罗氏沼虾不同群体线粒体COI基因的序列差异和遗传标记研究

利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾（Macrobrachiumrosenbergii）线粒体DNA的COI基因,测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明,缅甸原种F1代遗传多样性最为丰富,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性相对贫乏。在长度为498bp的基因片段中,共检测到10个多态性核苷酸位点（占2.01%）,17只个体具有5种基因型,3群体各自的平均核苷酸位点差异分别为0.88%、0.07%和0。UPGMA分子系统聚类树显示,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传关系最近,其单倍型混杂聚成一支,而缅甸原种F1群体相对独立为另外一支。COI基因可以作为区分两分支群体的遗传标记。     

罗氏沼虾不同育种群体遗传多样性研究

为深入了解罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同种质资源的遗传背景,研究采用微卫星标记和线粒体基因相结合,对罗氏沼虾4个育种群体,即选育3代的数丰核心群体(SF)、引进的正大群体(ZD)、正大和数丰杂交的群体(ZDS)、正大子代和数丰杂交的群体(ZD2S)的遗传多样性进行了研究。150个个体的微卫星分析结果显示, 7个微卫星位点均表现出高度多态性(PIC>0.5), 4个群体平均的等位基因数(N_a)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为19.43、0.8980和0.8867。SF群体的平均H_e(0.874)和PIC(0.854)最高,ZD2S的H_e (0.863)和PIC (0.834)其次, ZDS群体的H_e (0.798)和PIC (0.761)最低。4个群体间的遗传分化指数(F_ST)为0.04166—0.10438,处于中低水平的遗传分化,其中, ZD和ZDS的遗传分化最大, F_ST...     

五个罗氏沼虾群体遗传多样性的微卫星分析

利用16对微卫星标记对来自泰国(CP)、缅甸(MN)、孟加拉(BD)和中国(MP和DP)的共5个罗氏沼虾群体进行了遗传多样性和遗传结构的分析。结果显示, 16个微卫星位点均具有较高的多态性,平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为17.563、0.8316、2.1662和0.7328。5个群体的期望杂合度(He)介于0.7025—0.8594,多态信息含量(PIC)介于0.6538—0.8048,表明所有群体均具有高度遗传多样性,遗传多样性水平CP>MP>BD>MN>DP。遗传分化指数(Fst)值介于0.03430—0.17333,表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。16个微卫星位点的Fst值均大于0.05,均值为0.0977,与群体间有遗传分化相符。AMOVA分析显示群体间变异占总变异的6.22%,群体内个体间的变异占总变异的40.72%,个体内部的遗传变异占总变异的53.07%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示, MN群体首先与MP群体聚为一类,再与DP群体聚为一类,之后再与B...     

人工养殖与选育对罗氏沼虾遗传多样性的影响

为探讨人工养殖与选择育种对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)遗传多样性的影响,实验测定了孟加拉野生群体、缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体及选育群体"南太湖2号"共111只罗氏沼虾核糖体转录间隔区2(Internal transcribed spacer 2,ITS2)基因序列,结果发现58个碱基变异位点,定义56个单倍型。在5个群体中,孟加拉野生群体的遗传多样性最高(平均核苷酸差异数K和核苷酸多态性指数Pi分别为7.186和0.0155),依次为缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体,选育群体"南太湖2号"遗传多样性最低(K和Pi分别为3.032和0.0065)。5个群体间配对Fst分析表明,养殖群体与野生群体遗传分化显著(P<0.01),选育群体"南太湖2号"不仅与野生群体遗传分化显著,同时还与广西养殖群体产生了显著的遗传分化(P<0.01)。系统树显示,孟加拉野生群体和缅甸野生群体聚为一支,浙江养殖群体、广西养殖群体和选育群体"南太湖2号"则聚为另一支。研究结果表明,人工养殖和选育降低了罗氏沼虾的遗传多样性水平,并导致群体间发生了显著的遗传分化。     

罗氏沼虾缅甸野生原种rDNA-ITS区序列特征

对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)全序列特征进行了分析.罗氏沼虾ITS1长度为1 070～1 150 bp,GC含量为51.4%～52.7%;5.8S长度一致为163bp,GC含量为55.2%;ITS2长度为48...     

日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化

通过对日本沼虾(Macrobrachium nipponense)3个群体线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行扩增和测定,得到长度为495bp的片段,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28.6%、36.1%、22.7%和12.5%,AT含量明显高于GC含量。通过对日本沼虾16SrRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在3个群体中只有5个位点发生转换。另外,利用其454bp的同源序列,以中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)为外群探讨了沼虾属日本沼虾、罗氏沼虾(M.rosenbergii)等8种沼虾的系统进化关系。用MEGA3.1软件中的NJ法构建的分子进化树,日本沼虾3个群体先聚在一起后与海南沼虾聚在一起;另外,罗氏沼虾与马氏沼虾、短腕沼虾与贪食沼虾亲缘关系较近先聚在一起,然后再与大臂沼虾和等齿沼虾聚在一起,最后才与外群中国明对虾聚在一起。     

罗氏沼虾受精机制的细胞学研究

运用细胞学方法对罗氏沼虾的受精机理进行了初步研究,从卵巢中取邮的成熟卵,表面略有皱褶,无受精孔,不同于一般的节肢动物。成熟精子基部侧边分布许多成束的管状结构,其末端呈连续泡状。精卵接触时,这些泡破裂,膜与卵表膜融合,泡内的糖复合物对精卵识别,粘附可能起着重要和,从而使精子以基部侧边附着卵子表面,。     

罗氏沼虾蜕皮激素受体EcR基因的克隆及表达分析

为获得罗氏沼虾蜕皮激素受体(ecdysone receptor, EcR)基因编码序列,并检测mRNA表达模式。本实验拟利用克隆测序技术,以肝胰腺为实验素材,扩增EcR基因的编码区;借助生物信息学手段对所得序列进行分析;采用实时荧光定量PCR技术检测EcR基因在肌肉和肝胰腺等8个组织中的m RNA表达量。结果表明,罗氏沼虾EcR基因的编码区长度为1 716 bp,共编码571个氨基酸。物种间同源性比较分析发现,罗氏沼虾EcR基因序列与褐虾、黑背陆地蟹、日本沼虾、美洲龙螯虾、大西洋砂招潮蟹、蓝蟹、三疣梭子蟹、中华绒螯蟹和拟穴青蟹的同源性分别为90.7%、84.1%、83%、81%、81%、80.6%、79.8%、77.2%和75.9%。组织表达谱结果显示,EcR基因在所检8种组织中广泛表达,且不同性别相同组织间和相同性别不同组织间EcR的表达均存在不同程度的差异性。其中EcR基因在雄虾的鳃组织中表达量最高,在肌肉组织表达量最低;在雌虾的卵巢组织中高表达,在腹节神经组织中低表达。此外,EcR基因在雌虾的性腺、肠和肝胰腺组织中的表达量极显著或显著高于雄虾(p0.01或p0.05),在鳃组织中极显著低于雄虾(p0.01)。本研究成功克隆了罗氏沼虾的EcR基因,检测到EcR基因在各组织中广泛表达,且在不同性别相同组织和相同性别不同组织中存在显著差异。本实验为进一步研究EcR基因与生长发育调控作用提供了理论依据。     

两种沼虾溶菌酶基因ORF的克隆和罗氏沼虾溶菌酶基因的组织表达(英文)

分别提取罗氏沼虾和日本沼虾血细胞总RNA,RT-PCR扩增获得特异性cDNA片段,纯化后克隆到T载体上。序列测定表明所克隆的两种沼虾溶菌酶基因的开放阅读框(ORF)为477bp,共编码158个氨基酸,包括溶菌酶成熟肽140个氨基酸残基和信号肽18个氨基酸残基。同源性分析表明,罗氏沼虾和日本沼虾溶菌酶基因的碱基序列及推测氨基酸序列高度同源,分别为99.4%和98.1%。两种沼虾溶菌酶基因的碱基序列和推测氨基酸序列与Gen-Bank上其他对虾溶菌酶的同源性达83.0%和80.0%以上。两种沼虾溶菌酶都具有c-型溶菌酶典型的两个酶活性位点(Glu51)和(Asp68),以及8个保守结构氨基酸残基Cys,且在101、106和107位上缺少Asp,因而推测本实验所克隆的两种沼虾溶菌酶基因属c-型溶菌酶基因的非钙结合亚型。以PCR法制备罗氏沼虾溶菌酶基因的生物素标记探针,斑点杂交检测感染弧菌后溶菌酶基因mRNA在各组织中的转录水平,结果表明受感染6h后在眼、肌肉、鳃、肝胰腺、肠管中的表达量均有升高,其中在肝胰腺中的表达量最高,约为对照组的560%。在不同感染时间里,肝胰腺中该基因表达量有较大的变化:感染后3h表达量最低,24h后表达量升至最高,大约为对照组的430%,48h时的表达量又有所下降,但仍明显高于对照组(约为330%)。受弧菌感染后罗氏沼虾溶菌酶基因转录的上调证明溶菌酶基因在非特异性免疫中的直接作用,同时表明肝胰腺可能在沼虾的免疫防御过程起重要作用。     

罗氏沼虾良种选育研究进展

罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）是世界重要的经济虾类,畅销国内外市场,备受消费者的喜爱。中国是罗氏沼虾养殖大国,年均养殖产量占世界一半以上。种质资源是我国罗氏沼虾产业发展的原动力,处于整个产业链的最上游,并支撑着整个产业的发展。世界多国为了壮大产业规模,也纷纷开展了罗氏沼虾种质资源库的建设与良种选育。本文回顾了我国自主选育的罗氏沼虾主要品种及品系,综述了大规模家系的构建以及不同来源群体的遗传多样性分析,并对国外的良种选育现状和趋势进行了概述,最后结合国内外的研究进展,提出了良种选育的研究要点与方向,以期为今后的种质创新研究提供思路和借鉴。     

罗氏沼虾诺达病毒的核酸检测及其部分序列分析

根据安替列群岛分离的罗氏沼虾诺达病毒株基因组序列(MrNV-ant),制备特异性核酸探针,设计特异性引物,用点杂交和RT-PCR的方法检测在中国境内分离的罗氏沼虾诺达病毒(MrNV-chin).点杂交的方法可以检测出少于26ng的患肌肉白浊症的组织样品中的病毒,或少于25ng的病毒RNA样品;RT-PCR可以检测出少于25pg的RNA样品.扩增的MrNV-chin RNA1序列长858个核苷酸,与MrNV-ant的核苷酸一致率为957%,两者翻译后的氨基酸序列的一致率为99.7%.扩增的MrNV-chin RNA 2序列长1121个核苷酸,与MrNV-ant的核苷酸一致率为92%,两者翻译后的氨基酸序列的一致率为93.2%.因此,MrNV-ant和MrNV-chin应属于同一种病毒的不同分离株.用两株罗氏沼虾诺达病毒的RNA聚合酶序列与其它6株诺达病毒RNA聚合酶序列比较后构建的进化树中,罗氏沼虾诺达病毒与Alphanodavirus的亲缘关系近于与Betanodavirus的亲缘,组成了一个新的分支.     

罗氏沼虾个体发育早期的同工酶研究

采用聚两燃酰胺梯度凝胶电泳技术,对罗氏沼虾个体发育早期9个时期的八种同工酶系统（EST、ALP、AMY、GDH、MDH、LDH、SOD、ME)进行研究,结果表明：SOD、ME在早期发育过程中酶谱相对稳定,SOD表现为三条谱带,ME表现为两条谱带;面EST、ALP、AMY、GDH、MDH、LDH则随发育其酶谱表现出明显差异,酶谱渐趋复杂。     

罗氏沼虾主要病害研究概况

罗氏沼虾是一种重要的经济水产动物,目前在世界各地均有大规模的养殖,尤其集中于东南亚地区,随着养殖规模的扩大其病害发生也越来越多,给罗氏沼虾养殖行业带来了巨大的损失。总结了近年来国内外关于罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)主要疾病及防治方面的研究成果,按照病原的不同分为寄生虫疾病、细菌性疾病、病毒性疾病,主要围绕上述几类疾病的研究及防治的工作展开论述,为今后罗氏沼虾的病害防治提供依据。     

罗氏沼虾四倍体诱导的研究

对罗氏沼虾卵子极体排出时间和第一次卵裂时间进行了观察,并在此基础上,采用热休克和细胞松弛素 B(C,B)两种诱导方法成功诱导出了罗氏沼虾四倍体。石蜡切片显示,当罗氏沼虾卵子完全成熟时,第一极体已经 排出。第二极体排出的时间约在受精后55min。经过雌性原核和雄性原核的联会,第一次卵裂的时间约在受精后 210-230min。设计了多种处理条件,其中热休克诱导罗氏沼虾四倍体的最好条件是:受精后210min,用40℃水温处 理胚胎1．5min,在这种条件下,最高可以得到35．86％的四倍体率;而C．B诱导罗氏沼虾四倍体的最好条件是:受精 后230min,用1．0mg/L的C．B处理胚胎10min,此时最高四倍体诱导率达33．78％。     

罗氏沼虾胚胎发育的研究:Ⅰ.胚胎外部结构形态发生

罗氏沼虾的胚胎发育过程可准确地分为卵裂期、囊胚期、原肠期、前无节幼体期、后无节幼体期、前状幼体期和状幼体期七个时期。在２８℃水温条件下,胚胎发育的全过程约需４８０小时。     

马氏沼虾蚤状幼体发育特征及其与罗氏沼虾幼体的形态差异

马氏沼虾(Macrobrachium malcolmsonii)的幼体从孵化到变态为幼虾要经过多次蜕皮,每次蜕皮均伴随形态及附肢特征的改变。采用显微观测摄像法对马氏沼虾Z1-Z12各期幼体样本30尾进行了观察,测量结果表明Z2与Z1在复眼上存在较大差异,Z3与Z2、Z4与Z5的主要分期特征均位于尾节上,Z6的腹部出现腹足萌芽,Z7与Z8的形态差异在于第一触角内鞭和外鞭的附肢变化,判别Z9-Z12的主要分期依据为步足、腹足和额角形态。因此通过观察Z1-Z12幼体第1触角上的内鞭和外鞭,第2触角上的触角鞭和触角片,头胸甲上的额角、背刺、复眼和第1、2对步足,腹部的附肢、尾节和尾扇等形态变化,及测定各期幼体附肢的分节数和刚毛数等可量性状上的差异,可为马氏沼虾蚤状幼体分期提供生物学依据;此外还对马氏沼虾与罗氏沼虾幼体的形态差异进行了比较,通过测定幼体触角鞭的分节数量,为两种沼虾幼体之间的鉴别提供参考数据。       

不同种群罗氏沼虾幼体对急速升温的耐受力*

实验选取了江苏、上海和广东3个养殖种群和1个越南野生种群的罗氏沼虾幼体进行急速升温实验,对其耐受力进行比较,测定不同种群罗氏沼虾的环境适应力。实验结果表明,广东种群和越南种群的罗氏沼虾幼体对高温的耐受力明显高于上海种群和江苏种群。     

基于线粒体COⅠ基因和控制区序列的辽宁沿海弯棘斜棘(鱼衔)群体遗传多样性和遗传结构分析

为研究辽宁沿海弯棘斜棘(鱼衔)(Repomucenus curvicornis)自然群体的遗传多样性及遗传结构,采用PCR扩增获得辽宁沿海弯棘斜棘(鱼衔)辽东湾群体(n=22)及黄海北部群体(n=18)线粒体的COⅠ及控制区(CR)部分DNA序列片段,进行序列比较及遗传多样性分析.获得弯棘斜棘(鱼衔)COⅠ基因片段624 bp,其A、T、C、G平均含量分别为24.09%、31.04%、25.28%和19.59%;CR片段460 bp,其A、T、C、G平均含量分别为32.96%、32.80%、14.86%和19.38%.基于COⅠ基因和CR序列得到的两群体变异位点数、平均核苷酸差异数、单倍型多样性指数以及核苷酸多样性指数分别为:38、4.67、0.96±0.02和0.0075±0.0042;26、3.35、0.97±0.02和0.0073±0.0043.序列分析结果均显示,辽东湾群体的遗传多样性低于黄海北部群体.分子方差(AMOVA)分析结果显示,基于COⅠ基因片段辽东湾与黄海北部群体间无明显遗传分化(Fst=0.0091,P=0.25)而基于CR序列两群体间具有较小但接近显著的遗传分化(Fst=0.0264,P=0.09).研究表明,线粒体CR序列与COⅠ基因均可作为检测弯棘斜棘(鱼衔)群体遗传多样性的有效分子标记,但CR序列遗传分化的敏感度要高于COⅠ基因,更适合作为弯棘斜棘(鱼衔)群体遗传研究的分子标记.     

罗氏沼虾繁殖行为的再描述

2007年6～9月对采自孟加拉国库尔纳专区羌纳县布苏尔河原产地罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)的繁殖行为进行了观察研究。配合摄像机录像技术,重点观察并记录了野生罗氏沼虾生殖过程中的主要行为特征。本文所涉及的繁殖过程特指在人工操控条件下,自两性遭遇、识别至雌虾抱卵为止这段时间。选择体重在80.0g以上的雄虾、40.0g以上的雌虾分别在当地河堤外侧的池沼中驯化适应15d,然后,在室内水泥池中观察其繁殖行为。罗氏沼虾在繁殖过程中呈现的典型行为主要有:两性遭遇及识别,雄虾的占位,雌虾的蜕壳,雄虾俘获雌虾及其交媾前的守卫、交媾及精荚传递,雄虾交媾后的守卫及释放雌虾,雌虾产卵及抱卵。其中,雄虾的配偶守卫行为是有效地保证两性生殖成功的交配策略之一。     

生长滞缓与正常罗氏沼虾转录组差异分析

旨在利用浙江地区生长正常和生长滞缓两种生长状态下的罗氏沼虾,通过转录组测序技术,比对基因表达量的差异,探究生长滞缓的原因.本研究采用IlluminaHiSeqTM4000测序平台,对存在生长差异的罗氏沼虾的鳃、肝胰腺、肌肉三种组织共18个样本进行了转录组测序分析,将得到的基因片段组装后与NR、GO、KEGG、eggNO...