莱茵衣藻基因组文库的构建

以莱菌衣藻CC-849为材料,提取基因组DNA,利用BamHⅠ和BglⅡ对基因组DNA进行酶解,获得了可用于构建基因组文库的6-12 kb的基因组片段,并浓缩至200 ng/μL。该片段与λDNA载体连接,经噬菌体蛋白包装、侵染大肠杆菌XL1-blue后,获得了莱菌衣藻基因组文库。该文库的滴度为2.12×10~5 pfu/mL,共有转化子4.26×10~4个,插入片段的平均长度约为9kb,扩增后基因组文库滴度为9.5×10~6 pfu/mL。     

基因组文库的研究进展

基因组文库是分子克隆和基因组学的技术基础,它主要经历了噬菌体系列文库、人工染色体系列文库和多元载体系列文库三个阶段。介绍了λ噬菌体文库、cosmid文库、P1噬菌体及PAC文库、fosmid文库、YAC文库、BAC文库、MAC文库、HAC文库、BIBAC文库和TAC文库,罗列了部分文库的研究成果和发展情况,总结了基因组文库的发展进程,并对基因组文库向多基因发展作了展望。     

新疆细毛羊2倍基因组BAC文库PCR筛选系统的构建与使用

本研究所构建的BAC文库覆盖了8倍新疆细毛羊的基因组,平均插入片段的大小为133kb,同时文库92．5%的克隆插入片段大于100kb,而且有部分克隆甚至大于300kb,假定绵羊的基因组含有3×10~6kb,根据文库的平均插入片段大小为133kb,从文库筛选到目的片段的概率为98．208%。为了验证文库有较好的覆盖率,构建了2倍基因组文库PCR筛选系统,并对位于新疆细毛羊20号染色体MHC基因邻近区段的DMB_EX2、MCMA36、CP73和BM1258 4个分子标记进行了筛选,得到的平均阳性克隆数为1．5个,从筛选结果来看,这与文库插入片段估计的8倍基因组覆盖率相当接近并且没有偏向,这使得本文库成为研究绵羊的功能基因、位置克隆和完善基因组物理图谱的极为有用的资源。     

构建丝状真菌大片段基因组文库载体DNA的制备

载体DNA的制备是构建大片段基因组文库的关键步骤之一,高质量载体DNA受到酶切、脱磷等因素的影响,以载体pBHYG为材料,优化了限制性内切酶胁HindⅢ酶切和小牛肠碱性磷酸酶(CLAP)脱磷的作用条件,并在T4连接酶作用下自连,通过胶回收纯化制备了可用于进一步构建大片段基因组文库的线性载体DNA。     

以可转化人工染色体(TAC)载体为基础的百脉根基因组文库的构建及筛选

可转化人工染色体(transformation-competentartificial chromosome,TAC)载体是具有克隆和转移大片段DNA特征的新型载体,是植物基因克隆和转化的有效工具.该研究把它用于豆科植物百脉根(Lotus japonicus)基因组文库的构建.此文库由1.8×105个克隆组成,平均插入片段大小为15kb左右,约覆盖百脉根基因组6倍.文库保存在12块96孔板中,每个孔中约含150个不同的重组克隆.用与花发育相关的同源基因Ljcen1片段为探针,筛选得到6个阳性克隆,酶切后验证这些阳性克隆,结果表明这些克隆含有同一个基因片段.此基因组文库可直接用于植物转化,为百脉根功能基因组的研究打下基础.     

盐藻基因组DNA文库的构建(英文)

以ＬａｍｂｄａＦＩＸ○ＲⅡ为载体,构建了盐藻（Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａｓａｌｉｎａ）的基因组文库。该文库包含了１．１×１０６个重组子,插入片段平均大小为１８ｋｂ左右,含插入片段的频率为１００％。该文库的容量约为盐藻单倍体基因组的２００倍。     

PCR方法筛选淡紫灰链霉菌海南变种基因组粘粒文库

以中生菌素产生菌淡紫灰链霉菌海南变种(Streptomyces lavendulae var.hainanensis)B-7菌株为材料,利用pOJ446作为载体构建了B-7菌株的基因组粘粒文库,文库效价达到4.21×106CFU/ml.随机挑取12个克隆提取质粒,经BamHI酶切电泳分析,插入片段大小约为30～40 kb,符合建库要求的理论值.利用建立的基于96深孔板PCR技术的文库筛选改良方法,成功快速地筛选到含有目标基因片段的阳性菌株.     

优化菌落原位杂交体系筛选野生稻基因组文库

菌落原位杂交仍是当今筛选基因组文库的重要方法之一,但难以保持背景清晰和阳性杂交点明显的稳定的杂交体系.通过对杂交膜不同处理方法的对比,表明利用溶菌酶处理杂交体系进行菌落原位杂交筛选,其杂交结果背景较干净,且能根据杂交信号的强弱很清晰地显色阳性黑点.采用该法筛选野生稻基因组文库,已筛选出22个阳性克隆,并测序分析均为阳性克隆.     

红脐鳞地衣基因组文库的构建

地衣是真菌和一种或多种光合微生物形成的稳定的共生联合体 ,既是先锋生物 ,又是敏感生物。环境的变化及生境的片断化 ,使得许多地衣种类处于濒危状态。保护珍稀濒危地衣物种的方法包括地衣体的移植 ,地衣中菌藻的分离培养及基因组文库的构建等。本研究用改进的CTAB方法提取基因组总DNA ,以Lamb daGEM 11为载体 ,构建了红脐鳞 (Rhizoplacachrysoleuca)的基因组文库 ,文库中同时含有该地衣共生菌与共生藻的DNA。该文库包含 8.5× 10 5个重组子 ,插入片段的平均大小为 19kb。文库的容量约为红脐鳞单倍体基因组的 10 0倍。该基因组文库的构建为保护稀有与濒危地衣物种提供了一个新的途径 ,并可进一步开展有关地衣的分子操作研究 ,如地衣冰核蛋白的异源表达等。     

从构建的小鼠gDNA文库中筛选Sry基因

从Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ公鼠脾脏组织抽提大分子ＤＮＡ,进行ＭｂｏＩ部分酶切,低熔点琼脂糖凝胶分离、回收酶切后所需长度的ＤＮＡ片段并与λＧＥＭ○Ｒ－１１ＢａｍＨＩ臂进行连接和λ噬菌体体外包装反应,构建成Ｃ５７公鼠基因组λ噬菌体文库,对实验中遇到的技术问题进行了探讨,比较了两种浓度连接产物的包装效率,并成功地从该文库中筛选到含Ｓｒｙ基因的单克隆     

PCR筛选BAC文库和直接BAC末端测序方法的建立

建立了一种用PCR方法筛选富含高度重复序列的大麦BAC DNA 文库和直接对 BAC DNA进行末端测序的方法.用PCR技术进行大麦BAC DNA 文库(含816个平板,每个平板含384个克隆)的筛选分4步进行.在实验中,建立了两个水平的BAC DNA池(一级池和二级池).一个二级池由一个平板(含有384个克隆)的DNA 组成,一个一级池由连续10个稀释100倍的二级池的DNA混合而成(如1～10,11～20等),共82个一级池.BAC DNA 文库筛选的第一步是对82个一级池的筛选.得到阳性一级池后(如2号一级池),对其所含的10个二级池(从11～20)进行第二步筛选.得到阳性二级池后,培养相应的阳性平板的所有克隆(384个),从头开始(左上侧),每相邻的4个克隆为一组,在96孔板上(4 X 96=384) 进行第三轮PCR反应;之后对筛选结果为阳性的4个克隆分别进行菌落 PCR(第四轮)得到单一阳性克隆.根据BAC DNA Hind III 酶切指纹图谱,对同一引物筛选的BACs进行重叠群作图(Contig).对代表contig 的两端的BAC DNA直接进行末端测序并对测序结果Blast,以检测其在大麦中是否属于单拷贝序列.根据测序和Blast结果设计引物,用中国春附加系(附加大麦染色体)对来自BAC克隆的引物进行染色体定位并用分离群体进行遗传学作图,以确定是否可以用作下一步的染色体步行.     

Construction and Screening of Barley Genomic Library with a B1-Hordein Gene Probe

Barley genomic library from cv NP113 was made in a replacement vector EMBL-3. The titre was found to be 1.25 x 10⁶ per μg of genomic DNA. The recombinants were screened using a B₁-hordein DNA probe. One clone contained a positively hybridizing 4 kb fragment.     

棉花BAC文库快速筛选法

目的:构建棉花细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库的快速筛选法,以期从BAC文库中大量、快速、高效筛选出特定BAC克隆,为从事基因组测序、分离和分析特定基因、构建物理图谱及基因图位克隆等生物学技术研究奠定基础。方法:构建了整板、行、列的三维混合池,以菌液PCR为基础,从BAC文库中筛选出含有特定DNA片段的BAC单克隆。结果:从BAC文库的3 456个克隆中,共筛选出16个阳性单克隆,涉及13条染色体、11个SSR标记。结论:该文构建的棉花BAC文库筛选体系,筛选快速、准确,适合从BAC文库中大量筛选BAC单克隆。结合当前的多种BAC文库筛选方法进行探讨,根据不同的实验目的选择更合适的筛选方法和操作步骤。     

细菌人工染色体文库的构建及应用

细菌人工染色体（BAC）是第二代大片段DNA的克隆载体系统,具有容量大、嵌合率低、遗传特性稳定、转化效率高、插入片段易回收、操作简便等优点,因而被广泛应用于基因组较大的真核生物基因组研究中,并发挥着前所未有的重要作用。本文综述了BAC的发展,利用此载体构建基因组文库的程序和鉴定方法,及其在物理图谱构建、图位克隆、基因组测序、转基因技术等研究中的应用。     

中国美利奴细毛羊BAC文库的三维PCR筛选

本研究利用中国美利奴细毛羊全基因组BAC文库,构建了可供快速筛选的两级水平的混合池,一级混合池和二级混合池(Primary pools and secondary pools).一级混合池基于每一384-well盘而构建,由盘、行,列三维混合池组成,二级混合池基于整个BAC文库而构建.设计了一种基于PCR技术的快速筛选方法,先筛选二级混合池m再根据结果筛选相应的一级混合池.利用此方法只需一步共66个PCR反应即可从BAC丈库中7.4万个克隆中筛选出1个阳性克隆,或三步100个以内的PCR反应筛选出多个阳性克隆.以绵羊基因组多态性分子标记BF94-1为引物,用一步共66个PCR反应成功筛选到1个阳性克隆373D13.     

野生一粒小麦BAC文库的构建和鉴定

以细菌人工染色体pECBAC1为载体,构建了野生一粒小麦(Triticum boeoticum B oiss)的基因组BAC文库.该文库共包含约17万个克隆,平均插入片段长度为104 kb,按野生一粒小麦基因组为5 600 Mb计算,文库覆盖了约3倍的该物种基因组.用大麦叶绿体psb A基因和玉米线粒体atp6基因作混合探针,检测发现该文库中含细胞器基因组同源序列的克隆数小于1% .该文库的建成,为小麦基因的克隆及基因组学研究提供了技术平台.     

野生一粒小麦BAC文库的构建和鉴定

以细菌人工染色体pECBAC1为载体 ,构建了野生一粒小麦 (TriticumboeoticumBoiss)的基因组BAC文库。该文库共包含约 17万个克隆 ,平均插入片段长度为 10 4kb ,按野生一粒小麦基因组为 5 6 0 0Mb计算 ,文库覆盖了约 3倍的该物种基因组。用大麦叶绿体psbA基因和玉米线粒体atp6基因作混合探针 ,检测发现该文库中含细胞器基因组同源序列的克隆数小于 1%。该文库的建成 ,为小麦基因的克隆及基因组学研究提供了技术平台