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相似文献
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1.
为分析四份中国丙型肝炎病毒(HCV)阳性血清中包膜蛋白E1/E2基因的准种特征。本研究对从4份中国HCV阳性血清(1b亚型:274、366、383;2a亚型:283)中提取的HCV核酸,采用逆转录-聚合酶反应扩增编码全长E1/E2蛋白(191~764aa)的基因片段,随机挑取多个克隆测序。根据E1/E2基因核苷酸的序列与其他相关序列(来自于GenBank)构建亲缘性关系进化树,进行核苷酸与氨基酸同源性分析并对重要的基因位点进行分析。共获得阳性克隆序列43个(274株10个,283株12个,366株13个,383株8个),发现高变区HVR1、HVR2的基因异质性高,而其他抗体中和表位及跨膜区I、II及N末端糖基化位点相对保守。并首次发现在HCV 2a亚型(283血清)中多个准种序列存在1279nt(E1区,313aa)处单碱基插入优势基因突变,导致HCV包膜蛋白编码突变与中断(E2区,398aa)。本研究对中国HCV代表株包膜蛋白E1/E2编码基因的准种多样性及一种新型插入突变进行了描述,可为进一步研究HCV免疫逃避与慢性化机制提供重要信息。关键词:丙型肝炎病毒;包膜蛋白;序列分析;准种;插入突变  相似文献   

2.
朱汝南  钱渊  赵林清  孙宇  邓洁  王芳 《病毒学报》2011,27(6):557-564
为了探讨北京地区儿童中流行的人偏肺病毒(Human metapneumovirus,hMPV)结构蛋白基因特征,本研究着重对hMPV北京地区地方株的基质蛋白(Matrix protein,M)、小疏水蛋白(Small hydrophobic protein,SH)和粘附蛋白(Attachment protein,G)基因进行了基因特征的分析。本研究对2006年至2010年42株hMPV的M蛋白、49株SH蛋白和55株G蛋白基因特征进行了分析,进化分析显示北京地区流行的hMPV的这3个编码蛋白基因分别属于A2、B1和B2基因亚型。地方株M基因高度保守,A和B基因型之间存在7个氨基酸位点的变异(型内高度保守)。不同基因型(A和B)和不同基因亚型(A2和B1、A2和B2)之间的SH基因的氨基酸同源性在60.7%~64.4%之间,而同一基因亚型内的氨基酸同源性则在93.3%~100%之间;同一基因型不同基因亚型之间(B1和B2)的氨基酸同源性在84.7%~88.7%之间。不同年份不同基因亚型G蛋白具有遗传多样性,使用不同的终止密码、核苷酸缺失和插入导致其核苷酸长度不同,变异程度相当高。不同基因型和不同基因亚型之间的G基因的氨基酸同源性在34.0%~38.6%之间,同一基因亚型内的氨基酸同源性在81.5%~100%之间;同一基因型不同基因亚型之间的氨基酸同源性在64.3%~69.2%之间。2008年至2010年的B2基因亚型的毒株大多数在多个位点出现了相同的氨基酸突变,同时出现了2个氨基酸的插入或重复插入,这些毒株在B2基因亚型内形成了一个新的进化簇。抗原位点预测分析显示不同基因亚型的SH和G蛋白的抗原位点均存在差异。  相似文献   

3.
风疹病毒JR23株包膜糖蛋白E2的遗传与变异分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了探讨风疹病毒(rubella virus,RV)包膜糖蛋白E2的基因与蛋白的遗传与变异特点,利用DNAstar软件比较JR23株与GenBank中各参考株E2的基因与多肽序列,分析不同RV株E2基因之间的同源性及E2蛋白功能关键区的氨基酸变异。结果表明,RV E2基因序列比较保守,但JR23株E2基因序列与其它9个分离株之间有明显差异,变异主要集中在484nt-554nt。同源性为90.3%-92.6%之间,与美国疫苗株RA27/3同源性最高,与美国疫苗株HPV77同源性最低,GendBank中的参考株间同源性较高,在96.3%-100.0%之间。E2多肽变异集中于161aa—185aa,但在E2功能关键区,如N端序列、N联糖基化位点、胞质区等则无明显变异。表明RVK2基因序列相对保守,虽然JR23株与GenBank中各参考株的E2基因序列有明显差异,但JR23株E2蛋白在功能关键区表现出遗传稳定性。此结果为阐明RV分子流行病学特征提供了理论依据,也为研究RV分子进化特征及病毒与宿主细胞的相互作用奠定了坚实基础。  相似文献   

4.
本研究对我国首次分离获得的牛源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)毒株Changchun 184(CC-184)和猪源牛病毒 性腹泻病毒ZM-95进行了遗传衍化关系研究。选择主要抗原E2基因为研究对象,首先应用RT-PCR及套式PCR 克隆得到CC-184和ZM-95的E2片段,通过序列测定发现CC-184和ZM-95 E2基因长度分别为1,122bp和1, 125bp,各自编码374和375个氨基酸残基。核酸序列同源性比较和系统发生分析表明2株病毒均属于BVDV-1, CC-184与Osloss亲缘关系最近,都属于已有的b基因亚型,其E2基因同源性达91.8%。而ZM-95的E2基因有 一个特征性的变异区,包含一个密码子序列插入,这一变异区编码了一段有别于其他瘟病毒的五肽氨基酸序列 HYKKK。结果还表明ZM-95与BVDV-1现有的5个基因亚型的亲缘关系均较远,E2基因同源性最高(与Oregon c24v)只有72.4%。而BVDV-1亚型内毒株间的同源性大于85%,亚型间的同源性在69%~75%之间,充分说明 ZM-95是BVDV-1中一个新发现的基因亚型。通常认为猪源BVDV来源于牛,应该与牛源BVDV有十分近的遗 传关系,但是本研究发现ZM-95与其他已知牛源BVDV较低的基因同源性说明猪源BVDV还具有独立的遗传衍 化与传播来源的可能性。  相似文献   

5.
从GenBank上获得194株不同来源的H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,利用MEGA3分析了HA基N核酸序列碱基突变的特点。并通过比较序列同源性,构建NJ系统进化树,探讨了不同来源的H5N1病毒的系统进化关系。序列分析结果表明,被研究的194条H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,碱基长度大约在1700bp左右,共发现了757个可变位点,其中Parsimony—informative sites有537个,Singleton sites有220个;病毒的变异速率很快,平均变异率为3.23%;病毒的序列变异具有显著的地区特点和时间特点;同时,全球化的贸易以及候鸟的迁徙在传播病毒过程中起一定作用。  相似文献   

6.
张青竹  王云  罗兵 《生物磁学》2013,(26):5030-5036
目的:EB病毒(Epstein.Barrvirus,EBV)感染宿主细胞包括潜伏期和裂解期,它的即刻早期基因BRLFl编码产物Rta蛋白是EBV从潜伏期到裂解期的关键性调节因子。目前,Rta蛋白已成为治疗EBV相关肿瘤的靶蛋白,但有关BRLFl基因在EBV阳性淋巴瘤中的研究甚少,本研究旨在明确EB病毒即刻早期基因BRLFl在EB病毒阳性淋巴瘤组织中的变异规律,探讨其变异意义。方法:原位杂交筛选EB病毒阳性淋巴瘤(BL),提取EB病毒DNA。PCR结合DNA测序检测EBV阳性淋巴瘤中BRLFl基因多态性,应用DNAStar软件对序列进行对比分析。结果:共筛选出27例EBV阳性淋巴瘤标本,在27例BL阳性标本中成功扩增BRLFl基因,与B95—8标准序列比对分析,共发现20处无义突变和19处有义突变。8例属于BR1-A亚型,18例属于BRl—C亚型,1例属于BRl-E亚型,其中以BRl-A亚型和BRl-C亚型最为常见,分别为29.6%(8/27)、66.7%(18/27)。与EBVaGC、NPC和1W相比,4种人群BRLFl亚型的分布不同,其中BRl-A亚型更多出现在健康人群中,BRl-C亚型更多出现在NPC和BL中。在Rta蛋白功能区中,二聚体区域呈高度保守,在DNA结合区域和反式激活区域均检测出序列突变,16种CTL抗原表位中,只有NAA、QKE和ERP表位发生改变,且NAA和QKE在健康人群中突变率较高。结论:山东地区EB病毒阳性淋巴瘤BRLFl基因变异类型主要为BRl-A亚型和BRl-C亚型。BRl-C亚型可能与BL相关,发生在Rta蛋白DNA结合区域和反式激活区域的突变可能对其功能产生影响,多数CTL表位序列保守提示BRLFl可以用作EBV相关淋巴瘤免疫治疗的靶基因。  相似文献   

7.
探讨HCV准种在NS2区的基因结构特征及变异状况。利用逆转录-巢式PCR从1份HCV慢性携带者的阳性血清及1份丙肝患者的血清中获得HCV NS2全长cDNA,将其克隆于T载体,各随机挑取5个阳性克隆进行序列测定,结果显示克隆到HCV NS2全长基因,所测克隆在核苷酸水平和氨基酸水平互不相同。该慢性携带者HCV NS2区序列以完整读码框架(ORF)为主,一个于HCV多聚蛋白第835位氨基酸的位置出现终止信号,而该丙型肝炎患者以NS2N端发现终止信号的序列为主,其中三个于第835位氨基酸的位置出现终止信号,一个于第887位氨基酸的位置出现终止信号,仅一个克隆的序列为完整ORF。对ORF完整的序列进行比较,发现丙型肝炎患者氨基酸变异主要集中于N端,蛋白二级结构模拟显示丙肝患者NS2与慢性携带者的优势二级结构类似,研究表明从我们选择的两种感染者的HCV NS2序列看,不同临床类型的HCV病人体内的HCV准种在NS2区存在差异,这种差异可能与病毒存在于机体的状态一定的一致性。  相似文献   

8.
按照时间和亚型筛选丙型肝炎病毒5个主要基因(E1、E2、NS3、NS5A和NS5B)的正选择位点,并分析其变化规律。研究结果表明这些基因在总体上均受到纯化选择压力(平均ω<1),且大小依次是E2相似文献   

9.
皮肤寻常疣的发生与多种基因型别HPV的感染密切相关.本研究利用PCR方法对1例临床罕见的寻常疣患者感染的HPV-2毒株LCR及E2基因序列进行扩增、测序,分别构建含HPV-2变异株及原毒株LCR的重组CAT基因报导质粒pBLCAT-LCR和表达突变及野生型E2蛋白的重组真核表达质粒pcDNA3.1-E2,通过瞬时转染HeLa细胞,研究变异株启动子活性及突变E2蛋白的转录抑制作用.结果显示,患者感染的HPV-2变异株LCR及E2基因均存在多处点突变.变异株早期启动子活性明显高于原毒株;突变的E2蛋白转录抑制作用较野生型E2蛋白显著降低;变异株LCR上E2结合位点核苷酸的突变明显降低E2蛋白对病毒早期启动子的抑制作用.提示HPV-2变异株启动子活性增强及突变E2蛋白转录抑制作用的降低与这一罕见巨大寻常疣临床表型之间存在着重要的联系.  相似文献   

10.
本研究旨在了解本地区丙型肝炎病毒(Hepatitis Cvirus,HCV)基因型构成的前提下,分析1b型丙型肝炎病毒包膜2(second envelope glycoprotein E2)区的变异和种系进化,并研究其准种变异与临床肝病活动度的关系.对宜兴市人民医院收集的抗HCV抗体阳性患者166名,RT-PCR方法检测HCVRNA,HCVRNA阳性患者采用型特异性引物分型法确定病毒基因型;选择其中未经干扰素治疗的43例1b型慢性丙型肝炎患者的血清标本,扩增E2区,从中选取肝硬化患者4例,慢性非肝硬化患者6例的E2区PCR产物纯化测序,序列采用CLUSTALW与GENBANK上多株不同型别的HCV序列进行比对分析,结果采用Phylip软件构建遗传进化树;并观察E2区高变区1(HVR-1)的氨基酸(amino acid,aa)残基序列的变异特征;采用单链构象多态性垂直电泳检测43例患者个体内HCV E2区准种的变异情况,比较不同肝病活动度患者准种变异情况.结果表明本地区HCV以1b型为主(84.3%),对E2区基因序列和氨基酸序列变异的分析显示其变异具有一定的规律性,种系进化树提示本地区HCV病毒序列与上海、湖南、日本等地的HCV株有较近的亲缘性.43例患者中ALT高于正常的丙型肝炎患者准种复杂程度明显高于ALT正常者(P<0.05).故本地区HCV基因变异符合中国东南部的特点,基因变异与临床肝病活动度具有相关性.  相似文献   

11.
Primary structure of a genome fragment of attenuated strain CS of hog cholera virus (HCV) coding for three surface glycoproteins Erns, E1, and E2 (fragment size 2379 nucleotides) is analyzed. By the nucleotide sequence the homology between strain CS and ten other virulent and attenuated HCV strains in this area is 84.9-94.6%, 87.2-94.6% in gene Erns, 84.6-96.9% in gene E1, and 83.3-94.3% in gene E2. By amino acid sequence the homology is 90.9-94.3%, 92.9-95.0%, 92.3-95.6%, and 88.9-94.1%, respectively. Computer analysis demonstrated philogenetic ratios between these strains and other HCV strains and the areas of potential antigenic differences between CS strain and other HCV strains. The data indicate that strain CS used as live vaccine protecting from HCV contains unique nucleotide and amino acid positions and its evolution history is different from that of analyzed reference strains. The data will be further used for detecting the fine antigenic structure of strain CS surface glycoproteins with the aim of disclosing unique antigenic markers.  相似文献   

12.
利用逆转录套式PCR扩增Ⅲ型中国株HCVE2/NS1基因片段,将其克隆到pcDNA3载体上.采用双脱氧链终止法测定插入片段的核苷酸序列.并与已知分离株的相应区域进行同源性比较.首次克隆出Ⅲ型中国株HCVE2/NS1基因(HC-W14),其核苷酸序列与Ⅲ型日本株HCV(HC-J6)该区域同源性为88.37%,其推定的氨基酸同源性为89.29%.而与已知的非Ⅲ型株HCV该区域相比,核苷酸及氨基酸的同源性均相对较低.Ⅲ型中国株HCV与Ⅱ型中国株HCV在E2/NS1区域有较大的变异,揭示研制我国的HCV疫苗应该考虑这种基因型之间的变异性.  相似文献   

13.
目的研究丙型肝炎病毒(hepatitisCvirus,HCV)编码蛋白E1的生物学功能。方法分别构建编码HCV重要蛋白E1、E2、NS3、NS5a、NS5b的腺病毒载体Ad—E1、Ad—E2、Ad—NS3、Ad—NS5a、Ad—NS5b;将重组并包装的腺病毒分别感染SMMC-7721细胞,测定感染滴度,通过RT—PCR方法在转录水平鉴定HCVE1、E2、NS3、NS5a、NSSb的表达,用Western印迹在蛋白水平鉴定E1蛋白的表达。腺病毒感染SMMC-7721细胞后,通过细胞增殖实验筛选生物学功能最明显的蛋白。将筛选到的Ad—E1感染SMMC-7721细胞,用MTS、结晶紫、细胞周期实验观察体外过表达E1蛋白对感染细胞增殖的影响;Western印迹检测p-ERK、ERK的表达;RT—PCR检测c—Myc、cyclinD1、c—Jun、c.Fos基因的表达。结果成功扩增了能够编码HCV重要蛋白E1、E2、NS3、NS5a、NS5b的高滴度腺病毒Ad—E1、Ad—E2、Ad—NS3、Ad—NS5a、Ad—NS5b,并且通过RT—PCR方法在转录水平鉴定了目的基因的表达,Western印迹方法在蛋白水平鉴定了E1蚩白的表达。通过细胞计数、MTS、结晶紫实验证实Ad—E1感染组细胞较对照组增殖速度加快,细胞周期显示Ad-E1感染组细胞34.38%处于S期,明显高于Ad—GFP(27.32%)(P〈0.05)对照组;Ad-E1感染绢p-ERK蛋白表达量增高,同时与细胞增殖相关的MAPK/ERK下游基因转录水平上凋。结论体外过表达HCVE1蛋白可以明显促进SMMC-7721细胞的增殖,其促增殖作用可能与MAPK/ERK信号通路的活化相关。  相似文献   

14.
应用PCR方法扩增出HCVE2基因编码417a.a-750a.a的DNA片段,克隆到原核表达载体pQE30 LacZ启动子下游,转化JM109菌株。在JM109菌株中诱导表达出N端含6个组氨酸的E2融合蛋白,用Ni-NTA-Superflow亲和层析柱纯化作为抗原免疫实验兔和BALB/c鼠。定期取兔血,采用间接ELISA方法检测兔子体内针对E2的抗体水平和维持规律。结果显示,距初次免疫14d兔子体内已有抗体产生,直至免疫第55d抗体水平持续上升,之后抗体水平保持稳定,抗体滴度达到1:3200。六周后,取鼠脾脏制各淋巴细胞,定向刺激扩增后与经过重组真核表达质粒pCE2转染的P815细胞作用,利用LDH释放试验检测作用效果。在E:T=200:1的情况下,杀伤率超过30%。这些结果表明工程菌株表达的HCVE2蛋白具有良好的免疫原性,可以诱发免疫实验动物机体产生较高滴度的抗体及特异性CTL应答。由此我们认为E2蛋白是发展HCV预防工程蛋白疫苗的合适候选者。  相似文献   

15.
目的:重组表达肠道病毒71型(EV71)外壳蛋白VP1全长,用于研制血清学检测试剂和疫苗研发。方法:在获得EV71全长基因并测序正确的基础上,将外壳蛋白VP1全长基因克隆到表达载体pET28a(+)上,构建重组表达质粒pET28a(+)/VP1,转化大肠杆菌BL21,IPTG诱导表达,利用Ni2+亲和层析柱对重组蛋白进行纯化,采用双抗原夹心检测技术评价重组抗原与27份EV71抗体阳性血清和18份阴性血清的反应情况。结果:重组EV71-VP1蛋白在大肠杆菌中诱导6 h后可获得高效表达,能与27份EV71抗体阳性血清中的21份发生阳性反应,EV71双抗原夹心检测与中和血清测试结果具有很好的一致性(P0.05)。结论:实现了肠道病毒71型外壳蛋白VP1的高效表达,为肠道病毒71型诊断试剂和疫苗的研究奠定了基础。  相似文献   

16.
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)是一种严重危害人类健康的病原体,全球感染率约3%,中国普通人群抗HCV阳性率约3.2%。然而,到目前为止,HCV感染还没有有效的治疗方法。近年的研究发现,HCV非结构蛋白NS2在HCV感染中扮演着重要角色,具有许多重要功能。NS2可以在HCV病毒的包装过程中发挥其功能,还可调节宿主细胞的基因表达及凋亡过程。此外,NS2蛋自还可参与NS5A磷酸蛋白的高度磷酸化修饰过程及为感染性HCV病毒粒子产生所必需。本文综述近几年来关于NS2蛋白的研究进展。  相似文献   

17.
We generated recombinant vesicular stomatitis viruses (VSV) expressing genes encoding hybrid proteins consisting of the extracellular domains of hepatitis C virus (HCV) glycoproteins fused at different positions to the transmembrane and cytoplasmic domains of the VSV G glycoprotein (E1G and E2G). We show that these chimeric proteins are transported to the cell surface and incorporated into VSV virions efficiently. We also generated VSV recombinants in which the gene encoding the VSV G protein was deleted and replaced by one or both of the E1G and E2G genes, together with a green fluorescent protein gene. These DeltaG viruses incorporated E1G and E2G proteins at levels approximately equivalent to the normal level of VSV G itself, or about 1,200 molecules of each protein per virion. Given the potency of VSV recombinants as vaccines in other studies, this high-level expression and incorporation of HCV proteins into virions could be very important for development of an HCV vaccine. Despite the presence of E1G and E2G proteins at high levels in the virions, these virions did not infect cell lines that have been reported to support at least a low level of HCV infection and replication.  相似文献   

18.
Hepatitis C virus infection (HCV) alarmingly increases worldwide; it causes chronic hepatitis, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma, so there is urgent need of developing effective and sufficient quantity of vaccine. HCV envelope protein E2 is the main target for developing as a vaccine candidate. Presently recombinant proteins can successfully be used as a vaccine for many diseases. This concern, it is challenging to produce sufficient quantities of many recombinant proteins from their expression hosts. One of the main factors affecting the success of expression of foreign genes in heterologous hosts is the divergence of codon usage of the target gene from that used in the expression system. In this study, we optimized the various genotypes of HCV envelope protein E2 gene according to the codon usage of Pichia pastoris and predicted the expression level. Synonymous codon usage of E2 adapted to that used by P. pastoris was estimated using the relative synonymous codon usage value (RSCU), codon adaptation index (CAI) and effective number of codon (ENC). The CAI of optimized HCV E2 sequences was enhanced from 0.638 to 0.833 and %GC was decreased from 56.05 to 44.05; this was significantly (p < 0.01) different from the native sequences. Codon with RSCU value less than one was replaced with most preferred synonymous codons. The ENC values of optimized HCV E2 sequences varied from 47.00 to 47.50, with a mean value of 47.15 and an SD of 0.14. Our study suggested that, from the measured values of predicted expression level, the codon optimized HCV E2 protein could be produced in sufficient quantity in the expression host; knowledge of the codon usage patterns of E2 of various genotypes facilitate the production of a promising unique vaccine candidate for HCV.  相似文献   

19.
目的:在大肠杆菌中表达经密码子优化的人乳头瘤病毒6型(HPV6)L1的融合蛋白。方法:PCR方法扩增HPV6 L1,基因,测序及序列比对后,对基因进行密码子优化并合成优化后的基因HPV6mLI,将其克隆入原核表达载体pGEX4T-1,IPTG诱导融合蛋白在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,SDS-PAGE鉴定表达产物。结果:酶切和测序结果证实HPV6 mL1基因的原核表达载体构建正确;以1mmol/L IPTG于37℃诱导4h,蛋白以包涵体形式表达;表达产物的相对分子质量与预期值一致,为80000。结论:获得大肠杆菌表达的HPV6L1蛋白,为其结构功能研究和疫苗研发提供了基础。  相似文献   

20.
建立一种可高效诱导细胞免疫应答 ,对丙型肝炎病毒 (HCV)感染可能起预防和治疗作用的DNA疫苗。将小鼠Flt3配体 (FL)信号肽和胞外段cDNA插入结构优化的HCV核心 包膜E2融合抗原DNA疫苗pST CE2t,构建成pST CE2t FL。将pST CE2t FL转染COS7细胞 ,Westernblot和ELISA检测表明该重组质粒能表达HCV核心 包膜E2融合抗原和可溶性小鼠FL。分别将pST CE2t、pST CE2t FL和空载体pCI neo肌肉注射接种BALB c小鼠 ,检测小鼠的体液和细胞免疫应答。结果表明两种DNA结构均能在小鼠体内诱生细胞和体液免疫应答 ,但pST CE2t诱导的体液免疫应答强于pST CE2t FL ,而后者诱导的细胞免疫应答明显强于前者。FL能明显增强HCV核心 包膜E2融合抗原DNA疫苗诱导的细胞免疫应答 ,对于发展HCV预防和治疗性疫苗有潜在的应用价值。  相似文献   

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