基于Web of science数据库的ACC脱氨酶研究文献计量分析

随着土壤环境日益恶化,ACC脱氨酶(1-Aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase)提高植物抗逆性及生态修复功能越来越受到关注。基于文献数据库,客观分析当前国际ACC脱氨酶研究的发展动态,旨在推动我国ACC脱氨酶相关研究及其在土壤污染修复中的应用。基于Web of science数据库,采用文献计量学方法,对全球发表于1991-2016年的ACC脱氨酶研究论文的国家、机构、作者、研究领域、期刊及关注热点进行统计分析。ACC脱氨酶全球论文数量在近几年呈现出持续增长态势。其中印度、加拿大和巴基斯坦在ACC脱氨酶研究领域处于国际领先地位,加拿大的发文量和发文影响力均位于首位,研究力量集中,研究人员实力较强。中国在ACC脱氨酶方面的研究起步较晚,发文数量虽然排名全球第四,但其影响力较低。全球范围内,ACC脱氨酶的研究内容主要集中在农业生产及环境修复两个方面。中国从微生物生态学、植物与微生物互作及植物修复等多个方向开展研究,也是今后值得重点关注和跟踪研究的方向。加拿大的研究力量处于国际领先水平。我国在该领域的研究起步晚,但近五年发展速度较快,关注热点体现出一定的特色和前瞻性,今后要注重高水平论文的发表,同时加强与高水平研究机构之间的合作,带动该领域研究力量的整体提升。     

基于Web of Science的生物信息学文献分析

利用文献计量学方法,统计分析了1995—2007年11月Web of Science收录的生物信息学（bioinformatics）研究文献,探讨了生物信息学文献研究的年代分布、语种、期刊分布、作者、文献类型、主题分布以及发文量前10名的国家和机构,以期了解世界各国在这一研究领域的进展情况。     

植物合成生物学领域发展态势的文献计量分析

合成生物学作为一种颠覆性技术可应用于农业领域的创新发展,解决当前农业学科中的瓶颈问题。利用文献计量学方法从领域发表论文的时序数量分布、主题分布等探测当前合成生物学的基本态势。基于领域的主题分布可知,其中植物合成生物学这一主题是稳定存在的且主题规模处于稳定增长趋势。聚焦植物合成生物学这一主题方向,在构建引文网络的基础上利用主路径分析方法从知识流动角度探测植物合成生物学领域重要知识节点,内容涵盖介子油苷生物合成途径,重要催化酶功能解析、转录因子的调控作用,组学方法的应用,利用微生物酵母进行生物物质合成,这些内容表征了合成生物的核心理论技术。     

植物合成生物学领域发展态势的文献计量分析

合成生物学作为一种颠覆性技术可应用于农业领域的创新发展,解决当前农业学科中的瓶颈问题。利用文献计量学方法从领域发表论文的时序数量分布、主题分布等探测当前合成生物学的基本态势。基于领域的主题分布可知,其中植物合成生物学这一主题是稳定存在的且主题规模处于稳定增长趋势。聚焦植物合成生物学这一主题方向,在构建引文网络的基础上利用主路径分析方法从知识流动角度探测植物合成生物学领域重要知识节点,内容涵盖介子油苷生物合成途径,重要催化酶功能解析、转录因子的调控作用,组学方法的应用,利用微生物酵母进行生物物质合成,这些内容表征了合成生物的核心理论技术。     

基于Web of Science的国际海草研究文献计量评价

海草及其与周围环境形成的海草场是近海海洋生态系统的重要组成部分,具有多种重要的生态服务功能。相较于红树林和珊瑚礁,国内外学者和公众对海草的关注度偏低,至今对国际海草研究的现状、趋势和热点等的认识还较为有限。检索了1983-2017年Web of Science的SCI-E数据库中收录的海草研究相关文献,借助文献计量信息可视化分析方法,从年度发文量、研究力量和研究热点与主题等方面进行了较为系统的文献计量评价,以期阐明国内外海草研究的态势与热点。结果表明:1983-2017年间国际海草研究的文献数量总体呈明显上升趋势,该领域发文量排前3位的国家是美国、澳大利亚和西班牙;全球发文量最多的机构是佛罗里达州立大学,其次是西班牙高等科学研究理事会与美国国家海洋和大气管理局;发文总量较多的作者是Duarte CM、Marba N和Fourqurean JW,近3年发文量最高的是学者Santos R;刊文量最多的期刊分别是《Marine Ecology Progress Series》、《Aquatic Botany》和《Estuarine, Coastal and Shelf Science》,刊文量前15期刊中影响因子最高的是《Limnology and Oceanography》(3.969)。在国家、机构与作者合作方面,西班牙、丹麦、荷兰、墨西哥4个国家形成了关系密切的合作网络,西班牙高等科学研究理事会和美国国家海洋和大气管理局是海草研究机构合作网络中的两个中心,Duarte CM、Marba N等较多学者间有紧密的学术合作关系。通过高频关键词的关联关系分析,表明该领域的3个热点研究主题,即环境(污染)胁迫对海草场的影响、海草的生长与生理生态和海草及其相关生态系统的结构与功能。中国科学院、中国海洋大学等机构为我国海草研究做出了重要贡献,但由于研究起步较晚,我国学者的发文量、篇均被引频次等与欧美国家学者存在一定差距,但近几年的发文量增长迅速,预计未来的发展趋势良好。     

生物信息学跨学科研究

目的:研究生物信息学起源、发展趋势,与其他学科相互交叉渗透关系的发展及强度。方法:利用美国《科学引文索引》(SCI)数据库web of science,运用文献计量学方法对8种权威生物信息学期刊2001年至2010年于2011年1月15日之前上传至webof science的全部文献进行统计及分析。通过研究生物信息学相关论文的主题分类,被引情况及施引文献的分类,寻找其跨学科的趋势及相关研究领域的进展情况、主要内容。结果:生物信息学的相关文献数在2001-2010间逐年增加,在2009-2010年达到高峰。跨学科领域广泛,并以生物化学、分子生物学、计算生物学、微生物学、数学、统计学等学科为主要交叉学科。各交叉学科与生物信息学之间跨学科研究的文献数也呈逐年递增趋势。结论:生物信息学的跨学科范围广泛,发展迅速。     

基于Web of Science数据库扩张型心肌病研究的文献计量学分析

目的:对扩张型心肌病(Dilated Cardiomyopathy,DCM)的研究,目前仍是国际上对于原发性心肌病研究的热点问题。本文针对DCM相关领域的研究文献进行计量分析,从而进一步深入了解国际DCM研究进展,为该研究的相关领域提供参考。方法:基于(SCIE)引文数据库为检索对象,检索2003-2012年DCM的所有相关文献,分别对不同国家和地区、著者、机构、文献来源期刊及论文学科分布等进行统计分析。结果:共检索出DCM研究文献12728篇,研究论文发表共涉及了107个国家和地区,美国的发文数最多4500篇,占35.36%,其次为德国和日本。中国居第9位,504篇占总发文量的3.96%;主要刊登期刊涵盖了国际上心血管领域的15种知名期刊;研究热点涉及心血管系统及脏病学、分子生物学、基因遗传学等学科。结论:目前DCM研究仍是人们关注的一个热点,美国、德国、日本等发达国家在该领域的研究居领先水平,中国在这一领域也做出了贡献。与领先国家和机构相比,我国亟需进一步加强对DCM的研究。为我国进一步了解和深入研究DCM的方向提出参考。     

基于非核糖体肽的文献计量分析

许多临床上的重要抗生素来源于微生物生产的非核糖体肽类天然产物或者聚酮-非核糖体肽杂合体类天然产物,本文选取了近5年Web of Science上关于非核糖体肽的国际期刊文献,采用文献计量、统计分析等方法展示非核糖体肽研究领域的热点方向,探究了该领域的发展趋势,以期为进一步研究提供参考.     

基于近10年红球菌发展的文献计量分析

【背景】近些年,越来越多的研究集中在红球菌上,很少有研究人员对现有文献进行全面回顾。【目的】为了探究国内外红球菌领域的研究热点、前沿和未来发展趋势,以便为后续研究人员提供全面直观的参考。【方法】对近10年发表在Web of Science的红球菌领域论文进行统计分析和文献计量分析。通过VOSviewer文献可视化软件绘制作者标签视图和关键词共现网络图。【结果】全球有关红球菌领域的发文量总体呈逐年上升趋势,发表期刊多为微生物学领域的专科期刊,中国和美国的文章发表数和引用数远超其他国家,红球菌的研究内容也主要集中在生物催化、生物降解和非核糖体肽合成酶等方面。【结论】红球菌在世界范围内越来越受到重视,并逐渐成为研究热点,国家和研究机构应继续加强合作,推动红球菌领域的继续发展。     

植物共生信号的文献计量分析

利用Science Citation Index引文数据库检索2006—2015年间植物共生信号研究的文献,分别从植物共生信号研究的国家、机构的发文量、被引频次、高被引论文及研究方向等进行统计分析,从文献计量学的角度分析近10年来植物共生信号研究的发展状况。结果显示2006—2015年间共有植物共生信号文献3724篇,近10年来文献量逐渐增多,主要研究方向是植物科学、微生物学、生物化学与分子生物学、遗传学等。美国、法国、德国等国家在该领域内影响力大,中国近几年在该领域的研究动态也比较活跃,但距离世界先进水平还有一定的差距。由此可见,植物共生信号研究日益引起人们的关注,美国等发达国家在该领域占有绝对优势,中国还处在起步阶段,应进一步提高对该领域研究的关注和研究水平。     

合成生物学领域专利竞争态势分析

合成生物学是生物学、工程学、化学和信息技术等相互交叉融合的一个新兴领域,在医学、药物、农业、材料、环境和能源等领域具有广阔的应用前景,甚至可能创造出自然界中没有的新生物,被视为生物科技领域的颠覆性技术。分析了合成生物学领域主要国家和地区的相关发展战略、资助项目和政策措施,总结了合成生物学领域专利技术的发展历程,揭示了该领域的专利研发主题分布情况,综合对比分析了该领域的主要国家和主要机构的专利产出情况,以期为我国合成生物学领域的科研工作者和管理决策者提供参考数据。     

合成生物学应用产品开发现状与趋势

目的：从产品开发角度分析全球合成生物学发展现状和趋势。方法：在伍德罗·威尔逊国际学者中心的合成生物学产品和应用清单（synthetic biology products and applications inventory）的数据基础上,对全球合成生物学产品的开发状态、市场应用和发展前景等进行补充检索和分析。结果：至2015年,全球至少已有81家企业（或研究机构）的116种合成生物学产品得到了市场应用开发,主要开发者为美国企业（或研究机构）,产品主要集中于化学和医药领域。结论：合成生物学实现了从生物学分析向生物学合成的范式转移,其产品开发将给一系列的行业带来深刻的变革。     

Synthetic Genomics and Synthetic Biology Applications Between Hopes and Concerns

New organisms and biological systems designed to satisfy human needs are among the aims of synthetic genomics and synthetic biology. Synthetic biology seeks to model and construct biological components, functions and organisms that do not exist in nature or to redesign existing biological systems to perform new functions. Synthetic genomics, on the other hand, encompasses technologies for the generation of chemically-synthesized whole genomes or larger parts of genomes, allowing to simultaneously engineer a myriad of changes to the genetic material of organisms. Engineering complex functions or new organisms in synthetic biology are thus progressively becoming dependent on and converging with synthetic genomics. While applications from both areas have been predicted to offer great benefits by making possible new drugs, renewable chemicals or clean energy, they have also given rise to concerns about new safety, environmental and socio-economic risks – stirring an increasingly polarizing debate. Here we intend to provide an overview on recent progress in biomedical and biotechnological applications of synthetic genomics and synthetic biology as well as on arguments and evidence related to their possible benefits, risks and governance implications.     

群体感应系统在合成生物学中的应用*

群体感应(quorum sensing, QS)是一种广泛存在于多种微生物中的胞间通信系统,细菌产生的自诱导物随着种群密度的增加而积累,诱导细菌对种群密度的响应,调节生物膜的形成或特定基因的表达。近年来,随着群体感应系统原理与关键元件的逐渐清晰,应用合成生物学手段进行多技术联合以及多系统间正交性设计具有极大的发展潜力,群体感应系统已成为合成生物学家动态调控胞间通信常用的重要手段之一。在群体感应是细胞-细胞间通信系统的基础上,对多种群体感应系统的联合设计在生物基化学品生产中自动化调控的研究进展进行综述;并针对群体感应系统在生物电化学转化领域实现双向生物信息交流的应用进行总结;同时归纳了医学领域中群体感应系统的动态调控功能与多种疾病诊断及治疗结合的研究进展,讨论了群体感应系统在多细胞通信和实际应用等方面的发展前景。     

基于文献计量学的百合属植物研究态势分析

基于Web of Science（简称WoS）核心数据库检索了1998-2018年间百合属植物文献,利用CiteSpace软件从国家、机构、作者、期刊以及高被引文章等方面进行了文献计量学统计分析。1998-2018年间共发表百合属植物文章1 058篇,2006年后中国发表文章数量居榜首并呈波动增长,中国科学院发表的文章数量在研究机构中排名第一。排名前2位的作者均来自荷兰瓦赫宁根大学。发文量及影响力最大的期刊是Scientia Horticulturae。发文量前10位的研究百合属植物的文章80%属于基础科学和技术科学,研究热点集中于形态学、细胞和分子生物学方向。近5年被引频次最多的高被引论文集中在百合属植物活性物质的功能验证、活性成分及其在营养健康方面的功效等方向,这些领域成为百合属植物研究的新趋势。     

真菌芳香聚酮化合物的合成生物学研究进展*

真菌芳香聚酮化合物是由真菌非还原聚酮合酶(NR-PKSs)催化形成的具有广泛生物活性的一类天然产物。大部分内源真菌菌株存在难培养、致病性或产率低等问题,从根本上限制了真菌芳香聚酮化合物的开发和应用。随着合成生物学和代谢工程的发展,很多具有生物活性的聚酮产物实现了在工业微生物(如酿酒酵母、构巢曲霉等)中的异源生产,相关研究逐渐成为热点。从合成途径解析与挖掘、底盘细胞的构建与改造等方面综述了近年来真菌芳香聚酮化合物的合成生物学研究进展,为未来真菌芳香聚酮化合物人工代谢途径的高效构建和实现工业化生产奠定基础。     

真菌芳香聚酮化合物的合成生物学研究进展*

真菌芳香聚酮化合物是由真菌非还原聚酮合酶(NR-PKSs)催化形成的具有广泛生物活性的一类天然产物。大部分内源真菌菌株存在难培养、致病性或产率低等问题,从根本上限制了真菌芳香聚酮化合物的开发和应用。随着合成生物学和代谢工程的发展,很多具有生物活性的聚酮产物实现了在工业微生物(如酿酒酵母、构巢曲霉等)中的异源生产,相关研究逐渐成为热点。从合成途径解析与挖掘、底盘细胞的构建与改造等方面综述了近年来真菌芳香聚酮化合物的合成生物学研究进展,为未来真菌芳香聚酮化合物人工代谢途径的高效构建和实现工业化生产奠定基础。