山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型的基因特征分析

为分析山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型(Echovirus 6,E6)的基因特征,本研究对山东省2007~2012年间采集的脑膜炎和脑炎病例脑脊液标本进行了病毒分离,阳性分离物采用血清学和分子生物学方法鉴定型别,与国内外其他E6进行同源性分析,并构建VP1完整编码区系统进化树。本研究共分离到6株E6病毒,同源性分析显示:这6株分离株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为78.6%~99.8%和95.5%~100.0%,与原型株(D’Amori)核苷酸和氨基酸同源性分别为为76.9%~78.4%和92.3%~95.1%。系统进化树分析显示:山东省E6分离株可分为A、B、C和D 4个基因簇,这6株分离株属于A、B、D 3个簇。山东省E6分离株之间存在较大的遗传差异,E6在山东的循环存在不同的传播链。     

病毒性脑炎病例中埃可病毒11型病毒的基因特征分析

分析埃可病毒11型(Echovirus 11,ECHO 11)福建龙岩分离株的分子生物学特征。收集龙岩市第一医院2011年1~12月临床诊断为病毒性脑炎或中枢神经系统感染的住院病例脑脊液标本进行病毒分离鉴定,从7株经血清中和鉴定的ECHO 11分离株中,选取4株测定VP1完整编码区序列,与GenBank上已发表的ECHO 11型病毒VP1区进行同源性比较及遗传进化分析。4株ECHO 11分离株VPl区序列长度为600个核苷酸,编码200个氨基酸;4株之间的核苷酸同源性为100%,氨基酸同源性为99%~100%;与1953年Gregory原型株之间的核苷酸同源性为75%~76%,氨基酸同源性为90%;与2007年荷兰株(GU393773)之间核苷酸的同源性为94%~95%,氨基酸同源性为98%~99%,同源性最高;与国内2010年山东株之间核苷酸的同源性为74%,氨基酸同源性为88%~89%。系统进化树分析显示,4株龙岩分离株同属D5型,其与D5型病毒株(GU393713)之间核苷酸的同源性为93%,氨基酸同源性为99%。国内分离株之间相对较低的相似性提示国内ECHO 11病毒可能存在不同的传播链。     

我国四株埃可病毒6型全基因组序列及重组特征分析

埃可病毒6型(Echovirus 6,ECHO6)作为肠道病毒B组(Enterovirus B,EV-B)的一员,在临床上常导致无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)、急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)、手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)等多种疾病。本文挑选四株中国大陆地区不同年份、地区及疾病严重程度的代表毒株进行全基因组测定分析,与GenBank上ECHO6全长代表株及EV-B组原型株比对分析,了解其进化特征,并筛选BLAST结果的EV-B组流行株,探究我国流行的ECHO6与其他血清型的基因重组特征。结果提示,本研究四株ECHO6毒株在非结构蛋白区与EV-B其他血清型均发生重组,其中死亡病例标本重组模式更为复杂,可能与疾病严重程度有关。通过本研究分析,可进一步揭示ECHO6的遗传特征,为肠道病毒血清型研究提供基础数据,对了解其进化变异及临床致病力影响具有重要意义。     

广州市生活污水中埃可病毒11型循环动态变化及基因特征分析

埃可病毒11型（Echovirus 11,E11）属于B组肠道病毒,是最常见的人类肠道病毒（Enterovirus,EV）之一,是引起无菌性脑膜炎,新生儿感染的重要病原体之一。为探讨广州市生活污水监测中E11分离株循环动态变化及其基因组特征,本研究对2009-2021年广州市生活污水EV监测获得的E11分离株进行VP1区基因扩增及测序,结合2019年广东省发生的两起E11新生儿感染事件及部分散发病例中获得的E11分离株,与全球E11参考株进行序列相似性分析和系统发生学分析。结果显示,2009-2021年生活污水EV监测中E11分离株的核苷酸及氨基酸相似性分别为72.8%～99.3%和84.5%～99.6%。监测发现,广州市2018-2019年在污水中检出大量E11,与两起新生儿感染事件及散发病例的分离株核苷酸相似性高达96.2%～99.2%,但序列间仍存在差异,两起新生儿感染及散发病例感染的毒株为不同来源。通过系统进化树分析发现,2018-2019年污水E11分离株及两起新生儿感染与散发病例E11亲缘关系较近,分子分型结果均为E11 D5基因型。2017年及以前的污水分离株以A1基因型...     

基于环境污水监测的埃可病毒11型的循环动态变化及其基因特征分析

为探讨山东省环境污水监测中埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)的动态变化及分子流行病学特征,本研究对山东省2011~2012年环境污水监测分离到的Echo11毒株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,并与1994~2010年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中Echo11分离株以及国外同型毒株进行同源性分析和系统发生学分析。结果显示:2011~2012年山东省济南市和临沂市共分离到Echo11 94株,其时间分布具有季节性特征,夏秋季高峰明显。分离毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.5%~100.0%和95.4%~100.0%;与原型株(Gregory)之间核苷酸和氨基酸同源性分别为76.6%~79.7%和90.4%~92.5%。山东环境分离株全部属于A基因型,毒株之间核苷酸变异较大,提示山东地区存在多个传播链共循环。本研究描述了山东省环境污水中Echo11分离株的动态变化和遗传特征,结果证明环境污水监测是探索人类肠道病毒动态流行和遗传变异的重要手段。     

基于环境污水监测的埃可病毒11型的循环动态变化及其基因特征分析北大核心CSCD

为探讨山东省环境污水监测中埃可病毒11型（Echovirus 11,Echo11）的动态变化及分子流行病学特征,本研究对山东省2011~2012年环境污水监测分离到的Echo11毒株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,并与1994~2010年山东省急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis,AFP）监测系统中Echo11分离株以及国外同型毒株进行同源性分析和系统发生学分析。结果显示：2011~2012年山东省济南市和临沂市共分离到Echo11 94株,其时间分布具有季节性特征,夏秋季高峰明显。分离毒株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为89.5%~100.0%和95.4%~100.0%;与原型株（Gregory）之间核苷酸和氨基酸同源性分别为76.6%~79.7%和90.4%~92.5%。山东环境分离株全部属于A基因型,毒株之间核苷酸变异较大,提示山东地区存在多个传播链共循环。本研究描述了山东省环境污水中Echo11分离株的动态变化和遗传特征,结果证明环境污水监测是探索人类肠道病毒动态流行和遗传变异的重要手段。     

引起一起暴发性急性胃肠炎疫情的埃可病毒18型VP1基因特征分析

埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)属于B组肠道病毒(Enterovirus B,EV-B),是引起病毒性脑膜炎的重要病原体。对2019年4月广东省深圳市龙岗区一起急性胃肠炎疫情进行病原学鉴定及病原基因特征分析。此次疫情共有26名患者,均以发热、呕吐、腹泻、腹痛为主要症状。从其中18名病例采集了18份肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)和半巢式聚合酶链反应法以鉴定病原,扩增病毒全长VP1区,测序并进行系统进化分析。结果显示,18份标本中11份肠道病毒核酸阳性,其中8份为E18。病毒分离得到2株病毒,从肛拭子标本直接扩增得到的7条E18全长VP1核苷酸序列,核苷酸相似性为100%,与GenBank中E18参考株的核苷酸及氨基酸同源性分别为79.2%~96.4%和93.3%~99.3%;进化树显示,深圳龙岗E18分离株(GDSZ1902)归属由中国分离株组成的C2a进化分支,在其VP1蛋白中的底部环处发现一处特异的氨基酸变异(D200N)。从流行病学和病原学结果分析,E18是引起本次深圳市龙岗区急性胃肠炎疫情的主要病原,属于中国E18主要流行株的进化分支,这是我国首次发现E18引起急性胃肠炎疫情的报道。     

云南省4株埃可病毒11型VP1基因特征分析

埃可病毒11型(Echovirus 11,ECHO11)属于肠道病毒B组,是最常见的人类肠道病毒(Human enterovirus,HEV)之一,常引起儿童无菌性脑膜炎、脑炎和急性迟缓性麻痹等疾病。为了对云南省手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)监测中分离到的4株ECHO11毒株的VP1基因进行序列分析,并为云南地区ECHO11的进化及流行趋势等研究提供基础数据,本研究对收集到的HFMD病例标本进行病毒分离培养和鉴定,对鉴定为ECHO11的毒株VP1基因测定其完整序列,与GenBank上其他参考株的VP1区序列构建遗传进化树进行基因分析。结果显示,4株ECHO11型毒株分属A1和D5两个基因亚型,分别与各自基因亚型参考株的同源性为最高。D5基因亚型ECHO11分离株在进化树上聚集为3簇,提示存在多个传播链,其D5-1簇的VP1区氨基酸在多个位点上与同基因亚型的其他簇参考株存在特异突变。本研究揭示,云南地区存在两种不同基因亚型的ECHO11流行情况,特别是D5亚型的出现,提示我国周边流行的ECHO11基因型已进入中国大陆,应密切关注其流行变异情况,为今后制定由ECHO11引起的HFMD的公共卫生策略提供依据。     

河北省儿童病毒性脑炎及脑膜炎埃可病毒30型VP1基因特征分析

为了解河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎患者中埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)流行株基因特征及进化。本研究对2013～2015年间河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎病例中151份鉴定为肠道病毒阳性的脑脊液标本进行血清型鉴定,扩增E30流行株VP1区全基因序列;并与GenBank下载的325株E30的VP1基因序列进行同源性及亲缘关系分析。共获得18条E30 VP1基因序列。亲缘性分析显示E30可分为A～H 8个基因型;我国E30流行株主要为D、E、G和H基因型;本研究中E30流行株均为H基因型。18条E30 VP1基因核苷酸同源性为93.3%～100%,氨基酸同源性为98.2%～100%,与原型株(Bastianni)核苷酸和氨基酸同源性分别为80.9%～81.1%和91.4%～92.4%。该研究中18株E30与我国浙江省和山东省的分离株核苷酸和氨基酸同源性最高。2013～2015年间引起河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎的E30流行株为H基因型,可能存在多个传播链。     

龙岩市一起暴发性脑炎疫情分离的埃可病毒6型基因特征分析

对2010年福建省龙岩市长汀县埃可病毒6型(ECHO6)肠道病毒引起的暴发性脑炎,进行病原学分析,为该病的防控提供有价值的信息。对病例脑脊液标本进行荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)、中和鉴定进行病原确认,再经PCR法对其中4株毒株进行VP1片段或全基因组核苷酸序列测定,用DNAStar软件中的MegAlign等软件进行同源性分析,Mega 4.0软件进行进化树分析。经病原学检测方法确认为ECHO6型肠道病毒,VP1片段核苷酸序列分析显示为C2亚型。全基因组序列共7 407个核苷酸,与其他ECHO病毒和CVB(Coxsackie virus B)病毒基因组构成相似,同源性为78.5%~87.3%。此次暴发性脑炎是由肠道病毒ECHO6C2亚型引起,病毒株全基因组序列长度与标准株(U16283)相近,同源性达80.4%。     

2017～2018年宁夏回族自治区手足口病流行特征及CV-A6基因特征分析

手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一种常见的儿童急性传染病,近年来由柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)引起的HFMD病例不断增多,CV-A6已逐渐成为HFMD的主要病原体之一。为了解2017～2018年宁夏回族自治区HFMD的流行特征及其病原谱构成,并分析CV-A6的基因特征,本研究收集2017～2018年宁夏回族自治区HFMD的流行病学资料,分析其流行特征及主要致病病原体;采集HFMD临床标本,并使用RD细胞进行病毒分离;对分离出的肠道病毒(Enterovirus,EV)毒株进行全长VP1区扩增及核苷酸序列测定,使用分子定型法鉴定其血清型,选取鉴定结果为CV-A6的序列与GenBank上下载的其他地区的CV-A6代表株共同构建系统进化树。结果显示,2017年宁夏HFMD的主要致病病原体为肠道病毒A组71型(EV-A71)(56.18%)和非EV-A71非CV-A16的其他EV(37.39%),2018年的主要病原为非EV-A71非CV-A16的其他EV(70.72%)和CV-A16(27.70%)。2017...     

中国大陆地区埃可病毒25型全基因组进化与重组分析

埃可病毒25型（Echovirus 25,E25）属于肠道病毒B组（Enterovirus B, EV-B）,其在临床上可引起包括手足口病（Hand, foot, and mouth disease, HFMD）,无菌性脑膜炎（Aseptic meningitis, AM）,急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis, AFP）等在内的多种疾病。本文从全国HFMD监测网络选取了2009-2018年的18株E25毒株进行全基因组测序,将所得全长序列及GenBank上目前已发表的E25全长序列,以及EV-B组其它原型株全长序列分别构建全基因组和各编码区的亲缘进化树,并依据不同进化分支选取具有代表性的两株E25毒株进行重组分析。结果显示,中国大陆地区E25在P1区具有更高的亲缘关系,而P2和P3区建树中各出现了两个分支,且在每个分支上,与多个EV-B组的原型株具有较高的核苷酸同源性,提示E25可能存在多种重组模式。此外所选的两株毒株均与EV-B的其它血清型流行株在P2及P3不同区域发生重组,且重组的模式不相同,因此中国大陆地区的E25至少存在两种重组模式,并且致病力可能与...     

安徽省2017-2018年手足口病柯萨奇病毒A6型基因进化特征分析

人肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)是引起手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体.近年来非EV-A71和非CV-A16的其他肠道病毒(Enterovirus,EV)已成为HFMD流行或暴发疫情的优势病原体.安徽省HFMD监测数据显示,2017-2018年HFMD样本非EV-A71和非CV-A16其他EV核酸阳性率超过50％,其中大部分为柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6).为了解安徽省2017-2018年HFMD其他肠道病毒构成和CV-A6基因进化特征,本研究收集2017-2018年HFMD咽拭子EV核酸阳性标本,采用人横纹肌肉瘤(RD)细胞进行病毒分离培养,对分离到的CV-A6毒株VP1全长序列基因扩增及核苷酸序列测定.从NCBI GenBank数据库下载CV-A6原型株和代表性毒株基因参考序列,运用生物软件MEGA 6.0构建VP1基因序列系统进化树,分析其基因遗传特征.结果 显示,安徽省2017-2018年HFMD实验室确诊病例其他EV占66.1％,CV-A16占23.5％,EV-A71占10.4％.52株CV-A6毒株均为D3a基因亚型,其VP1区核苷酸序列间相似度为93.7％～100％,编码的氨基酸序列相似度为98.3％～100％;与CV-A6 Gdula原型株核苷酸相似度为78％～82.3％,氨基酸相似度为94.6％～96.3％.VP1区15个氨基酸位点有变异,氨基酸位点Q98L和G160S的变异发生率为100％.其他EV已成为安徽省引起HFMD流行的重要病原体,D3基因型CV-A6为优势流行毒株.持续加强其他EV的病原学监测与分析,对安徽省HFMD防控策略制定与疫情处置具有重要意义.     

2010-2021年杭州市儿童埃可病毒感染及流行特征分析

研究杭州市儿童感染埃可病毒（Echovirus,E）状况和流行病学特征。收集2010-2021年杭州市发热患儿咽拭子、肛拭子等临床样本。首先通过实时荧光RT-PCR试剂盒进行肠道病毒（Enterovirus,EV）通用筛查。选取Ct值≤30且EV-A71、CVA16、CVA6、CVA10均为阴性的EV阳性核酸样本,用普通PCR方法扩增EV VP1序列。获得VP1序列通过GenBank进行BLAST比对,确定埃可病毒血清型,并对埃可病毒优势血清型构建遗传进化树。通过回顾性调查埃可病毒阳性患儿的临床资料进行流行病学特征分析。采用卡方检验对埃可病毒阳性患儿的采样时间、年龄、性别等进行分组比较。本研究共收集临床样本7 835份,获得EV通用阳性样本数共计2 023份。选取827份Ct值≤30且EV-A71、CVA16、CVA6、CVA10均为阴性的EV通用核酸阳性样本;共检出埃可病毒68份,8个血清型,阳性率为8.22%;分别为21份E30、12份E9、13份E6、7份E11、11份E18、2份E25、1份E7、1份E3。春、夏、秋、冬四季的埃可病毒阳性率分别为4.37%、21.03%、1.7...     

2016-2020年安徽省手足口病流行病学特征及CVA6基因进化分析

为了解安徽省2016-2020年手足口病（Hand, foot and mouth disease,HFMD）流行特征与病原谱构成,及分析CVA6(Coxsackievirus A6, CVA6)VP1区基因进化情况。本研究收集2016-2020年安徽省HFMD病例流行病学资料,描述性流行病学方法分析病例三间分布情况。随机选取480份HFMD其他肠道病毒阳性咽拭子样本,RT-PCR扩增肠道病毒VP1基因片段,测定基因序列并鉴定其他肠道病毒基因型别。生物软件分析部分代表性CVA6基因序列相似性并构建系统发育树。流行病学结果显示,2016-2020年安徽省HFMD发病率仍处于较高水平,但重症病例与死亡病例数有所减少,5个年度均以其他肠道病毒流行为主,五岁以下散居儿童为主要患病人群,男女性别比为1.50∶1。2016-2019年度发病均呈现为双峰流行模式。病原分型鉴定结果为CVA6 215例（215/245,87.76%）,CVA1016例（16/245,6.53%）,CVA412例（12/245,4.90%）,CVA51例（1/245,0.41%）,CVA21例（1/245,0.41%）。...     

一起无菌性脑膜炎疫情中埃可病毒30型的全基因组分析

对引起一起无菌性脑膜炎的埃可病毒30型（（Echovirus 30,E30）毒株进行全基因组测序,并分析其遗传变异和分子进化特征。提取病毒RNA,荧光RT-PCR确定为肠道病毒,再扩增其VP1区,测序确定为E30,设计针对E30全基因组的引物,RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用DNAMAN 9.0、MEGA X、RDP 5和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。E30无锡株基因组全长7 425 bp个核苷酸（nt）,5′端和3′端分别为743 nt和97 nt的UTR,二个UTR之间为一个6 585 nt长的开放阅读框,编码一个含2 195个氨基酸（aa）的多聚蛋白。与GenBank中基因组序列比对,最同源的是毒株USA/2017/CA-RGDS-1048 （基因登录号：MN153801）,核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为99.1%。VP1基因进化树分析显示,E30无锡株属于h型,并可归类于h型下分的基因簇GroupⅣ。种系进化分析和同源性分析提示E30无锡株可上溯到中国江苏毒株FDJS03毒株。分析还发现E30无锡株在非结构区存在重组,重组序列可能来自E3...     

2003～2007年中国风疹病毒基因特征分析

本研究用Vero细胞或Vero/SLAM细胞从我国10个省(直辖市、自治区,下同)2003～2007年风疹暴发和散发病例的咽拭子标本中分离到57株风疹病毒,用RT-PCR方法扩增了57株风疹病毒E1基因1 107个核苷酸的片段,并对该PCR产物进行序列测定和分析.结果提示,在基于WHO基因定型靶序列739个核苷酸片段构建的基因亲缘关系树上,其中55株风疹病毒株属于1E基因型,相对于其他国家的1E基因型,形成一个独立分支;另外2株风疹病毒属于2B基因型.57株风疹病毒大部分核苷酸的突变为无义突变,氨基酸序列高度保守,除了2株风疹病毒在E1蛋白血凝抑制和中和位点区域第212位氨基酸由Thr变为Ser,其他病毒株均无重要抗原位点的改变;所有我国已分离到的1E基因型风疹病毒在E1蛋白第338位氨基酸共享突变位点(Leu338→Phe338),而其他基因型以及其他国家的1E基因型风疹病毒在该位点均未发生突变,提示该氨基酸(Phe338)可能是我国1E基因型风疹病毒所特有.2003～2007年在我国10个省均分离到1E基因型,而2B基因型只在2006年从四川省的越南输入病例中分离到,提示1E为绝对优势基因型,2B基因型为输入基因型.与1979～1984年和1999～2002年我国流行的风疹基因型不同,发生了基因型的更替,近年我国风疹的流行是由1E基因型为主的风疹野病毒的多个传播链引起.