trnL-F序列可准确鉴别出朝鲜苍术〔A.koreana(Nakai)Kitam.〕、北苍术〔A. chinensis(DC.)Koidz.〕和白术(A.macrocephalaKoidz.);而茅苍术〔A.lancea(Thunb.)DC.〕与关苍术(A.japonicaKoidz.ex Kitam.)的trnL-F序列则完全一致,相互之间无法区分。采用邻接法和UPGMA法得到的5种苍术属药用植物的分子系统树有一定的差异,表明这5种苍术属药用植物的物种分化不完全,序列进化不一致。     

安徽白术资源调查

目的：了解安徽省内白术资源情况。方法：实地调查。结果：安徽省内有野生白术品种“舒州术”、“歙州术”和“祁术”,但都濒临灭绝;皖南山区和亳州地区有栽培白术并作为药材商品供应市场。结论：野生白术资源濒危,殛待保护;皖南栽培白术产量少,分散;亳州栽培白术面积大,产量高。发展白术栽培,有利于地方经济的发展。     

A comparison of complete genome sequences of a rabies virus chinese isolate SH06 with the vaccine strains

In this study, we determined the complete nucleotide and deduced amino acid sequence of a primary isolate of rabies virus (SH06) obtained from the brain of a rabid dog. The overall length of the genome was 11 924 nucleotides. Comparison of the genomic sequence showed the homology of SH06 at nucleotide level with full-length genomes of reference vaccine strains ranged from 82.2% with the PV strain to 86.9% with the CTN strain. A full-length genome-based phylogenetic analysis was performed with sequences available from GenBank. Phylogenetic analysis of the complete genome sequences indicated that the SH06 exhibited the highest homology with rabies street virus BD06 and CTN vaccine strain originated from China.     

水稻条叶枯病毒(RStV)基因组组分4的克隆与序列分析

利用RTPCR技术合成并扩增了水稻条叶枯病毒(RStV)中国云南分离物基因组组分4的全长cDNA,将PCR产物克隆在载体pCRII上,并进行全序列测定,所得核苷酸序列及推测的氨基酸序列与日本分离物T进行比较。结果表明,在核苷酸水平,两分离物的vORF、vcORF及基因间非编码区序列的同源性分别为94.9%、94.1%、86.1%,5’端非编码区序列相同,而3’非编码区同源性为96.1%,仅有两个核苷酸不同;在氨基酸水平,vORF及vcORF编码蛋白的同源性分别为99.4%和98.3%。可见,编码区的大小及其氨基酸序列和两末端序列都是很保守的。因此,中国云南分离物Y与日本分离物T可能有很近的亲缘关系。     

Nucleotide sequences of two Korean isolates of Cucumber green mottle mosaic virus

The nucleotide sequences of the genomic RNAs of Cucumber green mottle mosaic virus Korean watermelon isolate (CGMMV-KW) and Korean oriental melon isolate (CGMMV-KOM) were determined and compared to the sequences of other tobamoviruses including CGMMV strains W and SH. Each CGMMV isolate had a genome of 6,424 nucleotides. Each also had 60 and 176 nucleotides of 5' and 3' untranslated regions (UTRs), respectively, and four open reading frames (ORF1-4). ORFs 1 to 4 encode proteins of 129, 186, 29, and 17.4 kDa, respectively. The nucleotide and deduced amino acid sequences of CGMMV-KOM and CGMMV-KW were more than 98.3% identical. When compared to other CGMMV strains in a phylogenetic analysis they were found to form a distinct virus clade, and were more distantly related to other tobamoviruses (23.5-56.7% identity).     

利用小RNA深度测序技术鉴定半夏病毒病病原

RNA沉默是真核生物体内由病毒来源的干扰小RNA（virus derived small interfering RNA, vsiRNA）沉默复合物介导目标RNA特异降解的一种保守机制,通过对vsiRNA分析可进行植物病毒病原鉴定。本文利用小RNA深度测序技术对感病半夏叶片进行鉴定,结果发现,表现典型花叶症状的半夏叶片受到大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus, SMV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）、芋花叶病毒（Dasheen mosaic virus, DsMV）、魔芋花叶病毒（Konjac mosaic virus, KoMV）、烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus, TMV）等多种病毒的复合侵染。为明确SMV山西半夏分离物（SMV-SXBX）的进化关系,进行SMV-SXBX全基因组克隆与分析,获得SMV-SXBX全长为9 735 nt,编码一个由3 105个氨基酸组成的多聚蛋白质。通过核苷酸与氨基酸序列比对发现,SMV-SXBX与半夏分离物P同源性最高,分别为91.1%和94.1%,且系统发育分析表明,SMV-SXBX与半夏SMV分离物P聚为一簇。同时,也对vsiRNA进行了系统分析,研究结果有望为半夏SMV的有效防治提供一定科学依据。     

白术根茎腐烂与栽培措施的相关性

白术的根茎腐烂是白术生产中存在的重要问题,其发生面广,危害严重。据调查,此类病害的发生与栽培措施有直接关系。土壤重茬和移栽时修剪造成的伤口感染是病害流行的主要菌源;田间积水是病害发生的主要环境条件。改进栽培技术可减少白术根茎腐烂的发生。     

施磷水平对接种AM真菌白术植株生长和生理特征的影响

以非灭菌土为生长基质,采用盆栽实验研究了不同施磷水平下接种摩西球囊霉(Glomus mosseae)对白术生长和生理特征的影响.结果表明,摩西球囊霉能够与白术形成良好的共生关系,在0～0.4 g P/kg土水平时,接种摩西球囊霉可显著提高白术根系菌根侵染率,并以0.05 g P/kg土水平时侵染率最大,磷水平继续提高则菌根侵染率反而降低;接种摩西球囊霉对白术地下部的影响效果尤为明显,其根长、株高、地下部干重均在0.1 g P/kg水平时达到最大值;适量施磷条件下,接种摩西球囊霉可显著提高植株可溶性糖和可溶性蛋白含量,有效增强保护酶SOD、POD和CAT活性.研究发现,当施磷量为0.05～0.1 g/kg土时,摩西球囊霉接种效果最佳,对白术的生长最为有利.     

A phylogenetic analysis based on the gene encoding phosphoglycerate kinase

Summary We have determined the nucleotide sequence of both genomic and complementary DNA (cDNA) for the gene encoding the glycolytic enzyme phosphoglycerate kinase from the ciliated protozoan Tetrahymena thermophila. The amino acid sequence for the enzyme has also been derived from the cDNA sequence. The gene contains an open reading frame of 1260 nucleotides encoding 420 amino acids. Coding sequence in genomic DNA is interrupted by two introns at positions corresponding to introns 3 and 4 in mammalian phosphoglycerate kinase genes. The derived amino acid sequence was used to prepare a phylogeny by aligning the Tetrahymena sequence with 25 other phosphoglycerate kinase amino acid sequences. The Tetrahymena sequence is a typical eukaryotic sequence. There is recognizable and clear homology across species that cover nearly the complete range of life forms. The phylogenetic reconstruction of these sequences generally supports the conclusions that have been reached using rRNA sequences.Offprint requests to: R.E. Pearlman