涅斯捷连科氏菌特异性引物PCR分子鉴定

涅斯捷连科氏菌属的建立基于对Micrococcus halobius的再分类,这是一类广泛分布于高盐土壤环境的革兰氏阳性细菌,属放线菌类.在对我国西部盐湖环境放线菌的生物多样性及分类学研究中,大量类似菌株被分离.[目的]为了对其进行快速鉴定,特别是筛选出属于优势类群的涅斯捷连科氏菌,[方法]本研究根据前人以报道的方法设计了一对针对其16S rRNA基因的特异性PCR引物(Nes1/Nes2),[结果]并通过部分典型菌和野生菌株的PCR实验验证,结合16S rRNA基因的测序验证,证明了Nes1/Nes2的PCR反应有效性及其对涅斯捷连科氏菌的特异性.[结论]利用该引物可以快速准确的对涅斯捷连科氏菌进行鉴定.     

粒毛盘菌属及其相关属的分子系统学研究

晶杯菌科的分类目前主要基于子囊盘外囊盘被表面毛状物的形态学特征,在系统演化关系上十分不清楚。本研究利用18S rRNA基因核苷酸序列分析方法探讨该科粒毛盘菌属及其相关属间的系统发育关系。以Saccjarp,uces cerevosoae为外群的严格合意树和最简约树表明,粒毛盘菌属与其相关的属形成三个分支。Lachnum hyalopus,L.nudipes和L.virgineum代表一个分支。L.brasiliense.L.sclerotii.Lsingerianum,Albotricha guangxiensis,Calycellina populina.,Cistella grevillei,Hyaloscypha aureliella,Lachnellula calyciformis,Parachnopeziza guangxiensis和Trichopeziza sulphurea聚在一起(支持率为57％),为另一个分支。上述两个姊妹分支的支持强度为76％。与Lachnum在形态上有些相似的Cistella和Lachnum聚在一起的支持强度为51％。传统上纳入Arachnopezizoideae的Parachnopeziza与该亚科的模式属Arachnopeziza的关系较远。Arachnopeziza aurata是供试的14个种中距离最远的一个,位于系统发育树的最外侧,与上述两个分支的亲缘关系较远,这对Arachnopezizoideae在晶杯菌科中的地位提出了质疑。     

菖蒲属系统学研究的进展与菖蒲科的重新确立

本文介绍了菖蒲属系统地位的变化情况,综述了菖蒲属(Acorus L.)从天南星科(Araceae Jussieu)中分离出来独立成科的形态学、解剖学、胚胎学、细胞学、植物化学、分子生物学等多方面的证据,并对菖蒲科(Acoraceae C. A. Agardh)系统关系的研究进展进行了总结。     

火丝菌科(盘菌目)部分属的系统学研究

本文以核糖体小亚基(SSUrDNA)为分子标记,对28个属60个种的71个序列片段进行序列分析,探讨火丝菌科的属间亲缘关系。研究结果支持广义的火丝菌科概念,表明该科是单起源的,显示5个主要分支。腐生或与植物共生形成菌根、囊盘被表面具有毛状物的15个属构成A分支,该分支中仅部分属之间的关系比较明确;与苔藓植物生长在一起的4个属构成B分支;C分支包括Otidea和Otideopsis两属,后者与Otidea的成员混杂在一起;D分支仅包括Acervus的成员;E分支由Geopyxis,Tarzetta,Paurocotylis等5个属组成。分子系统学的研究结果与形态学分类系统之间存在一定差异,依据形态特征和超微结构建立的亚科和族均未获得支持。     

德克斯氏菌属的一个新种

从水稻的种子上分离出编号为7954的菌株。该菌株细胞杆状,单生或成对排列,革兰氏阴性,以周生鞭毛运动,细胞内有许多聚β-羟基丁酸盐颗粒,不形成孢囊,无芽孢。细胞外含有大量浓稠坚韧的胶状物质,呈淡黄色至淡暗棕褐色。需氧性,营呼吸代谢,接触酶阴性。马铃薯块上生长差、薯块不变色,还原硝酸盐,有固氮酶活性。12—42℃范围内生长,最适生长温度为32—35℃;PH5．3—9．5内生长,最适生长pH 6．8—7．9。DNA中的G+c克分子含量为74．3±0．12％,与胶德克斯氏菌的DNA体外杂交的同源性为54％,经鉴定认为菌株7954是德克斯氏菌属(Derxia)的一个新种,定名为周毛德克斯氏菌(Derxia peritricha sp．nov．Wu et Chen)o     

诺卡氏菌科分类的研究II．诺卡氏菌属中的两个新种和一个新变种

从我国各地的土壤中分离得到百余株诺卡氏菌形放线菌,其基丝形成横隔并断裂成秆状或球状体,细胞壁化学组份IV型,属于诺卡氏菌科诺卡氏菌属(Nocardia)。经形态、培养特征及生理生化特性等鉴定为15个种。本文只报道其中两个新种及一个新变种：念球状诺卡氏菌(Noeaedia nostocoidea n. sp．);紫褐诺卡氏菌(Nocardta violaccofusca n. sp.);鲑色诺卡氏菌桔橙变种(Nocardia salmontcolor var. aurantiaca n. var.)。     

库特氏菌属细菌的研究进展

库特氏菌属归属于动性球菌科,属内细菌分布环境多样,在土壤、地表水、野生动物体表、昆虫肠道等处均有检出。近几年,研究者对库特氏菌属的关注度显著增加并且在多个领域发现了其新价值,包括良好的抗逆性和多重降解功能等,同时确定少数菌株具有致病性。目前,仍存在着对属内各降解机制研究均较浅显、从功能的发现到具体应用方案之间缺乏有效衔接等问题亟待解决。对库特氏菌属的建立、分类学特征、属内成员分布、致病性、功能研究与应用等方面进行介绍,以期为该属菌株的分离鉴定、资源开发以及实际应用提供参考。     

一个降解染料的希瓦氏菌新种——中国希瓦氏菌

从细胞形态、生理生化特性和16S rRNA基因和gyrB基因序列同源性分析等方面对一株广谱高效染料降解菌D14进行了鉴定.菌株D14的细胞壁革兰氏染色为阴性,细胞为杆状,大小为0.6μm～1.0μm×1.0μm～4.0μm,周身纤毛,极生单鞭毛,其生长pH范围为pH 7.0～10.0,最适生长pH为8.0,生长温度范围为4℃～40℃,最适生长温度为20℃～30℃.该菌株具有还原三价铁,液化明胶、Tween40和Tween 80,产生H2S的能力.在乳酸钠存在的条件下,能还原硝酸盐、亚硝酸盐、铁氧化物和硫代硫酸钠.可利用D-半乳糖、D-葡萄糖、蔗糖、丙酸钠、L-亮氨酸等多种有机物为碳源.BIOLOG细菌自动鉴定系统鉴定结果表明该菌株应归属于希瓦菌属.16S rDNA和gyrB基因序列分析结果表明,菌株D14与其亲缘关系最近的菌株Shewanella putrefacien ATCC8071T的16S rDNA序列相似值为97%(小于97.7%),gyrB基因序列相似值为87%(小于90%).菌体所含有的主要脂肪酸为iso-15:0,16:1ω7c,15:0和16:0,DNA中(G C)mol%含量为49.3.结合菌株D14的生理生化特征和分子生物学特性,将菌株定为希瓦氏菌属的一个新种,命名为中国希瓦氏菌(Shewanella cinica)D14T.     

紫色非硫细菌Rhodocista属一新分离株的鉴定及其系统学研究

从污水处理厂分离到一株紫色非硫细菌３－ｐ,该菌株具避光性,能形成孢囊,具片层状光合内膜,在波长７９８ｎｍ处的吸收峰很低,需硫胺素和维生素Ｂ１２作生长因子。该菌株可以琥珀酸为碳源,最佳生长温度为３４℃～４１℃,体内未发现Ｒ体结构,醌类的主要成分是Ｑ－９。对菌株３－ｐ的１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的分子系统学分析结果表明,菌株３－ｐ与世纪红蒌菌（Ｒｈｏｄｏｃｉｓｔａ ｃｅｎｔｅｎａｒｉａ）关系最近,相似性为９     

多菌蚊属研究及新种记述(双翅目,菌蚊科)

记述中国多菌蚊属6新种及中国1新纪录种,简单介绍了该属的形态特征、生活史及地理分布,模式标本保存在浙江林学院昆虫标本室。本属为中国新纪录属。     

两株高丁醇耐受细菌的分离鉴定及其丁醇耐受特性的研究

高浓度丁醇耐受菌株是丁醇异源重组生产的关键因素.本研究对不同环境中耐受丁醇的微生物进行筛选,从自然环境中分离得到两株能够耐受高浓度丁醇的菌株,分别命名为btpz-4-1和btpz-6-3,它们耐受丁醇的浓度达到了25 g/L.通过分子标记物16S rDNA的鉴定以及分子系统进化树的分析,btpz-4-1被鉴定为Lactobacillus mucosae,btpz-6-3被鉴定为Pediococcus pentosaceus.同时,对它们的生理特性进行研究,结果显示btpz-4-1和btpz-6-3的最适生长温度分别为45℃和42℃,最适生长pH分别为6.0和6.5.     

焦化废水中4株苯酚高效降解菌的分离及鉴定

目的:从焦化废水中筛选苯酚高效降解菌并进行鉴定.方法:在100～1000 mg/L的苯酚为惟-碳源的无机盐培养基上分离出单菌落,测定各菌株的生长曲线以及对苯酚的降解效牢;利用 16S rDNA序列分析结合菌株的形态特征确定各菌株的分类地位.结果:筛选获得4株苯酚降解菌,均能够以苯酚为惟一碳源,在30℃、pH7.0、摇床转速130 r/min、2%的接种量条件下,24h内能将1 000mg/L的苯酚降解91%以上;4株菌可初步鉴定为芽孢杆菌属(ZL1)、产碱杆菌属(ZL2、ZL4)、沙雷氏菌属(ZL3).其中,从焦化废水中分离出高效降解苯酚的沙雷氏菌未见报道.结论:从焦化废水中获得4株苯酚高效降解细菌,对高浓度含酚废水的生物降解具有潜在的应用前景.     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究.数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群.从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizobium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株茵与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起.     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明, 在84%相似性水平上, 所有的菌株可分为3群：群Ⅲ为未知菌群, 群Ⅰ为慢生菌群, 群Ⅱ为快生和中慢生菌群。从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看, 在70%相似性水平上, 所有的菌株可分为5个系统发育分支：分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株, 为未知分支; 分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium, 分支Ⅲ为Mesorhizo- bium, 分支Ⅳ为Bradyrhizobium。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致, 有2株菌与A. tumefaciens IAM13129T聚在一起。     

西藏卡拉山土样中放线菌的多相分类研究

从西藏念青唐古拉山卡拉山支脉的土样中分离到40株放线菌,对其中的13株菌进行了多相分类。形态、培养特征和系统发育结果表明,所有菌株均属于链霉菌属。从系统发育结果看,840018、850003和Z851023各处于一个独立的分支,分别与Streptomyces rishiriensis、Streptomyces cyanoalbus和Streptomyces albus subsp.albus的相似性达到99%。菌株Z851010、Z851004、850011和850070聚成一个小群,它们之间的相似性达到95%,与Streptomyces sp.YIM26的相似性达到98%;Z851013和Z851024聚成小群,它们之间的相似性达到100%,它们有可能是同一种菌株;850008和Z851020聚成小群,它们的相似性达到95%;Z850007和850040聚成小群,与已知菌种的相似性只有96%,有可能是新的分类单元。     

产河豚毒素菌株的分离鉴定

从厦门同安海域的黄鳍东方豚(Fugu xanthopterus)卵巢组织中分离纯化出59株菌株,通过小鼠试验筛选出11株产毒菌株,并对其中产毒能力较强的EL10菌株的发酵产物进行高效液相色谱分析,初步认定发酵产物中含有河豚毒素。同时对EL10菌株进行16S rDNA鉴定,结果表明该菌属于希瓦氏菌属(Shewanella)。     

粪便中大肠埃希菌的分离鉴定

2004年4月采集大连金州湾沿岸畜禽养殖场猪、牛、鸡和某中学人粪便样品。经改良的生化鉴定方法鉴定,得大肠埃希菌(Escherichia coli)猪源75株、牛源78株、鸡源69株、人源68株,占粪大肠菌比率分别为85.23%、92.86%、80.23%、80.00%。为验证改良的生化鉴定方法准确性,从中随机选取8株E.coli,扩增16S rRNA序列并与Genebank中E.coli16S序列比对,确定这8株细菌与E.coli同源相似率达99%以上,进而验证改良的生化鉴定方法的可行性。     

产酸性脲酶菌株的筛选、鉴定及其脲酶的应用初探

利用传统微生物筛选方法,从动物粪便中经过酸性平板初筛、中性平板复筛,得到一株产酸性脲酶的菌株JN_R12。通过比较形态特征、生理生化以及16S rDNA测序结果,结合系统发育分析,确定该菌为肠出血性大肠埃希氏菌Enterohemorrhagic Escherichia coli O157：H7。JN_R12所产脲酶对酒精有较好的耐受性。离心后得到的全细胞在模拟酒样中的尿素去除率接近100%;黄酒中24h孵化后的去除率在60%以上。     

一株石油烃降解菌分子鉴定及特性分析

从受污海水中分离筛选了具有石油烃降解能力的降解菌Bac1020,经PCR扩增得到1 497 bp长16S rDNA序列,通过Blast比对,与主要石油烃降解菌属16S rDNA序列构建系统发生树,鉴定其为不动杆菌(Acinetobactersp.)。降解菌(Acinetobactersp.)在72 h内生长稳定,对石油烃的降解率随时间的延长而不断增加。建立了快速筛选及鉴定石油烃降解菌的方法,应用于海洋石油烃污染的生物降解。     

一株甲烷利用菌的分离、鉴定和性能研究

目的：研究土壤中能利用甲烷的细菌类型及特性。方法：运用传统的富集、分离、纯化方法得到1株甲烷利用菌,结果：该菌株在显微镜下呈球形,在液体培养基中生长72h后OD值可达到0.8左右,其最适生长温度30℃,最佳pH值7左右。对该菌株进行了16SrDNA扩增,测序结果表明其与Pseudoxanthomonas菌属的序列相似性为93%,其生理生化特征和分子鉴定结果表明,该菌与假黄单胞菌为不同的属。甲烷消耗气相色谱分析结论显示,120h后培养瓶中的甲烷浓度降低60%左右,说明该菌株具有较好的利用甲烷的性能。