圆臀大黾蝽(昆虫纲,半翅目,黾蝽科)线粒体全基因组注释(英文)

昆虫纲半翅目异翅亚目黾蝽科圆臀大黾蝽 Aquarius paludum ( Fabricius,1794) 已成为生物学研究的理想生物材料之一,为更全面了解其分子生物学特征,本研究测定了圆臀大黾蝽 Aquarius paludum线粒体基因组全序列。该基因组全长15 380 bp,为双链环状 D N A 分子,包含 13 个蛋白编码基因、22 个 tRNA 基因、2 个 rRNA 基因及一个控制区。其基因排序与已报道的其它大部分异翅亚目类群排列方式相同。该基因组基因排列紧密,共观察到 64 bp 基因间隔 ( 除控制区 781 bp 外) 与 33 bp 基因重叠。全基因组 AT 含量为75. 7 % ,而控制区 AT 含量仅为 66. 2 % ,密码子使用也显示出 AT 使用偏好。13 个蛋白编码基因中,除 COⅠ、ND5 使用 TTG 作为起始密码子外,其余使用 ATV。此外,7 个蛋白编码基因使用常规三联终止密码子 TAA,TAG 作为终止密码子,其余以 T 作为终止密码子,下游为同链编码的tRN A 基因。在 tRN A-Ser ( G C T ) 二级结构中,D HU 臂缺失,未形成典型的三叶草结构。     

THE COMPLETE MITOCHONDRIAL GENOME OF AQUARIUS PALUDUM (FABRICIUS) (INSECTA, HEMIPTERA,GERRIDAE)

昆虫纲半翅目异翅亚目黾蝽科圆臀大黾蝽Aquarius paludum(Fabricius,1794)已成为生物学研究的理想生物材料之一,为更全面了解其分子生物学特征,本研究测定了圆臀大黾蝽Aquarius paludum线粒体基因组全序列.该基因组全长15380 bP,为双链环状DNA分子,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因及一个控制区.其基因排序与已报道的其它大部分异翅亚目类群排列方式相同.该基因组基因排列紧密,共观察到64 bp基因间隔(除控制区781 bp外)与33 bp基因重叠.全基因组AT含量为75.7％,而控制区AT含量仅为66.2％,密码子使用也显示出AT使用偏好.13个蛋白编码基因中,除COⅠ、ND5使用TTG作为起始密码子外,其余使用ATV.此外,7个蛋白编码基因使用常规三联终止密码子TAA,TAG作为终止密码子,其余以T作为终止密码子,下游为同链编码的tRNA基因.在tRNA-Ser (GGT)二级结构中,DHU臂缺失,未形成典型的三叶草结构.     

小长蝽线粒体基因组全序列测定与长蝽总科系统发育分析

为了解小长蝽Nysius ericae(Schilling)线粒体基因组结构及长蝽总科的分子系统发育关系。本试验采用Illumina MiSeq测序平台对小长蝽线粒体基因进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析,利用最大似然法和贝叶斯法构建基于12种长蝽总科昆虫线粒体全基因组核苷酸序列的系统发育树。小长蝽线粒体基因组全长为16 330 bp(GenBank登录号：MW465654),基因组包括13个蛋白编码基因(PCGs),22个tRNA基因,2个rRNA基因和1段非编码控制区。11个蛋白质编码基因的起始密码子为典型的ATN;cox1,nad4l的起始密码子为TTG。cob的终止密码子为TAG,其余蛋白编码基因的终止密码子为TAA。只有trnS1缺少DHU臂,其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。12种长蝽总科昆虫线粒体全基因组序列构建的昆虫系统发育树结果显示,小长蝽与Nysius plebeius具有更近的亲缘关系,且与传统形态学分类基本一致。小长蝽线粒体基因组符合长蝽总科线粒体基因组的一般特征。结果表明小长蝽与N.plebeius的亲缘关系更近。     

红角辉蝽和紫翅果蝽线粒体完整基因组测序及蝽亚科系统发育分析(半翅目: 蝽科)(英文)

【目的】本研究对红角辉蝽Carbula crassiventris和紫翅果蝽Carpocoris purpureipennis完整线粒体基因组测序,以探究蝽亚科(Pentatominae)线粒体基因组特征并重建其系统发育关系。【方法】使用Illumina MiSeq测序平台测定红角辉蝽和紫翅果蝽线粒体基因组全序列,并进行组装和注释。基于这2个种和其他30个蝽亚科分类单元线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的第1和2位密码子以及2个rRNA基因的核苷酸序列,利用贝叶斯和最大似然法重建蝽亚科系统发育树。【结果】红角辉蝽和紫翅果蝽的线粒体基因组全长分别为15 824 和16 575 bp, 包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个控制区。蝽亚科内线粒体基因组基因排列顺序保守且没有发现基因重排。此外,蝽亚科内的碱基组成、密码子使用和RNA结构均较为保守; 控制区重复序列拥有不同的长度、类型和拷贝数。基于贝叶斯法和最大似然法重建的系统发育树显示二星蝽族(Eysarcorini)、果蝽族(Carpocorini)、稻绿蝽族(Nezarini)和Antestiini构成一个稳定分枝。【结论】系统发育分析支持辉蝽属Carbula应属于二星蝽族,而果蝽属Carpocoris、斑须蝽属Dolycoris和珠蝽属Rubiconia同属于果蝽族。     

斐豹蛱蝶线粒体基因组全序列的测定和分析(英文)

该研究对斐豹蛱蝶(Argyreus hyperbius)(鳞翅目:蛱蝶科)线粒体基因组全序列进行了测定和初步分析。结果表明:斐豹蛱蝶线粒体基因全序列全长为15156bp,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA和2个rRNA基因以及1个非编码的A+T富集区,基因排列顺序与其它鳞翅目种类一致;线粒体全序列核苷酸组成和密码子使用显示出明显的A+T偏好(80.8%)和轻微的AT偏移(AT skew,?0.019)。基因组中共存在11个2～52bp不等的基因间隔区,总长96bp;以及14个1～8bp不等的基因重叠区,总长34bp。除COI以CGA作为起始密码子外,13个蛋白质编码基因中的其余12个基因是以ATN作为起始密码子。除COI和COII基因是以单独的一个T为终止密码子,其余11个蛋白质编码基因都是以TAA结尾的。除了缺少DHU臂的tRNASer(AGN),其余的tRNA基因都显示典型的三叶草结构。tRNA(AGN)和ND1之间的基因间隔区包含一个ATACTAA结构域,这个结构域在鳞翅目中是保守的。A+T富集区没有较大的多拷贝重复序列,但是包含一些微小重复结构:ATAGA结构域下游的20bp poly-T结构,ATTTA结构域后的(AT)9重复,以及位于tRNAMet上游的5bp poly-A结构等。这项研究所揭示的斐豹蛱蝶的线粒体基因组特征,不仅为认识蛱蝶科的遗传多样性贡献数据,而且对于该物种的保护生物学、群体遗传学、谱系地理及演化研究等具有重要意义。     

大壁虎线粒体基因组全序列及其结构(英文)

采用长PCR扩增、克隆和引物步行等方法,测定了大壁虎(Gekkogecko)线粒体基因组全序列。序列全长16435bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因。基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构、较低的碱基G含量、对碱基T的偏好以及GC和AT偏斜,都与大部分脊椎动物相同或相近。但有些特征揭示了壁虎类的原始性蛋白质编码基因密码子第3位表现为对碱基A的偏好,更接近两栖类和鱼类而不是羊膜动物;标准终止密码子(TAA)只出现于3个蛋白质编码基因中,比大部分脊椎动物少。tRNA基因核苷酸长度为63～76nt,除了tRNACys和tRNASer(AGY)缺少D臂,其余的二级结构均呈典型的三叶草状。     

斑翅草螽线粒体基因组序列测定与分析

已经测定的昆虫线粒体基因组中, 直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短, 仅70 bp。为此, 本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序列注释发现: 斑翅草螽线粒体基因组序列全长15 898 bp, A+T含量为72.05%, 基因排列与典型的节肢动物线粒体基因组一致。全部蛋白质编码基因以典型的ATN作为起始密码子, 9个蛋白质编码基因具有完整的终止密码子, 其余4个以不完整的T作为终止信号。除trnS^AGN外, 其余21个tRNAs均可折叠形成典型的三叶草结构, 依照Steinberg等(1997)线粒体特殊tRNA结构类型-9, trnS^AGN的DHU臂形成一个7 nt环, 反密码子臂则长达9 bp, 含1个突起碱基, 而不是正常的5 bp。斑翅草螽与其他直翅目昆虫线粒体基因组的主要区别在于, 在trnS^UCN和nad1, nad1和trnL^CUN基因间各存在一段罕见的、大段的基因间隔序列, 长度分别为78 bp和360 bp。其中, 位于nad1和trnL^CUN之间的基因间隔序列N链可形成一个包含完整起始、终止密码子(ATT/TAA)、编码103个氨基酸的未知开放阅读框。同义密码子使用偏好与线粒体基因组编码的tRNA反密码子匹配情况无关, 但与密码子第3位点的碱基组成紧密相关; 相对密码子使用频率(relative synonymous codon usage, RSCU)大于1的密码子, 其第3位点全部是A或T。在已经测定的直翅目昆虫线粒体基因组tRNAs中, 均存在一定数量的碱基错配, 且以G-U弱配对为主, 表明G-U配对在线粒体基因组中可能是一种正常的碱基配对形式。本研究测定的斑翅草螽线粒体基因组序列, 和先前已经测定的直翅目线粒体基因组序列一起, 可以为重建直翅目的进化历史提供数据资源。     

柳紫闪蛱蝶线粒体基因组全序列及与相关蛱蝶类的比较分析(英文)

该文对柳紫闪蛱蝶Apaturailia(鳞翅目:蛱蝶科)的线粒体基因组全序列进行了测定,同时结合其它已知蛱蝶类的相应序列进行了比较分析。结果显示:柳紫闪蛱蝶的线粒体基因组(GenBankaccessionno.:JF437925)是一个15242bp的环状DNA分子,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因。13个蛋白编码基因中,除了COI基因的起始密码子是CGA外,其余12个蛋白编码基因都具有标准的ATN起始密码子;柳紫闪蛱蝶与其它已测的10种蛱蝶在基因定位和排列顺序方面几乎相同,只是在非编码序列上存在细微的差异,其核苷酸的构成及密码子使用频率都处于鳞翅目昆虫的范围之内。22个的tRNA基因中,除了tRNASer(AGN)缺少DHU臂,其余的tRNA基因都显示为典型的三叶草结构。基因组共存在9处基因间重叠区(总长度为33bp)以及12个基因间隔区(总长为155bp,最长间隔是49bp,最短的是1bp)。在ND6和Cytb间的间隔区中还发现有(TA)23似微卫星结构。与其他蛱蝶类相似,403bp的AT富集区包含有ATAGA,ATTTA二个保守模块(一个21bp的poly-T,一个10bp的poly-A),以及二个似微卫星的重复结构((TA)10和(TA)7)。     

红足壮异蝽Urochela quadrinotata Reuter线粒体基因组的测定与分析

研究测定并分析了红足壮异蝽Urochela quadrinotata Reuter的线粒体基因组全序列。该线粒体基因组全长16585bp(GenBank登录号为JQ743678),A+T含量为75.4%,共编码35个基因,包括13个蛋白质基因、20个tRNA基因(两个tRNA基因,即tRNAIle和tRNAGln未被检测到)、2个rRNA基因及一段较长的非编码区(控制区,亦称A+T富含区)。基因排序与大部分昆虫的线粒体基因排列方式相同,没有发生基因重排。除tRNASer(AGN)的DHU臂无法形成典型的茎环结构,其余tRNA基因均能稳定形成典型的三叶草二级结构。预测了红足壮异蝽16S和12S rRNA的二级结果,分别包括6个结构域43个茎环和3个结构域27茎环。控制区含一个长1652bp的串联重复区域,由16个串联重复单元组成。     

ANALYSIS OF COMPLETE MITOCHONDRIAL GENOME OF SASAKIA CHARONDA COREANA (LEPIDOPTERA, NYMPHALIDA)

通过PCR步移法对大紫蛱蝶Sasakia charonda coreana线粒体基因组全序列进行了测定和分析.分析结果表明:大紫蛱蝶线粒体基因组全长15 233 bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因以及长度为381bp的非编码区.A、T、C、G碱基含量分别为39.7％、40.2％、12.2％、7.9％.9个蛋白编码基因和14个tRNA基因在J链编码,其余4个蛋白编码基因和8个tRNA基因在N链编码,基因排列顺序与其它已知鳞翅目昆虫相同.13个蛋白编码基因中除COⅠ以CGA作为起始密码外,其余蛋白质基因均以ATN作为起始密码子,终止密码子多数为典型的TAA、TAG,只有COⅡ和ND4以单独的T作为终止密码子.在所测得的22个tRNA基因中,除tRNASer (AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构.与其它多数鳞翅目昆虫一样,大紫蛱蝶的非编码区序列中散在着一些长短不一的串联重复单元,在与其近缘物种非编码区的比较当中并未发现共同的保守序列区.     

大豆蚜线粒体基因组序列测定与分析

采用LongPCR和引物步移法测得大豆蚜Aphis glycines Matsumura线粒体基因组约90%的序列,并与蚜总科Aphidoidea已报道的3种蚜虫进行了比较。结果表明:已测得的序列长度为13696bp,AT含量为83.3%;蛋白质编码基因起始密码子都为ATN,COI、ND4、CYTB、ND2使用不完整终止密码子T,其余都使用常见终止密码子TAA;15个tRNA基因除tRNA-W外都能折叠成典型的三叶草二级结构。比较大豆蚜、豌豆蚜Acyrthosiphon pisum(Harris)、麦二叉蚜Schizaphis graminum(Rondani)和葡萄根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae(Fitch)的线粒体基因组,结果表明4个种均具有后生动物线粒体基因组中常见的基因,基因顺序与假想昆虫祖先的排列方式相同,但豌豆蚜包含3个tRNA-M;蛋白质编码基因的起始密码子都为ATN,除葡萄根瘤蚜外,其他3种蚜虫的COⅠ、ND4使用不完整终止密码子T;tRNA-W的二级结构中都存在TψC臂中"茎"的结构缺失,只有环的结构;而蛋白质编码基因使用最频繁的氨基酸略有不同,大豆蚜为Leu,豌豆蚜和麦二叉蚜为Ile;大豆蚜和麦二叉蚜的ND4/ND4L都存在7bp的重叠序列,而豌豆蚜和葡萄根瘤蚜没有发现此现象。     

强壮粗体虫的线粒体基因组及棘头虫的系统发育研究

通过长距离PCR方法,克隆了鳜（Siniperca chuatsi Basilewsky）肠道内寄生虫强壮粗体虫（Hebesoma violentum Van Cleave）线粒体基因组全长序列,共13393 bp （GenBank登录号:KC415004）,有36个基因,其中蛋白编码基因12个,核糖体基因2个,tRNA22个。所有基因均由线粒体基因组同一条链按同一个方向转录。利用该线粒体基因组和已经报道的一些轮虫纲种类的线粒体基因组序列,构建了棘头虫和轮虫的系统发育树。系统发育研究表明:包括强壮粗体虫、隐藏新棘虫Pallisentis celatus（Van Cleave）和Paratenuisentis ambiguous（Van Cleave）在内的始新棘头虫纲（Eoacanthocephala）与古棘头虫纲（Palaeacanthocephala）亲缘关系较近,聚为一枝后再与原棘头虫纲（Archiacanthocephala）聚在一起;棘头虫与双巢类轮虫（Bdelloid）亲缘关系最近,聚为一枝,然后再与单巢类轮虫（Monogonont）聚在一起,表明棘头虫和轮虫具有较近的亲缘关系。       

大紫蛱蝶线粒体基因组全序列分析

通过PCR步移法对大紫蛱蝶Sasakia charonda coreana线粒体基因组全序列进行了测定和分析。分析结果表明:大紫蛱蝶线粒体基因组全长15233bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因以及长度为381bp的非编码区。A、T、C、G碱基含量分别为39.7%、40.2%、12.2%、7.9%。9个蛋白编码基因和14个tRNA基因在J链编码,其余4个蛋白编码基因和8个tRNA基因在N链编码,基因排列顺序与其它已知鳞翅目昆虫相同。13个蛋白编码基因中除COⅠ以CGA作为起始密码外,其余蛋白质基因均以ATN作为起始密码子,终止密码子多数为典型的TAA、TAG,只有COⅡ和ND4以单独的T作为终止密码子。在所测得的22个tRNA基因中,除tRNA Ser(AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构。与其它多数鳞翅目昆虫一样,大紫蛱蝶的非编码区序列中散在着一些长短不一的串联重复单元,在与其近缘物种非编码区的比较当中并未发现共同的保守序列区。     

泽蛙雌核单倍体几种同工酶基因表达的研究

本研究用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳,比较泽蛙雌核生殖单倍体和泽蛙二倍体在鳃盖闭合期的乳酸脱氢酶同工酶(LDH)、苹果酸脱氢酶同工酶(MDH)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶同工酶(G-6-PDH)和酯酶同工酶(EST)的表型。实验表明,单倍体的上述同工酶区带数和活力与同胚期的二倍体比较,差异甚大。由此,作者认为,泽蛙单倍体问工酶基因的表达异常是由于缺少另一套染色体基因的相互作用。     

池蝶蚌线粒体基因组全序列分析

采用普通PCR扩增、SHOT-GUN测序、软件拼接首次获得了池蝶蚌（Hyriopsis schlegelii）线粒体基因组全序列。线粒体基因组全长为15939 bp,由13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个SrRNA基因和28个长度为1393 bp的非编码区组成;除ND3-ND5、ND4L、ATP6、ATP8、COX1-COX3、tRNA-D、tRNA-H之外,其他大多数基因在L链编码。池蝶蚌线粒体全基因组序列、蛋白编码基因、tRNA基因、rRNA基因及非编码区的A+T含量分别为60.36%、59.84%、61.7%、60.23%及62.5%,与其他淡水蚌类一致,均表现出A+T偏好性,淡水蚌类线粒体基因组长度的差异主要表现在非编码区长度的差异。池蝶蚌mtDNA的COX2-12SrRNA区域基因排列存在差异,是ND3、tRNAHis、tRNAAla、tRNASer1、tRNASer2、tRNAGlu、ND2、tRNAMet 8个基因发生重组造成。22个tRNA基因都具有典型的三叶草二级结构,tRNA-E与 tRNA-W间的非编码区含有一个ORF区,而控制区并未发现。从GenBank上下载的14种双壳纲贝类的mtDNA序列构建的系统进化树,显示池蝶蚌与三角帆蚌亲缘关系最近。研究结果为淡水珍珠蚌线粒体基因重排及进化特征提供理论依据。       

Gene space dynamics during the evolution of Aegilops tauschii, Brachypodium distachyon, Oryza sativa, and Sorghum bicolor genomes

Nine different regions totaling 9.7 Mb of the 4.02 Gb Aegilops tauschii genome were sequenced using the Sanger sequencing technology and compared with orthologous Brachypodium distachyon, Oryza sativa (rice), and Sorghum bicolor (sorghum) genomic sequences. The ancestral gene content in these regions was inferred and used to estimate gene deletion and gene duplication rates along each branch of the phylogenetic tree relating the four species. The total gene number in the extant Ae. tauschii genome was estimated to be 36,371. The gene deletion and gene duplication rates and total gene numbers in the four genomes were used to estimate the total gene number in each node of the phylogenetic tree. The common ancestor of the Brachypodieae and Triticeae lineages was estimated to have had 28,558 genes, and the common ancestor of the Panicoideae, Ehrhartoideae, and Pooideae subfamilies was estimated to have had 27,152 or 28,350 genes, depending on the ancestral gene scenario. Relative to the Brachypodieae and Triticeae common ancestor, the gene number was reduced in B. distachyon by 3,026 genes and increased in Ae. tauschii by 7,813 genes. The sum of gene deletion and gene duplication rates, which reflects the rate of gene synteny loss, was correlated with the rate of structural chromosome rearrangements and was highest in the Ae. tauschii lineage and lowest in the rice lineage. The high rate of gene space evolution in the Ae. tauschii lineage accounts for the fact that, contrary to the expectations, the level of synteny between the phylogenetically more related Ae. tauschii and B. distachyon genomes is similar to the level of synteny between the Ae. tauschii genome and the genomes of the less related rice and sorghum. The ratio of gene duplication to gene deletion rates in these four grass species closely parallels both the total number of genes in a species and the overall genome size. Because the overall genome size is to a large extent a function of the repeated sequence content in a genome, we suggest that the amount and activity of repeated sequences are important factors determining the number of genes in a genome.     

Genomic,Proteomic, Morphological,and Phylogenetic Analyses of vB_EcoP_SU10, a Podoviridae Phage with C3 Morphology

A recently isolated phage, vB_EcoP_SU10 (SU10), with the unusual elongated C3 morphotype, can infect a wide range of Escherichia coli strains. We have sequenced the genome of this phage and characterized it further by mass spectrometry based proteomics, transmission electron microscopy (TEM), scanning electron microscopy (SEM), and ultra-thin section electron microscopy. The genome size is 77,327 base pairs and its genes, and genome architecture, show high similarity to the phiEco32 phage genes and genome. The TEM images reveal that SU10 have a quite long tail for being a Podoviridae phage, and that the tail also changes conformation upon infection. The ultra-thin section electron microscopy images of phages at the stage of replication within the host cell show that the phages form a honeycomb-like structure under packaging of genomes and assembly of mature capsids. This implies a tight link between the replication and cutting of the concatemeric genome, genome packaging, and capsid assembly. We have also performed a phylogenetic analysis of the structural genes common between Podoviridae phages of the C1 and C3 morphotypes. The result shows that the structural genes have coevolved, and that they form two distinct groups linked to their morphotypes. The structural genes of C1 and C3 phages appear to have diverged around 280 million years ago applying a molecular clock calibrated according to the presumed split between the Escherichia – Salmonella genera.     

Distribution, expression, and motif variability of ankyrin domain genes in Wolbachia pipientis

The endosymbiotic bacterium Wolbachia pipientis infects a wide range of arthropods, in which it induces a variety of reproductive phenotypes, including cytoplasmic incompatibility (CI), parthenogenesis, male killing, and reversal of genetic sex determination. The recent sequencing and annotation of the first Wolbachia genome revealed an unusually high number of genes encoding ankyrin domain (ANK) repeats. These ANK genes are likely to be important in mediating the Wolbachia-host interaction. In this work we determined the distribution and expression of the different ANK genes found in the sequenced Wolbachia wMel genome in nine Wolbachia strains that induce different phenotypic effects in their hosts. A comparison of the ANK genes of wMel and the non-CI-inducing wAu Wolbachia strain revealed significant differences between the strains. This was reflected in sequence variability in shared genes that could result in alterations in the encoded proteins, such as motif deletions, amino acid insertions, and in some cases disruptions due to insertion of transposable elements and premature stops. In addition, one wMel ANK gene, which is part of an operon, was absent in the wAu genome. These variations are likely to affect the affinity, function, and cellular location of the predicted proteins encoded by these genes.     

Legume anchor markers link syntenic regions between Phaseolus vulgaris, Lotus japonicus, Medicago truncatula and Arachis

We have previously described a bioinformatics pipeline identifying comparative anchor-tagged sequence (CATS) loci, combined with design of intron-spanning primers. The derived anchor markers defining the linkage position of homologous genes are essential for evaluating genome conservation among related species and facilitate transfer of genetic and genome information between species. Here we validate this global approach in the common bean and in the AA genome complement of the allotetraploid peanut. We present the successful conversion of approximately 50% of the bioinformatics-defined primers into legume anchor markers in bean and diploid Arachis species. One hundred and four new loci representing single-copy genes were added to the existing bean map. These new legume anchor-marker loci enabled the alignment of genetic linkage maps through corresponding genes and provided an estimate of the extent of synteny and collinearity. Extensive macrosynteny between Lotus and bean was uncovered on 8 of the 11 bean chromosomes and large blocks of macrosynteny were also found between bean and Medicago. This suggests that anchor markers can facilitate a better understanding of the genes and genetics of important traits in crops with largely uncharacterized genomes using genetic and genome information from related model plants.